Microbiology Commons^™

Bacterial Inoculants, Endophytic Bacteria And Their Influence On Nicotiana Physiology, Development And Microbiome, Andrea Marisa Sanchez Barrios

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Soil and root microbial communities have been studied for decades, and the incorporation of high-throughput techniques and analysis has allowed the identification of endophytic/non-culturable organisms. This has helped characterize and establish the core microbiome of many model plant species which include underground and aboveground organs. Unfortunately, the information obtained from some of these model plants is not always transferable to other agronomic species. In this project, we decided to study the microbiome of the Nicotiana genus because of its importance in plant physiological and plant-microbe interactions studies. The data obtained was used as baseline information that allowed us to better …

Gene Expression And Lipid Accumulation In Green Microalga Chlamydomonas Reinhardtii (137c) Under Salt Stress Condition, Thanapa Atikij

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Biodiesel is an important alternative energy that can reduce CO2 emission, the main cause of Global warming. Algal biomass has been considered to be the third generation biofuels. One of the important strategies that enhance lipid accumulation; precursor of biodiesel production, is stress cultivation. High salt concentration is one of a potential approach to enhance lipid accumulation in microalgae. Here, we investigated the impacts of salt on lipid accumulation in green microalga Chlamydomonas reinhardtii (137c). The results revealed that higher concentrations of NaCl, KCl, and LiCl led to increasing of saturated fatty acid contents for 1.8, 1.2, and 1.1 folds …

Investigation Of Antiviral Molecules Inhibiting Viral Infection, Sitthichai Kanokudom

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

No abstract provided.

Diversity Of Free – Living Nitrogen – Fixing Bacteria In Soil Of Sioux Prairie Of South Dakota, Nabilah Ali Alshibli

Electronic Theses and Dissertations

There are only two natural ways by which molecular nitrogen can be available to support life, either by free-living or by symbiotic nitrogen fixing bacteria. The best studied diazotrophs form symbiotic associations with plants, primarily legumes and certain tree species, but little is known about how non-leguminous plants such as grasses obtain nitrogen in their environment. Natural prairies have few legumes, thus have less symbiotic nitrogen fixer interaction. This indicates presence of free-living nitrogen (FLN) fixation activity towards the balance of the N cycle. The objective of this study was to characterize the culturable diversity of free-living diazotrophs in native …

Gtpase-Activating Protein-Binding Protein 1 Plays An Antiviral Role In Porcine Epidemic Diarrhea Virus (Pedv) Replication, Kabita Pandey

Electronic Theses and Dissertations

Porcine Epidemic Diarrhea Virus (PEDV) is a non-segmented virus which uses one-stranded, positive-sense RNA as genetic material. PEDV falls under Coronaviridae family and extensive diarrhea and dehydration in nursing piglets are the major clinical signs. This emerging disease leads to huge economic loss in the pig farming. Very less studies are done towards the role of innate immunity in PEDV infection. The formation of Stress granules (SGs) are seen when cells are introduced to different stressful conditions, which also includes viral infections. SGs are formed when one of the four kinases: doublestranded RNA (dsRNA)-dependent protein kinase (PKR), PKR-like endoplasmic reticulum …

Nevada Desert Dust With Heavy Metals Suppresses Igm Antibody Production, Deborah E. Keil, Brenda J. Buck, Dirk Goossens, Brett Mclaurin, Lacey Murphy, Mallory Leetham-Spencer, Yuanxin Teng, James E. Pollard, Russell Gerads, Jamie C. Dewitt

Geoscience Faculty Research

Systemic health effects from exposure to a complex natural dust containing heavy metals from the Nellis Dunes Recreation Area (NDRA) near Las Vegas, NV, were evaluated. Several toxicological parameters were examined following lung exposure to emissive dust from three geologic sediment types heavily used for recreational off-road activities: yellow sand very rich in arsenic (termed CBN 5); a shallow cover of loose dune sand overlying a gravelly subsoil bordering dune fields (termed CBN 6); and brown claystone and siltstone (termed CBN 7). Adult female B6C3F1 mice were exposed by oropharyngeal administration to these three types of geogenic dusts at 0.01–100 …

Crop Rotations That Integrate Pasture Are Less Vulnerable To Nitrogen Leaching Due To Changes In Microbial Community Composition And Reduced Nitrification, Jeth Gv Walkup

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Agroecosystems occupy a large portion of the United States and receive a disproportionally high amount of terrestrial nitrogen inputs. As application rates increase, nitrogen use efficiency declines leading to higher rates of nitrogen loss. To develop sustainable agricultural practices, the long-term effects of management practices on the soil microorganisms that perform central roles in the transformation of nitrogen need to be studied. To study the long-term impacts of compost application and pasture integration in crop rotation, samples were collected from the existing 19-year-old Organic Crop Livestock Field (OCLF) experiment on the WVU organic research farm. The OCLF experiment includes a …

Haloferax Volcanii For Carotenoid Production, Erika Smith

Honors Theses

Carotenoids are used as natural colorants and have been shown to have numerous health benefits, making these molecules highly desirable in the aquaculture, pharmaceutical, and nutraceutical markets. There is increasing consumer demand for the natural synthesis of carotenoids, but current methods are limited by the cost and difficulty of extraction from organisms. The halophilic archaeon Haloferax volcanii is amenable to extraction and has an endogenous carotenoid biosynthetic pathway that culminates in the accumulation of the carotenoid bacterioruberin; however, H. volcanii also synthesizes important precursors that can be converted into more highly-desired carotenoids, such as β-carotene and astaxanthin, in the presence …

The Forensic Characterization Of Bacterial And Fungal Organisms In Traditional Chinese Medicine, Julia Grzymkowski, Christopher J. Ehrhardt, Justin L. Poklis, Michelle R. Peace

Undergraduate Research Posters

There has been an increase in use of Traditional Chinese Medicine (TCM) in the United States because they are less expensive and believed to be more effective with less adverse effects in comparison to traditional pharmaceutics. Therefore, sales have increased in the US, despite articles and case studies demonstrating the dangers, such as injury and death, related to TCM, stemming from improper labelling, toxic contaminants, and, in some cases, the presence of pathogenic bacteria. The aim of this study was to perform a survival experiment to demonstrate the importance of proper herbal brewing technique and to conduct a molecular and …

Resolution Of The Nutritional Requirements And Metabolic Profile Of Clostridium Scindens Atcc 35704, A Major Bile Acid-Dehydroxylating Anaerobe In The Human Gut, Rachana Shrestha

Masters Theses

Bile acids (cholate and chenodeoxycholate) are synthesized from cholesterol in the human liver, and secreted in small intestine for food digestion. However, a portion of these primary bile acids is converted in the colon to toxic secondary bile acids, deoxycholate and lithocholate. Secondary bile acid formation is the result of 7α-dehydroxylating anaerobes, and one of the key players in this conversion is Clostridium scindens. Interestingly, little is known about the basic physiology and nutrition of C. scindens. Therefore, the goal of this research was to understand the nutritional requirement, and determine the 7α-dehydroxylation activity and end products from …

The Rtfa Gene Regulates Plant And Animal Pathogenesis And Secondary Metabolism In Aspergillus Flavus, Jessica Michelle Lohmar

Graduate Research Theses & Dissertations

Aspergillus flavus is an opportunistic fungal plant and human pathogen and producer of mycotoxins including aflatoxin B1 (AFB1). As part of our ongoing studies to elucidate biological functions of the A. flavus rtfA gene, we examined its role in pathogenicity of both plant and animal model systems. rtfA encodes a putative RNA-Pol II transcription elongation factor, previously characterized in Saccharomycese cerevisiae, Aspergillus nidulans, Aspergillus fumigatus, where it was shown to regulate several important cellular processes, including morphogenesis, secondary metabolism. In addition, an initial study in A. flavus indicated that rtfA also influences development and production of AFB1, however its effect …

Waterborne Disease Reduction Using Evidence-Based Microbiology Verification In Lower Nyakach, Kenya, Richard R. Blodgett

Walden Dissertations and Doctoral Studies

Waterborne diseases continue to plague the poorest people in low-income countries and are estimated to cause 4,600,000 acute incidents of diarrhea resulting in over 2,000 deaths daily. A major challenge is performing microbiology tests to monitor drinking water quality. Friends of the Old (FOTO) implemented a novel strategy using evidence-based microbiology to educate communities about the relationship between contaminated water and disease. Two commercially available tests for E.coli, adapted for fieldwork, provided easily interpreted results of contamination that correlate with WHO's disease risk categories. Simple and effective household water treatment options 'solar pasteurization and/or chlorination' were provided to all 14,400 …

Indian Research Output In Immunology And Microbiology 2012-2016: A Scientometric Study, Jyoti Rana Ph.D. Scholar, Rakesh Kumar Bhatt Associate Professor

Library Philosophy and Practice (e-journal)

Background: The study examines India’s research productivity in immunology and microbiology during 2012-2016, depending on various parameters, including India’s annual average research growth rate, institutional output profile of institutions and profiles of some of the most productive authors.

Aim: The focus of this study is to analyze performance of India’s research output in immunology and microbiology, the quality and productivity of major institutions participating in research in microbiology and immunology and the productivity and quality of leading authors in research in immunology and microbiology.

Methods: The study in the area of immunology and microbiology using 5 years publications data from …

Relationships Between Factors Influencing Biofilm Formation And Pathogen Retention In Complex Rhizosphere Microbial Communities, Aaron Coristine

Theses and Dissertations (Comprehensive)

Riparian wetlands are unique habitats facilitating all forms of life. The riverbanks of these environments provide ideal conditions for bacteria, plants, and higher organisms. Of particular interest to this research was the variation in microbial community structure at high, intermediate and poor water quality impacted areas. Assessing the capabilities of plants to retain microbial pathogens was identified. Root systems and corresponding soil are ideal locations for bacterial deposition, resulting in attachment at these areas. Biofilm production in these regions is important for long-term establishment, leading to persistence and potential naturalization. Opportunistic pathogens originating from mammalian fecal matter are introduced into …

Bioinformatic Interrogation Of Phosphonate Tailoring Pathways, Monica Papinski

Theses and Dissertations (Comprehensive)

Phosphonates represent an underexploited class of natural products despite their tremendous potential for use in medicine and agriculture. Even less characterized are phosphonate-containing macromolecules such as cell wall lipids and glycans, distinguished by a P-C bond known to provide stability towards hydrolysis. Despite some progress made in revealing cell wall phosphonate tailoring (Pnt) pathways, several barriers impede the discovery and characterization of novel phosphonate biosynthetic pathways. Specifically, a large diversity of gene composition and arrangement is evident surrounding key genes established to participate in phosphonate tailoring pathways, which are identified alongside the presence of the ppm gene encoding the P-C …

The Influence Of Water Quality On Wetland-Associated Microbial Communities, Lindsey Clairmont

Theses and Dissertations (Comprehensive)

Within a wetland environment, bacteria in association with plant roots play a vital role in maintaining the health of freshwater ecosystems. In order to gain insight into the stability and processes occurring within natural and constructed wetland environments we need to develop a better understanding of the relationship between wetland plants, root-associated microbial communities and environmental factors. Human population growth and urbanization have resulted in greater contaminant loads (inorganic nutrients, fecal contamination etc.) entering our waterways. As such, we need a better understanding of how anthropogenic impacts influence the structure and function of the wetland-associated microbial communities that we rely …

Molecular And Evolutionary Analysis Of Cyanobacterial Taxonomic Methods, Chelsea Denise Villanueva

UNF Graduate Theses and Dissertations

Cyanobacteria are a group of photo-oxygenic bacteria found in nearly every ecosystem, but much cyanobacterial diversity, in various habitats, has yet to be explored. Cyanobacteria are often conspicuous components of photosynthetic flora, providing significant carbon and nitrogen inputs to surrounding systems. As possible primary colonizers of stone substrates not native to this region, cyanobacteria isolated from headstones may provide biogeographically informative data. An exploratory study of lichen-dominated microbial consortia, growing on headstones, was conducted to isolate and identify novel microaerophytic cyanobacteria, and resulted in the establishment of four novel cyanobacterial taxa. Phylogenetic analyses of photobionts in one tripartite lichen revealed …

Molecular Determinants Of Trim5Α Restriction And Recruitment Of Autophagic Effectors, Sabrina Imam

Dissertations

TRIM5α is an anti-viral restriction factor that inhibits the lifecycle of retroviruses. TRIM5α binds to and forms a hexameric lattice around the retroviral capsid, thereby initiating its antiviral activities, which include: (1) inhibition of viral infection; (2) inhibition of viral reverse transcription; (3) disassembly of the capsid; and (4), activation of innate signaling pathways. The formation of this assembly also activates the E3 ubiquitin ligase function of TRIM5α. Ubiquitin modification is associated with directing substrates to particular cellular pathways. We and others have shown that TRIM5α cytoplasmic bodies colocalize with proteins involved in the autophagy pathway, and we hypothesized that …

Uncovering The Mechanisms Underlying The Immunogenicity Of Adenovirus Vaccine Vectors, Natalie Nidetz

Dissertations

Vaccination is historically the most effective tool for preventing infectious disease but current vaccine strategies fail to generate robust immunity to major infectious diseases such as HIV and malaria. Therefore, newer vaccine approaches are needed. Vaccines generated from viral, adenovirus based, vectors (AdVs) have proven highly immunogenic in multiple disease models. However, the clinical use of many AdVs is limited by the presence of pre-existing antibodies in human populations, which prevent expression of antigenic genes during immunization with AdVs based on common adenovirus (Ad) serotypes, such as HAdV-5C. Immunization with rare serotype based AdVs, such as HAdV-28D, are not affected …

Nitric Oxide Inhibits Biofilm Formation By Vibrio Fischeri Via The Nitric Oxide Sensor Hnox, Cecilia Thompson

Dissertations

Nitric oxide (NO) is an important signal secreted by the squid, Euprymna scolopes, and is thought to limit symbiotic biofilm formation, the initial step in colonization by the bacterium, Vibrio fischeri. Previous work demonstrated that a mutant defective for NO-sensor HnoX (heme nitric oxide/oxygen binding) had a competitive advantage over wild-type V. fischeri, but the mechanism by which this occurred remains unknown. HnoX is encoded upstream of hahK, a recently identified positive regulator of biofilm formation. I thus hypothesized that HnoX inhibits colonization by controlling HahK-induced biofilm formation during the initiation of colonization.

I assessed the impact of an hnoX …

Immunobiology Of Adenovirus-Vector Vaccines For Mrsa, Emily Orvis

Master's Theses

Staphylococcus aureus is a gram-positive, extracellular bacterium that has emerged as an

important human pathogen. This bacterium is a leading cause of skin and soft tissue infections

(SSTIs) in humans, often leading to invasive and life-threatening infections. Treatment of S.

aureus infections is becoming more complicated due to the rise of methicillin-resistant S. aureus

(MRSA) strains, which are becoming increasingly resistant to a number of antibiotics. In the

United States, invasive MRSA infections result in more deaths annually than any other infectious

agent.

Despite a dire need, there is currently no vaccine against S. aureus infections. The failure

of past …

Surveying Host Innate Immune Responses To Interferon Antagonist-Deficient Murine Coronaviruses, Aaron Brian Volk

Master's Theses

Two coronaviruses (CoVs)—severe acute respiratory syndrome (SARS) virus and Middle East respiratory syndrome (MERS) virus—have emerged in the 21st century from animal reservoirs into the human population, each causing an epidemic associated with significant disease and mortality. CoV epidemics are currently only controllable by rigorous public health measures; no targeted therapeutics or vaccines exist to treat or prevent any human CoV infection. One method of generating attenuated CoV strains to be studied as vaccine candidates involves specifically disrupting CoV-encoded interferon (IFN) antagonists, thereby rendering the virus vulnerable to host innate antiviral immunity. Deubiquitinating (DUB) activity encoded within CoV nonstructural protein …

Characterizing Immune Response To Hiv-1 Infection In Bicd2-Knockout Cells, Omar Abdel-Rahim

Master's Theses

An important part of the HIV-1 infection cycle is the attachment of the intracellular viral core to the host microtubule network, facilitated by attachment of the viral capsid to cargo adaptor proteins. One such cargo adaptor is Bicaudal D Homolog Protein 2 (BICD2). BICD2 can attach to both the HIV-1 capsid and the dynein/dynactin complex and facilitate the trafficking of the viral core towards the host nucleus. Removal of BICD2 can disrupt this viral translocation, resulting in an elevated immune response that impairs productive HIV-1 infection. In my research, we investigated what viral particles are detected in the absence of …

Understanding The Dynamics Of Protein Lipoylation In Staphylococcus Aureus, Sarah C. Flury

Master's Theses

Staphylococcus aureus is a commensal bacterium that also acts as an opportunistic pathogen. The pathogenicity of S. aureus has often been attributed to the wide range of virulence factors that the bacterium produces. While virulence factors do contribute a great deal, there is a growing field of research that aims to investigate the role of metabolism in bacterial virulence.

My project focuses on the necessity of a metabolic cofactor, lipoic acid. To ensure sufficient amounts of lipoic acid are available for enzyme activity, S. aureus has evolved two pathways to obtain the important nutrient. The lipoic acid salvage pathway is …

Metabolic Engineering Of Synechococcus Elongatus Pcc 7942 For Mycosporine-2-Glycine Production Under Salt Stress Condition, Panwad Pingkhanont

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ไมโครสปอรีน-ไลก์ อะมิโน แอซิด (MAAs) เป็นกลุ่มของสารเมแทบอไลต์ทุติยภูมิ สังเคราะห์โดยจุลินทรีย์และสาหร่ายหลายชนิด สารกลุ่มนี้มีหน้าที่สำคัญในการคัดกรองรังสียูวี และยังมีหน้าที่อื่นๆ ได้แก่ การต้านอนุมูลอิสระ ปกป้องเซลล์จากภาวะเครียด และควบคุมการออสโมซิส โดยไมโครสปอรีน-2-ไกลซีน (M2G) เป็นหนึ่งในสารกลุ่ม MAAs ที่มีความสามารถในการต้านอนุมูลอิสระมากกว่าสารอื่นๆ ในกลุ่มเดียวกัน ดังนั้นจึงเป็นที่สนใจที่จะเพิ่มการผลิต M2G เพื่อนำไปประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมความงาม และเวชสำอาง ในการศึกษานี้ประสบความสำเร็จในการแสดงออกของยีนในชีวสังเคราะห์ M2G (Ap3858-3855) จาก Aphanothece halophytica ในไซยาโนแบคทีเรียน้ำจืด Synechococcus elongatus PCC 7942 จากการวิเคราะห์การถอดรหัสของยีน Ap3858-3855 พบว่า ยีนทั้ง 4 ยีนนี้เป็น monocistronic mRNA heterologous expression ของยีน Ap3858-3855 ใน S. elongatus พบว่าทุกยีนมีการแสดงออกมากขึ้นภาวะเครียดจากเกลือ NaCl ยีน Ap3857 แสดงออกเพิ่มมากที่สุด 2.39 ± 0.25 เท่า และภายใต้ภาวะเครียดจากเกลือ KCl ยีน Ap3856 แสดงออกเพิ่มมากที่สุด 3.70 ± 0.35 เท่า ระดับการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับภาวะเครียดออกซิเดชั่น (sodB, cat และ tpxA) ในเซลล์แสดงออก พบว่าภายใต้ภาวะเครียดจากเกลือ NaCl มีเพียงยีน tpxA แสดงออกมากขึ้น 4.58 ± 0.58 เท่า ขณะที่ภาวะเครียดจากเกลือ KCl กระตุ้นการแสดงออกของ sodB และ tpxA 4.09 ± 0.86 และ 11.81 ± 1.02 เท่า ตามลำดับ ส่วนการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับสารออสโมไลท์ ได้แก่ Synpcc7942_0808 และ …

Production Of Monoclonal Antibodies Against Interferon Gamma Of Asian Elephant Elephas Maximus For Tuberculosis Diagnosis In Elephants By Interferon Gamma Release Assay, Songkiat Songthammanuphap

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Tuberculosis is a zoonotic disease that can be transmitted from infected animals to humans. Wild animals such as elephants and non-human primate have been reported to be infected by M. tuberculosis (MTB) complex, which can cause tuberculosis in animals as well. The common TB diagnostic approaches in human such as chest X-ray and tuberculin skin test are not practical in the elephants. Moreover, the gold standard of the bacteria culture from trunk wash has low sensitivity, is time-consuming and can only detect tuberculosis in the active stage. Therefore, an accurate diagnosis covering all phases of the MTB infection is in …

การคัดแยกและลักษณะสมบัติของแบคทีเรียที่ผลิตเซลลูเลสจากดินบริเวณรากของมันสำปะหลัง, พิชญ์วสุ เอี่ยมยั่งยืน

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

มันสำปะหลังเป็นหนึ่งในพืชเศรษฐกิจที่นิยมเพาะปลูกในเกือบทุกภาคของประเทศไทย ปกติหลังการเก็บเกี่ยวผลผลิต ใบและลำต้นจะถูกทิ้งไว้เพื่อรอการไถกลบสำหรับเตรียมแปลงปลูกในครั้งถัดไป งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อคัดแยกและศึกษาสมบัติของแบคทีเรียที่สามารถย่อยสลายเซลลูโลสซึ่งเป็นส่วนประกอบหลักของพืช จากดินบริเวณที่ปลูกมันสำปะหลัง 5 สายพันธุ์ ได้แก่ เกษตรศาสตร์ 50, พิรุณ 1, พิรุณ 2, ห้วยบง 60 และ ห้านาที ณ ศูนย์วิจัยพืชไร่ จังหวัดระยอง โดยคัดแยกบนอาหารแข็งที่มีสับสเตรตต่างกัน 3 ชนิด ได้แก่ คาร์บอกซีเมทิลเซลลูโลส, Avicel และเซลลูไบโอส จากนั้นคัดเลือกแบคทีเรียที่มีความสามารถในการย่อยเซลลูโลส 2 ใน 3 หรือ 3 ใน 3 ชนิดของสับสเตรต มาวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ 16S rDNA และวิเคราะห์หาปริมาณน้ำตาลรีดิวซ์ คัดเลือกแบคทีเรีย 3 ไอโซเลทที่มีความสามารถในการย่อยสลายเซลลูโลสดีที่สุด ซึ่งได้แก่ Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus pumilus และ Paenibacillus kribbensis แล้วนำแบคทีเรียทั้ง 3 ไอโซเลทมาทดสอบหาภาวะที่เหมาะสม พบว่าที่อุณหภูมิ 37 องศาเซลเซียส และความเป็นกรดด่าง (pH) 7 แบคทีเรียสามารถย่อยสลายเซลลูโลสได้ดีที่สุดจากสับสเตรตทั้ง 3 ชนิด จากนั้นนำมาทดสอบในการย่อยกระดาษกรอง ขนาด 1.5*1.5 เซนติเมตร ภาพจากกล้องจุลทรรศน์แบบส่องกราดแสดงให้เห็นว่า สภาพเส้นใยของกระดาษกรองเปลี่ยนแปลงไปมากที่สุด เมื่อเลี้ยงรวมกับ Paenibacillus kribbensis ในขณะที่ชุดการทดลองการย่อยใบมันสำปะหลังโดยตรง และชุดการทดลองการย่อยใบมันสำปะหลังในดิน เห็นผลการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของใบมันสำปะหลังมากที่สุดเมื่อใช้แบคทีเรียผสมกันทั้ง 3 ไอโซเลท หลังจากนำดินจากชุดการทดลองการย่อยใบมันสำปะหลังในดินไปวิเคราะห์คุณสมบัติ โดยศึกษาพารามิเตอร์ ความเป็นกรดด่าง, ปริมาณอินทรียวัตถุ, ฟอสฟอรัส, โพแทสเซียม, แคลเซียม, แมกนีเซียม, ไนโตรเจน และ ปริมาณอินทรีย์คาร์บอนรวมในดิน พบว่าไม่มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในทุกการทดลอง เมื่อเปรียบเทียบกับชุดควบคุม อย่างไรก็ดีแบคทีเรียผสมจากการทดลองนี้ มีแนวโน้มที่สามารถนำไปประยุกต์ในสภาพแวดล้อมจริงได้ แต่ควรมีการยืนยันประสิทธิภาพที่เห็นผลชัดเจนมากกว่านี้ต่อไป.

การโคลนและการแสดงออกของแฟลกเจลลินจาก Bacillus Subtilis N3 ใน Escherichia Coli เพื่อการยับยั้งราก่อโรคในพืช Curvularia Lunata, จุฑากาญจน์ นามสง่า

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Curvularia lunata เป็นราสายใยที่พบทั่วไปในดินซึ่งก่อให้เกิดโรคในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด และส่งผลให้เกิดความเสียหายทางด้านเศรษฐกิจเป็นอย่างมาก เกษตรกรจึงจำเป็นต้องควบคุมและกำจัดรานี้ ซึ่งแนวทางที่น่าสนใจในการยับยั้งและกำจัดรา คือ การใช้วิธีการทางชีวภาพซึ่งไม่ก่อให้เกิดอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตและไม่ส่งผลเสียต่อสิ่งแวดล้อม งานวิจัยก่อนหน้าพบว่าสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพจาก Bacillus subtilis N3 สามารถยับยั้งการเจริญของ C. lunata ได้อย่างมีประสิทธิภาพ เมื่อวิเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพดังกล่าว พบว่าเป็นโปรตีนที่มีความคล้ายกับแฟลกเจลลิน เอ ซึ่งเป็นยูนิตโปรตีนที่เป็นส่วนประกอบของแฟลกเจลลาในแบคทีเรีย งานวิจัยนี้จึงมุ่งศึกษายีนที่ประมวลรหัสให้โปรตีนแฟลกเจลลินจาก B. subtilis N3 โดยให้แสดงออกใน Escherichia coli BL21 ผลการวิจัยพบว่ายีนแฟกเจลลินที่สมบูรณ์จาก B. subtilis N3 มีขนาด 990 คู่เบส ที่แปลรหัสให้โปรตีนที่มีกรดอะมิโน 330 เรซิดิว โดยมีความใกล้เคียงกับโปรตีนแฟลกเจลลิน เอ ของแบคทีเรียในกลุ่ม Bacillus สูงถึง 100% เมื่อถ่ายโอนรีคอมบิแนนท์พลาสมิดที่มียีนแฟลกเจลลินดังกล่าวเข้าสู่ E. coli BL21 แล้วชักนำให้เกิดการแสดงออกของโปรตีนด้วย IPTG พบว่าส่วนของเซลล์และส่วนของน้ำเลี้ยงเชื้อที่ปราศจากเซลล์มีการแสดงออกโปรตีนขนาด 37 kDa และ 37-40 kDa ตามลำดับ ภาวะที่เหมาะสมในการชักนำให้เกิดการแสดงออกของโปรตีน คือ IPTG ความเข้มข้นสุดท้าย 0.1 มิลลิโมลาร์ เป็นเวลา 8 ชั่วโมงในส่วนของเซลล์ และ 16 ชั่วโมงในส่วนของน้ำเลี้ยงเชื้อ เมื่อนำมาทดสอบประสิทธิภาพในการยับยั้ง C. lunata พบว่าน้ำเลี้ยงเชื้อปราศจากเซลล์สามารถยับยั้ง C. lunata ได้ 21.3 % เมื่อทำบริสุทธิ์โปรตีนพบว่าโปรตีนบริสุทธิ์มีขนาดประมาณ 41 kDa และมีความสามารถในการยับยั้ง C. lunata ได้ โดยทำให้เกิดความผิดปกติของสายใยและยับยั้งการงอกของสปอร์ เมื่อโคลนและแสดงออกโดเมน N และโดเมน C ของแฟลกเจลลินพบว่าไม่เกิดการแสดงออกโปรตีนใน E. coli BL 21 เมื่อใช้วิธีการกลายแบบสุ่มบนยีนแฟลกเจลลินด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสในภาวะที่มีความแม่นยําต่ำและเอื้อต่อความผิดพลาด พบว่าโคลนที่แสดงออกโปรตีนที่เกิดการกลายบริเวณโดเมน C โดยเกิดการเปลี่ยนแปลง A330T …

การผลิตน้ำมันโดย Pseudozyma Tsukubaensis จากแป้งมันสำปะหลัง, พุธิตา โชคเหรียญสุขชัย

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

คัดกรองได้ยีสต์น้ำมัน Pseudozyma tsukubaensis YWT 7-2 จากยีสต์ทั้งหมด 28 สายพันธุ์ที่แยกมาจากป่าชายเลน จังหวัดจันทบุรี ซึ่งสะสมน้ำมันภายในเซลล์ 31.36% (น้ำหนัก/น้ำหนัก) ของน้ำหนักเซลล์แห้ง งานวิจัยนี้เป็นการรายงานครั้งแรกว่ายีสต์ P. tsukubaensis เป็นยีสต์น้ำมัน P. tsukubaensis YWT 7-2 สามารถผลิตน้ำมันเมื่อเจริญในอาหารที่มีอัตราส่วนของคาร์บอนต่อไนโตรเจนสูง (high C/N medium) และในสารละลายกลูโคส แสดงว่าการผลิตน้ำมันของยีสต์ P. tsukubaensis YWT 7-2 ในบางครั้งอาจไม่มีความเกี่ยวข้องกับการเจริญ แต่ให้ผลผลิตน้ำมันใน high C/N medium มากกว่าในสารละลายกลูโคส P. tsukubaensis YWT 7-2 ผลิตน้ำมันและเพิ่มจำนวนในไฮโดรไลเสตแป้งมันสำปะหลังที่ปรับด่างเกินด้วยแคลเซียมไฮดรอกไซด์ (DCSH) ได้มากกว่าในไฮโดรไลเสตแป้งมันสำปะหลัง (CSH) ปริมาณน้ำมันที่ผลิตได้เท่ากับ 1.49 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 0.75 กรัม/ลิตร/วัน) เมื่อเติม 0.25% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟตลงใน DCSH พบว่าผลผลิตน้ำมันเพิ่มขึ้นเป็น 3.85 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 1.28 กรัม/ลิตร/วัน) พีเอชเริ่มต้นทีเหมาะสมที่สุดสำหรับการผลิตน้ำมันคือ 5.5 การเพิ่มจำนวนเซลล์ของ P. tsukubaensis YWT7-2 ใน DCSH ที่เติม 0.2% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟต และ 0.1% (น้ำหนัก/ปริมาตร) โพแทสเซียมไดไฮโดรเจนฟอสเฟต แทนการเพิ่มจำนวนเซลล์ใน CSH ที่เติม 0.2% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟต ทำให้ผลผลิตน้ำมันเพิ่มขึ้นเป็น 5.42 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 1.36 กรัม/ลิตร/วัน) น้ำมันที่ยีสต์ P. tsukubaensis YWT7-2 ผลิตเมื่อเจริญใน high C/N medium และใน DCSH …

การผลิตและลักษณะสมบัติของรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี Scfv-Fc ต่อ Notch1 และ Notch2 โดยใช้เซลล์ไลน์ Hek-293t, วรวรรณ บุญรัศมี

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วิถีสัญญาณ Notch ประกอบด้วย รีเซบเตอร์ 4 ชนิด (Notch 1-4) และลิแกนด์ 5 ชนิด (Delta-1, 3, 4 และ Jagged 1, 2) การเกิดอันตรกิริยาระหว่างลิแกนด์และรีเซบเตอร์ จะส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงบริเวณ NRR ทำให้เกิดการเผยตำแหน่งที่มีการตัดโดยเอนไซม์ซึ่งนำไปสู่การตัดโดยแกมมาซีครีเทส ดังนั้น NRR จึงเป็นตำแหน่งสำคัญเพื่อรักษาเสถียรภาพของ NRR ไว้เพื่อป้องกันการตัดของ Notch รีเซบเตอร์ วิถีสัญญาณ Notch ทำหน้าที่ควบคุมการเพิ่มจำนวน การเปลี่ยนสภาพ ตลอดจนถึงการตายของเซลล์หลายประเภท ความผิดปกติของสัญญาณ Notch ส่งผลให้เกิดการพัฒนาเป็นมะเร็งชนิดต่าง ๆ ได้ มีการใช้ยากดการทำงานของเอนไซม์แกมมาซีครีเทส (GSI) เพื่อการยับยั้งวิถีสัญญาณ Notch แต่มีรายงานว่า GSI ทำให้เกิดผลข้างเคียงที่ไม่พึงประสงค์ เนื่องจากมีซับสเตรทหลายชนิด รีคอมบิแนนท์แอนติบอดีในรูป scFv-Fc ซึ่งเป็นโปรตีนลูกผสมประกอบด้วย scFv และ Fc ของอิมมูโนโกลบูลินจีของมนุษย์ ได้ถูกนำมาประยุกต์ใช้ทางการรักษาบำบัดเนื่องจากมีคุณสมบัติที่ดีกว่ามอโนคลอนอลแอนติบอดีทั้งโมเลกุลหลายด้าน ในงานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ในการผลิตรีคอมบิแนนท์แอนติบอดีชนิด scFv-Fc ต่อบริเวณ NRR ของ Notch1 และ Notch2 โดยใช้เซลล์ไลน์ HEK-293T และศึกษาลักษณะสมบัติของรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี scFv-Fc โดยทดสอบการจับกับ Notch1 และ Notch2 และผลกระทบต่อวิถีสัญญาณ Notch ในเซลล์มะเร็งเม็ดเลือดขาว Jurkat จากผลการทดลองพบว่าสามารถผลิตรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี scFv-Fc ต่อ Notch1 และ 2 ได้ในเซลล์ไลน์ HEK-293T เมื่อทำการทรานส์เฟคชันพลาสมิดที่มีชิ้นยีนของ scFv-Fc เข้าสู่เซลล์ โดยนำโปรตีนที่ได้ในอาหารเลี้ยงเซลล์ ไปแยกบริสุทธิ์ด้วยคอลัมน์โครมาโทกราฟีสัมพรรคภาพ พบว่าบน SDS-PAGE ปรากฏโปรตีนเพียงแถบเดียว เมื่อผ่านการแยกบริสุทธิ์ด้วยสองขั้นตอนโดยใช้คอลัมน์ต่อ His-tag และ คอลัมน์โปรตีน A นำแอนติบอดีที่ได้ไปทดสอบรีคอมบิแนนท์แอนติบอดีต่อบริเวณ NRR โดย anti-Notch1 …