Microbiology Commons^™

Production Of Monoclonal Antibodies Against Interferon Gamma Of Asian Elephant Elephas Maximus For Tuberculosis Diagnosis In Elephants By Interferon Gamma Release Assay, Songkiat Songthammanuphap

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Tuberculosis is a zoonotic disease that can be transmitted from infected animals to humans. Wild animals such as elephants and non-human primate have been reported to be infected by M. tuberculosis (MTB) complex, which can cause tuberculosis in animals as well. The common TB diagnostic approaches in human such as chest X-ray and tuberculin skin test are not practical in the elephants. Moreover, the gold standard of the bacteria culture from trunk wash has low sensitivity, is time-consuming and can only detect tuberculosis in the active stage. Therefore, an accurate diagnosis covering all phases of the MTB infection is in …

การคัดแยกและลักษณะสมบัติของแบคทีเรียที่ผลิตเซลลูเลสจากดินบริเวณรากของมันสำปะหลัง, พิชญ์วสุ เอี่ยมยั่งยืน

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

มันสำปะหลังเป็นหนึ่งในพืชเศรษฐกิจที่นิยมเพาะปลูกในเกือบทุกภาคของประเทศไทย ปกติหลังการเก็บเกี่ยวผลผลิต ใบและลำต้นจะถูกทิ้งไว้เพื่อรอการไถกลบสำหรับเตรียมแปลงปลูกในครั้งถัดไป งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อคัดแยกและศึกษาสมบัติของแบคทีเรียที่สามารถย่อยสลายเซลลูโลสซึ่งเป็นส่วนประกอบหลักของพืช จากดินบริเวณที่ปลูกมันสำปะหลัง 5 สายพันธุ์ ได้แก่ เกษตรศาสตร์ 50, พิรุณ 1, พิรุณ 2, ห้วยบง 60 และ ห้านาที ณ ศูนย์วิจัยพืชไร่ จังหวัดระยอง โดยคัดแยกบนอาหารแข็งที่มีสับสเตรตต่างกัน 3 ชนิด ได้แก่ คาร์บอกซีเมทิลเซลลูโลส, Avicel และเซลลูไบโอส จากนั้นคัดเลือกแบคทีเรียที่มีความสามารถในการย่อยเซลลูโลส 2 ใน 3 หรือ 3 ใน 3 ชนิดของสับสเตรต มาวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ 16S rDNA และวิเคราะห์หาปริมาณน้ำตาลรีดิวซ์ คัดเลือกแบคทีเรีย 3 ไอโซเลทที่มีความสามารถในการย่อยสลายเซลลูโลสดีที่สุด ซึ่งได้แก่ Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus pumilus และ Paenibacillus kribbensis แล้วนำแบคทีเรียทั้ง 3 ไอโซเลทมาทดสอบหาภาวะที่เหมาะสม พบว่าที่อุณหภูมิ 37 องศาเซลเซียส และความเป็นกรดด่าง (pH) 7 แบคทีเรียสามารถย่อยสลายเซลลูโลสได้ดีที่สุดจากสับสเตรตทั้ง 3 ชนิด จากนั้นนำมาทดสอบในการย่อยกระดาษกรอง ขนาด 1.5*1.5 เซนติเมตร ภาพจากกล้องจุลทรรศน์แบบส่องกราดแสดงให้เห็นว่า สภาพเส้นใยของกระดาษกรองเปลี่ยนแปลงไปมากที่สุด เมื่อเลี้ยงรวมกับ Paenibacillus kribbensis ในขณะที่ชุดการทดลองการย่อยใบมันสำปะหลังโดยตรง และชุดการทดลองการย่อยใบมันสำปะหลังในดิน เห็นผลการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของใบมันสำปะหลังมากที่สุดเมื่อใช้แบคทีเรียผสมกันทั้ง 3 ไอโซเลท หลังจากนำดินจากชุดการทดลองการย่อยใบมันสำปะหลังในดินไปวิเคราะห์คุณสมบัติ โดยศึกษาพารามิเตอร์ ความเป็นกรดด่าง, ปริมาณอินทรียวัตถุ, ฟอสฟอรัส, โพแทสเซียม, แคลเซียม, แมกนีเซียม, ไนโตรเจน และ ปริมาณอินทรีย์คาร์บอนรวมในดิน พบว่าไม่มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในทุกการทดลอง เมื่อเปรียบเทียบกับชุดควบคุม อย่างไรก็ดีแบคทีเรียผสมจากการทดลองนี้ มีแนวโน้มที่สามารถนำไปประยุกต์ในสภาพแวดล้อมจริงได้ แต่ควรมีการยืนยันประสิทธิภาพที่เห็นผลชัดเจนมากกว่านี้ต่อไป.

การโคลนและการแสดงออกของแฟลกเจลลินจาก Bacillus Subtilis N3 ใน Escherichia Coli เพื่อการยับยั้งราก่อโรคในพืช Curvularia Lunata, จุฑากาญจน์ นามสง่า

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Curvularia lunata เป็นราสายใยที่พบทั่วไปในดินซึ่งก่อให้เกิดโรคในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด และส่งผลให้เกิดความเสียหายทางด้านเศรษฐกิจเป็นอย่างมาก เกษตรกรจึงจำเป็นต้องควบคุมและกำจัดรานี้ ซึ่งแนวทางที่น่าสนใจในการยับยั้งและกำจัดรา คือ การใช้วิธีการทางชีวภาพซึ่งไม่ก่อให้เกิดอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตและไม่ส่งผลเสียต่อสิ่งแวดล้อม งานวิจัยก่อนหน้าพบว่าสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพจาก Bacillus subtilis N3 สามารถยับยั้งการเจริญของ C. lunata ได้อย่างมีประสิทธิภาพ เมื่อวิเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพดังกล่าว พบว่าเป็นโปรตีนที่มีความคล้ายกับแฟลกเจลลิน เอ ซึ่งเป็นยูนิตโปรตีนที่เป็นส่วนประกอบของแฟลกเจลลาในแบคทีเรีย งานวิจัยนี้จึงมุ่งศึกษายีนที่ประมวลรหัสให้โปรตีนแฟลกเจลลินจาก B. subtilis N3 โดยให้แสดงออกใน Escherichia coli BL21 ผลการวิจัยพบว่ายีนแฟกเจลลินที่สมบูรณ์จาก B. subtilis N3 มีขนาด 990 คู่เบส ที่แปลรหัสให้โปรตีนที่มีกรดอะมิโน 330 เรซิดิว โดยมีความใกล้เคียงกับโปรตีนแฟลกเจลลิน เอ ของแบคทีเรียในกลุ่ม Bacillus สูงถึง 100% เมื่อถ่ายโอนรีคอมบิแนนท์พลาสมิดที่มียีนแฟลกเจลลินดังกล่าวเข้าสู่ E. coli BL21 แล้วชักนำให้เกิดการแสดงออกของโปรตีนด้วย IPTG พบว่าส่วนของเซลล์และส่วนของน้ำเลี้ยงเชื้อที่ปราศจากเซลล์มีการแสดงออกโปรตีนขนาด 37 kDa และ 37-40 kDa ตามลำดับ ภาวะที่เหมาะสมในการชักนำให้เกิดการแสดงออกของโปรตีน คือ IPTG ความเข้มข้นสุดท้าย 0.1 มิลลิโมลาร์ เป็นเวลา 8 ชั่วโมงในส่วนของเซลล์ และ 16 ชั่วโมงในส่วนของน้ำเลี้ยงเชื้อ เมื่อนำมาทดสอบประสิทธิภาพในการยับยั้ง C. lunata พบว่าน้ำเลี้ยงเชื้อปราศจากเซลล์สามารถยับยั้ง C. lunata ได้ 21.3 % เมื่อทำบริสุทธิ์โปรตีนพบว่าโปรตีนบริสุทธิ์มีขนาดประมาณ 41 kDa และมีความสามารถในการยับยั้ง C. lunata ได้ โดยทำให้เกิดความผิดปกติของสายใยและยับยั้งการงอกของสปอร์ เมื่อโคลนและแสดงออกโดเมน N และโดเมน C ของแฟลกเจลลินพบว่าไม่เกิดการแสดงออกโปรตีนใน E. coli BL 21 เมื่อใช้วิธีการกลายแบบสุ่มบนยีนแฟลกเจลลินด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสในภาวะที่มีความแม่นยําต่ำและเอื้อต่อความผิดพลาด พบว่าโคลนที่แสดงออกโปรตีนที่เกิดการกลายบริเวณโดเมน C โดยเกิดการเปลี่ยนแปลง A330T …

การผลิตน้ำมันโดย Pseudozyma Tsukubaensis จากแป้งมันสำปะหลัง, พุธิตา โชคเหรียญสุขชัย

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

คัดกรองได้ยีสต์น้ำมัน Pseudozyma tsukubaensis YWT 7-2 จากยีสต์ทั้งหมด 28 สายพันธุ์ที่แยกมาจากป่าชายเลน จังหวัดจันทบุรี ซึ่งสะสมน้ำมันภายในเซลล์ 31.36% (น้ำหนัก/น้ำหนัก) ของน้ำหนักเซลล์แห้ง งานวิจัยนี้เป็นการรายงานครั้งแรกว่ายีสต์ P. tsukubaensis เป็นยีสต์น้ำมัน P. tsukubaensis YWT 7-2 สามารถผลิตน้ำมันเมื่อเจริญในอาหารที่มีอัตราส่วนของคาร์บอนต่อไนโตรเจนสูง (high C/N medium) และในสารละลายกลูโคส แสดงว่าการผลิตน้ำมันของยีสต์ P. tsukubaensis YWT 7-2 ในบางครั้งอาจไม่มีความเกี่ยวข้องกับการเจริญ แต่ให้ผลผลิตน้ำมันใน high C/N medium มากกว่าในสารละลายกลูโคส P. tsukubaensis YWT 7-2 ผลิตน้ำมันและเพิ่มจำนวนในไฮโดรไลเสตแป้งมันสำปะหลังที่ปรับด่างเกินด้วยแคลเซียมไฮดรอกไซด์ (DCSH) ได้มากกว่าในไฮโดรไลเสตแป้งมันสำปะหลัง (CSH) ปริมาณน้ำมันที่ผลิตได้เท่ากับ 1.49 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 0.75 กรัม/ลิตร/วัน) เมื่อเติม 0.25% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟตลงใน DCSH พบว่าผลผลิตน้ำมันเพิ่มขึ้นเป็น 3.85 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 1.28 กรัม/ลิตร/วัน) พีเอชเริ่มต้นทีเหมาะสมที่สุดสำหรับการผลิตน้ำมันคือ 5.5 การเพิ่มจำนวนเซลล์ของ P. tsukubaensis YWT7-2 ใน DCSH ที่เติม 0.2% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟต และ 0.1% (น้ำหนัก/ปริมาตร) โพแทสเซียมไดไฮโดรเจนฟอสเฟต แทนการเพิ่มจำนวนเซลล์ใน CSH ที่เติม 0.2% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟต ทำให้ผลผลิตน้ำมันเพิ่มขึ้นเป็น 5.42 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 1.36 กรัม/ลิตร/วัน) น้ำมันที่ยีสต์ P. tsukubaensis YWT7-2 ผลิตเมื่อเจริญใน high C/N medium และใน DCSH …

การผลิตและลักษณะสมบัติของรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี Scfv-Fc ต่อ Notch1 และ Notch2 โดยใช้เซลล์ไลน์ Hek-293t, วรวรรณ บุญรัศมี

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วิถีสัญญาณ Notch ประกอบด้วย รีเซบเตอร์ 4 ชนิด (Notch 1-4) และลิแกนด์ 5 ชนิด (Delta-1, 3, 4 และ Jagged 1, 2) การเกิดอันตรกิริยาระหว่างลิแกนด์และรีเซบเตอร์ จะส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงบริเวณ NRR ทำให้เกิดการเผยตำแหน่งที่มีการตัดโดยเอนไซม์ซึ่งนำไปสู่การตัดโดยแกมมาซีครีเทส ดังนั้น NRR จึงเป็นตำแหน่งสำคัญเพื่อรักษาเสถียรภาพของ NRR ไว้เพื่อป้องกันการตัดของ Notch รีเซบเตอร์ วิถีสัญญาณ Notch ทำหน้าที่ควบคุมการเพิ่มจำนวน การเปลี่ยนสภาพ ตลอดจนถึงการตายของเซลล์หลายประเภท ความผิดปกติของสัญญาณ Notch ส่งผลให้เกิดการพัฒนาเป็นมะเร็งชนิดต่าง ๆ ได้ มีการใช้ยากดการทำงานของเอนไซม์แกมมาซีครีเทส (GSI) เพื่อการยับยั้งวิถีสัญญาณ Notch แต่มีรายงานว่า GSI ทำให้เกิดผลข้างเคียงที่ไม่พึงประสงค์ เนื่องจากมีซับสเตรทหลายชนิด รีคอมบิแนนท์แอนติบอดีในรูป scFv-Fc ซึ่งเป็นโปรตีนลูกผสมประกอบด้วย scFv และ Fc ของอิมมูโนโกลบูลินจีของมนุษย์ ได้ถูกนำมาประยุกต์ใช้ทางการรักษาบำบัดเนื่องจากมีคุณสมบัติที่ดีกว่ามอโนคลอนอลแอนติบอดีทั้งโมเลกุลหลายด้าน ในงานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ในการผลิตรีคอมบิแนนท์แอนติบอดีชนิด scFv-Fc ต่อบริเวณ NRR ของ Notch1 และ Notch2 โดยใช้เซลล์ไลน์ HEK-293T และศึกษาลักษณะสมบัติของรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี scFv-Fc โดยทดสอบการจับกับ Notch1 และ Notch2 และผลกระทบต่อวิถีสัญญาณ Notch ในเซลล์มะเร็งเม็ดเลือดขาว Jurkat จากผลการทดลองพบว่าสามารถผลิตรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี scFv-Fc ต่อ Notch1 และ 2 ได้ในเซลล์ไลน์ HEK-293T เมื่อทำการทรานส์เฟคชันพลาสมิดที่มีชิ้นยีนของ scFv-Fc เข้าสู่เซลล์ โดยนำโปรตีนที่ได้ในอาหารเลี้ยงเซลล์ ไปแยกบริสุทธิ์ด้วยคอลัมน์โครมาโทกราฟีสัมพรรคภาพ พบว่าบน SDS-PAGE ปรากฏโปรตีนเพียงแถบเดียว เมื่อผ่านการแยกบริสุทธิ์ด้วยสองขั้นตอนโดยใช้คอลัมน์ต่อ His-tag และ คอลัมน์โปรตีน A นำแอนติบอดีที่ได้ไปทดสอบรีคอมบิแนนท์แอนติบอดีต่อบริเวณ NRR โดย anti-Notch1 …

Resolution Of The Nutritional Requirements And Metabolic Profile Of Clostridium Scindens Atcc 35704, A Major Bile Acid-Dehydroxylating Anaerobe In The Human Gut, Rachana Shrestha

Masters Theses

Bile acids (cholate and chenodeoxycholate) are synthesized from cholesterol in the human liver, and secreted in small intestine for food digestion. However, a portion of these primary bile acids is converted in the colon to toxic secondary bile acids, deoxycholate and lithocholate. Secondary bile acid formation is the result of 7α-dehydroxylating anaerobes, and one of the key players in this conversion is Clostridium scindens. Interestingly, little is known about the basic physiology and nutrition of C. scindens. Therefore, the goal of this research was to understand the nutritional requirement, and determine the 7α-dehydroxylation activity and end products from …

The Rtfa Gene Regulates Plant And Animal Pathogenesis And Secondary Metabolism In Aspergillus Flavus, Jessica Michelle Lohmar

Graduate Research Theses & Dissertations

Aspergillus flavus is an opportunistic fungal plant and human pathogen and producer of mycotoxins including aflatoxin B1 (AFB1). As part of our ongoing studies to elucidate biological functions of the A. flavus rtfA gene, we examined its role in pathogenicity of both plant and animal model systems. rtfA encodes a putative RNA-Pol II transcription elongation factor, previously characterized in Saccharomycese cerevisiae, Aspergillus nidulans, Aspergillus fumigatus, where it was shown to regulate several important cellular processes, including morphogenesis, secondary metabolism. In addition, an initial study in A. flavus indicated that rtfA also influences development and production of AFB1, however its effect …

The Forensic Characterization Of Bacterial And Fungal Organisms In Traditional Chinese Medicine, Julia Grzymkowski, Christopher J. Ehrhardt, Justin L. Poklis, Michelle R. Peace

UROP Posters

There has been an increase in use of Traditional Chinese Medicine (TCM) in the United States because they are less expensive and believed to be more effective with less adverse effects in comparison to traditional pharmaceutics. Therefore, sales have increased in the US, despite articles and case studies demonstrating the dangers, such as injury and death, related to TCM, stemming from improper labelling, toxic contaminants, and, in some cases, the presence of pathogenic bacteria. The aim of this study was to perform a survival experiment to demonstrate the importance of proper herbal brewing technique and to conduct a molecular and …

Novel Therapeutic Approaches For Trypanosoma Cruzi Infection, Caresse Lynn Torres

Open Access Theses & Dissertations

Trypanosoma cruzi (T. cruzi) is the causative agent of Chagas disease (ChD), an emerging illness prevalent in South and Central America. Presently, benznidazole and nifurtimox are the only two clinically available drugs against T. cruzi, which have high toxicity and limited efficacy in the chronic phase of the disease. This ailment affects 8-10 million people and has become an emerging concern in the U.S leading to an urgent need for the discovery of new treatments. Despite all efforts, there is no human vaccine available. Therapeutic vaccines are a possible option for chronic ChD in which the vaccine is used after …

Steroid-Coa Ligases, Fadd17a1 And Fadd19a1, And Their Role In Cholesterol Side-Chain Degradation In Mycobacterium Tuberculosis, Johnathan Salim Abou-Fadel

Open Access Theses & Dissertations

Mycobacterium tuberculosis (Mtb) is a serious health issue arising from the increasing incidence of multi-drug resistant (MDR-TB) strains that are becoming more prevalent in high-risk countries, especially here in the Texas/Mexico border. Confirmed cases and outbreaks in schools and hospitals are more frequent in this region due to the high-volume pedestrian traffic between the two cities, and the lack of a modernized health system in Mexico. Identification of new Mtb metabolic pathways for development of novel antitubercular drugs is urgently needed. The goal of this current work investigates two Mtb fatty acyl-CoA ligase enzymes' (FadD17A1 and FadD19A1) to explore whether …

Molecular Determinants Of Trim5Α Restriction And Recruitment Of Autophagic Effectors, Sabrina Imam

Dissertations

TRIM5α is an anti-viral restriction factor that inhibits the lifecycle of retroviruses. TRIM5α binds to and forms a hexameric lattice around the retroviral capsid, thereby initiating its antiviral activities, which include: (1) inhibition of viral infection; (2) inhibition of viral reverse transcription; (3) disassembly of the capsid; and (4), activation of innate signaling pathways. The formation of this assembly also activates the E3 ubiquitin ligase function of TRIM5α. Ubiquitin modification is associated with directing substrates to particular cellular pathways. We and others have shown that TRIM5α cytoplasmic bodies colocalize with proteins involved in the autophagy pathway, and we hypothesized that …

Uncovering The Mechanisms Underlying The Immunogenicity Of Adenovirus Vaccine Vectors, Natalie Nidetz

Dissertations

Vaccination is historically the most effective tool for preventing infectious disease but current vaccine strategies fail to generate robust immunity to major infectious diseases such as HIV and malaria. Therefore, newer vaccine approaches are needed. Vaccines generated from viral, adenovirus based, vectors (AdVs) have proven highly immunogenic in multiple disease models. However, the clinical use of many AdVs is limited by the presence of pre-existing antibodies in human populations, which prevent expression of antigenic genes during immunization with AdVs based on common adenovirus (Ad) serotypes, such as HAdV-5C. Immunization with rare serotype based AdVs, such as HAdV-28D, are not affected …

Nitric Oxide Inhibits Biofilm Formation By Vibrio Fischeri Via The Nitric Oxide Sensor Hnox, Cecilia Thompson

Dissertations

Nitric oxide (NO) is an important signal secreted by the squid, Euprymna scolopes, and is thought to limit symbiotic biofilm formation, the initial step in colonization by the bacterium, Vibrio fischeri. Previous work demonstrated that a mutant defective for NO-sensor HnoX (heme nitric oxide/oxygen binding) had a competitive advantage over wild-type V. fischeri, but the mechanism by which this occurred remains unknown. HnoX is encoded upstream of hahK, a recently identified positive regulator of biofilm formation. I thus hypothesized that HnoX inhibits colonization by controlling HahK-induced biofilm formation during the initiation of colonization.

I assessed the impact of an hnoX …

Immunobiology Of Adenovirus-Vector Vaccines For Mrsa, Emily Orvis

Master's Theses

Staphylococcus aureus is a gram-positive, extracellular bacterium that has emerged as an

important human pathogen. This bacterium is a leading cause of skin and soft tissue infections

(SSTIs) in humans, often leading to invasive and life-threatening infections. Treatment of S.

aureus infections is becoming more complicated due to the rise of methicillin-resistant S. aureus

(MRSA) strains, which are becoming increasingly resistant to a number of antibiotics. In the

United States, invasive MRSA infections result in more deaths annually than any other infectious

agent.

Despite a dire need, there is currently no vaccine against S. aureus infections. The failure

of past …

Surveying Host Innate Immune Responses To Interferon Antagonist-Deficient Murine Coronaviruses, Aaron Brian Volk

Master's Theses

Two coronaviruses (CoVs)—severe acute respiratory syndrome (SARS) virus and Middle East respiratory syndrome (MERS) virus—have emerged in the 21st century from animal reservoirs into the human population, each causing an epidemic associated with significant disease and mortality. CoV epidemics are currently only controllable by rigorous public health measures; no targeted therapeutics or vaccines exist to treat or prevent any human CoV infection. One method of generating attenuated CoV strains to be studied as vaccine candidates involves specifically disrupting CoV-encoded interferon (IFN) antagonists, thereby rendering the virus vulnerable to host innate antiviral immunity. Deubiquitinating (DUB) activity encoded within CoV nonstructural protein …

Understanding The Dynamics Of Protein Lipoylation In Staphylococcus Aureus, Sarah C. Flury

Master's Theses

Staphylococcus aureus is a commensal bacterium that also acts as an opportunistic pathogen. The pathogenicity of S. aureus has often been attributed to the wide range of virulence factors that the bacterium produces. While virulence factors do contribute a great deal, there is a growing field of research that aims to investigate the role of metabolism in bacterial virulence.

My project focuses on the necessity of a metabolic cofactor, lipoic acid. To ensure sufficient amounts of lipoic acid are available for enzyme activity, S. aureus has evolved two pathways to obtain the important nutrient. The lipoic acid salvage pathway is …

Photosynthetic Activity Under Low Light, Danijela Lonco

Williams Honors College, Honors Research Projects

Are bacteria capable of undergoing oxygenic photosynthesis under low-light conditions inside of caves? Inside of an Australian cave, Chlorophyll f was recently discovered. This chlorophyll pigment was found to demonstrate the capability for photosynthesis, suggesting that Chlorophyll f extends the spectrum of usable light needed for oxygenic photosynthesis (Lars, 2015). Due to the findings in this study, a team went to Carlsbad Caverns to see if there were any bacteria capable of undergoing oxygenic photosynthesis under low light.

Characterization Of Two Cyclic Di-Gmp Phosphodiesterases Hypothesized To Regulate Virulence In Streptomyces Scabies, Madison Flasco

Undergraduate Honors Thesis Projects

Common scab is a devastating disease that affects the marketability of potatoes. The disease results in raised and pitted lesions seen on the surface of the potato and is caused by the soil pathogen, Streptomyces scabies. The S. scabies genome has two cyclic-di-GMP phosphodiesterases, RmdA and RmdB, both regulators of morphology and development. These proteins break down the ubiquitous second messenger molecule cyclic di-GMP, a molecule in charge of cell cycle progression and virulence. Both proteins contain diguanylate cyclase domains and phosphodiesterase domains, GGDEF and EAL, respectively, while RmdA contains an additional PAS_4 domain. Despite similar domain configurations, the two …

Evolution And Niche Specialization Of Microbial Taxa In Vaginal Infection And Pregnancy, Abigail L. Glascock

Theses and Dissertations

The vaginal microbiome plays an important role in reproductive health and pregnancy. It has coevolved with humans and has direct effects on reproductive success, rendering selective pressure more pronounced at this site. Herein, we probe coevolution of the vaginal microbiome using a systems-level approach. In Chapter 2, we examine the evolutionary trajectory of two vaginal Veillonellaceae phylotypes evolved from an ancestral gastrointestinal lineage to inhabit the vaginal niche. We present evidence of their divergence and subniche specification and describe their differential associations with vaginal infection and pregnancy. In Chapter 3, we identify ten bacterial taxa, predicted to contribute to the …

Genome-Wide Screening Of Potential Rnase Y-Processed Mrnas In The M49 Serotype Streptococcus Pyogenes Nz131, Zhiyun Chen, Rahul Raghavan, Fengxia Qi, Justin Merritt, Jens Kreth

Biology Faculty Publications and Presentations

RNase Y is a major endoribonuclease in Group A streptococcus (GAS) and other Gram‐positive bacteria. Our previous study showed that RNase Y was involved in mRNA degradation and processing in GAS. We hypothesized that mRNA processing regulated the expression of important GAS virulence factors via altering their mRNA stabilities and that RNase Y mediated at least some of the mRNA‐processing events. The aims of this study were to (1) identify mRNAs that were processed by RNase Y and (2) confirm the mRNA‐processing events. The transcriptomes of Streptococcus pyogenes NZ131 wild type and its RNase Y mutant (Δrny) were …