Accurate Body Weight Class Prediction From Mirna And Gene Expression In Blood And Saliva Samples,
2025
Virginia Commonwealth University
Accurate Body Weight Class Prediction From Mirna And Gene Expression In Blood And Saliva Samples, Kimberly Lettner
Master of Science in Forensic Science Directed Research Projects
miRNA interference on protein abundance related to glucose uptake and lipid production has been evaluated in biomedical research and linked to metabolic disorders like severe obesity. The direct regulation of protein abundance caused by miRNAs on a person’s metabolism can lead to an increased weight and overall size. Body size, measured by BMI, provides additional physical descriptions that can be combined with hair color, eye color, age, and skin pigment to aid investigations of unidentified remains or unknown suspects not found in a database. The purpose of this project was to evaluate the miRNA expression of target biomarkers in dried …
Tricolored Bat (Perimyotis Subflavus) Population Genetic Structure In The Southeastern United States,
2025
Kennesaw State University
Tricolored Bat (Perimyotis Subflavus) Population Genetic Structure In The Southeastern United States, Laura Henderson
Master's Theses
Tricolored bats (Perimyotis subflavus) have experienced substantial population losses from white-nose syndrome (WNS), a disease caused by the pathogenic fungus Pseudogymnoascus destructans (Pd) which infects hibernating bats. Determining population genetic structure helps assess genetic diversity and the impacts of wildlife threats to populations. Pre-WNS data shows weak-to-negligible structure and panmictic P. subflavus populations at core portions of their range. However, current genetic data from their southeastern U.S. range is lacking. I sought to determine whether recent genetic data help resolve genetic structure among southeastern populations and assess genetic differences at two stages of impact: post-WNS and …
Whole Genome Sequencing From Snowshoe Hare Fecal Samples,
2025
University of Montana, Missoula
Whole Genome Sequencing From Snowshoe Hare Fecal Samples, Jessica J. Powell
Graduate Student Theses, Dissertations, & Professional Papers
Genomic analyses can provide powerful insights into important issues in conservation biology, including rapid estimates of overall genetic diversity and related population genetic parameters. Noninvasive DNA sampling from fecal samples is an affordable, efficient, and broadly applicable sampling method that has been used in many targeted genetic analyses. However, the efficacy of whole genome sequencing from fecal samples remains relatively unexplored in most taxa. Here, we present results from two experiments designed to test the quantity and quality of whole genome resequencing data obtained from snowshoe hare (Lepus americanus) fecal pellets. Extensive previous research has used genetic analyses …
Computational Tools For Protein Classification In Metagenomes,
2025
Michigan Technological University
Computational Tools For Protein Classification In Metagenomes, Fawad Ullah
Dissertations, Master's Theses and Master's Reports
Advances in genomic sequencing have dramatically increased the amount and the speed at which genomic data is being generated. These technological advances have enabled the ability to profile the genetic information of organisms and communities at unprecedented scales. Many methods have been developed to identify and classify genes within these datasets. However, many generic pipelines for gene annotation struggle to accurately predict specific protein classes that may not be represented in their databases. Two major challenges exist for classification of specific protein classes in metagenomic databases. The first is the fact that many metagenomic assemblies are highly fragmented with many …
Population Genomics In Posidonia Sinuosa,
2025
Edith Cowan University
Population Genomics In Posidonia Sinuosa, John W. Whale, Chanelle L. Webster, Nicole E. Said, Anjke Frouws, David L. Field, Elizabeth A. Sinclair, Kathryn M. Mcmahon
Reports accepted as research outputs
Executive Summary: This study focused on understanding genetic diversity and connectivity in the Posidonia sinuosa seagrass populations along the west coast of Western Australia, as part of Project 2.2 ‘Building Resilience and Future Proofing Seagrass Meadows’. Seagrass populations were sampled across the latitudinal gradient from Geraldton (northern range edge) to Geographe Bay (southernmost populations on the west coast) between May and December 2022. Sampling was clustered in three geographic areas (northern, central, southern) and included long term seagrass monitoring sites, with greater intensity of sampling conducted within the Cockburn Sound area at a range of depths (1.2 - 11.8 m). …
การศึกษาความสัมพันธ์และความถี่ของการตรวจพบเอชแอลเอแอนติบอดี (Anti-Hla Class I) ในหญิงตั้งครรภ์ที่คลอดก่อนกำหนด ในกลุ่มตัวอย่างชาวไทย,
2025
คณะสหเวชศาสตร์
การศึกษาความสัมพันธ์และความถี่ของการตรวจพบเอชแอลเอแอนติบอดี (Anti-Hla Class I) ในหญิงตั้งครรภ์ที่คลอดก่อนกำหนด ในกลุ่มตัวอย่างชาวไทย, สิริกุล เหล่าศรีวิจิตร
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
การคลอดก่อนกำหนด (ก่อน 37 สัปดาห์) เป็นปัญหาสาธารณสุขสำคัญทั่วโลก และในไทย ซึ่งเป็นสาเหตุหลักของการเสียชีวิตและภาวะแทรกซ้อนในทารกแรกเกิด การคลอดก่อนกำหนดส่วนใหญ่เกิดขึ้นเองโดย ไม่ทราบสาเหตุ จากหลักฐานก่อนหน้านี้พบว่า anti-HLA antibody อาจมีส่วนเกี่ยวข้องกับการคลอดก่อน กำหนดในประชากรชาวชิลี วัตถุประสงค์ของงานวิจัยจึงต้องการศึกษาความถี่และความสัมพันธ์ของแอนติบอดีต่อ Human Leukocyte Antigen class I ในหญิงตั้งครรภ์ชาวไทยที่คลอดก่อนกำหนด และสร้างโมเดลทำนายภาวะ คลอดก่อนกำหนดโดยใช้ปัจจัยเสี่ยง และผล anti-HLA class I กลุ่มตัวอย่างประกอบด้วยหญิงตั้งครรภ์ชาวไทยที่ คลอดที่โรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์จำนวน 299 คน แบ่งเป็นกลุ่มคลอดก่อนกำหนด 135 คน และกลุ่ม คลอดตามกำหนด 164 คน ได้รับการตรวจ anti-HLA class I ด้วยเทคนิค Multiplex Fluorescent Immunoassay และรวบรวมข้อมูลทางคลินิก ผลการศึกษาพบว่าความชุกของการตรวจพบ anti-HLA class I antibody โดยรวมอยู่ที่ 33.11% และสูงกว่าอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติในกลุ่มที่คลอดก่อนกำหนด (42.96%) เมื่อ เทียบกับกลุ่มที่คลอดตามกำหนด (25.00%) การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ด้วยสถิติ Chi-square test และ Logistic Regression พบว่าการตรวจพบ anti-HLA class I มีความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญกับการคลอดก่อนกำหนด (P < 0.001) โดยเพิ่มโอกาสในการคลอดก่อนกำหนดสูงขึ้น 2.260 เท่า นอกจากนี้งานวิจัยได้สร้างแบบจำลองการ ทำนายการคลอดก่อนกำหนดโดยใช้อัลกอริทึม Machine Learning หลายประเภท และใช้วิธีการคัดเลือกตัวแปร ที่แตกต่างกัน พบว่าแบบจำลอง LightGBM ที่ใช้การคัดเลือกตัวแปรแบบ Backward มีประสิทธิภาพสูงสุดในแง่ ของความแม่นยำ (Accuracy = 0.6018 ± 0.0482) และความสามารถในการตรวจจับการคลอดก่อนกำหนด (Sensitivity = 0.6444 ± 0.0726) ซึ่งแสดงให้เห็นว่า anti-HLA class I antibody และปัจจัยเสี่ยงบางประการ สามารถนำมาใช้เป็นตัวบ่งชี้เพื่อทำนายความเสี่ยงของการคลอดก่อนกำหนดได้ ผลการวิจัยนี้เป็นองค์ความรู้ พื้นฐานที่สำคัญในการพัฒนา biomarker เพื่อช่วยแพทย์ในการวางแผนการดูแลรักษาหญิงตั้งครรภ์ในอนาคต
A Bayesian Deep Segmentation Framework For Glioblastoma Tumor Segmentation Using Follow-Up Mris,
2025
The Texas Medical Center Library
A Bayesian Deep Segmentation Framework For Glioblastoma Tumor Segmentation Using Follow-Up Mris, Tanjida Kabir, Kang-Lin Hsieh, Luis Nunez, Yu-Chun Hsu, Juan C Rodriguez Quintero, Octavio Arevalo, Kangyi Zhao, Jay-Jiguang Zhu, Roy F Riascos, Mahboubeh Madadi, Xiaoqian Jiang, Shayan Shams
Faculty, Staff and Student Publications
Background: Glioblastoma (GBM) is the most common malignant brain tumor with an abysmal prognosis. Since complete tumor cell removal is impossible due to the infiltrative nature of GBM, accurate measurement is paramount for GBM assessment. Preoperative magnetic resonance images (MRIs) are crucial for initial diagnosis and surgical planning, while follow-up MRIs are vital for evaluating treatment response. The structural changes in the brain caused by surgical and therapeutic measures create significant differences between preoperative and follow-up MRIs. In clinical research, advanced deep learning models trained on preoperative MRIs are often applied to assess follow-up scans, but their effectiveness in this …
การติดตามการวางไข่ของปลาในพื้นที่บริเวณอ่าวไทยโดยใช้วิธีดีเอ็นเอบาร์โค้ดของไข่ปลา,
2025
คณะวิทยาศาสตร์
การติดตามการวางไข่ของปลาในพื้นที่บริเวณอ่าวไทยโดยใช้วิธีดีเอ็นเอบาร์โค้ดของไข่ปลา, ปฐมวรรธ แซ่ตั้ง
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
การจัดการประมงอย่างยั่งยืนจำเป็นต้องอาศัยองค์ความรู้เกี่ยวกับการวางไข่ของปลาที่มีความสำคัญทางเศรษฐกิจหลายชนิด ซึ่งประเทศไทยในปัจจุบันยังขาดข้อมูลที่ครอบคลุมในด้านนี้ การศึกษานี้จึงสำรวจการวางไข่ของปลาหลากหลายสปีชีส์โดยใช้เทคนิคดีเอ็นเอบาร์โค้ด เพื่อระบุสปีชีส์ของไข่ปลา ตัวอย่างไข่ปลาถูกเก็บทุก ๆ 3 เดือน เป็นระยะเวลา 1 ปีจากสามพื้นที่ในอ่าวไทย ได้แก่ อ่าวไทยตอนใน จังหวัดจันทบุรี และจังหวัดชุมพร จากนั้นจึงทำการเพิ่มจำนวนชิ้นส่วนยีน COI (710 คู่เบส) และ 16S rRNA (570 คู่เบส) ด้วยเทคนิค PCR และนำไปหาลำดับนิวคลีโอไทด์เปรียบเทียบกับฐานข้อมูล GenBank เพื่อระบุสปีชีส์ของปลา โดยสามารถระบุสปีชีส์ได้เมื่อลำดับนิวคลีโอไทด์ตรงกับฐานข้อมูลมากกว่า 97% ขึ้นไป ผลการศึกษาพบรูปแบบการวางไข่ของปลาที่หลากหลาย และสามารถระบุสปีชีส์ของปลาได้มากกว่า 34 วงศ์ ซึ่งแสดงให้เห็นถึงความหลากหลายของสปีชีส์ปลาในอ่าวไทย นอกจากนี้ ยังพบว่าปลาบางชนิดวางไข่ตลอดทั้งปี ในขณะที่บางชนิดวางไข่เฉพาะช่วงฤดูกาล สะท้อนให้เห็นถึงความแตกต่างในกลยุทธ์การสืบพันธุ์ของปลาแต่ละชนิด อีกทั้งยังพบว่าปลาหลายชนิดมีแหล่งวางไข่เฉพาะพื้นที่ ผลการศึกษานี้แสดงให้เห็นถึงความหลากหลายทางชีวภาพที่สูงในอ่าวไทย และให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับแหล่งวางไข่ของปลา ซึ่งอาจเป็นประโยชน์ต่อการหารือเกี่ยวกับแนวทางการจัดการประมงในอนาคต
การศึกษาฤทธิ์ผสมผสานของสารสกัดจากว่านหางจระเข้และโพรไบโอติกต่อการยับยั้งคุณสมบัติการก่อโรคฟันผุของเชื้อแบคทีเรีย Streptococcus Mutans ในหลอดทดลอง,
2025
คณะสหเวชศาสตร์
การศึกษาฤทธิ์ผสมผสานของสารสกัดจากว่านหางจระเข้และโพรไบโอติกต่อการยับยั้งคุณสมบัติการก่อโรคฟันผุของเชื้อแบคทีเรีย Streptococcus Mutans ในหลอดทดลอง, ธีรภัทร ชะนะเมืองคล
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
โรคฟันผุเป็นโรคติดเชื้อเรื้อรังที่เกิดจากความไม่สมดุลของจุลชีพในช่องปาก โดยเฉพาะ Streptococcus mutans (SM) ซึ่งสามารถผลิตกรด สร้างไบโอฟิล์ม และทนต่อสภาวะเป็นกรดได้ การใช้โพรไบโอติกถูกเสนอเป็นแนวทางใหม่ในการควบคุมเชื้อก่อโรค แต่อาจมีประสิทธิภาพไม่เพียงพอ จึงเกิดความสนใจในการใช้พรีไบโอติกร่วมกัน งานวิจัยนี้มุ่งศึกษาผลของสารสกัดว่านหางจระเข้ (Aloe vera; AV) ในฐานะพรีไบโอติก ร่วมกับ Lacticaseibacillus rhamnosus GG (LGG) และ/หรือ Lactiplantibacillus plantarum 299V (LP) ในการยับยั้งคุณสมบัติการก่อโรคของ SM UA159 ในหลอดทดลอง ผลการทดลองพบว่า AV ที่ความเข้มข้นต่ำสุด 0.25% ซึ่งอุดมด้วยพอลิแซ็กคาไรด์ แสดงคุณสมบัติของการเป็นพรีไบโอติก โดยสามารถยับยั้งการเจริญของ SM ได้อย่างมีนัยสำคัญ (p < 0.05) และส่งเสริมการเจริญของโพรไบโอติกทั้งสองสายพันธุ์ (p < 0.05) การทำงานร่วมกันของ AV และโพรไบโอติกช่วยเพิ่มค่า pH ลดความเป็นกรด (p < 0.05) ลดการสร้างไบโอฟิล์ม (p < 0.05) และลดการแสดงออกของยีนสำคัญที่เกี่ยวข้องกับปัจจัยการก่อโรค ได้แก่ ยีนที่เกี่ยวข้องกับเมแทบอลิซึมและการสร้างสภาวะความเป็นกรด (eno, ldh, atpD) และยีนที่ควบคุมการสร้างไบโอฟิล์ม (gtfB, gtfC, dexA, และ dexB) ขณะเดียวกันเพิ่มการแสดงออกของ aguD (p < 0.05) ซึ่งเกี่ยวข้องกับระบบสร้างความเป็นด่าง ส่งผลให้เกิดสภาวะที่ไม่เอื้อต่อการเจริญของ SM นอกจากนี้ AV ยังเพิ่มการอยู่รอดของโพรไบโอติกผ่านการเพิ่มระดับยีน rpoB และ 16S rRNA (p < 0.05) ผลการทดลองสรุปได้ว่า AV ร่วมกับ LGG และ LP มีฤทธิ์เสริมกันในการลดความรุนแรงของ SM ผ่านหลายกลไกเชิงโมเลกุล พร้อมทั้งสนับสนุนการเจริญของจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ ซึ่งสอดคล้องกับแนวคิดการป้องกันโรคฟันผุในศตวรรษที่ 21 ที่มุ่ง “การปรับสมดุลของชุมชนจุลินทรีย์ในช่องปาก” ตาม Ecological Plaque Hypothesis และชี้ให้เห็นถึงศักยภาพของซินไบโอติกจากพืชสมุนไพรในการพัฒนาเป็นแนวทางใหม่เพื่อการป้องกันโรคฟันผุอย่างยั่งยืน
การพัฒนาชุดตรวจสารพันธุกรรมแบบอ่านผลด้วยตาเปล่าอย่างรวดเร็วสําหรับตรวจเชื้อ Mycobacterium Tuberculosis Complex และ Nontuberculous Mycobacteria,
2025
คณะสหเวชศาสตร์
การพัฒนาชุดตรวจสารพันธุกรรมแบบอ่านผลด้วยตาเปล่าอย่างรวดเร็วสําหรับตรวจเชื้อ Mycobacterium Tuberculosis Complex และ Nontuberculous Mycobacteria, ภานุวัฒน์ เสถียรพิทยากุล
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
วัณโรค (TB) ซึ่งมีสาเหตุเกิดจากเชื้อ Mycobacterium tuberculosis (MTB) และโรคติดเชื้อกลุ่ม Non-tuberculous mycobacteria (NTM) เป็นโรคติดเชื้อที่มีความสำคัญซึ่งเกิดจากเชื้อกลุ่ม Mycobacteria ส่งผลกระทบต่อปอดและอวัยวะอื่นๆ ของร่างกาย แม้ว่าสาเหตุของการก่อโรคต่างกัน แต่อย่างไรก็ตามอาการแสดงมีความคล้ายคลึงกัน เช่น ไอ มีไข้ น้ำหนักลด และอ่อนเพลีย แนวทางในการรักษาวัณโรคและโรคติดเชื้อกลุ่ม NTM นั้นเป็นการรักษาโดยการใช้ยาต้านเชื้อ Mycobacteria หลายชนิดผสมผสานกัน แต่อย่างไรก็ตามแนวทางในการรักษาและระยะเวลาที่ใช้ในการรักษาแตกต่างกันระหว่างโรคดังกล่าว ดังนั้นวิธีการวินิจฉัยที่มีความรวดเร็วและจำเพาะในการจำแนกการติดเชื้อระหว่างสองกลุ่มจึงมีความจำเป็น เพื่อที่ผู้ป่วยจะได้รับการรักษาและการจัดการกับผู้ป่วยที่เหมาะสมต่อไป การศึกษาในครั้งนี้มีวัตถุประสงค์ในการพัฒนา Primer ในการจำแนกเชื้อกลุ่ม NTM จาก MTB และพัฒนาชุดตรวจแถบตรวจสารพันธุกรรมต้นแบบที่สามารถอ่านผลการทดสอบได้ด้วยตาเปล่าจากการเพิ่มประมาณสารพันธุกรรมที่อุณหภูมิเดียวซึ่งจำเพาะต่อยีน IS1081 และ ku ของเชื้อ MTB และ NTM ตามลำดับ แถบตรวจที่ผลิตพัฒนาขึ้นซึ่งผลิตจาก Nitrocellulose MTB/NTM strip สามารถตรวจจับผลผลิต Multiplex-recombinase polymerase amplification (M-RPA) ได้ โดยผลการทดสอบเบื้องต้นพบว่า Primer ที่ออกแบบขึ้นมานั้นสามารถเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมและจำแนก DNA ที่สกัดได้จากโคโลนีของเชื้อ MTB และ NTM ได้อย่างถูกต้อง โดยปฏิกิริยาบ่มที่อุณหภูมิ 37 ˚C เป็นระยะเวลา 30 นาที และเวลาในการอ่านผลของแถบตรวจ MTB/NTM strip คือ 15 นาที โดยตรวจสอบความเข้มข้นของเชื้อที่น้อยที่สุดที่ตรวจวัดได้ด้วยเทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB/NTM strip สำหรับโคโลนีของเชื้อ MTB และ NTM คือ 1.97 x 104 CFU/mL และไม่พบปฏิกิริยาข้ามกลุ่มสำหรับเชื้อแบคทีเรียก่อโรคทั่วไปสายพันธุ์อื่น รวมถึงเชื้อกลุ่ม Higher bacteria เทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB/NTM strip ได้นำมาประเมินกับ DNA …
Pattern Integration And Differentiation: Dual Process Model Of Episodic Memory,
2025
The University of Texas Rio Grande Valley
Pattern Integration And Differentiation: Dual Process Model Of Episodic Memory, Hallvard Røe Evensmoen, Lars M. Rimol, Henning Stople Rise, Tor Ivar Hansen, Hamed Nili, Anderson M. Winkler, Asta K. Håberg
Human Genetics Publications
The role of precise timing in episodic memory remains obscure. We showed 139 participants episodes consisting of objects, and tested subsequent memory for the precise timing and order of the objects and episodes. Temporal compression of the episode enhanced memory for relative but not absolute timing of the objects’ presentation and their order. Conversely, temporal expansion between neighboring episodes was associated with successful memory for episode order. fMRI in 36 participants revealed that temporal compression of the episode was associated with more similar activation patterns within episodes in several brain regions including the posterior hippocampus. However, the activation pattern in …
Investigating The Dna-Binding Role Of Tbp1 In Toxoplasma Gondii: Expression And Characterization Of A Recombinant Protein,
2025
University of New Hampshire - Main Campus
Investigating The Dna-Binding Role Of Tbp1 In Toxoplasma Gondii: Expression And Characterization Of A Recombinant Protein, Madison T. Jeckell
Honors Theses and Capstones
Toxoplasma gondii is an obligate intracellular parasite with a complex life cycle and an unusual transcriptional machinery compared to other eukaryotes. Unlike most organisms, Toxoplasma lacks multiple well-conserved promoter motifs and has multiple TATA-binding proteins (TBPs), including TBP1, whose function in DNA binding and transcription regulation is poorly understood. This study aimed to generate and express a recombinant TBP1 protein from Toxoplasma to enable future DNA-binding assays and motif identification. Using RT-PCR, the TgTBP1 gene was amplified and cloned into a pGEX vector to produce a GST-tagged protein. The recombinant plasmid was transformed into E. coli BL21 cells, and protein …
Using Rna Sequencing To Examine Encephalic Gene Expression In Cactus Mice,
2025
University of New Hampshire - Main Campus
Using Rna Sequencing To Examine Encephalic Gene Expression In Cactus Mice, Sarah A. Nicholls
Honors Theses and Capstones
Many of the exact mechanisms by which desert-adapted animals avoid dehydration-induced complications are unknown, though there are likely ties to the general mammalian dehydration response, a multisystem process spearheaded by the brain. Peromyscus eremicus, the cactus mouse, can survive its whole life without intaking water and is commonly used as a model to study desert adaptations. In this study, we have used bulk transcriptomics to characterize the differential gene expression across hydrated and dehydrated P. eremicus in five major regions of the brain: the cerebral cortex (referred to throughout much of this paper as the cortex), hippocampus, thalamus, midbrain, …
18s Metabarcode Analyses Of Eukaryotic Species In The Respiratory Microbiomes Of Wild Canids From New Hampshire,
2025
University of New Hampshire, Durham
18s Metabarcode Analyses Of Eukaryotic Species In The Respiratory Microbiomes Of Wild Canids From New Hampshire, Collin Sinclair Blake
Honors Theses and Capstones
This study is of an exploratory nature and focuses on characterizing the eukaryotic microbiota present in the respiratory tissues of six wild canids and one domestic canine. The contents of this document largely pertain to dry lab analyses of 18S barcodes in bioinformatics programs – primarily QIIME2 running in the GitBash command line, service for which was hosted by the UNH Ron Bioinformatics training server. All procedures listed within the section below were performed by second parties at the UNH Hubbard Center for Genomics Studies (HCGS), the New Hampshire Veterinary Diagnostics Lab (NHVDL), and the UNH Microbial Ecology and Emerging …
Gadd34 And Crep Regulation In The Unfolded Protein Response, Comparing Molecular Mechanisms In Humans And Zebrafish,
2025
University of the Pacific
Gadd34 And Crep Regulation In The Unfolded Protein Response, Comparing Molecular Mechanisms In Humans And Zebrafish, Angela Adams
University of the Pacific Theses and Dissertations
In eukaryotic cells, many newly synthesized proteins are sent to the endoplasmic reticulum (ER) of a cell to be folded into the proper conformation for functionality. When proteins get misfolded, or cannot be folded fast enough, these proteins accumulate in the ER which causes the cell to become stressed. This leads to a process known as the Unfolded Protein Response (UPR). Once UPR has been initiated, the α subunit of eukaryotic initiation factor 2 (eIF2α) becomes phosphorylated to inhibit global protein synthesis within the cell, while simultaneously activating the expression of several genes to either aid in cell recovery or …
Function Over Form: The Benefits Of Aspen As Surrogate Brood-Rearing Habitat For Greater Sage-Grouse,
2024
University of Georgia
Function Over Form: The Benefits Of Aspen As Surrogate Brood-Rearing Habitat For Greater Sage-Grouse, Michel T. Kohl, Charles P. Sandford, Paul C. Rogers, Renee Chi, Terry A. Messmer, David K. Dahlgren
Aspen Bibliography
Species of conservation concern are often habitat specialists, posing significant risk to those species when specific plant communities are threatened. As a result, practitioners habitually focus conservation efforts on these communities while ignoring ecological mechanisms that explain the wildlife–plant relationships. In doing so, practitioners may overlook alternative vegetation communities that could maintain wildlife populations under alternative conditions (e.g., climate change). Here, we term these areas surrogate habitat, defined as vegetation communities or resource sites that provide similar critical resources as conventional sites, and assess their potential for conservation using a case study of greater sage-grouse (Centrocercus urophasianus) on …
Regulation And Function Of Mec-2 Alternative Splicing In Single Cells,
2024
Southern Methodist University
Regulation And Function Of Mec-2 Alternative Splicing In Single Cells, Canyon Calovich-Benne
Biological Sciences Theses and Dissertations
One mechanism for generating diversity at the single cell level is selective expression of a unique set of transcription factors (TFs) and RNA binding proteins (RBPs). These regulatory factors contribute to functions of cells by controlling cell fate, turning genes on and off, and processing of transcripts either co- or post-transcriptionally. Many genes, especially neuronal genes, have multiple different splicing events, promoters, and/or polyadenylation sites. Post-transcriptional coordination is in the infancy of being studied and the functional consequences of this coupling at the single cell level has yet to be explored. Here we show, mec-2 coordination of alternative transcription start …
Hidden Markov Model For Identifying Local Variants In Human Genomes Using Simulated Data,
2024
Duquesne University
Hidden Markov Model For Identifying Local Variants In Human Genomes Using Simulated Data, Scott Mccallum
Electronic Theses and Dissertations
Identifying adaptive mutations in genetic data is challenging due to the low frequency of occurrence of such events, and because signatures of selection are intertwined with the footprints of various other evolutionary forces that shape our genomes. Even when a larger region appears to be under selection, genomic sites that are linked to adaptive mutations have similar statistical signals, and thus can obfuscate the identification of the actual adaptive mutation. The new method described here uses a Hidden Markov Model that allows for classification of neutral, linked, and sweep (adaptive mutation) genomic sites. This model is general and can be …
From Sampling To Simulating: Single-Cell Multiomics In Systems Pathophysiological Modeling,
2024
Thomas Jefferson University
From Sampling To Simulating: Single-Cell Multiomics In Systems Pathophysiological Modeling, Alexandra Manchel, Michelle M. Gee, Rajanikanth Vadigepalli
Department of Pathology, Anatomy, and Cell Biology Faculty Papers
As single-cell omics data sampling and acquisition methods have accumulated at an unprecedented rate, various data analysis pipelines have been developed for the inference of cell types, cell states and their distribution, state transitions, state trajectories, and state interactions. This presents a new opportunity in which single-cell omics data can be utilized to generate high-resolution, high-fidelity computational models. In this review, we discuss how single-cell omics data can be used to build computational models to simulate biological systems at various scales. We propose that single-cell data can be integrated with physiological information to generate organ-specific models, which can then be …
Tree Rings Reveal Mixtures Of Aspen And Spruce Exhibit Greater Drought Resilience In A Planted Field Experiment,
2024
University of Alberta
Tree Rings Reveal Mixtures Of Aspen And Spruce Exhibit Greater Drought Resilience In A Planted Field Experiment, Jéssica Chaves Cardoso, Linhao Wu, Marcel Schneider, Charles A. Nock
Aspen Bibliography
Boreal forests provide a wealth of ecosystem services, many of which are linked to forest productivity. Climate change is expected to increase the frequency, duration, and severity of drought, and undermine the productivity of western boreal forests. Favouring species mixtures has emerged as a potential strategy to increase forest resilience to drought. To test the hypothesis that mixtures of trembling aspen and white spruce were more productive than pure stands because they were more resistant and resilient to drought, we analyzed community and species responses to drought utilizing measurements of annual growth obtained from stem disc samples from a planted …
