Life Sciences Commons^™

Developing A Label Propagation Approach For Cancer Subtype Identification Problem, Pinar Güner, Burcu Güngör, Mustafa Coşkun

Turkish Journal of Biology

Cancer is a disease in which abnormal cells grow uncontrollably and invade other tissues. Several types of cancer have various subtypes with different clinical and biological implications. Based on these differences, treatment methods need to be customized. The identification of distinct cancer subtypes is an important problem in bioinformatics, since it can guide future precision medicine applications. In order to design targeted treatments, bioinformatics methods attempt to discover common molecular pathology of different cancer subtypes. Along this line, several computational methods have been proposed to discover cancer subtypes or to stratify cancer into informative subtypes. However, existing works do not …

Rgs1 Serves As An Anti-Tumor Target To Inhibit Proliferation Of Nicn87-Dr Cells And Tumor Growth In Gastric Cancer Mouse Model, Zhixiong Chen, Banglun Liu, Shouru Zhang, Lihui Chen, Yuyu Lv, Hao Sun

Turkish Journal of Biology

Gastric cancer is becoming the 4th leading cause of cancer-associated death worldwide. The purpose of this study was to investigate the role of RGS1 in gastric cancer in vitro and in vivo. Proliferation, migration, invasion, and colony formation of NCIN87 cells and drug-resistant NCIN87 cells (NCIN87-DR) were determined. Cell apoptosis and cell cycle were examined using a flow cytometry assay. RGS1 gene knock-down vector (pLVshshRGS1) and Xenograft tumor mouse model was generated. RGS1 and epithelial-mesenchymal transition (EMT) associated markers, including E-cadherin (E-cad), N-cadherin (N-cad), Slug, and Vimentin were detected using a western blotting assay. Tumor size of Xenograft tumor mouse …

Influence Of Aerobic Exercise Training On Mice Gut Microbiota In Parkinson's Disease, Tianlun Fan, Xiating Li, Xiang Zhang, Jing Zhang, Lichun Sun, Jingjing Chen, Chuan Fu

Turkish Journal of Biology

Accumulating evidence shows that gut microbial dysbiosis may represent a risk factor for Parkinson's disease (PD). Exercise has a positive effect on microbiota in general. The effect of aerobic exercise training (AET) on the gut microbial environment in PD remains to be explored. Here, we performed the 16S rRNA gene sequencing on feces from sham operated-mice (sham), PD mice model, and mice receiving AET (AET). Results indicated that AET had no remarkable effect on species richness and bacterial diversity of PD mice. The relative abundance of the Bacteroidetes was reduced, while Firmicutes, Actinobacteria, Lactobacillaceae, Streptococcaceae, Lactobacillus, Streptococcus, Lactococcus, Lysinibacillus, Pelomonas, …

Acceleration Of Slow Autophagy Flux Induced By Arabinofuranosyl Cytidine Improves Its Antileukemic Effectiveness In M-Nfs-60 Cells, Salwa Fouad, Gamal Elsokkary, Abo Bakr Abdel Shakor

Turkish Journal of Biology

Arabinofuranosyl cytidine (AraC) is an analog of deoxycytidine used as an anticancer drug for leukemic patients. The effective dose always produces severe complications. The present study investigated the modulation of autophagy and its impact on the cytotoxicity of AraC toward murine myelogenous leukemia cells (M-NFS-60). Autophagy was inhibited by NH4Cl or Bafilomycin A1 or enhanced by amino acid starvation, glucose starvation, mild hyperthermia (41 °C), or rapamycin (Rap). Cells were treated with different concentrations, 0 to 2 µM, of AraC in the presence or absence of autophagy modulators. AraC-induced apoptosis is combined with autophagy, especially at lower concentrations. This autophagy …

Gemcitabine In Combination With Epibrassinolide Enhanced The Apoptotic Response In An Er Stress-Dependent Manner And Reduced The Epithelial-Mesenchymal Transition In Pancreatic Cancer Cells, Pinar Obakan Yerli̇kaya, Leila Mehdizadehtapeh, Özge Rencüzoğullari, Fadina Kuryayeva, Sena Sedef Çevi̇kli̇, Şevval Özağar, Si̇bel Pinar Odabaş, Sude Tunçkol, Hakan Yeti̇m, Ajda Çoker Gürkan, Eli̇f Damla Arisan

Turkish Journal of Biology

Gemcitabine is a broad-spectrum antimetabolite and a deoxycytidine analog recognized as a standard therapy alone or in combination with other antineoplastic agents in the therapy of pancreas cancer. Drug resistance following gemcitabine treatment is a common phenomenon; therefore, combinational therapy models are usually preferred. Pancreatic ductal adenocarcinoma, or pancreas cancer, is the fourth leading cause of cancer-related deaths worldwide. With the increasing incidence of pancreatic cancer every year, the mortality rate is also rising significantly because of late diagnosis, and limited chemotherapy options. Adjuvant chemotherapy after surgical resection is the typical option for the treatment of early pancreatic cancer. Mostly, …

Vars1 Mutations Associated With Neurodevelopmental Disorder Are Located On A Short Amino Acid Stretch Of The Anticodon-Binding Domain, Ayşe Semra Hiz, Seval Kiliç, Güney Bademci̇, Tülay Karakulak, Aybi̇ke Erdoğan, Burcu Özden Yücel, Çi̇ğdem Eresen Yazicioğlu, Şeri̇fe Esra Erdal Bağriyanik, Uluç Yi̇ş, Mustafa Teki̇n, Gökhan Karakülah, Ezgi̇ Karaca Erek, Mehmet Öztürk

Turkish Journal of Biology

Majority of 37 human aminoacyl tRNA synthetases have been incriminated in diverse, mostly recessive, genetic diseases. In accordance with this, we uncovered a novel homozygous valyl-tRNA synthetase 1 (VARS1) gene variant, leading to p.T1068M mutation. As in the previously reported VARS1 mutations, the affected individual harboring p.T1068M was experiencing a neurodevelopmental disorder with intractable seizures, psychomotor retardation, and microcephaly. To link this phenotypic outcome with the observed genotype, we structurally modeled human VARS1 and interpreted p.T1068M within the spatial distribution of previously reported VARS1 variants. As a result, we uncovered that p.T1068M is clustered with three other pathogenic …

Scaffolds From Medical Grade Chitosan: A Good Choice For 3d Cultivation Of Mesenchymal Stem Cells, Merve Çapkin Yurtsever, Özge Eki̇n Akdere, Menemşe Gümüşdereli̇oğlu

Turkish Journal of Biology

Chitosan has high biocompatibility, supports proliferation of many cells, and can be a good carrier for various growth factors. However, low attachment ratio and spheroid formation of several stem cell types on plain chitosan scaffolds/films is still a problem. In this study, it was aimed to obtain 3D scaffolds using medical grade chitosan (MC) with a high deacetylation degree (DD ≥ 92.6%) to overcome the spheroid formation of rat adipose tissue derived mesenchymal stem cells (rAdMSCs) on control chitosan (C, DD = 75%-85%) scaffolds. Genipin was used as a biological chemical crosslinker, and glycerol phosphate salt was used both as …

Knockdown Of Death Receptor 5 Antisense Long Noncoding Rna And Cisplatin Treatment Modulate Similar Macromolecular And Metabolic Changes In Hela Cells, Di̇lek Cansu Gürer, İpek Erdoğan Vatansever, Çağatay Ceylan, Bünyami̇n Akgül

Turkish Journal of Biology

Background/aim: Despite great progress in complex gene regulatory mechanisms in the dynamic tumor microenvironment, the potential contribution of long noncoding RNAs (lncRNAs) to cancer cell metabolism is poorly understood. Death receptor 5 antisense (DR5-AS) is a cisplatin inducible lncRNA whose knockdown modulates cell morphology. However, its effect on cell metabolism is unknown. The aim of this study is to examine metabolic changes modulated by cisplatin and DR5-AS lncRNA in HeLa cells. Materials and methods: We used cisplatin as a universal cancer therapeutic drug to modulate metabolic changes in HeLa cervix cancer cells. We then examined the extent of metabolic changes …

Practices Of Vitamin D Supplementation Leading To Vitamin D Toxicity: Experience From A Low-Middle Income Country, Siraj Muneer, Imran Siddiqui, Hafsa Majid, Nawazish Zehra, Lena Jafri, Aysha Habib

Department of Pathology and Laboratory Medicine

Introduction: The trend of prescribing VD preparations for nonspecific body aches and self-medication has increased significantly. The importance of vitamin D toxicity (VDT) has been underestimated and under recognized. This study was done to determine the frequency toxicity (>150 ng/ml) in subjects for 25-hydroxyvitamin D (25OHD) and evaluate the vitamin D (VD) supplements used by these subjects.
Methodology: This descriptive cross-sectional study was conducted at the Section of Chemical Pathology, Aga Khan University Hospital Karachi from April 2020 to March 2021. Subjects with 25OHD toxicity were contacted and information related to history of calcium and VD supplementation were collected. …

D-Dimer Testing In Covid-19: From Basics To Clinical Application, Bushra Moiz

Department of Pathology and Laboratory Medicine

No abstract provided.

Determination Of Allergen Levels, Isoforms, And Their Hydroxyproline Modifications Among Peanut Genotypes By Mass Spectrometry, Justin Marsh, Lee K. Palmer, Stef J. Koppelman, Philip E. Johnson

Department of Food Science and Technology: Faculty Publications

The recently published reference genome of peanuts enables a detailed molecular description of the allergenic proteins of the seed. We used LC-MS/MS to investigate peanuts of different genotypes to assess variability and to better describe naturally occurring allergens and isoforms. Using relative quantification by mass spectrometry, minor variation of some allergenic proteins was observed, but total levels of Ara h 1, 2, 3, and 6 were relatively consistent among 20 genotypes. Previously published RPHPLC methodology was used for comparison. The abundance of three Ara h 3 isoforms were variable among the genotypes and contributed to a large proportion of total …

Genomic Approaches To Uncovering The Coevolutionary History Of Parasitic Lice [Review], Kevin P. Johnson

Harold W. Manter Laboratory of Parasitology: Library Materials

Next-generation sequencing technologies are revolutionizing the fields of genomics, phylogenetics, and population genetics. These new genomic approaches have been extensively applied to a major group of parasites, the lice (Insecta: Phthiraptera) of birds and mammals. Two louse genomes have been assembled and annotated to date, and these have opened up new resources for the study of louse biology. Whole genome sequencing has been used to assemble large phylogenomic datasets for lice, incorporating sequences of thousands of genes. These datasets have provided highly supported trees at all taxonomic levels, ranging from relationships among the major groups of lice to those among …

Effects Of Elevated Temperature, Reduced Hydroperiod, And Invasive Bullfrog Larvae On Pacific Chorus Frog Larvae, Bailey R. Tasker, Karli Honebein, Allie M. Erickson, Julia E. Misslin, Paul Hurst, Sarah Cooney, Skylar Riley, Scott A. Griffith, Betsy A. Bancroft

Biology Faculty Scholarship

Climate change and invasive species threaten many ecosystems, including surface freshwater systems. Increasing temperatures and reduced hydroperiod due to climate change may promote the persistence of invasive species and facilitate new invasions due to potentially higher tolerance to environmental stress in successful invaders. Amphibians demonstrate high levels of plasticity in life history characteristics, particularly those species which inhabit both ephemeral and permanent water bodies. We tested the influence of two projected effects of climate change (increased temperature and reduced hydroperiod) on Pacific chorus frog (Pseudacris regilla) tadpoles alone and in combination with the presence of tadpoles of a …

The Site Evaluation Of Quercus Alba Metabolites, Zachary Alexander Byrd

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Quercus alba has been the prominent tree species utilized in the spirits industry for decades. Of its many qualities, the ability to impart desirable flavors on spirits combined with its natural abundance makes it the ideal choice for barrels. Creating barrels is a uniform process, but variability still exists in aged spirits even when all other parameters are controlled. In this thesis, I explore how the origin of Quercus alba influences metabolite variability.

Quercus alba is a resilient species that can grow in many climates. This is seen through Quercus alba’s vast growing range, of which barrel quality white oak …

Quantifying Crop Phenology For Food Sustainability Under Climate Change: Integration Of Remote Sensing, Machine Learning, And Ecosystem Modeling, Yanjun Yang

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Climate change is projected to continue and accelerate significantly in the future if global greenhouse gas emissions are not curbed. Previous studies have shown that crop growth and production in agroecosystems are primarily determined by the weather conditions over the growing season. Crop phenology represents one of the most critical indicators in determining crop yield and adjusting the adaptation of crops to climate change. It provides essential information for monitoring and modeling crop growth dynamics and productivity. Therefore, understanding and quantifying the impacts of climate change on crop phenology and then agricultural production is crucial to formulate feasible climatic adaptation …

Regulatory Mechanisms In Arabidopsis Embryogenesis, Sanjay Joshi

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Plants have amazing regeneration properties with single somatic cells, or groups of cells able to give rise to fully formed plants. One means of regeneration is Somatic Embryogenesis (SE), by which an embryonic structure is formed that “converts” into a plantlet. Somatic embryogenesis has been used as a model for zygotic processes that are buried within layers of maternal tissues. Understanding mechanisms of somatic embryo induction and development are important as a more accessible model for seed development. We rely on seed development not only for most of our caloric intake, but also as a delivery system for engineered crops …

The Impact Of Plant Secondary Metabolites On Auxin And Cytokinin Signaling, Timothy E. Shull

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Secondary metabolites are a broad class of specialized compounds that mediate plant-environment interactions and mitigate stress. It is increasingly clear that many phenylalanine-derived secondary metabolites are nearly indispensable for plant survival and that plants adjust their growth according to their secondary metabolic outputs. Consequently, many phenylalanine-derived secondary metabolites have influence over hormone activity. For instance, multiple phenylpropanoid intermediates and catecholamines alter the sensitivity of plants to the central hormone auxin, which in concert with cytokinin directs most aspects of plant growth and development. This dissertation reviews previous research on the influence of phenylpropanoid intermediates and catecholamines on plants, with a …

An Evaluation Of Eragrostis Tef For Future Cultivar Development, Eric Wayne Luteyn

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

The many benefits of utilizing teff (Eragrostis tef) as small grain is well documented in journal publications. Over time the domestication of this species has become essential to the diets of the local population and the livestock living in the African highlands. Current research points to a high diversity of trait characteristics found in many teff populations and the potential utilization of these traits to increase desirable characteristics in both grain and forage varieties. With the overarching goal of adding to what is already known about teff, this study evaluates the different traits that are of interest to …

Understanding The Cellular And Physiological Mechanisms Of Fertilization And Early-Stage Seed Development, Mohammad Foteh Ali

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Flowering plants have evolved a unique double-fertilization process. Two sperm cells fuse with two female gametophytic cells, the egg and central cells within the ovule, giving rise to the embryo and endosperm, respectively. Sperm cells in flowering plants are nonmotile and delivered in close proximity to the egg and central cells by the pollen tube. Flowering plants have established filamentous actin (F-actin) based sperm nuclear migration system for successful fertilization. Prior to fertilization, the female gamete forms a mesh-like structure of F-actin that shows constant inward movement from the plasma membrane periphery to the center of the cell where the …

Building Capacity For Cool Season Vegetable Production In Kentucky: Strengthening Supply Chains Through Crop Model Development And Analysis Of A Farm-To-Institution Market, Chelsea Jo Maupin

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Cool season vegetable crops are suitable for both direct-to-consumer (DTC) and farm-to-institution (FTI) markets in central Kentucky. However, crop planning for predictable harvest is challenging. Seasonality issues can be detrimental to FTI markets wherein institutions require consistent, large volumes of product. This research investigates both production and market aspects of salad crops in central Kentucky, through development of growing degree day (GDD) crop models for loose-leaf lettuce (Latuca sativa), carrots (Daucus carota subsp. sativus), and spinach (Spinacia oleracea), and through a case study analysis for a FTI initiative called the Salad Bar Program. Simple …

Invasion Of Plant Communities, Stephen L. Young, Sarah Kimball, Stephen J. Novak

United States Department of Agriculture-Agricultural Research Service / University of Nebraska-Lincoln: Faculty Publications

Due to numerous human activities, organisms have been transported and either accidentally or deliberately introduced all around the globe. Biological invasions are now considered to be one of the main drivers of global change because many invasive plants have severe ecological, economic, and health consequences. Thus, there is an ever-growing need to better understand invasions to determine how specific plant species are able to establish in communities and, in many cases, expand their range. Here, we describe the invasion process and how it contributes to the invasion of plant communities. We present an invasion-factor framework (IFF) model that uses three …

Predicting Spatial-Temporal Patterns Of Diet Quality And Large Herbivore Performance Using Satellite Time Series, Sean P. Kearney, Lauren M. Porensky, David J. Augustine, Justin D. Derner, Feng Gao

United States Department of Agriculture-Agricultural Research Service / University of Nebraska-Lincoln: Faculty Publications

Adaptive management of large herbivores requires an understanding of how spatial-temporal fluctuations in forage biomass and quality influence animal performance. Advances in remote sensing have yielded information about the spatial-temporal dynamics of forage biomass, which in turn have informed rangeland management decisions such as stocking rate and paddock selection for free-ranging cattle. However, less is known about the spatial-temporal patterns of diet quality and their influence on large herbivore performance. This is due to infrequent concurrent ground observations of forage conditions with performance (e.g., mass gain), and previously limited satellite data at fine spatial and temporal scales. We combined multi-temporal …

Predicting Biochemical Acclimation Of Leaf Photosynthesis In Soybean Under In-Field Canopy Warming Using Hyperspectral Reflectance, Etsushi Kumagai, Charles H. Burroughs, Taylor L. Pederson, Christopher M. Montes, Bin Peng, Hyungsuk Kimm, Kaiyu Guan, Elizabeth A. Ainsworth, Carl J. Bernacchi

United States Department of Agriculture-Agricultural Research Service / University of Nebraska-Lincoln: Faculty Publications

Traditional gas exchange measurements are cumbersome, which makes it difficult to capture variation in biochemical parameters, namely the maximum rate of carboxylation measured at a reference temperature (Vcmax25) and the maximum electron transport at a reference temperature (Jmax25), in response to growth temperature over time from days to weeks. Hyperspectral reflectance provides reliable measures of Vcmax25 and Jmax25; however, the capability of this method to capture biochemical acclimations of the two parameters to high growth temperature over time has not been demonstrated. In this study, Vcmax25 and Jmax25 were measured over multiple growth stages during two growing seasons for field-grown …

Far-Red Photography For Measuring Plant Growth: A Novel Approach, Cole Webb, F. Mitchell Westmoreland, Bruce Bugbee, Xiaojun Qi

Techniques and Instruments

A critical part of agricultural studies is determining plant stress and growth rate. Modern computer vision provides a series of tools that can be applied to derive this data. In this paper, we will show our findings, analyze their accuracy, and define a system capable of deriving this data with near-human accuracy in a fraction of the time. Denoising techniques applicable to this system will be discussed, as will our discoveries and findings. Finally, suggestions for further research opportunities will be provided.

การคัดแยกและลักษณะสมบัติของแบคทีเรียที่มีความสามารถในการผลิตดีเอชเอจากกุ้งเคยและกะปิของไทย, ณิชาภัทร วิเศษชลธาร

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

กรดไขมันไม่อิ่มตัวที่มีพันธะคู่หลายตำแหน่งในกลุ่มของโอเมก้า-3 เช่น ดีเอชเอ และอีพีเอ เป็นกรดอะมิโนจำเป็นต่อร่างกาย (essential amino acid) เนื่องจากในร่างกายมนุษย์ไม่มีเอนไซม์ที่สามารถสร้างพันธะคู่ตำแหน่ง ω-3 ได้ มีรายงานว่าเส้นทางการสังเคราะห์กรดไขมันผ่านวิถีทางชีวภาพ (FAS pathway) พบในแบคทีเรียจากทะเลบางสายพันธุ์เท่านั้น ในงานวิจัยนี้ทำการคักแยกแบคทีเรียทางทะเลจากตัวอย่างกะปิซึ่งมีการตรวจสอบจากงานวิจัยก่อนหน้าว่ามีกลุ่มของกรดไขมันโอเมก้า-3, 6 และ 9 ผลการศึกษาสามารถคัดแยกแบคทีเรียสะสมไขมันสูง (oleaginous bacteria) ได้ 6 ไอโซเลต โดยเฉพาะ Bacillus amyloliquefaciens SR121 เมื่อทำการวิเคราะห์ whole genome พบยีน FabF (β-ketoacyl-ACP reductase), FabG (Ketoreductase), FabZ (Dehydratase) และ FabI (Enoyl reduction) ซึ่งเกี่ยวข้องกับ 4 กระบวนการสำคัญ ใน FAS pathway นอกจากนี้ B. amyloliquefaciens SR121 มีการผลิตกรดไขมันมากที่สุดร้อยละ 75.06 ± 2.05 ของน้ำหนักเซลล์แห้ง และเมื่อใช้อาหารสำหรับการเพาะเลี้ยงที่มี pH5 พบปริมาณการผลิตไขมันเพิ่มขึ้นถึงร้อยละ 89.46 ± 3.79 ของน้ำหนักเซลล์ สำหรับการปรับภาวะเพื่อผลิตกรดไขมันกลุ่มโอเมก้า-3 พบที่ 35 องศาเซลเซียส มีการผลิตมากสุดถึง 19.73% ของปริมาณกรดไขมันทั้งหมด หรือคิดเป็นกรดไขมันไม่อิ่มตัว 92.97 มิลลิกรัม และมีการผลิตกรดไขมันกลุ่มโอเมก้า-3 มากที่สุดโดยปริมาณ 72 มิลลิกรัม ต่อน้ำหนักเซลล์ 1 กรัม

ฤทธิ์การเหนี่ยวนำร่วมระหว่างสารพฤกษเคมีกลุ่มฟลาโวนอยด์และแนพโทควิโนนกับสารสะแมคไมเมติกต่อการตายของเซลล์มะเร็งที่กระตุ้นภูมิคุ้มกันในเซลล์มะเร็งท่อน้ำดี, ภัทธร ใจกล้า

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

มะเร็งท่อน้ำดีเป็นมะเร็งที่เกิดขึ้นบริเวณท่อทางเดินน้ำดี โดยมีความหลากหลายของเซลล์มะเร็งบริเวณเนื้อเยื่อมะเร็งและมีความรุนแรง มะเร็งท่อน้ำดีจัดเป็นสาเหตุหลักในการเสียชีวิตของผู้ป่วยในประเทศไทย เนื่องจากผู้ป่วยได้รับการวินิจฉัยเมื่อมะเร็งเจริญพัฒนาไปยังระยะท้ายและยังขาดวิธีการรักษาที่มีประสิทธิภาพ การรักษามะเร็งท่อน้ำดีด้วยวิธีมาตรฐานในปัจจุบันในผู้ป่วยที่ไม่สามารถผ่าตัดได้ หรือในผู้ป่วยหลังการผ่าตัด คือ การรักษาด้วยยาเคมีบำบัด ชนิดเจมไซทาบีนหรือยาเจมไซทาบีนร่วมกับยาซิสพลาติน แต่อย่างไรก็ตามผู้ป่วยส่วนใหญ่พบปัญหาการดื้อต่อยาเคมีบำบัดนำไปสู่การพยากรณ์โรคที่ไม่ดี ดังนั้นการพัฒนาการรักษาที่มีประสิทธิภาพมากยิ่งขึ้นถือว่ามีความจำเป็นเร่งด่วน โดยได้มีการศึกษาการตายของเซลล์มะเร็งแบบใหม่ที่ทำให้เซลล์มะเร็งตาย และกระตุ้นการทำงานของระบบภูมิคุ้มกันแบบจำเพาะ เรียกว่า การตายของเซลล์ที่กระตุ้นภูมิคุ้มกัน โดยการตายของเซลล์แบบเนคโครปโทซิส จัดว่าเป็นการตายของเซลล์ที่กระตุ้นภูมิคุ้มกัน โดยได้มีการศึกษาอย่างแพร่หลายในมะเร็งหลายชนิด โดยพบว่าการกระตุ้นให้เซลล์มะเร็งตายแบบเนคโครปโทซิสสามารถกระตุ้นระบบภูมิคุ้มแบบจำเพาะและยับยั้งการเจริญพัฒนาของก้อนมะเร็งในหนูทดลอง การศึกษาภายในห้องปฏิบัติการก่อนหน้าของคณะผู้วิจัยพบว่าการเหนี่ยวนำร่วมกันระหว่างยาเคมีบำบัดเจมไซทาบีนและสารสะแมคไมเมติกสามารถเหนี่ยวนำให้เซลล์มะเร็งท่อน้ำดีตายแบบเนคโครปโทซิสในสภาวะที่มีการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์แคสเปส ทั้งนี้จากข้อจำกัดที่ยาเคมีบำบัดมีความเป็นพิษที่สูง การศึกษานี้จึงมีจุดมุ่งหมายเพื่อค้นหาสารที่สามารถนำมาทำการเหนี่ยวนำร่วมกับสารสะแมคไมเมติก โดยมีสมมติฐานของงานวิจัย คือ สารพฤกษเคมีที่มีฤทธิ์ทำให้เกิดการทำลายของดีเอ็นเอและหยุดวัฏจักรของเซลล์จะสามารถเสริมฤทธิ์กับสารสะแมคไมเมติก โดยกระตุ้นการตายของเซลล์แบบในคโครปโทซิสในเซลล์มะเร็งท่อน้ำดี โดยงานวิจัยนี้ได้ทำการศึกษาฤทธิ์ยับยั้งการแบ่งตัวและการตายเซลล์มะเร็งท่อน้ำดีของสารพฤกษเคมี ได้แก่ ชิโคนิน พลัมบาจิน เควอซิติน โดยพบว่าสารเควอซิตินมีค่าความเข้มข้นของสารที่ยับยั้งการรอดชีวิตของเซลล์ได้ 50% (IC50) ที่ต่ำที่สุดเมื่อเปรียบเทียบกับสารพฤกษเคมีชนิดอื่นๆ ในการวิเคราะห์ด้วยวิธีการทางชีวสารสนเทศน์พบว่าสารเควอซิตินมีเป้าหมายไปยังยีนที่มีบทบาทในการควบคุมวัฏจักรเซลล์ระยะ G2/M และยีนเป้าหมายของสารเควอซิตินมีการแสดงออกที่เพิ่มมากขึ้นอย่างมีนัยสำคัญในเนื้อเยื่อมะเร็งท่อน้ำดีเมื่อเปรียบเทียบกับเซลล์ปกติ การทดลองในเซลล์มะเร็งท่อน้ำดี (in vitro) พบว่าสารเควอซิตินสามารถหยุดวัฏจักรเซลล์ที่ระยะ G2/M นอกจากนี้สารเควอซิตินช่วงความเข้มข้นค่าต่ำที่มีความเป็นพิษน้อยในรูปแบบสารเดี่ยว เมื่อนำไปเหนี่ยวนำร่วมกับสารสะแมคไมเมติกชนิด LCL-161 แล้วพบว่าสามารถเสริมฤทธิ์กันกระตุ้นการตายของเซลล์มะเร็งท่อน้ำดี โดยเมื่อทำการวิเคราะห์ชนิดการตายของเซลล์เพิ่มเติมพบว่ามีการแสดงออกที่เพิ่มขึ้นของโปรตีนเอ็มแอลเคแอลที่ถูกเติมหมู่ฟอสเฟต (phosphorylated MLKL; pMLKL) ซึ่งเป็นตัวบ่งชี้ที่จำเพาะต่อการตายแบบเนคโครปโทซิส นอกจากนั้นยังพบว่าการตายของเซลล์ถูกยับยั้งเมื่อมีการเติมตัวยับยั้งที่จำเพาะกับโปรตีนที่สำคัญต่อการเกิดเนคโครปโทซิส แสดงให้เห็นว่าการเหนี่ยวนำเซลล์ด้วยสารเควอซิตินร่วมกับสารสะแมคไมเมติกสามารถกระตุ้นให้เซลล์มะเร็งท่อน้ำดีตายผ่านเนคโครปโทซิส การศึกษาเพิ่มเติมเพื่อศึกษาการตายของเซลล์ที่กระตุ้นภูมิคุ้มกัน โดยการวิเคราะห์การเคลื่อนย้ายของโปรตีนเอชเอ็มจีบีวัน (HMGB-1) จากภายในนิวเคลียสมายังบริเวณไซโตพลาสซึมด้วยวิธีการย้อมแบบอิมมูโนฟลูออเรสเซนส์ พบว่าการเหนี่ยวนำเซลล์มะเร็งท่อน้ำดีด้วยสารเควอซิตินร่วมกับสารสะแมคไมเมติกสามารถกระตุ้นการตายของเซลล์ที่กระตุ้นภูมิคุ้ม กล่าวโดยสรุป การเหนี่ยวนำร่วมกันระหว่างสารเควอซิตินและสารสะแมคไมเมติกในสภาวะที่มีการยับยั้งเอนไซม์แคสเปสสามารถเสริมฤทธิ์กันโดยกระตุ้นการตายของเซลล์มะเร็งท่อน้ำดีแบบเนคโครปโทซิสและการตายของเซลล์ที่กระตุ้นภูมิคุ้มกัน ดังนั้นงานวิจัยนี้อาจนำไปสู่การพัฒนากลยุทธ์การรักษามะเร็งท่อน้ำดีแบบใหม่ที่เพิ่มประสิทธิภาพในการรรักษาในอนาคต อย่างไรก็ตาม งานวิจัยนี้ยังต้องมีการศึกษาเพิ่มเติม เช่น การศึกษากลไกการเสริมฤทธิ์และการกระตุ้นการตายของเซลล์ การศึกษาฤทธิ์ในเซลล์มะเร็งท่อน้ำดีชนิดอื่นๆ และการเมินความเป็นพิษในเซลล์ปกติ เป็นต้น

Succession Of Carrion Insects On Pig Carcasses Relocated From Indoor To Outdoor Conditions, Sudarat Fueangmeekun

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Forensic entomological evidence can be used to solve relocations cases. However, forensic entomological studies on corpse relocation in Thailand is limited, therefore, this research aimed to study insect succession on pig carcasses relocated from indoor to outdoor conditions and pig carcasses refrigerated for 3 days before relocated to the outdoor condition. Nong Hin District in Loei Province was chosen to be the study site. The study was conducted in three seasons: winter, summer and monsoon. There were three experiments in each season: 1) non-relocation (control), 2) relocation from an indoor to an outdoor condition, and 3) refrigeration before relocation. There …

Exploring Flavor Enhancer Metabolites Of Chaya Leaves Cnidoscolus Spp., Nuti Hutasingh

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Umami, described as brothy and meat-like flavor, is one of the key factors in the successful savory food product development. It acts as a taste enhancer and improves overall acceptability. Monosodium glutamate (MSG) is the most common synthetic compound added to savory providing umami taste. Many consumers, however, have a negative attitude toward this substance. Thus, natural ingredients providing umami taste as a substitute for MSG could be beneficial for commercial purposes. Chaya (Cnidoscolus spp.) is a fast-growing and drought-resistant plant whose leaves have been widely used as a dried umami seasoning. However, the key umami substances in the leaves …

The Role Of Rna Helicase Rhau In Immunoglobulin Class Switch Recombination, Sabine Jean Guillaume

Dissertations and Theses

B cells alter the expression of immunoglobulin isotypes through a process known as class switch recombination (CSR). In these cells, activation induced cytidine deaminase (AID) binds Gquadruplex (G4) switch transcripts, which serve as guide RNAs to target AID to the immunoglobulin heavy chain switch (S) regions in the DNA for CSR. Sequence alignment revealed homology between the AID G4 binding domain and the RNA helicase associated with AU-rich element (RHAU) specific motif (RSM), which allows RHAU binding to G4 RNAs and subsequent unwinding of G4 RNA into single-stranded transcripts. We hypothesize that RHAU functions in CSR by binding G4 S …

Exosome- And Microrna-Based Therapeutic Approach For Tendinopathy, Angela Wang Ilaltdinov

Dissertations and Theses

Tendinopathy, characterized by degeneration and chronic inflammation, is a significant clinical burden. Current treatments focus on symptom management but do not sufficiently address its underlying pathology; however, stem cell-based approaches aimed at repairing diseased tissues may overcome this limitation. Therapeutic effects of stem cells may be due in part to paracrine actions, including some mediated by exosomes – extracellular vesicles secreted by cells that play a role in cell communication. MicroRNA (miRNA), small non-coding RNA carried by exosomes, are likely responsible for many exosome effects. Exosomes and miRNA therapies show promise in treating diseases such as cancer and arthritis, but …