Chemistry Commons^™

Flavodoxin, The Hydrogen Atom Of Flavoproteins: A 19f Nmr Study Of Dynamics And Conformational Changes Utilizing Flavodoxin From Rhodopseudomonas Palustris, Taylor Varner

Theses and Dissertations--Chemistry

Flavodoxin is a small, highly stable protein that contain a single FMN cofactor used to transfer single electrons at low potentials. The organism Rhodopseudomonas palustris contains a long-chain flavodoxin. Long-chain flavodoxins are characterized by a 20 amino acid loop that is proposed to allow interactions with partner proteins. We plan to utilize this protein as a model to build our repertoire with protein fluorination and fluorine NMR in flavoproteins. This tool kit will then be applied to the study of a partner protein of interest that is capable of performing electron bifurcation. We have incorporated m-fluoro tyrosine into flavodoxin and …

Hijacking The Fusion Complex Of Human Parainfluenza Virus As An Antiviral Strategy, T. C. Marcink, E. Yariv, K. Rybkina, V. Más, F. T. Bovier, A. Des Georges, A. L. Greninger, C. A. Alabi, M. Porotto, N. Ben-Tal, A. Moscona

Advanced Science Research Center

The receptor binding protein of parainfluenza virus, hemagglutinin- neuraminidase (HN), is responsible for actively triggering the viral fusion protein (F) to undergo a conformational change leading to insertion into the target cell and fusion of the virus with the target cell membrane. For proper viral entry to occur, this process must occur when HN is engaged with host cell receptors at the cell surface. It is possible to interfere with this process through premature activation of the F protein, distant from the target cell receptor. Conformational changes in the F protein and adoption of the postfusion form of the protein …

Correction: Visible-Light Photooxidation In Water By 1o2-Generating Supramolecular Hydrogels, Sankarsan Biswas, Mohit Kumar, Andrew Levine, Ian Jimenez, Rein V. Ulijn, Adam Braunschweig

Advanced Science Research Center

Correction for ‘Visible-light photooxidation in water by ¹O₂-generating supramolecular hydrogels’ by Sankarsan Biswas et al., Chem. Sci., 2020, 11, 4239–4245, DOI: 10.1039/C9SC06481H.

Polymer Brush Hypersurface Photolithography, Carlos Carbonell, Daniel J. Valles, Alexa M. Wong, Andrea S. Carlini, Mollie A. Touve, Joanna Korpanty, Nathan C. Gianneschi, Adam B. Braunschweig

Advanced Science Research Center

Polymer brush patterns have a central role in established and emerging research disciplines, from microarrays and smart surfaces to tissue engineering. The properties of these patterned surfaces are dependent on monomer composition, polymer height, and brush distribution across the surface. No current lithographic method, however, is capable of adjusting each of these variables independently and with micrometer-scale resolution. Here we report a technique termed Polymer Brush Hypersurface Photolithography, which produces polymeric pixels by combining a digital micromirror device (DMD), an air-free reaction chamber, and microfluidics to independently control monomer composition and polymer height of each pixel. The printer capabilities are …

Cu(Ii) Phenanthroline-Phenazine Complexes Dysregulate Mitochondrial Function And Stimulate Apoptosis, Garret Rochford, Zara Molphy, Kevin Kavanagh, Malachy Mccann, Michael Devereux, Andrew Kellett, Orla L. Howe

Articles

Herein we report an in-depth study on the cytotoxic mechanism of action of four developmental cytotoxic copper(II) complexes: [Cu(phen)2]2+ (Cu-Phen); [Cu(DPQ)(Phen)]2+ (Cu-DPQ-Phen); [Cu(DPPZ)(Phen)]2+; and [Cu(DPPN)(Phen)]2+ (where Phen = 1,10-phenanthroline, DPQ = dipyrido[3,2-f:20,30-h]quinoxaline, DPPZ = dipyrido[3,2-a:20,30-c]phenazine, and DPPN = benzo[i]dipyrido[3,2-a:20,30-c]phenazine). This complex class is known for its DNA intercalative properties and recent evidence—derived from an in vivo proteomic study—supports the potential targeting of mitochondrial function. Therefore, we focused on mitochondrial-mediated apoptosis related to cytotoxic activity and the potential impact these agents have on mitochondrial function. The Cu(II) complexes demonstrated superior activity regardless of aromatic extension within the phenazine ligand to the …

Tools To Evaluate Nanodiamond-Mediated Delivery Of Tiopronin For Cataract Prevention, Justin Beltz

Doctoral Dissertations

”There is a growing demand for non-surgical means of cataract treatment. This dissertation presents three bodies of work that reflect the early-stage development of eye drop formulations aimed at delaying cataract progression. These formulations consist of the antioxidant 2-mercaptopropionylglycine (MPG) loaded onto nanodiamond particles.

Cataractogenesis is linked to oxidative damage to lens proteins. To investigate the potential of MPG for protection against oxidative damage, A549 cells were incubated in 0.6 mM tert-butylhydroperoxide (tBHP). Cells exposed to tBHP without MPG exhibited elevated levels of reactive oxygen species, which led to the depletion of the vital antioxidant glutathione and, ultimately, apoptosis. Co-administration …

Benzimidazole Containing Acetamide Derivatives Attenuate Neuroinflammation And Oxidative Stress In Ethanol-Induced Neurodegeneration, Muhammad Imran, Lina Tariq Al Kury, Humaira Nadeem, Fawad Ali Shah, Muzaffar Abbas, Shagufta Naz, Arif Ullah Khan, Shupeng Li

All Works

© 2020 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland. Oxidative stress-induced neuroinflammation is the prominent feature of neurodegenerative disorders, and is characterized by a gradual decline of structure and function of neurons. Many biochemical events emerge thanks to the result of this neurodegeneration, and ultimately provoke neuroinflammation, activation of microglia, and oxidative stress, leading to neuronal death. This cascade not only explains the complexity of events taking place across different stages, but also depicts the need for more effective therapeutic agents. The present study was designed to investigate the neuroprotective effects of newly synthesized benzimidazole containing acetamide derivatives, 3a (2-(4-methoxyanilino)-N-[1-(4-methylbenzene-1-sulfonyl)-1H-benzimidazol-2-yl] …

กระบวนการพัฒนาโปรแกรมตัวส่งระหว่างโมเดลเชิงวัตถุและเชิงสัมพันธ์ด้วยเทคนิคโลวโค้ดบนโอดู, โสภณวิชญ์ พิชิตเธียรธรรม

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

งานวิจัยนี้นำเสนอมอดูลเจนเนอเรเตอร์ ซึ่งเป็นเครื่องมือสำหรับการเขียนโปรแกรมตัวส่งระหว่างโมเดลเชิงวัตถุและเชิงสัมพันธ์บนโอดู โอดูเป็นซอฟต์แวร์อีอาร์พีแบบเปิดเผยรหัสต้นฉบับที่รวบรวมมอดูลที่จำเป็นสำหรับการจัดการธุรกิจต่าง ๆ และผู้พัฒนาสามารถพัฒนามอดูลเพื่อขยายขีดความสามารถของโอดูได้ โดยในช่วงไม่กี่ปีที่ผ่านมาการพัฒนาซอฟต์แวร์บนโอดู มักต้องใช้เวลาในการเรียนรู้เพราะมีความซับซ้อนของเฟรมเวิร์ก จึงมีการนำแนวทางการพัฒนาซอฟต์แวร์แบบโลวโค้ด (การเขียนโค้ดที่น้อยกว่าปกติ) มาใช้ในการพัฒนามอดูลเจนเนอเรเตอร์ขึ้น เพื่อให้เป็นเครื่องมือสำหรับออกแบบและสร้างรหัสต้นฉบับสำหรับมอดูล ทำให้ผู้พัฒนาซอฟต์แวร์บนโอดูไม่ต้องกังวลเรื่องข้อผิดพลาดอันเนื่องมาจากความซับซ้อนของเฟรมเวิร์ก และให้ความสำคัญกับการเขียนโปรแกรมในด้านอื่น ๆ ได้มากขึ้น โดยเครื่องมือนี้ถูกพัฒนาด้วยภาษา ไพธอนให้เป็นเว็บแอปพลิเคชันทำงานบนเว็บเบราว์เซอร์ และได้มีการทดสอบการใช้งานกับทั้งผู้พัฒนามอดูลบนโอดู ผู้ใช้งานโอดูที่มีทักษะการเขียนโปรแกรม ผู้ที่ไม่เคยมีประสบการณ์กับโอดู และอาสาสมัครภายนอกบริษัท ซึ่งได้ผลลัพธ์ว่า ผู้ทดสอบทั้งหมดสามารถพัฒนามอดูลโดยใช้มอดูลเจนเนอเรเตอร์ได้สำเร็จ เครื่องมือนี้จึงสามารถช่วยให้ผู้ที่ไม่มีประสบการณ์ในการพัฒนามอดูลบนโอดูสามารถพัฒนามอดูลขึ้นมาได้โดยใช้เวลาไม่นาน และเมื่อเปรียบเทียบเวลาที่ใช้ในการพัฒนามอดูลของกลุ่มผู้พัฒนามอดูลบนโอดู ระหว่างแบบปกติที่เขียนโค้ดด้วยตนเองกับการใช้ มอดูลเจนเนอเรเตอร์ พบว่าการใช้เครื่องมือนี้สามารถลดเวลาการพัฒนามอดูลโดยเฉลี่ยได้ถึง 20% อีกทั้งมอดูลเจนเนอเรเตอร์ยังนำไปใช้ได้จริงในโครงการการพัฒนาซอฟต์แวร์ของบริษัท

การวิเคราะห์การเกิดตำหนิในการผลิตกระจกโฟลต, คณุตม์ ไพบูลย์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

งานวิจัยนี้มุ่งเน้นศึกษาปัจจัยที่มีผลต่อการเกิดตำหนิและหาแนวทางปรับปรุงกระบวนการผลิตเพื่อลดปริมาณตำหนิชนิดฟองอากาศและรีม ด้วยการนำตัวแปรจากกระบวนการผลิตได้แก่ การชั่งน้ำหนักส่วนผสม อุณหภูมิในการหลอม อุณหภูมิในการขึ้นรูปและองค์ประกอบทางเคมีของกระจก มาหาความสัมพันธ์กับปริมาณตำหนิที่เกิดขึ้นด้วยการวิเคราะห์การถดถอย จากผลการวิเคราะห์ตำหนิฟองอากาศด้วยเทคนิคแมสสเปกโทรเมตรีและเทคนิครามานสเปคโทรสโคปีพบว่าฟองอากาศส่วนใหญ่พบแก๊ส CO2 เป็นองค์ประกอบอยู่ที่ 30 ถึง 70 เปอร์เซ็นต์ ซึ่งเกิดจากการสลายตัวทางความร้อนของวัตถุดิบและการไล่ฟองอากาศที่ไม่สมบูรณ์ และจากความสัมพันธ์ของปริมาณฟองอากาศและตัวแปรจากกระบวนการผลิตพบว่า อุณหภูมิการหลอมที่สูงขึ้น ปริมาณ fining agent ที่น้อยลง และกำลังการผลิตที่เพิ่มขึ้นส่งผลให้ตำหนิชนิดฟองอากาศเพิ่มขึ้น จากการศึกษาตำหนิชนิดรีมโดยใช้กล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องกราดร่วมกับการวัดการกระจายพลังงานของรังสีเอกซ์ในการวิเคราะห์องค์ประกอบธาตุของตำหนิชนิดรีมเทียบกับบริเวณโดยรอบโดยพบว่ารีมมีปริมาณธาตุ Si และ Na สูงกว่าบริเวณโดยรอบ ซึ่งเกิดจากการชั่งวัตถุดิบที่คลาดเคลื่อนไปจากสูตรการผลิต โดยเกิดจากวัตถุดิบติดค้างบริเวณกรวยรับวัตถุดิบ ส่งผลให้องค์ประกอบทางเคมีของส่วนผสมไม่สม่ำเสมอ ยิ่งความแตกต่างของน้ำหนักส่วนผสมจากสูตรการผลิตยิ่งมาก จะทำให้ปริมาณรีมเพิ่มสูงขึ้น ซึ่งสามารถความผิดพลาดจากการชั่งนี้สามารถแก้ไขได้โดยติดตั้งค้อนลมเพื่อเคาะวัตถุดิบให้ลงไปในโม่ผสมวัตถุดิบครบถ้วนตามสูตรการผลิต

ผลของลำดับการผสมวัตถุดิบต่อประสิทธิภาพการใช้พลังงานในการหลอมแก้ว, ปรีณาพรรณ ปิ่นหอม

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โดยทั่วไปกระบวนการหลอมแก้วระดับอุตสาหกรรมต้องการพลังงานสูงสำหรับการเปลี่ยนแปลงจากวัตถุดิบเป็นน้ำแก้ว วัตถุประสงค์ในงานวิจัยนี้จะกล่าวถึงการพัฒนากระบวนการหลอมแก้วโซดาไลม์โดยวิธีปรับลำดับการผสมในระดับห้องปฏิบัติการ ซึ่งอาศัยกลไกของปฏิกิริยาสถานะของแข็งระหว่างทรายแก้วและโซเดียมคาร์บอเนตในช่วงแรกของการหลอม การเตรียมส่วนผสมแบบดั้งเดิมเป็นการผสมวัตถุดิบทั้งหมดภายในครั้งเดียว ในงานวิจัยนี้ต้องการปรับเปลี่ยนวิธีการเตรียมส่วนผสมให้เหมาะสมที่สุดต่อการหลอมโดยการปรับลำดับของการผสม ประกอบด้วยสองขั้นตอนการผสม ขั้นตอนแรกคือการผสมทรายแก้วและโซเดียมคาร์บอเนต จากนั้นจึงผสมวัตถุดิบที่เหลือเป็นขั้นตอนที่สอง เพื่อเปรียบเทียบและศึกษาผลของการเตรียมส่วนผสมทั้งสองวิธี ได้ทำการศึกษาสภาพและการเปลี่ยนแปลงระหว่างกระบวนการหลอมที่อุณหภูมิตั้งแต่ 600 ถึง 1000 องศาเซลเซียส นอกจากนี้มีผลของปริมาณวัตถุดิบที่หลอมไม่หมดบนพื้นผิวซึ่งยังคงลงเหลือในสภาพผลึก ณ สภาวะที่กำหนด เพื่อเปรียบเทียบแนวโน้มประสิทธิผลในการหลอมของส่วนผสมจากการผสมสองวิธี โดยภาพถ่ายผิวหน้าและโดยเทคนิคการเลี้ยวเบนรังสีเอกซ์ ผลการวิจัยพบว่าการจัดลำดับการผสมเป็นวิธีการผสมที่เหมาะสมกว่า ส่งผลต่ออัตราการหลอม พื้นผิวสัมผัสที่เพิ่มขึ้นระหว่างทรายแก้วและโซเดียมคาร์บอเนตจากการผสมขั้นตอนแรกนำไปสู่การเพิ่มอัตราการหลอมของทั้งระบบ ต่างจากวิธีการเดิมที่อาจมีวัตถุดิบอื่นเป็นตัวขัดขวางการเกิดปฏิกิริยาสถานะของแข็งดังกล่าว

Deriving Statistical Inference From The Application Of Artificial Neural Networks To Clinical Metabolomics Data, Kevin M. Mendez

Theses: Doctorates and Masters

Metabolomics data are complex with a high degree of multicollinearity. As such, multivariate linear projection methods, such as partial least squares discriminant analysis (PLS-DA) have become standard. Non-linear projections methods, typified by Artificial Neural Networks (ANNs) may be more appropriate to model potential nonlinear latent covariance; however, they are not widely used due to difficulty in deriving statistical inference, and thus biological interpretation. Herein, we illustrate the utility of ANNs for clinical metabolomics using publicly available data sets and develop an open framework for deriving and visualising statistical inference from ANNs equivalent to standard PLS-DA methods.

Mitochondria Imaging And Targeted Cancer Treatment, Tinghan Zhao

Dissertations

Mitochondria are essential organelles as the site of respiration in eukaryotic cells and are involved in many crucial functions in cell life. Dysfunction of mitochondrial metabolism and irregular morphology have been frequently found in human cancers. The capability of imaging mitochondria as well as regulating their microenvironment is important both scientifically and clinically. Mitochondria penetrating peptides (MPPs), certain peptides that are composed of cationic and hydrophobic amino acids, are good candidates for mitochondria targeting. Herein, a novel MPP, D-argine-phenylalanine-D-argine-phenylalanine-D-argine-phenylalanine-NH₂ (rFrFrF), is conjugated with a rhodamine-based fluorescent chromophore (TAMRA). The TAMRA-rFrFrF probe exhibits advantageous properties for long-term mitochondria tracking of …

Synthesis Of Semiochemicals And Related Fine Chemicals From Cashew Nut Shell Liquid, Godfrey Pius, Quintino A Mgani

Tanzania Journal of Science

This paper reports on syntheses of 3-hydroxybenzaldehyde (1) and tetradecanal (2) from the same renewable starting material (cashew nut shell liquid or CNSL), thus demonstrating the potential of the agro-waste cashew nut shells (CNS) as a source of valuable fine and industrial chemicals. The strategy employed in accomplishing the synthesis started with extraction of CNSL followed by isolation of anacardic acid (4) and decarboxylation to give cardanol (5). Compound 5 was hydrogenated followed by protection of phenolic group to give 3-pentadecylphenyl acetate (7). Benzylic oxidation of compound 7 followed by reduction and dehydration resulted into formation of 3-(pentadec-1-en-1-yl)phenol (9). Ozonolysis …

Effects Of Seasons And Zonation On Biochemical Contents Of Two Seagrass Species Along Dar Es Salaam Coast, Tanzania, Wamwi M. Mbaga, Esther F. Mvungi

Tanzania Journal of Science

Accumulation and allocation of biochemicals in plants are affected by various factors. The influence of seasons and vertical zonation on biochemical contents of seagrasses Cymodocea rotundata and Thalassia hemprichii from Mjimwema seagrass meadow along the coast of Dar es Salaam were assessed. Samples were collected in 2016 during wet/rainy (April–May) and dry (June–July) seasons. Concentrations of crude protein, soluble carbohydrates, phosphorus, lipid, and proline were determined using standard methods. Significant higher levels of phosphorus, lipid, protein and proline were observed during the dry season than in wet season (p < 0.05). Likewise, seagrass population occurring at the shore zone expressed higher levels of biochemical contents than those found at the subtidal zones. The highest concentration of protein was recorded in Thalassia hemprichii (5.8 mg/g dw)), while those of lipid and carbohydrates (27.1 and 53.1 mg/g dw, respectively) were recorded in Cymodocea rotundata. The two species studied did not vary significantly in their biochemical concentrations in both seasons. Generally it was observed that the concentrations of studied biochemicals were up-regulated during the dry season and varied depending on the locations where the seagrass grow. Thus, both season and zonation played roles in biochemical accumulation in the seagrasses understudy, however not interactively.

Computational Studies And Design Of Pparγ And Glut1 Inhibitors, Suliman Almahmoud

Theses & Dissertations

The peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARγ) is a ligand-dependent transcription factor of the nuclear receptor superfamily that controls the expression of a variety of genes involved in fatty acid metabolism, adipogenesis, and insulin sensitivity. PPARγ is a target for insulin-sensitizing drugs, and it plays a significant function in prostate cancer. PPARγ antagonists have anti-proliferative effects in a broad range of hematopoietic and epithelial cell lines. The ligand binding domain (LBD) of PPARγ is large and has orthosteric and allosteric binding sites. Several PPARγ-ligand co-crystal structures show two bound molecules, one to the orthosteric pocket and a second to the allosteric …

Oh Chemistry Of Non-Methane Organic Gases (Nmogs) Emitted From Laboratory And Ambient Biomass Burning Smoke: Evaluating The Influence Of Furans And Oxygenated Aromatics On Ozone And Secondary Nmog Formation, Matthew M. Coggon, Christopher Y. Lim, Abigail R. Koss, Kanako Sekimoto, Bin Yuan, Jessica B. Gilman, David H. Hagan, Vanessa Selimovic, Kyle J. Zarzana, Steven S. Brown, James M Roberts, Markus Müller, Robert Yokelson, Armin Wisthaler, Jordan E. Krechmer, Jose L. Jimenez, Christopher Cappa, Jesse H. Kroll, Joost De Gouw, Carsten Warneke

Chemistry and Biochemistry Faculty Publications

Chamber oxidation experiments conducted at the Fire Sciences Laboratory in 2016 are evaluated to identify important chemical processes contributing to the hydroxy radical (OH) chemistry of biomass burning non-methane organic gases (NMOGs). Based on the decay of primary carbon measured by proton transfer reaction time-of-flight mass spectrometry (PTR-ToF-MS), it is confirmed that furans and oxygenated aromatics are among the NMOGs emitted from western United States fuel types with the highest reactivities towards OH. The oxidation processes and formation of secondary NMOG masses measured by PTR-ToF-MS and iodide-clustering time-of-flight chemical ionization mass spectrometry (I-CIMS) is interpreted using a box model employing …

Total Phenolic And Flavonoid Contents Of Anacyclus Pyrethrum Link Plant Extracts And Their Antioxidant Activity, Hanane Elazzouzi, Nadia Zekri, Touriya Zair, Mohamed Alaoui El Belghiti

Karbala International Journal of Modern Science

In this study, Anacyclus pyrethrm Link (roots) is a medicinal plant from the Asteraceae family, endemic to Morocco and is widely used in traditional medicine; was investigated for their total phenolics, flavonoids contents and antioxidant activities. The quantitative estimation of total flavonoids and phenols by the colorimetric method showed that the extracts were prepared by fractionation of the crude hydromethanolic extract (ethyl acetate and n-butanol). The phenol content of various extracts, estimated by the Folin-Ciocalteu method, was between 1,44 and 12,82 mg EAG / g extract of A. pyrethrum. Moreover, it is clear that ethyl acetate was the …

Design Of Reinforced Concrete Deep Beams Using Particle Swarm Optimization Technique, Qais F. Hasan, Dler A. Al-Mamany, Omer K. Fayadh

Karbala International Journal of Modern Science

Researches available in literature interrelating neural networks to civil engineering design problems, especially for beep beams, are very rare. Therefore, an optimization algorithm is developed and verified in this study and coded using MATLAB functions to determine the optimum cost design of reinforced concrete deep beams. ACI 318-14 code method is used benefiting from iterative particle swarm optimization technique due to its efficiency and reliability. Minimizing total cost is used as the objective function in terms of four decision variables. Self-adaptive penalty function technique is used to handle constraints for each of the 300 randomly selected particles, and in each …

Artificial Bee Colony Algorithm For Solving Fuzzy Multi-Objective Bed Allocation Model, Abdulhakeem Luqman Hasan

Karbala International Journal of Modern Science

With the improvement of the medical services frameworks rivalry, hospitals face more and more challenges. In the interim, allotment of resource has a crucial influence on performing competitive benefits in a hospitals. To choose the suitable beds number is one of the most essential tasks in hospital administration. Anyway, in true condition, bed allotment choice is a multiple-side problem with weakness and haphazardness of the information available. It is so sophisticated. Therefore, the research about bed allotment difficulty is comparatively rare under considering multiple departments, nursing hours, and stochastic information about arrival and service of patients. In this paper, we …

Performance Study Of The Membrane Based Layered Double Hydroxides ‘Znal-Gh’ In The Purification Of Groundwater, Jaouad Zerhouni, Omar Qabaqous, Fouzia Rhazi Filali, Mohammed Naciri Bennani, Najib Tijani

Karbala International Journal of Modern Science

The objective of this work is focused on the preparation and characterization of plan microfiltration membrane Zn₃Al-Gh and the study of their efficiency in the treatment of ground water. This membrane was carried by using the support of the clay such as Ghassoul ‘Gh’ prepared by using dry uniaxial compaction method. The layered double hydroxides (LDH) based on Zn₃Al-CO₃with molar ratio (Zn²⁺/Al³⁺=3) was deposited on support by direct co-precipitation method.

The characterizations of the membrane LDH-Gh ‘Zn₃Al-Gh’ and deposited layer Zn₃Al-CO_3, was done by scanning …

Evaluation Of Atmospherically Gases Using Models Flaash And Quac To Hyper-Spectral Imagery, Asmaa Maher

Karbala International Journal of Modern Science

The important step is correction of the effect of atmospheric on hyper-spectral imagery of the VIS “visible”, short wave & NIR “near-infrared” spectral range. In general, the cause for limiting the use of hyperspectral images is the atmospheric effects, so, atmospheric correction is necessary for any accurate processing. In this work, two atmospheric correction techniques have been applied on Hyper-spectral image. From the raw original image and also from the FLAASH and QUAC atmospheric corrected images the spectra of vegetation, water and soil were extracted. The acquisition data for study contained Hyperion bands for year “2015” images over each of …

Editorial Board

Karbala International Journal of Modern Science

No abstract provided.

The Antimicrobial Activity And Cellular Targets Of Plant Derived Aldehydes And Degradable Pro-Antimicrobial Networks In Pseudomonas Aeruginosa, Yetunde Adewunmi

Dissertations

Essential oils (EOs) are plant-derived products that have been long exploited for their antimicrobial activities in medicine, agriculture, and food preservation. EOs represent a promising alternative to conventional antibiotics due to the broad-range antimicrobial activity, low toxicity to human commensal bacteria, and the capacity to kill microorganisms without promoting resistance. Despite the progress in the understanding of the biological activity of EOs, many aspects of their mode of action remain inconclusive. The overarching aim of this work was to address these gaps by studying molecular interactions between antimicrobial plant aldehydes and the opportunistic human pathogen Pseudomonas aeruginosa. We initiated …

Characterization Of The Dimerization Domains On The Mannose-6-Phosphate/Insulin-Like Growth Factor Ii Receptor, Tyler Degener

Theses/Capstones/Creative Projects

The mannose-6-phosphate/insulin-like growth factor II (M6P/IGF2) receptor is a transmembrane protein known to sequester growth factors from the extracellular matrix. This behavior suggests a mechanism of tumor suppression. Structurally, the receptor’s extracellular region is segmented into 15 homologous repeats, which are divided further into 5 triplet domains, labelled 1-3, 4-6, 7-9, 10-12, and 13-15. What is notable about the triplets is their propensity to form dimers with triplets on a second M6P/IGF2 receptor. In fact, previous studies indicate that this protein functions optimally when dimerized. Thus, the purpose of this experiment is to characterize these domain interactions. Using a urea …

Asymmetric Synthesis Of The C29-C34 Moiety Of Fragment A Of The Antascomicin B & Thermal Azole Based Claisen Rearrangements, Dharma Theja Nannapaneni

Graduate Theses and Dissertations

The dissertation describes asymmetric synthesis towards C29-C34 moiety of fragment A of the Antascomicin B and Thermal azole based Claisen rearrangements. In chapter 1, we describes asymmetric synthesis towards C29-C34 moiety of fragment A of the Antascomicin B. The non-immunosuppressant Rapamycin, Ascomycin, and Tacrolimus (FK506), strongly binds with FKBP12, the ligand FKBP12 complexes responsible for immunosuppressive activity. Antascomicin B structurally related to Rapamycin, Ascomycin, and Tacrolimus (FK506), binds strongly to FKBP12, yet does not shown immunosuppressive activity. The ligand FKBP12 binding complexes shown to have potent neuroprotective and neurogenerative properties in mouse models of Parkinson’s disease. The linear synthesis of …

Effects Of The Dihydrouracil Lesion On Dna Using 1h/31p 1d And 2d Solution Nmr, Benjamin M. Boyd

Graduate Theses/Dissertations

The effects of the dihydrouracil lesion in DNA were studied using two dimensional NMR spectroscopy. The sequence used was based off of the Drew-Dickerson Dodecamer, with the cytosine in the three position replaced by a dihydrouracil. All of the nonexchangeable proton chemical shifts, with the exception of the H2, H5’, and H5’’, of the lesioned DNA were identified using NOESY spectra and then compared to the chemical shift values of the Drew Dickerson Dodecamer. The largest differences in chemical shifts were observed in the nucleotides neighboring the lesion, both within the strand and on the opposite strand. The imino exchangeable …

Probing Of Carbohydrate-Protein Interactions Using Galactonoamidine Inhibitors, Jessica B. Pickens

Graduate Theses and Dissertations

Glycoside hydrolases are ubiquitous and one of the most catalytically proficient enzymes known, and thus understanding their mechanisms are crucial. Most research has focused on the interaction of the glycon of substrates and their inhibitors within the active site of glycoside hydrolases. The inhibitors employed to probe these interactions generally had small aglycons (i.e. a hydrogen atom, amidines, small aliphatic groups, or benzyl groups). Here, the interactions of the aglycon with glycoside hydrolases are examined by probing the active sites with a library of 25 galactonoamidines. The studies described in this dissertation aim to increase the understanding of stabilization of …

Rotational Tuning Of Transmembrane Helix Properties Based On The Precise Placements Of Aromatic And Charged Residues, Matthew J. Mckay

Graduate Theses and Dissertations

Designed model transmembrane peptides and oriented 2H and 15N solid-state nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy were used to analyze how simple sequence modifications can influence peptide structure, behavior and dynamics as well as for determining the pKa of glutamic acid at the membrane interface. The GW5,19ALP23 (acetyl-GGALW(LA)6LWLAGA-amide) peptide framework adopts a well-defined tilted orientation in lipid bilayers (DLPC, DMPC and DOPC) and undergoes low amounts of dynamic motion. The sequence was initially modified by moving the Trp residues outwards to positions 4 and 20. This new sequence GW4,20ALP23 (acetyl-GGAW(AL)7AWAGA-amide) displays high amounts of signal averaging of NMR observables caused by …

Comprehensive Investigation Of Bioactive Steroidal Alkaloids In Veratrum Californicum, Matthew West Turner

Boise State University Theses and Dissertations

Veratrum californicum, commonly referred to as corn lily or Californian false hellebore, grows in high mountain meadows and produces bioactive steroidal alkaloids, including cyclopamine. Cyclopamine is a potent inhibitor of the Hedgehog (Hh) signaling pathway. Our lab has optimized methods to extract cyclopamine and related steroidal alkaloids from V. californicum, and implemented in-house Hh signaling bioactivity evaluation of these steroidal alkaloids using a Shh-Light II cell assay. A survey of extraction methods and solvents resulted in the identification of conditions most favorable for alkaloid extraction yield and antagonist activity in the Shh-Light II cell assay. The highest amount …

Isotopic Characterization Of Nitrogen Oxides (NoX), Nitrous Acid (Hono), And Nitrate (PNo3-) From Laboratory Biomass Burning During Firex, Jiajue Chai, David J. Miller, Eric Scheuer, Jack Dibb, Vanessa Selimovic, Robert Yokelson, Kyle K. Zarzana, Steven Brown, Abigail R. Koss, Carsten Warneke, Meredith Hastings

Chemistry and Biochemistry Faculty Publications

New techniques have recently been developed and applied to capture reactive nitrogen species, including nitrogen oxides (NOx D NOCNO2), nitrous acid (HONO), nitric acid (HNO3), and particulate nitrate (pNO3 ), for accurate measurement of their isotopic composition. Here, we report – for the first time – the isotopic composition of HONO from biomass burning (BB) emissions collected during the Fire Influence on Regional to Global Environments Experiment (FIREX, later evolved into FIREX-AQ) at the Missoula Fire Science Laboratory in the fall of 2016. We used our newly developed annular denuder system (ADS), which was verified to completely capture HONO associated …