Life Sciences Commons^™

Genomic Resources In Plant Breeding For Sustainable Agriculture, Mahendar Thudi, Rajeev K. Varshney, James C. Schnable

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Climate change during the last 40 years has had a serious impact on agriculture and threatens global food and nutritional security. From over half a million plant species, cereals and legumes are the most important for food and nutritional security. Although systematic plant breeding has a relatively short history, con- ventional breeding coupled with advances in technology and crop management strategies has increased crop yields by 56 % globally between 1965− 85, referred to as the Green Revolution. Nevertheless, increased demand for food, feed, fiber, and fuel necessitates the need to break existing yield barriers in many crop plants. In …

Responses Of Soil Surface Greenhouse Gas Emissions To Nitrogen And Sulfur Fertilizer Rates To Brassica Carinata Grown As A Bio-Jet Fuel, Dwarika Bhattarai, Gandura O. Abagandura, Thandiwe Nleya, Sandeep Kumar

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Carinata (Brassica carinata A. Braun), a non-food oilseed crop and an alternative bio-jet fuel feedstock, has received attention for its potential as a low-input option for production in the semi-arid region of the Northern Great Plains of the United States. Research addressing the impacts of nitrogen (N) and sulfur (S) fertilizers on soils and greenhouse gas (GHG; CO2, N2O, and CH4) emissions from carinata production are limited. Thus, objective of this study was to evaluate the impact of different rates of N and S fertilizers applied to carinata on soil properties and GHG emissions. Field experiments were conducted in 2017 …

Soil Erosion Modelling: A Global Review And Statistical Analysis, Pasquale Borrelli, Panos Panagos, Dinesh Panday, 64 More Co-Authors

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

To gain a better understanding of the global application of soil erosion prediction models, we comprehensively reviewed relevant peer-reviewed research literature on soil-erosion modelling published between 1994 and 2017.We aimed to identify (i) the processes and models most frequently addressed in the literature, (ii) the regions within which models are primarily applied, (iii) the regions which remain unaddressed and why, and (iv) how frequently studies are conducted to validate/evaluate model outcomes relative to measured data. To perform this task, we combined the collective knowledge of 67 soil-erosion scientists from 25 countries. The resulting database, named ‘Global Applications of Soil Erosion …

Potential Amendments For Improving Productivity Of Low Carbon Semiarid Soil, Bijesh Maharjan, Dinesh Panday, Humberto Blanco-Canqui, Maysoon M. Mikha

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Applying soil amendments with high C content can potentially improve soil properties and increase crop yields. The objective of this 3-yr field study was to evaluate the effects of organic amendments on soil organic C (SOC), chemical properties, crop nutrient uptake, and crop yields in a low C sandy loam soil near Scottsbluff, NE. The field was planted to dry bean (Phaseolus vulgaris L.) in 2017, maize (Zea mays L.) in 2018, and sugar beet (Beta vulgaris L.) in 2019. Char at 22.3, 44.6, 66.9, 89.2, and 133.8 Mg ha^–1; biochar at 5.6 and 11.2 …

Representativeness Of Eddy-Covariance Flux Footprints For Areas Surrounding Ameriflux Sites, Housen Chu, Timothy Arkebauer, Dave P. Billesbach, Hideki Kobayashi, Thomas J. Kolbe, Gregory Starr, Andrew Suyker, 63 Other Coauthors

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Large datasets of greenhouse gas and energy surface-atmosphere fluxes measured with the eddy-covariance technique (e.g., FLUXNET2015, AmeriFlux BASE) are widely used to benchmark models and remote-sensing products. This study addresses one of the major challenges facing model-data integration: To what spatial extent do flux measurements taken at individual eddy-covariance sites reflect model- or satellite-based grid cells? We evaluate flux footprints—the temporally dynamic source areas that contribute to measured fluxes—and the representativeness of these footprints for target areas (e.g., within 250–3000 m radii around flux towers) that are often used in flux-data synthesis and modeling studies. We examine the land-cover composition …

Improving Publicly Available Corn Nitrogen Rate Recommendation Tools With Soil And Weather Measurements, Curtis J. Ransom, Newell R. Kitchen, John E. Sawyer, James J. Camberato, Paul R. Carter, Richard Ferguson, Fabián G. Fernández, David W. Franzen, Carrie A.M. Laboski, D. Brenton Myers, Emerson D. Nafziger, John F. Shanahan

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Improving corn (Zea mays L.) N fertilizer rate recommendation tools is necessary for improving farmers’ profits and minimizing N pollution. Research has repeatedly shown that weather and soil factors influence available N and crop N need. Adjusting available corn N recommendation tools with soil and weather measurements could improve farmers’ ability to manage N. The aim of this research was to improve publicly available N recommendation tools with site-specific soil and weather measurements. Information from49 site-years ofNresponse trials in theU.S. Midwest was used to evaluate 21 rate recommendation tools for a single (at-planting) and split (at-planting + sidedress) N …

Adaptation And Forage Productivity Of Cool-Season Grasses In The Central Usa, Kenneth P. Vogel, Robert B. Mitchell

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Cool-season grass species (18) and cultivars (85) were evaluated for use in seeded grasslands in the tallgrass prairie and shortgrass steppe ecoregions of the central United States at the test locations of Ithaca and Sidney, NE, respectively. Both native and introduced grasses were evaluated in sward trails. Significant differences existed among species and cultivars for all traits evaluated except for in vitro dry matter digestibility (IVDMD) among cultivars within species at Sidney. The grasses that had the best establishment, persistence, and forage yields in the Ithaca trial were introduced wheatgrass (Thinopyrum) and bromegrass (Bromus) species. At …

Guidelines For The Use And Interpretation Of Assays For Monitoring Autophagy (4th Edition), Daniel Klionsky, Rodrigo Franco, Guangchao Sun, Richard Wilson, More Than 2000 Coauthors

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

In 2008, we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, this topic has received increasing attention, and many scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Thus, it is important to formulate on a regular basis updated guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Despite numerous reviews, there continues to be confusion regarding acceptable methods to evaluate autophagy, especially in multicellular eukaryotes. Here, we present a set of guidelines for investigators to select and interpret methods to examine autophagy and related processes, and for reviewers to …

Collapse, Reorganization, And Regime Identity: Breaking Down Past Management Paradigms In A Forest-Grassland Ecotone, Victoria M. Donovan, Caleb P. Roberts, Carissa L. Wonkka, Daniel R. Uden, David G. Angeler, Craig R. Allen, David A. Wedin, Rhae A. Drijber, Dirac Twidwell

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

The identity of an ecological regime is central to modern resilience theory and our understanding of how systems collapse and reorganize following disturbance. However, resilience-based models used in ecosystem management have been criticized for their failure to integrate disturbance outcomes into regime identity. Assessments are needed to understand how well these classifications represent ecosystem responses that occur over management relevant time scales. We tracked post-wildfire forest and grassland dynamics 27 years after wildfire in eastern ponderosa pine savanna. We tested for differences between the assigned identity of a site (forest or grassland) versus classifications based on the site's disturbance history …

Seed-Shattering Phenology At Soybean Harvest Of Economically Important Weeds In Multiple Regions Of The United States. Part 1: Broadleaf Species, Lauren M. Schwartz-Lazaro, Lovreet S. Shergill, Jeffrey A. Evans, Muthukumar V. Bagavathiannan, Shawn C. Beam, Mandy D. Bish, Jason A. Bond, Kevin W. Bradley, William S. Curran, Adam S. Davis, Wesley J. Everman, Michael L. Flessner, Steven C. Haring, Nicholas R. Jordan, Nicholas E. Korres, John L. Lindquist, Jason K. Norsworthy, Tameka L. Sanders, Larry E. Steckel, Mark J. Vangessel, Blake Young, Steven B. Mirsky

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

Potential effectiveness of harvest weed seed control (HWSC) systems depends upon seed shatter of the target weed species at crop maturity, enabling its collection and processing at crop harvest. However, seed retention likely is influenced by agroecological and environmental factors. In 2016 and 2017, we assessed seed-shatter phenology in 13 economically important broadleaf weed species in soybean [Glycine max (L.) Merr.] from crop physiological maturity to 4 wk after physiological maturity at multiple sites spread across 14 states in the southern, northern, and mid-Atlantic United States. Greater proportions of seeds were retained by weeds in southern latitudes and shatter rate …

Guiding Principles For Using Satellite-Derived Maps In Rangeland Management, Brady W. Allred, Megan K. Creutzburg, John C. Carlson, Christopher J. Cole, Colin M. Dovichin, Michael C. Duniway, Matthew O. Jones, Jeremy D. Maestas, David E. Naugle, Travis W. Naumen, Gregory S. Okin, Matthew C. Reeves, Matthew Rigge, Shannon L. Savage, Dirac Twidwell, Daniel R. Uden, Bo Zhou

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

No abstract provided.

Vision, Challenges And Opportunities For A Plant Cell Atlas, Plant Cell Atlas Consortium, Suryatapa Ghosh Jha, Marc Libault, David W. Ehrhardt, Seung Y. Rhee, 32 Other Scientists

Department of Agronomy and Horticulture: Faculty Publications

With growing populations and pressing environmental problems, future economies will be increasingly plant-based. Now is the time to reimagine plant science as a critical component of fundamental science, agriculture, environmental stewardship, energy, technology and healthcare. This effort requires a conceptual and technological framework to identify and map all cell types, and to comprehensively annotate the localization and organization of molecules at cellular and tissue levels. This framework, called the Plant Cell Atlas (PCA), will be critical for understanding and engineering plant development, physiology and environmental responses. A workshop was convened to discuss the purpose and utility of such an initiative, …

Product Development Of Functional Lactose-Free Milk With Curcumin Extract, Kultheera Thanapirunthorn

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

The main problem which is found in elders is the reduction in body performance, resulting in risk of osteoporosis, atherosclerosis, cancer, and being malnourished. Therefore, elderly people should have adequate nutrients that are assisting in improving the performance of the body, especially from food and drink that containing protein and calcium. Milk is an important source of nutrients, moreover, it can be developed to functional food by adding natural bioactive compound such as curcumin. The objectives of this research were to develop functional lactose-free milk beverage with curcumin extract by encapsulation technique with konjac glucomannan (KGM) and whey protein isolate …

Effect Of Osgtl1 Promoter Editing On Stomatal Distribution Pattern And Photosynthesis In Rice Oryza Sativa L., Widya Fajariani

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

GT2-LIKE1 (GTL1) gene is a negative regulator of stomatal development. It regulates stomatal number in plants. The CRISPR/Cas9 system has been used to modify the OsGTL1 promoter. This research aims to screen Cas9-free rice with OsGTL1 promoter modification to investigate the modification effects on the stomatal distribution pattern and the photosynthesis process. Cas9 specific primers were designed for Cas9 screening in all tillers of 8 T3 rice lines. Among them, only a single T3 line was found to be Cas9-free in all tillers. The nucleotide sequences of OsGTL1 promoter in some Cas9-free plants revealed the modification in OsGTL1 promoter, which …

การระบุอัตลักษณ์ทางชีวโมเลกุลของน้ำนมโคอินทรีย์ด้วยเทคโนโลยีเมตาโบโลมิกส์, ธนิตาภรณ์ เผื่อนพงษ์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

จากกระแสความนิยมของกลุ่มผู้บริโภคที่ใส่ใจต่อสุขภาพและคำนึงสิ่งแวดล้อมในปัจจุบัน ส่งผลให้แนวโน้มการตลาดของผลิตภัณฑ์เกษตรและอาหารอินทรีย์มีการเติบโตอย่างต่อเนื่อง น้ำนมที่ได้จากฟาร์มโคนมอินทรีย์ซึ่งเน้นรูปแบบการเลี้ยงที่เป็นธรรมชาติ ปลอดจากการใช้สารเคมีและยาปฏิชีวนะ จัดเป็นหนึ่งกลุ่มสินค้าเกษตรที่มีมูลค่าสูง ส่งผลให้มีความต้องการพัฒนาวิธีการตรวจสอบคุณภาพ โดยเฉพาะการเปลี่ยนแปลงขององค์ประกอบทางเคมีในน้ำนมที่เป็นผลมาจากกระบวนการจัดการฟาร์มแบบอินทรีย์ เพื่อใช้ระบุอัตลักษณ์ของผลิตภัณฑ์กลุ่มดังกล่าว เมตาโบโลมิกส์ (metabolomics) นับเป็นเทคนิคทางเคมีวิเคราะห์สมัยใหม่ที่สามารถนำมาใช้เพื่อตรวจสอบอัตลักษณ์ทางชีวโมเลกุลของผลิตภัณฑ์อาหาร อย่างไรก็ตาม การนำเทคโนโลยีดังกล่าวมาประยุกต์ใช้ในการศึกษาข้อมูลแบบแผนทางชีวโมเลกุลของน้ำนมและผลิตภัณฑ์นมในประเทศไทยยังมีอยู่อย่างจำกัด ดังนั้นงานวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อ วิเคราะห์และเปรียบเทียบข้อมูลสารเมตาบอไลต์ชนิดระเหยยากและข้อมูลกรดไขมันของน้ำนมดิบที่ได้จากฟาร์มโคนมอินทรีย์และฟาร์มโคนมทั่วไปโดยใช้เทคนิค 1H-NMR และ GC-MS ร่วมกับการวิเคราะห์ทางสถิติพหุตัวแปร พร้อมทั้งติดตามอิทธิพลของฤดูกาลต่อการเปลี่ยนแปลงข้อมูลดังกล่าวในน้ำนมดิบ ผลการวิจัยพบว่าสามารถระบุชนิดของสารเมตาบอไลต์ชนิดระเหยยากและกรดไขมันในน้ำนมดิบได้ทั้งหมด 35 และ 32 ชนิดตามลำดับ ผลการวิเคราะห์ทางสถิติพหุตัวแปรแสดงให้เห็นว่า สามารถแยกความแตกต่างของข้อมูลสารเมตาบอไลต์ชนิดระเหยยากและข้อมูลกรดไขมันของกลุ่มตัวอย่างน้ำนมดิบที่ได้จากฟาร์มโคนมอินทรีย์ออกจากฟาร์มโคนมทั่วไปได้ โดยสามารถใช้ปริมาณสัมพัทธ์ของสารเมตาบอไลต์ carnitine, N-acetylglucosamine, lactate, glycerophosphocholine, 1,3 dihydroxyacetone,1,6-anhydro-β-D-glucose และกรดไขมันชนิด stearic acid และ linolenic acid เป็นตัวบ่งชี้ทางชีวภาพเพื่อระบุอัตลักษณ์ทางชีวโมเลกุลของน้ำนมโคอินทรีย์ได้ นอกจากนี้อิทธิพลของความแตกต่างระหว่างฤดูแล้งและฤดูฝนยังส่งผลต่อความผันแปรของปริมาณสารเมตาบอไลต์ acetoacetate, glucose, histidine, choline และกรดไขมันชนิด lauric acid, myristic acid, palmitic acid, margaric acid, saturated fatty acid (SFA), monounsaturated fatty acid (MUFA), polyunsaturated fatty acid (PUFA), elaidic acid, linolelaidic acid, conjugated linoleic acid (CLA) และ behenic acid ผลการวิจัยดังกล่าวแสดงให้เห็นถึงการประยุกต์ใช้เทคโนโลยีเมตาโบโลมิกส์ในการวิเคราะห์อัตลักษณ์ทางชีวโมเลกุลของน้ำนมโคอินทรีย์ รวมทั้งอิทธิพลของฤดูกาลต่อความผันแปรของข้อมูลดังกล่าวได้อย่างมีประสิทธิภาพ

Assessment Of Physicochemical Properties, Nutritional Values, And Sensory Acceptability Of Pigeon Pea Flour Substitution In Chapati Flat Bread, Sirin Sachanarula

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

In recent years, an interest in plant–based protein increased dramatically. Pigeon pea (Cajanus cajan) is recognized as a good source of plant protein. The current study was aimed to develop pigeon pea flour (PPF) and whole wheat flour (WWF) blends, which were then used to make chapatis. The substitution levels of PPF for WWF ranged from 10%–40% w/w. The physical properties and nutritional values of the flour blends and the chapatis were investigated. The chapatis were also evaluated for sensory acceptability. Proximate analysis of the flours revealed protein content in PPF (26.10%) two times higher than that in WWF (13.52%). …

การศึกษาการแสดงออกของ Efflux Pump ในเชื้อ Acinetobacter Baumannii ที่ถูกเหนี่ยวนำให้ดื้อยา Amikacin, ณัฐนิชา บัวงามดี

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อแบคทีเรียแกรมลบ Acinetobacter baumannii เป็นเชื้อฉวยโอกาส ที่ก่อให้เกิดการติดเชื้อในโรงพยาบาล และมีการดื้อต่อยาปฏิชีวนะหลายชนิด จากหลายกลไกการดื้อยา รวมถึงการใช้ efflux pump ขับยาออกนอกเซลล์ การศึกษาครั้งนี้ผู้วิจัยได้ทดสอบหาค่าความเข้มข้นต่ำสุดที่ยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อ (MIC) ต่อยา amikacin ในเชื้อ A. baumannii ทั้งหมด 8 ตัวอย่าง ที่ได้จากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วย และเชื้อสายพันธุ์มาตรฐาน ATCC 19606 พบว่าเชื้อ A. baumannii 7 ตัวอย่างมีค่า MIC อยู่ในช่วง 0.25 – 4 µg/mL (ไวต่อยา) และเชื้ออีก 2 ตัวอย่างมีค่า MIC เท่ากับ 64 และมากกว่า 256 µg/mL (ดื้อต่อยา) เมื่อเหนี่ยวนำเชื้อด้วยยา amikacin โดยเพาะเลี้ยงเชื้อในสภาวะที่มียา amikacin ความเข้มข้นเพิ่มขึ้นเป็นสองเท่า ทุก 48 ชั่วโมง ติดต่อกันเป็นเวลาหลายวัน พบว่าเชื้อ A. baumannii หลังเหนี่ยวนำด้วยยา amikacin ทั้ง 8 ตัวอย่าง มีค่า MIC เพิ่มขึ้นอยู่ในช่วง 32 ถึงมากกว่า 256 µg/mL ผลการศึกษาการใช้สารยับยั้ง efflux pump ได้แก่ สาร carbonylcyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP) พบว่าเชื้อ A. baumannii หลังเหนี่ยวนำด้วยยา amikacin ทั้ง 8 ตัวอย่าง มีค่า MIC ต่อยา amikacin เมื่อมีสาร CCCP ลดลงมากกว่าหรือเท่ากับ 4 เท่าของค่า MIC ต่อยา amikacin ที่ไม่มีสาร …

Mercury And Selenium In Fishes From The Gulf Of Thailand:Balancing Consumption Risk, Irwan Ramadhan Ritonga

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Consumption of marine fish, a high protein source, has been hampered by mercury (Hg) contamination. To date, selenium (Se), a co-occurrence element, has been perceived to reduce Hg toxicity. Health risk of Hg exposure via fish consumption might be re-estimated using Se-Hg connection. Total Hg (T-Hg) contamination in seafood was investigated in 60 individual (22, 4 and 6 species of fish, cephalopods and shellfish, respectively) purchased from two supermarkets in Bangkok and in 622 individuals (total 27 fish species) caught by bottom trawling from 63 stations in the Gulf Thailand (GoT). Se-Hg connection was studied in 19 selected fish species …

Paper-Based Biosensor For Acetylcholinesterase, C-Reactive Protein, And Lipoarabinomannan Detection, Yosita Panraksa

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Paper-based analytical devices for detection of biological markers were developed and divided into two main parts. In the first part, paper-based analytical device (PAD) coupled with amperometric electrochemical detection (PED) was established. The electrode of this sensor was fabricated by the screen-printed graphene and subsequently used for acetylcholinesterase determinations. A wax-printing method was employed for patterning the device. The obtained limit of detection (LOD), %RSD, and %recovery for AChE detection were found to be 0.1 U/mL, 0.3-3.2, and 103-106, respectively. For the second part, lateral flow immunoassay platforms integrated with colorimetric detection were described. This part was subdivided into three …

การยับยั้งการติดไวรัสหัวเหลืองในกุ้งด้วยอนุภาคเสมือน Penaeus Stylirostris เดนโซไวรัสกับอาร์เอ็นเอสายคู่ของไวรัส, จารุวรรณ วรวิทยธาดา

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ไวรัสหัวเหลืองเป็นไวรัสก่อโรคที่ทำให้กุ้งหลายชนิดตายเป็นจำนวนมากในระยะเวลาสั้น ส่งผลให้อุตสาหกรรมการเพาะเลี้ยงและส่งออกกุ้งของไทยเกิดความเสียหายเป็นอย่างมาก ในปัจจุบันมีการใช้เทคโนโลยีทางอณูชีววิทยา นำอาร์เอ็นเอสายคู่ (dsRNA) มากระตุ้นให้เกิดกระบวนการ RNA interference (RNAi) เพื่อควบคุมและยับยั้งการติดไวรัสในกุ้ง โดยยีนเป้าหมายที่มีประสิทธิภาพในการยับยั้งไวรัสหัวเหลือง คือ ยีน protease (pro) อย่างไรก็ตามการขนส่งอาร์เอ็นเอสายคู่ก็ยังคงมีข้อจำกัด เปลือกหุ้มไวรัสบางชนิดสามารถรวมตัวเกิดเป็นอนุภาค-เสมือนไวรัส (Virus-like particle) สามารถใช้เป็นตัวขนส่งที่มีประสิทธิภาพและเข้าจับกับเซลล์เจ้าบ้านอย่างจำเพาะเจาะจงได้ โดยก่อนหน้านี้ได้มีการแสดงออกร่วมกันของยีนโปรตีนเปลือกหุ้มไวรัสของ Penaeus stylirostris เดนโซไวรัส (PstDNV) และอาร์เอ็นเอสายคู่ที่จำเพาะต่อยีนของไวรัสภายในเซลล์แบคทีเรียเดียวกัน พบว่าสามารถยับยั้งการเพิ่มจำนวนของไวรัสหัวเหลืองในกุ้งได้ แต่ทว่ากระบวนการแสดงออกร่วมกันนี้ ไม่สามารถควบคุมระดับการแสดงออกของยีนทั้งสองได้ ดังนั้นวัตถุประสงค์ของงานวิจัยนี้ คือ สร้างอนุภาคเสมือนไวรัส PstDNV กับอาร์เอ็นเอสายคู่ที่จำเพาะต่อยีน pro ของไวรัสหัวเหลือง (PstDNV VLPs-dspro) ให้อยู่ภายใต้โปรโมเตอร์เดียวกัน เพื่อนำไปประยุกต์ใช้และเพิ่มประสิทธิภาพในการป้องกันการติดเชื้อไวรัสหัวเหลืองในกุ้ง โดยการโคลนอาร์เอ็นเอสายคู่ที่จำเพาะต่อยีน pro ของไวรัสหัวเหลืองเข้าสู่เวกเตอร์สำหรับการแสดงออกที่มียีนโปรตีนเปลือกหุ้มไวรัส PstDNV เพื่อควบคุมการแสดงออกของยีนทั้งสองภายใต้โปรโมเตอร์ต่อ T7 RNA polymerase จากนั้นแสดงออกใน E. coli Rosetta-gami โดยผ่านการชักนำด้วย IPTG ที่ความเข้มข้นสุดท้าย 0.4 มิลลิโมลาร์ ที่อุณหภูมิ 30 องศาเซลเซียส เป็นเวลา 3 ชั่วโมง จากผลการวิเคราะห์พบทั้งรีคอมบิแนนท์โปรตีนขนาดประมาณ 37 กิโลดาลตัน ที่เข้าจับกับแอนติบอดีที่จำเพาะต่อ Histidine ได้ และพบอาร์เอ็นเอสายคู่ที่จำเพาะต่อยีน pro ของไวรัสหัวเหลือง ขนาดประมาณ 400 คู่เบส จากนั้นรีคอมบิแนนท์โปรตีนถูกทำให้บริสุทธิ์ด้วย Affinity chromatography และตรวจสอบภายใต้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่าน (TEM) พบอนุภาค-เสมือนไวรัส PstDNV ที่มีการกระจายตัวเป็นอนุภาคเสมือนไวรัสเดี่ยว คล้ายกับอนุภาคเสมือนไวรัส PstDNV ที่พบในธรรมชาติ ซึ่งต่างจากอนุภาคเสมือนไวรัส PstDNV ที่ได้จากการแสดงออกร่วมกันของยีนโปรตีนเปลือกหุ้มไวรัส PstDNV กับอาร์เอ็นเอสายคู่ที่จำเพาะต่อยีนของไวรัสหัวเหลืองภายในเซลล์แบคทีเรียเดียวกัน (PstDNV VLPs-dspro co-expression) เกิดการจับกันของอนุภาคเสมือนไวรัส เมื่อตรวจสอบอาร์เอ็น-เอสายคู่จากอนุภาคเสมือนไวรัส PstDNV พบว่าอาร์เอ็นเอสายคู่นั้นถูกห่อหุ้มอยู่ทั้งภายในและอยู่ล้อมรอบอนุภาคเสมือนไวรัส PstDNV โดยพบว่ามีปริมาณอาร์เอ็นสายคู่ต่อไมโครกรัมของรีคอมบิแนนท์โปรตีนของ …

การระบุสารประกอบกลิ่นสำคัญของใบกะเพราแดงสด "Ocimum Tenuiflorum L.” และสารที่เกี่ยวข้องกับการเกิดกลิ่นผิดปกติในกะเพราหลังการให้ความร้อน, ชลพร ศรีพรม

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

งานวิจัยนี้ได้ใช้กระบวนการเซนโซมิกส์ (sensomics approach) ในการศึกษาเพื่อระบุสารระเหยที่มีศักยภาพที่จะเป็นสารให้กลิ่นสำคัญ (odor-active compounds) ของใบกะเพราแดงสดและสารที่เกี่ยวข้องกับการเกิดกลิ่นผิดปกติหลังให้ความร้อนด้วยไมโครเวฟ โดยใช้ผู้ทดสอบ 8 คน ทำการทดสอบและประเมินลักษณะกลิ่นของตัวอย่างใบกะเพราแดงสดและใบกะเพราแดงที่มีกลิ่นผิดปกติหลังให้ความร้อนด้วยไมโครเวฟ พบว่า ผู้ทดสอบสามารถอธิบายลักษณะเฉพาะ (attribute) ของใบกะเพราแดงสดได้ 5 กลิ่น ได้แก่ กลิ่นกะเพรา กลิ่นฉุน กลิ่นกานพลู กลิ่นส้มเปรี้ยว และกลิ่นเขียว สำหรับใบกะเพราแดงที่มีกลิ่นผิดปกติหลังให้ความร้อนด้วยไมโครเวฟ พบ 5 ลักษณะเฉพาะของกลิ่น เหมือนกันกับตัวอย่างใบกะเพราแดงสด ยกเว้น กลิ่นอับ ที่เป็นลักษณะเฉพาะของกลิ่นที่ทำให้เกิดกลิ่นผิดปกติ จากนั้นสกัดตัวอย่างด้วยตัวทำละลาย DCM (dichloromethane) นำสารสกัดที่ได้มาสกัดด้วย เทคนิค SAFE (solvent-assisted flavor evaporation) เพื่อแยกสารระเหย (volatiles) ออกจากสารระเหยยาก (non-volatiles) ได้ส่วนสกัดของสารระเหยที่เป็นของเหลว ใส ไม่มีสี และนำมาทำให้สารสกัดเข้มขึ้นด้วยวิธีการกลั่นลำดับส่วนด้วย Vigruex column และ microdistillation จนได้ส่วนสกัดของสารระเหยในปริมาตร 1-2 มิลลิลิตร จากนั้นนำมาวิเคราะห์ด้วยเครื่อง GC-O/FID โดยใช้คอลัมน์ DB-FFAP และ DB-5 เพื่อหาลักษณะ (character) ของสารให้กลิ่นในแต่ละ retention time และใช้เทคนิค AEDA (aroma extract dilution analysis) เพื่อคัดเลือกสารให้กลิ่นที่มีศักยภาพเป็นสารให้กลิ่นสำคัญ โดยระบุเป็นค่า FD Factor (flavor dilution factor) พบ สารให้กลิ่นของใบกะเพราแดงสดที่มีค่า FD factor ≥ 4 ทั้งหมด 24 ชนิด โดยสารให้กลิ่นที่มีค่า FD factor สูงสุดคือ สารให้กลิ่นคล้ายกลิ่นกะเพรา (FD: 1024) รองลงมา สารให้กลิ่นคล้ายกลิ่นดิน (FD: 512) สารให้กลิ่นคล้ายกลิ่นปัสสาวะ …

Phylogenetic Analysis Of Salt Tolerant Genes In Local Thai Rice And Salt Tolerant Gene Identification By F2 Bulk-Segregant Analysis, Susinya Habila

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Genetic diversity is important for developing salt-tolerant rice varieties. This research used the existing whole-exome sequences of eight Thai rice varieties, including the standard checks for tolerance and susceptibility, and the previously reported salt-tolerant genes to understand the mechanisms of salt tolerance in Thai rice, as well as the bulk-segregant analysis (BSA) to identify salt-tolerant QTLs in ‘Jao Khao’, the salt tolerant Thai rice. Salt responsive characteristics were used to classify tolerant and susceptible genotypes at the seedling stage. Phylogenetic analysis of SNPs from exome sequences showed that the Thai rice varieties were monophyletic and distantly related to 'Pokkali' and …

Neuroprotective Effect Of Passiflora Edulissims Against Amyloid Beta-Induced Neurotoxicity, Shuqin Cao

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Alzheimer’s disease (AD) is a common and devastating disease characterized by pathological aggregations of beta-amyloid (Aβ) plaques extracellularly, and Tau tangles intracellularly. While our understandings of the aetiologies of AD have greatly expanded over the decades, there is no drug available to stop disease progression. This study involves two parts. First, we demonstrate the potential of P. edulis pericarp (PP) extract in protecting against Aβ-mediated neurotoxicity in mammalian cells and Caenorhabditis elegans models of AD. We show PP protects against memory deficit, neuronal loss, and promotes longevity in the Aβ model of AD via stimulation of mitophagy, the selective cellular …

Effects Of Sacubitril/Valsartan On Cardiac Function, Mitochondrial Quality And Autophagy In A Rat Model With Chronic Mitral Regurgitation, Lalida Tantisuwat

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Sacubitril/Valsartan (S/V), an angiotensin receptor blocker-neprilysin inhibitor (ARNi), has demonstrated beneficial outcomes in heart failure (HF) patients. However, the effects of the drug in mitral regurgitation (MR) condition are not thoroughly elucidated. The objective of this study was to investigate the effects of S/V compared with valsartan (Val) on cardiac function, mitochondrial quality and autophagy in a rat model with chronic MR. MR was induced in male, Sprague-Dawley, rats (n=24), while the other 6 rats underwent sham surgery. Four weeks post-surgery, the MR rats were randomly divided into 3 groups: MR (n=8), Val (n=7), and S/V (n=8); one rat was …

Extending Animal Welfare Science To Include Wild Animals, Walter Veit, Heather Browning

Animal Sentience

Ng’s (2016) target article built on his earlier work advocating a science of welfare biology (Ng 1995). Although there were problems with the models proposed in Ng’s original paper regarding the balance of pleasure and suffering for wild animals, his call for a science of wild animal welfare was a sound one. This does not require a new discipline but just an extension of the existing frameworks and methods of animal welfare science to include wild animals.

Analysis Of Protein-Protein Interaction Network From Leukocyte Transcriptomic Profiles In Severe Covid -19 Patients, Pakorn Sagulkoo

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) still provides global public health issues although several vaccines and antiviral agents have been developed. Some patients experience severe conditions needed medical intensive care, and some are dead due to the failure of treatments. Therefore, identifying the key genes and underlying molecular mechanisms is necessary to discover precisely targeted drugs. Analysis of protein-protein interaction (PPI) networks provides invaluable information to find disease mechanisms and effective alternative drugs. Hence, PPI network analysis based on leukocyte transcriptomic profiles of severe COVID-19 collected from Gene Expression Omnibus (GEO) DataSets was proposed for this study. A network diffusion method called …

Neuroprotective And Neurotherapeuticeffects Of Dihydrotestosterone,17Β-Estradiol, And Pueraria Mirifica Extract On Cognitive Impairment In Androgen Deficient Rats, Taratorn Fainanta

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

This study aims to understand the mechanism of action of androgen deficiency, which usually occurs in elderly men, and the neuroprotective and neurotherapeutic effects of dihydrotestosterone (DHT), 17β-estradiol (E2) and Pueraria mirifica extract (PME) on cognitive impairment in male rats. Four series of experiments were conducted. Experiment I was to understand the mechanism of action of androgen deficiency on cognitive impairment. Rats at the age of 4 months old were orchidectomized (ODX) or sham-operated (SH), kept for 3 days, 2, 4, 6, and 8 months (M0, M2, M4, M6 and M8, respectively), determined spatial learning behavior and memory capacity, and …

Production And Characterization Of Mannanase From Aureobasidium Sp. For Mannooligosaccharide Preparation From Spent Coffee Ground, Syahriar Nur Maulana Malik Ibrahim

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

The aims of this study are to produce and characterize mannanase from the selected Thai Aureobasidium strain and use the enzyme for hydrolysis of spent coffee ground extract (SCGE) to prepare mannooligosaccharide (MOs). The optimum condition for SCGE extraction by hot water was 1:30 solid to liquid ratio with 60 min incubation time at 121°C 15 lbs per in2. The maximum yield was 9.5 g/100 g substrate. The second dominant composition of SCGE was hemicellulose at 28 %. Aureobasidium pullulans NRRL 58524 was selected as the best mannanase producer with 8.07 U/mL. The mannanase production medium was optimized by using …

Structural Characterization And In Vitro Antiproliferative Activity Of Non-Specific Lipid Transfer Protein 1 (Nsltp1) From Fennel (Foeniculum Vulgare) Seeds, Mekdes Megeressa

Pharmaceutical Sciences (PhD) Dissertations

Non-specific lipid transfer proteins (nsLTPs) are cationic proteins involved in intracellular lipid shuttling, in growth and reproduction, as well as in defense against pathogenic microbes. Even though the primary and spatial structures of some nsLTPs from different plants indicate their similar features, they exhibit distinct lipid-binding specificities signifying their various biological roles that dictate further structural study. The present study determined the complete amino acid sequence, in silico 3D structure modeling, and in vitro antiproliferative activity of nsLTP1 from fennel (Foeniculum vulgare) seeds.

Fennel is a member of the family Umbelliferae (Apiaceae) native to southern Europe and the …

Amphiphilic Cell-Penetrating Peptides Containing Natural And Unnatural Amino Acids As Drug Delivery Tools And Antimicrobial Agents, David Salehi

Pharmaceutical Sciences (MS) Theses

Cell-penetrating peptides containing arginine as positively charged residues and tryptophan or diphenylalanine as hydrophobic residues were synthesized. The synthesis was accomplished through the Fmoc solid-phase peptide synthesis in the presence of HBTU and DIPEA. The side-chain protected linear peptides were cleaved from the resin and cyclized in the presence of DIC and HOAt in the solution phase overnight. MALDI-TOF mass spectrometry was used to characterize the peptides.

The cytotoxicity of the synthesized peptides was determined in CCRF-CEM (human, lymphoblast peripheral blood), and HEK-293 (human, embryonic epithelial kidney healthy) cells using the MTS assay. A concentration of 10 µM was found …