Life Sciences Commons^™

Pengaruh Metode Uchikomi Dan Flexibility Terhadap Hasil Bantingan Pada Pejudo Daerah Istimewa Yogyakarta, Suwarli Suwarli

Jurnal Keolahragaan

Penelitian bertujuan mengetahui: (1) perbedaan pengaruh antara metode uchikomi dengan menggunakan karet ban sepeda dan uchikomi jalan terhadap hasil bantingan judo, (2) perbedaan hasil bantingan antara pejudo yang memiliki flexibility tinggi dan flexibility rendah, dan (3) interaksi antara metode uchikomi dan flexibility terhadap hasil bantingan judo. Metode penelitian adalah eksperimen dengan rancangan faktorial 2 x 2. Populasi penelitian adalah pejudo D.I. Yogyakarta yang berjumlah 44 pejudo. Sampel penelitian ini 24 pejudo yang diambil dengan teknik Purposive Rondom Sampling. Data penelitian ini diperoleh melalui tes dan pengukuran. Instrumen penelitian adalah sit and reach dan Randori (dipertandingkan) selama tiga menit. Teknik …

Pengaruh Latihan Beban Dan Kekuatan Otot Terhadap Hypertrophy Otot Dan Ketebalan Lemak, Eko Sucipto, Widiyanto Widiyanto

Jurnal Keolahragaan

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui: (1) perbedaan pengaruh antara latihan beban metode compound set dan circuit training, (2) perbedaan pengaruh kekuatan otot tinggi dan rendah,dan (3) interaksi antara metode latihan beban dan kekuatan terhadap hasil hypertrophy otot dan ketebalan lemak. Populasi dalam penelitian ini adalah 56 members yang programnya hypertrophy otot dari Fitness Centre GOR FIK UNY dan Fitness Centre Club Arena Hotel Jayakarta Yogyakarta. Sampel yang berjumlah 28 members ditentukan dengan teknik Purposive Rondom Sampling. Teknik analisis data yang digunakan dalam penelitian ini adalah Analisis Varian (ANAVA). Hasil penelitian adalah: (1) ada perbedaan pengaruh yang signifikan antara …

Pengaruh Latihan Imagery Dan Koordinasi Terhadap Keterampilan Forehand Drive Petenis Pemula, Risti Nurfadhila

Jurnal Keolahragaan

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui: (1) perbedaan pengaruh antara latihan imagery dengan menggunakan script dan video terhadap keterampilan forehand drive petenis pemula, (2) perbedaan keterampilan forehand drive antara petenis pemula yang memiliki koordinasi tinggi dan koordinasi rendah, (3) interaksi antara latihan imagery dan koordinasi terhadap keterampilan forehand drive petenis pemula. Metode penelitian adalah eksperimen dengan rancangan faktorial 2 x 2. Sampel penelitian adalah 32 orang petenis pemula mahasiswa PJKR FIK UNY yang mengambil mata kuliah olahraga pilihan tenis yang diambil dengan teknik Purposive Random Sampling. Seluruh data penelitian diperoleh melalui tes dan pengukuran terhadap koordinasi dengan menggunakan tes koordinasi …

Pengaruh Metode Latihan Dan Persepsi Kinestetik Terhadap Keterampilan Groundstrokes Tenis Lapangan Pada Siswa Sd, Suryono Suryono

Jurnal Keolahragaan

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui: (1) Perbedaan pengaruh antara metode demonstrasi dan metode audio visual terhadap keterampilan groundstrokes tenis lapangan, (2) Perbedaan pengaruh antara persepsi kinestetik terhadap keterampilan groundstrokes tenis lapangan, dan (3) interaksi metode latihan dan persepsi kinestetik terhadap keterampilan groundstrokes. Penelitian ini merupakan penelitian eksperimen. Populasi penelitian adalah siswa SD Negeri Petinggen dan SD Negeri Terbansari yang berjumlah 75 siswa. Sampel penelitian 40 siswa ditentukan dengan teknik purposive sampling. Pengumpulan data menggunakan tes persepsi kinestetik dan keterampilan groundstrokes. Instrumen dalam penelitian ini adalah horizontal liner space test dan memantulakan bola ke dinding. Teknik analisis data …

Integrative Genomic And Transcriptomic Analysis For Pinpointing Recurrent Alterations Of Plant Homeodomain Genes And Their Clinical Significance In Breast Cancer, Huimei Yu, Yuanyuan Jiang, Lanxin Liu, Wenqi Shan, Xiaofang Chu, Zhe Yang, Zeng-Quan Yang

Oncology Faculty Publications

A wide range of the epigenetic effectors that regulate chromatin modification, gene expression, genomic stability, and DNA repair contain structurally conserved domains called plant homeodomain (PHD) fingers. Alternations of several PHD finger-containing proteins (PHFs) due to genomic amplification, mutations, deletions, and translocations have been linked directly to various types of cancer. However, little is known about the genomic landscape and the clinical significance of PHFs in breast cancer. Hence, we performed a large-scale genomic and transcriptomic analysis of 98 PHF genes in breast cancer using TCGA and METABRIC datasets and correlated the recurrent alterations with clinicopathological features and survival of …

Minibrain And Wings Apart Control Organ Growth And Tissue Patterning Through Downregulation Of Capicua, Liu Yang

Graduate Doctoral Dissertations

The regulation of organ growth is a fundamental aspect of developmental biology. My work uses Drosophila as a model system to understand how the various growth regulators are coordinated. The transcriptional repressor Capicua (Cic) controls tissue patterning and restricts organ growth, and has been recently implicated in several cancers and neurodegenerative diseases. Cic has emerged as a primary sensor of signaling downstream of the receptor tyrosine kinase (RTK)/extracellular signal-regulated kinase (ERK) pathway, but how Cic activity is regulated in different cellular contexts remains poorly understood. In order to identify Cic regulators, I have used affinity purification/mass spectrometry (AP-MS) to study …

Evolution In The Deep Sea: Scales And Mechanisms Of Population Divergence, Amanda E. Glazier

Graduate Doctoral Dissertations

The deep sea is the Earth’s largest ecosystem and harbors a unique and largely endemic fauna. Although most research has focused on the ecological mechanisms that allow coexistence, recent studies have begun to investigate how this remarkable fauna evolved.. My work quantifies geographic patterns of genetic variation and investigates potential mechanisms that shape evolution in the deep ocean.

Bathymetric genetic divergence is common in the deep sea with population structure typically decreasing with depth. The evolutionary mechanisms that underlie these patterns are poorly understood. Geographic patterns of genetic variation indicated that the protobranch bivalve Neilonella salicensis was composed of two …

Evolutionary Dynamics Of Tree Invasions: Complementing The Unified Framework For Biological Invasions, Rafael D. Zenni, Ian A. Dickie, Michael J. Wingfield, Heidi Hirsch, Casparus J. Crous, Laura A. Meyerson, Treena I. Burgess, Thalita G. Zimmermann, Metha M. Klock, Evan Siemann, Alexandra Erfmeier, Roxana Aragon, Lia Montti, Johannes J. Le Roux

Faculty Publications, Environmental Studies

Evolutionary processes greatly impact the outcomes of biological invasions. An extensive body of research suggests that invasive populations often undergo phenotypic and ecological divergence from their native sources. Evolution also operates at different and distinct stages during the invasion process. Thus, it is important to incorporate evolutionary change into frameworks of biological invasions because it allows us to conceptualize how these processes may facilitate or hinder invasion success. Here, we review such processes, with an emphasis on tree invasions, and place them in the context of the unified framework for biological invasions. The processes and mechanisms described are pre-introduction evolutionary …

Stability Of Cross-Feeding Polymorphisms In Microbial Communities, Ivana Gudelj, Margie Kinnersley, Peter Rashkov, Karen Schmidt, Frank Rosenzweig

Biological Sciences Faculty Publications

Cross-feeding, a relationship wherein one organism consumes metabolites excreted by another, is a ubiquitous feature of natural and clinically-relevant microbial communities and could be a key factor promoting diversity in extreme and/or nutrient-poor environments. However, it remains unclear how readily cross-feeding interactions form, and therefore our ability to predict their emergence is limited. In this paper we developed a mathematical model parameterized using data from the biochemistry and ecology of an E. coli cross-feeding laboratory system. The model accurately captures short-term dynamics of the two competitors that have been observed empirically and we use it to systematically explore the stability …

Variants In Wfs1 And Other Mendelian Deafness Genes Are Associated With Cisplatin-Associated Ototoxicity, Heather E. Wheeler, Eric R. Gamazon, Robert Frisina, Carlos Perez-Cervantes, Omar El Charif, Brandon Mapes, Sophie D. Fossa, Darren Feldman, Robert Hamilton, David J. Vaughn, Clair Beard, Chunkit Fung, Chiristian Kollmannsberger, Jeri Kim, Taisei Mushiroda, Michiaki Kubo, Shirin Ardeshir-Rouhani-Fard, Lawrence H. Einhorn, Nancy Cox, M. Eileen Dolan, Lois Travis

Bioinformatics Faculty Publications

Cisplatin is one of the most commonly used chemotherapy drugs worldwide and one of the most ototoxic. We sought to identify genetic variants that modulate cisplatin-associated ototoxicity (CAO). Experimental Design: We performed a genome-wide association study (GWAS) of CAO using quantitative audiometry (4-12 kHz) in 511 testicular cancer survivors of European genetic ancestry. We performed polygenic modeling and functional analyses using a variety of publicly available databases. We used an electronic health record cohort to replicate our top mechanistic finding. Results: One SNP, rs62283056, in the first intron of Mendelian deafness gene WFS1 (wolframin ER transmembrane glycoprotein) and an expression …

Hubungan Kualitas Air Tercemar Dengan Keragaman Gulma Air Di Daerah Aliran Sungai Cikeruh Dan Cikapundung Provinsi Jawa Barat, Denny Kurniadie, D. V. Putri, Uum Umiyati

Jurnal Kultivasi

Penelitian dilaksanakan pada bulan Mei sampai Agustus dengan tujuan untuk mengetahui keragaman gulma air  dan hubungan keberadaan gulma air yang tumbuh pada DAS Cikeruh dan DAS Cikapundung Propinsi Jawa Barat dengan kualitas air yang tercemar limbah pertanian, limbah pemukiman, dan limbah industri.  Metode penelitian metode weed survey dengan cluster sampling  diletakkan pada komunitas vegetasi di daerah hulu, tengah, dan hilir  sungai. Hasil penelitian menunjukkan bahwa gulma dominan tumbuh di sungai Cikeruh adalah : Drymaria cordata (L), daerah tengah dan hilir adalah: Eleusine indica (L), sedangkan gulma di DAS  Cikapundung bagian hulu adalah Drymaria cordata (L), daerah tengah dan hilir  adalah …

Pengaruh Konsentrasi Pupuk Organik Cair (Poc) Dan Dosis Pupuk N, P, K Terhadap Pertumbuhan Dan Hasil Tanaman Jagung Manis (Zea Mays L. Var Rugosa Bonaf) Kultivar Talenta, S. Puspadewi, Wawan Sutari, Kusumiyati Kusumiyati

Jurnal Kultivasi

Percobaan bertujuan untuk mencari konsentrasi pupuk organik cair dan pupuk N, P, K yang terbaik  terhadap pertumbuhan dan hasil tanaman jagung manis kultivar Talenta. Percobaan dilaksanakan dari bulan Maret hingga Mei 2014 di Kebun Percobaan Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran, Jatinangor, Sumedang dengan ketinggian tempat ± 750 m di atas permukaan laut. Percobaan dilakukan menggunakan metode percobaan di lapangan dengan Rancangan Acak Kelompok (RAK) yang terdiri dari tujuh perlakuan dan diulang empat kali yaitu: 1 dosis rekomendasi pupuk N, P, K ; 1 kali konsentrasi  pupuk organik cair ; 2 kali konsentrasi pupuk organik cair ; 1 kali konsentrasi pupuk organik …

Pengaruh Pupuk Pelengkap Cair Dan Sistem Olah Tanah Terhadap Pertumbuhan Dan Hasil Kacang Tanah (Arachis Hypogaea L.) Kultivar Nkancil Pada Inceptisols Jatinangor, Aep Wawan Irwan, Fiky Yulianto Wicaksono

Jurnal Kultivasi

Percobaan ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh dosis pupuk pelengkap organik cair dan sistem olah tanah terhadap pertumbuhan dan hasil kacang tanah (Arachis hypogaea L.). Percobaan dilaksanakan di Kebun Percobaan Fakultas Pertanian, Universitas Padjadjaran, Jatinangor, dari bulan Januari 2015 sampai April 2015.Rancangan percobaan yang digunakan adalah rancangan acak kelompok (RAK) dengan 18 perlakuan dan 2 ulangan. Perlakuannya meliputi : kontrol (50 kg/ha Urea + 125 kg/ha SP-36 + 100 kg/ha KC1) + tanpa olah tanah, kontrol (50 kg/ha Urea + 125 kg/ha SP-36 + 100 kg/ha KC1) + pengolahan tanah minimum, kontrol (50 kg/ha Urea + 125 kg/ha SP-36 + 100 …

Pemanfaatan Empat Isolat Trichoderma Sp. Untuk Mengendalikan Penyakit Akar Gada Pada Tanaman Caisin, Melinda Yudha, L. Soesanto, E. Mugiastuti

Jurnal Kultivasi

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh aplikasi empat isolat Trichoderma sp. dalam mengendalikan penyakit akar gada serta pengaruhnya terhadap pertumbuhan dan hasil tanaman caisin. Penelitian ini dilaksanakan di lahan percobaan Fakultas Pertanian, Universitas Jenderal Soedirman, mulai Mei 2016 sampai bulan Juni 2016. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Kelompok (RAK), yang terdiri atas 7 perlakuan dan 4 ulangan. Perlakuan terdiri atas, kontrol diinokulasikan P. brassicae, kontrol tidak diinokulasikan P. brassicae, Trichoderma sp. isolat jahe, Trichoderma sp. isolat bawang, Trichoderma sp. isolat pisang, Trichoderma sp. isolat nenas, dan fungisida berbahan aktif Azoksistrobin dan Difenokonazol. Variabel yang diamati adalah masa inkubasi, intensitas penyakit …

Pertumbuhan Eksplan Meristem Bawang Putih (Allium Sativum L.) Kultivar Tawangmangu Pada Berbagai Komposisi Kinetin Dan Ga3 In Vitro, Y. Sholihin, Erni Suminar, Wieny Heriliya Rizky, G. G. Pitaloka

Jurnal Kultivasi

Bawang putih merupakan komoditas penting di Indonesia. Indonesia merupakan negara terbesar pengimpor bawang putih. Permasalahan yang dihadapi dalam teknik produksi benih secara konvensional menjadi salah satu faktor pembatas tidak optimalnya pengembangan dan penyebaran benih tersebut. Produksi benih  in vitro dapat dijadikan sebagai metode alternatif dalam perbanyakan benih sumber kultivar unggul. Penelitian ini bertujuanuntuk mendapatkan komposisi kinetin dan GA3 terbaik pada media dasar MS untuk regenerasi eksplan meristemsecara in vitro.Penelitian dilaksanakan di Laboratorium Kultur JaringanBalai Pengembangan Benih Hortikultura dan Aneka Tanaman Pasir Banteng, Kecamatan Jatinangor, Kabupaten Sumedang, Provinsi Jawa Barat, yang berlangsung dari bulan April hingga Juli 2015. Eksplan yang digunakan …

Analyzing And Modeling The Dysfunction Of Inhibitory Neurons In Alzheimer’S Disease, Carlos Perez, Jokubas Ziburkus, Ghamim Ullah

Physics Faculty Publications

Alzheimer’s disease (AD) is characterized by the abnormal proteolytic processing of amyloid precursor protein, resulting in increased production of a self-aggregating form of beta amyloid (Aβ). Several lines of work on AD patients and transgenic mice with high Aβ levels exhibit altered rhythmicity, aberrant neuronal network activity and hyperexcitability reflected in clusters of hyperactive neurons, and spontaneous epileptic activity. Recent studies highlight that abnormal accumulation of Aβ changes intrinsic properties of inhibitory neurons, which is one of the main reasons underlying the impaired network activity. However, specific cellular mechanisms leading to interneuronal dysfunction are not completely …

Pengaruh Konsentrasi Giberelin Dan Pupuk Organik Cair Asal Rami Terhadap Pertumbuhan Dan Hasil Tanaman Rami (Boehmeria Nivea (L.) Gaud) Klon Ramindo 1, Cucu Suherman, Anne Nuraini, R. Damayanthi

Jurnal Kultivasi

ABSTRAKRami adalah salah satu jenis tanaman penghasil serat yang memiliki potensi hasil lebih tinggi dibanding tanaman kapas. Salah satu faktor penentu tinggi rendahnya hasil adalah panjang dan jumlah serat, yang antara lain ditentukan oleh tinggi dan diameter batang tanaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh konsentrasi giberelin dan pupuk organik cair rami serta memperoleh salah satu kombinasi konsentrasi giberelin dan POC rami yang memberikan pengaruh terbaik pada pertumbuhan dan hasil serat tanaman rami klon Ramindo 1. Percobaan dilaksanakan dari bulan Januari 2016 sampai bulan Maret 2016 di kebun percobaan CiparanjeFaperta  Universitas Padjadjaran, Jatinangor, dengan ketinggian tempat mencapai  829 m di …

Aplikasi Pupuk Organik Terhadap Hasil Kacang Hijau (Vigna Radiate L.) Di Ultisol, Ida Widiyawati, T. Harjoso, T. T. Taufik

Jurnal Kultivasi

Permasalahan budidaya kacang hijau di Indonesia adalah produktivitas yang masih rendah dan lahan budidaya yang terbatas, sehingga dapat diatasi dengan mengoptimalkan lahan marginal seperti tanah ultisol untuk kegiatan budidaya kacang hijau. Tujuan pene-litian ini adalah untuk mengetahui varietas kacang hijau dan jenis pupuk organik yang mampu menghasilkan produksi tinggi di tanah ultisol. Penelitian dilakukan menggunakan polibag di Screen House, Fakultas Pertanian, Universitas Jenderal Soedirman pada bulan Juli-September 2015. Penelitian menggunakan Rancangan Acak Kelompok Lengkap (RAKL) dengan dua faktor. Faktor pertama adalah varietas kacang hijau yang terdiri atas tiga varietas, yaitu Vima 1, Betet, dan Murai. Faktor kedua adalah jenis pupuk, …

Pertumbuhan Dan Hasil Padi Gogo Hubungannya Dengan Kandungan Prolin Dan 2-Acetyl-1-Pyrroline Pada Kondisi Kadar Air Tanah Berbeda, A. Y. Rahayu, T. A.D. Haryanto, S. N. Iftitah

Jurnal Kultivasi

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui respons varietas padi gogo pada kadar air tanah berbeda terhadap pertumbuhan, hasil dan kandungan prolin dan 2-acetyl-1-pyrroline biji. Penelitian dilaksanakan di Universitas Tidar Magelang mulai bulan September 2012 sampai dengan Maret 2013. Percobaan menggunakan Rancangan Acak Kelompok Lengkap terdiri atas dua faktor yaitu varietas padi gogo (Inpago Unsoed-1, galur JSPGA 136, varietas Situ-bagendit (non-aromatik) dan varietas Mentik Wangi) dan tingkat kadar air tanah (100 % kapasitas lapang dan 50 % kapasitas lapang). Variabel pengamatan meliputi: tinggi tanaman (cm), jumlah anakan total per rumpun (batang), jumlah anakan produktif (batang), total panjang akar (m), umur berbunga (hst), …

Aplikasi Pupuk Organik Cair Pada Tanaman Kentang Varietas Granola Di Dataran Medium, Hidayati Karamina, Wahyu Fikrinda

Jurnal Kultivasi

Kentang merupakan tanaman semusim dengan berbentuk menyemak dan memiliki sifat menjalar. Salah satu alternative upaya untuk meningkatkan hasil produktivitas kentang yaitu adalah penanaman kentang pada dataran medium. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan jenis jenis dan takaran pupuk organik cair yang optimum dalam meningkatkan produksi kentang di dataran medium sehingga dari efektivitas itulah diharapkan pertumbuhan dan produktivitas kentang mampu optimal. Penelitian ini menggunakan Rancangan Acak Kelompok dengan 3 ulangan dengan 11 perlakuan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pupuk organik cair BIO-As dengan dosis 25 ml.l -1 mampu meningkatkan pertumbuhan tinggi tanaman, jumlah daun, jumlah batang,  dan bobot total tanaman kentang. …

Rerspon Tanaman Hanjeli (Coix Lacryma-Jobi L.) Akibat Kombinasi Jarak Tanam Dengan Dosis Pupuk Organik Cair Di Kecamatan Rancakalong, Agus Wahyudin, Ruminta Ruminta, Yuyun Yuwariah, M. Fauzi

Jurnal Kultivasi

Pertambahan jumlah penduduk yang sangat besar menyebabkan kebutuhan pangan meningkat.Salah satu alternatif yang dapat dijadikan solusi adalah program diversifikasi pangan.Hanjeli adalah salah satu tanaman pangan alternatif, namun petani belum mendalami teknik budidaya tanaman ini terutama pemupukan.Oleh karena itu dilakukan suatu upaya untuk meningkatkan pertumbuhan dan hasil hanjeli dengan kombinasi jarak tanam dengan dosis pupuk organik cair.Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh kombinasi jarak tanam dengan dosis pupuk organik cair untuk meningkatkan hasil tanaman hanjeli. Percobaan dilaksanakan di Desa Pasir Biru, Kecamatan Rancakalong, Kabupaten Sumedang pada bulan Desember 2015 sampai dengan Mei 2016. Bibit Hanjeli yang dipergunakan adalah Hanjeli Pulut aksesi 37.Rancangan …

Pertumbuhan Dan Hasil Gandum (Triticum Aestivum L.) Yang Diberi Perlakuan Pupuk Silikon Dengan Dosis Yang Berbeda Di Dataran Medium Jatinangor, Fiky Yulianto Wicaksono, Yudithia Maxiselly, Oviyanti Mulyani, M. I. Janitra

Jurnal Kultivasi

Pemberian silikat diketahui dapat meningkatkan aktivitas antioksidan, stabilitas membran sel, dan kandungan klorofil meningkat sehingga dapat mengatasi cekaman panas. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dosis silikon yang optimum terhadap pertumbuhan dan hasil tanaman gandum yang maksimum di dataran medium. Percobaan dilakukan sejak Maret hingga Agustus 2016 di Kebun Percobaan Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran, Jatinangor, dengan ketinggian tempat yaitu ± 750 m di atas permukaan laut. Rancangan percobaan adalah Rancangan Acak Kelompok, terdiri dari 7 perlakuan dosis pupuk silika yang diulang 3 kali. Perlakuan terdiri dari 0, 50, 100, 150, 200, 250, dan 300 kg ha-1. Perbedaan nilai rata-rata taraf diuji …

Aplikasi Sitokinin Untuk Pematahan Dormansi Benih Kentang G1 (Solanum Tuberosum L.), Anne Nuraini, Sumadi Sumadi, R. Pratama

Jurnal Kultivasi

Kentang merupakan komoditas pertanian yang mempunyai arti penting di dunia. Kentang mempunyai berbagai macam keunggulan seperti sumber protein yang tinggi, tidak mudah rusak seperti sayuran lain, dan berpotensi dalam program diversivikasi pangan. Salah satu kendala dalam produksi kentang adalah adanya fase dormansi pada masa pertumbuhan kentang. Upaya mempercepat masa dormansi tanaman adalah dengan penambahan hormon pemacu pertumbuhan. Sitokinin merupakan salah satu hormon pemacu pertumbuhan yang berperan dalam pembelahan sel. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh konsentrasi sitokinin terhadap dormansi benih kentang. Penelitian ini dilakukan di laboratorium Teknologi Benih Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran. Sitokinin yang digunakan pada penelitian ini …

Winner's Curse Correction And Variable Thresholding Improve Performance Of Polygenic Risk Modeling Based On Genome-Wide Association Study Summary-Level Data, Jianxin Shi, Ju-Hyun Park, Jubao Duan, Sonja T. Berndt, Winton Moy, Kai Yu, Lei Song, William Wheeler, Xing Hua, Debra Silverman, Montserrat Garcia-Closas, Chao Agnes Hsiung, Jonine D. Figueroa, Victoria K. Cortessis, Nuria Malats, Margaret R. Karagas

Dartmouth Scholarship

Recent heritability analyses have indicated that genome-wide association studies (GWAS) have the potential to improve genetic risk prediction for complex diseases based on polygenic risk score (PRS), a simple modelling technique that can be implemented using summary-level data from the discovery samples. We herein propose modifications to improve the performance of PRS. We introduce threshold-dependent winner’s-curse adjustments for marginal association coefficients that are used to weight the single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in PRS. Further, as a way to incorporate external functional/annotation knowledge that could identify subsets of SNPs highly enriched for associations, we propose variable thresholds for SNPs selection. We applied …

Influence Of Maternal Breast Milk Ingestion On Acquisition Of The Intestinal Microbiome In Preterm Infants, Katherine E Gregory, Buck S Samuel, Pearl Houghteling, Guru Shan, Frederick M Ausubel, Ruslan I Sadreyev, W Allan Walker

Faculty, Staff and Students Publications

BACKGROUND: The initial acquisition and early development of the intestinal microbiome during infancy are important to human health across the lifespan. Mode of birth, antibiotic administration, environment of care, and nutrition have all been shown to play a role in the assembly of the intestinal microbiome during early life. For preterm infants, who are disproportionately at risk of inflammatory intestinal disease (i.e., necrotizing enterocolitis), a unique set of clinical factors influence the establishment of the microbiome. The purpose of this study was to establish the influence of nutritional exposures on the intestinal microbiome in a cohort of preterm infants early …

Cullin-4 Regulates Wingless And Jnk Signaling-Mediated Cell Death In The Drosophila Eye., Meghana Tare, Ankita Sarkar, Shimpi Bedi, Madhuri Kango-Singh, Amit Singh

Biology Faculty Publications

In all multicellular organisms, the fundamental processes of cell proliferation and cell death are crucial for growth regulation during organogenesis. Strict regulation of cell death is important to maintain tissue homeostasis by affecting processes like regulation of cell number, and elimination of unwanted/unfit cells. The developing Drosophila eye is a versatile model to study patterning and growth, where complex signaling pathways regulate growth and cell survival. However, the molecular mechanisms underlying regulation of these processes is not fully understood. In a gain-of-function screen, we found that misexpression of cullin-4 (cul-4), an ubiquitin ligase, can rescue reduced eye mutant phenotypes. Previously, …

Exploring Knowledge, Beliefs And Practices Of Radon Gas Exposure Among Public Health Workers, Paschal Nwako

Seton Hall University Dissertations and Theses (ETDs)

Radon gas exposure is the highest cause of lung cancer among people that never smoked in the United States. People exposed to elevated levels of radon had a higher risk of developing lung cancer. Achieving the long term goal of the Indoor Radon Abatement Act (IRAA) of 1988 require a combined efforts of government agencies. Public health workers are change agents and their role in protecting and improving the health of their communities are well documented. This study created and utilized a multi question survey, the Public Health Workers Radon Assessment Instrument (PHWRAI) to explore knowledge, beliefs, personal and professional …

Connecting Culturally And Spiritually To Healthy Eating: A Community Assessment With Native Hawaiians, Mary Frances Oneha, Joan Dodgson, Mabel Ho`Oipo Decambra, Carol Titcomb, Rachelle Enos, Sandie Morimoto-Ching

Asian/Pacific Island Nursing Journal

Many of the chronic illnesses disproportionately experienced by Native Hawaiians are directly related to poor diets and long-standing obesity beginning in childhood. We report on the findings of in-depth key informant interviews (N = 14) that took place in two Native Hawaiian communities as part of a larger, community-based participatory research study that included a community assessment through individual interviews and focused group discussions, and a pilot intervention targeting pregnant women, their infants, and families. Four categories emerged from the qualitative analysis of interview transcripts that described an understanding of “healthy eating”: family roles and responsibilities, aspects of community …

Recent Diatoms Reported From The Central United States: Register Of Taxa And Synonyms, Mark E. Eberle

Biological Sciences Faculty Publications

This list of diatoms summarizes information for more than 1000 taxa and synonyms reported in published accounts of collections made in the central United States, principally within the states of Kansas, Nebraska, and Oklahoma, but also including adjacent areas in eastern Colorado and western Missouri. The objective was to provide people working on diatom projects in this region with a base reference to help them assess the results of their research. Records from Master’s theses and references focused on fossil diatoms were not incorporated into this list. Specimens were not examined, so taxa presented here are those reported in the …

Expansion Of The Molecular And Morphological Diversity Of Acanthamoebidae (Centramoebida, Amoebozoa) And Identification Of A Novel Life Cycle Type Within The Group, Alexander Tice, Lora Shadwick, Anna Maria Fiore-Donno, Stefen Geisen, Seungho Kang, Gabriel Schuler, Frederick Spiegel, Katherine Wilkinson, Michael Bonkowski, Kenneth Dumack, Daniel Lahr, Eckhard Voelcker, Steffen Claub, Junling Zhang, Matthew Brown

Faculty Publications, Biological Sciences

Background Acanthamoebidae is a “family” level amoebozoan group composed of the genera Acanthamoeba, Protacanthamoeba, and very recently Luapeleamoeba. This clade of amoebozoans has received considerable attention from the broader scientific community as Acanthamoeba spp. represent both model organisms and human pathogens. While the classical composition of the group (Acanthamoeba + Protacanthamoeba) has been well accepted due to the morphological and ultrastructural similarities of its members, the Acanthamoebidae has never been highly statistically supported in single gene phylogenetic reconstructions of Amoebozoa either by maximum likelihood (ML) or Bayesian analyses. Results Here we show using a phylogenomic approach that the Acanthamoebidae is …