Population Structure Of The Lizard Ecpleopus Gaudichaudii Coincides With A Biogeographic Barrier - The Doce River,
2022
CUNY City College
Population Structure Of The Lizard Ecpleopus Gaudichaudii Coincides With A Biogeographic Barrier - The Doce River, Alexander J. Garretson
Dissertations and Theses
Intraspecific genetic variation is an integral component of diversification and the accumulation of biodiversity. The degree to which isolated populations of the same species are genetically structured in geographical space is impacted by a variety of mechanisms. In this study, I document patterns and discuss possible drivers of genetic structure within Ecpleopus gaudichaudii, a lizard species endemic to the Atlantic Forest of Brazil. For that, I assembled ddRadseq sequences from 48 individuals across much of the range of the E. gaudichaudii and analyzed its population structure. I created an intraspecific phylogeny for this group utilizing RAxML and conducted a …
An Analysis Of The Spatial Genetic Structure Of A Hybrid Zone Between Two Species Of Killifish, Fundulus Heteroclitus And F. Grandis,
2022
University of North Florida
An Analysis Of The Spatial Genetic Structure Of A Hybrid Zone Between Two Species Of Killifish, Fundulus Heteroclitus And F. Grandis, Andrew Lee Hardy
UNF Graduate Theses and Dissertations
Hybridization offers unique insight into the evolutionary process of speciation and the forces that maintain barriers to reproduction. In northeast Florida, a hybrid zone between two species of killifish, Fundulus heteroclitus and F. grandis, has been identified near Flagler Beach, FL, although the exact boundaries of the hybrid zone remain unknown (Gonzalez et al. 2009). This study aims to determine the fine-scale spatial genetic patterns of the hybrid zone and test the hypothesis that species ranges are influenced by changes in dominant vegetation. Results from an ADMIXTURE analysis and FST data indicated the boundary of the area of …
Cloning Of Root-Specific Promoters In Helianthus Annuus And Populus Trichocarpa,
2022
Eastern Illinois University
Cloning Of Root-Specific Promoters In Helianthus Annuus And Populus Trichocarpa, Jacob Murphy
Masters Theses
Tissue-specific promoters are a valuable tool in plant biotechnology because they allow for precise spatial control of transgene expression. To identify root-specific promoters in sunflower (Helianthus annuus), sunflower RNA sequence (RNA-seq) data were screened in silico by Pavlidis Template Matching (PTM) with a root-specific template. Eight root-specific genes were identified in sunflower. The 2.5kbp promoter regions of six of these root-specific sunflower genes (HaTOR1L3, HaGOXL3A, HaGOXL3B, HaAPA1, HaPOE1, and HaMOP10) were successfully cloned as well as the 3kbp promoter regions of four root-specific genes previously identified in poplar (Populus trichocarpa …
Course Portfolio For Bioc934: Genome Dynamics And Gene Expression,
2022
University of Nebraska-Lincoln
Course Portfolio For Bioc934: Genome Dynamics And Gene Expression, Nicole R. Buan
UNL Faculty Course Portfolios
A graduate degree in Biochemistry or any molecular life science field requires a strong foundation in molecular biology. BIOC934 Genome Dynamics and Gene Expression is a course designed to challenge graduate students whose research interests lie in the areas of biochemistry, molecular biology, synthetic biology, bioinformatics, and systems biology of prokaryote and eukaryote systems. Graduate students in these disciplines require a rigorous and thorough examination of core concepts in addition to practice applying theory to new observations while traversing unfamiliar disciplinary terrain. This portfolio describes the design of BIOC934, its implementation, and observed outcomes to identify strengths of the course …
Phylogenetic Origins And Age-Based Proportions Of Malacho (Elops Smithi) Relative To Ladyfish (Elops Saurus): Species On The Move In The Western Gulf Of Mexico,
2022
Texas Parks and Wildlife Department
Phylogenetic Origins And Age-Based Proportions Of Malacho (Elops Smithi) Relative To Ladyfish (Elops Saurus): Species On The Move In The Western Gulf Of Mexico, Damon Williford, Nicolette S. Beeken, Joel Anderson, Polly Hajovsky, Roberta Weixelman
Gulf and Caribbean Research
Two species of ladyfish occur in the Gulf of Mexico (GOM), Elops saurus and Elops smithi, that are morphologically indistinguishable except for vertebral counts but can also be identified by mitochondrial DNA haplotypes. Here we expand on previous work, most of which has occurred in Florida, and examine the demography, phylogenetics, geographic distribution, and age—structure of ladyfishes in Texas estuaries. Fishery—independent gill net data demonstrated that ladyfishes increase in abundance from north to south along the Texas coast. The abundance of ladyfishes also increased in Texas waters from 1982–2021, which coincides with recent trends of warmer winters. Genetic data …
Fathmm: Frameshift Aware Translated Hidden Markov Models,
2022
University of Montana, Missoula
Fathmm: Frameshift Aware Translated Hidden Markov Models, Genevieve Krause
Graduate Student Theses, Dissertations, & Professional Papers
No abstract provided.
Dna Methylation Patterns Of Line-1 Elements Specific To Hc21p In Cancer Cells,
2022
Loyola University Chicago
Dna Methylation Patterns Of Line-1 Elements Specific To Hc21p In Cancer Cells, Dametria Jetters
Master's Theses
Long Interspersed Nuclear Elements (LINEs) are retrotransposons. They function by making a cDNA copy, reverse-transcribing it into DNA and reinserting itself back into the genome; thereby, increasing its copy number. Sequencing of the human genome revealed that LINEs (L1) are underrepresented on the short arm of human chromosome 21 (HC21), but it is enriched in full-length copies. A number of previous studies have investigated the DNA methylation patterns of L1s in cancer cells, but these studies are typically done in euchromatic regions. The heterochromatic short arm of HC21 is primarily composed of heterochromatin. However these regions can be targeted for …
ผลของสารสกัดสมุนไพรที่มีเห็ดกระถินพิมาน Phellinus Linteus เป็นองค์ประกอบต่อการมีชีวิตของเซลล์ วัฏจักรเซลล์ อะพอพโทซิส และการแสดงออกของยีนในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมาก,
2022
คณะวิทยาศาสตร์
ผลของสารสกัดสมุนไพรที่มีเห็ดกระถินพิมาน Phellinus Linteus เป็นองค์ประกอบต่อการมีชีวิตของเซลล์ วัฏจักรเซลล์ อะพอพโทซิส และการแสดงออกของยีนในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมาก, ประกายทิพย์ สมจิตต์
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
มะเร็งลำไส้ใหญ่เป็นมะเร็งที่มีอัตราการเกิดและเสียชีวิตเป็นอันดับต้น ๆ ในทุกกลุ่มอายุ และมะเร็งต่อมลูกหมากเป็นมะเร็งที่มีอัตราการเกิดและเสียชีวิตเป็นอันดับสองในเพศชาย โดยการศึกษาในปัจจุบันพบว่าเห็ดกระถินพิมาน (Phellinus linteus) และสมุนไพรอื่นๆ บางชนิดมีฤทธิ์ป้องกันการเกิดมะเร็ง การศึกษานี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อตรวจสอบฤทธิ์และกลไกการยับยั้งการมีชีวิตของสารสกัดที่มีเห็ดกระถินพิมานเป็นองค์ประกอบร่วมกับสมุนไพรอื่น ๆ (สูตรตำรับ) และสารสกัดเห็ดกระถินพิมานในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ HCT116 SW620 และ HT-29 และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมาก PC-3 ผลทดสอบการยับยั้งการมีชีวิตของเซลล์ด้วยเทคนิค MTT assay แสดงให้เห็นว่าสารสกัดสูตรตำรับสามารถยับยั้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งที่ศึกษาได้ 50% (IC50) ที่ความเข้มข้นน้อยกว่าสารสกัดที่มีเห็ดกระถินพิมานเพียงอย่างเดียวอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ โดยกลไกการยับยั้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมากของสารสกัดสูตรตำรับได้ศึกษาการควบคุมผ่านวัฏจักรเซลล์และกระบวนการอะพอพโทซิสโดยใช้เทคนิค PI assay และเทคนิค Annexin V apoptosis assay ตามลำดับ ผลการศึกษาแสดงให้เห็นว่าสารสกัดสูตรตำรับเพิ่มจำนวนประชากรสะสมในระยะ G0/G1 และชักนำการตายแบบ necrosis ในเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมาก และเพิ่มจำนวนประชากรเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ชนิด HCT116 และ HT-29 ในระยะ G2 และ SW620 ในระยะ S และชักนำการตายแบบอะพอพโทซิสในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ ฉะนั้นฤทธิ์ของสารสกัดสูตรตำรับในการควบคุมวัฏจักรเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมากและเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ชนิด HT-29 เกี่ยวข้องกับการลดการแสดงออกของยีน KRAS อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ นอกจากนี้การตายแบบอะพอพโทซิสของเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมากและเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ชนิด HCT116 และ HT-29 เกี่ยวข้องกับการเพิ่มและลดการแสดงออกของยีน IFNGR1 อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ดังนั้นการศึกษานี้สามารถชี้ให้เห็นถึงความสามารถของเห็ดกระถินพิมานร่วมกับสมุนไพรอื่นๆ ในการควบคุมการตอบสนองในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมากผ่านการควบคุมวัฏจักรเซลล์ อะพอพโทซิส และการแสดงออกของยีน
การพัฒนาชุดตรวจออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูง ด้วยเทคนิค Paper-Based Immunogold-Silver Enhancement Assay,
2022
คณะสหเวชศาสตร์
การพัฒนาชุดตรวจออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูง ด้วยเทคนิค Paper-Based Immunogold-Silver Enhancement Assay, ปิยวดี ประดิษฐ์นวกุล
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูง (High-density lipoprotein; HDL) มีบทบาทสำคัญในการป้องกันการเกิดโรคหัวใจขาดเลือด ต้านการอักเสบของหลอดเลือด และยับยั้งการเกิด LDL-oxidation แต่การทำงานของ HDL จะสูญเสียไปเมื่อ HDL ถูกทำลายด้วยอนุมูลอิสระ กลายเป็น oxidized HDL (oxHDL) การวัดระดับ HDL-cholesterol เป็นการประเมินด้านปริมาณแต่ไม่สามารถบอกการทำงานของ HDL ได้ หากสามารถวัดระดับ oxHDL ควบคู่ไปกับระดับ HDL-cholesterol ทำให้การพยากรณ์การเกิดโรคหัวใจขาดเลือดได้แม่นยำขึ้น แต่การวิเคราะห์ระดับ oxHDL ต้องใช้เครื่องมือจำเพาะและน้ำยามีราคาสูง งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาชุดตรวจวิเคราะห์ oxHDL ด้วยหลักการ Paper-based Immunogold silver-enhanced assay โดยออกแบบฐานกระดาษมีลักษณะเดียวกับ microtiter plate ตรึงแอนติบอดีต่อ 4-Hydroxynonenal (anti-HNE) ซึ่งเป็นผลผลิตจากกรดไขมันที่ถูกออกซิไดซ์ oxHDL ในตัวอย่างจับกับ anti-HNE บนกระดาษ ใช้ anti-APO AI ที่มีความจำเพาะต่อ HDL ที่ติดฉลากกับอนุภาคของทองคำและขยายสัญญาณด้วย silver ion อ่านผลด้วยเครื่องสแกนและวิเคราะห์ความเข้มสีด้วยโปรแกรม Photoshop CS64 ผลการวิเคราะห์ความเป็นเส้นตรงระหว่าง oxHDL กับ ความเข้มสี พบว่า มีความสัมพันธ์เป็นเส้นตรงที่ความเข้มข้นตั้งแต่ 0-300 ng/mL ( r2 = 0.946) ผลการทดสอบความถูกต้องของชุดทดสอบ ใช้ซีรัมจำนวน 32 ราย วิเคราะห์ปริมาณ oxHDL ด้วยวิธีที่พัฒนาขึ้นและวิธี Sandwich ELISA หาความสัมพันธ์ระหว่างปริมาณ oxHDL ที่วิเคราะห์ได้จากทั้งสองวิธีด้วย Pearson correlation coefficient พบว่า ค่า correlation coefficient (r) = 0.527 และมีค่า p-value =0.002 แสดงให้เห็นว่าทั้งสองวิธีมีความสัมพันธ์มีความสัมพันธ์กันในระดับกลางอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ อุปกรณ์ตรวจวิเคราะห์ออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูงฐานกระดาษเป็นต้นแบบที่สามารถนำไปต่อยอดและพัฒนา เพื่อประยุกต์ใช้ในการตรวจปริมาณ oxHDL …
ผลของ Lactobacillus Rhamnosus Gg ร่วมกับสารเคอคิวมินต่อการยับยั้งการมีชีวิตและกระตุ้นการตายแบบอะพอพโตซิสของเซลล์มะเร็งช่องปากชนิดสความัสเซลล์คาร์ซิโนมา,
2022
คณะสหเวชศาสตร์
ผลของ Lactobacillus Rhamnosus Gg ร่วมกับสารเคอคิวมินต่อการยับยั้งการมีชีวิตและกระตุ้นการตายแบบอะพอพโตซิสของเซลล์มะเร็งช่องปากชนิดสความัสเซลล์คาร์ซิโนมา, ชัชพันธุ์ อุดมพัฒนากร
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
มะเร็งช่องปากชนิดสความัสเซลล์คาร์ซิโนมา (Oral squamous cell carcinoma, OSCC) จัดเป็นมะเร็งที่พบได้บ่อยที่สุดของ มะเร็งศรีษะและลำคอ เคอคิวมินเป็นสารออกฤทธิ์หลักซึ่งพบได้ในขมิ้นชันและถูกใช้เป็นสมุนไพรสำหรับการรักษาโรคต่าง ๆ หลายชนิด รวมทั้ง ได้รับการพิสูจน์ในห้องปฏิบัติการแล้วว่ามีคุณสมบัติในการยับยั้งเซลล์มะเร็งได้หลากหลายประเภท ในขณะที่โพรไบโอติกแบคทีเรีย Lactobacillus rhamnosus GG (LGG) ได้รับการพิสูจน์ในห้องปฏิบัติการถึงคุณสมบัติในการยับยั้งเซลล์มะเร็งได้หลากหลายชนิดเช่นกัน และ มีรายงานถึงการนำ LGG ไปใช้ร่วมกับสารผลิตภัณฑ์ธรรมชาติชนิดอื่น ๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของสารธรรมชาตินั้นอีกด้วย ดังนั้นวัตถุประสงค์ ของการศึกษาในครั้งนี้คือ เพื่อศึกษาผลของการใช้เคอคิวมินร่วมกับน้ำเลี้ยงส่วนใสของแบคทีเรีย LGG (LGG cell-free supernatant, LGG CFS) ในการยับยั้งการมีชีวิตและกระตุ้นให้เซลล์มะเร็งช่องปากชนิด OSCC (SCC-9 cells) เกิดการตายแบบอะพอพโตซิส ผลการศึกษาพบว่า เคอคิวมินและ LGG CFS มีคุณสมบัติในการยับยั้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9 cells โดยขึ้นอยู่กับความเข้มข้นที่ใช้ การใช้เคอคิว มินและ LGG CFS ที่ความเข้มข้นสูง (Curcumin 40 µg/ml และ 25% (volume/volume) LGG CFS ที่ความเข้มข้น 108 CFU/ml หรือความ เข้มเข้นเริ่มต้น (undiluted condition)) ในรูปแบบการใช้สารเดี่ยวหรือสารผสมร่วมกัน ส่งผลยับยั้งการมีชีวิตของทั้งเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC9 cells และเซลล์เนื้อเยื่อเหงือก (human gingival fibroblast, HGF cells) เมื่อเปรียบเทียบกับสภาวะควบคุม (p<0.0001 สำหรับการใช้สาร เดี่ยวในเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9 และการใช้สารเดี ่ยวและสารผสมในเซลล์เนื ้อเยื ่อเหงือก HGF และ p=0.02 สำหรับการใช้สารผสมใน เซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9) ในขณะที ่การใช้เคอคิวมินและ LGG CFS ในรูปแบบของสารผสมร่วมกันที ่ระดับความเข้มข้นต่ำ (Curcumin 5 µg/ml และ 25% (v/v) LGG CFS ความเข้มข้น 1:100 เท่าจากระดับความเข้มข้นเริ ่มต้น) สามารถยับยั ้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9 ได้อย่างมีประสิทธิภาพเมื่อเปรียบเทียบกับสภาวะการใช้สารเดี่ยวของเคอคิวมินและ LGG CFS ที่ระดับความเข้มข้นต่ำ และสภาวะควบคุม (p<0.0001, p=0.002 และ p=0.02 ตามลำดับ) และไม่ส่งผลต่อการมีชีวิตของเซลล์เนื้อเยื่อเหงือก HGF เมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุม (p=0.14) ผลการวิเคราะห์ Flow analysis พบว่าสภาวะการใช้เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ สามารถเหนี่ยวนำให้ เซลล์มะเร็ง SCC-9 เกิดการตายแบบอะพอพโตซิสได้มากขึ้นอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติเมื่อเปรียบเทียบกับการใช้สารเดี่ยวและสภาวะควบคุม (p<0.0001 ในทุกสภาวะ) นอกจากนั้นสภาวะการใช้เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ สามารถเหนี่ยวนำให้เซลล์มะเร็ง SCC-9 มีระดับการแสดงออกของ Bax/Bcl-2 ratio ที่สูงขึ้น ซึ่งมีผลให้ให้เซลล์มะเร็งเกิดการตายแบบอะพอพโตซิสต่อไป อย่างไรก็ตามสภาวะ เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ ส่งผลต่อระดับการแสดงออกของโปรตีน caspase-3 ที ่สูงขึ้นอย่างไม่มีนัยสำคัญ (p=0.12) แต่ไม่มีผลต่อระอัตราส่วนการแสดงออกของโปรตีน Bcl-xL/Bak และโปรตีน Mcl-1/Bak เมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุม (p=0.53 และ p=0.34 ตามลำดับ) การวิเคราะห์ LGG CFS ที่ความเข้มข้น 1:100 เท่าจากระดับความเข้มข้นเริ่มต้น ด้วยเทคนิค LC-MS/MS พบสารประเภท โปรตีนทั้งหมด 30 ชนิด ได้แก่ metabolic enzyme and protein จำนวน 26 ชนิด และ surface layer protein จำนวน 4 ชนิด การใช้สาร เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ น่าจะมีผลในการยับยั้งเซลล์มะเร็งช่องปากชนิด SCC-9 แต่ไม่มีผลกระทบต่อเซลล์ เหงือก HGF ผลการศึกษาในครั้งนี้อาจนำไปสู่การพัฒนาวิธีป้องกันหรือรักษามะเร็งช่องปากชนิด OSCC รูปแบบใหม่ได้ในอนาคต
การเลี้ยงเซลล์กระดูกอ่อนจากผู้ป่วยข้อเข่าเสื่อมในระบบสามมิติฐานไฮโดรเจลชนิดกรดไฮยาลูโรนิค-อัลจิเนต,
2022
คณะวิทยาศาสตร์
การเลี้ยงเซลล์กระดูกอ่อนจากผู้ป่วยข้อเข่าเสื่อมในระบบสามมิติฐานไฮโดรเจลชนิดกรดไฮยาลูโรนิค-อัลจิเนต, นุชนารถ สุนทรนนท์
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
ปัจจุบันการเลี้ยงเซลล์ในระบบสามมิติถูกนำมาใช้ในการวิจัยอย่างแพร่หลาย โดยเฉพาะการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนายาและพยาธิสรีรวิทยาของโรคต่าง ๆ การศึกษานี้มุ่งเน้นเพื่อศึกษาฟีโนไทป์และการแสดงออกของยีนของเซลล์กระดูกอ่อนจากผู้ป่วยข้อเข่าเสื่อมที่เลี้ยงในระบบสามมิติฐานไฮโดรเจลชนิดกรดไฮยาลูโรนิค-อัลจิเนต เทียบกับกลุ่มตัวอย่างต่าง ๆ ได้แก่ เนื้อเยื่อกระดูกอ่อน เซลล์ที่เลี้ยงในระบบสองมิติ และเซลล์ที่เลี้ยงในระบบสามมิติแบบ pellet จากการศึกษาพบว่า เมื่อเลี้ยงเซลล์กระดูกอ่อนจำนวน 50,000 เซลล์ในโครงสร้างไฮโดรเจลขนาด 250 ไมโครลิตร และทดสอบลักษณะทางสัณฐานวิทยา การมีชีวิต และการตายของเซลล์ ปรากฏว่า เซลล์ในแบบจำลองนี้จะมีรูปร่างกลมใกล้เคียงกับเซลล์ในเนื้อเยื่อกระดูกอ่อนเมื่อเลี้ยงไม่เกิน 14 วัน และมีการมีชีวิตของเซลล์ที่ดีกว่าเซลล์ที่เลี้ยงในระบบสามมิติแบบ pellet ซึ่งใช้ปริมาณเซลล์ตั้งต้นเท่ากัน ตลอดระยะเวลาในการศึกษา 21 วัน นอกจากนี้เมื่อพิจารณาในระดับโมเลกุล พบว่า เซลล์ที่เลี้ยงในแบบจำลองนี้เป็นเวลา 7 วัน จะมีการแสดงออกของยีนที่เป็นเครื่องหมายของเซลล์กระดูกอ่อน ได้แก่ ยีน SOX9 และยีน COL2A1 และยีนที่เป็นเครื่องหมายของเซลล์กระดูกอ่อนโรคข้อเข่าเสื่อม ได้แก่ ยีน RUNX2 และยีน MMP13 ใกล้เคียงกับเนื้อเยื่อกระดูกอ่อนมากที่สุด เมื่อเทียบกับเซลล์ที่เลี้ยงในสภาวะอื่น ๆ ของการศึกษานี้ ดังนั้น หากพิจารณาคุณสมบัติของเซลล์กระดูกอ่อนทั้งด้านลักษณะสัณฐานวิทยา การมีชีวิต และฟีโนไทป์ของเซลล์ในระดับโมเลกุล จึงสรุปได้ว่า การเลี้ยงเซลล์กระดูกอ่อนในระบบสามมิติฐานไฮโดรเจลชนิดกรดไฮยาลูโรนิค-อัลจิเนต เป็นเวลา 7 วัน ถือเป็นสภาวะที่เหมาะสมมากที่สุด ในการนำแบบจำลองชนิดนี้มาใช้เป็นแนวทางใหม่สำหรับการศึกษาเซลล์กระดูกอ่อนที่เป็นโรคข้อเข่าเสื่อมและพัฒนายาในอนาคต
Identifying The Human Homologs Of Yeast Rab Proteins Ypt10 & Ypt11 And A Global-Scale Louse Endosymbiont Genome Variation,
2022
Virginia Commonwealth University
Identifying The Human Homologs Of Yeast Rab Proteins Ypt10 & Ypt11 And A Global-Scale Louse Endosymbiont Genome Variation, Nathaniel P. Smith
Theses and Dissertations
Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a late-onset fatal neurodegenerative disease that causes loss of upper and/or lower motor neurons, and currently has no treatment or cure available. Over 90% of cases occur spontaneously with unknown causes, highlighting the complexity of the disease, and only 10% of cases are linked to heritable genetic mutations. Numerous ALS-linked genes are conserved through evolution, and model organisms may therefore provide opportunities to understand disease pathology at a molecular or cellular level, proving instrumental in identifying therapeutic targets. ALS subtype 8 (ALS8) is caused by an autosomal dominant P56S mutation in the VAPB gene that …
Examination Of Common And Rare Variant Genetic Architecture Of Psychiatric Disorders,
2022
Virginia Commonwealth University
Examination Of Common And Rare Variant Genetic Architecture Of Psychiatric Disorders, Mohammad Ahangari
Theses and Dissertations
Psychiatric disorders are often heterogenous in their manifestation and genome-wide association studies have identified many common risk variants involved in their polygenic architectures with varying degrees of pleiotropy. In recent years, large-scale biobanks have also begun sequencing the genome of their participants to elucidate the role of rare risk variation in the genetic architecture of complex phenotypes, including psychiatric traits. This dissertation sought to better understand the role of both common and rare risk variation in the genetic architecture of psychiatric disorders with a particular focus on schizophrenia and alcohol problems. In the first three analyses, we focused on characterizing …
Crispr/Cas9 Whole-Genome Screens Identify Genes Critical For Neutral Lipid Metabolism In Macrophages,
2022
South Dakota State UNiversity
Crispr/Cas9 Whole-Genome Screens Identify Genes Critical For Neutral Lipid Metabolism In Macrophages, Rifat Sultana
Electronic Theses and Dissertations
Lipid-laden macrophages contribute to atherosclerotic plaque formation in atherosclerosisrelated heart diseases. Thus, understanding formation and degradation of lipid would help identify therapeutic targets for the treatment of atherosclerosis. In the first chapter of this dissertation, I have explained the current understanding of cholesterol metabolism in macrophages and how mTOR could play a potential role in this process. Additionally, I have described how CRISPR/Cas9 whole-genome screens present an effective tool to identify genes regulating cholesterol metabolism including positive and negative regulators of lipid droplet formation and lipid droplet degradation. In Chapter 2, I have described the results of the CRISPR/Cas9 whole-genome …
For Whom The Bell Tolls: Psychopathological And Neurobiological Correlates Of The Dna Methylation Index Of Time-To-Death,
2022
Old Dominion University
For Whom The Bell Tolls: Psychopathological And Neurobiological Correlates Of The Dna Methylation Index Of Time-To-Death, Sage E. Hawn, Xiang Zhao, Danielle R. Sullivan, Mark Logue, Dana Fein-Schaffer, William Milberg, Regina Mcglinchey, Mark W. Miller, Erika J. Wolf
Psychology Faculty Publications
Psychopathology is a risk factor for accelerated biological aging and early mortality. We examined associations between broad underlying dimensions of psychopathology (reflecting internalizing and externalizing psychiatric symptoms), PTSD, and age-adjusted GrimAge (“GrimAge residuals”), a DNA methylation biomarker of mortality risk relative to age. We also examined neurobiological correlates of GrimAge residuals, including neurocognitive functioning, blood-based biomarkers (of inflammation, neuropathology, metabolic disease), and cortical thickness. Data from two independent trauma-exposed military cohorts (n = 647 [62.9% male, Mage = 52], n = 434 [90% male, Mage = 32]) were evaluated using linear regression models to test associations between …
Applying Conservation Genomic Techniques To Guide Management Of The Reticulated Flatwoods Salamander (Ambystoma Bishopi),
2022
Georgia Southern University
Applying Conservation Genomic Techniques To Guide Management Of The Reticulated Flatwoods Salamander (Ambystoma Bishopi), Miranda Gaupp
College of Graduate Studies: Theses & Dissertations
The Reticulated flatwoods salamander (Ambystoma bishopi) is a federally endangered amphibian endemic to the longleaf-pine ecosystem of the southeastern U.S. This study used analyses of single-nucleotide polymorphism (SNP) data, collected from 2,255 unique individuals across 5 breeding seasons, spread across the known extant range of A. bishopi, to characterize the genetic diversity and demographics of populations, genetic relationships among populations, and patterns and spatial extents of gene flow, and to evaluate potential effects of management on A. bishopi’s resiliency. Population structure was strongly hierarchical, with individual breeding ponds (n = 38) acting as semi-connected subpopulations …
Sex-Dependent Shared And Nonshared Genetic Architecture Across Mood And Psychotic Disorders,
2022
Faculty of Health, Medicine and Life Sciences
Sex-Dependent Shared And Nonshared Genetic Architecture Across Mood And Psychotic Disorders, Gabriëlla A. M. Blokland, Jakob Grove, Chia Yen Chen, Chris Cotsapas, Ney Alliey Rodriguez
School of Medicine Publications
Background: Sex differences in incidence and/or presentation of schizophrenia (SCZ), major depressive disorder (MDD), and bipolar disorder (BIP) are pervasive. Previous evidence for shared genetic risk and sex differences in brain abnormalities across disorders suggest possible shared sex-dependent genetic risk. Methods: We conducted the largest to date genome-wide genotype-by-sex (G×S) interaction of risk for these disorders using 85,735 cases (33,403 SCZ, 19,924 BIP, and 32,408 MDD) and 109,946 controls from the PGC (Psychiatric Genomics Consortium) and iPSYCH. Results: Across disorders, genome-wide significant single nucleotide polymorphism–by-sex interaction was detected for a locus encompassing NKAIN2 (rs117780815, p = 3.2 × 10−8 …
Completing Single-Cell Dna Methylome Profiles Via Transfer Learning Together With Kl-Divergence,
2022
Old Dominion University
Completing Single-Cell Dna Methylome Profiles Via Transfer Learning Together With Kl-Divergence, Sanjeeva Dodlapati, Zongliang Jiang, Jiangwen Sun
Computer Science Faculty Publications
The high level of sparsity in methylome profiles obtained using whole-genome bisulfite sequencing in the case of low biological material amount limits its value in the study of systems in which large samples are difficult to assemble, such as mammalian preimplantation embryonic development. The recently developed computational methods for addressing the sparsity by imputing missing have their limits when the required minimum data coverage or profiles of the same tissue in other modalities are not available. In this study, we explored the use of transfer learning together with Kullback-Leibler (KL) divergence to train predictive models for completing methylome profiles with …
Phylogenetic And Geographic Relationships Of Cheilostome Bryozoans In The Eastern Pacific,
2022
Humboldt State University
Phylogenetic And Geographic Relationships Of Cheilostome Bryozoans In The Eastern Pacific, Hannah E. Lee
Cal Poly Humboldt theses and projects
The phylum Bryozoa is an incredibly diverse group of marine invertebrates with a widespread global distribution that is well suited for evolutionary studies but whose phylogenetic relationships are still poorly understood. Although recent studies on bryozoan taxonomies and phylogenies have increased, there is still a lack of assessment of species found at shallow water (<1 m) to intertidal depths. In this study, I aimed to expand the taxonomic sampling and assessment of the phylogenetic diversity of cheilostome bryozoans along the California coastline by utilizing mitochondrial DNA as well as inferring potential correlations between species presence and dispersal range both within and between rocky outer coast and sheltered harbor habitats. Illumina high-throughput sequencing was used to produce mitogenomes for cheilostome bryozoan samples collected off rocks from two rocky intertidal sites and off settlement panels from two harbor sites. Phylogenetic analyses generated evolutionary hypotheses of species relationships alongside geographic mapping of their distribution. This study identified 15 distinct species that represent 10 different families to form the first comprehensive phylogeny for multiple bryozoan families in California across a total range of approximately 973 km of coastline. Three genetically distinct species were found at multiple sites that are separated by a combination of rocky shores and sandy beaches, which indicates that the dispersal range of these species are not limited by geographic barriers along the coast of California. These results provide a future opportunity for further integration of this data with the phylogenies generated in this study to examine more robust evolutionary hypotheses for the phylogenetic and geographic relationships of Californian bryozoan species.
Investigating The Genetic Diversity Of Immune Genes In Non-Native Populations Of American Bullfrogs (Rana Catesbeiana),
2022
Humboldt State University
Investigating The Genetic Diversity Of Immune Genes In Non-Native Populations Of American Bullfrogs (Rana Catesbeiana), Luisa Nereyda Segovia
Cal Poly Humboldt theses and projects
The American Bullfrog (Rana catesbeiana) is a highly invasive species that has successfully colonized habitats around the world. The genetic variability of immune genes within invasive populations, like that of bullfrogs, may contribute to how resistant a population is to pathogens. The objective of this project was to characterize the genetic diversity of an immune gene in invasive bullfrog populations in California to better understand how persistent these populations might be over time. To characterize immune gene variability, I isolated exon 2 of the Major Histocompatibility Complex (MHC) Class II Beta chain gene and a neutral mitochondrial marker, …
