Adaptive Enrichment Designs For Randomized Trials With Delayed Endpoints, Using Locally Efficient Estimators To Improve Precision,
2015
Johns Hopkins University, Johns Hopkins Bloomberg School of Public Health, Department of Biostatistics
Adaptive Enrichment Designs For Randomized Trials With Delayed Endpoints, Using Locally Efficient Estimators To Improve Precision, Michael Rosenblum, Tianchen Qian, Yu Du, Huitong Qiu
Johns Hopkins University, Dept. of Biostatistics Working Papers
Adaptive enrichment designs involve preplanned rules for modifying enrollment criteria based on accrued data in an ongoing trial. For example, enrollment of a subpopulation where there is sufficient evidence of treatment efficacy, futility, or harm could be stopped, while enrollment for the remaining subpopulations is continued. Most existing methods for constructing adaptive enrichment designs are limited to situations where patient outcomes are observed soon after enrollment. This is a major barrier to the use of such designs in practice, since for many diseases the outcome of most clinical importance does not occur shortly after enrollment. We propose a new class …
Simulation Of Semicompeting Risk Survival Data And Estimation Based On Multistate Frailty Model,
2015
Harvard University
Simulation Of Semicompeting Risk Survival Data And Estimation Based On Multistate Frailty Model, Fei Jiang, Sebastien Haneuse
Harvard University Biostatistics Working Paper Series
We develop a simulation procedure to simulate the semicompeting risk survival data. In addition, we introduce an EM algorithm and a B–spline based estimation procedure to evaluate and implement Xu et al. (2010)’s nonparametric likelihood es- timation approach. The simulation procedure provides a route to simulate samples from the likelihood introduced in Xu et al. (2010)’s. Further, the EM algorithm and the B–spline methods stabilize the estimation and gives accurate estimation results. We illustrate the simulation and the estimation procedure with simluation examples and real data analysis.
Association Between Nutritional Awareness And Diet Quality: Evidence From The Observation Of Cardiovascular Risk Factors In Luxembourg (Oriscav-Lux) Study,
2015
University of South Carolina
Association Between Nutritional Awareness And Diet Quality: Evidence From The Observation Of Cardiovascular Risk Factors In Luxembourg (Oriscav-Lux) Study, Ala'a Alkerwi, Nicolas Sauvageot, Leoné Malan, Nitin Shivappa, James R. Hébert
Faculty Publications
This study examined the association between nutritional awareness and diet quality, as indicated by energy density, dietary diversity and adequacy to achieve dietary recommendations, while considering the potentially important role of socioeconomic status (SES). Data were derived from 1351 subjects, aged 18–69 years and enrolled in the ORISCAV-LUX study. Energy density score (EDS), dietary diversity score (DDS) and Recommendation Compliance Index (RCI) were calculated based on data derived from a food frequency questionnaire. Nutritional awareness was defined as self-perception of the importance assigned to eating balanced meals, and classified as high, moderate, or of little importance. Initially, a General Linear …
Test On Existence Of Histology Subtype-Specific Prognostic Signatures Among Early Stage Lung Adenocarcinoma And Squamous Cell Carcinoma Patients Using A Cox-Model Based Filter,
2015
Jilin University, China
Test On Existence Of Histology Subtype-Specific Prognostic Signatures Among Early Stage Lung Adenocarcinoma And Squamous Cell Carcinoma Patients Using A Cox-Model Based Filter, Suyan Tian, Chi Wang, Ming-Wen An
Biostatistics Faculty Publications
BACKGROUND: Non-small cell lung cancer (NSCLC) is the predominant histological type of lung cancer, accounting for up to 85% of cases. Disease stage is commonly used to determine adjuvant treatment eligibility of NSCLC patients, however, it is an imprecise predictor of the prognosis of an individual patient. Currently, many researchers resort to microarray technology for identifying relevant genetic prognostic markers, with particular attention on trimming or extending a Cox regression model. Adenocarcinoma (AC) and squamous cell carcinoma (SCC) are two major histology subtypes of NSCLC. It has been demonstrated that fundamental differences exist in their underlying mechanisms, which motivated us …
Impact Of Population Stratification On Family-Based Association In An Admixed Population,
2015
Cincinnati Children’s Hospital Medical Center
Impact Of Population Stratification On Family-Based Association In An Admixed Population, T. B. Mersha, L. Ding, H. He, E. S. Alexander, X. Zhang, B. G. Kurowski, V. Pilipenko, L. Kottyan, L. J. Martin, David W. Fardo
Biostatistics Faculty Publications
Population substructure is a well-known confounder in population-based case-control genetic studies, but its impact in family-based studies is unclear. We performed population substructure analysis using extended families of admixed population to evaluate power and Type I error in an association study framework. Our analysis shows that power was improved by 1.5% after principal components adjustment. Type I error was also reduced by 2.2% after adjusting for family substratification. The presence of population substructure was underscored by discriminant analysis, in which over 92% of individuals were correctly assigned to their actual family using only 100 principal components. This study demonstrates the …
Zero-Inflated Models To Identify Transcription Factor Binding Sites In Chip-Seq Experiments,
2015
Old Dominion University
Zero-Inflated Models To Identify Transcription Factor Binding Sites In Chip-Seq Experiments, Sameera Dhananjaya Viswakula
Mathematics & Statistics Theses & Dissertations
It is essential to determine the protein-DNA binding sites to understand many biological processes. A transcription factor is a particular type of protein that binds to DNA and controls gene regulation in living organisms. Chromatin immunoprecipitation followed by highthroughput sequencing (ChIP-seq) is considered the gold standard in locating these binding sites and programs use to identify DNA-transcription factor binding sites are known as peak-callers. ChIP-seq data are known to exhibit considerable background noise and other biases. In this study, we propose a negative binomial model (NB), a zero-inflated Poisson model (ZIP) and a zero-inflated negative binomial model (ZINB) for peak-calling. …
The Stability Of The Iris As A Biometric Modality,
2015
Purdue University
The Stability Of The Iris As A Biometric Modality, Benjamin Wright Petry
Open Access Theses
In this thesis, the question of the stability of a group of individual subjects' irises is examined and answered. This stability is examined in regards to the time scale of the month range. The covariate for this research was time. Images collected during one month of separation between captures were examined. The genuine and impostor scores for these images were calculated and then interpreted using the stability score index. This index produced a quantifiable value for the stability of iris match scores over the months of the examination. ^ Additionally, a new framework for collecting and analyzing time in biometrics …
Targeted Estimation And Inference For The Sample Average Treatment Effect,
2015
Division of Biostatistics, University of California, Berkeley - the SEARCH Consortium
Targeted Estimation And Inference For The Sample Average Treatment Effect, Laura B. Balzer, Maya L. Petersen, Mark J. Van Der Laan
U.C. Berkeley Division of Biostatistics Working Paper Series
While the population average treatment effect has been the subject of extensive methods and applied research, less consideration has been given to the sample average treatment effect: the mean difference in the counterfactual outcomes for the study units. The sample parameter is easily interpretable and is arguably the most relevant when the study units are not representative of a greater population or when the exposure's impact is heterogeneous. Formally, the sample effect is not identifiable from the observed data distribution. Nonetheless, targeted maximum likelihood estimation (TMLE) can provide an asymptotically unbiased and efficient estimate of both the population and sample …
Spectral Gene Set Enrichment (Sgse),
2015
Dartmouth College
Spectral Gene Set Enrichment (Sgse), H Robert Frost, Zhigang Li, Jason H. Moore
Dartmouth Scholarship
Gene set testing is typically performed in a supervised context to quantify the association between groups of genes and a clinical phenotype. In many cases, however, a gene set-based interpretation of genomic data is desired in the absence of a phenotype variable. Although methods exist for unsupervised gene set testing, they predominantly compute enrichment relative to clusters of the genomic variables with performance strongly dependent on the clustering algorithm and number of clusters. We propose a novel method, spectral gene set enrichment (SGSE), for unsupervised competitive testing of the association between gene sets and empirical data sources. SGSE first computes …
Determinan Perilaku Tes Hiv Pada Ibu Hamil,
2015
Jurusan Kebidanan Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Yogyakarta
Determinan Perilaku Tes Hiv Pada Ibu Hamil, Nanik Setiyawati, Niken Meilani
Kesmas
Human immunodeficiency virus (HIV) dan Acquired immune deficiency syndrome (AIDS) merupakan salah satu sorotan dalam pencapaian target Millenium Development Goals (MDGs). Ibu hamil dengan HIV akan berisiko menularkan kepada bayinya. Tes HIV merupakan gerbang pembuka status HIV yang sangat penting dilakukan pada ibu hamil. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan determinan perilaku tes HIV pada ibu hamil yaitu tingkat pendidikan, tingkat pengetahuan, persepsi kerentanan diri tertular HIV, sikap, Provider-Initiated Testing and Counselling (PITC) dan ketersediaan sumber informasi (keluarga dan kader kesehatan). Jenis penelitian adalah potong lintang dengan metode survei. Penelitian ini dilakukan di Puskesmas Mantrijeron dan Puskesmas Sleman yang telah memiliki …
Pengaruh Faktor Personal Berpengaruh Terhadap Perilaku Seksual Pranikah Pada Remaja Di Kota Kendari Provinsi Sulawesi Tenggara,
2015
Magister Kesehatan Ibu dan Anak-Kesehatan Reproduksi Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada
Pengaruh Faktor Personal Berpengaruh Terhadap Perilaku Seksual Pranikah Pada Remaja Di Kota Kendari Provinsi Sulawesi Tenggara, Rosdarni Rosdarni, Djaswadi Dasuki, Sumarni Djoko Waluyo
Kesmas
Perilaku seksual pranikah yang tinggi pada remaja disebabkan oleh faktor personal seperti pengetahuan kesehatan seksual, Infeksi Menular Seksual (IMS) dan HIV / AIDS, sikap terhadap seksualitas, harga diri dan efikasi diri. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh faktor personal seperti pengetahuan tentang kesehatan seksual, IMS dan HIV / AIDS, sikap, harga diri dan efikasi diri terhadap perilaku seksual pranikah pada remaja di Kota Kendari yang diukur melalui kuesioner dan wawancara mendalam. Desain penelitian adalah studi potong lintang dengan jumlah sampel 200 remaja yang berasal dari empat sekolah negeri di Kota Kendari mulai dari Agustus sampai dengan Oktober 2014. Analisis regresi …
Mekanisme Hubungan Sosial Ekonomi, Pemanfaatan Pelayanan Kesehatan Dan Kehamilan Risiko Tinggi Terhadap Prevalensi Panjang Badan Lahir Pendek,
2015
Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Bengkulu
Mekanisme Hubungan Sosial Ekonomi, Pemanfaatan Pelayanan Kesehatan Dan Kehamilan Risiko Tinggi Terhadap Prevalensi Panjang Badan Lahir Pendek, Demsa Simbolon, Wahyu Dwi Astuti, Lusi Andriani
Kesmas
Prevalensi panjang badan lahir pendek di Indonesia masih tinggi dan menjadi masalah kesehatan masyarakat yang disebabkan oleh pelbagai faktor secara langsung dan tidak langsung serta berdampak luas dan berkelanjutan dalam siklus kehidupan. Penelitian menggunakan data Riset Kesehatan Dasar (Riskesdas) 2013 dengan pendekatan potong lintang bertujuan mengetahui mekanisme hubungan berbagai variabel laten terhadap prevalensi panjang badan lahir pendek. Sampel adalah 497 kabupaten yang diagregat dari data individu, yaitu anak lahir dari ibu berusia 15 hingga 49 tahun dengan kriteria anak kandung dan lahir tunggal. Pemodelan menggunakan Structural Equation Modelling. Kehamilan berisiko tinggi berhubungan positif langsung dengan prevalensi panjang badan lahir pendek …
Risiko Ergonomi Ketidaksesuaian Desain Dan Ukuran Tempat Duduk Sepeda Motor Terhadap Antropometri Pada Mahasiswa,
2015
Departemen Keselamatan dan Kesehatan Kerja Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia
Risiko Ergonomi Ketidaksesuaian Desain Dan Ukuran Tempat Duduk Sepeda Motor Terhadap Antropometri Pada Mahasiswa, Zulkifli Djunaidi, Rahmadani Arnur
Kesmas
Transportasi merupakan hal yang sangat dibutuhkan dalam menunjang pembangunan nasional. Belum baiknya sistem transportasi massal di Indonesia, membuat masyarakat lebih memilih menggunakan kendaraan pribadi, seperti sepeda motor yang praktis dan ekonomis untuk digunakan. Namun, dalam menggunakan sepeda motor, aspek ergonomi dan kenyamanan bagi pengendara perlu untuk diperhatikan. Desain dan ukuran tempat duduk sepeda motor yang tidak sesuai dengan antropometri duduk statis pengendara dapat menimbulkan kelelahan pada pengendara dan mengakibatkan terjadinya kecelakaan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui risiko ergonomi dari ketidaksesuaian antara desain dan ukuran tempat duduk sepeda motor dengan antropometri duduk statis. Untuk menganalisis risiko ergonomi, dilakukan penelitian …
Model Pengendalian Faktor Risiko Stunting Pada Anak Bawah Tiga Tahun,
2015
Jurusan Kesehatan Masyarakat Fakultas Ilmu-Ilmu Kesehatan Universitas Jenderal Soedirman
Model Pengendalian Faktor Risiko Stunting Pada Anak Bawah Tiga Tahun, Erna Kusumawati, Setiyowati Rahardjo, Hesti Permata Sari
Kesmas
Stunting merupakan masalah gizi, terbukti data pemantauan status gizi Kabupaten Banyumas 2012 prevalensi stunting sebesar 28,37% dan prevalensi tertinggi (41,6%) di Puskesmas Kedungbanteng. Tujuan penelitian untuk menganalisis faktor risiko terkait faktor anak, ibu, lingkungan terhadap stunting bawah tiga tahun (batita) agar dapat dikembangkan model pengendaliannya. Penelitian menggunakan desain kasus kontrol, populasi adalah seluruh anak usia 6 sampai 36 bulan di Puskesmas Kedungbanteng Kabupaten Banyumas selama enam bulan tahun 2013. Sampel kasus adalah 50 batita stunting, sampel kontrol adalah 50 batita status normal. Teknik pengambilan sampel kasus diambil dari tujuh desa yang terbanyak stuntingnya, sedangkan kontrol adalah batita normal tetangga terdekat …
Lama Merokok Dan Jumlah Konsumsi Rokok Terhadap Trombosit Pada Laki-Laki Perokok Aktif,
2015
Program Studi Pendidikan Dokter Laboratorium Patologi Klinik Fakultas Kedokteran Universitas Jenderal Achmad Yani Cimahi
Lama Merokok Dan Jumlah Konsumsi Rokok Terhadap Trombosit Pada Laki-Laki Perokok Aktif, Rini Sundari, Dinyar Supiadi Widjaya, Aditya Nugraha
Kesmas
Jumlah perokok dan jumlah rokok yang dikonsumsi mengalami peningkatan dari waktu ke waktu. Rokok dapat memengaruhi trombosit yang dapat menyebabkan gangguan kardiovaskular. Penelitian ini merupakan penelitian potong lintang yang bertujuan untuk menganalisis lama merokok dan jumlah rokok yang dikonsumsi terhadap jumlah trombosit, mean platelet volume (MPV), platelet distribution width (PDW), platelet crit (PCT), dan platelet large cell ratio (PLCR). Penelitian dilakukan di Pabrik Garmen Cimahi pada tahun 2014 yang diikuti oleh 31 laki-laki perokok aktif berusia 19 - 50 (32,97 + 10,28) tahun, 70,9% di antaranya sebagai perokok sedang. Analisis data dilakukan secara deskriptif, uji normalitas Shapiro-Wilk, dan uji korelasi …
Kejadian Anemia Pada Siswa Sekolah Dasar,
2015
Program Studi Ilmu Gizi Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Hasanuddin
Kejadian Anemia Pada Siswa Sekolah Dasar, Saifuddin Sirajuddin, Masni Masni
Kesmas
Anemia gizi besi masih merupakan masalah kesehatan masyarakat dengan prevalensi pada anak 5 - 12 tahun sebesar 29% di Indonesia dan di Kota Makassar sebesar 37,6%. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui faktor determinan (status kecacingan, status seng, kebiasaan sarapan pagi, pola konsumsi makanan sumber heme dan nonheme, pola konsumsi sumber makanan pelancar dan penghambat zat besi) terhadap kejadian anemia. Desain penelitian yang digunakan adalah potong lintang yang dilaksanakan pada bulan April – Juni 2014. Penelitian ini menggunakan desain potong lintang yang dilaksanakan pada siswa kelas 3 - 5 SD Negeri Cambaya Kecamatan Ujung Tanah Kota Makassar. Sampel sebanyak 120 siswa …
Pencegahan Resurgensi Malaria Dengan Deteksi Dini Dan Pengobatan Segera Di Daerah Reseptif,
2015
Departemen Kesehatan Lingkungan Fakultas Kesehatan Masyarakat Universitas Indonesia
Pencegahan Resurgensi Malaria Dengan Deteksi Dini Dan Pengobatan Segera Di Daerah Reseptif, Teni Supriyani, Umar Fahmi Achmadi, Dewi Susanna
Kesmas
Jawa Barat merupakan salah satu wilayah reseptif malaria di Indonesia, khususnya Kabupaten Tasikmalaya bagian selatan. Tahun 2009, 2011, dan 2012 telah terjadi kejadian luar biasa (KLB) terutama di Kecamatan Cineam. Namun, pada tahun 2013 tidak terjadi KLB serupa. Ekosistem Cineam berupa pegunungan dan perkebunan kondusif untuk penularan malaria. Selain itu, banyak penduduk Cineam yang merupakan pekerja migran. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi faktor-faktor yang berkontribusi terhadap tidak terjadinya peningkatan kasus (resurgensi) malaria di daerah reseptif. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kuantitatif yang dilakukan pada bulan Juni - Desember 2014, dengan menggunakan sampel seluruh penderita malaria positif di Kecamatan Cineam tahun …
Diabetes Melitus Dan Tingkat Keparahan Jaringan Periodontal,
2015
Jurusan Keperawatan Gigi Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Jakarta I
Diabetes Melitus Dan Tingkat Keparahan Jaringan Periodontal, Rikawarastuti Rikawarastuti, Eka Anggreni, Ngatemi Ngatemi
Kesmas
Penyakit periodontal merupakan masalah kesehatan gigi dan mulut dengan prevalensi cukup tinggi di Indonesia (60%). Diabetes melitus merupakan salah satu faktor predisposisi terjadinya penyakit periodontal. Tujuan penelitian adalah menganalisis hubungan diabetes melitus terhadap tingkat keparahan jaringan periodontal. Jenis penelitian observasional analitik potong lintang. Penelitian dilakukan di Puskesmas Kecamatan Jagakarsa Jakarta Selatan pada bulan Oktober - November 2014 dengan populasi penelitian adalah pengunjung Puskesmas Kecamatan Jagakarsa. Pengambilan sampel menggunakan simple random sampling sebanyak 122 orang. Status diabetes melitus didapat dari rekam medis poli penyakit tidak menular. Analisis data menggunakan kai kuadrat dan regresi logistik sederhana. Hasil penelitian menunjukkan proporsi penderita diabetes …
Asi Eksklusif Dan Persepsi Ketidakcukupan Asi,
2015
Politeknik Harapan Bersama Tegal
Asi Eksklusif Dan Persepsi Ketidakcukupan Asi, Adila Prabasiwi, Sandra Fikawati, Ahmad Syafiq
Kesmas
Persepsi ketidakcukupan air susu ibu (PKA) adalah keadaan ibu merasa ASI-nya tidak cukup untuk memenuhi kebutuhan bayinya. PKA merupakan salah satu penyebab utama kegagalan ASI eksklusif di dunia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui faktor paling dominan berhubungan dengan PKA di Kecamatan Tegal Selatan dan Kecamatan Margadana, Kota Tegal tahun 2014. Penelitian ini merupakan penelitian primer dengan desain studi potong lintang. Sampel berjumlah 88 ibu dari bayi berusia 0 - 6 bulan yang dipilih secara purposive sampling. Status gizi ibu dilihat dari kenaikan berat badan ibu sewaktu hamil apakah sesuai dengan rekomendasi dari Institute of Medicine. Asupan energi ibu saat laktasi …
Tumor Necrosis Factor-Α Sebagai Prediktor Terjadinya Anemia Pada Ibu Hamil Di Wilayah Endemis Malaria,
2015
Program Studi Magister Ilmu Biomedik Fakultas Kedokteran Universitas Sriwijaya
Tumor Necrosis Factor-Α Sebagai Prediktor Terjadinya Anemia Pada Ibu Hamil Di Wilayah Endemis Malaria, Rostika Flora, Mukni Mukni, Bina Melvia Girsang, Sigit Purwanto
Kesmas
Ibu hamil yang berada di daerah endemis malaria sangat rentan terhadap infeksi malaria selama kehamilan. Gejala malaria pada kelompok ini sering asimptomatik atau bahkan tidak terdeteksi sama sekali karena adanya efek imunitas protektif melalui infeksi yang berulang. Adanya peningkatan kadar tumor necrosis factor-alpha (TNF-α) dapat dijadikan indikator terjadinya infeksi malaria. TNF-α berperan penting dalam respons imun pada malaria akut yang menghambat terjadinya eritropoesis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara kadar TNF-α dengan kejadian anemia pada ibu hamil didaerah endemik malaria vivax. Penelitian ini menggunakan desain potong lintang, dilakukan pada bulan Januari - Februari 2014 di lima wilayah kerja puskesmas …
