Genetics Commons^™

Viropana (Vna) 3, Abijeet Singh Mehta, Panagiotis A. Tsonis, Amit Singh

Components of a Regeneration Toolkit: Notophthalmus viridescens

Viropana (vna) 3

• ID – vna 3
• Details – Gene from a novel protein family belonging to the regeneration toolkit of Notophthalmus viridescens
• Base pairs – 426

Examining A Functional Interaction Between Chromatin Remodeler Chd1 And Histone H1 In D. Melanogaster, Breanna Kim

Scripps Senior Theses

Chromodomain-helicase-DNA-binding-protein-1 (CHD1) is a highly conserved ATP- dependent remodeling protein. It is localized to active genes and directs nucleosome spacing, while its loss has been linked to various human diseases, such as human prostate cancer. In Drosophila, CHD1 is important for fertility and wing development, and overexpression of CHD1 leads to severe wing vein defect phenotypes. The Linker Histone H1, which is known for maintaining heterochromatin and is associated with inactive genes, had been previously identified as a possible functional partner of CHD1, though the exact nature of their interaction is unclear. I undertook a genetic approach to examining the …

Periocular Mesenchyme Heterogeneity During Morphogenesis Of The Vertebrate Ocular Anterior Segment, Kristyn L. Van Der Meulen

Theses and Dissertations--Biology

The vertebrate eye is a complex organ, responsible for the primary sense with which we interact with our environment: vision. Development of the eye is a tightly regulated process, controlled by a vast network of genes. This process begins with eye morphogenesis, when the eye structure is formed through a series of morphogenetic movements and culminates in the creation of the optic cup, lens, and presumptive optic stalk. Next, retinal differentiation creates the critical cell layers of the retina needed to process light waves that enter the eye, including rod and cone photoreceptors, interneurons, and support cells. Failure in either …

Leveraging Chemical And Computational Biology To Probe The Cellulose Synthase Complex, B. Kirtley Amos

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Cellular expansion in plants is a complex process driven by the constraint of internal cellular turgor pressure by an expansible cell wall. The main structural element of the cell wall is cellulose. Cellulose is vital to plant fitness and the protein complex that creates it is an excellent target for small molecule inhibition to create herbicides. In the following thesis many small molecules (SMs) from a diverse library were screened in search of new cellulose biosynthesis inhibitors (CBI). Loss of cellular expansion was the primary phenotype used to search for putative CBIs. As such, this was approached in a forward …

Transactivation And Mitochondrial Activity Are Affected By High Temperature In C. Elegans Sperm, Jacqueline Mcvay

Scripps Senior Theses

Sexual reproduction has a conserved flaw in that it is temperature sensitive. Exposure to high temperature leads to male infertility, but little is known about the underlying mechanism. Understanding these mechanisms is important for agriculture and reproductive medicine. Using C. elegans, we investigated two potential aspects of male fertility that may be affected by high temperature conditions: activation of sperm by seminal fluid and sperm mitochondrial activity. There are two pathways for sperm activation in C. elegans: the SPE-8 pathway in hermaphrodites and the TRY-5 pathway in male seminal fluid. Hermaphrodite sperm with a mutation in spe-8 can …

Identification And Optimization Of Mirna Biomarkers For Body Mass Index (Bmi) Estimation In Forensic Samples, Jennifer J. Shealy

Master of Science in Forensic Science Directed Research Projects

DNA profiles do not provide as much evidentiary value when either all known samples can be excluded or when there is no known suspect. DNA phenotyping is a technique used for investigative purposes to predict externally visible characteristics (EVCs) based on specific markers found in the genome. Most phenotyping panels are currently restricted to markers stable over a lifetime within an individual and are not able to predict environmental or metabolic impacts on EVCs. It is known that miRNA expression levels change due to environmental and metabolic factors, such as BMI, and research has proven associations between circulating plasma miRNAs …

Attitudes And Opinions About Direct-To-Consumer Genetic Testing In Undergraduate Science Students, Morgan N. Driver, Sally I-Chun Kuo, Olivia Nayeri, Chloe J. Walker, Chelsea Derlan Willians, Tricia Smith, Amy E. Adkins, Danielle M. Dick

Graduate Research Posters

Background: There has been exponential growth in the number of direct-to-consumer genetic testing kits sold in the past decade. Consumers utilize direct-to-consumer genetic tests for a number of reasons which include learning about one’s ancestry and potential ways to manage health. Emerging adults tend to be early adopters of new technologies; however, there has been little research regarding the opinions about direct-to-consumer genetic testing in emerging adults.

Methods: Data came from a study conducted in an upper-level biology course focusing on understanding undergraduate science students’ overall experiences with receiving personalized genetic testing results from 23andMe. The present study used data …

Joint Modeling Of Rnaseq And Radiomics Data For Glioma Molecular Characterization And Prediction, Zeina A. Shboul, Norou Diawara, Arastoo Vossough, James Y. Chen, Khan M. Iftekharuddin

Electrical & Computer Engineering Faculty Publications

RNA sequencing (RNAseq) is a recent technology that profiles gene expression by measuring the relative frequency of the RNAseq reads. RNAseq read counts data is increasingly used in oncologic care and while radiology features (radiomics) have also been gaining utility in radiology practice such as disease diagnosis, monitoring, and treatment planning. However, contemporary literature lacks appropriate RNA-radiomics (henceforth, radiogenomics) joint modeling where RNAseq distribution is adaptive and also preserves the nature of RNAseq read counts data for glioma grading and prediction. The Negative Binomial (NB) distribution may be useful to model RNAseq read counts data that addresses potential shortcomings. …

Exploring The Genetic Variability Of Zebra Mussels Dreisenna Polymoprha, Maxwell Carr

Journal of Earth and Life Science

Zebra Mussels Dreisenna polymorpha are one of the most well-known invasive species here in the United States. This species can take over watersheds very quickly, causing damage to both the ecosystem and man-made structures. The basic physical behavior of this species has been well documented, but the invasive North American Zebra Mussel is much more aggressive and therefore causes more damage in the Great Lakes region compared to its native waters. Genetic variation may be playing a very large role in how and why D. polymorpha is causing such large problems for stakeholders in the United States. This review cites …

Mnrr1: Understanding The Role Of A Novel Mitochondrial-Nuclear Regulator, Stephanie L. Gladyck

Wayne State University Dissertations

Mitochondria are complex organelles that generate most of the energy required to sustain life and function in metabolic and signaling pathways required to maintain cellular homeostasis. MNRR1 (mitochondrial nuclear retrograde regulator 1 or CHCHD2) is a small, bi-organellar twin CX9C protein that is emerging as an important regulator of mitochondrial function, apoptosis, and cellular stress by participating in mitochondrial-nuclear crosstalk. Our lab has previously shown that in the mitochondria, MNRR1 regulates complex IV (Cytochrome c oxidase or COX) and is able to finetune the oxidase function through phosphorylation status. We have also shown that during stress, mitochondrial MNRR1 levels deplete, …

Modulation Of Pharyngeal Health In Bacterial Diet-Dependent Survival, Deniz Sifoglu

Wayne State University Dissertations

ABSTRACT

MODULATION OF PHARYNGEAL HEALTH IN BACTERIAL DIET-DEPENDENT SURVIVAL

by

DENIZ SIFOGLU

August 2021

Advisor: Dr. Joy Alcedo Major: Biological Sciences Degree: Doctor of Philosophy Both diet and bacterial microbiome modulate insulin signaling, which regulates key physiological processes that are important for survival. However, the mechanisms through which diet and the microbiome modulate insulin signaling remain unclear. To understand these mechanisms, I turned to the nematode worm C. elegans, whose diet consists of different types of bacteria. Like humans and other animals, C. elegans has to modulate its responses to its diet and to bacteria to optimize its survival. Because …

Biomarkers Of Ptsd: Dried Blood Spot Mrna Isolation, Amplification, And Analysis, Tyler F. Chan, Sarah G. Van Winkle

Summer Community of Scholars Posters (RCEU and HCR Combined Programs)

No abstract provided.

Enviromental Dna Analysis Of A Critically Endangered Cavefish, Katelyn Gitner

Summer Community of Scholars Posters (RCEU and HCR Combined Programs)

No abstract provided.

The Origin Of Novel Trait Inferred From Transcriptomic Analysis And A Targeted Gene Approach In The Beetle Horns., Naureen Fatima

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

The origin of the evolutionary new trait (evolutionary novelty) and its subsequent evolution is of great interest for biologists in various fields, and beetle horns have been used to address this fundamental biological question. Previous studies on one of the horned beetle species, Onthophagus taurus, that utilized comparative gene expression analyses, suggested legs to be a strong candidate of the origin of horns. At the same time, their horns are secondary sexual traits whose development is regulated by the same gene (doublesex) as genitalia, which also originates from paired appendages such as legs. However, little is known …

Effects Of 4-Methylcyclohexanemethanol On Stress Response Pathway Regulators, In Saccharomyces Cerevisiae, Suk Lan Ser

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Hydrotropes are small molecules capable of inducing liquid-liquid phase separation by altering the solubility and conformation states of organic compounds that are increasingly becoming important in organizing chemical reactions and regulating complexes. They prevent protein aggregation causing these proteins to form condensates. Mediator, a highly conserved multi-subunit complex, plays an important role in transcription. Med15, a subunit found within the tail domain of the Mediator complex, works with stress-induced transcription factors and is regulated by many kinases, including CDKs and the AMP kinase, Snf1. Living cells respond by changing molecular and cellular pathways when they are exposed to stressful conditions. …

Molecular Mechanisms Regulating Optic Fissure Fusion During Zebrafish Eye Development, Megan Weaver

Theses and Dissertations--Biology

Vertebrate retinal development requires timely and precise fusion of the optic fissure. Failure of this event leads to congenital vision impairment in the form of coloboma. Recent studies have suggested hyaloid vasculature to be involved in OF fusion. In order to examine this link, we analyzed optic fissure fusion and hyaloid vasculogenesis in the zebrafish pax2a noi mutant line. We first determined that pax2a^-/- embryos fail to accumulate F-actin in the optic fissure prior to basement membrane (BM) degradation. Furthermore, using 3D and live imaging we observed reduced OF hyaloid vascularization in pax2a^-/- embryos. When examining the connection …

Microbiomes Of Blood-Feeding Arthropods: Genes Coding For Essential Nutrients And Relation To Vector Fitness And Pathogenic Infections. A Review, Daniel E. Sonenshine, Philip E. Stewart

Biological Sciences Faculty Publications

Blood-feeding arthropods support a diverse array of symbiotic microbes, some of which facilitate host growth and development whereas others are detrimental to vector-borne pathogens. We found a common core constituency among the microbiota of 16 different arthropod blood-sucking disease vectors, including Bacillaceae, Rickettsiaceae, Anaplasmataceae, Sphingomonadaceae, Enterobacteriaceae, Pseudomonadaceae, Moraxellaceae and Staphylococcaceae. By comparing 21 genomes of common bacterial symbionts in blood-feeding vectors versus non-blooding insects, we found that certain enteric bacteria benefit their hosts by upregulating numerous genes coding for essential nutrients. Bacteria of blood-sucking vectors expressed significantly more genes (p < 0.001) coding for these essential nutrients than those of non-blooding insects. Moreover, compared to endosymbionts, the genomes of enteric bacteria also contained significantly more genes (p < 0.001) that code for the synthesis of essential amino acids and proteins that detoxify reactive oxygen species. In contrast, microbes in non-blood-feeding insects expressed few gene families coding for these nutrient categories. We also discuss specific midgut bacteria essential for the normal development of pathogens (e.g., Leishmania) versus …

Identifying Genes Downstream Of Mef2 That Influence Ethanol Sedation In Drosophila Melanogaster, Ananya Talikoti

Theses and Dissertations

Alcohol use disorder is a global public health issue that affects millions across the world. It can result in negative physical and mental health outcomes, and currently treatment options are limited and rates of relapse are high. Identifying genes that affect aspects of ethanol behaviors in model organisms, such as Drosophila melanogaster, can serve to eventually develop more robust therapeutic interventions for those experiencing alcohol dependence. Previous studies have identified a relationship between a person's initial sensitivity to alcohol and their abuse potential for the drug in later life. Therefore, we can study sedation behaviors in Drosophila melanogaster to …

การเพิ่มประสิทธิภาพในการยับยั้งเชื้อแบคทีเรียก่อโรคของแบคทีริโอซินจาก Bacillus Licheniformis ที่แยกได้จากระบบทางเดินอาหารของกุ้ง, แพรทิพย์ คล้ายเจริญสุข

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเพื่อเป็นแหล่งอาหาร มีผลต่อความมั่นคงทางอาหารและโภชนาการของมนุษย์ โดยกุ้งทะเลจัดเป็นสัตว์น้ำเศรษฐกิจอันดับหนึ่งของไทย ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2534 เป็นต้นมา เนื่องจากเป็นสัตว์น้ำที่ได้รับความนิยมบริโภคทั้งในประเทศและต่างประเทศทั่วโลก แต่ในปี พ.ศ. 2555-2556 การเลี้ยงกุ้งเริ่มประสบปัญหาโรคระบาดอย่างหนักจากอาการตายด่วนเนื่องจากตับและตับอ่อนวายเฉียบพลัน (Early mortality syndrome/ acute hepatopancreatic necrosis disease : EMS/AHPND) ทําให้เกิดความเสียหายต่อเกษตรกรและส่งผลกระทบต่อภาคอุตสาหกรรม รวมไปถึงสูญเสียส่วนแบ่งการตลาดและมูลค่าการส่งออกกุ้งทะเลเป็นอย่างมาก ต่อมาได้มีการพัฒนาจุลินทรีย์ ปม.1 ที่เป็นโพรไบโอติกในกลุ่มบาซิลัส เพื่อลดอัตราการเกิดโรค ซึ่งเชื้อ B. licheniformis ที่รวมในกลุ่มโพรไบโอติกนี้ มีความสามารถสร้างแบคทีริโอซินที่ยับยั้งการเจริญของเชื้อก่อโรคได้ มีคุณสมบัติทนความร้อน 100 °C ทำงานได้ดีในค่าความเป็นกรด-ด่างกว้าง จึงเป็นที่น่าสนใจในการศึกษาสภาวะที่เหมาะสมเพื่อเพิ่มปริมาณการสร้างแบคทีริโอซินของเชื้อ B. licheniformis และประสิทธิภาพในการยับยั้งเชื้อก่อโรค จากการทดสอบเพาะเลี้ยงเชื้อ B. licheniformis ในอาหารเหลว Tryptic Soy Broth มีความเข้มข้นของเชื้อเป็น 106 CFU/มิลลิลิตร ในสภาวะที่ปรับเปลี่ยนอุณหภูมิ ช่วงเวลา และความเข้มข้นของเกลือที่ต่างกัน ผลการทดสอบประสิทธิภาพการยับยั้งเชื้อก่อโรคในกุ้งด้วยวิธี Total plate count พบว่า ในน้ำเลี้ยงเชื้อ (Cell Free Supernatant: CFS) สามารถยับยั้งเชื้อทดสอบได้แก่ เชื้อ Vibrio alginolyticus และ Vibrio parahaemolyticus ซึ่งเป็นสายพันธุ์ที่เป็นสาเหตุของโรคตับและตับอ่อนวายเฉียบพลันในกุ้งได้ดี เมื่อเพาะเลี้ยงเชื้อ B. licheniformis ที่อุณหภูมิ 30 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 72 ชั่วโมง และเลี้ยงในอาหารเหลว TSB ที่มีเกลือความเข้มข้น 2.5% และเมื่อเลี้ยง B. licheniformis ร่วมกับเซลล์ของเชื้อทดสอบที่ถูกทำให้ตายด้วยความร้อน พบว่าน้ำเลี้ยงเชื้อยังคงมีประสิทธิภาพในการยับยั้งเชื้อทดสอบ จากนั้นตรวจวิเคราะห์ประสิทธิภาพการทำลายเซลล์ของแบคทีเรียก่อโรคของน้ำเลี้ยงเชื้อด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเลคตรอนพบว่าส่วนที่ห่อหุ้มเซลล์ของเชื้อทดสอบมีลักษณะเป็นรู นอกจากนี้พบว่าสารยับยั้งในน้ำเลี้ยงเชื้อที่เกิดจากการเพาะเลี้ยงและจาก B. licheniformis ร่วมกับเซลล์ V. alginolyticus ที่ถูกทำให้ตายด้วยความร้อน มีความสามารถทำให้เซลล์ของเชื้อทดสอบมีขนาดเล็กลง และลดการเกาะกลุ่มของเชื้อทดสอบได้ดี ผลจากการวิเคราะห์ลำดับกรดอะมิโนในน้ำเลี้ยงเชื้อ (Cell-Free …

การพัฒนาเทคนิค Multiplex Allele-Specific Recombinase Polymerase Amplification With Dipstick Chromatography (Mas-Rpa-Dc) ในการวินิจฉัยการดื้อยา Rifampicin ของเชื้อ Mycobacterium Tuberculosis, มัชฐาวี โพธิกนิษฐ

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วัณโรคดื้อยาหลายขนาน (Multidrug-resistant tuberculosis: MDR-TB) เป็นหนึ่งในสาเหตุหลักที่ทำให้การรักษาวัณโรคล้มเหลว และส่งผลให้การแพร่ระบาดของโรคยังคงมีอัตราที่สูง วัณโรคดื้อยาหลายขนานเกิดจากเชื้อ Mycobacterium tuberculosis ที่ดื้อต่อยา Rifampicin และยา Isoniazid พร้อมกัน โดยมากกว่า 90% ของวัณโรคที่ดื้อยา Rifampicin มักเกิดการดื้อยา Isoniazid ร่วมด้วยภายหลัง ดังนั้นการตรวจวินิจฉัยการดื้อยา Rifampicin ของเชื้อ M. tuberculosis จึงสามารถใช้เป็นตัวแทนในการตรวจหาวัณโรคดื้อยาหลายขนานได้ วิธีทางอณูชีววิทยาที่ใช้วินิจฉัยวัณโรคดื้อยาหลายขนานในปัจจุบันต้องอาศัยเครื่องมือที่มีราคาแพงและการดูแลซ่อมบำรุงอย่างสม่ำเสมอ การเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมภายใต้อุณหภูมิคงที่ได้เข้ามามีบทบาทอย่างมากในการวินิจฉัยโรคทางห้องปฏิบัติการและเป็นทางเลือกสำหรับการทดสอบที่ไม่ต้องอาศัยเครื่องมือที่จำเพาะ สามารถให้ผลการทดสอบที่ถูกต้อง รวดเร็ว และนำไปประยุกต์ใช้ ณ งานภาคสนามได้ การศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเทคนิค Multiplex allele-specific recombinase polymerase amplification ร่วมกับ dipstick chromatography (MAS-RPA-DC) สำหรับตรวจหาการกลายพันธุ์ภายในยีน rpoB ณ ตำแหน่งโคดอน 516 526 และ 531 ซึ่งสัมพันธ์กับการดื้อยา Rifampicin ของเชื้อ M. tuberculosis ในการทดสอบภายใต้ปฏิกิริยาเดียวกันและแบบอ่านผลด้วยตาเปล่า ภายหลังนำเทคนิค MAS-RPA-DC มาทดสอบกับ DNA ที่สกัดได้จากโคโลนีของเชื้อ M. tuberculosis สายพันธุ์คลินิกจำนวน 141 ตัวอย่าง พบว่าเทคนิค MAS-RPA-DC มีความไวและความจำเพาะที่สูงเมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค Sanger DNA sequencing โดยมีความไวในการตรวจการกลายพันธุ์ของยีน rpoB516 rpoB526 และ rpoB531 มีค่าเท่ากับ 100 % 70 % และ 98.2 % ตามลำดับ มีค่าความจำเพาะในการตรวจการกลายพันธุ์ของยีน rpoB516 rpoB526 และ rpoB531 เท่ากับ 95.5 % 97.5 % และ 97.7 …