Life Sciences Commons^™

Denitrification And Nitrogen Fixation Commonly Co-Occur But Rates Vary Throughout The Year And In Different Environments, Kevin Nevorski

Dissertations, Master's Theses and Master's Reports

Denitrification and nitrogen fixation are nitrogen cycling processes that can occur simultaneously in streams but are rarely studied together. The overarching goal of this dissertation was to quantify temporal and spatial variation of these processes in streams across the USA, characterize the environmental drivers of that variation, and determine the role that denitrification plays in the carbon cycle. To characterize temporal variation in these processes, a 2-year study in the Pilgrim River in Michigan’s Upper Peninsula found no difference in rates among seasons but high day-to-day variation in rates of both processes (maximum daily change 4,390 μg N/m²/hr …

The Effect Of Nutrition On Longevity And Fertility In Diverse Drosophila: A Tor-Mediated Process, Tessa E. Steenwinkel

Dissertations, Master's Theses and Master's Reports

Nutrition and growth are strongly linked, but not much is known about how nutrition leads to growth. To understand the connection between nutrition through diet, growth and/or proliferation, we need to study the phenotypes resulting from the activation and inhibition of central metabolic pathways. Here I use the model organism Drosophila melanogaster (D. mel.) and three non-model Drosophila species with different dietary needs, Drosophila guttifera (D. gut.), Drosophila deflecta (D. def.), and Drosophila tripunctata (D. tri.), to study the effects of dietary amino acid availability in these diverse flies on fecundity and …

Applications Of Machine Learning In Microbial Forensics, Ryan B. Ghannam

Dissertations, Master's Theses and Master's Reports

Microbial ecosystems are complex, with hundreds of members interacting with each other and the environment. The intricate and hidden behaviors underlying these interactions make research questions challenging – but can be better understood through machine learning. However, most machine learning that is used in microbiome work is a black box form of investigation, where accurate predictions can be made, but the inner logic behind what is driving prediction is hidden behind nontransparent layers of complexity.

Accordingly, the goal of this dissertation is to provide an interpretable and in-depth machine learning approach to investigate microbial biogeography and to use micro-organisms as …

Evaluating Long-Term Growth And Yield In Upper Great Lakes Region Northern Hardwoods Cutting Trials, Maeve Draper

Dissertations, Master's Theses and Master's Reports

Common partial cutting management methods in Lake States hardwoods include both selection management and diameter-limit cuttings. Single-tree selection in particular is a widely prescribed silvicultural system in northern hardwoods and has an established history of use throughout the entire range of the forest type. Using data from two historic silvicultural studies, long-term comparison of single-tree selection methods and other partial cutting practices in northern hardwoods reveals that single-tree selection to higher residual basal areas, as widely applied in Great Lakes northern hardwood forests, is inferior using financial and volume yield criteria. Alternatives that remove more of the larger trees appear …

Metagenomic Identification And Classification Of The Mercury-Methylating Gene Hgca In Response To Water Table And Plant Functional Group Manipulations In Peat Soil, Madeline Peterson

Dissertations, Master's Theses and Master's Reports

Methyl-mercury (MeHg) is a potent neurotoxin that threatens the health of humans and wildlife alike. Climate warming threatens to shift regional precipitation and climate regimes in peatland environments, which could destabilize northern peatlands and accelerate both Hg release from soil and MeHg production. Peatlands are among the leading hotspots for MeHg, yet little is known about the community composition or functional relationship of mercury-methylating microbes in response to varying environmental conditions. The recognized mercury-methylating genes responsible for this activity are the obligatory gene pair hgcA and hgcB. Metagenomic data from the full-factorial peatland mesocosm experiment PEATcosm was obtained to …

Construction And Analysis Of Genetic Regulatory Networks With Rna-Seq Data From Arabidopsis Thaliana, Tessa Kriz

Dissertations, Master's Theses and Master's Reports

Reconstruction of gene regulatory networks (GRNs) is a fundamental aspect of genetic engineering and provides a deeper understanding of the biological processes of an organism. Two methods were implemented to reconstruct the gene regulatory networks of Arabidopsis thaliana under two treatments: methyl jasmonate (MeJa) and salicylic acid (SA). The Joint Reconstruction of multiple Gene Regulatory Networks (JRmGRN) method was utilized to construct a joint network for identifying hub genes common to both conditions in addition to networks specific to each condition. The Differential Network Analysis with False Discover Rate Control method constructed a network of connections unique to only one …

In Silico And In Vitro Tudies For Identification Of Novel Egfr Tyrosine Kinase Inhibitors, Duangjai Todsaporn

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Epidermal growth factor receptor (EGFR) has been identified as a promising target in the treatment of non-small cell lung cancer (NSCLC). Mutations, including L858R/T790M double and L858R/T790M/C797S triple mutations, in the TK domain of EGFR have been linked to the severity of several cancers, especially NSCLC. A combination of comprehensive molecular modeling and in vitro kinase inhibition assay was used to unravel the mutational effects of EGFR on the susceptibility of five commercial drugs (erlotinib, gefitinib, afatinib, dacomitinib, and osimertinib) from each generation of EGFR in comparison with the wild-type EGFR. The binding affinity of five-FDA-approved drugs towards the L858R/T790M …

Arthropod Fauna Of Plains Pocket Gopher (Geomys Bursarius) Burrow Systems, Brett Lyle Gourley

Dissertations and Theses @ UNI

Pocket gophers are among the most asocial mammals, living a solitary existence except for mating and the rearing of offspring. They create expansive burrow systems underground while foraging for food and rarely surfacing above ground. As gophers burrow, excess soil is pushed to the surface or placed in older tunnels. This behavior creates a cave-like ecosystem where pocket gophers and associated arthropods live.

Few studies have been done on the arthropod fauna cohabitating with pocket gophers in these burrows. Most of these studies have focused on a family of arthropods over several sites. Many have focused on the southern United …

รอยสึกบนฟันกรามของสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในวงศ์ย่อย Caprinae จากสมัยไพลสโตซีนและปัจจุบันของประเทศไทย, จักรีทิพย์ อิศรางกูร ณ อยุธยา

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

สัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมในวงศ์ย่อย Caprinae สามชนิด ได้แก่ เลียงผาใต้ (Capricornis sumatraensis) กวางผาจีน (Naemorhedus griseus) และกวางผาหิมาลัย (Naemorhedus goral) ปรากฎหลักฐานการกระจายตัวในประเทศไทยสมัยไพลสโตซีน อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันกวางผาหิมาลัยได้สูญพันธุ์ไปจากประเทศไทยแล้ว เพื่อบ่งบอกนิเวศวิทยที่เปลี่ยนแปลงไปในอดีตจนถึงปัจจุบันของสัตว์กลุ่มนี้ รอยสึกบนฟันกรามจึงถูกนำมาใช้เพื่อการศึกษาอาหาร รููปแบบการกินอาหาร และนิเวศวิทยาบรรพกาลของสัตว์ในวงศ์ย่อย Caprinae ผู้วิจัยศึกษาตัวอย่างจาก 4 แหล่งขุดค้นซากดึกดำบรรพ์ในประเทศไทย ที่มีอายุระหว่างสมัยไพลสโตซีนตอนกลางถึงตอนปลาย ได้แก่ ถ้ำผาบ่อง, บ้านโคกสูง, ถ้ำวิมานนาคินทร์ และเพิงผาถ้ำลอด รวมไปถึงตัวอย่างปัจจุบันจากพิพิธภัณฑ์และเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าทั้งหมด 10 แห่ง โดยเก็บข้อมูลค่าดัชนีความสูงตัวฟัน (hypsodonty index: HI), รอยสึกระดับ mesowear I และ II, และรอยสึกระดับ microwear จากฟันกราม ผลการศึกษาพบว่า รอยสึกระดับ mesowear และค่า HI บ่งชี้ว่าเลียงผาและกวางผาทั้งในปัจจุบันและไพลสโตซีนกินใบไม้และหญ้า โดยเลียงผาใต้มีแนวโน้มการกินใบไม้มากกว่าชนิดอื่น ผลการศึกษารอยสึกระดับ microwear จากทั้งตัวอย่างปัจจุบันและไพลสโตซีนพบว่า เลียงผาใต้กินใบไม้อ่อนนุ่ม ขณะที่กวางผาจีนและกวางผาหิมาลัยกินใบไม้และหญ้าที่มีความแข็ง เมื่อพิจารณาผลการศึกษาที่ได้ร่วมกับค่าไอโซโทปเสถียรของธาตุคาร์บอนจากงานวิจัยก่อนหน้า อาจกล่าวได้ว่า เลียงผาใต้ในสมัยไพลสโตซีนกินใบไม้อ่อนนุ่มทั้งประเภท C3, C3/C4, และ C4 อยู่อาศัยได้ทั้งป่าทึบและทุ่งหญ้า กวางผาจีนในสมัยไพลสโตซีนกินใบไม้และหญ้าประเภท C4 ที่มีความแข็ง อาศัยในทุ่งหญ้าเปิด สำหรับกวางผาหิมาลัยในสมัยไพลสโตซีนกินใบไม้และหญ้าประเภท C4 หรือ C3/C4 และอาศัยในทุ่งหญ้าเปิด ผลการศึกษาสามารถสรุปแนวโน้มการเปลี่ยนแปลงนิเวศวิทยาของสายพันธุ์เลียงผาและกวางผาได้ว่า เลียงผาและกวางผาสมัยไพลสโตซีนอาศัยในทุ่งหญ้าเปิดมากกว่าประชากรในปัจจุบัน ซึ่งอาจเป็นผลจากการเปลี่ยนแปลงของสภาพแวดล้อมจากอดีตจนถึงปัจจุบัน และการรุกรานของมนุษย์ตั้งแต่สมัยไพลสโตซีนที่ส่งผลให้จำนวนประชากรลดลง

ความหลากหลายทางพันธุกรรมของยีนสร้างโปรตีน Pfs25 ของเชื้อมาลาเรีย Plasmodium Falciparum ในประเทศไทย, พรปวีณ์ สุขพงษ์ไทย

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Pfs25 เป็นโปรตีนที่พบได้บนเยื่อหุ้มเซลล์ของเชื้อมาลาเรีย Plasmodium falciparum ในระยะ sexual stage และเป็นหนึ่งในแอนติเจนของวัคซีนสำหรับป้องกันการติดต่อของโรคมาลาเรียชนิด transmission blocking vaccine (TBV) วัคซีนชนิดนี้สร้างจากแอนติเจน Pfs25 ของเชื้อมาลาเรีย P. falciparum สายพันธุ์ 3D7 และได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่องจนถึงขั้นตอนทดสอบทางคลินิก อย่างไรก็ดี การศึกษาความหลากหลายของยีน Pfs25 ในประชากร P. falciparum ในธรรมชาติทั้งในประเทศไทยและพื้นที่อื่น ๆ มีอยู่อย่างจำกัด ดังนั้น วิทยานิพนธ์เรื่องนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของยีน Pfs25 ของ P. falciparum ในประเทศไทยและพื้นที่อื่น ๆ ทั่วโลก ตัวอย่างประกอบด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของ Pfs25 ของ P. falciparum ในประเทศไทยจำนวน 83 ตัวอย่าง และข้อมูลจากฐานข้อมูล GenBank และ PlasmoDB จำนวน 224 ตัวอย่าง ซึ่งการศึกษานี้ได้รวบรวมและสร้างฐานข้อมูลนิวคลีโอไทด์ขึ้นเป็นครั้งแรก ทำการศึกษาความหลากหลายด้วยการวิเคราะห์ทาง พันธุศาสตร์ประชากร ผลการศึกษาพบว่า Pfs25 ในประชากรเชื้อมาลาเรีย P. falciparum ทั่วโลกมีจำนวน 11 haplotype ในจำนวนนี้ พบในประเทศไทยจำนวน 7 haplotype (H) โดย H2 เป็น haplotype ที่พบมากที่สุดในประชากรเชื้อมาลาเรียในทวีปเอเชีย ส่วน H1 พบมากที่สุดในประชากรในทวีปแอฟริกาและทวีปอเมริกากลางและอเมริกาใต้ การวิเคราะห์ด้วย Fst แสดงให้เห็นว่า การกระจายของ haplotype ทั้งหมดแตกต่างกันตามแต่ละทวีป แสดงว่า เชื้อมาลาเรีย P. falciparum แบ่งออกเป็น 3 ประชากรย่อย ๆ ตามพื้นที่ คือ ประชากรในทวีปเอเชีย ทวีปแอฟริกา และทวีปอเมริกากลางและอเมริกาใต้ นอกจากนี้ เมื่อวิเคราะห์ความสัมพันธ์ของ haplotype ด้วย …

Does Biochar Improve All Soil Ecosystem Services?, Humberto Blanco-Canqui

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Biochar is considered to sequester C and deliver other soil ecosystem services, but an overview that synthesizes the current knowledge of biochar implications on all essential soil ecosystem services is difficult to find in the ample biochar literature. Most previous research and review articles on this topic focused on a single ecosystem service and did not integrate all essential soil ecosystem services. This overview paper (1) synthesizes the impacts of biochar on water and wind erosion, C sequestration, soil water, nutrient leaching, soil fertility, crop yields, and other soil ecosystem services based on published literature and (2) highlights remaining research …

Intervention Of Climate-Smart Practices In Wheat Under Rice-Wheat Cropping System In Nepal, Janma Jaya Gairhe, Mandeep Adhikari, Deepak Ghimire, Arun Khatri-Chhetri, Dinesh Panday

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Besides a proper agronomic management followed by Nepalese farmers, wheat (Triticum aestivum L.) production has been severely affected by changing climate. There are many interventions, including climate-smart practices, to cope with this situation and possibly enhance crop and soil productivity. Field experiments were set up in a randomized complete block design with six treatments (TRT) with four replications in three locations (LOC) during wheat-growing seasons in Nepal from 2014 to 2016. Treatments included (i) Controlled Practice (CP), (ii) Improved Low (IL), (iii) Improved High (IH), (iv) Climate Smart Agriculture Low (CSAL), (v) Climate Smart Agriculture Medium (CSAM), and (vi) …

Effect Of Foliar Micronutrients (B, Mn, Fe, Zn) On Maize Grain Yield, Micronutrient Recovery, Uptake, And Partitioning, Zachary P. Stewart, Ellen T. Paparozzi, Charles S. Wortmann, Prakash Kumar Jha, Charles A. Shapiro

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Timing of micronutrient demand and acquisition by maize (Zea Mays L.) is nutrient spe‐ cific and associated with key vegetative and reproductive growth stages. The objective of this study was to determine the fate of foliar‐applied B, Fe, Mn, Zn, and Fe/Zn together, evaluate the effect of foliar micronutrients applied at multiple rates and growth stages on maize grain yield, and deter‐ mine their apparent nutrient recovery efficiency (ANR). Five Randomized Complete Block Design (RCBD) experiments were conducted in 2014 and 2015 at five locations across Nebraska. Total dry matter was collected at 5–6 stages, and separated into leaves, stalk, …

Genomic Resources In Plant Breeding For Sustainable Agriculture, Mahendar Thudi, Rajeev K. Varshney, James C. Schnable

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Climate change during the last 40 years has had a serious impact on agriculture and threatens global food and nutritional security. From over half a million plant species, cereals and legumes are the most important for food and nutritional security. Although systematic plant breeding has a relatively short history, con- ventional breeding coupled with advances in technology and crop management strategies has increased crop yields by 56 % globally between 1965− 85, referred to as the Green Revolution. Nevertheless, increased demand for food, feed, fiber, and fuel necessitates the need to break existing yield barriers in many crop plants. In …

Responses Of Soil Surface Greenhouse Gas Emissions To Nitrogen And Sulfur Fertilizer Rates To Brassica Carinata Grown As A Bio-Jet Fuel, Dwarika Bhattarai, Gandura O. Abagandura, Thandiwe Nleya, Sandeep Kumar

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Carinata (Brassica carinata A. Braun), a non-food oilseed crop and an alternative bio-jet fuel feedstock, has received attention for its potential as a low-input option for production in the semi-arid region of the Northern Great Plains of the United States. Research addressing the impacts of nitrogen (N) and sulfur (S) fertilizers on soils and greenhouse gas (GHG; CO2, N2O, and CH4) emissions from carinata production are limited. Thus, objective of this study was to evaluate the impact of different rates of N and S fertilizers applied to carinata on soil properties and GHG emissions. Field experiments were conducted in 2017 …

Soil Erosion Modelling: A Global Review And Statistical Analysis, Pasquale Borrelli, Panos Panagos, Dinesh Panday, 64 More Co-Authors

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

To gain a better understanding of the global application of soil erosion prediction models, we comprehensively reviewed relevant peer-reviewed research literature on soil-erosion modelling published between 1994 and 2017.We aimed to identify (i) the processes and models most frequently addressed in the literature, (ii) the regions within which models are primarily applied, (iii) the regions which remain unaddressed and why, and (iv) how frequently studies are conducted to validate/evaluate model outcomes relative to measured data. To perform this task, we combined the collective knowledge of 67 soil-erosion scientists from 25 countries. The resulting database, named ‘Global Applications of Soil Erosion …

Potential Amendments For Improving Productivity Of Low Carbon Semiarid Soil, Bijesh Maharjan, Dinesh Panday, Humberto Blanco-Canqui, Maysoon M. Mikha

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Applying soil amendments with high C content can potentially improve soil properties and increase crop yields. The objective of this 3-yr field study was to evaluate the effects of organic amendments on soil organic C (SOC), chemical properties, crop nutrient uptake, and crop yields in a low C sandy loam soil near Scottsbluff, NE. The field was planted to dry bean (Phaseolus vulgaris L.) in 2017, maize (Zea mays L.) in 2018, and sugar beet (Beta vulgaris L.) in 2019. Char at 22.3, 44.6, 66.9, 89.2, and 133.8 Mg ha^–1; biochar at 5.6 and 11.2 …

Representativeness Of Eddy-Covariance Flux Footprints For Areas Surrounding Ameriflux Sites, Housen Chu, Timothy Arkebauer, Dave P. Billesbach, Hideki Kobayashi, Thomas J. Kolbe, Gregory Starr, Andrew Suyker, 63 Other Coauthors

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Large datasets of greenhouse gas and energy surface-atmosphere fluxes measured with the eddy-covariance technique (e.g., FLUXNET2015, AmeriFlux BASE) are widely used to benchmark models and remote-sensing products. This study addresses one of the major challenges facing model-data integration: To what spatial extent do flux measurements taken at individual eddy-covariance sites reflect model- or satellite-based grid cells? We evaluate flux footprints—the temporally dynamic source areas that contribute to measured fluxes—and the representativeness of these footprints for target areas (e.g., within 250–3000 m radii around flux towers) that are often used in flux-data synthesis and modeling studies. We examine the land-cover composition …

Improving Publicly Available Corn Nitrogen Rate Recommendation Tools With Soil And Weather Measurements, Curtis J. Ransom, Newell R. Kitchen, John E. Sawyer, James J. Camberato, Paul R. Carter, Richard Ferguson, Fabián G. Fernández, David W. Franzen, Carrie A.M. Laboski, D. Brenton Myers, Emerson D. Nafziger, John F. Shanahan

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Improving corn (Zea mays L.) N fertilizer rate recommendation tools is necessary for improving farmers’ profits and minimizing N pollution. Research has repeatedly shown that weather and soil factors influence available N and crop N need. Adjusting available corn N recommendation tools with soil and weather measurements could improve farmers’ ability to manage N. The aim of this research was to improve publicly available N recommendation tools with site-specific soil and weather measurements. Information from49 site-years ofNresponse trials in theU.S. Midwest was used to evaluate 21 rate recommendation tools for a single (at-planting) and split (at-planting + sidedress) N …

Adaptation And Forage Productivity Of Cool-Season Grasses In The Central Usa, Kenneth P. Vogel, Robert B. Mitchell

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Cool-season grass species (18) and cultivars (85) were evaluated for use in seeded grasslands in the tallgrass prairie and shortgrass steppe ecoregions of the central United States at the test locations of Ithaca and Sidney, NE, respectively. Both native and introduced grasses were evaluated in sward trails. Significant differences existed among species and cultivars for all traits evaluated except for in vitro dry matter digestibility (IVDMD) among cultivars within species at Sidney. The grasses that had the best establishment, persistence, and forage yields in the Ithaca trial were introduced wheatgrass (Thinopyrum) and bromegrass (Bromus) species. At …

Guidelines For The Use And Interpretation Of Assays For Monitoring Autophagy (4th Edition), Daniel Klionsky, Rodrigo Franco, Guangchao Sun, Richard Wilson, More Than 2000 Coauthors

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

In 2008, we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, this topic has received increasing attention, and many scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Thus, it is important to formulate on a regular basis updated guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Despite numerous reviews, there continues to be confusion regarding acceptable methods to evaluate autophagy, especially in multicellular eukaryotes. Here, we present a set of guidelines for investigators to select and interpret methods to examine autophagy and related processes, and for reviewers to …

Collapse, Reorganization, And Regime Identity: Breaking Down Past Management Paradigms In A Forest-Grassland Ecotone, Victoria M. Donovan, Caleb P. Roberts, Carissa L. Wonkka, Daniel R. Uden, David G. Angeler, Craig R. Allen, David A. Wedin, Rhae A. Drijber, Dirac Twidwell

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

The identity of an ecological regime is central to modern resilience theory and our understanding of how systems collapse and reorganize following disturbance. However, resilience-based models used in ecosystem management have been criticized for their failure to integrate disturbance outcomes into regime identity. Assessments are needed to understand how well these classifications represent ecosystem responses that occur over management relevant time scales. We tracked post-wildfire forest and grassland dynamics 27 years after wildfire in eastern ponderosa pine savanna. We tested for differences between the assigned identity of a site (forest or grassland) versus classifications based on the site's disturbance history …

Seed-Shattering Phenology At Soybean Harvest Of Economically Important Weeds In Multiple Regions Of The United States. Part 1: Broadleaf Species, Lauren M. Schwartz-Lazaro, Lovreet S. Shergill, Jeffrey A. Evans, Muthukumar V. Bagavathiannan, Shawn C. Beam, Mandy D. Bish, Jason A. Bond, Kevin W. Bradley, William S. Curran, Adam S. Davis, Wesley J. Everman, Michael L. Flessner, Steven C. Haring, Nicholas R. Jordan, Nicholas E. Korres, John L. Lindquist, Jason K. Norsworthy, Tameka L. Sanders, Larry E. Steckel, Mark J. Vangessel, Blake Young, Steven B. Mirsky

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Potential effectiveness of harvest weed seed control (HWSC) systems depends upon seed shatter of the target weed species at crop maturity, enabling its collection and processing at crop harvest. However, seed retention likely is influenced by agroecological and environmental factors. In 2016 and 2017, we assessed seed-shatter phenology in 13 economically important broadleaf weed species in soybean [Glycine max (L.) Merr.] from crop physiological maturity to 4 wk after physiological maturity at multiple sites spread across 14 states in the southern, northern, and mid-Atlantic United States. Greater proportions of seeds were retained by weeds in southern latitudes and shatter rate …

Guiding Principles For Using Satellite-Derived Maps In Rangeland Management, Brady W. Allred, Megan K. Creutzburg, John C. Carlson, Christopher J. Cole, Colin M. Dovichin, Michael C. Duniway, Matthew O. Jones, Jeremy D. Maestas, David E. Naugle, Travis W. Naumen, Gregory S. Okin, Matthew C. Reeves, Matthew Rigge, Shannon L. Savage, Dirac Twidwell, Daniel R. Uden, Bo Zhou

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

No abstract provided.

Vision, Challenges And Opportunities For A Plant Cell Atlas, Plant Cell Atlas Consortium, Suryatapa Ghosh Jha, Marc Libault, David W. Ehrhardt, Seung Y. Rhee, 32 Other Scientists

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

With growing populations and pressing environmental problems, future economies will be increasingly plant-based. Now is the time to reimagine plant science as a critical component of fundamental science, agriculture, environmental stewardship, energy, technology and healthcare. This effort requires a conceptual and technological framework to identify and map all cell types, and to comprehensively annotate the localization and organization of molecules at cellular and tissue levels. This framework, called the Plant Cell Atlas (PCA), will be critical for understanding and engineering plant development, physiology and environmental responses. A workshop was convened to discuss the purpose and utility of such an initiative, …

Product Development Of Functional Lactose-Free Milk With Curcumin Extract, Kultheera Thanapirunthorn

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

The main problem which is found in elders is the reduction in body performance, resulting in risk of osteoporosis, atherosclerosis, cancer, and being malnourished. Therefore, elderly people should have adequate nutrients that are assisting in improving the performance of the body, especially from food and drink that containing protein and calcium. Milk is an important source of nutrients, moreover, it can be developed to functional food by adding natural bioactive compound such as curcumin. The objectives of this research were to develop functional lactose-free milk beverage with curcumin extract by encapsulation technique with konjac glucomannan (KGM) and whey protein isolate …

Effect Of Osgtl1 Promoter Editing On Stomatal Distribution Pattern And Photosynthesis In Rice Oryza Sativa L., Widya Fajariani

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

GT2-LIKE1 (GTL1) gene is a negative regulator of stomatal development. It regulates stomatal number in plants. The CRISPR/Cas9 system has been used to modify the OsGTL1 promoter. This research aims to screen Cas9-free rice with OsGTL1 promoter modification to investigate the modification effects on the stomatal distribution pattern and the photosynthesis process. Cas9 specific primers were designed for Cas9 screening in all tillers of 8 T3 rice lines. Among them, only a single T3 line was found to be Cas9-free in all tillers. The nucleotide sequences of OsGTL1 promoter in some Cas9-free plants revealed the modification in OsGTL1 promoter, which …

การระบุอัตลักษณ์ทางชีวโมเลกุลของน้ำนมโคอินทรีย์ด้วยเทคโนโลยีเมตาโบโลมิกส์, ธนิตาภรณ์ เผื่อนพงษ์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

จากกระแสความนิยมของกลุ่มผู้บริโภคที่ใส่ใจต่อสุขภาพและคำนึงสิ่งแวดล้อมในปัจจุบัน ส่งผลให้แนวโน้มการตลาดของผลิตภัณฑ์เกษตรและอาหารอินทรีย์มีการเติบโตอย่างต่อเนื่อง น้ำนมที่ได้จากฟาร์มโคนมอินทรีย์ซึ่งเน้นรูปแบบการเลี้ยงที่เป็นธรรมชาติ ปลอดจากการใช้สารเคมีและยาปฏิชีวนะ จัดเป็นหนึ่งกลุ่มสินค้าเกษตรที่มีมูลค่าสูง ส่งผลให้มีความต้องการพัฒนาวิธีการตรวจสอบคุณภาพ โดยเฉพาะการเปลี่ยนแปลงขององค์ประกอบทางเคมีในน้ำนมที่เป็นผลมาจากกระบวนการจัดการฟาร์มแบบอินทรีย์ เพื่อใช้ระบุอัตลักษณ์ของผลิตภัณฑ์กลุ่มดังกล่าว เมตาโบโลมิกส์ (metabolomics) นับเป็นเทคนิคทางเคมีวิเคราะห์สมัยใหม่ที่สามารถนำมาใช้เพื่อตรวจสอบอัตลักษณ์ทางชีวโมเลกุลของผลิตภัณฑ์อาหาร อย่างไรก็ตาม การนำเทคโนโลยีดังกล่าวมาประยุกต์ใช้ในการศึกษาข้อมูลแบบแผนทางชีวโมเลกุลของน้ำนมและผลิตภัณฑ์นมในประเทศไทยยังมีอยู่อย่างจำกัด ดังนั้นงานวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อ วิเคราะห์และเปรียบเทียบข้อมูลสารเมตาบอไลต์ชนิดระเหยยากและข้อมูลกรดไขมันของน้ำนมดิบที่ได้จากฟาร์มโคนมอินทรีย์และฟาร์มโคนมทั่วไปโดยใช้เทคนิค 1H-NMR และ GC-MS ร่วมกับการวิเคราะห์ทางสถิติพหุตัวแปร พร้อมทั้งติดตามอิทธิพลของฤดูกาลต่อการเปลี่ยนแปลงข้อมูลดังกล่าวในน้ำนมดิบ ผลการวิจัยพบว่าสามารถระบุชนิดของสารเมตาบอไลต์ชนิดระเหยยากและกรดไขมันในน้ำนมดิบได้ทั้งหมด 35 และ 32 ชนิดตามลำดับ ผลการวิเคราะห์ทางสถิติพหุตัวแปรแสดงให้เห็นว่า สามารถแยกความแตกต่างของข้อมูลสารเมตาบอไลต์ชนิดระเหยยากและข้อมูลกรดไขมันของกลุ่มตัวอย่างน้ำนมดิบที่ได้จากฟาร์มโคนมอินทรีย์ออกจากฟาร์มโคนมทั่วไปได้ โดยสามารถใช้ปริมาณสัมพัทธ์ของสารเมตาบอไลต์ carnitine, N-acetylglucosamine, lactate, glycerophosphocholine, 1,3 dihydroxyacetone,1,6-anhydro-β-D-glucose และกรดไขมันชนิด stearic acid และ linolenic acid เป็นตัวบ่งชี้ทางชีวภาพเพื่อระบุอัตลักษณ์ทางชีวโมเลกุลของน้ำนมโคอินทรีย์ได้ นอกจากนี้อิทธิพลของความแตกต่างระหว่างฤดูแล้งและฤดูฝนยังส่งผลต่อความผันแปรของปริมาณสารเมตาบอไลต์ acetoacetate, glucose, histidine, choline และกรดไขมันชนิด lauric acid, myristic acid, palmitic acid, margaric acid, saturated fatty acid (SFA), monounsaturated fatty acid (MUFA), polyunsaturated fatty acid (PUFA), elaidic acid, linolelaidic acid, conjugated linoleic acid (CLA) และ behenic acid ผลการวิจัยดังกล่าวแสดงให้เห็นถึงการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีเมตาโบโลมิกส์ในการวิเคราะห์อัตลักษณ์ทางชีวโมเลกุลของน้ำนมโคอินทรีย์ รวมทั้งอิทธิพลของฤดูกาลต่อความผันแปรของข้อมูลดังกล่าวได้อย่างมีประสิทธิภาพ

Assessment Of Physicochemical Properties, Nutritional Values, And Sensory Acceptability Of Pigeon Pea Flour Substitution In Chapati Flat Bread, Sirin Sachanarula

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

In recent years, an interest in plant–based protein increased dramatically. Pigeon pea (Cajanus cajan) is recognized as a good source of plant protein. The current study was aimed to develop pigeon pea flour (PPF) and whole wheat flour (WWF) blends, which were then used to make chapatis. The substitution levels of PPF for WWF ranged from 10%–40% w/w. The physical properties and nutritional values of the flour blends and the chapatis were investigated. The chapatis were also evaluated for sensory acceptability. Proximate analysis of the flours revealed protein content in PPF (26.10%) two times higher than that in WWF (13.52%). …

การศึกษาการแสดงออกของ Efflux Pump ในเชื้อ Acinetobacter Baumannii ที่ถูกเหนี่ยวนำให้ดื้อยา Amikacin, ณัฐนิชา บัวงามดี

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อแบคทีเรียแกรมลบ Acinetobacter baumannii เป็นเชื้อฉวยโอกาส ที่ก่อให้เกิดการติดเชื้อในโรงพยาบาล และมีการดื้อต่อยาปฏิชีวนะหลายชนิด จากหลายกลไกการดื้อยา รวมถึงการใช้ efflux pump ขับยาออกนอกเซลล์ การศึกษาครั้งนี้ผู้วิจัยได้ทดสอบหาค่าความเข้มข้นต่ำสุดที่ยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อ (MIC) ต่อยา amikacin ในเชื้อ A. baumannii ทั้งหมด 8 ตัวอย่าง ที่ได้จากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วย และเชื้อสายพันธุ์มาตรฐาน ATCC 19606 พบว่าเชื้อ A. baumannii 7 ตัวอย่างมีค่า MIC อยู่ในช่วง 0.25 – 4 µg/mL (ไวต่อยา) และเชื้ออีก 2 ตัวอย่างมีค่า MIC เท่ากับ 64 และมากกว่า 256 µg/mL (ดื้อต่อยา) เมื่อเหนี่ยวนำเชื้อด้วยยา amikacin โดยเพาะเลี้ยงเชื้อในสภาวะที่มียา amikacin ความเข้มข้นเพิ่มขึ้นเป็นสองเท่า ทุก 48 ชั่วโมง ติดต่อกันเป็นเวลาหลายวัน พบว่าเชื้อ A. baumannii หลังเหนี่ยวนำด้วยยา amikacin ทั้ง 8 ตัวอย่าง มีค่า MIC เพิ่มขึ้นอยู่ในช่วง 32 ถึงมากกว่า 256 µg/mL ผลการศึกษาการใช้สารยับยั้ง efflux pump ได้แก่ สาร carbonylcyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP) พบว่าเชื้อ A. baumannii หลังเหนี่ยวนำด้วยยา amikacin ทั้ง 8 ตัวอย่าง มีค่า MIC ต่อยา amikacin เมื่อมีสาร CCCP ลดลงมากกว่าหรือเท่ากับ 4 เท่าของค่า MIC ต่อยา amikacin ที่ไม่มีสาร …