Microbiology Commons^™

Differences In Sideerophore Production During The Growth Of Phytoplankton In Southern Ocean Incubation Experiments Under High- And Low-Iron Conditions, Randelle M. Bundy, Kristen N. Buck, Bethany D. Jenkins, P. Dreux Chappell, Daniel J. Repeta, Alexa Sterling, Shannon M. Yang, Laura Holland, Léo Mahieu, Laura E. Moore

OES Faculty Publications

Iron is an important micronutrient required by marine microorganisms. The Southern Ocean is an ecosystem where primary production is limited by the availability of iron, but how microorganisms in this region adapt to low-iron conditions or respond to episodic iron inputs is understudied. We tested how external iron additions would impact bacterial production of siderophores during phytoplankton growth using shipboard incubation experiments under a range of iron conditions. Similar heterotrophic bacteria communities and phytoplankton biomass were observed whether iron was added from the continental margin or as inorganic iron. Under both high- and low-iron conditions, the heterotrophic bacteria community remained …

Use Of Enterococcus Faecalis And Cetylpyridinium Chloride In Altering Canine Mouth Microbiome, Quigley D. Espinola, Scarlet Renner, Curtis Cline, Sofia Lopez-Orenday, Alex Yasumatsu

Humboldt Journal of Microbiology

Like most mammals, canines have copious amounts of bacteria in their oral cavity. While some of these bacteria are beneficial and even necessary to their health, overgrowth of harmful bacterial strains can lead to plaque buildup and gum disease. To combat plaque and bacteria, several products are marketed towards canines. In this study, we aim to explore how the microbiome of the canine mouth is affected by a potential probiotic, Enterococcus faecalis, and an antimicrobial water additive found in dog mouthwash products, Cetylpyridinium chloride monohydrate (CCM). We hypothesized that both would be successful in their ability to decrease harmful bacteria. …

Exploring The Application Of Wastewater Monitoring To Determine The Prevalence And Diversity Of Influenza On The Campus Of West Virginia University, Lakyn Renee Sanders

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Influenza viruses (IV) affect populations globally, with the World Health Organization (WHO) estimating that IV are responsible for an estimated 3-5 million infections and 290,000 – 650,000 deaths annually^1–3. More specifically, the 2019-2020 IV season is associated with an estimated 38 million illnesses and 22,000 deaths in the United States alone⁴. IV are rapidly spread between individuals through direct contact with infected individuals, contaminated surfaces, or aerosolized virus particles². Traditional IV infection monitoring relies on clinical screening of patients presenting influenza-like symptoms, commonly through the use of multi-target panel tests such as the BioFire …

The Role Of Temperature And Carbon Source In Nutrient Acquisition For Peptidoglycan Synthesis In A Gfp-Expressing Borreliella Burgdorferi, Barrett-Anne Conner Briggs

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Lyme disease is the most common vector-borne disease in the United States with an estimated yearly incidence rate of more than 300,000 cases. Borreliella burgdorferi, the etiological agent of Lyme disease, is transmitted by the bite of an infected Ixodes scapularis tick and can cause debilitating pathologies affecting numerous body systems. Symptoms include fever, fatigue, joint pain, and a characteristic bull’s eye rash (erythema migrans) at the site of the tick bite. The timely and appropriate use of antibiotics effectively treats early Lyme disease; however, uncomfortable side effects reduce treatment compliance. If left untreated, long-term complications can arise including facial …

Plant Invasion Patterns In Understory And Soil Microbial Communities Of North Central West Virginia Mixed Hardwood Forests, Isabelle Marie Uganski

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Invasive plants alter forest ecosystems by reducing species richness, habitat heterogeneity, and nutrient cycling as they rapidly displace native plants. Invasive plant composition can influence soil health through altering soil microbial associations and communities. By studying the mechanisms in which invasives alter above- and below-ground communities, we can better understand whole-ecosystem impacts and inform management decisions. This study examined the relationships between co-occurring invasion on above and belowground communities of mixed hardwood forests of north central West Virginia. Despite distinctive associations with aboveground characteristics (native diversity, native tree regeneration, and leaf litter density) we detected limited changes to soil microbial …

Pipeline Corrosion And Relevant Microbial Influence, Renee E. Bamberger

Williams Honors College, Honors Research Projects

This study investigated the role of microbial activity and oxygen availability in the corrosion of carbon steel pipelines with a focus on microbially influenced corrosion (MIC). Sediment collected from Old Woman Creek, Ohio, was used to simulate natural soil conditions, and carbon steel coupons were incubated under four treatments: nonsterile oxic, nonsterile anoxic, autoclaved oxic, and autoclaved anoxic over 85 days. Corrosion was assessed through mass loss measurements and the analysis of pH, sulfate, chloride, and dissolved iron concentrations. The greatest mass loss was observed in autoclaved oxic conditions, contrary to the initial hypothesis that microbial activity would greatly enhance …

Repurposing Cyclin-Dependent Kinase Inhibitors For The Discovery Of Novel Antiplasmodial Compounds, Ritam Bhowmik

Honors Undergraduate Theses

Malaria remains a major global health burden with over 282 million cases annually and rising resistance to artemisinin-based combination therapies. Plasmodium falciparum, the most lethal malaria parasite species in humans, relies on tightly regulated cell cycle progression during replication within red blood cells. Cyclin-dependent kinases (CDKs) are central regulators of eukaryotic cell division and transcription, and several CDK-like enzymes in P. falciparum, including Pfmrk and PfPK6, are essential for parasite growth and structurally distinct from human kinases. This study evaluated whether commercially available human CDK inhibitors (CDKIs) targeting cancer pathways could be repurposed as novel antimalarial compounds. A library of …

Investigating The Interaction Of Gram-Positive Lactobacillus Species With Mucin In The Context Of Barrett's Esophagus, Ritisha Suresh

Honors Undergraduate Theses

Gastroesophageal Reflux Disease (GERD) can progress to the precancerous Barrett’s Esophagus (BE) condition, in which the normal esophageal squamous epithelium is replaced with a columnar epithelium containing goblet cells. Mucins, sticky substances, are secreted in response to bile acid exposure during reflux episodes to protect the esophageal epithelium. Goblet cells secrete these mucins, which can also scaffold microbial colonization. Probiotic Lactobacillus bacteria can use glycosidase enzymes to process mucin and metabolize them into their component sugars (glycans). This project aims to identify the role of the Lactobacillus-mucin interaction in BE, as glycan availability could confer an advantage to Lactobacillus …

The Role Of Dromedary Camels In The Pprv Epidemiology: Episystem Possibility And Evidence Supporting Global Eradication., Reham Karam, Mahmoud S. Safwat

Mansoura Veterinary Medical Journal

Background: Peste des petits ruminants (PPR) is a notifiable, highly contagious and transboundary viral disease infecting a wide range of domestic and wild ruminant species and is caused by a morbillivirus. The disease represents a major predisposing factor of poverty in many endemic regions. Although global eradication of PPR is an internationally endorsed objective, achieving this goal has become increasingly challenging due to the expanding host range of the virus. Methods: Narrative review methodology was used and SANRA criteria to access reliability and quality of the methodology. focuses on PPR infection in camels, which has been reported in some instances …

Tracking Antibiotic Resistant And Multidrug Resistant Bacteria And Antibiotic Resistance Genes In The Huron River Watershed: A Vital Water Resource In Southeast Michigan, Evan Siemienkiewicz

Master's Theses and Doctoral Dissertations

Antibiotic resistance is a growing global public health concern that extends beyond clinical settings and into natural freshwater environments, where resistant bacteria and antibiotic resistance genes (ARGs) can persist and disseminate through watersheds. Despite growing recognition of freshwater systems as environmental reservoirs of resistance, no published studies have examined antibiotic resistance within the Huron River watershed in Southeast Michigan. Water samples were collected monthly from May through October 2025 at 10 sites along the Huron River. E. coli and Enterococcus isolates were evaluated for resistance to eight antibiotics using the Kirby-Bauer disk diffusion method, and environmental DNA was analyzed by …

Coordinating The Layers: Regulation Of Peptidoglycan Synthesis And Cell Wall Assembly In Mycobacterium Smegmatis By Murj And Pgfa, Karen Emmanuella Samaga-De-Tembiwa

Biology Dissertations

The mycobacterial cell envelope consists of three covalently linked layers whose synthesis must be coordinated to maintain structural integrity during polar growth. While the biosynthetic enzymes for each layer are well characterized, the molecular mechanisms that coordinate synthesis across layers have remained poorly understood. This thesis investigates two essential transmembrane proteins, PgfA and MurJ, that regulate peptidoglycan metabolism in Mycobacterium smegmatis and provide new insight into how mycobacteria synchronize cell wall assembly.

We present evidence that PgfA functions as a bifunctional regulator that links peptidoglycan metabolism to the availability of trehalose monomycolate (TMM), a key mycolic acid precursor. Through epistasis …

Characterizing The Human Metapneumovirus Matrix Protein And Its Role In Infection, Chase J. Heim

Theses and Dissertations--Molecular and Cellular Biochemistry

Human metapneumovirus (HMPV) causes severe respiratory tract infections in all cohorts, but especially in vulnerable groups such as children, older adults, and the immunocompromised. The matrix (M) protein of HMPV, like the M proteins of other members of the Mononegavirales order, is involved in virus assembly and budding. However, other functions of the HMPV M protein have yet to be elucidated. To investigate these various functions of the M protein, we used a peptide-conjugated phosphorodiamidate morpholino oligomer (PPMO) antisense agent designed to block translation of the M gene to reduce M expression during infection. Treatment with varying concentrations of an …

Environmental Monitoring In Shallow Lakes: Public Health Threats In Urban Waters, Kyleigh E. Johnson

Theses and Dissertations

Lakes are an integral part of urban and suburban communities, providing ecological, recreational, and public health benefits. Many of these lakes are located in densely populated areas and are subject to urban influences on water quality. Algal toxins and Escherichia coli are two common recreational concerns. Algal toxins come from harmful algal blooms that are influenced by nutrient availability and temperature, while bacteria are often introduced through run-off and animal waste. Sampling every 3-4 weeks from May-October 2025 allowed for the assessment of seasonal patterns and site-specific differences across nine lakes in the Richmond area. The highest bacterial concentrations appeared …

Depemokimab: A Twice Yearly Anti-Il 5 Biologic For Chronic Rhinosinusitis With Nasal Polyps (Crswnp) - A Narrative Review, Marn Joon Park, Joseph K. Han, Kent K. Lam

Department of Otolaryngology (ENT) Faculty Publications

Depemokimab is a monoclonal antibody that targets interleukin-5 with enhanced binding affinity and an extended terminal elimination half‑life of 6-8 weeks. The unique pharmacodynamic features of depemokimab enable sustained suppression of type 2 inflammation with twice‑yearly subcutaneous dosing. This narrative review provides details of depemokimab's molecular profile, pharmacokinetics, and pharmacodynamics and results regarding the clinical efficacy and safety of depemokimab from recently published Phase 3 clinical trials for the treatment of chronic rhinosinusitis with nasal polyposis (CRSwNP). In 528 severe adult CRSwNP patients (ANCHOR‑1/‑2 trials), depemokimab achieved Δ total endoscopic nasal polyp score by -0.70 (p <  .001) and Δ nasal obstruction verbal response scale by -0.24 (p = .003) at week 52, compared to placebo. Twice‑yearly 100 mg depemokimab provides durable eosinophil suppression and with a safety profile comparable to placebo in Phase 3 trials for CRSwNP. Future work should refine biomarkers and assess comparative cost‑effectiveness and long‑term adherence, safety, and effectiveness.

Assessing The Impact Of Storing Water Samples At Ambient Temperature On Plankton Metabarcoding, Stephanie N. Lievano

Honors Undergraduate Theses

Increasing incidence of Harmful Algal Blooms (HABs) has led to fish kills, air quality hazards, and economic impacts. One economic impact is on tourism, one of the main sources of Florida’s income, where billions of dollars are lost to such events. The Florida Fish and Wildlife Conservation Commission Fish and Wildlife Research Institute (FWC-FWRI), with the help of collaborators, collects water samples from across the state for HAB monitoring. These samples are stored at ambient temperature for up to 24 hours which could directly affect data analyses. Here, in collaboration with FWRI-FWC, I investigated whether this storage technique affects plankton …

The Coral Microbiome Under Climate Change: Shifting Symbiotic Interactions, Katherine E. Parker, Kate M. Quigley

Biological Sciences Faculty Publications

Host–microbe symbioses are central to organismal health, yet these complex partnerships are often strongly shaped by the environment. Climate change is increasingly altering environmental conditions, disrupting the balance of host–microbe interactions and pushing them along a continuum from mutualism (both partners benefit) toward parasitism (one partner gains at the other’s expense). Reef-building corals provide a clear example of this vulnerability, as the coral holobiont, an ecological unit comprising diverse photosynthetic algal symbionts (Symbiodiniaceae) and other microbial partners, depends largely on these mutualistic interactions for nutrition, immunity, and stress tolerance. Increasingly, evidence suggests that under heat stress, the algal symbionts retain …

The Influence Of Localized Water Quality On Eastern Oysters (Crassostrea Virginica) And Their Internal Microbiome Under Changing Environmental Conditions, Jessie Rivera Lafreniere

College of Graduate Studies: Theses & Dissertations

Oysters are found ubiquitously in estuaries along the Georgia coast, where marsh morphology and large daily tidal fluctuations create dynamic and stressful conditions to which oysters may be locally adapted. Based on water quality data from the Sapelo Island National Estuarine Research Reserve, it is evident that changing climatic conditions are rapidly causing shifts in water quality that may be adversely affecting oyster health, especially as ocean acidification alters the carbonate buffering capacity, increasing the amplitude of daily pH variations. Importantly, the rate of change of conditions are not uniform within estuaries, varying on spatial and temporal scales. The symbiotic …

กฎหมายการหมุนเวียนทรัพยากรพลาสติกของญี่ปุ่น : พัฒนาการ กลไกเชิงสถาบัน และบทเรียนเชิงนโยบายต่อประเทศไทย, พรนภัส สุวลักษณ์ วอห์น, สุจิตรา วาสนาดำรงดี

Thai Environment

บทความนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อวิเคราะห์พัฒนาการของกฎหมายญี่ปุ่นด้านการจัดการพลาสติกโดยมุ่งเน้นพระราชบัญญัติส่งเสริมการหมุนเวียนทรัพยากรพลาสติก ค.ศ. 2021 (Act on Promotion of Resource Circulation for Plastics) และกฎหมายที่เกี่ยวข้อง การศึกษานี้ใช้การวิเคราะห์เชิงเอกสารภายใต้กรอบแนวคิดเศรษฐกิจหมุนเวียน (Circular economy) หลักลำดับขั้นการจัดการขยะ (Waste hierarchy) และแนวคิดการจัดการตลอดวัฏจักรชีวิตผลิตภัณฑ์ (Life-cycle approach) เพื่ออธิบายโครงสร้างและกลไกทางกฎหมายในการกำกับการหมุนเวียนทรัพยากรพลาสติก

ผลการศึกษาพบว่า ระบบกฎหมายของญี่ปุ่นได้พัฒนาจากการกำกับการจัดการของเสียแบบปลายทางไปสู่การกำกับการหมุนเวียนทรัพยากรตลอดวัฏจักรชีวิตผลิตภัณฑ์ โดยบูรณาการมาตรการด้านการออกแบบผลิตภัณฑ์ การลดการใช้พลาสติกแบบใช้ครั้งเดียว การจำหน่าย การเก็บรวบรวม การคัดแยกและการรีไซเคิลไว้ภายใต้กรอบกฎหมายเดียวกัน จุดเด่นของระบบกฎหมายญี่ปุ่นอยู่ที่การกำหนดบทบาทของรัฐ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ผู้ประกอบการ และประชาชนอย่างเป็นระบบในลักษณะการกำกับหลายระดับ รวมทั้งการใช้มาตรการทางกฎหมายควบคู่กับแรงจูงใจทางเศรษฐศาสตร์และการปรับเปลี่ยนพฤติกรรมของผู้บริโภค ซึ่งสะท้อนแนวปฏิบัติที่ดีในการขับเคลื่อนเศรษฐกิจหมุนเวียนด้านพลาสติก อย่างไรก็ตาม ผลการศึกษายังพบข้อจำกัดบางประการของระบบญี่ปุ่น เช่น การพึ่งพาการเผาขยะเพื่อผลิตพลังงานในสัดส่วนสูงและความท้าทายในการลดการใช้พลาสติกอย่างเป็นรูปธรรม

ข้อค้นพบจากการศึกษานำไปสู่ข้อเสนอแนะสำหรับประเทศไทยว่า ควรมีการพัฒนากฎหมายแม่บทด้านเศรษฐกิจหมุนเวียน การพัฒนาระบบความรับผิดชอบที่เพิ่มขึ้นของผู้ผลิต (Extended Producer Responsibility: EPR) การกำหนดมาตรฐานการออกแบบเชิงนิเวศ (Eco-design) การพัฒนาโครงสร้างพื้นฐานด้านการคัดแยกและรีไซเคิลและการจัดทำระบบข้อมูลเพื่อสนับสนุนการกำกับการหมุนเวียนทรัพยากรอย่างยั่งยืน

กฎหมายเศรษฐกิจหมุนเวียนและการจัดการขยะพลาสติกของสาธารณรัฐฝรั่งเศส : การวิเคราะห์เชิงกฎหมายและบทเรียนเชิงนโยบายสำหรับประเทศไทย, กฤตย ธาดาบดินทร์, สุจิตรา วาสนาดำรงดี

Thai Environment

บทความนี้วิเคราะห์เชิงเปรียบเทียบระบบกฎหมายเศรษฐกิจหมุนเวียนและการจัดการขยะพลาสติกของสาธารณรัฐฝรั่งเศส โดยใช้วิธีวิจัยเชิงกฎหมาย (Doctrinal legal research) ร่วมกับการวิเคราะห์เชิงนโยบาย ศึกษาจากประมวลกฎหมายที่เกี่ยวข้องของฝรั่งเศส กฎหมายต่อต้านขยะและส่งเสริมเศรษฐกิจหมุนเวียน (Loi AGEC ค.ศ. 2020) และระบบความรับผิดชอบที่เพิ่มขึ้นของผู้ผลิต (Extended Producer Responsibility: EPR) ผลการศึกษาพบว่า ฝรั่งเศสได้พัฒนากฎหมายเศรษฐกิจหมุนเวียนที่มีลักษณะบูรณาการสูง ครอบคลุมตั้งแต่การออกแบบผลิตภัณฑ์ (Eco-design) ดัชนีความสามารถในการซ่อมแซม (Repairability index) ดัชนีความทนทาน (Durability index) ไปจนถึงการห้ามทำลายสินค้าคงคลัง และการกำหนดเป้าหมายเชิงปริมาณผูกพันทางกฎหมาย อย่างไรก็ตาม การบังคับใช้กฎหมายยังเผชิญความท้าทายในบางส่วน บทความเสนอบทเรียนสำหรับประเทศไทยใน 6 ด้าน ได้แก่ การจัดทำกฎหมายเศรษฐกิจหมุนเวียนเชิงบูรณาการ การกำหนดเป้าหมายผูกพันทางกฎหมาย การพัฒนาระบบ EPR ที่มีการกำกับดูแลที่ดี การสร้างกลไกสถาบันเฉพาะ การออกแบบเครื่องมือเศรษฐศาสตร์ที่เหมาะสมและการสร้างการมีส่วนร่วมของสาธารณะ

แนวทางเพื่อการจัดการปัญหาขยะทะเลในประเทศไทย, ทรายทอง บุญบางยาง, จารุมาศ เจริญพานิช

Thai Environment

การสังเคราะห์แนวทางเพื่อการจัดการปัญหาขยะทะเลดำเนินการโดยการวิเคราะห์งานวิจัยและบทความทางวิชาการ ตลอดจนการระดมความคิดเห็นในกลุ่มผู้รู้ผู้เชี่ยวชาญเพื่อการสังเคราะห์แนวทางที่เหมาะสม ผลการศึกษาพบประเด็นจุดอ่อนที่สำคัญคือการมีที่มาของขยะในปริมาณมาก การขาดสมรรถนะของการจัดการโดยชุมชน และการขาดการสนับสนุนด้านการจัดการจากภาครัฐอย่างเพียงพอ ส่วนจุดแข็งที่พบในหลายพื้นที่คือการเริ่มใช้นโยบายหรือมาตรการในการควบคุมปริมาณขยะ การมีกิจกรรมชุมชนในเชิงอนุรักษ์สภาพแวดล้อม และการพัฒนาระบบการจัดการขยะอย่างครบวงจรในชุมชน สำหรับผลการสังเคราะห์แนวทางการแก้ไขปัญหาขยะทะเลพบว่าประเด็นด้านการตั้งจุดรับแยกขยะในพื้นที่ การสร้างความตระหนักรู้ในองค์กรระดับท้องถิ่น และการจัดสร้างระบบการจัดการขยะที่เหมาะสม เป็นเรื่องสำคัญในระดับท้องถิ่น ส่วนในระดับประเทศเราควรให้ความสำคัญกับการกำหนดเป้าหมายให้เกิดอย่างเป็นรูปธรรม และจัดทำฐานข้อมูลตามแหล่งที่มาของขยะให้ชัดเจน นอกจากนี้ควรเร่งจัดการปัญหาขยะจากเรือประมง ผลการศึกษาในภาพรวมยังพบความจำเป็นในการบริหารจัดการที่ต้องครอบคลุมทั้งมิติด้านความร่วมมือในชุมชน ด้านระเบียบนโยบายและมาตรการที่เหมาะสม และด้านระบบการจัดการที่ควรขับเคลื่อนโดยองค์การบริหารส่วนท้องถิ่นในแต่ละพื้นที่ ทั้งนี้ เพื่อให้เกิดการแก้ปัญหาขยะทะเลได้อย่างเป็นรูปธรรม