Marine Biology Commons^™

Sea Turtles And Survivability In Demersal Trawl Fisheries: Do Comatose Olive Ridley Sea Turtles Survive Post-Release?, Sara M. Maxwell, Matthew J. Witt, Gaspard Abitsi, Marie Pierre Aboro, Pierre Didier Agamboue, Georges Mba Asseko, Francois Boussamba, Emmanuel Chartain, Micheline Schummer Gnandji, Brice Didier Koumba Mabert

Biological Sciences Faculty Publications

Incidental capture of air‑breathing species in fishing gear is a major source of mortality for many threatened populations. Even when individuals are discarded alive, they may not survive due to direct injury, or due to more cryptic internal physiological injury such as decompression sickness. Post‑release mortality, however, can be difficult to determine. In this pilot study, we deployed survivorship pop‑up archival tags (sPAT) (n = 3) for an air‑breathing species, the olive ridley sea turtle (Lepidochelys olivacea), one of the first studies to do so. We found that at least two of the three turtles survived after being …

Integrating Dynamic Subsurface Habitat Metrics Into Species Distribution Models, Stephanie Brodie, Michael G. Jacox, Steven J. Bograd, Heather Welch, Heidi Dewar, Kylie L. Scales, Sara M. Maxwell, Dana M. Briscoe, Christopher A. Edwards, Larry B. Crowder, Rebecca L. Lewison, Elliott L. Hazen

Biological Sciences Faculty Publications

Species distribution models (SDMs) have become key tools for describing and predicting species habitats. In the marine domain, environmental data used in modeling species distributions are often remotely sensed, and as such have limited capacity for interpreting the vertical structure of the water column, or are sampled in situ, offering minimal spatial and temporal coverage. Advances in ocean models have improved our capacity to explore subsurface ocean features, yet there has been limited integration of such features in SDMs. Using output from a data-assimilative configuration of the Regional Ocean Modeling System, we examine the effect of including dynamic subsurface …

Energy-Rich Mesopelagic Fishes Revealed As A Critical Prey Resource For A Deep-Diving Predator Using Quantitative Fatty Acid Signature Analysis, Chandra Goetsch, Melinda G. Conners, Suzanne M. Budge, Yoko Mitani, William A. Walker, Jeffrey F. Bromaghin, Samantha E. Simmons, Colleen Reichmuth, Daniel P. Costa

Biological Sciences Faculty Publications

Understanding the diet of deep-diving predators can provide essential insight to the trophic structure of the mesopelagic ecosystem. Comprehensive population-level diet estimates are exceptionally difficult to obtain for elusive marine predators due to the logistical challenges involved in observing their feeding behavior and collecting samples for traditional stomach content or fecal analyses. We used quantitative fatty acid signature analysis (QFASA) to estimate the diet composition of a wide-ranging mesopelagic predator, the northern elephant seal (Mirounga angustirostris), across five years. To implement QFASA, we first compiled a library of prey fatty acid (FA) profiles from the mesopelagic eastern North Pacific. Given …

ฤดูสืบพันธุ์และนิเวศวิทยาการกินอาหารของปลาคางคก Allenbatrachus Grunniens (Linnaeus, 1758) บริเวณปากแม่น้ำปราณบุรี จังหวัดประจวบคีรีขันธ์, ทัพประดิษฐ์ มิตรเปรียญ

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ปลาคางคกชนิด Allenbatrachus grunniens (Linnaeus, 1758) เป็นปลาน้ำกร่อยชนิดสำคัญและมีความสำคัญต่อระบบนิเวศ ปากแม่น้ำปราณบุรี จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ในอดีตยังไม่มีรายงานทางด้านวิชาการถึงบทบาทและการใช้ประโยชน์ของปลาชนิดนี้ จากบริเวณปากแม่น้ำ การศึกษาครั้งนี้ จึงทำการศึกษาฤดูสืบพันธุ์และนิเวศวิทยาการกินอาหารของปลาคางคกชนิด A. grunniens บริเวณปากแม่น้ำปราณบุรี โดยทำการเก็บตัวอย่างปลาชนิดนี้ (จำนวน 111 ตัว) จาก 5 สถานี (St1-St5) ระหว่างเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2559 ถึง เดือนตุลาคม พ.ศ. 2560 ผลการศึกษาพบว่าการกระจายตัวของปลา A. grunniens สามารถพบได้แค่ 2 สถานี (St4 และ St5) เท่านั น ขณะที่ปลา A. grunniens ความยาวเหยียดเฉลี่ย 17.46±3.53 เซนติเมตร ข้อมูลทางด้านสัณฐานวิทยาและมิญชวิทยาแสดงให้เห็นว่าโครงสร้างของรังไข่จัดเป็นแบบไข่สุก ไม่พร้อมกัน (asynchronous development ovary) เนื่องจากประกอบด้วยเซลล์ไข่หลากหลายระยะ ที่สามารถแบ่งออกเป็น 4 ระยะ คือ โอ โอโกเนีย ระยะการเจริญของการพัฒนาเซลล์ไข่ขั้นปฐมภูมิ ระยะการเจริญของการพัฒนาเซลล์ไข่ขั้นทุติยภูมิ และระยะปล่อยเซลล์ไข่ ในขณะที่โครงสร้างอัณฑะในปลาเพศผู้จัดเป็น unrestricted spermatogonial testis ที่สามารถพบการกระจายของระยะสเปอร์มาโทโกเนียมตลอด ความยาวของท่อสร้างอสุจิ ทั้งนี้ ระยะสเปอร์มาโทไซต์ระยะแรก ระยะสเปอร์มาโทไซต์ระยะที่สอง ระยะสเปอร์มาทิดและระยะสเปอร์มาโทซัวก็ ยังสามารถพบได้ภายในท่อสร้างอสุจิ (สำหรับสัดส่วนเพศของปลา A. grunniens เป็น 1:1) จากค่าดัชนีความสมบูรณ์เพศ (GSI), ค่าดัชนีความ สมบูรณ์ของตับ (HSI) และการเปลี่ยนแปลงร้อยละของการเจริญของอวัยวะสร้างเซลล์สืบพันธุ์ พบว่าค่าดัชนีความสมบูรณ์เพศสอดคล้องกับการ เจริญของอวัยวะสืบพันธุ์ของปลาคางคกทั้งสองเพศ พบช่วงสืบพันธุ์สองช่วง [ช่วงแรกคือ ช่วงเดือนมกราคม พ.ศ.2560 ถึงเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ.2560 และช่วงที่สอง คือ ช่วงเดือนกรกฏาคม พ.ศ.2560 ถึงเดือนตุลาคม พ.ศ.2560] A. grunniens …

Effect Of Temperature On Antioxidant Enzyme Activities And Gene Expression In Sand Worm Perinereis Quatrefagesi (Grube, 1878), Sucharat Suksai

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Polychaetes is one of intertidal animals that face the fluctuations of coastal environment through time. One of important environmental factors to animals is temperature regarding to the fluctuation of temperature in intertidal environment. Human activities could also cause high changes in water temperature by high temperature discharges from urban and industries. Since global warming is still a main issue, an increase of seawater temperature about 3°C could be possible as a prediction. This study aimed to investigate effect of temperature in polychaetes Perinereis quatrefagesi at cellular level, which could be indicated by heat shock response and oxidative stress due to …

นิเวศวิทยาการกินอาหารเชิงเปรียบเทียบระหว่างปลาแป้นจมูกสั้น Nuchequula Gerreoides (Bleeker, 1851) และปลาแป้นกระสวย Eubleekeria Splendens (Cuvier, 1829) จากปากแม่น้ำปราณบุรี ประเทศไทย, ทัศพร กาญจนเรขา

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Description of the resource partitioning (or niche differentiation) among fish is an essential part of substantial difference in a resources used for coexisting species for reducing competition. Food and reproductive activity are the most important factor concerning the resource partitioning among fishes. Decorated ponyfish (Nuchequula gerreoides) and splendid ponyfish (Eubleekeria splendens) are the two abundantly co-occurring leiognathid’s species in the Pranburi river estuary. The coexistence of these two species may promote resource partitioning. To examine this hypothesis, two important ponyfishes were collected from the Pranburi river estuary in this study. All fish specimens collection were carried out during dry (February …

บทบาทของสัตว์ทะเลหน้าดินขนาดใหญ่ในการเป็นแหล่งอาหารของนกชายเลนในนาเกลือที่ถูกทิ้งร้าง จังหวัดเพชรบุรี, ธนภัทร กลับชุ่ม

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

นกชายเลนเป็นกลุ่มนกอพยพที่เข้ามาหากินในอ่าวไทยตอนในบริเวณหาดเลนและบางส่วนของนาเกลือ นาเกลือที่ถูกทิ้งร้างมีศักยภาพเป็นแหล่งหาอาหารของนกชายเลน เนื่องจากเป็นที่อาศัยของสัตว์ทะเลหน้าดินขนาดใหญ่ซึ่งเป็นอาหารหลักของนกชายเลนหลายชนิดในช่วงฤดูอพยพ งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างชุมชนของของสัตว์ทะเลหน้าดินขนาดใหญ่ และความชุกชุมของนกชายเลนที่ลงเข้าใช้ในบ่อนาเกลือที่ถูกทิ้งร้างในตำบลปากทะเล อำเภอบ้านแหลม จังหวัดเพชรบุรี ในบ่อนาเกลือที่ถูกทิ้งร้างสองแบบ คือ บ่อที่ดินโผล่พ้นน้ำเมื่อน้ำลง (A) และบ่อที่ถูกน้ำท่วมตลอดเวลา (B) ทำการเก็บตัวอย่างดิน และเก็บข้อมูลของนกชายเลนในช่วงเวลาน้ำลงต่ำสุด เดือนละ 1 ครั้ง ตั้งแต่เดือนตุลาคม พ.ศ. 2560 - เดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2561 ผลการศึกษาพบสัตว์ทะเลหน้าดินขนาดใหญ่ทั้งสิ้น 60 ชนิด กลุ่มที่มีความหนาแน่นสูงสุด คือ ไส้เดือนทะเลและแมลง ตามลำดับ โดยไส้เดือนทะเลมีความหนาแน่นสูงในบ่อที่ดินโผล่พ้นน้ำซึ่งมีความเค็มใกล้เคียงกับความเค็มของน้ำทะเล ส่วนบ่อที่ถูกน้ำท่วมตลอดเวลาที่มีลักษณะพื้นที่ที่แตกต่างกัน เช่น พื้นที่น้ำท่วมสูง และพื้นที่เนินดินที่ถูกปกคลุมด้วยไบโอฟิลม์ ซึ่งมีแมลงเป็นกลุ่มเด่น ส่วนนกชายเลนพบทั้งสิ้น 23 ชนิด รวม 7,715 ตัว ความชุกชุมของนกชายเลนสูงสุดในเดือนตุลาคมซึ่งเป็นช่วงต้นฤดูอพยพ รองลงมาในเดือนมกราคมเป็นฤดูอพยพ และในเดือนเมษายนเป็นช่วงปลายฤดูอพยพ ตามลำดับ การผันแปรชองชนิดและความหนาแน่นของสัตว์ทะเลหน้าดินขนาดใหญ่และนกชายเลนอยู่ภายใต้อิทธิพลของปัจจัยสิ่งแวดล้อมที่สำคัญ คือ ระดับน้ำในบ่อ ซึ่งในบ่อที่ถูกน้ำท่วมตลอดเวลามีน้ำลึกเฉลี่ย 10 เซนติเมตร ดินตะกอนในบ่อมีปริมาณอินทรีย์สารและปริมาณซัลไฟด์ทั้งหมดสูง ส่วนนกชนิดเด่นที่พบลงหากินในบ่อนี้ คือ นกปากแอ่นหางดำและนกตีนเทียน ซึ่งเป็นนกขนาดใหญ่ที่มีปากและขายาว โดยเฉพาะนกปากแอ่นหางดำเป็นนกที่มีสถานภาพใกล้ถูกคุกคามและมีความสัมพันธ์กับความหนาแน่นของแมลง ส่วนบ่อที่ดินโผล่พ้นน้ำมีน้ำตื้น (เฉลี่ย 3 เซนติเมตร) นกชนิดเด่นที่พบในบ่อนี้ คือ นกหัวโตทรายและนกชายเลนปากกว้างซึ่งเป็นนกขนาดเล็กและมีขาสั้น การศึกษาครั้งนี้แสดงให้เห็นถึงความสำคัญความอุดมสมบูรณ์ของสัตว์ทะเลหน้าดินรวมถึงสภาพแวดล้อมในนาเกลือที่ถูกทิ้งร้าง เช่น ความลึกของน้ำและความเค็มของน้ำในบ่อซึ่งใกล้เคียงกับสภาพของหาดเลนในธรรมชาติ ส่งผลให้บ่อนาเกลือร้างที่ศึกษามีความสำคัญทั้งในด้านของการเป็นแหล่งอาหารและหากินของนกชายเลน (ซึ่งรวมถึงนกที่มีสถานภาพการอนุรักษ์ถึง 7 ชนิด) นอกจากนี้นาเกลือที่ถูกทิ้งร้างเป็นแหล่งทำรังวางไข่ให้แก่นกประจำถิ่น

การสะสมของพิษอัมพาตในหอยแมลงภู่ Perna Viridis จากการกรองกิน Alexandrium Minutum ที่แยกจากบริเวณปากแม่น้ำเจ้าพระยา, ปฏิภาณ พุ่มพวง

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Alexandrium minutum เป็นไดโนแฟลกเจลเลตที่เป็นสาเหตุของพิษอัมพาตในหอย สามารถพบการกระจายในปริมาณน้อยเป็นบางครั้งบริเวณชายฝั่งอ่าวไทย เนื่องจากบริเวณอ่าวไทยเป็นพื้นที่เลี้ยงหอยแมลงภู่ที่สำคัญของประเทศ ทำให้มีความเป็นไปได้ของการสะสมพิษอัมพาตในหอยแมลงภู่จากการกรองกิน A. minutum อย่างไรก็ตามการศึกษาการสะสมพิษอัมพาตในหอยแมลงภู่ในประเทศไทยยังมีอยู่อย่างจำกัด เพื่อให้เกิดความเข้าใจมากขึ้น จึงทำการศึกษาการสะสมพิษอัมพาตในหอยแมลงภู่ (Perna viridis) และแพลงก์ตอนพืชที่กรองแยกจากน้ำทะเลในพื้นที่เลี้ยงหอย บริเวณศรีราชา จังหวัดชลบุรี และคลองด่าน จังหวัดสมุทรปราการ ในฤดูลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ และฤดูลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือ และการสะสมพิษอัมพาตที่ส่งผ่านจาก A. minutum ไปสู่หอยแมลงภู่ในห้องปฏิบัติการ ด้วยการให้หอยกรองกิน A. minutum อย่างต่อเนื่องเป็นเวลา 2 สัปดาห์ และในช่วงเวลากำจัดพิษ ให้หอยกรองกินแพลงก์ตอนชนิด Isochrysis sp. ซึ่งไม่สร้างสารชีวพิษเป็นเวลา 2 สัปดาห์ ทำการตรวจวัดปริมาณและองค์ประกอบพิษอัมพาตโดยเครื่อง HPLC ด้วยวิธีตรวจวัดแบบ pre-chromatographic oxidation ผลการศึกษาในพื้นที่เลี้ยงหอยแมลงภู่ ไม่พบเซลล์ของ A. minutum แต่พบปริมาณพิษอัมพาตในหอยแมลงภู่อยู่ในระดับต่ำกว่าเกณฑ์มาตรฐานสารชีวพิษกลุ่มพิษอัมพาตในหอยสองฝา การศึกษาในห้องปฏิบัติการ ใช้เซลล์ A. minutum ที่เติบโตในช่วงปลายของระยะ exponential ซึ่งมีปริมาณพิษอัมพาตอยู่ในช่วง 3.75-4.46 pgSTXeq./เซลล์ และมี GTX1,4 เป็นองค์ประกอบพิษหลักมากกว่า 90% เป็นอาหารแก่หอยแมลงภู่ ผลการทดลองพบว่าปริมาณพิษอัมพาตที่สะสมในหอยแมลงภู่ต่อตัวเพิ่มขึ้นสอดคล้องกับปริมาณ A. minutum ที่ถูกกรองกิน ปริมาณพิษอัมพาตมีค่ามากกว่าค่าควบคุมภายใน 24 ชั่วโมง และมีค่าสูงสุดในวันสุดท้ายที่กรองกิน A. minutum คือ วันที่ 14 (11.20 µg STXeq.ต่อตัว) ซึ่งมีค่าสูงกว่าระดับควบคุม 14 เท่า โดยตลอดช่วงการศึกษาพบการสะสมพิษอัมพาตมีค่าอยู่ระหว่าง 23-47% ของปริมาณที่ได้รับจากการกรองกิน ในช่วงการกำจัดพิษพบว่า ปริมาณพิษอัมพาตต่อตัวหอยลดลงอย่างรวดเร็วและต่ำกว่าค่าควบคุมภายใน 3 วัน โดยในวันสุดท้ายของการกำจัดพิษพบพิษอัมพาต 0.08% จากปริมาณที่ได้รับ นอกจากนี้ยังพบความแตกต่างของการกำจัดพิษอัมพาตที่ได้รับจาก A. minutum คือ GTX1,4 (อนุพันธ์ที่มีความเป็นพิษสูง) สามารถถูกกำจัดจากเนื้อหอยอย่างรวดเร็ว และการที่องค์ประกอบของพิษอัมพาตแต่ละชนิดมีการเปลี่ยนแปลงตลอดช่วงการทดลอง แสดงให้เห็นความสามารถของกระบวนการทางชีวเคมีของหอยในการกำจัดพิษอัมพาตออกจากร่างกาย การศึกษาครั้งนี้แสดงให้เห็นได้ว่าพิษอัมพาตจาก …

ความชุกชุมและความหลากหลายของแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเจลาตินัสในอ่าวไทยตอนใน, หัทยา จิตรพัสตร์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

แพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเจลาตินัสมีความหลากหลายทางชีวภาพและทางนิเวศวิทยาสูงพบได้ทั้ง herbivores และ carnivores ปัจจุบันการเพิ่มจำนวนของแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเจลาตินัสในทะเลเป็นที่สนใจทั่วโลก การศึกษาครั้งนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อสำรวจความชุกชุมและความหลากหลายของแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเจลาตินัสบริเวณอ่าวไทยตอนใน โดยเก็บตัวอย่างด้วยถุงลากแพลงก์ตอนขนาดตา 330 ไมโครเมตร จากอ่าวไทยตอนในในเดือนมิถุนายนเป็นตัวแทนฤดูมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ เดือนตุลาคมเป็นตัวแทนปลายฤดูมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ ปี 2560 และเดือนเมษายนเป็นตัวแทนฤดูร้อน ปี 2561 ผลการศึกษาพบแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเจลาตินัสทั้งหมด 63 ชนิด ไฮโดรเมดูซีเป็นกลุ่มที่มีความหลากชนิดมากที่สูงสุด ขณะที่หนอนธนูชนิด Flaccisagitta enflata เป็นชนิดเด่นจากการสำรวจทั้งสามฤดูโดยเฉพาะฤดูมรสุมตะวันตกเฉียงใต้และฤดูร้อน นอกจากนี้แพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเด่นอื่น ๆ แตกต่างกันตามฤดูกาล โดยมี Doliolum sp. เป็นชนิดเด่นในปลายฤดูมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ ดัชนีความหลากชนิดรวมทั้งความชุกชุมของแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเจลาตินัสในบริเวณก้นอ่าวมีค่าสูงกว่าแนวห่างจากฝั่ง เนื่องจากอิทธิพลปัจจัยสิ่งแวดล้อมที่มีการผันแปรสูงโดยเฉพาะความเค็มรวมทั้งความอุดมสมบูรณ์ของแหล่งอาหาร ความชุกชุมของแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเจลาตินัสขึ้นอยู่กับระยะห่างจากปากแม่น้ำและฤดูกาลโดยมีค่าผันแปรอยู่ในช่วง 43-1,369 ตัวต่อลูกบาศก์เมตร ในฤดูร้อนพบความหนาแน่นเฉลี่ยมากที่สุด ในช่วงปลายฤดูมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ที่พบความชุกชุมของ salps สูง ทำให้ค่าปริมาตรชีวภาพสูงที่สุดด้วย ผลการวิเคราะห์องค์ประกอบชนิดและปริมาณของแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มเจลาตินัสพบความแตกต่างชุมชนแพลงก์ตอนสัตว์กลุ่มนี้ในบริเวณก้นอ่าวและบริเวณห่างฝั่งออกไป ผลการศึกษายังแสดงว่าในบริเวณก้นอ่าวมีความเค็มต่ำนั้นจะพบไฮโดรเมดูซีเป็นกลุ่มเด่น ขณะที่หนอนธนูเป็นกลุ่มเด่นในแนวถัดออกมาจากปากเเม่น้ำซึ่งเป็นบริเวณที่มีความเค็มสูง

The Role Of Enso On The Agulhas Current Leakage Region, Morgan Lauren Paris

Theses and Dissertations

The southern end of the African continent marks the division between the Atlantic Ocean and the Indian Ocean where warm, saline waters propagate into the Atlantic Ocean in the form of rings, eddies, and filaments. These warm, saline waters released during the retroflection of the Agulhas Current are referred to as Agulhas leakage. The Agulhas Current is a poleward flowing western boundary current that forms the limb of the winddriven anti-cyclonic circulation of the south Indian Ocean. The current originates south of Madagascar fed by the Mozambique Channel and the East Madagascar Current. Smallscale variations have been identified in Agulhas …

Climate Metric Coherence: Stationarity Of The Relationships Between North Pacific Climate Indices And Ecological Processes In The Gulf Of Alaska, Michael Opiekun

Theses and Dissertations

The Pacific Decadal Oscillation (PDO) has been used to characterize the dominant basin-scale climate variability, in the North Pacific. The PDO index has been correlated to Pacific salmon (Oncorhynchus spp.) population dynamics in the Gulf of Alaska (GOA) during the late 1900s, but the stationarity of the statistical relationships between salmon production and the basin-scale index (and between the regional physical processes and the basin-scale index) has not been quantified. A change in the relationship between the PDO and salmon catches has been noted during the late 1980s, motivating further investigation of variability in climate and ecosystem properties during this …

Evidence For Extra-Gastric Expression Of The Proton Pump H+/K+ -Atpase In The Gills And Kidney Of The Teleost Oreochromis Niloticus, Ebtesam Barnawi

Theses and Dissertations (Comprehensive)

It is well known that stomach acid secretion by oxynticopeptic cells of the gastric mucosa is accomplished by the H⁺/ K⁺-ATPase (HKA), which is comprised of the HKα1 (gene: atp4a) and HKβ (gene: atp4b) subunits. However, the role of the HKA in extra-gastric organs such as the gill and kidney is less clear especially in fishes. This pump may contribute to active ion and/or acid-base regulation either through direct ion transport or through secondary transport proteins against unfavorable concentration gradients via the energy derived from ATP hydrolysis. In the present work I have demonstrated …

An Investigation Into The Physiological Impacts Of Ocean Acidification On Recruits Of The Temperate Coral, Oculina Arbuscula, Brianne Varnerin

College of Graduate Studies: Theses & Dissertations

Ocean acidification is well-researched with respect to adult scleractinian corals, however information on whether adults and recruits of the same species respond similarly to this environmental stress is lacking. I investigated the responses to increased pCO₂ of recruits of the temperate coral, Oculina arbuscula, whose adults are known to withstand high levels of pCO₂ with no depression in calcification (up to 1000 ppm CO₂). I addressed the hypothesis that O. arbuscula recruit health is not affected by increased pCO₂ by exposing small colonies (5-12mm diameter) to 475, 711, and 1270 ppm CO₂ for …

Copepod Distribution In Relation To Environmental Parameters On Diel And Tidal Time Scales In Mission Bay, San Diego, California, Joy Renee Shapiro

Theses

The vertical distribution of copepods in estuaries is known to vary in relation to environmental factors. However, the relationships between environmental conditions (e.g., tides, hydrography) and copepod distributions are not well understood. This project examined connections between environmental parameters and copepod distribution in Mission Bay, San Diego, California. Copepods (adults, juveniles, and nauplii) were collected every two hours over a diel cycle at three sites across the bay. A plankton pump was used to draw ~2 m³ of water from each of two depths - just below the surface and just above the bottom. Copepods were retained in a …

Parasitaemia Data And Molecular Characterization Of Haemoproteus Catharti From New World Vultures (Cathartidae) Reveals A Novel Clade Of Haemosporida, Michael J. Yabsley, Ralph E.T. Vanstreels, Ellen S. Martinsen, Alexandra G. Wickson, Amanda E. Holland, Sonia M. Hernandez, Alec T. Thompson, Susan L. Perkins, Christopher A. Lawrence Bryan, Christopher A. Cleveland, Emily Jolly, Justin D. Brown, Dave Mcruer, Shannon Behmke, James C. Beasley

Faculty & Staff Scholarship

Background: New World vultures (Cathartiformes: Cathartidae) are obligate scavengers comprised of seven species in five genera throughout the Americas. Of these, turkey vultures (Cathartes aura) and black vultures (Coragyps atratus) are the most widespread and, although ecologically similar, have evolved differences in morphology, physiology, and behaviour. Three species of haemosporidians have been reported in New World vultures to date: Haemoproteus catharti, Leucocytozoon toddi and Plasmodium elongatum, although few studies have investigated haemosporidian parasites in this important group of species. In this study, morphological and molecular methods were used to investi- gate the epidemiology and molecular biology of haemosporidian parasites of …

Remobilization Of Heavy Metals By Mangrove Leaves, Hanan Almahasheer, Oscar Serrano, Carlos M. Duarte, Xabier Irigoien

Research outputs 2014 to 2021

Several studies have been carried out on heavy metal pollution in mangrove ecosystems. However, the role of mangroves in heavy metal remobilization is still relatively unknown. On one side, mangrove woody organs and soils sequester heavy metals for long time periods, but on the other hand, senescence of mangrove leaves may return these metals collected by roots to the upper layers of the soil. Here, we analyzed the concentration of chemical elements (Al, As, Cd, Cr, Cu, Fe, Mn, Mo, Ni, Pb, Sr, V, and Zn) as a function of age in mangrove leaves to understand heavy metals retention by …

Short-Term Responses Of Posidonia Australis To Changes In Light Quality, Simone Strydom, Kathryn M. Mcmahon, Gary A. Kendrick, John Stratton, Paul S. Lavery

Research outputs 2014 to 2021

Seagrass meadows are highly productive ecosystems that provide ecosystem services to the coastal zone but are declining globally, particularly due to anthropogenic activities that reduce the quantity of light reaching seagrasses, such as dredging, river discharge and eutrophication. Light quality (the spectral composition of the light) is also altered by these anthropogenic stressors as the differential attenuation of wavelengths of light is caused by materials within the water column. This study addressed the effect of altered light quality on different life-history stages of the seagrass Posidonia australis, a persistent, habitat-forming species in Australia. Aquarium-based experiments were conducted to determine …

Millennial-Scale Trends And Controls In Posidonia Oceanica (L. Delile) Ecosystem Productivity, Carman Leiva-Dueñas, Lourdes López-Merino, Oscar Serrano, Antonio Martínez Cortizas, Miguel-Angel Mateo

Research outputs 2014 to 2021

Posidonia oceanica is a marine phanerogam that buries a significant part of its belowground production forming an organic bioconstruction known as mat. Despite Posidonia seagrass mats have proven to be reliable archives of long-term environmental change, palaeoecological studies using seagrass archives are still scarce. Here we reconstruct four millennia of environmental dynamics in the NE coast of Spain by analysing the carbon and nitrogen stable isotopic composition of P. oceanica sheaths, the proportion of different seagrass organs throughout the seagrass mat and other sedimentological proxies. The palaeoenvironmental reconstruction informs on long-term ecosystem productivity and nutrient loading, which have been linked …

Sequestration Of Macroalgal Carbon: The Elephant In The Blue Carbon Room, Dorte Krause-Jensen, Paul Lavery, Oscar Serrano, Nu´Ria Marba, Pere Masque´, Carlos M. Duarte

Research outputs 2014 to 2021

Macroalgae form the most extensive and productive benthic marine vegetated habitats globally but their inclusion in Blue Carbon (BC) strategies remains controversial. We review the arguments offered to reject or include macroalgae in the BC framework, and identify the challenges that have precluded macroalgae from being incorporated so far. Evidence that macroalgae support significant carbon burial is compelling. The carbon they supply to sediment stocks in angiosperm BC habitats is already included in current assessments, so that macroalgae are de facto recognized as important donors of BC. The key challenges are (i) documenting macroalgal carbon sequestered beyond BC habitat, (ii) …

Microorganisms Facilitate Uptake Of Dissolved Organic Nitrogen By Seagrass Leaves, Flavia Tarquinio, Jeremy Bourgoure, Annette Koenders, Bonnie Laverock, Christin Säwström, Glenn A. Hyndes

Research Datasets

The database compiles data (used in Tarquinio et al. 2018, ISME Journal, accepted for publication) obtained from nitrogen stable isotope analysis (IRMS) and Nanoscale secondary ion mass spectrometry (NanoSIMS) of seagrass (Posidonia sinuosa) leaves and associated microorganisms. Row data (IRMS) are presented for bulk tissue ¹⁵N enrichment of P. sinuosa leaves at different times of incubation (plotted as bar chart in the manuscript), as well as the enrichment detected through the drawing of regions of interest (ROI) from NanoSIMS image analysis and plotted as box plots in the manuscript.

Managing Seagrass Resilience Under Cumulative Dredging Affecting Light: Predicting Risk Using Dynamic Bayesian Networks, Paul Pao-Yen Wu, Kathryn Mcmahon, Michael A. Rasheed, Gary A. Kendrick, Paul H. York, Kathryn Chartrand, M. Julian Carey, Kerrie Mengerson

Research Datasets

Coastal development is contributing to ongoing declines of ecosystems globally. Consequently, understanding the risks posed to these systems, and how they respond to successive disturbances, is paramount for their improved management. We study the cumulative impacts of maintenance dredging on seagrass ecosystems as a canonical example. Maintenance dredging causes disturbances lasting weeks to months, often repeated at yearly intervals. We present a risk-based modelling framework for time varying complex systems centred around a dynamic Bayesian network (DBN). Our approach estimates the impact of a hazard on a system's response in terms of resistance, recovery and persistence, commonly used to characterise …

Effects Of Small-Scale, Shading-Induced Seagrass Loss On Blue Carbon Storage: Implications For Management Of Degraded Seagrass Ecosystems, Stacey M. Trevathan-Tackett, Caitlin Wessel, Just Cebrian, Peter J. Ralph, Pere Masque´, Peter I. Macreadie

Research Datasets

1. Seagrass meadows are important global ‘blue carbon’ sinks. Despite a 30% loss of seagrasses globally during the last century, there is limited empirical research investigating the effects of disturbance and loss of seagrass on blue carbon stocks.

2. In this study, we hypothesised that seagrass loss would reduce blue carbon stocks. Using shading cloth, we simulated small-scale die-offs of two subtropical seagrass species, Halodule wrightii and Thalassia testudinum, in a dynamic northern Gulf of Mexico lagoon. The change in quantity and quality of sediment organic matter and organic carbon were compared among kill, control and bare plots before the …

Latitudinal Variation In Seagrass Herbivory: Global Patterns And Explanatory Mechanisms, Adriana Vergés, Christopher Doropoulos, Robert Czarnik, Kathryn Mcmahon, Nil Llonch, Alistair G. B. Poore

Research Datasets

Aim: The aim was to quantify latitudinal patterns in seagrass–herbivore interactions in the context of a warming climate.

Location: We carried out a global meta‐analysis combined with a field experiment across 1,700 km and 12° of latitude in Western Australia.

Time period: 1984–2014. Major taxa studied: Seagrasses.

Methods: We first synthesized the global literature on herbivore exclusion experiments in seagrasses to test whether differences in herbivore impacts are related to latitude and sea surface temperature. We then quantified leaf production and consumption rates in the field at nine meadows of the seagrass Amphibolis antarctica across 1,700 km, from tropical to …

The Distribution And Trophic Ecology Of Golden Ghost Crabs (Ocypode Convexa), Caitlin Rae

Theses: Doctorates and Masters

Sandy beaches make up approximately three-quarters of the world’s shorelines. They are important ecosystems, hosting abundant invertebrate macrofaunal communities that provide food resource for vertebrate predators such as shorebirds, seabirds, marine mammals and fish. Although possessing a terrestrial appearance, food input on sandy beaches is derived predominantly from the sea. Such food input includes detrital matter, mostly in the form of wrack, and has the potential to support a great diversity of species, as well as stabilising energy fluxes and dynamics of consumer populations. The movement of detritus, along with other vectors such as organisms and nutrients, across ecosystem boundaries …

Comment On 'Geoengineering With Seagrasses: Is Credit Due Where Credit Is Given?', Peter I. Macreadie, Carolyn J. Ewers-Lewis, Ashley A. Whitt, Quinn Ollivier, Stacey M. Trevathan-Tackett, Paul Carnell, Oscar Serrano

Research outputs 2014 to 2021

Over the past decade scientists around the world have sought to estimate the capacity of seagrass meadows to sequester carbon, and thereby understand their role in climate change mitigation. The number of studies reporting on seagrass carbon accumulation rates is still limited, but growing scientific evidence supports the hypothesis that seagrasses have been efficiently locking away CO2 for decades to millennia (e.g. Macreadie et al 2014, Mateo et al 1997, Serrano et al 2012). Johannessen and Macdonald (2016), however, challenge the role of seagrasses as carbon traps, claiming that gains in carbon storage by seagrasses …

Sentience In Fishes: More On The Evidence, Michael L. Woodruff

Animal Sentience

In my target article, I argued that the brains of ray-finned fishes of the teleost subclass (Actinopterygii) are sufficiently complex to support sentience — that these fishes have subjective awareness of interoceptive and exteroceptive sense experience. Extending previous theories centered on the tectum, I focused on the organization of the fish pallium. In this Response to the commentaries, I clarify that I do not propose that the fish pallium is, or must be, homologous to the mammalian neocortex to play a role in sentience. Some form of a functionalist approach to explaining the neural basis of sentience across taxa is …

Philippine Aquatic Food Production Afs 450, Michael Cerbo

Library Impact Statements

No abstract provided.

Oceanic, Latitudinal, And Sex-Specific Variation In Demography Of A Tropical Deepwater Snapper Across The Indo-Pacific Region, Ashley J. Williams, C. Wakefield, Stephen J. Newman, Elodie Vourey, Francisco J. Abascal, Tuikolongahau Halafihi, Jeremie Kaltavara, Simon J. Nicol

Fisheries Research Articles

Deepwater tropical fisheries provide an important source of income and protein to Pacific and Indian Ocean coastal communities who are highly dependent on fish for food security. The development of quantitative assessments and management strategies for these deepwater fisheries has been hindered by insufficient biological and fisheries data. We examine the age-specific demography of the pygmy ruby snapper Etelis carbunculus, an important target species in tropical deepwater fisheries, across 90° of longitude and 20° of latitude in the Pacific and Indian Oceans. Our results show that growth of E. carbunculus varies significantly between oceans and sexes and across latitudes …

Foraging Behavior And Energetics Of Albatrosses In Contrasting Breeding Environments, Michelle Antolos, Scott Shaffer, Henri Weimerskirch, Yann Tremblay, Daniel Costa

Faculty Publications, Biological Sciences

Animals can maximize fitness by optimizing energy acquisition through the selection of favorable foraging habitats, but trade-offs exist between time spent in preferred feeding habitats, energetic costs of travel, and reproductive constraints. For pelagic seabirds, geographic distribution of suitable breeding islands can restrict access to marine prey resources and influence foraging strategies. Laysan (Phoebastria immutabilis) and black-footed albatrosses (P. nigripes) breeding in the Northwest Hawaiian Islands, and Indian yellow-nosed albatrosses (Thalassarche carteri) breeding in the Southern Indian Ocean, utilize productive subtropical-subpolar transition zones during their breeding and non-breeding periods, but this marine feature is at a comparatively greater distance for …

Assessing Morphological Deformities In Cetaceans: Definition Of Patterns And Quantification With A Case Study (Madeira Island, Ne Atlantic), Erich Dietterle

Masters Theses, 2010-2019

Documenting deformities in cetaceans can lead to understandings in the health of the populations, but also the state of ocean and human health in an area. Deformities like skin lesions can lead to information about local pollution levels or possible diseases, while physical impacts can give insight into vessel traffic or fishing gear entanglement information. Cetaceans encounter threats like vessel strikes and fishing gear entanglements worldwide, but less obvious activities like whale watching or pollution can also have impacts. Studies have been conducted worldwide and around the Madeira Archipelago to document deformities, but there are various descriptions for what is …