Life Sciences Commons^™

Reusable Generic Clinical Decision Support System Module For Immunization Recommendations In Resource-Constraint Settings, Samuil Orlioglu, Akash Shanmugan Boobalan, Kojo Abanyie, Richard D Boyce, Hua Min, Yang Gong, Dean F Sittig, Paul Biondich, Adam Wright, Christian Nøhr, Timothy Law, David Robinson, Arild Faxvaag, Nina Hubig, Ronald Gimbel, Lior Rennert, Xia Jing

Faculty, Staff and Student Publications

Clinical decision support systems (CDSS) are routinely employed in clinical settings to improve quality of care, ensure patient safety, and deliver consistent medical care. However, rule-based CDSS, currently available, do not feature reusable rules. In this study, we present CDSS with reusable rules. Our solution includes a common CDSS module, electronic medical record (EMR) specific adapters, CDSS rules written in the clinical quality language (CQL) (derived from CDC immunization recommendations), and patient records in fast healthcare interoperability resources (FHIR) format. The proposed CDSS is entirely browser-based and reachable within the user's EMR interface at the client-side. This helps to avoid …

Temporal Ensemble Logic For Integrative Representation Of The Entirety Of Clinical Trials, Xiaojin Li, Yan Huang, Rashmie Abeysinghe, Zenan Sun, Hongyu Chen, Pengze Li, Xing He, Shiqiang Tao, Cui Tao, Jiang Bian, Licong Cui, Guo-Qiang Zhang

Faculty, Staff and Student Publications

Clinical trials are typically specified with protocols that define eligibility criteria, treatment regimens, follow-up schedules, and outcome assessments. Temporality is a hallmark of all clinical trials, reflected within and across trial components, with complex dependencies unfolding across multiple time points. Despite their importance, clinical trial protocols are described in free-text format, limiting their semantic precision and the ability to support automated reasoning, leverage data across studies and sites, or simulate trial execution under varying assumptions using Real-World Data. This paper introduces a formalized representation of clinical trials using Temporal Ensemble Logic (TEL). TEL incorporates metricized modal operators, such as “always …

Rank Aggregation Methods And Tools In Genomic Data Analysis, Wenping Zou, Savannah Mwesigwa, Sayed-Rzgar Hosseini, Zhongming Zhao

Faculty, Staff and Student Publications

Rank aggregation (RA) is the process of consolidating disparate rankings into a single unified ranking. It holds immense potential in the field of genomics. RA has applications in diverse research areas, such as gene expression analysis, meta-analysis, gene prioritization, and biomarker discovery. However, there are many challenges in the application of the RA approach to biological data, such as dealing with heterogeneous data sources, rankings of mixed quality, and evaluating the consolidated rankings. In this review, we present an overview of the existing RA methods with an emphasis on those that have been tailored to the complexities of genomics research. …

Session Introduction: Translating Big Data Imaging Genomics Findings To The Individual: Prediction Of Risks And Outcomes In Neuropsychiatric Illnesses, Peter Kochunov, Li Shen, Zhongming Zhao, Paul M Thompson

Faculty, Staff and Student Publications

This PSB 2025 session is focused on opportunities, challenges and solutions for translating Big Data Imaging Genomic findings toward powering decision making in personalized medicine and guiding individual clinical decisions. It combines many of the scientific directions that are of interest to PSB members including Big Data analyses, pattern recognition, machine learning and AI, electronic health records and others.

Gene Expression Changes In Human Cerebral Arteries Following Hemoglobin Exposure: Implications For Vascular Responses In Sah, Chathathayil M Shafeeque, Arif O Harmanci, Sithara Thomas, Ari C Dienel, Devin W Mcbride, Kumar T Peeyush, Spiros L Blackburn

Faculty, Staff and Student Publications

Subarachnoid hemorrhage (SAH), characterized by the presence of hemoglobin (Hb) in the subarachnoid space, significantly impacts cerebral vessels, leading to various pathological outcomes. The toxicity of cell-free Hb released from erythrocytes and its metabolites after SAH causes vasoconstriction and neuronal damage, and correlates with delayed ischemic neurological deficits (DIND). While animal models have provided substantial and invaluable data in the research of aneurysmal SAH, the specific effects of subarachnoid blood on cerebral arteries remain greatly understudied. Here, we describe the changes in the genetic profile of human cerebral arteries exposed to free Hb for 48 h. We performed an ex …

A Bayesian Deep Segmentation Framework For Glioblastoma Tumor Segmentation Using Follow-Up Mris, Tanjida Kabir, Kang-Lin Hsieh, Luis Nunez, Yu-Chun Hsu, Juan C Rodriguez Quintero, Octavio Arevalo, Kangyi Zhao, Jay-Jiguang Zhu, Roy F Riascos, Mahboubeh Madadi, Xiaoqian Jiang, Shayan Shams

Faculty, Staff and Student Publications

Background: Glioblastoma (GBM) is the most common malignant brain tumor with an abysmal prognosis. Since complete tumor cell removal is impossible due to the infiltrative nature of GBM, accurate measurement is paramount for GBM assessment. Preoperative magnetic resonance images (MRIs) are crucial for initial diagnosis and surgical planning, while follow-up MRIs are vital for evaluating treatment response. The structural changes in the brain caused by surgical and therapeutic measures create significant differences between preoperative and follow-up MRIs. In clinical research, advanced deep learning models trained on preoperative MRIs are often applied to assess follow-up scans, but their effectiveness in this …

Examining Educational And Career Transition Points Among A Diverse, Virtual Mentoring Network, Erika L Thompson, Toufeeq Ahmed Syed, Zainab Latif, Katie Stinson, Damaris Javier, Gabrielle Saleh, Jamboor K Vishwanatha

Faculty, Staff and Student Publications

Given the differences in trajectory for under-represented minorities in biomedical careers, we sought to explore how a virtual mentoring program, the National Research Mentoring Network (NRMN), and its platform (MyNRMN), may facilitate transitions in the science, technology, engineering, mathematics, and medicine (STEMM) pipeline. The purpose of this study was to describe how the size of an MyNRMN member’s mentoring network and level of engagement correlate with academic and career transitions. We examined MyNRMN platform user data from March 2020 to May 2021 (n = 2993). Logistic regression estimated the odds of a career or academic transition related to NRMN …

Deep5mc: Predicting 5-Methylcytosine (5mc) Methylation Status Using A Deep Learning Transformer Approach, Evan Kinnear, Houssemeddine Derbel, Zhongming Zhao, Qian Liu

Faculty, Staff and Student Publications

DNA methylations, such as 5-methylcytosine (5mC), are crucial in biological processes, and aberrant methylations are strongly linked to various human diseases. Genomic 5mC is not randomly distributed but exhibits a strong association with genomic sequences. Thus, various computational methods were developed to predict 5mC status based on DNA sequences. These methods generated promising achievements and overcome the limitations of experimental approaches. However, few studies have comprehensively investigated the dependency of 5mC on genomic sequences, and most existing methods focus on specific genomic regions. In this work, we introduce Deep5mC, a deep learning transformer-based method designed to predict 5mC methylations. Deep5mC …

Mmrt: Multimut Recursive Tree For Predicting Functional Effects Of High-Order Protein Variants From Low-Order Variants, Bryce Forrest, Houssemeddine Derbel, Zhongming Zhao, Qian Liu

Faculty, Staff and Student Publications

Protein sequences primarily determine their stability and functions. Mutations may occur at one, two, or three positions at the same time (low-order variants) or at multiple positions simultaneously (high-order variants), which affect protein functions. So far, low-order variants, such as single variants, double variants, and triple variants, have been well-studied through high-throughput experimental scanning techniques and computational prediction methods. However, research on high-order variants remains limited because of the difficulty of scanning an exponentially large number of potential variant combinations. Nonetheless, studying higher-order variants is crucial for understanding the pathogenesis of complex diseases, advancing protein engineering, and driving precision medicine. …

Enhancing The Utility Of Polygenic Scores In Alzheimer’S Disease Through Systematic Curation And Annotation, Savannah Mwesigwa, Yulin Dai, Nitesh Enduru, Zhongming Zhao

Faculty, Staff and Student Publications

Introduction: Polygenic Scores (PGSs) assess cumulative genetic risk variants that contribute to the association with complex diseases like Alzheimer's Disease (AD). The PGS Catalog is a valuable repository of PGSs of various complex diseases, but it lacks standardized annotations and harmonization, making the information difficult to integrate for a specific disease.

Methods: In this study, we curated 44 PGS datasets for AD from the PGS Catalog, categorized them into five methodological groups, and annotated 813,257 variants to nearby genes. We aligned the scores based on the "GWAS significant variants" (GWAS-SV) method with the GWAS Catalog and flagged redundant files and …

Investigating The Impact Of Social Determinants Of Health On Diagnostic Delays And Access To Antifibrotic Treatment In Idiopathic Pulmonary Fibrosis, Rui Li, Qiuhao Lu, Andrew Wen, Jinlian Wang, Sunyang Fu, Xiaoyang Ruan, Liwei Wang, Hongfang Liu

Faculty, Staff and Student Publications

Idiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a rare disease that is challenging to diagnose. Patients with IPF often spend years awaiting a diagnosis after the onset of initial respiratory symptoms, and only a small percentage receive antifibrotic treatment. In this study, we examine the associations between social determinants of health (SDoH) and two critical factors: time to IPF diagnosis following the onset of initial respiratory symptoms, and whether the patient receives antifibrotic treatment. To approximate individual SDoH characteristics, we extract demographic-specific averages from zip code-level data using the American Community Survey (via the U.S. Census Bureau API). Two classification models are …

Development And Validation Of Natural Language Processing Algorithms In The National Enact Network, Yanshan Wang, Jordan Hilsman, Chenyu Li, Michele Morris, Paul M Heider, Sunyang Fu, Min Ji Kwak, Andrew Wen, Joseph R Applegate, Liwei Wang, Elmer Bernstam, Hongfang Liu, Jack Chang, Daniel R Harris, Alexandria Corbeau, Darren Henderson, John Osborne, Richard E Kennedy, Nelly-Estefanie Garduno-Rapp, Justin F Rousseau, Chao Yan, You Chen, Mayur B Patel, Tyler J Murphy, Bradley A Malin, Chan Mi Park, Jungwei W Fan, Sunghwan Sohn, Sandeep Pagali, Yifan Peng, Aman Pathak, Yonghui Wu, Zongqi Xia, Salvatore Loguercio, Steven E Reis, Shyam Visweswaran

Faculty, Staff and Student Publications

Objective: Electronic Health Record (EHR) data are critical for advancing translational research and AI technologies. The ENACT network offers access to structured EHR data across 57 CTSA hubs. However, substantial information is contained in clinical narratives, requiring natural language processing (NLP) for research. The ENACT NLP Working Group was formed to make NLP-derived clinical information accessible and queryable across the network.

Methods: We established the ENACT NLP Working Group with 13 sites selected based on criteria including clinical notes access, IT infrastructure, NLP expertise, and institutional support. We divided sites into five focus groups targeting clinical tasks within disease contexts. …

Epidemiology Of Patient Record Duplication, Onur Sahin, Audrey Zhao, Reuben Joseph Applegate, Todd R Johnson, Elmer V Bernstam

Faculty, Staff and Student Publications

Objectives: Duplicate patient records can increase costs and medical errors. We assessed the association between demographic factors, comorbidities, health care usage, and duplicate electronic health records.

Methods: We analyzed the association between duplicate patient records and multiple demographic variables (race, Hispanic ethnicity, sex, and age) as well as the Charlson Comorbidity Index (CCI), number of diagnoses, and number of health care encounters. The study population included 3,018,413 patients seen at a large urban academic medical center with at least one recorded diagnosis. Duplication of patient medical records was determined by using a previously validated enterprise Master Person Index.

Results: Unknown …

การวิเคราะห์เมตาโบโลมิกส์ในน้ำนมเหลืองและน้ำนมจากแม่สุกรที่ได้รับอาหารเสริมซินไบโอติก, เมธาพร เจือจันทร์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ปัจจุบันมีการใช้สารเสริมอาหารสัตว์ในกลุ่มจุลินทรีย์โพรไบโอติกและซินไบโอติกเพื่อทดแทนการใช้สารปฏิชีวนะและลดปัญหาการเกิดเชื้อดื้อยาในอุตสาหกรรมการผลิตสุกร ซึ่งสารเสริมชีวนะดังกล่าวส่งผลในเชิงการส่งเสริมสุขภาพของแม่สุกร เพิ่มประสิทธิภาพในการสังเคราะห์องค์ประกอบและสารภูมิคุ้มกันในน้ำนม รวมทั้งช่วยลดอัตราการเกิดโรคท้องเสียในลูกสุกร อย่างไรก็ตาม การศึกษาข้อมูลสารชีวโมเลกุลขนาดเล็กหรือสารเมตาบอไลต์ในน้ำนมจากแม่สุกรที่ได้รับอาหารเสริมซินไบโอติกยังมีอยู่อย่างจำกัด ดังนั้น งานวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อวิเคราะห์และเปรียบเทียบข้อมูลสารชีวโมเลกุลในน้ำนมจากแม่สุกรที่ได้รับอาหารที่มีการเสริมซินไบโอติก โดยพิจารณาร่วมกับอิทธิพลของระยะการให้นมและอิทธิพลจากลำดับครอกที่แตกต่างกันของแม่สุกร ผลการวิจัยพบว่าสามารถระบุชนิดของสารเมตาบอไลต์และกรดไขมันในตัวอย่างน้ำนมสุกรได้ทั้งหมด 47 และ 23 สาร โดยใช้เทคนิค 1H-NMR และ GC-FID ตามลำดับ ผลการวิเคราะห์ทางสถิติพหุตัวแปรแสดงให้เห็นว่าอิทธิพลจากระยะการให้นมส่งผลต่อการเปลี่ยนแปลงข้อมูลสารชีวโมเลกุลในน้ำนมสุกรอย่างชัดเจน เมื่อพิจารณาตัวอย่างน้ำนมที่เก็บในระยะเดียวกัน พบว่าอิทธิพลของการได้รับอาหารเสริมซินไบโอติกส่งผลต่อความแตกต่างของข้อมูลสาร เมตาบอไลต์ในตัวอย่างน้ำนมเหลืองและน้ำนมในวันที่ 10 เท่านั้น แต่อิทธิพลดังกล่าวส่งผลต่อการเปลี่ยนแปลงข้อมูลกรดไขมันตลอดทุกช่วงระยะการให้นม โดยสามารถใช้การเปลี่ยนแปลงปริมาณสัมพัทธ์ของ adenine, hypoxanthine, taurine, linolenic acid, linoleic acid และ lauric acid เป็นตัวบ่งชี้ทางชีวภาพเพื่อระบุความแตกต่างของน้ำนมจากแม่สุกรที่ได้รับอาหารเสริมซินไบโอติกได้ ทั้งนี้อิทธิพลจากลำดับครอกของแม่สุกรไม่ส่งผลต่อความแตกต่างของข้อมูลสารเมตาบอไลต์ แต่ส่งผลต่อความแตกต่างของข้อมูลกรดไขมันอย่างชัดเจนตลอดทุกช่วงระยะการให้นม โดยเฉพาะในแม่สุกรกลุ่มที่ได้รับอาหารเสริมซินไบโอติก ผลการวิจัยนี้แสดงให้เห็นถึงการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีเมตาโบโลมิกส์ในการศึกษาการเปลี่ยนแปลงข้อมูลสารชีวโมเลกุลในน้ำนมสุกร และระบุชนิดของตัวบ่งชี้ทางชีวภาพต่ออิทธิพลของการได้รับอาหารเสริมซินไบโอติกได้อย่างมีประสิทธิภาพ

ผลกระทบของไมโครพลาสติกต่อปะการังดอกกะหล่ำ Pocillopora Damicornis (Linnaeus, 1758) ในแต่ละช่วงอายุ, กลวัชร จันทร์หอม

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ไมโครพลาสติก (Microplastics) คือ พลาสติกที่มีขนาดเล็กกว่า 5 มิลลิเมตร เป็นปัญหาสำคัญที่ส่งผลต่อสิ่งแวดล้อมและสิ่งมีชีวิตต่าง ๆ ไมโครพลาสติกเกิดการสะสมได้ในบริเวณแนวชายฝั่ง ส่งผลกระทบต่อระบบนิเวศที่สำคัญในบริเวณ คือ ระบบนิเวศปะการัง งานวิจัยนี้ได้ทำการทดลองผลของไมโครพลาสติกต่อปะการังดอกกะหล่ำ Pocillopora damicornis (Linnaeus, 1758) ซึ่งปะการังที่พบได้ทั่วไปตามแนวปะการังและเป็นปะการังที่มีส่วนสำคัญในการสร้างแนวปะการัง ทำการศึกษาผลกระทบของไมโครพลาสติก PVC (polyvinyl chloride) ขนาด 100-250 และ 251-400 ไมโครเมตร ที่ความเข้มข้น 5 ระดับ ได้แก่ 0 (ชุดควบคุม), 0.0005, 0.001, 0.005 และ 0.01 กรัมต่อลิตร ที่มีต่อตัวอ่อนของปะการัง ทั้งนี้ เมื่อสิ้นสุดการทดลอง (96 ชั่วโมง) พบว่า ปะการังในชุดการทดลองไมโครพลาสติกขนาด 251-400 ไมโครเมตรที่ระดับความเข้มข้น 0. กรัม/ลิตร มีอัตรารอดต่ำที่สุด (85±5 เปอร์เซ็นต์) และมีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญเมื่อเทียบกับชุดควบคุม ในส่วนอัตราการลงเกาะพบว่า แต่ละชุดทดลองมีอัตราการลงเกาะของตัวเกาะใกล้เคียงกันและไม่ต่ำกว่า 67 เปอร์เซ็นต์ และไม่พบความแตกต่างทางสถิติในแต่ละชุดทดลอง สำหรับผลของไมโครพลาสติกต่อปะการังโตเต็มวัย เมื่อสิ้นสุดการทดลอง (96 ชั่วโมง) พบว่า ไมโครพลาสติกไม่ส่งผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญต่ออัตรารอดของปะการัง (ชิ้นส่วนของกิ่งปะการัง) แต่เมื่อนำชิ้นส่วนปะการังมาย่อย พบไมโครพลาสติกชนิดที่นำมาทดลองสะสมภายในเนื้อเยื่อปะการังเท่านั้น โดยพบไมโครพลาสติกขนาด 100-250 ไมโครเมตร สะสมในชุดทดลองที่ความเข้มข้น 0.005 และ 0.01 กรัม/ลิตร โดยปริมาณของไมโครพลาสติกที่พบเท่ากับ 0.06±0.12 และ 0.80±0.34 ชิ้นต่อ 100 โพลิป ตามลำดับ

แบบจำลองเชิงตัวเลขการกระจายและการสะสมตัวของขยะพลาสติกลอยน้ำบริเวณชายฝั่งภาคตะวันออกของประเทศไทย, จิราภา อังศุวรพฤกษ์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ขยะทะเลเป็นปัญหาสำคัญที่ส่งผลกระทบต่อสิ่งมีชีวิต ระบบนิเวศ และเศรษฐกิจชายฝั่ง ประเทศไทยเป็นประเทศหนึ่งที่มีการปล่อยขยะลงสู่ทะเลในปริมาณสูง โดยเฉพาะพื้นที่ชายฝั่งภาคตะวันออกของอ่าวไทย ซึ่งเป็นพื้นที่ที่มีการพัฒนาอย่างรวดเร็วทั้งทางด้านอุสาหกรรม การท่องเที่ยว การประมง และการตั้งถิ่นฐานตามแนวชายฝั่ง ปัจจุบันปริมาณขยะในทะเลมีแนวโน้มเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะขยะพลาสติกซึ่งมีคุณสมบัติย่อยสลายยากและมีน้ำหนักเบา ส่งผลให้ขยะสามารถแพร่กระจายและสะสมตัวในบริเวณกว้าง โดยมีกระแสน้ำเป็นปัจจัยสำคัญที่ควบคุมการเคลื่อนที่ ในการศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษารูปแบบการกระจายและการสะสมตัวของขยะพลาสติกที่ลอยอยู่บนผิวน้ำในบริเวณอ่าวไทยฝั่งตะวันออก ภายใต้กระแสน้ำที่ได้รับแรงขับจากน้ำขึ้นน้ำลง ลม และคลื่น โดยใช้แบบจำลองเชิงตัวเลข Delft3D แบบสองมิติ วิธีการศึกษาแบ่งออกเป็น 3 ส่วน คือ (1) การจำลองการไหลเวียนของกระแสน้ำในอ่าวไทยด้วยแบบจำลองอุทกพลศาสตร์ (Delft3D-FLOW) ร่วมกับแบบจำลองคลื่น (Delft3D-WAVE) (2) การจำลองการเคลื่อนที่ของทุ่นลอย (drogue) เพื่อวิเคราะห์จุดปล่อยทุ่นที่มีแนวโน้มเคลื่อนที่เข้าสู่ชายฝั่งด้านตะวันออกของอ่าวไทย โดยพิจารณาแหล่งกำเนิดของขยะที่ปากแม่น้ำในบริเวณอ่าวไทยและประเทศใกล้เคียง และ (3) การจำลองการกระจายตัวและการสะสมตัวของขยะพลาสติกลอยน้ำด้วยแบบจำลองการติดตามอนุภาค (Delft3D-PART) ผลการศึกษาพบว่า การไหลเวียนของกระแสน้ำในอ่าวไทยมีความสอดคล้องกับฤดูมรสุม โดยในช่วงมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ กระแสน้ำมีลักษณะการไหลแบบตามเข็มนาฬิกา ส่วนช่วงมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ กระแสน้ำไหลแบบทวนเข็มนาฬิกา และในช่วงเปลี่ยนฤดูมรสุม กระแสน้ำมีลักษณะการไหลที่แปรปรวนและมีกระแสน้ำหมุนวนขนาดเล็ก (gyre) ในหลายพื้นที่ ซึ่งกระแสน้ำจะส่งผลโดยตรงต่อการกระจายและการสะสมตัวของขยะพลาสติกลอยน้ำ โดยขยะที่มีแหล่งกำเนิดจากปากแม่น้ำบริเวณอ่าวไทยตอนในและพื้นที่บางส่วนของอ่าวไทยฝั่งตะวันตก ส่วนใหญ่มีการกระจายตัวอยู่ในบริเวณอ่าวไทยตอนใน และเคลื่อนที่ไปตามแนวชายฝั่งด้านตะวันออก โดยเฉพาะบริเวณจังหวัดชลบุรี ในขณะที่ขยะจากอ่าวไทยฝั่งตะวันออกจะเคลื่อนที่ตามแนวชายฝั่งด้านตะวันออก โดยมีขยะบางส่วนถูกพัดเข้าสู่อ่าวไทยตอนในในช่วงมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ และสำหรับการสะสมตัวของขยะพบว่าขยะที่ถูกปล่อยจากอ่าวไทยตอนในมีการสะสมตัวสูงในบริเวณชายฝั่งจังหวัดชลบุรี ส่วนขยะจากฝั่งตะวันออกจะมีการสะสมตลอดแนวชายฝั่งด้านตะวันออก ขณะที่ขยะจากปากแม่น้ำในประเทศใกล้เคียงพบการกระจายตัวและการสะสมตัวในบริเวณอ่าวไทยน้อยมาก ซึ่งแสดงให้เห็นว่าขยะส่วนใหญ่ที่มีจุดปล่อยจากปากแม่น้ำในอ่าวไทยจะมีการกระจายและการสะสมตัวอยู่ภายในอ่าวไทยเป็นหลัก และมีเพียงบางส่วนที่เคลื่อนที่มาจากพื้นที่นอกอ่าวไทย

ผลของสารสกัดหยาบจากเปลือกของประดู่ป่า Pterocarpus Macrocarpus Kurz ต่อฤทธิ์การต้านอนุมูลอิสระและความมีชีวิตของเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่, ฐิติกานต์ เกตุทอง

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

มะเร็งลำไส้ใหญ่เป็นหนึ่งในสาเหตุหลักของการเสียชีวิตและการเจ็บป่วยทั่วโลก มีปัจจัยเสี่ยงหลายประการที่ส่งผลต่อมะเร็งลำไส้ใหญ่ หนึ่งในนั้นคือการเปลี่ยนแปลงระดับอนุมูลอิสระของออกซิเจน แม้ว่าการรักษาด้วยเคมีบำบัดจะมีประสิทธิภาพ แต่อัตราความสำเร็จก็ยังค่อนข้างต่ำเนื่องจากเกิดผลข้างเคียงด้านลบหลังการรักษา ประดู่ป่าได้รับการยอมรับว่าเป็นแหล่งของสารสำคัญในด้านการรักษาโรค สารสกัดจากแก่นของประดู่ป่ามีสารประกอบสำคัญคือ homopterocarpin ซึ่งมีคุณสมบัติต้านอนุมูลอิสระและต้านมะเร็งตับ อย่างไรก็ตาม ผลกระทบต่อมะเร็งลำไส้ใหญ่ยังไม่ชัดเจน ในการศึกษานี้ ผู้วิจัยศึกษาผลของสารสกัดหยาบจากเปลือกของประดู่ป่าต่อฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระและความมีชีวิตของเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ ตัวอย่างประดู่ป่าถูกเก็บและระบุชนิดในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ.2568 จากนั้นแช่ตัวอย่างแห้งของเปลือกของประดู่ป่าใน methanol เป็นเวลา 48 ชั่วโมง ตัวอย่าง 20 กรัม ให้สารสกัด 3.79 กรัม การวิเคราะห์ TLC ปรากฏจุดสีแดงเด่นชัดในทุกครั้งของการทดสอบ คาดว่าเป็นสารประกอบหลักของสารสกัดคือ homopterocarpin ฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระของสารสกัดถูกวิเคราะห์ด้วยวิธี DPPH assay และคำนวณค่า IC50 เพื่อประเมินความสามารถในการกำจัดอนุมูลอิสระ ซึ่งอยู่ที่ 45 µg/ml การทดสอบความเป็นพิษของสารสกัดต่อเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่คือ HCT116 และ SW620 และเซลล์ไตตัวอ่อนของมนุษย์คือ HEK293 ด้วยวิธี MTT assay คำนวณค่า IC50 เพื่อประเมินความสามารถในการกำจัดเซลล์มะเร็งและความเป็นพิษต่อไต ซึ่งมีค่า 91, 32 และ 87 µg/ml ตามลำดับ สารสกัดจากเปลือกของประดู่ป่าแสดงคุณสมบัติต้านอนุมูลอิสระและต้านมะเร็งลำไส้ใหญ่ที่โดดเด่น อย่างไรก็ตาม จำเป็นต้องมีการศึกษาเพิ่มเติมเพื่อศึกษากลไกการออกฤทธิ์ของสารประกอบแต่ละชนิดในสารสกัดนี้

การติดตามการวางไข่ของปลาในพื้นที่บริเวณอ่าวไทยโดยใช้วิธีดีเอ็นเอบาร์โค้ดของไข่ปลา, ปฐมวรรธ แซ่ตั้ง

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การจัดการประมงอย่างยั่งยืนจำเป็นต้องอาศัยองค์ความรู้เกี่ยวกับการวางไข่ของปลาที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจหลายชนิด ซึ่งประเทศไทยในปัจจุบันยังขาดข้อมูลที่ครอบคลุมในด้านนี้ การศึกษานี้จึงสำรวจการวางไข่ของปลาหลากหลายสปีชีส์โดยใช้เทคนิคดีเอ็นเอบาร์โค้ด เพื่อระบุสปีชีส์ของไข่ปลา ตัวอย่างไข่ปลาถูกเก็บทุก ๆ 3 เดือน เป็นระยะเวลา 1 ปีจากสามพื้นที่ในอ่าวไทย ได้แก่ อ่าวไทยตอนใน จังหวัดจันทบุรี และจังหวัดชุมพร จากนั้นจึงทำการเพิ่มจำนวนชิ้นส่วนยีน COI (710 คู่เบส) และ 16S rRNA (570 คู่เบส) ด้วยเทคนิค PCR และนำไปหาลำดับนิวคลีโอไทด์เปรียบเทียบกับฐานข้อมูล GenBank เพื่อระบุสปีชีส์ของปลา โดยสามารถระบุสปีชีส์ได้เมื่อลำดับนิวคลีโอไทด์ตรงกับฐานข้อมูลมากกว่า 97% ขึ้นไป ผลการศึกษาพบรูปแบบการวางไข่ของปลาที่หลากหลาย และสามารถระบุสปีชีส์ของปลาได้มากกว่า 34 วงศ์ ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความหลากหลายของสปีชีส์ปลาในอ่าวไทย นอกจากนี้ ยังพบว่าปลาบางชนิดวางไข่ตลอดทั้งปี ในขณะที่บางชนิดวางไข่เฉพาะช่วงฤดูกาล สะท้อนให้เห็นถึงความแตกต่างในกลยุทธ์การสืบพันธุ์ของปลาแต่ละชนิด อีกทั้งยังพบว่าปลาหลายชนิดมีแหล่งวางไข่เฉพาะพื้นที่ ผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นถึงความหลากหลายทางชีวภาพที่สูงในอ่าวไทย และให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับแหล่งวางไข่ของปลา ซึ่งอาจเป็นประโยชน์ต่อการหารือเกี่ยวกับแนวทางการจัดการประมงในอนาคต

ฮอร์โมนเอกไดสเตียรอยด์ในวงจรการลอกคราบของปูขาว Scylla Paramamosain Estampador, 1949, พีรเดช ใจมั่น

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ฮอร์โมนกลุ่มเอกไดสเตียรอยด์ (ecdysteroids) เป็นฮอร์โมนสเตียรอยด์ที่มีบทบาทสำคัญในการควบคุมกระบวนการลอกคราบ การเจริญเติบโต และการพัฒนาในสัตว์ขาปล้อง โดยเฉพาะในกลุ่มครัสเตเชียน การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อวิเคราะห์ชนิดฮอร์โมนและระดับฮอร์โมนกลุ่ม ecdysteroids ในวงจรการลอกคราบของปูขาว (Scylla paramamosain) โดยเลี้ยงปูในระบบน้ำหมุนเวียนเป็นเวลา 2 เดือน ครอบคลุมวงจรลอกคราบอย่างน้อย 1 รอบ และเก็บตัวอย่างเลือดทุก 2 วัน ปริมาณ 100 µL เพื่อตรวจวัดฮอร์โมน Ecdysone (E), 20-hydroxyecdysone (20-HE) และ Ponasterone A (PoA) ด้วยเทคนิค High Performance Liquid Chromatography (HPLC) ผลการวิเคราะห์พบว่า ฮอร์โมน PoA มีความเข้มข้นสูงในระยะ premolt (445.18 ± 54.64 ng/mL, n=11) มากกว่าระยะ intermolt อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (78.46 ± 9.9 ng/mL, n=11; p

การศึกษาฤทธิ์ผสมผสานของสารสกัดจากว่านหางจระเข้และโพรไบโอติกต่อการยับยั้งคุณสมบัติการก่อโรคฟันผุของเชื้อแบคทีเรีย Streptococcus Mutans ในหลอดทดลอง, ธีรภัทร ชะนะเมืองคล

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคฟันผุเป็นโรคติดเชื้อเรื้อรังที่เกิดจากความไม่สมดุลของจุลชีพในช่องปาก โดยเฉพาะ Streptococcus mutans (SM) ซึ่งสามารถผลิตกรด สร้างไบโอฟิล์ม และทนต่อสภาวะเป็นกรดได้ การใช้โพรไบโอติกถูกเสนอเป็นแนวทางใหม่ในการควบคุมเชื้อก่อโรค แต่อาจมีประสิทธิภาพไม่เพียงพอ จึงเกิดความสนใจในการใช้พรีไบโอติกร่วมกัน งานวิจัยนี้มุ่งศึกษาผลของสารสกัดว่านหางจระเข้ (Aloe vera; AV) ในฐานะพรีไบโอติก ร่วมกับ Lacticaseibacillus rhamnosus GG (LGG) และ/หรือ Lactiplantibacillus plantarum 299V (LP) ในการยับยั้งคุณสมบัติการก่อโรคของ SM UA159 ในหลอดทดลอง ผลการทดลองพบว่า AV ที่ความเข้มข้นต่ำสุด 0.25% ซึ่งอุดมด้วยพอลิแซ็กคาไรด์ แสดงคุณสมบัติของการเป็นพรีไบโอติก โดยสามารถยับยั้งการเจริญของ SM ได้อย่างมีนัยสำคัญ (p < 0.05) และส่งเสริมการเจริญของโพรไบโอติกทั้งสองสายพันธุ์ (p < 0.05) การทำงานร่วมกันของ AV และโพรไบโอติกช่วยเพิ่มค่า pH ลดความเป็นกรด (p < 0.05) ลดการสร้างไบโอฟิล์ม (p < 0.05) และลดการแสดงออกของยีนสำคัญที่เกี่ยวข้องกับปัจจัยการก่อโรค ได้แก่ ยีนที่เกี่ยวข้องกับเมแทบอลิซึมและการสร้างสภาวะความเป็นกรด (eno, ldh, atpD) และยีนที่ควบคุมการสร้างไบโอฟิล์ม (gtfB, gtfC, dexA, และ dexB) ขณะเดียวกันเพิ่มการแสดงออกของ aguD (p < 0.05) ซึ่งเกี่ยวข้องกับระบบสร้างความเป็นด่าง ส่งผลให้เกิดสภาวะที่ไม่เอื้อต่อการเจริญของ SM นอกจากนี้ AV ยังเพิ่มการอยู่รอดของโพรไบโอติกผ่านการเพิ่มระดับยีน rpoB และ 16S rRNA (p < 0.05) ผลการทดลองสรุปได้ว่า AV ร่วมกับ LGG และ LP มีฤทธิ์เสริมกันในการลดความรุนแรงของ SM ผ่านหลายกลไกเชิงโมเลกุล พร้อมทั้งสนับสนุนการเจริญของจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ ซึ่งสอดคล้องกับแนวคิดการป้องกันโรคฟันผุในศตวรรษที่ 21 ที่มุ่ง “การปรับสมดุลของชุมชนจุลินทรีย์ในช่องปาก” ตาม Ecological Plaque Hypothesis และชี้ให้เห็นถึงศักยภาพของซินไบโอติกจากพืชสมุนไพรในการพัฒนาเป็นแนวทางใหม่เพื่อการป้องกันโรคฟันผุอย่างยั่งยืน

การพัฒนาชุดตรวจสารพันธุกรรมแบบอ่านผลด้วยตาเปล่าอย่างรวดเร็วสําหรับตรวจเชื้อ Mycobacterium Tuberculosis Complex และ Nontuberculous Mycobacteria, ภานุวัฒน์ เสถียรพิทยากุล

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วัณโรค (TB) ซึ่งมีสาเหตุเกิดจากเชื้อ Mycobacterium tuberculosis (MTB) และโรคติดเชื้อกลุ่ม Non-tuberculous mycobacteria (NTM) เป็นโรคติดเชื้อที่มีความสำคัญซึ่งเกิดจากเชื้อกลุ่ม Mycobacteria ส่งผลกระทบต่อปอดและอวัยวะอื่นๆ ของร่างกาย แม้ว่าสาเหตุของการก่อโรคต่างกัน แต่อย่างไรก็ตามอาการแสดงมีความคล้ายคลึงกัน เช่น ไอ มีไข้ น้ำหนักลด และอ่อนเพลีย แนวทางในการรักษาวัณโรคและโรคติดเชื้อกลุ่ม NTM นั้นเป็นการรักษาโดยการใช้ยาต้านเชื้อ Mycobacteria หลายชนิดผสมผสานกัน แต่อย่างไรก็ตามแนวทางในการรักษาและระยะเวลาที่ใช้ในการรักษาแตกต่างกันระหว่างโรคดังกล่าว ดังนั้นวิธีการวินิจฉัยที่มีความรวดเร็วและจำเพาะในการจำแนกการติดเชื้อระหว่างสองกลุ่มจึงมีความจำเป็น เพื่อที่ผู้ป่วยจะได้รับการรักษาและการจัดการกับผู้ป่วยที่เหมาะสมต่อไป การศึกษาในครั้งนี้มีวัตถุประสงค์ในการพัฒนา Primer ในการจำแนกเชื้อกลุ่ม NTM จาก MTB และพัฒนาชุดตรวจแถบตรวจสารพันธุกรรมต้นแบบที่สามารถอ่านผลการทดสอบได้ด้วยตาเปล่าจากการเพิ่มประมาณสารพันธุกรรมที่อุณหภูมิเดียวซึ่งจำเพาะต่อยีน IS1081 และ ku ของเชื้อ MTB และ NTM ตามลำดับ แถบตรวจที่ผลิตพัฒนาขึ้นซึ่งผลิตจาก Nitrocellulose MTB/NTM strip สามารถตรวจจับผลผลิต Multiplex-recombinase polymerase amplification (M-RPA) ได้ โดยผลการทดสอบเบื้องต้นพบว่า Primer ที่ออกแบบขึ้นมานั้นสามารถเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมและจำแนก DNA ที่สกัดได้จากโคโลนีของเชื้อ MTB และ NTM ได้อย่างถูกต้อง โดยปฏิกิริยาบ่มที่อุณหภูมิ 37 ˚C เป็นระยะเวลา 30 นาที และเวลาในการอ่านผลของแถบตรวจ MTB/NTM strip คือ 15 นาที โดยตรวจสอบความเข้มข้นของเชื้อที่น้อยที่สุดที่ตรวจวัดได้ด้วยเทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB/NTM strip สำหรับโคโลนีของเชื้อ MTB และ NTM คือ 1.97 x 104 CFU/mL และไม่พบปฏิกิริยาข้ามกลุ่มสำหรับเชื้อแบคทีเรียก่อโรคทั่วไปสายพันธุ์อื่น รวมถึงเชื้อกลุ่ม Higher bacteria เทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB/NTM strip ได้นำมาประเมินกับ DNA …

Transcription Factors – Insights Into Abiotic And Biotic Stress Resilience And Crop Improvement, Roopali Bhoite, Olive Onyemaobi, Tanushree Halder, Manisha Shankar, Darshan Sharma

Grain and Other Field Crops Research Articles

Numerous crop traits are controlled by multiple gene-networks. These gene-networks play a crucial role in crop evolution, disease prevention, stress adaptation and other fundamental processes in different organisms. Transcription factors (TFs) are master regulators of gene-networks and therefore have been targets for genetic improvement in crops since the dawn of agriculture. Enhancement of quantitative traits through plant breeding often involves manipulation of several TF sites and altered RNA expression. Advancements in OMICS technology have significantly expanded our understanding of transcription factor (TF) binding sites in plants and their roles in various biological processes. This progress has facilitated the validation of …

Regional Differences In Australian Export Grain Supply Chain Velocities And Their Implications, Ross Kingwell, Hemali Kanthilanka

Grain and Other Field Crops Research Articles

The size of grain harvests are increasing in most Australian states, enabling farmers to supply increasing volumes of grain to domestic and international customers. There is a market preference to supply international customers in the months prior to the availability of the northern hemisphere grain harvest that commences from June. To expedite export sales of Australian grain, most owners and operators of regional export grain supply chains in Australia are increasing their investments in the velocity, reliability, and capacity of their export grain supply chains. Larger volumes of Australian grain are now more rapidly exported. But what are the ramifications …

Impacts Of Ramadan Fasting During Pregnancy On Pregnancy And Birth Outcomes: An Umbrella Review, Abdullah Al-Taiar, Md Estiar Rahman, May Salama, Ali H. Ziyab, Wilfried Karmaus

Epidemiology, Biostatistics, & Environmental Health Faculty Publications

Background

Despite a large number of primary research studies, and systematic and narrative reviews, there is no consensus on the impact of fasting during Ramadan while pregnant on pregnancy and birth outcomes. Currently, there is no evidence-based guideline for Muslim women regarding Ramadan fasting during pregnancy and clinicians cannot provide firm recommendations.

Objectives

To review the current evidence regarding the impact of Ramadan fasting during pregnancy on pregnancy and birth outcomes.

Search Strategy

We conducted an umbrella review of all systematic and narrative reviews examining the impacts of fasting during Ramadan while pregnant on pregnancy and birth outcomes by searching …

Key Considerations For Combination Therapy In Alzheimer’S Clinical Trials: Perspectives From An Expert Advisory Board Convened By The Alzheimer’S Drug Discovery Foundation, Jeffrey Cummings, Michael Gold, Mark Mintun, Michael Irizarry, Andrew Von Eschenbach, Suzanne Hendrix, Donald Berry, Cristina Sampaio, Kaycee Sink, Jaren Landen, Miia Kivipelto, Michael Grundman, Steven E Arnold, Allan Green, Katherine Partrick, Laura Nisenbaum, Aaron Burstein, Howard Fillit

Faculty, Staff and Student Publications

There is growing consensus in the Alzheimer's community that combination therapy will be needed to maximize therapeutic benefits through the course of the disease. However, combination therapy raises complex questions and decisions for study sponsors, from preclinical research through clinical trial design to regulatory, statistical, and operational considerations. In January 2024, the Alzheimer's Drug Discovery Foundation convened an expert advisory board to discuss the key considerations in each of these areas. Experts agreed on the need to prioritize a combination therapy approach that encompasses a wide range of targets associated with aging and the underlying biology of Alzheimer's disease. Progress …

Tagraxofusp Maintenance Post-Hematopoietic Stem Cell Transplantation Provides Long-Term Survival And Manageable Safety For A Patient With Blastic Plasmacytoid Dendritic Cell Neoplasm, Qaiser Bashir, Marina Konopleva, Glorette Abueg, Jeremy Ramdial, Chitra Hosing, Samer A Srour, Amin Alousi, Uday R Popat, Yago Nieto, Gheath Alatrash, Richard E Champlin, Elizabeth J Shpall, Muzaffar Qazilbash, Naveen Pemmaraju

Faculty, Staff and Student Publications

Presented here is the case of a 68-year-old woman with blastic plasmacytoid dendritic cell neoplasm (BPDCN) treated with tagraxofusp (TAG) maintenance therapy post-allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (allo-HCT). Prior to allo-HCT, the patient was treated with hydroxyurea and mini-CVD (cyclophosphamide, vincristine, and dexamethasone alternating with methotrexate (Methotrexate) and cytarabine) + venetoclax + TAG for 5 cycles, which induced morphologic complete remission with minimal residual disease. After allo-HCT, the patient had persistent cytogenic abnormalities 45,XX,der(7)add(7)(p13)del(7)(q11.2q22)add(7)(q32),add(12)(p13),-15,del(16)(q23),-17,+22,+2mar[1]/46,XX[19], and was then treated with TAG maintenance therapy at 9 mg/kg on a 28-day cycle for 16 cycles. At mid-treatment (cycle 6 of 16 cycles of …

Co-Morbid Indomethacin-Responsive Headaches In A Woman In Her Late 60s With Paroxysmal Hemicrania And Hypnic Headache: A Case Report, Ashlyn Brown, Randolph W Evans, Claudia Carrizo, Mark Burish

Faculty, Staff and Student Publications

Paroxysmal hemicrania (PH) and hypnic headache (HH) are rare indomethacin-responsive headache syndromes. This case report details the new onset of both disorders in a woman in her late 60s. One headache type presented as severe pain centered on the right eyebrow, lasting 30 minutes, occurring more than 8 times daily, and associated with ipsilateral lacrimation and rhinorrhea. The second type was a right frontal severe pain, with onset at 4 a.m., occurring only during sleep, lasting 30 minutes, and with no associated factors. The patient's response to indomethacin for both headache types was confirmed through an unblinded ABAB study design: …

The Impact Staphylococcus Aureus Has On Conventional And Organic Dairy Herds In New Hampshire And New York, Jacqueline Rose Holmes

Honors Theses and Capstones

Staphylococcus aureus is a potentially virulent bacterium that causes mastitis in dairy cattle. The toxins produced from S. aureus impact host immunity, damage the mammary gland, and can adapt to cause antimicrobial resistance. It is important to manage both organic and conventional farms correctly by practicing proper hygiene while milking and providing a clean environment. There is a significant increase of S. aureus cases on organic farms compared to conventional, so there may be ways in which organic management and treatment options could be altered to reduce economic loss and animal suffering. The thesis focuses on the involvement S. aureus …

Effect Of Pulsed Electromagnetic Field Therapy On Milk Quality In Organic Dairy Cows, Kayla A. Young

Honors Theses and Capstones

Organic dairy systems are limited when it comes to the use of antibiotics and pharmaceuticals which creates opportunities to explore alternative treatments to promote cow health. Pulsed electromagnetic field therapy (PEMF), a form of electromagnetic stimulation, promotes various types of healing for both animal and human medicine. Our objective was to explore the effect of PEMF on milk yield and composition in organic dairy cows. Mid-lactation Jersey cows (n = 35) of various parities were randomly assigned to 1 of 3 treatments: 1) control (CON; n = 12); no PEMF, 2) once daily PEMF (PEMF1; n = 12), …

The Effects Of Heat Stress On The Rumination In Lactating Dairy Cows, Kailey Anne Deighan

Honors Theses and Capstones

This study aimed to (1) investigate the association between Temperature-Humidity Index (THI) and rumination activity patterns in lactating dairy cows, and (2) explore the breed-specific impacts of THI on rumination time in Holstein and Jersey cows. The first hypothesis was that higher THI values would be associated with decreased rumination time (RT). The second hypothesis proposed that Holsteins, due to their lower heat tolerance, would experience greater reductions in RT than Jerseys under heat stress. From June 1 to October 1, 2024, daily climatic data were collected in New Hampshire using VisualCrossing to calculate THI. Each day was categorized into …