Microbiology Commons^™

การโคลนและการแสดงออกของแฟลกเจลลินจาก Bacillus Subtilis N3 ใน Escherichia Coli เพื่อการยับยั้งราก่อโรคในพืช Curvularia Lunata, จุฑากาญจน์ นามสง่า

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Curvularia lunata เป็นราสายใยที่พบทั่วไปในดินซึ่งก่อให้เกิดโรคในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด และส่งผลให้เกิดความเสียหายทางด้านเศรษฐกิจเป็นอย่างมาก เกษตรกรจึงจำเป็นต้องควบคุมและกำจัดรานี้ ซึ่งแนวทางที่น่าสนใจในการยับยั้งและกำจัดรา คือ การใช้วิธีการทางชีวภาพซึ่งไม่ก่อให้เกิดอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตและไม่ส่งผลเสียต่อสิ่งแวดล้อม งานวิจัยก่อนหน้าพบว่าสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพจาก Bacillus subtilis N3 สามารถยับยั้งการเจริญของ C. lunata ได้อย่างมีประสิทธิภาพ เมื่อวิเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพดังกล่าว พบว่าเป็นโปรตีนที่มีความคล้ายกับแฟลกเจลลิน เอ ซึ่งเป็นยูนิตโปรตีนที่เป็นส่วนประกอบของแฟลกเจลลาในแบคทีเรีย งานวิจัยนี้จึงมุ่งศึกษายีนที่ประมวลรหัสให้โปรตีนแฟลกเจลลินจาก B. subtilis N3 โดยให้แสดงออกใน Escherichia coli BL21 ผลการวิจัยพบว่ายีนแฟกเจลลินที่สมบูรณ์จาก B. subtilis N3 มีขนาด 990 คู่เบส ที่แปลรหัสให้โปรตีนที่มีกรดอะมิโน 330 เรซิดิว โดยมีความใกล้เคียงกับโปรตีนแฟลกเจลลิน เอ ของแบคทีเรียในกลุ่ม Bacillus สูงถึง 100% เมื่อถ่ายโอนรีคอมบิแนนท์พลาสมิดที่มียีนแฟลกเจลลินดังกล่าวเข้าสู่ E. coli BL21 แล้วชักนำให้เกิดการแสดงออกของโปรตีนด้วย IPTG พบว่าส่วนของเซลล์และส่วนของน้ำเลี้ยงเชื้อที่ปราศจากเซลล์มีการแสดงออกโปรตีนขนาด 37 kDa และ 37-40 kDa ตามลำดับ ภาวะที่เหมาะสมในการชักนำให้เกิดการแสดงออกของโปรตีน คือ IPTG ความเข้มข้นสุดท้าย 0.1 มิลลิโมลาร์ เป็นเวลา 8 ชั่วโมงในส่วนของเซลล์ และ 16 ชั่วโมงในส่วนของน้ำเลี้ยงเชื้อ เมื่อนำมาทดสอบประสิทธิภาพในการยับยั้ง C. lunata พบว่าน้ำเลี้ยงเชื้อปราศจากเซลล์สามารถยับยั้ง C. lunata ได้ 21.3 % เมื่อทำบริสุทธิ์โปรตีนพบว่าโปรตีนบริสุทธิ์มีขนาดประมาณ 41 kDa และมีความสามารถในการยับยั้ง C. lunata ได้ โดยทำให้เกิดความผิดปกติของสายใยและยับยั้งการงอกของสปอร์ เมื่อโคลนและแสดงออกโดเมน N และโดเมน C ของแฟลกเจลลินพบว่าไม่เกิดการแสดงออกโปรตีนใน E. coli BL 21 เมื่อใช้วิธีการกลายแบบสุ่มบนยีนแฟลกเจลลินด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสในภาวะที่มีความแม่นยําต่ำและเอื้อต่อความผิดพลาด พบว่าโคลนที่แสดงออกโปรตีนที่เกิดการกลายบริเวณโดเมน C โดยเกิดการเปลี่ยนแปลง A330T …

การผลิตน้ำมันโดย Pseudozyma Tsukubaensis จากแป้งมันสำปะหลัง, พุธิตา โชคเหรียญสุขชัย

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

คัดกรองได้ยีสต์น้ำมัน Pseudozyma tsukubaensis YWT 7-2 จากยีสต์ทั้งหมด 28 สายพันธุ์ที่แยกมาจากป่าชายเลน จังหวัดจันทบุรี ซึ่งสะสมน้ำมันภายในเซลล์ 31.36% (น้ำหนัก/น้ำหนัก) ของน้ำหนักเซลล์แห้ง งานวิจัยนี้เป็นการรายงานครั้งแรกว่ายีสต์ P. tsukubaensis เป็นยีสต์น้ำมัน P. tsukubaensis YWT 7-2 สามารถผลิตน้ำมันเมื่อเจริญในอาหารที่มีอัตราส่วนของคาร์บอนต่อไนโตรเจนสูง (high C/N medium) และในสารละลายกลูโคส แสดงว่าการผลิตน้ำมันของยีสต์ P. tsukubaensis YWT 7-2 ในบางครั้งอาจไม่มีความเกี่ยวข้องกับการเจริญ แต่ให้ผลผลิตน้ำมันใน high C/N medium มากกว่าในสารละลายกลูโคส P. tsukubaensis YWT 7-2 ผลิตน้ำมันและเพิ่มจำนวนในไฮโดรไลเสตแป้งมันสำปะหลังที่ปรับด่างเกินด้วยแคลเซียมไฮดรอกไซด์ (DCSH) ได้มากกว่าในไฮโดรไลเสตแป้งมันสำปะหลัง (CSH) ปริมาณน้ำมันที่ผลิตได้เท่ากับ 1.49 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 0.75 กรัม/ลิตร/วัน) เมื่อเติม 0.25% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟตลงใน DCSH พบว่าผลผลิตน้ำมันเพิ่มขึ้นเป็น 3.85 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 1.28 กรัม/ลิตร/วัน) พีเอชเริ่มต้นทีเหมาะสมที่สุดสำหรับการผลิตน้ำมันคือ 5.5 การเพิ่มจำนวนเซลล์ของ P. tsukubaensis YWT7-2 ใน DCSH ที่เติม 0.2% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟต และ 0.1% (น้ำหนัก/ปริมาตร) โพแทสเซียมไดไฮโดรเจนฟอสเฟต แทนการเพิ่มจำนวนเซลล์ใน CSH ที่เติม 0.2% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟต ทำให้ผลผลิตน้ำมันเพิ่มขึ้นเป็น 5.42 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 1.36 กรัม/ลิตร/วัน) น้ำมันที่ยีสต์ P. tsukubaensis YWT7-2 ผลิตเมื่อเจริญใน high C/N medium และใน DCSH …

การผลิตและลักษณะสมบัติของรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี Scfv-Fc ต่อ Notch1 และ Notch2 โดยใช้เซลล์ไลน์ Hek-293t, วรวรรณ บุญรัศมี

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วิถีสัญญาณ Notch ประกอบด้วย รีเซบเตอร์ 4 ชนิด (Notch 1-4) และลิแกนด์ 5 ชนิด (Delta-1, 3, 4 และ Jagged 1, 2) การเกิดอันตรกิริยาระหว่างลิแกนด์และรีเซบเตอร์ จะส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงบริเวณ NRR ทำให้เกิดการเผยตำแหน่งที่มีการตัดโดยเอนไซม์ซึ่งนำไปสู่การตัดโดยแกมมาซีครีเทส ดังนั้น NRR จึงเป็นตำแหน่งสำคัญเพื่อรักษาเสถียรภาพของ NRR ไว้เพื่อป้องกันการตัดของ Notch รีเซบเตอร์ วิถีสัญญาณ Notch ทำหน้าที่ควบคุมการเพิ่มจำนวน การเปลี่ยนสภาพ ตลอดจนถึงการตายของเซลล์หลายประเภท ความผิดปกติของสัญญาณ Notch ส่งผลให้เกิดการพัฒนาเป็นมะเร็งชนิดต่าง ๆ ได้ มีการใช้ยากดการทำงานของเอนไซม์แกมมาซีครีเทส (GSI) เพื่อการยับยั้งวิถีสัญญาณ Notch แต่มีรายงานว่า GSI ทำให้เกิดผลข้างเคียงที่ไม่พึงประสงค์ เนื่องจากมีซับสเตรทหลายชนิด รีคอมบิแนนท์แอนติบอดีในรูป scFv-Fc ซึ่งเป็นโปรตีนลูกผสมประกอบด้วย scFv และ Fc ของอิมมูโนโกลบูลินจีของมนุษย์ ได้ถูกนำมาประยุกต์ใช้ทางการรักษาบำบัดเนื่องจากมีคุณสมบัติที่ดีกว่ามอโนคลอนอลแอนติบอดีทั้งโมเลกุลหลายด้าน ในงานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ในการผลิตรีคอมบิแนนท์แอนติบอดีชนิด scFv-Fc ต่อบริเวณ NRR ของ Notch1 และ Notch2 โดยใช้เซลล์ไลน์ HEK-293T และศึกษาลักษณะสมบัติของรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี scFv-Fc โดยทดสอบการจับกับ Notch1 และ Notch2 และผลกระทบต่อวิถีสัญญาณ Notch ในเซลล์มะเร็งเม็ดเลือดขาว Jurkat จากผลการทดลองพบว่าสามารถผลิตรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี scFv-Fc ต่อ Notch1 และ 2 ได้ในเซลล์ไลน์ HEK-293T เมื่อทำการทรานส์เฟคชันพลาสมิดที่มีชิ้นยีนของ scFv-Fc เข้าสู่เซลล์ โดยนำโปรตีนที่ได้ในอาหารเลี้ยงเซลล์ ไปแยกบริสุทธิ์ด้วยคอลัมน์โครมาโทกราฟีสัมพรรคภาพ พบว่าบน SDS-PAGE ปรากฏโปรตีนเพียงแถบเดียว เมื่อผ่านการแยกบริสุทธิ์ด้วยสองขั้นตอนโดยใช้คอลัมน์ต่อ His-tag และ คอลัมน์โปรตีน A นำแอนติบอดีที่ได้ไปทดสอบรีคอมบิแนนท์แอนติบอดีต่อบริเวณ NRR โดย anti-Notch1 …

Characterization Of Two Cyclic Di-Gmp Phosphodiesterases Hypothesized To Regulate Virulence In Streptomyces Scabies, Madison Flasco

Undergraduate Honors Thesis Projects

Common scab is a devastating disease that affects the marketability of potatoes. The disease results in raised and pitted lesions seen on the surface of the potato and is caused by the soil pathogen, Streptomyces scabies. The S. scabies genome has two cyclic-di-GMP phosphodiesterases, RmdA and RmdB, both regulators of morphology and development. These proteins break down the ubiquitous second messenger molecule cyclic di-GMP, a molecule in charge of cell cycle progression and virulence. Both proteins contain diguanylate cyclase domains and phosphodiesterase domains, GGDEF and EAL, respectively, while RmdA contains an additional PAS_4 domain. Despite similar domain configurations, the two …

Acid Sphingomyelinase Is Essential For Vacuolar Development Of A. Phagocytophilum., Chelsea Cockburn

Theses and Dissertations

Obligate intracellular bacteria are significant causes of morbidity and mortality with over two hundred and fifty million infections worldwide annually. One such bacterium, Anaplasma phagocytophilum is the etiologic agent of human granulocytic anaplasmosis (HGA), a tick-transmitted febrile illness. Previous studies have shown that A. phagocytophilum lacks genes for cholesterol biosynthesis and solely relies on Niemann Pick protein type C (NPC)1-mediated low density lipoprotein (LDL)-derived cholesterol to complete its infection cycle.Acid sphingomyelinase (ASMase) is a lysosomal enzyme that is essential for diverse cellular processes including liberation of LDL-derived cholesterol from the lysosome. By first studying A. phagocytophilum, we found that …

Orientia Tsutsugamushi Modulates Endoplasmic Reticulum Stress To Benefit Its Intracellular Growth And Targets Nlrc5 To Inhibit Major Histocompatibility Complex I Expression, Kyle G. Rodino

Theses and Dissertations

Scrub typhus, caused by the obligate intracellular bacterium Orientia tsutsugamushi, afflicts one million people annually. Despite being a global health threat, little is known about O. tsutsugamushi pathogenesis. Here, we demonstrate that O. tsutsugamushi modulates the ER and ER-associated processes as mechanisms of nutritional virulence and immune evasion. To obtain amino acids to fuel replication, O. tsutsugamushi simultaneously induces ER stress and the unfolded protein response (UPR) while inhibiting ER-associated degradation (ERAD) during early infection time points. During exponential growth, the bacterium releases the ER bottleneck, resulting in generation of ERAD-derived amino acids that it parasitized for replication. …

Evolution And Niche Specialization Of Microbial Taxa In Vaginal Infection And Pregnancy, Abigail L. Glascock

Theses and Dissertations

The vaginal microbiome plays an important role in reproductive health and pregnancy. It has coevolved with humans and has direct effects on reproductive success, rendering selective pressure more pronounced at this site. Herein, we probe coevolution of the vaginal microbiome using a systems-level approach. In Chapter 2, we examine the evolutionary trajectory of two vaginal Veillonellaceae phylotypes evolved from an ancestral gastrointestinal lineage to inhabit the vaginal niche. We present evidence of their divergence and subniche specification and describe their differential associations with vaginal infection and pregnancy. In Chapter 3, we identify ten bacterial taxa, predicted to contribute to the …

Non-Canonicaly Recruited Tcrαβcd8Αα Iels Recognize Microbial Antigens, Lukasz Wojciech, Edyta Szurek, Michal Kuczma, Anna Cebula, Wessam R. Elhefnawy, Maciej Pietrzak, Grzegorz Rempala, Leszek Ignatowicz

Computer Science Faculty Publications

In the gut, various subsets of intraepithelial T cells (IELs) respond to self or non-self-antigens derived from the body, diet, commensal and pathogenic microbiota. Dominant subset of IELs in the small intestine are TCRαβCD8αα⁺ cells, which are derived from immature thymocytes that express self-reactive TCRs. Although most of TCRαβCD8αα⁺ IELs are thymus-derived, their repertoire adapts to microbial flora. Here, using high throughput TCR sequencing we examined how clonal diversity of TCRαβCD8αα⁺ IELs changes upon exposure to commensal-derived antigens. We found that fraction of CD8αα⁺ IELs and CD4⁺ T cells express identical …

The Bi-Directional Relationship Between Gut Microbiota And Autoimmunity, Trevor O. Kirby

EWU Masters Thesis Collection

Humans serve as a major reservoir for a vast number of microbiota. These microbes have evolved symbiotic relationships with humans due to their close proximity with their host. As a result, the immune system adapts to the microbiota thus modulating immunological function. Autoimmunity is a state in which there are aberrant immune responses produced against host tissue. Intestinal bacteria are directly impacted by instances of inflammation brought on by autoimmunity. The complicated nature between autoimmunity and bacterial modulation demonstrates a bi-directional relationship. Here, we utilize experimental autoimmune encephalomyelitis, a model for multiple sclerosis, to explore the bi-directional relationship that disease …

The Influence Of Water Quality On Wetland-Associated Microbial Communities, Lindsey Clairmont

Theses and Dissertations (Comprehensive)

Within a wetland environment, bacteria in association with plant roots play a vital role in maintaining the health of freshwater ecosystems. In order to gain insight into the stability and processes occurring within natural and constructed wetland environments we need to develop a better understanding of the relationship between wetland plants, root-associated microbial communities and environmental factors. Human population growth and urbanization have resulted in greater contaminant loads (inorganic nutrients, fecal contamination etc.) entering our waterways. As such, we need a better understanding of how anthropogenic impacts influence the structure and function of the wetland-associated microbial communities that we rely …

Molecular And Evolutionary Analysis Of Cyanobacterial Taxonomic Methods, Chelsea Denise Villanueva

UNF Graduate Theses and Dissertations

Cyanobacteria are a group of photo-oxygenic bacteria found in nearly every ecosystem, but much cyanobacterial diversity, in various habitats, has yet to be explored. Cyanobacteria are often conspicuous components of photosynthetic flora, providing significant carbon and nitrogen inputs to surrounding systems. As possible primary colonizers of stone substrates not native to this region, cyanobacteria isolated from headstones may provide biogeographically informative data. An exploratory study of lichen-dominated microbial consortia, growing on headstones, was conducted to isolate and identify novel microaerophytic cyanobacteria, and resulted in the establishment of four novel cyanobacterial taxa. Phylogenetic analyses of photobionts in one tripartite lichen revealed …

Bioinformatic Interrogation Of Phosphonate Tailoring Pathways, Monica Papinski

Theses and Dissertations (Comprehensive)

Phosphonates represent an underexploited class of natural products despite their tremendous potential for use in medicine and agriculture. Even less characterized are phosphonate-containing macromolecules such as cell wall lipids and glycans, distinguished by a P-C bond known to provide stability towards hydrolysis. Despite some progress made in revealing cell wall phosphonate tailoring (Pnt) pathways, several barriers impede the discovery and characterization of novel phosphonate biosynthetic pathways. Specifically, a large diversity of gene composition and arrangement is evident surrounding key genes established to participate in phosphonate tailoring pathways, which are identified alongside the presence of the ppm gene encoding the P-C …

Relationships Between Factors Influencing Biofilm Formation And Pathogen Retention In Complex Rhizosphere Microbial Communities, Aaron Coristine

Theses and Dissertations (Comprehensive)

Riparian wetlands are unique habitats facilitating all forms of life. The riverbanks of these environments provide ideal conditions for bacteria, plants, and higher organisms. Of particular interest to this research was the variation in microbial community structure at high, intermediate and poor water quality impacted areas. Assessing the capabilities of plants to retain microbial pathogens was identified. Root systems and corresponding soil are ideal locations for bacterial deposition, resulting in attachment at these areas. Biofilm production in these regions is important for long-term establishment, leading to persistence and potential naturalization. Opportunistic pathogens originating from mammalian fecal matter are introduced into …

The Forensic Characterization Of Bacterial And Fungal Organisms In Traditional Chinese Medicine, Julia Grzymkowski, Christopher J. Ehrhardt, Justin L. Poklis, Michelle R. Peace

Undergraduate Research Posters

There has been an increase in use of Traditional Chinese Medicine (TCM) in the United States because they are less expensive and believed to be more effective with less adverse effects in comparison to traditional pharmaceutics. Therefore, sales have increased in the US, despite articles and case studies demonstrating the dangers, such as injury and death, related to TCM, stemming from improper labelling, toxic contaminants, and, in some cases, the presence of pathogenic bacteria. The aim of this study was to perform a survival experiment to demonstrate the importance of proper herbal brewing technique and to conduct a molecular and …

Indian Research Output In Immunology And Microbiology 2012-2016: A Scientometric Study, Jyoti Rana Ph.D. Scholar, Rakesh Kumar Bhatt Associate Professor

Library Philosophy and Practice (e-journal)

Background: The study examines India’s research productivity in immunology and microbiology during 2012-2016, depending on various parameters, including India’s annual average research growth rate, institutional output profile of institutions and profiles of some of the most productive authors.

Aim: The focus of this study is to analyze performance of India’s research output in immunology and microbiology, the quality and productivity of major institutions participating in research in microbiology and immunology and the productivity and quality of leading authors in research in immunology and microbiology.

Methods: The study in the area of immunology and microbiology using 5 years publications data from …

Cytotoxicity, Antimicrobial And Antioxidant Activities Of Boletus Bicolor, A Basidiomycetes Mushroom Indigenous To Tanzania, Donatha Tibuhwa

Tanzania Journal of Science

Boletus bicolor commonly known as coloured bolete is a basidiomyctes mushroom species widely used as a delicacy and its extract has been used traditionally to treat several human ailments in Tanzania. This study evaluates its extracts in order to provide a scientific foundation on the possible application in folk medicine system based on the biochemical evaluation. Standard microbes Bacillus subtilis and Candida albicans were used to test, the antifungal and antibacterial activity.  Cytotoxicity test was also done on the extracts using brine shrimp test. Besides, the extracts were also used to investigate for antioxidant activity using DPPH  (1, 1-diphenyl-2-picrylhydrazyl radical). …

Comparison Between Listeria Sensu Stricto And Listeria Sensu Lato Strains Identifies Novel Determinants Involved In Infection, Jakob Schardt, Grant Jones, Stefanie Müller-Herbst, Kristina Schauer, Sarah E. F. D'Orazio, Thilo M. Fuchs

Microbiology, Immunology, and Molecular Genetics Faculty Publications

The human pathogen L. monocytogenes and the animal pathogen L. ivanovii, together with four other species isolated from symptom-free animals, form the "Listeria sensu stricto" clade. The members of the second clade, "Listeria sensu lato", are believed to be solely environmental bacteria without the ability to colonize mammalian hosts. To identify novel determinants that contribute to infection by L. monocytogenes, the causative agent of the foodborne disease listeriosis, we performed a genome comparison of the two clades and found 151 candidate genes that are conserved in the Listeria sensu stricto species. Two factors were …

Modification Of The Ribosome As Part Of The Adaptive Response To Oxidative Stress In Yeast, Jessica A Zinskie, Daniel Shedlovskiy, Ethan Gardner, Dimitri G Pestov, Natalia Shcherbik

Rowan-Virtua School of Osteopathic Medicine Departmental Research

Living organisms are constantly exposed to a variety of environmental and internal stressors tha tare detrimental to their cellular physiology and viability. One such condition, oxidativestress, is caused by abnormal amounts of Reactive Oxygen Species (ROS) that can lead to damage to proteins, nucleic acids, and lipids. Although the mechanisms to neutralize ROS have been widely studied, the understanding of ROS‐mediated signaling for these mechanisms is rather incomplete and sparse. We have uncovered a previously undescribed phenomenon of yeast ribosomes to respond to elevated levels of ROS through a specific endonucleolytic cleavage of the 25S rRNA in the c‐loop of …

The Role Of Mapk And Scf In The Destruction Of Med13 In Cyclin C Mediated Cell Death, David C Stieg, Stephen D Willis, Joseph Scuorzo, Mia Song, Vidyaramanan Ganesan, Randy Strich, Katrina F Cooper

Rowan-Virtua School of Osteopathic Medicine Departmental Research

In response to stress, the yeast¹ and mammalian² cyclin C translocate from the nucleus to the cytoplasm, where it associates with the GTPase Drp1/Dnm1 to drive mitochondrial fragmentation and apoptosis. Therefore, the decision to release cyclin C represents a key life or death decision. In unstressed cells, the cyclin C‐Cdk8 kinase regulates transcription by associating with the Mediator of RNA polymerase II. We previously reported that the Mediator component Med13 anchors cyclin C in the nucleus³. Loss of Med13 function leads to constitutive cytoplasmic localization of cyclin C, resulting in fragmented mitochondria, hypersensitivity to stress and …

Translocation Of Cyclin C During Oxidative Stress Is Regulated By Interactions With Multiple Trafficking Proteins, Daniel G J Smethurst, Katrina F Cooper, Randy Strich

Rowan-Virtua School of Osteopathic Medicine Departmental Research

Eukaryotic cells take cues from their environment and interpret them to enact a response. External stresses can produce a decision between adjusting to behaviors which promote surviving the stress, or enacting a cell death program. The decision to undergo programmed cell death (PCD) is controlled by a complex interaction between nuclear and mitochondrial signals. The mitochondria are highly dynamic organelles that constantly undergo fission and fusion. However, a dramatic shift in mitochondrial morphology toward fission occurs early in the PCD process. We have identified the transcription factor cyclin C as the biochemical trigger for stress‐induced mitochondrial hyper‐fragmentation in yeast (Cooper …

Optimizing Transposon Mutagenesis In Vibrio Strains To Identify Genes Involved In Antibiotic Production, Mahnur Khan

Honors Projects

Based on previous studies that have shown the competitive nature of non-pathogenic environmental strains of Vibrio, we hypothesize that environmentally derived bacteria can inhibit Vibrio pathogens, and possibly be a source of novel antibiotics. A previous experiment performed in the lab tested environmental Vibrio strains from various habitats against the pathogenic strains, Vibrio cholerae and Vibrio parahaemolyticus. Of the 3,456 strains collected, members of the Wildschutte lab identified 102 environmental strains of Vibrio that inhibited the growth of both pathogens. The data suggests that environmental Vibrio strains directly inhibit the growth of related pathogens. Our project involves the …

Comparison Of Bacterial And Archaeal Communities In The Subsurface Versus Surface: Implications For Nitrogen Cycling, Jason Cody Kimble 5059801155

Biology ETDs

Arid-land caves are thought to be extremely nitrogen-limited, but almost nothing is known about how microbes in subsurface arid-land environments obtain this essential element to meet cellular demand. The depth of caves beneath the surface may represent a critical factor affecting microbial nitrogen cycling in these environments. Percolation of water and nutrients from a precipitation pulse event would affect deep arid-land carbonate caves at a much slower rate. To obtain nitrogen in deep, carbonate caves, microorganisms could use fixed N in the host rock for assimilatory biochemical pathways or for a respiratory electron acceptor. However, the latter process leads to …

Mutational Analysis Of The Molluscum Contagiosum Virus Mc160 Protein, Henri Estanbouli

Seton Hall University Dissertations and Theses (ETDs)

The Molluscum Contagiosum Virus (MCV), belongs to a family of large DNA viruses called Poxviridae. MCV causes a common skin infection resulting in benign neoplasms. 122 million cases of MC were reported in 2010. The virus is not primarily lethal, though fatalities have occurred due to secondary bacterial infections. Even with the high volume of reported cases, MCV is very much understudied, and its pathogenicity is not well understood. Thus, with that in mind, a more in-depth understanding of the MCV-host interactions is a priority. Presumably during infection, MCV utilizes immune evasion molecules to inhibit activation of the host pro-inflammatory …

Respon Pertumbuhan Bibit Nilam Aceh (Pogostemon Cablin Benth.) Klon Sidikalang Pada Media Tanam Subsoil Dengan Pemberian Pati Beras Dan Pupuk Hayati, Mira Ariyanti, Cucu Suherman, Intan Ratna Dewi Anjarsari, Dewi Santika

Jurnal Kultivasi

Media tanam berupa topsoil masih menjadi andalan untuk mendukung pertumbuhan tanaman nilam karena kandungan mineral dan bahan organiknya yang tinggi. Seiring dengan pemanfaatannya, ketersediaan topsoil semakin berkurang dan dirasa perlu untuk mencari alternatif lain yaitu dengan memanfaatkan subsoil. Peningkatan unsur hara dalam subsoil dilakukan dengan cara pemberian pupuk organik berupa pati beras dan pupuk hayati. Percobaan dilakukan di Kebun Percobaan Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran Jatinangor pada Juni 2011- September 2011. Penelitian menggunakan rancangan acak kelompok terdiri dari 11 kombinasi perlakuan diulang tiga kali. Perlakuan percobaan meliputi top soil, sub soil + pupuk anorganik N 1.75 g, sub soil + 25 …

Effects Of Adenovirus Infection On The Localization Of Cellular Protein Pat1b, Emilee Friedman, Kasey A. Karen

Georgia Journal of Science

Adenoviruses are a diverse family of nonenveloped, double-stranded DNA viruses with a variety of vertebrate hosts including humans. Over 50 serotypes of human adenovirus have been identified, and cause a number of illnesses, including conjunctivitis, gastroenteritis, and respiratory infections. The life cycle of adenovirus is divided into immediate early, early, and late phases, with immediate early proteins controlling transcription and the cell cycle, early proteins being largely regulatory, and late proteins being structural. Early proteins such as E4 11k have been demonstrated to relocalize key cellular proteins, including proteins found within mRNA processing bodies (p-bodies). It is hypothesized that E4 …

Changing Antimalarial Drug Sensitivities In Uganda, Stephanie Alexis Rasmussen

Dissertations, Masters Theses, Capstones, and Culminating Projects

Dihydroartemisinin-piperaquine (DP) has demonstrated excellent efficacy for the treatment and prevention of malaria in Uganda. However, resistance to both components of this regimen has emerged in Southeast Asia. The efficacy of artemether-lumefantrine, the first-line regimen to treat malaria in Uganda, has also been excellent, but continued pressure may select for parasites with decreased sensitivity to lumefantrine. To gain insight into current drug sensitivity patterns, ex vivo sensitivities were assessed and genotypes previously associated with altered drug sensitivity were characterized for 58 isolates collected in Tororo, Uganda from subjects presenting in 2016 with malaria from the community or as part of …

Human Metapneumovirus Induces Formation Of Inclusion Bodies For Efficient Genome Replication And Transcription, Nicolás P. Cifuentes-Muñoz, Jean Branttie, Kerri Beth Slaughter, Rebecca Ellis Dutch

Molecular and Cellular Biochemistry Faculty Publications

Human metapneumovirus (HMPV) causes significant upper and lower respiratory disease in all age groups worldwide. The virus possesses a negative-sense single-stranded RNA genome of approximately 13.3 kb encapsidated by multiple copies of the nucleoprotein (N), giving rise to helical nucleocapsids. In addition, copies of the phosphoprotein (P) and the large RNA polymerase (L) decorate the viral nucleocapsids. After viral attachment, endocytosis, and fusion mediated by the viral glycoproteins, HMPV nucleocapsids are released into the cell cytoplasm. To visualize the subsequent steps of genome transcription and replication, a fluorescence in situ hybridization (FISH) protocol was established to detect different viral RNA …

Vibrio Vulnificus Monitoring Along The Coastal Bend And The Rio Grande Valley, Texas, Louay Bachnak

Honors Theses

Vibrio vulnificus is a common opportunistic pathogen found in marine, coastal, and estuarine waters. This one micrometer microorganism is the leading cause of deaths in the United States due to food poisoning after consumption of raw or undercooked seafood. The optimal temperature for survival is between 15.6°C and 35.0°C with moderate salinities – conditions frequently found in the Gulf of Mexico (Lin, Payne, & Schwarz, 2003).

In the United States, V. vulnificus infections are more common in states bordering the Gulf of Mexico, including Texas. However, infections can still occur in individuals consuming infected food more inland or sustain wounds …

Comparing The Effectiveness Of Alternative And Prescription Antibiotics Against Gram-Positive Bacteria, Rachel Jenkins, Roan Dickenson, Sam Turnbull, Marcela Torres

Senior Theses

The rapid emergence of antibiotic-resistant bacteria is a global public health concern that threatens the efficacy of antibiotic drugs. We found that natural remedies, specifically coconut oil, honey and cinnamon essential oil, have the potential to be used as a clinical alternative to treat antibiotic-resistant infections. In this experiment, we performed a disk diffusion test and measured the area of inhibition of each treatment to compare the effectiveness of natural and prescription antibiotics. Cinnamon essential oil showed significantly greater antibiotic activity compared to a prescription treatment, amoxicillin. With bacterial resistance continuously expanding, more work needs to be done to determine …

Fungi Of Forests: Examining The Diversity Of Root-Associated Fungi And Their Responses To Acid Deposition, Donald Jay Nelsen

Graduate Theses and Dissertations

Global importance of forests is difficult to overestimate, given their role in oxygen production, ecological roles in nutrient cycling and supporting numerous living species, and economic value for industry and as recreational zones. Fitness of the forest-forming trees strongly depends on microbial communities associated with tree roots. In particular, fungi impact tree fitness: mycorrhizal species provide water and nutrients for the trees in exchange for C, endophytic fungi play key roles in host defense against pathogenic organisms, and saprotrophic fungi decompose dead organic matter and facilitate nutrient cycling. In addition, pathogenic fungal species strongly affect forest fitness. Despite their importance, …