Biotechnology Commons^™

Spectral Reflectance Analysis For Genome-Wide Association Of Thali Rice Oryza Sativa L. Under Phosphorus-Deficient Condition, Sompop Pinit

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

The goals of this research have three main points: (i) to develop a rapid method for inorganic phosphorus quantification, (ii) to investigate spectral reflectance indices representing phosphorus deficiency in rice, and (iii) to determine SNPs associated with phosphorus deficiency tolerance in Thai rice via genome-wide association study (GWAS). The punching method was developed to enhance the high throughput performance of the conventional Pi extraction and molybdate blue assay. Pi content can be extracted using equally small leaf areas without leaf grinding, balancing, and tedious transferring steps. The punching method provided comparable results to the conventional grinding method with a strong …

การพัฒนาชุดตรวจที่ง่ายต่อการใช้งานสำหรับวัณโรคในช้างโดยอินเตอร์เฟียรอนแกมมารีลีส, จิตสุดา พงษ์มา

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วัณโรค เป็นโรคติดต่อจากสัตว์สู่คนหรือจากคนสู่สัตว์ที่เป็นปัญหาด้านสาธารณสุขที่สำคัญระดับโลก รวมถึงในประเทศไทย เนื่องจากเชื้อ Mycobacterium tuberculosis (M. tb) complex (MTBC) ซึ่งเป็นเชื้อสาเหตุของวัณโรค สามารถพบการติดเชื้อได้ในสัตว์หลายกลุ่ม ทั้งสัตว์เท้ากีบ สัตว์ตระกูลลิง สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมรวมถึงช้าง การวินิจฉัยวัณโรคในช้างทำได้ยาก เนื่องจากช้างเป็นสัตว์ที่มีขนาดใหญ่ จึงไม่สามารถวินิจฉัยได้ด้วยวิธีเดียวกับมนุษย์ เช่น การเอกซเรย์ปอด และการทดสอบทางผิวหนัง นอกจากนี้ วิธีมาตรฐานโดยการเพาะเลี้ยงเชื้อจากน้ำล้างงวงช้างมีความไวต่ำ ใช้เวลานาน และตรวจได้เฉพาะระยะที่แสดงอาการเท่านั้น ดังนั้น การตรวจวินิจฉัยที่แม่นยำ ครอบคลุมทุกระยะการติดเชื้อ M. tb จึงเป็นสิ่งจำเป็น นำมาสู่การประยุกต์ใช้เทคนิค Interferon gamma release assay (IGRA) สำหรับเป็นวิธีทางเลือกในการวินิจฉัยวัณโรค ซึ่งเป็นวิธีตรวจหาอินเตอร์เฟียรอนแกมมา (IFN) ที่มีการหลั่งออกมาจากทีลิมโฟไซต์ชนิด memory หลังถูกกระตุ้นด้วยแอนติเจนจำเพาะของ M.tb งานวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์ที่จะพัฒนาวิธี IGRA ให้ใช้งานได้ง่ายกว่าที่มีอยู่เดิม โดยการคัดกรองเพปไทด์สังเคราะห์ของโปรตีน early secreted antigenic target 6 kDa (ESAT6) และ culture filtrate protein 10 kDa (CFP10) ที่สามารถกระตุ้นการหลั่ง eIFN ของเซลล์เม็ดเลือดขาวของช้าง และพัฒนาวิธีการตรวจโดยการกระตุ้นแบบ whole blood culture โดยเริ่มทำการตรวจการติดเชื้อของช้างด้วยวิธี IGRA เดิม (IGRA โดยใช้เซลล์เม็ดเลือดขาว PBMCs) ในตัวอย่างเลือดจากช้าง 20 เชือก โดยมีโปรตีนทั้งสายเป็นแอนติเจน พบว่าช้างมีการติดเชื้อ MTBC 50% ของตัวอย่างทั้งหมด ไม่ติดเชื้อ 30% และ 20% มีการติดเชื้อกลุ่ม Non tuberculous mycobacterium (NTM) จากนั้นทำการคัดกรองเพปไทด์สังเคราะห์ของโปรตีน ESAT6 และ CFP10 ในช้างทั้ง 20 เชือก พบว่าเพปไทด์สังเคราะห์ของโปรตีน …

การเตรียมไมโครแคปซูลของแคลเซียมอัลจิเนตเคลือบด้วย เจลาติน และ คัปปาคาราจีแนนเพื่อเพิ่มอัตราการรอดชีวิตของแบคทีเรียที่มีศักยภาพเป็นโปรไบโอติกในน้ำมะเกี๋ยง Cleistocalyx Nervosum Var. Paniala, ภัสริน หัทยาภิชาติ

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

งานวิจัยนี้มีจุดประสงค์ศึกษาการเพิ่มอัตราการรอดชีวิตของแบคทีเรียที่มีศักยภาพเป็นโปรไบโอติกในน้ำมะเกี๋ยง Cleistocalyx nervosum var. paniala ที่มีกรด และ ฟีนอลิคเป็นองค์ประกอบในปริมาณมาก โดยคัดเลือกจุลินทรีย์ที่ผ่านการปรับตัว(Adaptation) ในเมี่ยงหมัก Camellia sinensis (L.) Kuntze var. assamica.ที่มีสภาวะ ฟีนอลิคสูง และ มีคุณสมบัติเป็นโปรไบโอติก โดยพบว่าแบคทีเรียที่คัดแยกได้จากเมี่ยงหมัก ซึ่งสามารถคัดแยกได้ 6 ไอโซเลท เมื่อนำมาเพิ่มจำนวนยีสต์เป้ามายด้วย 16S ribosomal RNA และ หาลำดับนิวคลีโอไทด์ พบว่าคล้ายคลึงกับแบคทีเรียโปรไบโอติกสายพันธุ์ Lactobacillus plantarum ในฐานข้อมูล GenBank โดยมีความคล้ายคลึงที่ 98-100% ซึ่งทำการศึกษา การลดลงของเซลล์ที่มีชีวิต ในน้ำมะเกี๋ยง ของแบคทีเรียที่เป็นเซลล์อิสระ 2 กลุ่ม ได้แก่ แบคทีเรียกลุ่ม LAB-MF ที่คัดแยกได้จากเมี่ยงหมัก และ กลุ่ม Lactobacillus sp. ทั้ง 6 สายพันธุ์ พบว่าในเวลา 24 ชั่วโมง L. plantarum KC332 (LAB-MF 105) มีอัตราการลดลงของเชื้อ 20.10% ซึ่ง แบคทีเรียในกลุ่ม Lactobacillus sp. พบว่า แบคทีเรียสายพันธุ์ L. plantarum TISTR2074 มีอัตรากาลดลงของเชื้อ 61.41% จึงนำมาศึกษาการยืดอายุโดยการห่อหุ้มในไมโครแคปซูล โดยเตรียมไมโครแคปซูล ทั้งหมด 5 ชนิด ได้แก่ 2% อัลจิเนตบีด (2% Al) 2% อัลจิเนตบีดเคลือบด้วยเจลาตินชั้นเดี่ยว(ACG) 2% อัลจิเนตบีดเคลือบด้วยเจลาตินชั้นคู่ (ACGD) 2% อัลจิเนตบีดเคลือบด้วยคัปปาคาราจีแนนชั้นเดี่ยว (ACC) และ 2% อัลจิเนตบีดเคลือบด้วยคัปปาคาราจีแนนชั้นคู่ (ACCD) จากการศึกษาการเปลี่ยนแปลงของลักษณะทางกายภาพ และ ทางเคมี ของเม็ดบีด …

การใช้ 1-เมทิลไซโคลโพรพีนร่วมกับนาโนเซลลูโลสแอโรเจล เพื่อรักษาคุณภาพหลังการเก็บเกี่ยวของกล้วยไม้ตัดดอก Oncidium "Goldiana", ณิชกานต์ ทรัพย์ธำรงค์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ปัจจุบันกล้วยไม้เป็นหนึ่งในสินค้าทางการเกษตรที่มีมูลค่าสูงและมีความสำคัญต่อการส่งออกของประเทศไทย กล้วยไม้สกุล Oncidium เป็น 1 ใน 3 สกุลที่ได้รับความนิยมมากที่สุด แต่เนื่องด้วยช่อดอกกล้วยไม้สกุล Oncidium มีคุณภาพหลังการเก็บเกี่ยวลดต่ำลงระหว่างการขนส่ง ดังนั้นงานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความเข้มข้นที่เหมาะสมของ 1-MCP (1-methylcyclopropene) รวมถึงการใช้งาน 1-MCP ร่วมกับนาโนเซลลูโลส แอโรเจล (nanocellulose aerogel) ในการรักษาคุณภาพหลังการเก็บเกี่ยวของกล้วยไม้ตัดดอกของ Oncidium ‘Goldiana’ โดยจากผลของการใช้ 1-MCP ในความเข้มข้นที่แตกต่างกันด้วยวิธีการรม พบว่า 1-MCP ความเข้มข้น 1000 ppb สามารถลดการบานเพิ่มของดอกตูม การเหี่ยวของดอกตูมและดอกบานได้ จากนั้นนำ nanocellulose aerogel ที่ผลิตจากเส้นใยกัญชง ใช้เป็นวัสดุดูดซับน้ำ ร่วมกับ 1-MCP เพื่อใช้รักษาคุณภาพหลังการเก็บเกี่ยวของกล้วยไม้ตัดดอก จากผลการศึกษาพบว่าการใช้ 1-MCP 1000 ppb ร่วมกับ นาโนเซลลูโลสแอโรเจลในลักษณะบรรจุภัณฑ์รูปแบบซอง (sachet) โดยนำ sachet ไปจุ่มน้ำก่อนใช้ เป็นวิธีที่ดีเทียบเท่ากับวิธีการรม 1-MCP ในการรักษาคุณภาพของกล้วยไม้ตัดดอก โดยสามารถช่วยลดการบานเพิ่มของดอกตูม การเหี่ยวของดอกตูมและดอกบาน ลดปริมาณมาลอนไดแอลดีไฮด์ (malondialdehyde, MDA) ซึ่งแสดงการลดลงของลิพิดเปอร์ออกซิเดชัน (lipid peroxidation) ลดอัตราการหายใจและการสร้างเอทิลีน ในขณะเดียวกันยังสามารถช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการทำงานของเอนไซม์ต้านอนุมูลอิสระ (antioxidant enzyme) ได้แก่ คาทาเลส (catalase, CAT) และแอสคอร์เบตเพอร์ออกซิเดส (ascorbate peroxidase, APX) ดังนั้นวิธีการใช้ 1-MCP ร่วมกับ nanocellulose aerogel เป็นวิธีที่มีประสิทธิภาพและสามารถประยุกต์กับอุตสาหกรรมการส่งออกได้ โดยเป็นวิธีที่สะดวก ลดต้นทุน รวมถึงเป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อม สามารถเพิ่มมูลค่าในการส่งออกของกล้วยไม้ตัดดอก Oncidium ‘Goldiana’

กระบวนการพัฒนาโปรแกรมตัวส่งระหว่างโมเดลเชิงวัตถุและเชิงสัมพันธ์ด้วยเทคนิคโลวโค้ดบนโอดู, โสภณวิชญ์ พิชิตเธียรธรรม

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

งานวิจัยนี้นำเสนอมอดูลเจนเนอเรเตอร์ ซึ่งเป็นเครื่องมือสำหรับการเขียนโปรแกรมตัวส่งระหว่างโมเดลเชิงวัตถุและเชิงสัมพันธ์บนโอดู โอดูเป็นซอฟต์แวร์อีอาร์พีแบบเปิดเผยรหัสต้นฉบับที่รวบรวมมอดูลที่จำเป็นสำหรับการจัดการธุรกิจต่าง ๆ และผู้พัฒนาสามารถพัฒนามอดูลเพื่อขยายขีดความสามารถของโอดูได้ โดยในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมาการพัฒนาซอฟต์แวร์บนโอดู มักต้องใช้เวลาในการเรียนรู้เพราะมีความซับซ้อนของเฟรมเวิร์ก จึงมีการนำแนวทางการพัฒนาซอฟต์แวร์แบบโลวโค้ด (การเขียนโค้ดที่น้อยกว่าปกติ) มาใช้ในการพัฒนามอดูลเจนเนอเรเตอร์ขึ้น เพื่อให้เป็นเครื่องมือสำหรับออกแบบและสร้างรหัสต้นฉบับสำหรับมอดูล ทำให้ผู้พัฒนาซอฟต์แวร์บนโอดูไม่ต้องกังวลเรื่องข้อผิดพลาดอันเนื่องมาจากความซับซ้อนของเฟรมเวิร์ก และให้ความสำคัญกับการเขียนโปรแกรมในด้านอื่น ๆ ได้มากขึ้น โดยเครื่องมือนี้ถูกพัฒนาด้วยภาษา ไพธอนให้เป็นเว็บแอปพลิเคชันทำงานบนเว็บเบราว์เซอร์ และได้มีการทดสอบการใช้งานกับทั้งผู้พัฒนามอดูลบนโอดู ผู้ใช้งานโอดูที่มีทักษะการเขียนโปรแกรม ผู้ที่ไม่เคยมีประสบการณ์กับโอดู และอาสาสมัครภายนอกบริษัท ซึ่งได้ผลลัพธ์ว่า ผู้ทดสอบทั้งหมดสามารถพัฒนามอดูลโดยใช้มอดูลเจนเนอเรเตอร์ได้สำเร็จ เครื่องมือนี้จึงสามารถช่วยให้ผู้ที่ไม่มีประสบการณ์ในการพัฒนามอดูลบนโอดูสามารถพัฒนามอดูลขึ้นมาได้โดยใช้เวลาไม่นาน และเมื่อเปรียบเทียบเวลาที่ใช้ในการพัฒนามอดูลของกลุ่มผู้พัฒนามอดูลบนโอดู ระหว่างแบบปกติที่เขียนโค้ดด้วยตนเองกับการใช้ มอดูลเจนเนอเรเตอร์ พบว่าการใช้เครื่องมือนี้สามารถลดเวลาการพัฒนามอดูลโดยเฉลี่ยได้ถึง 20% อีกทั้งมอดูลเจนเนอเรเตอร์ยังนำไปใช้ได้จริงในโครงการการพัฒนาซอฟต์แวร์ของบริษัท

การวิเคราะห์การเกิดตำหนิในการผลิตกระจกโฟลต, คณุตม์ ไพบูลย์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

งานวิจัยนี้มุ่งเน้นศึกษาปัจจัยที่มีผลต่อการเกิดตำหนิและหาแนวทางปรับปรุงกระบวนการผลิตเพื่อลดปริมาณตำหนิชนิดฟองอากาศและรีม ด้วยการนำตัวแปรจากกระบวนการผลิตได้แก่ การชั่งน้ำหนักส่วนผสม อุณหภูมิในการหลอม อุณหภูมิในการขึ้นรูปและองค์ประกอบทางเคมีของกระจก มาหาความสัมพันธ์กับปริมาณตำหนิที่เกิดขึ้นด้วยการวิเคราะห์การถดถอย จากผลการวิเคราะห์ตำหนิฟองอากาศด้วยเทคนิคแมสสเปกโทรเมตรีและเทคนิครามานสเปคโทรสโคปีพบว่าฟองอากาศส่วนใหญ่พบแก๊ส CO2 เป็นองค์ประกอบอยู่ที่ 30 ถึง 70 เปอร์เซ็นต์ ซึ่งเกิดจากการสลายตัวทางความร้อนของวัตถุดิบและการไล่ฟองอากาศที่ไม่สมบูรณ์ และจากความสัมพันธ์ของปริมาณฟองอากาศและตัวแปรจากกระบวนการผลิตพบว่า อุณหภูมิการหลอมที่สูงขึ้น ปริมาณ fining agent ที่น้อยลง และกำลังการผลิตที่เพิ่มขึ้นส่งผลให้ตำหนิชนิดฟองอากาศเพิ่มขึ้น จากการศึกษาตำหนิชนิดรีมโดยใช้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดร่วมกับการวัดการกระจายพลังงานของรังสีเอกซ์ในการวิเคราะห์องค์ประกอบธาตุของตำหนิชนิดรีมเทียบกับบริเวณโดยรอบโดยพบว่ารีมมีปริมาณธาตุ Si และ Na สูงกว่าบริเวณโดยรอบ ซึ่งเกิดจากการชั่งวัตถุดิบที่คลาดเคลื่อนไปจากสูตรการผลิต โดยเกิดจากวัตถุดิบติดค้างบริเวณกรวยรับวัตถุดิบ ส่งผลให้องค์ประกอบทางเคมีของส่วนผสมไม่สม่ำเสมอ ยิ่งความแตกต่างของน้ำหนักส่วนผสมจากสูตรการผลิตยิ่งมาก จะทำให้ปริมาณรีมเพิ่มสูงขึ้น ซึ่งสามารถความผิดพลาดจากการชั่งนี้สามารถแก้ไขได้โดยติดตั้งค้อนลมเพื่อเคาะวัตถุดิบให้ลงไปในโม่ผสมวัตถุดิบครบถ้วนตามสูตรการผลิต

ผลของลำดับการผสมวัตถุดิบต่อประสิทธิภาพการใช้พลังงานในการหลอมแก้ว, ปรีณาพรรณ ปิ่นหอม

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โดยทั่วไปกระบวนการหลอมแก้วระดับอุตสาหกรรมต้องการพลังงานสูงสำหรับการเปลี่ยนแปลงจากวัตถุดิบเป็นน้ำแก้ว วัตถุประสงค์ในงานวิจัยนี้จะกล่าวถึงการพัฒนากระบวนการหลอมแก้วโซดาไลม์โดยวิธีปรับลำดับการผสมในระดับห้องปฏิบัติการ ซึ่งอาศัยกลไกของปฏิกิริยาสถานะของแข็งระหว่างทรายแก้วและโซเดียมคาร์บอเนตในช่วงแรกของการหลอม การเตรียมส่วนผสมแบบดั้งเดิมเป็นการผสมวัตถุดิบทั้งหมดภายในครั้งเดียว ในงานวิจัยนี้ต้องการปรับเปลี่ยนวิธีการเตรียมส่วนผสมให้เหมาะสมที่สุดต่อการหลอมโดยการปรับลำดับของการผสม ประกอบด้วยสองขั้นตอนการผสม ขั้นตอนแรกคือการผสมทรายแก้วและโซเดียมคาร์บอเนต จากนั้นจึงผสมวัตถุดิบที่เหลือเป็นขั้นตอนที่สอง เพื่อเปรียบเทียบและศึกษาผลของการเตรียมส่วนผสมทั้งสองวิธี ได้ทำการศึกษาสภาพและการเปลี่ยนแปลงระหว่างกระบวนการหลอมที่อุณหภูมิตั้งแต่ 600 ถึง 1000 องศาเซลเซียส นอกจากนี้มีผลของปริมาณวัตถุดิบที่หลอมไม่หมดบนพื้นผิวซึ่งยังคงลงเหลือในสภาพผลึก ณ สภาวะที่กำหนด เพื่อเปรียบเทียบแนวโน้มประสิทธิผลในการหลอมของส่วนผสมจากการผสมสองวิธี โดยภาพถ่ายผิวหน้าและโดยเทคนิคการเลี้ยวเบนรังสีเอกซ์ ผลการวิจัยพบว่าการจัดลำดับการผสมเป็นวิธีการผสมที่เหมาะสมกว่า ส่งผลต่ออัตราการหลอม พื้นผิวสัมผัสที่เพิ่มขึ้นระหว่างทรายแก้วและโซเดียมคาร์บอเนตจากการผสมขั้นตอนแรกนำไปสู่การเพิ่มอัตราการหลอมของทั้งระบบ ต่างจากวิธีการเดิมที่อาจมีวัตถุดิบอื่นเป็นตัวขัดขวางการเกิดปฏิกิริยาสถานะของแข็งดังกล่าว

Effects Of Chitosan Combined With Chitosan-Montmorillonite Nanocomposites Coating On Postharvest Quality Of 'Hom Thong' Banana Fruit, Arisa Wantat

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Chitosan (CTS) has been widely applied as a fruit coating in commercial fruit crops to prolong their shelf-life. In the present research, chitosan coatings were applied on ‘Hom Thong’ banana fruit, an important exported cultivar of Thailand. Postharvest qualities of ‘Hom Thong’ banana were measured after coating with 1% (w/v) low molecular weight (LMW-CTS: 65 kDa), medium molecular weight (MMW-CTS: 265 kDa), and high molecular weight (HMW-CTS: 540 kDa) chitosan for 1 min. The application of HMW-CTS showed the thickest of coated film and had effectiveness as a barrier of water vapor and O2 transmission. HMW-CTS treatment could retard fruit …

Higher Tensile Forces Across Cellular Junctions And An Intact Nuclear Linc Complex Is Required For Epithelial Function And Stability, Fnu Vani Narayanan

Theses and Dissertations

Recent advances in three-dimensional (3D) cell culture systems have provided key insights into the understanding of biochemical and physiological states of native tissue. A significant progress in the field of mechanobiology involves measuring cellular traction forces in a more native 3D environment. However, the effects of mechanical forces exerted across cellular junctions and the nuclear LINC complex, in an organized 3D system has not been investigated thus far. Epithelial cells spontaneously form acini (also known as cysts or spheroids) with a single, fluid-filled central lumen, when grown in 3D matrices. The size of the lumen is dependent on apical secretion …

Singv – The Convective-Scale Numerical Weather Prediction System For Singapore, Huang Xiang-Yu, Barker Dale, Webster Stuart, Dipankar Anurag, Lock Adrian, Mittermaier Marion, Sun Xiangming, North, Darvell Rob, Boyd Douglas, Lo Jeff, Liu Jianyu, Macpherson Bruce, Heng Peter, Maycock Adam, Pitcher Laura, Tubbs Robert, Mcmillan Martin, Zhang Sijin, Hagelin Susanna, Porson Aurore, Song Guiting, Beckett Becky, Cheong Wee Kiong, Semple Allison, Gordon Chris

ASEAN Journal on Science and Technology for Development

Extreme rainfall is one of the primary meteorological hazards in Singapore, as well as elsewhere in the deep tropics, and it can lead to significant local flooding. Since 2013, the Meteorological Service Singapore (MSS) and the United Kingdom Met Office (UKMO) have been collaborating to develop a convective-scale Numerical Weather Prediction (NWP) system, called SINGV. Its primary aim is to provide improved weather forecasts for Singapore and the surrounding region, with a focus on improved short-range prediction of localized heavy rainfall. This paper provides an overview of the SINGV development, the latest NWP capabilities at MSS and some key results …

Temporary Shelter Simulation Towards Effectiveness Value Of Ottv And Thermal Comfort, Ayu Dyah Puspa, Prayitno Budi, Hariyadi Agus

ASEAN Journal on Science and Technology for Development

Indonesia is prone to a variety of natural disasters, one of which is earthquakes. Earthquakes are detrimental to human life, causing among other things a loss of shelter. As such, victims of earthquakes need basic assistance in the form of shelter, which the Indonesian government provides in the transition phase of emergency responses. Several innovations in the provision of temporary shelter have arisen in terms of packaging and fast unloading. This research aimed to examine the effective value of OTTV energy (overall thermal transfer value), differences in room temperature, and thermal comfort in existing temporary shelters. OTTV values and thermal …

Analyzing The Characteristics Of Domestic Wastes In Belik River, The Special Region Of Yogyakarta, Indonesia, Suprayogi Slamet, Marfai Muh Aris, Cahyadi Ahmad, Latifah Reviana, Fatchurohman Hendy

ASEAN Journal on Science and Technology for Development

The multiplying number of population in the City of Yogyakarta has resulted in a larger volume of wastes in the region. People living on the riverbanks are unfortunately in the habit of discarding domestic waste directly to the river channel, worsening the already polluted water. This study was intended to analyze the characteristics of the municipal wastewater contaminating Belik River. During the water quality test, a rapid investigation method and laboratory analysis were employed. The sampling in the field was based on river segments and travel time of river water. Based on the laboratory test results, the concentrations of phosphate, …

Fenton Oxidation Using Easily Recoverable Catalyst Of Magnetite (Fe3o4) As An Efficient Approach To Treatment Of Rhodamine B Dyeing Effluent In Traditional Fabrics Industry, Prasetyo Imam, Akbar Febry, Prabandari Anindya Widi, Ariyanto Teguh

ASEAN Journal on Science and Technology for Development

A direct release of dye wastewater to a water environment without pre-treatment could cause negative impacts. To solve them, an effective method for degrading wastewater contaminants is needed. In this research, the Fenton reaction using Fe3O4 catalyst for removal of wastewater contaminants taken from a traditional fabrics industry was studied. For this purpose, reaction temperature was varied in the range of 27–90°C. Furthermore, catalyst concentration was also varied in the range of 2–6 g/L solution. The results showed that increasing both temperature and catalyst concentration will increase the performance of the Fenton reaction in degrading wastewater contaminants. The contaminant degradation …

Theranostics For Antiretroviral Biodistribution And Pharmacokinetics, Brendan M. Ottemann

Theses & Dissertations

RATIONALE: Our laboratories birthed the field of human immunodeficiency virus (HIV) theranostics. The new field allows simultaneous detection (diagnostics) and treatment (therapeutic) for the identification, treatment and inevitable elimination of virus in cell and tissue compartments. By employing theranostics, antiretroviral drugs (ARVs) can be tracked in lymph nodes, gut, spleen and liver. Cellular viral reservoirs including CD4+ T cell populations and mononuclear phagocytes (MP; monocytes, macrophages, microglia and dendritic cells) along with subcellular endosomal structures can now be targeted for drug delivery bringing therapeutics to areas where virus replicates. The overarching idea rests in improving precision targeted ARV delivery. …

Feeding The Future Meat Doesn’T Come Cheap, Lukas C. Southard

Capstones

Cultured – or as it is referred to by companies innovating the technology clean – meat is expected to be the next innovation to change the way the world gets its animal protein. Meat from animal cells grown in a lab seems like science fiction but it is around the corner from hitting your supermarket shelves. The technology has been developed but how these companies intend on scaling up their production to meet retail demands remains a mystery. So far companies have relied on seed and early stage investment from venture capital companies and private sources to fund research. Predictions …

Total Phenolic And Flavonoid Contents Of Anacyclus Pyrethrum Link Plant Extracts And Their Antioxidant Activity, Hanane Elazzouzi, Nadia Zekri, Touriya Zair, Mohamed Alaoui El Belghiti

Karbala International Journal of Modern Science

In this study, Anacyclus pyrethrm Link (roots) is a medicinal plant from the Asteraceae family, endemic to Morocco and is widely used in traditional medicine; was investigated for their total phenolics, flavonoids contents and antioxidant activities. The quantitative estimation of total flavonoids and phenols by the colorimetric method showed that the extracts were prepared by fractionation of the crude hydromethanolic extract (ethyl acetate and n-butanol). The phenol content of various extracts, estimated by the Folin-Ciocalteu method, was between 1,44 and 12,82 mg EAG / g extract of A. pyrethrum. Moreover, it is clear that ethyl acetate was the …

Interaction Between Fusarium Head Blight And Crown Rot Disease Incidence And Environmental Factors And Soil Physiochemical Analysis On Wheat In The South Of Iraq, Basra Province, Mohammed Hussein Minati Dr., Mohanad Khalaf Mohammed-Ameen Dr.

Karbala International Journal of Modern Science

This study was conducted to evaluate the interaction between disease incidence of both Fusarium head blight (FHB) and crown rot (FCR) and physiochemical parameters for soil samples and environmental factors in 14 selected wheat fields in the North of Basra province. The results showed that both diseases were occurred in all surveyed fields. The level of FCR incidence was higher than FHB. The incidence of both diseases was increased with favourable weather conditions (high humidity and temperature ˃15 °C), reaching the highest levels in crucial periods before and during the ripening stage. The percentage of disease incidence ranged between 6 …

Structural Basis Of Non-Canonical Transcriptional Regulation By The A-Bound Iron-Sulfur Protein Whib1 In M. Tuberculosis, Tao Wan, Shanren Li, Daisy Guiza Beltran, Andrew Schacht, Lu Zhang, Donald F. Becker, Limei Zhang

Department of Biochemistry: Faculty Publications

WhiB1 is amonomeric iron–sulfur cluster-containing transcription factor in the WhiB-like family that is widely distributed in actinobacteria including the notoriously persistent pathogen Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis). WhiB1 plays multiple roles in regulating cell growth and responding to nitric oxide stress inM. tuberculosis, but its underlying mechanism is unclear. Here we report a 1.85 A° -resolution crystal structure of the [4Fe–4S] cluster-bound (holo- )WhiB1 in complex with the C-terminal domain of the 70-family primary sigma factor A of M. tuberculosis containing the conserved region 4 (A 4). Region 4 of the 70-family primary sigma factors is commonly used by transcription factors …

High-Throughput Nano-Scale Characterization Of Membrane Proteins Using Fluorescence-Detection Size-Exclusion Chromatography, Alex J. Vecchio, Robert M. Stroud

Department of Biochemistry: Faculty Publications

Structural biology has revealed predicting heterologous expression levels, homogeneity, and stability of a protein from its primary structure are exceedingly difficult. Membrane proteins, in particular, present numerous challenges that make obtaining milligram quantities of quality samples problematic. For structural and functional investigation of these molecules, however, this is what is required. Fluorescence size-exclusion chromatography (F-SEC), a technique where a protein of biological interest is fused to green fluorescent protein (GFP) and monitored, circumvents many bottlenecks inherent to membrane protein structural biology. In vivo expression yields, as well as in vitro homogeneity and stability, can be rapidly evaluated utilizing nanogram quantities …

The Antimicrobial Activity And Cellular Targets Of Plant Derived Aldehydes And Degradable Pro-Antimicrobial Networks In Pseudomonas Aeruginosa, Yetunde Adewunmi

Dissertations

Essential oils (EOs) are plant-derived products that have been long exploited for their antimicrobial activities in medicine, agriculture, and food preservation. EOs represent a promising alternative to conventional antibiotics due to the broad-range antimicrobial activity, low toxicity to human commensal bacteria, and the capacity to kill microorganisms without promoting resistance. Despite the progress in the understanding of the biological activity of EOs, many aspects of their mode of action remain inconclusive. The overarching aim of this work was to address these gaps by studying molecular interactions between antimicrobial plant aldehydes and the opportunistic human pathogen Pseudomonas aeruginosa. We initiated …

Inhibition Of Serine, Glycine, One-Carbon Metabolism Reduces Proinflammatory Response, Ashlynn Mccall

Honor’s College Freeman Research Journal

Acute lung injury affects around 200,000 critically ill patients annually, with a mortality rate near 33%. With a lack of targeted therapies, it is vital to discover and understand the fundamental cellular processes that drive macrophage inflammation. In the field of macrophage immunometabolism, it is accepted that macrophages upregulating glycolysis indicates a role in proinflammatory processes, however, there is a lack of knowledge surrounding the intermediate pathways in glycolysis. This study examined the effects of serine, glycine, one-carbon metabolism inhibition on LPS-induced inflammation in bone marrow-derived macrophages. We show that the enzymatic expression of PHGDH and PSATl is unaffected when …

Deepep: A Deep Learning Framework For Identifying Essential Proteins, Min Zeng, Min Li, Fang-Xiang Wu, Yaohang Li, Yi Pan

Computer Science Faculty Publications

Background: Essential proteins are crucial for cellular life and thus, identification of essential proteins is an important topic and a challenging problem for researchers. Recently lots of computational approaches have been proposed to handle this problem. However, traditional centrality methods cannot fully represent the topological features of biological networks. In addition, identifying essential proteins is an imbalanced learning problem; but few current shallow machine learning-based methods are designed to handle the imbalanced characteristics. Results: We develop DeepEP based on a deep learning framework that uses the node2vec technique, multi-scale convolutional neural networks and a sampling technique to identify essential proteins. …

Biotech: Not Just For Geeks, Fred D. Ledley

Science and Industry

Business students get high marks for scientific literacy

Molecular Survey Of Helminths Infecting Ground Dwelling Birds In The Grouse Subfamily Tetraoninae, Briana M. Sesmundo

Honors College Theses

Alaskan grouse and ptarmigan (Galliformes) are important avian game species in Alaska. Interestingly, gallids harbor a fairly diverse helminth fauna, particularly cestodes, which may make birds with high parasite loads more susceptible to predation. Unfortunately, there is limited information available on the helminth fauna of Alaskan gallids, and no molecular surveys. The present study aims to develop baseline data on diversity of intestinal and subcutaneous (filariid) helminth infections in galliforms using morphological and molecular (DNA) approaches. These data can then be used to better understand changes in helminth community structure given current environmental volatility. The intestines, cloaca, liver and kidneys …

Cgste11 Mediates Cross Tolerance To Multiple Environmental Stressors In Candida Glabrata, Mian Huang, Jibran Khan, Manpreet Kaur, Julian Daniel Torres Vanega, Orlando Andres Aguilar Patiño, Anand Ramasubramanian, Katy Kao

Faculty Publications

Candida glabrata is a human commensal and an opportunistic human fungal pathogen. It is more closely related to the model yeast Saccharomyces cerevisiae than other Candida spp. Compared with S. cerevisiae, C. glabrata exhibits higher innate tolerance to various environmental stressors, including hyperthermal stress. Here we investigate the molecular mechanisms of C. glabrata adaptation to heat stress via adaptive laboratory evolution. We show that all parallel evolved populations readily adapt to hyperthermal challenge (from 47 °C to 50 °C) and exhibit convergence in evolved phenotypes with extensive cross-tolerance to various other environmental stressors such as oxidants, acids, and alcohols. Genome …

Comparison Of Montage With Conventional Stereoscopic Seven‑Field Photographs For Assessment Of Etdrs Diabetic Retinopathy Severity, Nam V. Nguyen, Erin M. Vigil, Muhammad Hassan, Muhammad S. Halim, Sean C. Baluyot, Hugo A. Guzman, Rubbia Afridi, Diana V. Do, Yasir J. Sepah

Department of Biochemistry: Faculty Publications

Background: The ETDRS stereoscopic seven-field (7F) has been a standard imaging and grading protocol for assessment of diabetic retinopathy (DR) severity score in many clinical trials. To the best of our knowledge, the comparison between montage and stereoscopic 7F has not been reported in the literature. Therefore, the main purpose of this study is to compare agreement between montage and stereoscopic seven-field (7F) photographs in the assessment of DR severity.

Methods: Stereoscopic 7F photographs were captured from subjects with DR. Montages of monoscopic 7F images were created using Adobe Photoshop CS6 Extended©. The best quality image of each stereo pair …

Morphology, Molecular Characterization And Habitat Preference Of Harmful Benthic Dinoflagellate Gambierdiscus (Dinophyceae) In Malaysia, Nurin Izzati Mustapa

Student Works (2020-2029)

Ciguatera fish poisoning (CFP) is a type of illness that causes human intoxication after consuming contaminated coral fishes. The neurotoxins, ciguatoxins, are produced by species of Gambierdiscus, one of the harmful benthic dinoflagellates. Identification of harmful dinoflagellate species is important to gain further insights into the global dispersion. In this study, morphological characteristics of species in the genus Gambierdiscus and their habitat preferences were investigated. Field sampling was undertaken at Pulau Rawa, Terengganu and Pulau Sibu, Johor. Single cells of Gambierdiscus were isolated and clonal cultures were established. Morphology of Gambierdiscus was examined by using light and scanning electron microscopes. …

The Democratization And Development Of Cell-Free Protein Synthesis, Max Z. Levine

Master's Theses

Cell-free protein synthesis (CFPS) using crude lysates has developed into a robust platform technology over the last 60 years to express numerous types of recombinant proteins. The open-nature, elimination of reliance on cell viability, and focus of all energy towards production of the protein of interest represent substantial advantages of CFPS over in vivo protein expression methods. CFPS has provided new opportunities across a series of research fields that include metabolic engineering, therapeutic and vaccine development, education, biosensors, and many more. In recent years, optimizations of CFPS have even allowed the platform to reach the industrial level of protein production. …

Label-Free Microrna Optical Biosensors, Meimei Lai, Gymama Slaughter

Bioelectrics Publications

MicroRNAs (miRNAs) play crucial roles in regulating gene expression. Many studies show that miRNAs have been linked to almost all kinds of disease. In addition, miRNAs are well preserved in a variety of specimens, thereby making them ideal biomarkers for biosensing applications when compared to traditional protein biomarkers. Conventional biosensors for miRNA require fluorescent labeling, which is complicated, time-consuming, laborious, costly, and exhibits low sensitivity. The detection of miRNA remains a big challenge due to their intrinsic properties such as small sizes, low abundance, and high sequence similarity. A label-free biosensor can simplify the assay and enable the direct detection …

Updating Molecular Diagnostics For Detecting Methicillin- Susceptible And Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus Isolates In Blood Culture Bottles, Fred C. Tenover, Isabella A. Tickler, Victoria M. Le, Scott Dewell, Rodrigo E. Mendes, Richard V. Goering, Mrsa Consortium

Biology Faculty Publications

Molecular diagnostic tests can be used to provide rapid identification of staphylococcal species in blood culture bottles to help improve antimicrobial stewardship. However, alterations in the target nucleic acid sequences of the microorganisms or their antimicrobial resistance genes can lead to false-negative results. We determined the whole-genome sequences of 4 blood culture isolates of Staphylococcus aureus and 2 control organisms to understand the genetic basis of genotypephenotype discrepancies when using the Xpert MRSA/SA BC test (in vitro diagnostic medical device [IVD]). Three methicillin-resistant S. aureus (MRSA) isolates each had a different insertion of a genetic element in the staphylococcal cassette …