Genetics and Genomics Commons^™

Homeobox Transcription Factor Hbxa Influences Expression Of Over One Thousand Genes In The Model Fungus Aspergillus Nidulans, Sandesh Sharma Pandit

Graduate Research Theses & Dissertations

In fungi, conserved homeobox-domain (HD) proteins are transcriptional regulators governing development. In Aspergillus species, several HD transcription factor genes have been identified, among them, hbxA/hbx1. For instance, in the opportunistic human pathogen Aspergillus fumigatus, hbxA is involved in conidial production and germination, as well as virulence and secondary metabolism (SM), including production of fumigaclavines, fumiquinazolines, and chaetominine. In the agriculturally important fungus Aspergillus flavus, disruption of hbx1 results in fluffy aconidial colonies unable to produce sclerotia. hbx1 also regulates production of aflatoxins, cyclopiazonic acid and aflatrem. Furthermore, transcriptome studies revealed that hbx1 has a broad effect on the A. flavus …

Genetic And Environmental Contributions To Wolbachia-Induced Cytoplasmic Incompatibility, Kelley Van Vaerenberghe

Graduate Student Theses, Dissertations, & Professional Papers

Maternally-transmitted Wolbachia infect the cells of most insect species, but their frequencies in host populations vary. While much of their success can be attributed to their ability to manipulate host reproduction, these manipulations are context-dependent, varying due to several biotic and abiotic factors. Wolbachia’s most common manipulation, cytoplasmic incompatibility (CI), is a conditional sterility phenotype where male-female host compatibility depends on their infection status. Specifically, CI occurs when infected males produce modified sperm that cause increased embryonic lethality unless the female carries a similar infection. Rescuing their eggs from CI increases the relative fitness of infected females, promoting Wolbachia spread …

An Approach To Developing Benchmark Datasets For Protein Secondary Structure Segmentation From Cryo-Em Density Maps, Thu Nguyen, Yongcheng Mu, Jiangwen Sun, Jing He

Computer Science Faculty Publications

More and more deep learning approaches have been proposed to segment secondary structures from cryo-electron density maps at medium resolution range (5--10Å). Although the deep learning approaches show great potential, only a few small experimental data sets have been used to test the approaches. There is limited understanding about potential factors, in data, that affect the performance of segmentation. We propose an approach to generate data sets with desired specifications in three potential factors - the protein sequence identity, structural contents, and data quality. The approach was implemented and has generated a test set and various training sets to study …

Dfhic: A Dilated Full Convolution Model To Enhance The Resolution Of Hi-C Data, Bin Wang, Kun Liu, Yaohang Li, Jianxin Wang

Computer Science Faculty Publications

Motivation: Hi-C technology has been the most widely used chromosome conformation capture(3C) experiment that measures the frequency of all paired interactions in the entire genome, which is a powerful tool for studying the 3D structure of the genome. The fineness of the constructed genome structure depends on the resolution of Hi-C data. However, due to the fact that high-resolution Hi-C data require deep sequencing and thus high experimental cost, most available Hi-C data are in low-resolution. Hence, it is essential to enhance the quality of Hi-C data by developing the effective computational methods.

Results: In this work, we propose …

The Assembled Genome Of The Stroke-Prone Spontaneously Hypertensive Rat, Theodore S Kalbfleisch, Nahla A Hussien Abouel Ela, Kai Li, Wesley A Brashear, Kelli J Kochan, Andrew E Hillhouse, Yaming Zhu, Isha S Dhande, Eric J Kline, Elizabeth A Hudson, Terence D Murphy, Françoise Thibaud-Nissen, Melissa L Smith, Peter A Doris

Faculty, Staff and Student Publications

BACKGROUND: We report the creation and evaluation of a de novo assembly of the genome of the spontaneously hypertensive rat, the most widely used model of human cardiovascular disease.

METHODS: The genome is assembled from long read sequencing (PacBio HiFi and continuous long read data [CLR]) and scaffolded with long-range structural information obtained from Bionano optical maps and proximity ligation sequencing proximity analysis of the genome. The genome assembly was polished with Illumina short reads. Completeness of the assembly was investigated using Benchmarking Universal Single Copy Orthologs analysis. The genome assembly was also evaluated with the rat reference gene set, …

Artificial Intelligence-Driven Meta-Analysis Of Brain Gene Expression Identifies Novel Gene Candidates And A Role For Mitochondria In Alzheimer’S Disease, Caitlin A Finney, Fabien Delerue, Wendy A Gold, David A Brown, Artur Shvetcov

Faculty, Staff and Student Publications

Alzheimer's disease (AD) is the most common form of dementia. There is no treatment and AD models have focused on a small subset of genes identified in familial AD. Microarray studies have identified thousands of dysregulated genes in the brains of patients with AD yet identifying the best gene candidates to both model and treat AD remains a challenge. We performed a meta-analysis of microarray data from the frontal cortex (n = 697) and cerebellum (n = 230) of AD patients and healthy controls. A two-stage artificial intelligence approach, with both unsupervised and supervised machine learning, combined with a functional …

การศึกษารูปแบบของยีน Mgrb และความชุกของยีน Mcr-1 ถึง Mcr-10 ใน Escherichia Coli และ Klebsiella Pneumoniae ที่ดื้อยา Colistin จากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วยในโรงพยาบาลเลิดสิน, ขวัญชนม์ เจียรกิติวณิช

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การดื้อยา colistin มีแนวโน้มเพิ่มสูงขึ้นในเชื้อแบคทีเรียกลุ่ม Enterobacterales เนื่องมาจากการนำยา colistin กลับมาใช้ในการรักษาเชื้อดื้อยาหลายขนาน โดยเฉพาะอย่างยิ่งเชื้อแบคทีเรียแกรมลบที่ดื้อยา carbapenem ประกอบกับการถ่ายทอดยีน mobile colistin-resistant (mcr) ผ่านทาง plasmid ซึ่งส่งผลให้การแพร่ระบาดของเชื้อดื้อยา colistin เกิดขึ้นในวงกว้างอย่างรวดเร็ว สถานการณ์เชื้อกลุ่ม Enterobacterales ที่ดื้อยา colistin ในประเทศไทยกำลังเป็นที่สนใจ เนื่องมาจากเริ่มพบอัตราเชื้อดื้อยาที่สูงขึ้นอย่างต่อเนื่องทั้งในภาคการปศุสัตว์และในโรงพยาบาล การศึกษาครั้งนี้ได้ศึกษาลักษณะจีโนมของเชื้อ E. coli และ K. pneumoniae ที่ดื้อยา colistin ที่เพาะแยกได้จากผู้ป่วยของโรงพยาบาลเลิดสิน กรุงเทพมหานคร ในช่วงระหว่างเดือนตุลาคม พ.ศ. 2564 ถึงเดือนกันยายน พ.ศ. 2565 และศึกษาความสัมพันธ์และการกระจายตัวของเชื้อในแผนกต่างๆ ของโรงพยาบาล เชื้อที่เก็บได้ทั้งหมดจำนวน 54 ตัวอย่าง ประกอบด้วยเชื้อ E. coli และ K. pneumoniae จำนวน 14 และ 40 ตัวอย่าง ตามลำดับ ซึ่งให้ผลดื้อยา colistin เมื่อทดสอบด้วยเครื่องอัตโนมัติ Sensititre™ Gram Negative MIC Plate เชื้อส่วนใหญ่เพาะแยกจากปัสสาวะ (46.30%, p-value=0.38) และเสมหะ (29.63%, p-value=0.63) โดยเพาะแยกเชื้อได้จากผู้ป่วยใน (81.48%) มากกว่าผู้ป่วยนอก (18.52%) อย่างมีนัยสำคัญ (p-value=0.000) ภายหลังนำเชื้อทั้งหมดไปวิเคราะห์ลำดับเบสด้วยเทคนิค Illumina whole genome sequencing (WGS) สามารถจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยเชื้อ E. coli และ K. pneumoniae มีรูปแบบยีนก่อโรคที่แตกต่างกันอย่างเห็นได้ชัด และพบยีน blaCTX-M, blaTEM, blaOXA ,blaSHV ,ยีน aac, ยีน qnr …

การพัฒนาวิธีการตรวจออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นต่ำ โดยใช้เทคนิคการตรวจวัดบนกระดาษร่วมกับ Immunogold Silver Enhancement, สุจิตรา ต๊ะยามัน

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคหลอดเลือดแดงโคโรนารี (Coronary Artery Disease, CAD) เป็นโรคไม่ติดต่อชนิดเรื้อรังที่เกิดจากหลอดเลือดแดงที่กล้ามเนื้อหัวใจตีบหรือตัน สาเหตุหลักเกิดจากไขมันและเนื้อเยื่อสะสม มีผลทำให้เยื่อบุผนังหลอดเลือดชั้นในหนาตัวขึ้นและเกิดการอุดตัน จากการศึกษาที่ผ่านมาพบว่า ox-LDL เป็นจุดเริ่มต้นของโรคดังกล่าว เนื่องจากมีคุณสมบัติต่างจาก normal LDL โดยไม่สามารถจับได้กับ LDL receptor ได้ แต่สามารถจับได้กับ scavenger receptor ที่ผิวเซลล์แมคโคฟาจจึงทำให้ ox-LDL สามารถเข้าเซลล์ได้อย่างไม่มีสิ้นสุด เกิดเป็นโฟมเซลล์ (foam cells) สะสมอยู่ในผนังหลอดเลือดเกิดเป็นรอยขีดไขมัน (fatty streak) ประกอบกับการกระตุ้นเกล็ดเลือดและเซลล์อิมมูน ทำให้เกิดเป็นลิ่มเลือดอุดตันทางเดินของเส้นเลือด แม้ว่า ox-LDL จะเป็นสาเหตุสำคัญของการเกิดโรคแต่การตรวจวัดระดับไขมัน ox-LDL ยังไม่แพร่หลายในห้องปฏิบัติการเทคนิคการแพทย์ เนื่องจากชุดตรวจมีราคาแพง ใช้เวลาในการวิเคราะห์นาน และยังต้องใช้เครื่องมือที่มีความจำเพาะ ดังนั้นการศึกษาในครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเทคนิคการตรวจวัดระดับ ox-LDL ด้วยเทคนิคการตรวจวัดบนฐานกระดาษร่วมกับ immunogold silver enhancement โดยออกแบบกระดาษกรองให้มีรูปแบบเป็น microtiter plate อาศัยเทคนิค wax printing ในการสร้างขอบเขต หาสภาวะที่เหมาะสมสำหรับออกซิไดซ์กระดาษ เพื่อให้มีคุณสมบัติเหมาะสมกับการตรึงแอนติบอดี โดยเปลี่ยนเซลลูโลสเป็นหมู่แอลดีไฮด์ งานวิจัยนี้ได้นำสารละลายลิเธียมคลอไรด์มาช่วยเพิ่มประสิทธิภาพการออกซิไดซ์ร่วมกับสารละลายโซเดียมเพอร์ริออเดท พบว่ากระดาษที่ออกซิไดซ์แล้วสามารถคงสภาพนาน 72 ชั่วโมง และแอนติบอดีที่ตรึงไว้คงสภาพนานที่สุด 4 ชั่วโมง ทดลองวิเคราะห์วัดปริมาณ std. ox-LDL และ ox-LDL ที่เตรียมเองในห้องปฏิบัติการด้วยสภาวะเทคนิคดังกล่าว พบว่าสีปฏิกิริยาที่เกิดขึ้นยังไม่ชัดเจน อันเนื่องมากจากข้อจำกัดของความจำเพาะของแอนติบอดี การทำให้เกิดสีด้วย silver enhancement ซึ่งยังคงต้องมีการพัฒนาต่อไปเพื่อให้ผลการวิเคราะห์มีความชัดเจน นอกจากนี้ได้พัฒนากล่องถ่ายภาพเพื่อใช้เก็บผลการวิเคราะห์บนฐานกระดาษ ที่สามารถถ่ายภาพด้วยแสงและระยะที่คงที่ สามารถเคลื่อนย้ายได้ง่ายในภาคสนาม อย่างไรก็ตามแม้การพัฒนาวิธีการวิเคราะห์ ox-LDL ยังไม่ประสบผลสำเร็จ แต่ยังพอได้แนวทางและต้นแบบในการศึกษาต่อไปในอนาคต

ประสิทธิภาพของยีน Tef ในการจัดจำแนกเชื้อ Aspergillus ที่เพาะได้จากผู้ป่วยไทย, ประภาพร คชพงษ์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Aspergillosis เป็นโรคติดเชื้ออันตรายถึงแก่ชีวิต มีสาเหตุมาจากเชื้อราในจีนัส Aspergillus การวินิจฉัยโรคในปัจจุบัน การเพาะแยกเชื้อและจัดกลุ่มตามลักษณะทางสัณฐานวิทยายังคงเป็นวิธีมาตรฐาน การตรวจหา galactomannan มักใช้ตรวจวินิจฉัยโรคในผู้ป่วยกลุ่มเสี่ยงเท่านั้น ในขณะที่เทคนิคทางอณูชีววิทยาอาศัยข้อมูลสารพันธุกรรมของ “its region” ในการจำแนกกลุ่มเชื้อระดับสปีชีส์ แต่อย่างไรก็ตามข้อมูลดังกล่าวถูกพิสูจน์ว่าสามารถจำแนกกลุ่มเชื้อราก่อโรคในคนในระดับสปีชีส์ได้ต่ำ ในด้านการรักษาสปีชีส์ของเชื้อ Aspergillus มักไม่ถูกนำมาพิจารณาร่วมเพื่อการเลือกกลุ่มยาแม้ว่ายังคงมีผู้ป่วยบางรายที่ตอบสนองต่อการรักษาไม่ดีเนื่องจากเชื้อสาเหตุดื้อต่อยาต้านเชื้อรา ด้วยเหตุดังกล่าวเพื่อศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างสปีชีส์และรูปแบบความไวรับต่อยา การค้นหายีนที่สามารถจำแนกเชื้อ Aspergillus ในระดับสปีชีส์ได้อย่างแม่นยำจึงเป็นสิ่งจำเป็นยีน “tef-1α” เป็นสารพันธุกรรมที่ได้รับการพิสูจน์แล้วว่ามีคุณสมบัติสามารถจำแนกเชื้อราเส้นสายในระดับสปีชีส์ได้สูง ในงานวิจัยนี้ ผู้วิจัยได้เปรียบเทียบผลการจำแนกกลุ่มเชื้อ Aspergillus ที่แยกได้จากผู้ป่วยจำนวน 227 ตัวอย่าง โดยใช้ข้อมูลสารพันธุกรรม “its region” และ“tef-1α” จากผลการศึกษาพบว่าสารพันธุกรรมจากยีน“tef-1α” (D=0.8461) มีความสามารถในการจำแนกเชื้อในระดับสปีส์สูงกว่าบริเวณ “its” (D=0.796) โดยเฉพาะอย่างยิ่งใน section Fumigati ข้อมูลสารพันธุกรรมจาก “its region” สามารถแบ่งเชื้อกลุ่มดังกล่าวออกได้เพียง 1 สปีชีส์ คือ A. fumigatus ในขณะที่ยีน“tef-1α” สามารถแบ่งออกเป็น A. fumigatus และอีก 2 สปีชีส์ คือ A. lentulus และ A. udagawa ซึ่งเป็นเชื้อที่ดื้อต่อยา amphotericin B โดยกำเนิด โดยสรุป ผลจากงานวิจัยนี้ชี้ให้เห็นว่าการจำแนกสปีชีส์ของเชื้อ Aspergillus โดยใช้ยีนทุติยภูมิ “tef-1α” สามารถบ่งชี้กลุ่มยาที่เหมาะสมต่อการรักษาได้

The Role Of Stat4 Transcription Factor In Purified Human Dendritic Cells Treated With Interferon-Beta, An Autoimmune Disease Model, Terdkiat Phonboon

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

STAT4 (Signal Transducer Activator of Transcription factor 4) polymorphisms are risk factors contributing to autoimmune disease. While STAT4 is dominant in promoting interferon-γ in T lymphocytes and NK cells, its existence and function in dendritic cells (DCs) are still absent. To characterize the STAT4 in human DCs, we isolated dendritic cells from buffy coat of healthy blood donors (n = 6). The dendritic cells are enriched and specifically sorted into 3 subtypes including plasmacytoid dendritic cells (pDCs, CD123+), CD8+ priming dendritic cells (cDC1, CLEC9A+), and CD4+ priming dendritic cells (cDC2/3, CD1c+) using magnetic separation and flow cytometry. By quantitative PCR …

การพัฒนาเครื่องหมายพันธุกรรมสำหรับลักษณะต้านออกซิเดชันในข้าวไทย Oryza Sativa L. จากการวิเคราะห์การเชื่อมโยงทั่วจีโนม, ปภาณี อนันตศรี

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การวิเคราะห์ความเชื่อมโยงทั่วจีโนม (GWAS) สามารถระบุตำแหน่งยีนที่สัมพันธ์กับลักษณะต้านออกซิเดชันในข้าวได้ การศึกษาครั้งนี้ใช้ลักษณะต้านออกซิเดชันที่ได้จากการตรวจสอบด้วยวิธี DPPH FRAP ABTS TPC และ TFC ในข้าวไทย 232 พันธุ์ และทำการศึกษาความเชื่อมโยงด้วยโปรแกรม genome-wide efficient mixed- model association (GEMMA) โดยทำการวิเคราะห์ single nucleotide polymorphism (SNP) ในจีโนมทั้งหมด ด้วย 1,071,197 SNPs ทั้งจีโนมกับลักษณะต้านออกซิเดชันที่ค่า p-value เท่ากับ 4.66 x 10-7 ผลการทดลองพบ 478 SNPs และ QTL 127 ตำแหน่ง ที่มีความสัมพันธ์กับลักษณะต้านออกซิเดชันกระจายตัวอยู่บนโครโมโซม ทั้ง 12 โครโมโซม และทำการวิเคราะห์ความเชื่อมโยงทั่วจีโนมของลักษณะต้านออกซิเดชันต้านออกซิเดชันทั้ง 5 พารามิเตอร์กับ SNP ใน exome พบ 346,638 SNPs ที่เกี่ยวข้องกับลักษณะต้านออกซิเดชันที่ค่า p-value เท่ากับ 1.44 x 10-7 ผลการทดลองพบ 146 SNPs และ QTL 60 ตำแหน่ง ที่มีความสัมพันธ์กับลักษณะต้านออกซิเดชันกระจายตัวอยู่บนโครโมโซมทั้ง 12 โครโมโซม ใน QTL ที่กล่าวมา พบ QTL 4 ตำแหน่งที่คาดว่าจะมีความสามารถในการพัฒนาเครื่องหมายพันธุกรรม ได้แก่ LOC_Os01g19380 LOC_Os02g05530 LOC_Os02g08240 และ LOC_Os06g17410 หลังจากขั้นตอนการพัฒนาเครื่องหมายพันธุกรรมแบบ 12 เครื่องหมาย พบว่ามี 4 เครื่องหมาย ได้แก่ P830-1 P830-2 P001 และ P006 สามารถแยกความแตกต่างของรูปแบบจีโนไทป์ทั้งแบบ homozygous และ heterozygous …

A Standardized Pipeline For Isolation And Assembly Of Genomes From Symbiotic Bacteria In Whole Louse Genomic Sequence Data., Mohammad Mikail I. Bala

Theses and Dissertations

Many insects are known to harbour intracellular and heritable bacteria (endosymbionts), which provide their hosts with adaptive traits. Whole insect gDNA shotgun sequencing projects often sequence the genome of endosymbiont, in addition to the insect’s genome. There are approximately 600 whole genome shotgun libraries from insects available on the public repository (NCBI), which can be mined to obtain endosymbiont genomes. The assembly and annotation of endosymbiont genomes can contribute towards the exploration of their role as obligate symbiotic partners. However, de novo assembly of an endosymbiont genome, continues to be challenging, when the host and/or enteric bacterial gDNA is present …

Host-Microbe Interactions In Non-Native Estuarine Anemones: Biogeography And Temperature, Parker K. Lund

Cal Poly Humboldt theses and projects

Non-native species are increasing in prevalence around the world, resulting in negative economic and ecological impacts. However, the broad distributions of non-native species also offer a system for investigating the response of host-associated microbial communities to environmental factors across a range of ecological scales. At the broadest scale, I investigated the geography of microbial communities in the non-native estuarine anemone Diadumene lineata on the west coast of the United States of America. Across latitudes, microbial community composition was very similar and displayed a high percentage of Klebsiella spp. at all sites. However, the communities in California tended to exhibit higher …

Sympatric Carnivores And Vegetation Structure Influence The Distribution And Abundance Of Humboldt Martens In Northern California, Erika L. Anderson

Cal Poly Humboldt theses and projects

The Humboldt marten (Martes caurina humboldtensis) is a species facing conservation concern in Oregon and California. Historical populations were subjected to unregulated fur trapping and timber harvest throughout the late 19^th and early 20^th centuries leading to a 90% decline in their distribution. As such, the Humboldt marten is listed as a state endangered species in California, and the analogous ‘coastal marten’ is listed as federally threatened under the Endangered Species Act and classified as a Species of Greatest Conservation Need in Oregon and California. Contemporary populations are small, and isolated, and threatened by habitat loss …

Comparative Genomics Of The Putatively Asexual Powder Lichens Lepraria And Other Lecanoromycete Lichens, Bubba Pfeffer

EWU Masters Thesis Collection

No abstract provided.

Effects Of Depth, Distance To Shore, And Water Velocity On Organismal And Extra-Organismal Environmental Dna Concentrations In A Large River, Dylan Keel

Cal Poly Humboldt theses and projects

Environmental DNA (eDNA) is a sensitive tool for detection of aquatic species and concentrations of eDNA in water samples have been useful for estimating abundance. This study evaluated the effects of depth, distance to shore, and water velocity on the concentration of organismal and extra-organismal eDNA concentrations in the Klamath River, California (basin area ≅ 40,000 km²). At each of six river cross sections 32 water samples were collected, including surface samples and depth samples evenly distributed across the cross section, and eDNA concentrations were determined for the parasite Ceratonova shasta and Chinook salmon, Oncorhynchus tshawytscha, using …

Extension Of The Ergot Alkaloid Gene Cluster, Samantha Joy Fabian

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Specialized metabolites produced by fungi impact human health. A large portion of the pharmaceuticals currently on the market are derived from metabolites biosynthesized by microbes. Ergot alkaloids are a class of fungal metabolites that are important in the interactions of environmental fungi with insects and mammals and also are used in the production of pharmaceuticals. In animals, ergot alkaloids can act as partial agonists or antagonists at receptors for 5-hydroxytryptamine (serotonin), dopamine, and noradrenaline as ergot alkaloids have chemical structures similar to those neurotransmitters. Therefore, they affect insects and mammals that consume them and can be used to produce drugs …

Novel Feature Evaluation In Ultra-High Dimensional Right-Censored Data, With Applications To Head And Neck Cancer, Atika Farzana Urmi

Graduate Research Posters

Background: Head and neck cancer is the 6th most common cancer worldwide with an expected 1.08 million new cases each year. Such cancer data are ultra-high dimensional with thousands of clinical features and gene expressions, making it challenging for the traditional analytical tools to extract the potential biomarker for the cancer survival and control false discoveries. In addition, presence of heavy censoring can affect the screening procedures based on Kaplan-Meier (K-M) survival estimates.

Aim: To propose a model free, ultra-high dimensional feature screening method with two-dimensional survival outcome allowing false discovery rate (FDR) control.

Method: 516 primary tumor patients with …

Executive Functioning Among The Karyotypes In Turner Syndrome And Implications For Interventions, Sara Scull

Antioch University Dissertations & Theses

Turner syndrome (TS) is a genetic disorder seen in phenotypically female (pf) individuals who have either a complete or partial absence of the second sex (X) chromosome. TS includes different karyotypes, and it presents with a variety of phenotypic and genotypic features. In general, the neuropsychological profiles for individuals diagnosed suggest that TS can contribute to challenges in various aspects of daily life, including social and emotional functioning. With regard to academic performances, individuals with TS often present with relative strengths in a range of verbal abilities and relative weakness in visual-spatial/perceptual abilities, nonverbal memory, motor function, processing speed, executive …

Clonal Diversity, Antibiotic Resistance, And Virulence Factor Prevalence Of Community Associated Staphylococcus Aureus In Southeastern Virginia, Katelyn D. Cranmer, Mohan D. Pant, Suzanne Quesnel, Julia A. Sharp

EVMS School of Health Professions Faculty Publications

Staphylococcus aureus is a significant human pathogen with a formidable propensity for antibiotic resistance. Worldwide, it is the leading cause of skin and soft tissue infections (SSTI), septic arthritis, osteomyelitis, and infective endocarditis originating from both community- and healthcare associated settings. Although often grouped by methicillin resistance, both methicillin-resistant (MRSA) and methicillin-sensitive (MSSA) strains are known to cause significant pathologies and injuries. Virulence factors and growing resistance to antibiotics play major roles in the pathogenicity of community-associated strains. In our study, we examined the genetic variability and acquired antibiograms of 122 S. aureus clinical isolates from SSTI, blood, and urinary …