Microbiology Commons^™

Discovery Of New Antimicrobial Options And Evaluation Of Aminoglycoside Resistance Enzyme-Associated Resistance Epidemic, Selina Y. L. Holbrook

Theses and Dissertations--Pharmacy

The extensive and sometimes incorrect and noncompliant use of various types of antimicrobial agents has accelerated the development of antimicrobial resistance (AMR). In fact, AMR has become one of the greatest global threat to human health in this era. The broad-spectrum antibiotics aminoglycosides (AGs) display excellent potency against most Gram-negative bacteria, mycobacteria, and some Gram-positive bacteria, such as Staphylococcus aureus. The AG antibiotics amikacin, gentamicin, kanamycin, and tobramycin are still commonly prescribed in the U.S.A. for the treatment of serious infections. Unfortunately, bacteria evolve to acquire resistance to AGs via four different mechanisms: i) changing in membrane permeability to …

Pcb Disruption Of Gut And Host Health: Implications Of Prebiotic Nutritional Intervention, Jessie Baldwin Hoffman

Theses and Dissertations--Pharmacology and Nutritional Sciences

Exposure to environmental pollutants poses numerous risk factors for human health, including increasing incidence of cardiovascular disease and diabetes. Persistent organic pollutants, such as polychlorinated biphenyls (PCBs) have been strongly linked to the development of these chronic inflammatory diseases and the primary route of exposure is through consumption of contaminated food products. Thus, the gastrointestinal tract is susceptible to the greatest levels of these pollutants and is an important facet to study.

The first two hypotheses of this dissertation tested that exposure to PCBs disrupts gut microbiota directly (in vitro) and within a whole body system. PCB exposure …

Identifying Mechanisms Of Host Plant Specialization In Aphis Craccivora And Its Bacterial Symbionts, Thorsten Hansen

Theses and Dissertations--Entomology

Many insects form close relationships with microbial symbionts. Insect symbionts can provide novel phenotypes to their hosts, including influencing dietary breadth. In the polyphagous cowpea aphid, Aphis craccivora, the facultative symbiont Arsenophonus improves aphid performance on one host plant (locust), but decreases performance on other plants. The goal of my thesis was to investigate the mechanism by which Arsenophonus facilitates use of locust. First, I assembled an Aphis craccivora-Arsenophonus-Buchnera reference transcriptome to conduct RNAseq analysis, comparing gene expression in aphids feeding on locust and fava, with and without Arsenophonus infection. Overall, few transcripts were differentially …

Tracking A Tree-Killer: Improving Detection And Characterizing Species Distribution Of Phytophthora Cinnamomi In Appalachian Forests, Kenton L. Sena

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Phytophthora cinnamomi is a soil-borne oomycete pathogen causing root rot in susceptible host species. P. cinnamomi is thought to have originated in Southeast Asia, but has since been introduced to many regions around the world, where it causes dramatic declines in many forest tree species. In the eastern US, the primary susceptible tree species of concern are American chestnut (Castanea dentata), white oak (Quercus alba), and shortleaf pine (Pinus echinata). American chestnut, functionally eliminated in the early 1900s by the rapidly acting chestnut blight (Cryphonectria parasitica), has been the subject of decades-long …

Developmental Stage Influences Chromosome Segregation Patterns And Arrangement In The Extremely Polyploid, Giant Bacterium Epulopiscium Sp. Type B, Elizabeth Hutchison

Biology

Few studies have described chromosomal dynamics in bacterial cells with more than two complete chromosome copies or described changes with respect to development in polyploid cells. We examined the arrangement of chromosomal loci in the very large, highly polyploid, uncultivated intestinal symbiont Epulopiscium sp. type B using fluorescent in situ hybridization. We found that in new offspring, chromosome replication origins (oriCs) are arranged in a three-dimensional array throughout the cytoplasm. As development progresses, most oriCs become peripherally located. Siblings within a mother cell have similar numbers of oriCs. When chromosome orientation was assessed in situ by …

Microbial Diversity In The Thermal Springs Within Hot Springs National Park, E. Taylor Stone, Richard Murray, Matthew D. Moran

Journal of the Arkansas Academy of Science

The thermal water systems of Hot Springs National Park (HSNP) in Hot Springs, Arkansas exist in relative isolation from other North American thermal systems. The HSNP waters could therefore serve as a unique center of thermophilic microbial biodiversity. However, these springs remain largely unexplored using culture-independent next generation sequencing techniques to classify species of thermophilic organisms. Additionally, HSNP has been the focus of anthropogenic development, capping and diverting the springs for use in recreational bathhouse facilities. Human modification of these springs may have impacted the structure of these bacterial communities compared to springs left in a relative natural state. The …

Prospective Study Of The Feasibility Of Point-Of-Care Testing Strategy For Carbapenem-Resistant Organism Detection, Rahul Pannala, Bruce Baldwin, Vijay Aluru, Thomas E. Grys, Jordan Holmes, Laurence J. Miller, M. Edwyn Harrison, Cuong C. Nguyen, Fred C. Tenover, David Persing, Douglas O. Faigel

Biology Faculty Publications

Background/aims: In an investigator-initiated, prospective study, we evaluated the feasibility of a five-gene sequence point-of-care (POC) testing strategy (Xpert CARBA-R Assay, Cepheid Inc., Sunnyvale, CA, USA), compared to reference laboratory PCR (48 – 72 hours turnaround time, two gene sequences), in patients undergoing endoscopic retrograde cholangiopancreatography (ERCP) and in a hospital outbreak investigation.

Methods: After informed consent, patients undergoing ERCP (September 2015 – April 2016, n = 191) at Mayo Clinic and potential hospital contacts (n = 9) of an index carbapenem-resistant organism (CRO)-positive inpatient were included. Two rectal swabs, one each for reference and POC assays were obtained. The …

Range Expansion And The Origin Of Usa300 North American Epidemic Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus, Lavanya Challagundla, Isabella A. Tickler, Xavier Didelot, David C. Coleman, Anna C. Shore, Geoffrey W. Coombs, Daniel O. Sordelli, Eric L. Brown, Robert Skov, Anders Rhod Larsen, Jinnethe Reyes, Iraida E. Robledo, Guillermo J. Vazquez, Paul Rivera, Paul D. Fey, Kurt Stevenson, Shu-Hua Wang, Barry N. Kreiswirth, Jose R. Mediavilla, Cesar A. Arias, Paul J. Planet, Rathel L. Nolan, Fred C. Tenover, Richard V. Goering, D. Ashley Robinson

Biology Faculty Publications

The USA300 North American epidemic (USA300-NAE) clone of methicillin-resistant Staphylococcus aureus has caused a wave of severe skin and soft tissue infections in the United States since it emerged in the early 2000s, but its geographic origin is obscure. Here we use the population genomic signatures expected from the serial founder effects of a geographic range expansion to infer the origin of USA300-NAE and identify polymorphisms associated with its spread. Genome sequences from 357 isolates from 22 U.S. states and territories and seven other countries are compared. We observe two significant signatures of range expansion, including decreases in genetic diversity …

Draft Genome Sequence Of Streptomyces Sp. Strain Jv178, A Producer Of Clifednamide-Type Polycyclic Tetramate Macrolactams, Yunci Qi, John M. D’Alessandro, Joshua A.V Blodgett

Biology Faculty Research

Here, we report the draft genome sequence of Streptomyces sp. JV178, a strain originating from Connecticut (USA) garden soil. This strain produces the polycyclic tetramate macrolactam compounds clifednamides A and B. The draft genome contains 10.65 Mb, 9,045 predicted protein coding sequences, and several natural product biosynthetic loci.

Antibody Dependent Enhancement Of Visceral Leishmaniasis, Alan K. Mcnolty

All Master's Theses

Leishmaniasis is a parasitic disease caused by protozoans of the genus Leishmania. This vector-born disease, transmitted by biting phlebotomine sandflies, typically manifests in one of three ways. The cutaneous form of the disease is characterized by localized lesions of the skin and is by far the most common manifestation. The visceral form of the disease is caused by parasitic infiltration of internal organs, particularly the spleen, liver, and bone marrow. The mucocutaneous form is caused by parasitic infection of the mucosa in the nose or mouth. While cutaneous leishmaniasis (CL) is often self-healing, visceral leishmaniasis (VL) is fatal if …

Bioassessment Of A Drinking Water Reservoir Using Plankton: High Throughput Sequencing Vs. Traditional Morphological Method, Wanli Gao, Zhaojin Chen, Yuying Li, Yangdong Pan, Jingya Zhu, Shijun Guo, Lanqun Hu, Jin Huang

Environmental Science and Management Faculty Publications and Presentations

Drinking water safety is increasingly perceived as one of the top global environmental issues. Plankton has been commonly used as a bioindicator for water quality in lakes and reservoirs. Recently, DNA sequencing technology has been applied to bioassessment. In this study, we compared the effectiveness of the 16S and 18S rRNA high throughput sequencing method (HTS) and the traditional optical microscopy method (TOM) in the bioassessment of drinking water quality. Five stations reflecting different habitats and hydrological conditions in Danjiangkou Reservoir, one of the largest drinking water reservoirs in Asia, were sampled May 2016. Non-metric multi-dimensional scaling (NMDS) analysis showed …

Microbial Community Response To Light And Heavy Crude Oil In Freshwater Systems, Timothy M. Butler

Dissertations, Master's Theses and Master's Reports

With increased demand for oil, there is an increased risk for oil spills in many environments. A number of pipelines transport oil near or across freshwater systems including the Great Lakes. Microbes are capable of breaking down oil and have thus been proposed as tools for oil spill response through bioremediation. There is a need to understand the microbial response to diverse oil types in freshwater environments due to the lack of research into this topic. This study’s main objectives are to understand how the freshwater microbial communities respond to oil, and how the bacterial communities may respond to different …

The Role Of Neurokinin Receptors And Satellite Glial Cells In Herpes Simplex Virus 1 Latency, Andrew Jerome

Wayne State University Dissertations

The ability of herpes simplex virus 1 (HSV-1) to establish a lifelong infection in neurons of the trigeminal ganglion (TG) make it a constant public health threat. Viral reactivation from its latent state is currently the leading cause of viral induced blindness in the United State, as well as the leading cause of herpes simplex encephalitis. Unfortunately, how the virus is able to both establish and maintain its latent state in the TG is not well understood. The purpose of this work was to better understand how neuropeptide signaling through neurokinin receptors, as well as how satellite glial cells (SGCs) …

Hsv-1 Replication In Different Raw 264.7 And J774.1 Macrophage Phenotypes And Macrophage Viability Following Hsv-1 Infection, Yousef Nifaj Alanazi

Browse all Theses and Dissertations

HSV-1 is a ubiquitous virus capable of causing lifelong latent infection. The virus contains a large double strand DNA genome covered by an icosahedral capsid. HSV-1 is a cytolytic virus which can cause a lethal infection. The virus possesses critical protein ICP0 which is capable of interfering with host cell signaling and eventually prevent cell apoptosis. Innate immunity plays a crucial role in defense against HSV-1 infection and macrophage plays a significant role in the innate immune system. Macrophage cells can alter their behavior depending upon certain stimuli and tissue environments. Naive macrophage (M0) cells can be polarized to a …

The Impact Of Cytokines And Hsv-1 On Rab5 Protein Expression, F-Actin Cytoskeleton Rearrangement, And Cell Viability Of Uninfected And Virus-Infected M0, M1, And M2 Raw264.7 Murine Macrophages, Muhannad Falah Alruwaili

Browse all Theses and Dissertations

The endocytic pathway in all eukaryotic cells is necessary to maintain cellular functions, such as initiating transport of intracellular cargos and ingesting pathogens. The main regulator of this process is a member of small GTPase family, Rab5 protein. Rab5 protein plays a key role in the endocytic dynamic delivery of molecules, receptors, and pathogens from the cell membrane to cytoplasmic vesicles.as well as in the exocytic delivery of cellular products to the cell's exterior (Bonifacino & Glick, 2004). Many pathogens have exploited this protein to enter cells. Herpes Simplex Virus Type 1 (HSV-1) enters most cells by fusion or utilizes …

Metatranscriptome Of Human Faecal Microbial Communities In A Cohort Of Adult Men, Galeb S. Abu-Ali, Raaj S. Mehta, Jason Lloyd-Price, Himel Mallick, Tobyn Branck, Kerry L. Ivey, David A. Drew, Casey Dulong, Eric Rimm, Jacques Izard, Andrew T. Chan, Curtis Huttenhower

Department of Food Science and Technology: Faculty Publications

The gut microbiome is intimately related to human health, but it is not yet known which functional activities are driven by specific microorganisms' ecological configurations or transcription. We report a large-scale investigation of 372 human fecal metatranscriptomes and 929 metagenomes from a subset of 308 men in the Health Professionals Follow-Up Study. We identified a metatranscriptomic 'core' universally transcribed over time and across participants, often by different microorganisms. In contrast to the housekeeping functions enriched in this core, a 'variable' metatranscriptome included specialized pathways that were differentially expressed both across participants and among microorganisms. Finally, longitudinal metagenomic profiles allowed ecological …

Ultrastructure Of Meelsvirus: A Nuclear Virus Of Arrow Worms (Phylum Chaetognatha) Producing Giant "Tailed" Virions, George L. Shinn, Brianna L. Bullard

Nebraska Center for Virology: Faculty Publications

Most known giant viruses, i.e., viruses producing giant virions, parasitize amoebae and other unicellular eukaryotes. Although they vary in the level of dependence on host nuclear functions, their virions self-assemble in the host cell's cytoplasm. Here we report the discovery of a new prototype of giant virus infecting epidermal cells of the marine arrow worm Adhesisagitta hispida. Its 1.25 μm-long virions self-assemble and accumulate in the host cell's nucleus. Conventional transmission electron microscopy reveals that the virions have a unique bipartite structure. An ovoid nucleocapsid, situated in a broad "head" end of the virion is surrounded by a thin …

Synthesis, Secretion, And Perception Of Abscisic Acid Regulates Stress Responses In Chlorella Sorokiniana, Maya Khasin, Rebecca E. Cahoon, Sophie Alvarez, Richard Beckeris, Seong-Il Eyun, Qidong Jia, Jean-Jack Riethoven, Kenneth Nickerson, Wayne R. Riekhof

Kenneth Nickerson Papers

Abscisic acid (ABA) is a phytohormone that has been extensively characterized in higher plants for its roles in seed and bud dormancy, leaf abscission, and stress responses. Genomic studies have identified orthologs for ABA-related genes throughout the Viridiplantae, including in unicellular algae; however, the role of ABA in algal physiology has not been characterized, and the existence of such a role has been a matter of dispute. In this study, we demonstrate that ABA is involved in regulating algal stress responses. Chlorella sorokiniana strain UTEX 1230 contains genes orthologous to those of higher plants which are essential for ABA …

Acid Sphingomyelinase Is Essential For Vacuolar Development Of A. Phagocytophilum., Chelsea Cockburn

Theses and Dissertations

Obligate intracellular bacteria are significant causes of morbidity and mortality with over two hundred and fifty million infections worldwide annually. One such bacterium, Anaplasma phagocytophilum is the etiologic agent of human granulocytic anaplasmosis (HGA), a tick-transmitted febrile illness. Previous studies have shown that A. phagocytophilum lacks genes for cholesterol biosynthesis and solely relies on Niemann Pick protein type C (NPC)1-mediated low density lipoprotein (LDL)-derived cholesterol to complete its infection cycle.Acid sphingomyelinase (ASMase) is a lysosomal enzyme that is essential for diverse cellular processes including liberation of LDL-derived cholesterol from the lysosome. By first studying A. phagocytophilum, we found that …

Prospective Comparison Of Point-Of-Care Device And Standard Analyzer For Monitoring Of International Normalized Ratio In Outpatient Oral Anticoagulant Clinic, Bushra Moiz, Ahmed Raheem, Anila Rashid, Muhammad Hasan, Lena Jafri

Department of Pathology and Laboratory Medicine

Point-of-care testing (POCT) coagulometers are increasingly being used in the hospital setting and patients’ self-testing. We determined the agreement of prothrombin time international normalized ratio (INR) results by POCT coagulometer and laboratory instrument through a comparative analysis and investigated whether the results of POCT coagulometer can reliably be used without being confirmed by standard laboratory analyzer. A total of 200 INR measurements by POCT coagulometer (CoaguChek XS Pro) and laboratory analyzer (Sysmex CS2000i) were compared using Passing-Bablok regression analysis and Bland-Altman plot. Agreement of the INR measurement was further analyzed in relation to dosing decision. The correlation of INR measurements …

High Heterotrophic Counts In Potable Water And Antimicrobial Resistance Among Indicator Organisms In Two Peri-Urban Communities Of Karachi, Pakistan, Sadia Shakoor, Imran Ahmed, Saima Mukhtiar, Israr Ahmed, Farzeen Hirani, Shazia Sultana, Rumina Hasan

Department of Pathology and Laboratory Medicine

Objective: Fecal contamination of potable water leads to unsafe water supply. Although many urban areas of large metropolitan cities receive safe water, peri-urban areas are often not monitored by public health authorities and water supply and quality remain unknown. We assessed microbiological quality and rates of antimicrobial resistance in viable indicator bacteria in two peri-urban communities of Karachi, Pakistan. Water samples were collected over 5 months (October 2015 to February 2016) from these peri-urban communities and samples were processed for microbiological quality as per Standing Committee of Analysts, United Kingdom and World Health Organization guidelines and criteria for drinking water. …

Bacterial Inoculants, Endophytic Bacteria And Their Influence On Nicotiana Physiology, Development And Microbiome, Andrea Marisa Sanchez Barrios

Theses and Dissertations--Plant and Soil Sciences

Soil and root microbial communities have been studied for decades, and the incorporation of high-throughput techniques and analysis has allowed the identification of endophytic/non-culturable organisms. This has helped characterize and establish the core microbiome of many model plant species which include underground and aboveground organs. Unfortunately, the information obtained from some of these model plants is not always transferable to other agronomic species. In this project, we decided to study the microbiome of the Nicotiana genus because of its importance in plant physiological and plant-microbe interactions studies. The data obtained was used as baseline information that allowed us to better …

Gene Expression And Lipid Accumulation In Green Microalga Chlamydomonas Reinhardtii (137c) Under Salt Stress Condition, Thanapa Atikij

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Biodiesel is an important alternative energy that can reduce CO2 emission, the main cause of Global warming. Algal biomass has been considered to be the third generation biofuels. One of the important strategies that enhance lipid accumulation; precursor of biodiesel production, is stress cultivation. High salt concentration is one of a potential approach to enhance lipid accumulation in microalgae. Here, we investigated the impacts of salt on lipid accumulation in green microalga Chlamydomonas reinhardtii (137c). The results revealed that higher concentrations of NaCl, KCl, and LiCl led to increasing of saturated fatty acid contents for 1.8, 1.2, and 1.1 folds …

Investigation Of Antiviral Molecules Inhibiting Viral Infection, Sitthichai Kanokudom

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

No abstract provided.

Production Of Monoclonal Antibodies Against Interferon Gamma Of Asian Elephant Elephas Maximus For Tuberculosis Diagnosis In Elephants By Interferon Gamma Release Assay, Songkiat Songthammanuphap

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Tuberculosis is a zoonotic disease that can be transmitted from infected animals to humans. Wild animals such as elephants and non-human primate have been reported to be infected by M. tuberculosis (MTB) complex, which can cause tuberculosis in animals as well. The common TB diagnostic approaches in human such as chest X-ray and tuberculin skin test are not practical in the elephants. Moreover, the gold standard of the bacteria culture from trunk wash has low sensitivity, is time-consuming and can only detect tuberculosis in the active stage. Therefore, an accurate diagnosis covering all phases of the MTB infection is in …

การคัดแยกและลักษณะสมบัติของแบคทีเรียที่ผลิตเซลลูเลสจากดินบริเวณรากของมันสำปะหลัง, พิชญ์วสุ เอี่ยมยั่งยืน

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

มันสำปะหลังเป็นหนึ่งในพืชเศรษฐกิจที่นิยมเพาะปลูกในเกือบทุกภาคของประเทศไทย ปกติหลังการเก็บเกี่ยวผลผลิต ใบและลำต้นจะถูกทิ้งไว้เพื่อรอการไถกลบสำหรับเตรียมแปลงปลูกในครั้งถัดไป งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อคัดแยกและศึกษาสมบัติของแบคทีเรียที่สามารถย่อยสลายเซลลูโลสซึ่งเป็นส่วนประกอบหลักของพืช จากดินบริเวณที่ปลูกมันสำปะหลัง 5 สายพันธุ์ ได้แก่ เกษตรศาสตร์ 50, พิรุณ 1, พิรุณ 2, ห้วยบง 60 และ ห้านาที ณ ศูนย์วิจัยพืชไร่ จังหวัดระยอง โดยคัดแยกบนอาหารแข็งที่มีสับสเตรตต่างกัน 3 ชนิด ได้แก่ คาร์บอกซีเมทิลเซลลูโลส, Avicel และเซลลูไบโอส จากนั้นคัดเลือกแบคทีเรียที่มีความสามารถในการย่อยเซลลูโลส 2 ใน 3 หรือ 3 ใน 3 ชนิดของสับสเตรต มาวิเคราะห์ลำดับนิวคลีโอไทด์ 16S rDNA และวิเคราะห์หาปริมาณน้ำตาลรีดิวซ์ คัดเลือกแบคทีเรีย 3 ไอโซเลทที่มีความสามารถในการย่อยสลายเซลลูโลสดีที่สุด ซึ่งได้แก่ Bacillus amyloliquefaciens, Bacillus pumilus และ Paenibacillus kribbensis แล้วนำแบคทีเรียทั้ง 3 ไอโซเลทมาทดสอบหาภาวะที่เหมาะสม พบว่าที่อุณหภูมิ 37 องศาเซลเซียส และความเป็นกรดด่าง (pH) 7 แบคทีเรียสามารถย่อยสลายเซลลูโลสได้ดีที่สุดจากสับสเตรตทั้ง 3 ชนิด จากนั้นนำมาทดสอบในการย่อยกระดาษกรอง ขนาด 1.5*1.5 เซนติเมตร ภาพจากกล้องจุลทรรศน์แบบส่องกราดแสดงให้เห็นว่า สภาพเส้นใยของกระดาษกรองเปลี่ยนแปลงไปมากที่สุด เมื่อเลี้ยงรวมกับ Paenibacillus kribbensis ในขณะที่ชุดการทดลองการย่อยใบมันสำปะหลังโดยตรง และชุดการทดลองการย่อยใบมันสำปะหลังในดิน เห็นผลการเปลี่ยนแปลงโครงสร้างของใบมันสำปะหลังมากที่สุดเมื่อใช้แบคทีเรียผสมกันทั้ง 3 ไอโซเลท หลังจากนำดินจากชุดการทดลองการย่อยใบมันสำปะหลังในดินไปวิเคราะห์คุณสมบัติ โดยศึกษาพารามิเตอร์ ความเป็นกรดด่าง, ปริมาณอินทรียวัตถุ, ฟอสฟอรัส, โพแทสเซียม, แคลเซียม, แมกนีเซียม, ไนโตรเจน และ ปริมาณอินทรีย์คาร์บอนรวมในดิน พบว่าไม่มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญในทุกการทดลอง เมื่อเปรียบเทียบกับชุดควบคุม อย่างไรก็ดีแบคทีเรียผสมจากการทดลองนี้ มีแนวโน้มที่สามารถนำไปประยุกต์ในสภาพแวดล้อมจริงได้ แต่ควรมีการยืนยันประสิทธิภาพที่เห็นผลชัดเจนมากกว่านี้ต่อไป.

การโคลนและการแสดงออกของแฟลกเจลลินจาก Bacillus Subtilis N3 ใน Escherichia Coli เพื่อการยับยั้งราก่อโรคในพืช Curvularia Lunata, จุฑากาญจน์ นามสง่า

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Curvularia lunata เป็นราสายใยที่พบทั่วไปในดินซึ่งก่อให้เกิดโรคในพืชเศรษฐกิจหลายชนิด และส่งผลให้เกิดความเสียหายทางด้านเศรษฐกิจเป็นอย่างมาก เกษตรกรจึงจำเป็นต้องควบคุมและกำจัดรานี้ ซึ่งแนวทางที่น่าสนใจในการยับยั้งและกำจัดรา คือ การใช้วิธีการทางชีวภาพซึ่งไม่ก่อให้เกิดอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตและไม่ส่งผลเสียต่อสิ่งแวดล้อม งานวิจัยก่อนหน้าพบว่าสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพจาก Bacillus subtilis N3 สามารถยับยั้งการเจริญของ C. lunata ได้อย่างมีประสิทธิภาพ เมื่อวิเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพดังกล่าว พบว่าเป็นโปรตีนที่มีความคล้ายกับแฟลกเจลลิน เอ ซึ่งเป็นยูนิตโปรตีนที่เป็นส่วนประกอบของแฟลกเจลลาในแบคทีเรีย งานวิจัยนี้จึงมุ่งศึกษายีนที่ประมวลรหัสให้โปรตีนแฟลกเจลลินจาก B. subtilis N3 โดยให้แสดงออกใน Escherichia coli BL21 ผลการวิจัยพบว่ายีนแฟกเจลลินที่สมบูรณ์จาก B. subtilis N3 มีขนาด 990 คู่เบส ที่แปลรหัสให้โปรตีนที่มีกรดอะมิโน 330 เรซิดิว โดยมีความใกล้เคียงกับโปรตีนแฟลกเจลลิน เอ ของแบคทีเรียในกลุ่ม Bacillus สูงถึง 100% เมื่อถ่ายโอนรีคอมบิแนนท์พลาสมิดที่มียีนแฟลกเจลลินดังกล่าวเข้าสู่ E. coli BL21 แล้วชักนำให้เกิดการแสดงออกของโปรตีนด้วย IPTG พบว่าส่วนของเซลล์และส่วนของน้ำเลี้ยงเชื้อที่ปราศจากเซลล์มีการแสดงออกโปรตีนขนาด 37 kDa และ 37-40 kDa ตามลำดับ ภาวะที่เหมาะสมในการชักนำให้เกิดการแสดงออกของโปรตีน คือ IPTG ความเข้มข้นสุดท้าย 0.1 มิลลิโมลาร์ เป็นเวลา 8 ชั่วโมงในส่วนของเซลล์ และ 16 ชั่วโมงในส่วนของน้ำเลี้ยงเชื้อ เมื่อนำมาทดสอบประสิทธิภาพในการยับยั้ง C. lunata พบว่าน้ำเลี้ยงเชื้อปราศจากเซลล์สามารถยับยั้ง C. lunata ได้ 21.3 % เมื่อทำบริสุทธิ์โปรตีนพบว่าโปรตีนบริสุทธิ์มีขนาดประมาณ 41 kDa และมีความสามารถในการยับยั้ง C. lunata ได้ โดยทำให้เกิดความผิดปกติของสายใยและยับยั้งการงอกของสปอร์ เมื่อโคลนและแสดงออกโดเมน N และโดเมน C ของแฟลกเจลลินพบว่าไม่เกิดการแสดงออกโปรตีนใน E. coli BL 21 เมื่อใช้วิธีการกลายแบบสุ่มบนยีนแฟลกเจลลินด้วยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรสในภาวะที่มีความแม่นยําต่ำและเอื้อต่อความผิดพลาด พบว่าโคลนที่แสดงออกโปรตีนที่เกิดการกลายบริเวณโดเมน C โดยเกิดการเปลี่ยนแปลง A330T …

การผลิตน้ำมันโดย Pseudozyma Tsukubaensis จากแป้งมันสำปะหลัง, พุธิตา โชคเหรียญสุขชัย

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

คัดกรองได้ยีสต์น้ำมัน Pseudozyma tsukubaensis YWT 7-2 จากยีสต์ทั้งหมด 28 สายพันธุ์ที่แยกมาจากป่าชายเลน จังหวัดจันทบุรี ซึ่งสะสมน้ำมันภายในเซลล์ 31.36% (น้ำหนัก/น้ำหนัก) ของน้ำหนักเซลล์แห้ง งานวิจัยนี้เป็นการรายงานครั้งแรกว่ายีสต์ P. tsukubaensis เป็นยีสต์น้ำมัน P. tsukubaensis YWT 7-2 สามารถผลิตน้ำมันเมื่อเจริญในอาหารที่มีอัตราส่วนของคาร์บอนต่อไนโตรเจนสูง (high C/N medium) และในสารละลายกลูโคส แสดงว่าการผลิตน้ำมันของยีสต์ P. tsukubaensis YWT 7-2 ในบางครั้งอาจไม่มีความเกี่ยวข้องกับการเจริญ แต่ให้ผลผลิตน้ำมันใน high C/N medium มากกว่าในสารละลายกลูโคส P. tsukubaensis YWT 7-2 ผลิตน้ำมันและเพิ่มจำนวนในไฮโดรไลเสตแป้งมันสำปะหลังที่ปรับด่างเกินด้วยแคลเซียมไฮดรอกไซด์ (DCSH) ได้มากกว่าในไฮโดรไลเสตแป้งมันสำปะหลัง (CSH) ปริมาณน้ำมันที่ผลิตได้เท่ากับ 1.49 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 0.75 กรัม/ลิตร/วัน) เมื่อเติม 0.25% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟตลงใน DCSH พบว่าผลผลิตน้ำมันเพิ่มขึ้นเป็น 3.85 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 1.28 กรัม/ลิตร/วัน) พีเอชเริ่มต้นทีเหมาะสมที่สุดสำหรับการผลิตน้ำมันคือ 5.5 การเพิ่มจำนวนเซลล์ของ P. tsukubaensis YWT7-2 ใน DCSH ที่เติม 0.2% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟต และ 0.1% (น้ำหนัก/ปริมาตร) โพแทสเซียมไดไฮโดรเจนฟอสเฟต แทนการเพิ่มจำนวนเซลล์ใน CSH ที่เติม 0.2% (น้ำหนัก/ปริมาตร) แอมโมเนียมซัลเฟต ทำให้ผลผลิตน้ำมันเพิ่มขึ้นเป็น 5.42 กรัม/ลิตร (อัตราการผลิตน้ำมัน 1.36 กรัม/ลิตร/วัน) น้ำมันที่ยีสต์ P. tsukubaensis YWT7-2 ผลิตเมื่อเจริญใน high C/N medium และใน DCSH …

การผลิตและลักษณะสมบัติของรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี Scfv-Fc ต่อ Notch1 และ Notch2 โดยใช้เซลล์ไลน์ Hek-293t, วรวรรณ บุญรัศมี

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วิถีสัญญาณ Notch ประกอบด้วย รีเซบเตอร์ 4 ชนิด (Notch 1-4) และลิแกนด์ 5 ชนิด (Delta-1, 3, 4 และ Jagged 1, 2) การเกิดอันตรกิริยาระหว่างลิแกนด์และรีเซบเตอร์ จะส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงบริเวณ NRR ทำให้เกิดการเผยตำแหน่งที่มีการตัดโดยเอนไซม์ซึ่งนำไปสู่การตัดโดยแกมมาซีครีเทส ดังนั้น NRR จึงเป็นตำแหน่งสำคัญเพื่อรักษาเสถียรภาพของ NRR ไว้เพื่อป้องกันการตัดของ Notch รีเซบเตอร์ วิถีสัญญาณ Notch ทำหน้าที่ควบคุมการเพิ่มจำนวน การเปลี่ยนสภาพ ตลอดจนถึงการตายของเซลล์หลายประเภท ความผิดปกติของสัญญาณ Notch ส่งผลให้เกิดการพัฒนาเป็นมะเร็งชนิดต่าง ๆ ได้ มีการใช้ยากดการทำงานของเอนไซม์แกมมาซีครีเทส (GSI) เพื่อการยับยั้งวิถีสัญญาณ Notch แต่มีรายงานว่า GSI ทำให้เกิดผลข้างเคียงที่ไม่พึงประสงค์ เนื่องจากมีซับสเตรทหลายชนิด รีคอมบิแนนท์แอนติบอดีในรูป scFv-Fc ซึ่งเป็นโปรตีนลูกผสมประกอบด้วย scFv และ Fc ของอิมมูโนโกลบูลินจีของมนุษย์ ได้ถูกนำมาประยุกต์ใช้ทางการรักษาบำบัดเนื่องจากมีคุณสมบัติที่ดีกว่ามอโนคลอนอลแอนติบอดีทั้งโมเลกุลหลายด้าน ในงานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ในการผลิตรีคอมบิแนนท์แอนติบอดีชนิด scFv-Fc ต่อบริเวณ NRR ของ Notch1 และ Notch2 โดยใช้เซลล์ไลน์ HEK-293T และศึกษาลักษณะสมบัติของรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี scFv-Fc โดยทดสอบการจับกับ Notch1 และ Notch2 และผลกระทบต่อวิถีสัญญาณ Notch ในเซลล์มะเร็งเม็ดเลือดขาว Jurkat จากผลการทดลองพบว่าสามารถผลิตรีคอมบิแนนท์แอนติบอดี scFv-Fc ต่อ Notch1 และ 2 ได้ในเซลล์ไลน์ HEK-293T เมื่อทำการทรานส์เฟคชันพลาสมิดที่มีชิ้นยีนของ scFv-Fc เข้าสู่เซลล์ โดยนำโปรตีนที่ได้ในอาหารเลี้ยงเซลล์ ไปแยกบริสุทธิ์ด้วยคอลัมน์โครมาโทกราฟีสัมพรรคภาพ พบว่าบน SDS-PAGE ปรากฏโปรตีนเพียงแถบเดียว เมื่อผ่านการแยกบริสุทธิ์ด้วยสองขั้นตอนโดยใช้คอลัมน์ต่อ His-tag และ คอลัมน์โปรตีน A นำแอนติบอดีที่ได้ไปทดสอบรีคอมบิแนนท์แอนติบอดีต่อบริเวณ NRR โดย anti-Notch1 …

Resolution Of The Nutritional Requirements And Metabolic Profile Of Clostridium Scindens Atcc 35704, A Major Bile Acid-Dehydroxylating Anaerobe In The Human Gut, Rachana Shrestha

Masters Theses

Bile acids (cholate and chenodeoxycholate) are synthesized from cholesterol in the human liver, and secreted in small intestine for food digestion. However, a portion of these primary bile acids is converted in the colon to toxic secondary bile acids, deoxycholate and lithocholate. Secondary bile acid formation is the result of 7α-dehydroxylating anaerobes, and one of the key players in this conversion is Clostridium scindens. Interestingly, little is known about the basic physiology and nutrition of C. scindens. Therefore, the goal of this research was to understand the nutritional requirement, and determine the 7α-dehydroxylation activity and end products from …