Biostatistics Commons^™

Enrichment Of Putatively Damaging Rare Variants In The Dyx2 Locus And The Reading-Related Genes Ccdc136 And Flnc, Andrew K. Adams, Shelley D. Smith, Dongnhu T. Truong, Erik G. Willcutt, Richard K. Olson, John C. Defries, Bruce F. Pennington, Jeffrey R. Gruen

Psychology: Faculty Scholarship

Eleven loci with prior evidence for association with reading and language phenotypes were sequenced in 96 unrelated subjects with significant impairment in reading performance drawn from the Colorado Learning Disability Research Center collection. Out of 148 total individual missense variants identified, the chromosome 7 genes CCDC136 and FLNC contained 19. In addition, a region corresponding to the well-known DYX2 locus for RD contained 74 missense variants. Both allele sets were filtered for a minor allele frequency ≤0.01 and high Polyphen-2 scores. To determine if observations of these alleles are occurring more frequently in our cases than expected by chance in …

Systems Biology Approach To Late-Onset Alzheimer's Disease Genome-Wide Association Study Identifies Novel Candidate Genes Validated Using Brain Expression Data And Caenorhabditis Elegans Experiments, Shubhabrata Mukherjee, Joshua C. Russell, Daniel T. Carr, Jeremy D. Burgess, Mariet Allen, Daniel J. Serie, Kevin L. Boehme, John S. K. Kauwe, Adam C. Naj, David W. Fardo, Dennis W. Dickson, Thomas J. Montine, Nilufer Ertekin-Taner, Matt R. Kaeberlein, Paul K. Crane

Biostatistics Faculty Publications

Introduction—We sought to determine whether a systems biology approach may identify novel late-onset Alzheimer's disease (LOAD) loci.

Methods—We performed gene-wide association analyses and integrated results with human protein-protein interaction data using network analyses. We performed functional validation on novel genes using a transgenic Caenorhabditis elegans Aβ proteotoxicity model and evaluated novel genes using brain expression data from people with LOAD and other neurodegenerative conditions.

Results—We identified 13 novel candidate LOAD genes outside chromosome 19. Of those, RNA interference knockdowns of the C. elegans orthologs of UBC, NDUFS3, EGR1, and ATP5H were associated with Aβ …

Increased Birth Weight Is Associated With Altered Gene Expression In Neonatal Foreskin, Leryn J. Reynolds, Rebecca I. Pollack, Richard J. Charnigo, Cetewayo S. Rashid, Arnold J. Stromberg, Shu Shen, John O'Brien, Kevin J. Pearson

Pharmacology and Nutritional Sciences Faculty Publications

Elevated birth weight is linked to glucose intolerance and obesity health-related complications later in life. No studies have examined if infant birth weight is associated with gene expression markers of obesity and inflammation in a tissue that comes directly from the infant following birth. We evaluated the association between birth weight and gene expression on fetal programming of obesity. Foreskin samples were collected following circumcision, and gene expression analyzed comparing the 15% greatest birth weight infants (n = 7) v. the remainder of the cohort (n = 40). Multivariate linear regression models were fit to relate expression levels on differentially …

Level Of Exposure Of Childhood Tuberculosis With Adult Pulmonary Tuberculosis Household Contacts, Al Asyary, Tris Eryando, Purwantyastuti Purwantyastuti, Purnawan Junadi, Carol Clark, Edwin Van Teijlingen

Kesmas

Tuberkulosis paru (TB) pada anak kian menjadi masalah kesehatan global yang masih terlupakan seiring dengan peningkatan proporsi TB di Indonesia. Penularan penyakit ini di populasi umum seringkali berdampak pada anak, terlebih ketika kontak TB terjadi di rumah tangga. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh faktor protektif sehingga anak tetap sehat meskipun memiliki kontak dengan penderita TB dewasa serumah. Penelitian ini dilakukan dengan pendekatan kasus kontrol pada 132 responden anak yang berasal dari delapan rumah sakit rujukan dan beberapa puskesmas di Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta. Penelitian dilakukan dalam periode Januari hingga Desember 2014 yang hasilnya dianalisis dengan uji bivariat (kai kuadrat) dan …

Influence Of Quality Of Work Life Towards Psychological Well-Being And Turnover Intention Of Nurses And Midwives In Hospital, Indra Wahju Hardjanti, Aryo Dewanto, Noermijati Noermijati

Kesmas

Selama ini perawat telah dilatih untuk memberikan perawatan pasien dan meningkatkan kualitas hidup pasien, namun kualitas kehidupan kerja dan psychological well-being mereka sendiri terabaikan. Rendahnya kualitas kehidupan kerja perawat di rumah sakit menyebabkan tingginya keinginan pindah kerja perawat. Tingginya angka keinginan pindah kerja perawat dan bidan di Rumah Sakit X Malang merupakan masalah yang memerlukan perhatian dari manajemen rumah sakit agar tidak menjadi menyebabkan rendahnya mutu pelayanan kesehatan di rumah sakit. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara kualitas kehidupan kerja, psychological well-being, dan keinginan pindah kerja perawat dan bidan di rumah sakit. Penelitian ini menggunakan desain penelitian kuantitatif korelasional …

Risk Differences Between Elderly Men And Women Toward Doctor-Diagnosed Diabetes Mellitus In Urban Areas In Indonesia: 2013 National Basic Health Research Data, Meiwita Budiharsana

Kesmas

Diabetes melitus (DM) adalah salah satu penyakit tidak menular yang paling umum di Indonesia. DM disebabkan berbagai faktor risiko. Peningkatan prevalensi DM salah satunya disebabkan oleh perubahan gaya hidup di perkotaan. Penelitian ini bertujuan untuk menguji perbedaan prevalensi DM yang didiagnosis dokter pada laki-laki dan perempuan usia 15 tahun keatas yang tinggal di daerah perkotaan di Indonesia. Analisis menggunakan data sekunder Riset Kesehatan Dasar (Riskesdas) 2013 dengan desain studi potong lintang. Total sampel sebanyak 333.731 responden. Metode analisis menggunakan regresi logistik ganda. Hasil menunjukkan bahwa DM yang didiagnosis dokter pada laki-laki dan perempuan usia 15-39 tahun di perkotaan tidak berbeda. …

Bancroftian Filariasis Transmission Parameters After The Fifth Year Of Filiariasis Mass Drug Administration In Pekalongan City, Tutik Ida Rosanti, Sugeng Juwono Mardihusodo, Wayan Artama

Kesmas

Penelitian ini bertujuan untuk mengukur parameter parasitologi (microfilaria rate, kepadatan mikrofilaria), parameter imunologi (antigen prevalence) dan parameter entomologi (infection rate dan infective rate) pada tahun kelima pelaksanaan mass drug administration di Kelurahan Pabean Kota Pekalongan. Penelitian ini merupakan penelitian observasional dengan pendekatan potong lintang yang dilaksanakan pada bulan Juli sampai dengan Agustus 2015 di Kelurahan Pabean Kota Pekalongan. Microfilaria rate dan kepadatan mikrofilaria ditentukan dengan pemeriksaan darah jari pada 313 responden. Antigen prevalence ditentukan dengan mengukur antigen beredar menggunakan metode immunochromatographic test (ICT) Wuchereria bancrofti. Incective rate dan infection rate diukur dengan cara menemukan larva cacing filaria pada nyamuk hasil …

Provision Of Informed Consent Towards The Level Of Anxiety In Pre-Operative Patients At Mamuju District Public Hospital, Imelda Appulembang

Kesmas

Tindakan pembedahan merupakan salah satu tindakan medis yang dapat mendatangkan stressor sehingga menimbulkan kecemasan pada pasien. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh pemberian informed consent terhadap tingkat kecemasan pada pasien pra-operasi di Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Mamuju. Populasi pada penelitian ini adalah pasien pra-operasi. Sampel ditentukan dengan menggunakan pendekatan accidental sampling sehingga diperoleh sampel sebanyak 32 orang. Jenis penelitian ini adalah penelitian kuantitatif dengan menggunakan metode quasi experimental design melalui pendekatan non-equivalent time sample design yang dianalisis dengan menggunakan uji statistik Wilcoxon. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat pengaruh pemberian informed consent terhadap tingkat kecemasan pasien. Dapat disimpulkan pemberian informed …

Effects Of Contraceptive Use On Productivity Of Women Labor At Pt. Bomar Makassar Industrial Area, Masni Mappajanci, Andi Misnawati, Darmawansyah Darmawansyah

Kesmas

Produktivitas kerja potensial pada kelangsungan hidup perusahaan. Penggunaan kontrasepsi dapat memengaruhi fisiologi setiap perempuan, sehingga dapat memengaruhi aktivitas sehari-hari dan akan berdampak terhadap produktivitas tenaga kerja. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh penggunaan alat kontrasepsi terhadap produktivitas tenaga kerja perempuan dengan mengontrol usia, pendidikan dan motivasi kerja. Penelitian dengan rancangan potong lintang melibatkan 71 pekerja perempuan PT Bomar Makassar yang telah menikah. Pengumpulan data dilakukan dengan wawancara menggunakan kuesioner pada bulan Mei sampai Juni 2015, kemudian dianalisis secara univariat, bivariat, dan multivariat. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat pengaruh penggunaan alat kontrasepsi terhadap produktivitas kerja setelah dikontrol dengan variabel usia (nilai …

Influence Of Scaling Up Nutrition Education Towards Knowledge And Attitude Of Students At Santa Elisabeth Medan School Of Health Sciences, Rani Gartika Holivia Silalahi, Yesschi Anggraeni Tambunan

Kesmas

Tingginya angka pernikahan pada usia remaja yang disertai dengan rendahnya pengetahuan tentang pola asuh merupakan salah satu pemicu terjadinya masalah gizi. Remaja merupakan orang tua masa depan. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui pengaruh pendidikan 1.000 hari pertama kehidupan terhadap pengetahuan dan sikap mahasiswi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Santa Elisabeth Medan tahun 2016. Penelitian ini menggunakan kuasi eksperimental dengan desain one group pre- dan post test. Metode pengambilan sampel dengan metode purposive sampling sebanyak 115 mahasiswi tingkat III program studi Diploma III Kebidanan. Pendidikan dilakukan di kelas sebanyak 4 kali dalam 2 minggu dengan menggunakan metode mengajar dan diskusi. Penelitian ini …

The Profile And Determinant Factors Of Quality Of Life In Patients With Diabetic Neuropathy, Rizaldy Taslim Pinzon, Kadek Sinthia Grahita Adnyana, Marta Lisnawati Zalukhu

Kesmas

Neuropati merupakan salah satu komplikasi tersering pada diabetes melitus (DM). Neuropati dapat memengaruhi kualitas hidup, derajat kesehatan, maupun tingkat ekonomi. Oleh karena itu, penting untuk mengetahui kualitas hidup pasien DM dengan neuropati beserta dampak yang ditimbulkannya terlebih dahulu agar mendapatkan penanganan yang tepat demi meningkatkan kualitas hidup pasien. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui profil kualitas hidup pasien DM dengan neuropati. Penelitian ini merupakan studi observasional menggunakan Short Form 8 (SF-8) Health Survey Standard Indonesia terhadap pasien diabetes melitus dengan neuropati yang diambil secara konsekutif pada bulan Maret hingga Agustus 2016 di Poli Saraf Rumah Sakit Bethesda, Yogyakarta. Terdapat 57 subjek …

Impact Of Home Visit Capacity On Genetic Association Studies Of Late-Onset Alzheimer's Disease, David W. Fardo, Laura E. Gibbons, Shubhabrata Mukherjee, M. Maria Glymour, Wayne Mccormick, Susan M. Mccurry, James D. Bowen, Eric B. Larson, Paul K. Crane

Biostatistics Faculty Publications

INTRODUCTION—Findings for genetic correlates of late-onset Alzheimer's disease (LOAD) in studies that rely solely on clinic visits may differ from those with capacity to follow participants unable to attend clinic visits.

METHODS—We evaluated previously identified LOAD-risk single nucleotide variants in the prospective Adult Changes in Thought study, comparing hazard ratios (HRs) estimated using the full data set of both in-home and clinic visits (n = 1697) to HRs estimated using only data that were obtained from clinic visits (n = 1308). Models were adjusted for age, sex, principal components to account for ancestry, and additional health indicators.

RESULTS …

A Tail-Based Test For Differential Expression Analysis And Pathway Analysis In Rna-Sequencing Data, Jiong Chen

Dissertations and Theses (Open Access)

RNA sequencing data have been abundantly generated in biomedical research for biomarker discovery and pathway analysis. Such data at the exon-level are usually heavily tailed and correlated. Conventional statistical tests based on the mean or median difference for differential expression likely suffer from low power when the between-group difference occurs mostly in the upper or lower tail of the distribution of gene expression. We propose a tail-based test to make comparisons between groups in terms of a specific distribution area rather than a single location. The proposed test, which is derived from quantile regression, adjusts for covariates and accounts for …

Testing The Independence Hypothesis Of Accepted Mutations For Pairs Of Adjacent Amino Acids In Protein Sequences, Jyotsna Ramanan, Peter Revesz

School of Computing: Faculty Publications

Evolutionary studies usually assume that the genetic mutations are independent of each other. However, that does not imply that the observed mutations are independent of each other because it is possible that when a nucleotide is mutated, then it may be biologically beneficial if an adjacent nucleotide mutates too. With a number of decoded genes currently available in various genome libraries and online databases, it is now possible to have a large-scale computer-based study to test whether the independence assumption holds for pairs of adjacent amino acids. Hence the independence question also arises for pairs of adjacent amino acids within …

Colonization Density Of The Upper Respiratory Tract As A Predictor Of Pneumonia-Haemophilus Influenzae, Moraxella Catarrhalis, Staphylococcus Aureus, And Pneumocystis Jirovecii., Daniel E Park, Henry C Baggett, Stephen R C Howie, Qiyuan Shi, Nora L Watson, W Abdullah Brooks, Perch Study Group

Epidemiology Faculty Publications

Background.

There is limited information on the association between colonization density of upper respiratory tract colonizers and pathogen-specific pneumonia. We assessed this association for Haemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Staphylococcus aureus, and Pneumocystis jirovecii. Methods.

In 7 low- and middle-income countries, nasopharyngeal/oropharyngeal swabs from children with severe pneumonia and age-frequency matched community controls were tested using quantitative polymerase chain reaction (PCR). Differences in median colonization density were evaluated using the Wilcoxon rank-sum test. Density cutoffs were determined using receiver operating characteristic curves. Cases with a pathogen identified from lung aspirate culture or PCR, pleural fluid culture or …

Counterfeit Medicines In Socioeconomic Perspective, Desy Nuryunarsih Nuryunarsih

Kesmas

Obat-obatan palsu berpotensi mencapai 70% dari pasaran obat internasional dengan proporsi terbanyak ditemukan di negara berkembang. Meningkatkan kesadaran masyarakat akan adanya obat-obatan palsu akan secara langsung memengaruhi permintaan produk obat palsu yang akhirnya akan mengurangi kegiatan pemalsuan obat. Akan tetapi, meningkatkan pengetahuan masyarakat akan bahaya obat-obatan palsu tidaklah mudah sebab profesi kesehatan masyarakat harus juga mempertimbangkan keberagaman faktor-faktor sosial, ekonomi dan pendidikan. Laporan ini menelaah artikel jurnal yang ditelaah oleh kelompok seminat, laporan media, laporan resmi pemerintah dan non-pemerintah. Sebanyak 179 artikel (dari 1990 sampai 2014) ditelaah untuk mengetahui hubungan antara indeks pembangunan manusia (IPM) dari USA, Jepang, Brasil, Iran, …

The Use Of “Kakayu Dental Flipbook” In Oral Health Knowledge Improvement For Elementary School Students In Depok, Rikawarastuti Rikawarastuti, Eka Anggreni, Rahaju Budiarti, Nurlaila Ramadhan Suid

Kesmas

Perlu adanya edukasi untuk meningkatkan pengetahuan anak Indonesia tentang pentingnya memelihara kesehatan gigi dan mulut. Penelitian ini bertujuan untuk menjelaskan hubungan antara faktor siswa sekolah dasar seperti kelas, usia, jenis kelamin dengan jumlah anak dalam keluarga atau faktor ekonomi seorang ibu rumah tangga atau berpenghasilan tetap, yang dipengaruhi oleh peningkatan pengetahuan dari edukasi kesehatan gigi dan mulut. Disain penelitian quasi experiment pre-test dan post-test tanpa desain grup kontrol melibatkan 141 siswa yang dipilih melalui purposive sampling. Sampel tersebar pada siswa kelas IV, V, dan VI sekolah dasar swasta di Depok, Jawa Barat, Indonesia pada April-Oktober 2016. Data penelitian diperoleh dari …

Extrovert Personality Type And Prolonged Second Stage Of Labor, Yuni Kusmiyati, Chandra Tyas Nurfitria, Suherni Suherni, Heni Puji Wahyuningsih

Kesmas

Kepribadian dapat memengaruhi respons individu yang dapat berdampak pada proses persalinan lama. Penelitian sebelumnya menunjukkan adanya hubungan kepribadian dengan waktu persalinan. Tipe kepribadian ekstrover (tipe A) cenderung lebih rentan terhadap stres dibandingkan orang dengan tipe kepribadian introvert (tipe B). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan tipe kepribadian ekstrover dan variabel luar (pendidikan, ekonomi, usia ibu dan paritas) dengan persalinan kala II lama. Studi kasus kontrol dilakukan pada 156 ibu bersalin yang memenuhi kriteria inklusi pada tahun 2015 di Yogyakarta. Sampel kasus adalah 52 ibu dengan persalinan kala II lama dan kontrol adalah 104 ibu dengan persalinan kala II normal. Penelitian …

Impact Of Women’S Empowerment On Infant Mortality In Indonesia, Hanik Stiyaningsih, Febri Wicaksono

Kesmas

Secara umum, otonomi dan pemberdayaan perempuan menjadi salah satu faktor penting dalam pembangunan. Kurangnya otonomi dan pemberdayaan perempuan dapat menyebabkan hasil negatif pada kesehatan dan kematian anak. Belum terdapat penelitian terkini yang menganalisis hubungan antara pemberdayaan perempuan dan kematian bayi di Indonesia. Penelitian ini berusaha mengisi kekosongan tersebut dengan menelusuri pengaruh pemberdayaan perempuan terhadap kematian bayi di Indonesia. Sampel berjumlah 9.754 perempuan berusia 15-49 tahun yang terakhir melahirkan pada periode tahun 2007-2012 diambil dari Survei Demografi dan Kesehatan Indonesia 2012. Pemberdayaan perempuan diukur dengan menggunakan indeks komposit yang dibangun dari delapan indikator dari tiga dimensi pemberdayaan perempuan, yaitu partisipasi dalam …

Risk Factors Of Acute Respiratory Infections In Practice Area For Community Of Medical Students In Semarang, Siti Thomas Zulaikhah, Purwito Soegeng, Titiek Sumarawati

Kesmas

Infeki saluran pernapasan akut (ISPA) menempati urutan pertama dari 10 besar penyakit di Puskesmas Bangetayu dengan persentase terbanyak di Kelurahan Penggaron Lor. Keterampilan untuk mempelajari distribusi dan frekuensi penyakit serta faktor determinan yang memengaruhi manusia sangat diperlukan untuk menetapkan intervensi yang paling efektif untuk meningkatkan derajat kesehatan masyarakat. Perlu dilakukan penelitian untuk mengetahui faktor risiko yang paling dominan berhubungan dengan kejadian ISPA di lokasi praktik komunitas mahasiswa Fakultas Kedokteran Universitas Islam Sultan Agung Semarang. Penelitian ini menggunakan desain potong lintang dengan jumlah responden 100 orang dan sampel dikumpulkan dengan menggunakan stratified random sampling. Sepuluh variabel yang diteliti adalah faktor risiko …

Effects Of Multilevel Intervention In Workplace Health Promotion On Workers’ Metabolic Syndrome Components, Zahtamal Zahtamal, Wasilah Rochmah, Yayi Suryo Prabandari

Kesmas

Sekitar 10-30% orang Asia dewasa mengalami sindrom metabolik. Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap efek Promosi Kesehatan di Tempat Kerja PKDTK dengan intervensi multilevel pada komponen/penanda pekerja yang menderita sindrom metabolik. Penelitian ini dilakukan pada tahun 2014-2015 dengan menggunakan desain quasi experimental dengan intervensi subjek secara multilevel di Indonesia. Program PKDTK untuk kelompok intervensi multilevel berupa kombinasi latihan fisik, diet, pendidikan kesehatan, dukungan sosial, dan advokasi salama 12 minggu. Program PKDTK untuk kelompok kontrol hanya pendidikan kesehatan. Instrumen penelitian seperti IPAQ, table food recall 24 jam, alat pengukuran fisik, dan laboratorium klinis. Analisis data menggunakan Marginal Homogeneity, paired sample t, Mc …

Controlling Factors That Potentially Against Transmission Of Dengue Hemorrhagic Fever At State Elementary Schools In Yogyakarta, Tri Baskoro Tunggul Satoto, Nur Alvira, Tri Wibawa, Ajib Diptyanusa

Kesmas

Sekolah dasar merupakan tempat yang dapat mengakibatkan peningkatan penyakit dengue pada anak karena faktor lingkungan, adanya potensi penularan, belum adanya system manajemen lingkungan yang baik dan beberapa upaya pengendalian yang tidak lagi efektif. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui faktor yang berpotensi terhadap penularan demam berdarah dengue bagi anak, sehingga sistem kewaspadaan dini dapat ditegakkan. Jenis penelitian ini adalah analitik dengan rancangan potong lintang. Penelitian dilaksanakan pada 91 sekolah dasar negeri di Kota Yogyakarta. Variabel yang diobservasi adalah serotype virus DEN, resistensi insektisida, kepadatan vektor,dan kondisi fisik sekolah. Analisis data menggunakan analisis deskriptif dan korelasi-regresi (a = 0.05). Hasil menunjukkan bahwa …

Rebon Shrimp Powder Addition Influence To Nutritional Values, Organoleptic Properties And Acceptance Of Supplementary Food By Children Aged 4-5 Years Old, Priyo Sulistiyono, Dewi Marhaeni Diah Herawati, Insi Farisa Desy Arya

Kesmas

Prevalensi gizi kurang dan stunting pada anak bawah lima tahun (balita) di Kota Cirebon masih cukup tinggi yaitu mencapai 13,9% dan 15,7%. Udang rebon (Acetes erythraeus) memiliki kandungan protein dan kalsium yang tinggi. Pengaruh penambahan udang rebon dalam makanan tambahan (bubur lemu dan bolu kukus) terhadap kualitas gizi diteliti. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh bubuk udang rebon terhadap nilai gizi, sifat organoleptik dan daya terima. Uji laboratorium dan perangkat lunak Nutriservey digunakan untuk analisis nilai gizi bubuk udang rebon dan gizi makanan tambahan. Uji organoleptik menggunakan rancangan acak lengkap dengan empat perlakuan (bubuk udang rebon 0%, 5%, 10%, 15%) …

Statistical Methods For Two Problems In Cancer Research: Analysis Of Rna-Seq Data From Archival Samples And Characterization Of Onset Of Multiple Primary Cancers, Jialu Li

Dissertations and Theses (Open Access)

My dissertation is focused on quantitative methodology development and application for two important topics in translational and clinical cancer research.

The first topic was motivated by the challenge of applying transcriptome sequencing (RNA-seq) to formalin-fixation and paraffin-embedding (FFPE) tumor samples for reliable diagnostic development. We designed a biospecimen study to directly compare gene expression results from different protocols to prepare libraries for RNA-seq from human breast cancer tissues, with randomization to fresh-frozen (FF) or FFPE conditions. To comprehensively evaluate the FFPE RNA-seq data quality for expression profiling, we developed multiple computational methods for assessment, such as the uniformity and continuity …

Functional Human Grin2b Promoter Polymorphism And Variation Of Mental Processing Speed In Older Adults, Yang Jiang, Ming Kuan Lin, Gregory A. Jicha, Xiuhua Ding, Sabrina L. Mcilwrath, David W. Fardo, Lucas S. Broster, Frederick A. Schmitt, Richard J. Kryscio, Robert H. Lipsky

Behavioral Science Faculty Publications

We investigated the role of a single nucleotide polymorphism rs3764030 (G > A) within the human GRIN2B promoter in mental processing speed in healthy, cognitively intact, older adults. In vitro DNA-binding and reporter gene assays of different allele combinations in transfected cells showed that the A allele was a gain-of-function variant associated with increasing GRIN2B mRNA levels. We tested the hypothesis that individuals with A allele will have better memory performance (i.e. faster reaction times) in older age. Twenty-eight older adults (ages 65-86) from a well-characterized longitudinal cohort were recruited and performed a modified delayed match-to-sample task. The rs3764030 polymorphism was …

Estimating Autoantibody Signatures To Detect Autoimmune Disease Patient Subsets, Zhenke Wu, Livia Casciola-Rosen, Ami A. Shah, Antony Rosen, Scott L. Zeger

Johns Hopkins University, Dept. of Biostatistics Working Papers

Autoimmune diseases are characterized by highly specific immune responses against molecules in self-tissues. Different autoimmune diseases are characterized by distinct immune responses, making autoantibodies useful for diagnosis and prediction. In many diseases, the targets of autoantibodies are incompletely defined. Although the technologies for autoantibody discovery have advanced dramatically over the past decade, each of these techniques generates hundreds of possibilities, which are onerous and expensive to validate. We set out to establish a method to greatly simplify autoantibody discovery, using a pre-filtering step to define subgroups with similar specificities based on migration of labeled, immunoprecipitated proteins on sodium dodecyl sulfate …

Network Exploration Of Correlated Multivariate Protein Data For Alzheimer's Disease Association, Matthew J. Lane

Theses

Alzheimer Disease (AD) is difficult to diagnose by using genetic testing or other traditional methods. Unlike diseases with simple genetic risk components, there exists no single marker determining as to whether someone will develop AD. Furthermore, AD is highly heterogeneous and different subgroups of individuals develop the disease due to differing factors. Traditional diagnostic methods using perceivable cognitive deficiencies are often too little too late due to the brain having suffered damage from decades of disease progression. In order to observe AD at early stages prior to the observation of cognitive deficiencies, biomarkers with greater accuracy are required. By using …

Identification Of Prognostic Genes And Gene Sets For Early-Stage Non-Small Cell Lung Cancer Using Bi-Level Selection Methods, Suyan Tian, Chi Wang, Howard H. Chang, Jianguo Sun

Biostatistics Faculty Publications

In contrast to feature selection and gene set analysis, bi-level selection is a process of selecting not only important gene sets but also important genes within those gene sets. Depending on the order of selections, a bi-level selection method can be classified into three categories – forward selection, which first selects relevant gene sets followed by the selection of relevant individual genes; backward selection which takes the reversed order; and simultaneous selection, which performs the two tasks simultaneously usually with the aids of a penalized regression model. To test the existence of subtype-specific prognostic genes for non-small cell lung cancer …

Using A Respiratory Navigator Significantly Reduces Variability When Quantifying Left Ventricular Torsion With Cardiovascular Magnetic Resonance, Sean M. Hamlet, Christopher M. Haggerty, Jonathan D. Suever, Gregory J. Wehner, Kristin N. Andres, David K. Powell, Richard J. Charnigo, Brandon K. Fornwalt

Electrical and Computer Engineering Faculty Publications

Background: Left ventricular (LV) torsion is an important indicator of cardiac function that is limited by high inter-test variability (50% of the mean value). We hypothesized that this high inter-test variability is partly due to inconsistent breath-hold positions during serial image acquisitions, which could be significantly improved by using a respiratory navigator for cardiovascular magnetic resonance (CMR) based quantification of LV torsion.

Methods: We assessed respiratory-related variability in measured LV torsion with two distinct experimental protocols. First, 17 volunteers were recruited for CMR with cine displacement encoding with stimulated echoes (DENSE) in which a respiratory navigator was used to measure …

The Impact Of National Health Insurance Policy To The Implementation Of Health Promotion Program On Public Health Center In Indonesia, Mochamad Iqbal Nurmansyah, Bulent Kilic

Kesmas

Jaminan Kesehatan Nasional (JKN) telah diimplementasikan di Indonesia pada 1 Januari 2014. Hal tersebut membawa beberapa perubahan pada aspek manajerial pada pusat kesehatan masyarakat (puskesmas). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dampak dari kebijakan JKN terhadap implementasi program promosi kesehatan di puskesmas di Kota Tangerang Selatan, Indonesia. Penelitian menggunakan metode kualitatif. Data dikumpulkan pada Februari – Maret 2016. Dampak program dilihat dalam hal kebijakan, pendanaan, fasilitas, sumber daya manusia dan pelaksanaan program promosi kesehatan. Dengan menggunakan metode purposive sampling, enam pengambil kebijakan, delapan pemberi layanan dan delapan penerima layanan diambil sebagai informan dalam penelitian ini. Pada analisis dokumen, 17 dokumen telah …