Genetics and Genomics Commons^™

Hiv-1 Subtypes And Drug Resistance Mutations Among Female Sex Workers Varied In Different Cities And Regions Of The Democratic Republic Of Congo, Eun Hee Kwon, Godefroid M. A. Musema, Jessica Boelter, Sydney Townsend, Desire Tshala-Katumbay, Patrick K. Kayembe, John T. West, Charles Wood

Nebraska Center for Virology: Faculty Publications

Background Complex mosaic structures of HIV-1 were found in the Democratic Republic of Congo (DRC). Currently, there is limited information on the circulating HIV-1 strains, the distribution of these strains and antiretroviral (ART) resistant viruses in different regions of the country, and the HIV-1 strains harbored by the high-risk groups like female sex workers (FSW) reported to be the source of recombinant and ART resistant viruses.

Methods Dried Blood Spots (DBS), collected from 325 infected FSWs in ten cities from 2012 DRC HIV/STI Integrated Biological and Behavioral Surveillance Survey, were tested for HIV-1 genotypes and antiretroviral resistance mutations. Regional segregation …

How The Cervical Microbiota Contributes To Cervical Cancer Risk In Sub-Saharan Africa, Cameron Klein, Crispin Kahesa, Julius Mwalselage, John T. West, Charles Wood, Peter C. Angeletti

Nebraska Center for Virology: Faculty Publications

Despite ongoing efforts, sub-Saharan Africa faces a higher cervical cancer burden than anywhere else in the world. Besides HPV infection, definitive factors of cervical cancer are still unclear. Particular states of the cervicovaginal microbiota and viral infections are associated with increased cervical cancer risk. Notably, HIV infection, which is prevalent in sub-Saharan Africa, greatly increases risk of cervicovaginal dysbiosis and cervical cancer. To better understand and address cervical cancer in sub-Saharan Africa, a better knowledge of the regional cervicovaginal microbiome is required This review establishes current knowledge of HPV, HIV, cervicovaginal infections, and the cervicovaginal microbiota in sub-Saharan Africa. Because …

The Kaposi’S Sarcoma-Associated Herpesvirus (Kshv) Gh/Gl Complex Is The Predominant Neutralizing Antigenic Determinant In Kshv-Infected Individuals, Yasaman Mortazavi, Salum J. Lidenge, Tara Tran, John T. West, Charles Wood, For Yue Tso

Nebraska Center for Virology: Faculty Publications

Kaposi’s sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) is the etiological agent of Kaposi’s sarcoma (KS), one of the most prevalent cancers of people living with HIV/AIDS in sub-Saharan Africa. The seroprevalence for KSHV is high in the region, and no prophylactic vaccine against the virus is available. In this study, we characterized the antigenic targets of KSHV-specific neutralizing antibodies (nAbs) in asymptomatic KSHV-infected individuals and KS patients with high nAbs titers. We quantified the extent to which various KSHV envelope glycoproteins (gB, ORF28, ORF68, gH, gL, gM, gN and gpK8.1) adsorbed/removed KSHV-specific nAbs from the plasma of infected individuals. Our study revealed that …

Mycoplasma Co-Infection Is Associated With Cervical Cancer Risk, Cameron Klein, Kandali Samwel, Crispin Kahesa, Julius Mwaiselage, John T. West, Charles Wood, Peter C. Angeletti

Nebraska Center for Virology: Faculty Publications

Tanzania faces one of the highest cervical cancer burdens in the world. Recent work has suggested that the bacterial family Mycoplasmataceae is associated with higher levels of human papillomavirus (HPV), human immunodeficiency virus (HIV), and pre-cancerous cervical lesions. Mycoplasmataceae infection in Tanzania is not well understood, especially when considering the differences between sexually transmitted species of Mycoplasmataceae. To establish the prevalence of common Mycoplasmataceae cervical infections and evaluate their relationship with risk factors for cervical cancer, 1160 Tanzanian women responded to an epidemiological questionnaire and were tested for HIV, HPV, cervical lesions, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Ureaplasma spp., and Lactobacillus …

Epstein Barr Virus-Immortalizedｂlymphocytes Exacerbate Experimental Autoimmune Encephalomyelitis In Xenograft Mice, Pascal Polepole, Alison Bartenslager, Yutong Liu, Thomas M. Petro, Samodha C. Fernando, Luwen Zhang

Nebraska Center for Virology: Faculty Publications

Multiple sclerosis (MS) is the most common autoimmune disorder affecting the central nervous system. Epstein-Barr virus (EBV) is a causative agent for infectious mononucleosis (IM) that is associated with MS pathogenesis. However, the exact mechanism by which EBV, specifically in IM, increases the risk for MS remains unknown. EBV immortalizes primary B lymphocytes in vitro and causes excessive B lymphocyte proliferation in IM in vivo. In asymptomatic carriers, EBV-infected B lymphocytes still proliferate to certain degrees, the process of which is tightly controlled by the host immune systems. Experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE) mimics key features of MS in humans and …

A Decade In Review: A Systematic Review Of Universal Influenza Vaccines In Clinical Trials During The 2010 Decade, Brigette N. Corder, Brianna L. Bullard, Gregory Poland, Eric A. Weaver

Nebraska Center for Virology: Faculty Publications

On average, there are 3–5 million severe cases of influenza virus infections globally each year. Seasonal influenza vaccines provide limited protection against divergent influenza strains. Therefore, the development of a universal influenza vaccine is a top priority for the NIH. Here, we report a comprehensive summary of all universal influenza vaccines that were tested in clinical trials during the 2010–2019 decade. Of the 1597 studies found, 69 eligible clinical trials, which investigated 27 vaccines, were included in this review. Information from each trial was compiled for vaccine target, vaccine platform, adjuvant inclusion, clinical trial phase, and results. As we look …

Species D Adenoviruses As Oncolytic Viral Vectors, Brianna L. Bullard, Brigette N. Corder, Eric A. Weaver

Nebraska Center for Virology: Faculty Publications

Oncolytic adenoviruses (Ad) have shown promising results in the therapeutic treatment of cancer. Ad type 5 (Ad5) is the most extensively utilized Ad type. However, several limitations exist to using Ad5 as an oncolytic virus, including high levels of anti-Ad5 neutralizing antibodies in the population, binding of the Ad5 hexon to blood coagulation factor X leading to liver sequestration and toxicity, and reduced expression of the primary receptor CAR on many tumors. Here, we use in vitro methods to explore the oncolytic potential of four alternative Ad types (Ad26, 28, 45, and 48) belonging to the species D Ad subgroup …

Recommendations For Measuring Hiv Reservoir Size In Cure- Directed Clinical Trials., Luis J. Montaner, Qingsheng Li

Nebraska Center for Virology: Faculty Publications

Therapeutic strategies are being clinically tested either to eradicate the latent HIV reservoir or to achieve virologic control in the absence of antiretroviral therapy (ART). Attaining this goal will require a consensus on how best to measure the levels of persistently-infected cells with the potential to cause viral rebound upon ART cessation to assess the results of cure-directed strategies in vivo. Current measurements assess different aspects of the HIV provirus and its functionality, and produce divergent results. Here, we provide the collective insight and position from the BEAT-HIV Martin Delaney Collaboratory on which viral measurements to prioritize in HIV cure-directed …

Vertical‑Surface Navigation In The Neotropical Whip Spider Paraphrynus Laevifrons (Arachnida: Amblypygi), Patrick Casto, Daniel D. Wiegmann, Vincent J. Coppola, Daniele Nardi, Eileen A. Hebets, Verner P. Bingman

Eileen Hebets Publications

Studies on whip spider navigation have focused on their ability to locate goal locations in the horizontal plane (e.g., when moving along the ground). However, many species of tropical whip spiders reside and move along surfaces in the vertical plane (e.g., trees). Under controlled laboratory conditions, the current study investigated the ability of the tropical whip spider, Paraphrynus laevifrons, to return to a home shelter on a vertical surface in the presence of numerous, similar, and competing refuge sites, as well as the distribution of navigational errors in the vertical, horizontal, and diagonal plane. We also assessed the relative …

A Mouse Model Of Human Tlr4 D299g/T399i Snps Reveals Mechanisms Of Altered Lps And Pathogen Responses, Katharina Richard, Kurt H. Piepenbrink, Kari Ann Shirey, Archana Gopalakrishnan, Shreeram Nallar, Daniel J. Prantner, Darren J. Perkins, Wendy Lai, Alexandra Vik, Vladimir Y. Toshchakov, Chiguang Feng, Rachel Fanaroff, Andrei E. Medvedev, Jorge C.G. Blanco, Stefanie N. Vogel

Department of Food Science and Technology: Faculty Publications

Two cosegregating single-nucleotide polymorphisms (SNPs) in human TLR4, an A896G transition at SNP rs4986790 (D299G) and a C1196T transition at SNP rs4986791 (T399I), have been associated with LPS hyporesponsiveness and differential susceptibility to many infectious or inflammatory diseases. However, many studies failed to confirm these associations, and transfection experiments resulted in conflicting conclusions about the impact of these SNPs on TLR4 signaling. Using advanced protein modeling from crystallographic data of human and murine TLR4, we identified homologous substitutions of these SNPs in murine Tlr4, engineered a knock-in strain expressing the D298G and N397I TLR4 SNPs homozygously, and characterized in vivo …

Fggy Carbohydrate Kinase Domain Containing Is Induced During Skeletal Muscle Atrophy And Modulates Map Kinase And Akt Signaling, Anastasia L. Smith

UNF Graduate Theses and Dissertations

Skeletal muscle atrophy can result from a range of physiological conditions, including denervation, immobilization, hindlimb unweighting, and aging. To better characterize the molecular genetic events of atrophy, a microarray was performed using skeletal muscle isolated from mice after 3 and 14 days of denervation and compared to control muscle to identify novel atrophy-induced genes. The microarray revealed that FGGY carbohydrate kinase domain containing (Fggy) is expressed in skeletal muscle and is induced in response to denervation. Bioinformatic analysis of the Fggy gene locus revealed two validated alternative isoforms, that we have termed Fggy-L-552 and Fggy-S-387, which have distinct transcription initiation …

Functional Analysis Of Fam83d And Dupd1 – Two Novel Neruogenic Skeletal Muscle Atrophy-Induced Genes, Lisa Michelle Cooper

UNF Graduate Theses and Dissertations

Fam83d and Dupd1 have been identified as novel genes in skeletal muscle that are upregulated in response to neurogenic atrophy in a mouse model. qPCR analysis reveaed both genes are expressed in skeletal muscle with Fam83d expression being highest during myoblast proliferation, while Dupd1 expression is highest during myotube differentiation. Overexpression of either protein results in inhibition of proper muscle cell differentiation as evidenced by repression of both myosin heavy chain and myogenin expression. Characterization of transcriptional activity revealed both genes are modulated by myogenic regulatory factors and additionally, Dupd1 expression is enhanced by dexamethasone treatment. Assessment of subcellular localization …

Using Environmental Dna To Detect Estuarine Crocodiles, A Cryptic-Ambush Predator Of Humans, Alea Rose, Yusuke Fukuda, Hamish A. Campbell

Human–Wildlife Interactions

Negative human–wildlife interactions can be better managed by early detection of the wildlife species involved. However, many animals that pose a threat to humans are highly cryptic, and detecting their presence before the interaction occurs can be challenging. We describe a method whereby the presence of the estuarine crocodile (Crocodylus porosus), a cryptic and potentially dangerous predator of humans, was detected using traces of DNA shed into the water, known as environmental DNA (eDNA). The estuarine crocodile is present in waterways throughout southeast Asia and Oceania and has been responsible for >1,000 attacks upon humans in the past …

Dispelling The Mirage Of C4-Driven Drought Tolerance In Poaceae: A Phylogenomic Study, Matthew P. Nissenbaum

Graduate Research Theses & Dissertations

Climate change has been considered a key driver for adaptations in water usage efficiency (WUE) in plants. Perceptions persist that C4 photosynthesis is indicative of some level of WUE. Here, we examined the interaction and evolution of WUE within the grass family, Poaceae, as it pertains to photosynthetic pathway. Unique to this study is the magnitude of taxa sampled, presence of intrageneric sampling, and use of complete plastid genomes (plastomes) for phylogenomic analyses.

310 species were sampled, including 26 with newly sequenced plastomes, which were assembled de novo from next-generation sequencing data. Additional plastomes were downloaded from the National Center …

Investigation Of Glutamate Carboxypeptidase Ii Roles In The Folate Cycle Dependent Reproduction And Development Of Caenorhabditis Elegans, Jessica M. Derham

Masters Theses

Glutamate Carboxypeptidase II (GCPII) is a transmembrane, zinc metallopeptidase that is expressed in a wide range of organisms, including roundworms, mice, and humans. In humans, GCPII is primarily expressed in the prostate, kidneys, small intestine, and central nervous system. Within the small intestine, the expected function of GCPII is to aid in the absorption of dietary folate from the intestinal lumen. GCPII cleaves excess glutamates from folate to yield monoglutamated folate which is then readily transported into the enterocyte. Folate can then be used through the one carbon metabolic cycle for the synthesis of nucleotides, conversion of homocysteine to methionine, …

Diet, Weight Management, Physical Activity And Ovarian & Breast Cancer Risk In Women With Brca1/2 Pathogenic Germline Gene Variants: Systematic Review, Adriana M Coletta, Susan K Peterson, Leticia A Gatus, Kate J Krause, Susan M Schembre, Susan C Gilchrist, Banu Arun, Y Nancy You, Miguel A Rodriguez-Bigas, Larkin L Strong, Karen H Lu, Karen Basen-Engquist

Faculty, Staff and Student Publications

INTRODUCTION: Women with pathogenic germline gene variants in

METHODS: We searched Medline, EMBASE, CENTRAL, PubMed, and clinicaltrials.gov up to October 3, 2019. We identified 2775 records and included 21.

RESULTS: There is limited evidence related to these factors and ovarian cancer risk. For breast cancer risk, evidence suggests higher diet quality, adulthood weight-loss of ≥10 pounds, and activity during adolescence and young-adulthood may be linked with decreased risk. Higher meat intake and higher daily energy intake may be linked with increased risk.

CONCLUSIONS: There is not enough evidence to suggest tailored recommendations for dietary habits or weight management among women …

A Kinesin Adapter Directly Mediates Dendritic Mrna Localization During Neural Development In Mice, Hao Wu, Jing Zhou, Tianhui Zhu, Ivan Cohen, Jason Dictenberg

Publications and Research

Motor protein-based active transport is essential for mRNA localization and local translation in animal cells, yet how mRNA granules interact with motor proteins remains poorly understood. Using an unbiased yeast two–hybrid screen for interactions between murine RNA-binding proteins (RBPs) and motor proteins, here we identified protein interaction with APP tail-1 (PAT1) as a potential direct adapter between zipcode-binding protein 1 (ZBP1, a β-actin RBP) and the kinesin-I motor complex. The amino acid sequence of mouse PAT1 is similar to that of the kinesin light chain (KLC), and we found that PAT1 binds to KLC directly. Studying PAT1 in mouse …

Wading In A Glycan Sea: Investigations Of, And Developing Bioinformatic Tools For, Carbohydrate Active Enzymes And Gene Clusters In Prokaryotes, Catherine Ann Ausland

Graduate Research Theses & Dissertations

Carbohydrates are immensely important biomolecule found in all organisms on earth, serving roles in structure, energy storage, protection and/or cell signaling. Carbohydrates are composed of an immense diversity of linkages, monosaccharide moieties and substitutions making them likely the most diverse biomolecule on earth, as well as the most abundant, being synthesized by plants and algae. Carbohydrates are synthesized and degraded by all organisms on earth through the expression of carbohydrate active enzymes, or ‘CAZymes’. In bacteria, CAZymes have been characterized to cluster in with transporters, regulators and/or other genes in so-called ‘polysaccharide utilization loci’, or PULs, to degrade carbohydrate substrates …

Identification And Analysis Of Genes With Differential And Tissue-Specific Expression In Poplars, Bailey Mitchell

Masters Theses

Poplars have become one of the most frequently studied plant species for their applications in biotechnology, commercial benefits, and ecological importance. Microarray analysis is commonly used to analyze differential gene expression in many organisms. Investigations have examined differential gene expression and performed functional analyses on a single tissue or organ within poplar trees or a closely related set of tissues and organs, but usually do not broadly analyze gene expression across a large number of tissues and organs in poplar. This thesis work aims to generate data on the most differentially expressed genes for the major groups of tissues and …

The Transcriptome Response Of The White-Rot Fungus Trametes Versicolor To Wild-Type And Lignin-Modified Hybrid Poplar, Anbarah Alzabaidi

Masters Theses

Plant biomass is a renewable and sustainable feedstock for biofuel production that can reduce societal dependence on fossil fuels. However, the production of liquid biofuels from the non-starch (i.e. lignocellulosic) material through fermentation technology is limited due to the complexity of the cell wall structure. This necessitates the use of chemical, thermal, and/or mechanical pretreatment technologies, which adds significant capital, operational, and environmental costs. Biological pretreatment strategies have the potential to mitigate these expenses by harnessing the innate ability of specialized bacteria and fungi to deconstruct lignocellulose. White-rot fungi (e.g. Trametes versicolor) have been shown to be …

Neurodegenerative Modeling: Tau Protein, Degradative Pathways, And Gene Expression Profiling Of Human Ipsc-Derived Neural Precursors And Differentiated 3-D Neural Sphere Versus 2-D Monolayer Cultures, Kyle H. Anthoney

Cal Poly Humboldt theses and projects

Human induced pluripotent stem cells offer a model for human brain development and disease by differentiation into brain organoids; however, current neural culture systems lack the microenvironment, neuronal circuits and connectivity, vascular circulation, and immune system that exist in vivo. After differentiation and development of neuronal and non-neuronal cell types within two formats of cell cultures, we can visualize and recapitulate in vivo protein accumulation, gene expression, and degradative processes such as autophagy. Using RNA extraction, purification methods and reverse transcription I compared traditional monolayer cultures and novel 3-D neural sphere cultures via gene expression analysis. This analysis indicated …

Comprehensive Analysis Of Human Subtelomeres By Whole Genome Mapping, Eleanor Young, Heba Z. Abid, Pui-Yan Kwok, Harold Riethman, Ming Xiao

School of Medical Diagnostics & Translational Sciences Publications

Detailed comprehensive knowledge of the structures of individual long-range telomere-terminal haplotypes are needed to understand their impact on telomere function, and to delineate the population structure and evolution of subtelomere regions. However, the abundance of large evolutionarily recent segmental duplications and high levels of large structural variations have complicated both the mapping and sequence characterization of human subtelomere regions. Here, we use high throughput optical mapping of large single DNA molecules in nanochannel arrays for 154 human genomes from 26 populations to present a comprehensive look at human subtelomere structure and variation. The results catalog many novel long-range subtelomere haplotypes …

A Genome-Wide Association Study Of Cocaine Use Disorder Accounting For Phenotypic Heterogeneity And Gene–Environment Interaction, Jiangwen Sun, Henry R. Kranzler, Joel Gelernter, Jinbo Bi

Computer Science Faculty Publications

Background: Phenotypic heterogeneity and complicated gene-environment interplay in etiology are among the primary factors that hinder the identification of genetic variants associated with cocaine use disorder. Methods: To detect novel genetic variants associated with cocaine use disorder, we derived disease traits with reduced phenotypic heterogeneity using cluster analysis of a study sample (n = 9965). We then used these traits in genome-wide association tests, performed separately for 2070 African Americans and 1570 European Americans, using a new mixed model that accounted for the moderating effects of 5 childhood environmental factors. We used an independent sample (918 African Americans, 1382 European …

Analysis Of Changes In Genes That Lead To Antibiotic Resistance In Klebsiella Pneumoniae 43816, Jasmine R. Anderson

UNF Graduate Theses and Dissertations

Klebsiella pneumoniae is a Gram-negative bacterium responsible for nosocomial infections such as blood stream infections, meningitis, and septicemia. Clinical isolates confirm K. pneumoniae is increasingly antibiotic resistant (AR) making treatment more difficult. While bacterial exposure to antimicrobial substances is a known cause of the AR phenotype, there still exists gaps in knowledge about the genetic changes responsible for this fitness change. The laboratory Klebsiella pneumoniae 43816 (ATCC 43816) was exposed to sublethal concentrations of Cephalothin for a 14-day period. At the end of the experimental treatment, the adapted population acquired clinical antibiotic resistance along with phenotypic and morphological changes. The …

Dna Methylation Patterns Of Repetitive Elements On Hc21, Navy Neang

Master's Theses

Cancer is one of the most prominent diseases resulting in death, thus the need for early detection remains essential to its treatments. It is usually associated with DNA methylation changes during tumorigenesis. While many studies focus on euchromatin, some studies have looked at the methylation changes in heterochromatin, since the methylation changes of repetitive elements is common and they contribute to karyotypic instability leading to enhanced chances for more mutations in tumor progression. Using bisulfite PCR and HC21 as a model, this study examines the DNA methylation changes of three repetitive elements in prostate cancer, NBL2, satellite I subfamilies, and …

การตรวจ Trimethylamine N-Oxide (Tmao) ในซีรัมเพื่อทำนายภาวะหลอดเลือดแข็งตัวในผู้ป่วยโรคไตเรื้อรัง, สมพงศ์ บุญให้

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ความเป็นมา: การเพิ่มขึ้นของสาร trimethylamine N-oxide (TMAO) ซึ่งเป็นสารพิษที่มาจากแบคทีเรียในลำไส้ของผู้ป่วยโรคไตเรื้อรัง (chronic kidney disease; CKD) อาจช่วยเพิ่มการผลิต TMAO reductase ซึ่งเป็นเอนไซม์ของแบคทีเรียในลำไส้และมีการแทรกผ่านไปยังกระแสเลือดอันเนื่องมาจากข้อบกพร่องในการซึมผ่านของลำไส้ (gut leakage) และอาจนำมาใช้เป็นตัวบ่งชี้ภาวะหลอดเลือดแข็งตัวในผู้ป่วยโรคไตเรื้อรัง วัตถุประสงค์: เพื่อสำรวจความสัมพันธ์ระหว่าง serum TMAO, serum TMAO reductase, gut leakage, ระบบการอักเสบและภาวะหลอดเลือดแข็งตัวในผู้ป่วยโรคไตเรื้อรัง วิธีการ: ทำการวิเคราะห์แบบตัดขวางในตัวอย่างเลือดจากผู้ป่วยโรคไตเรื้อรังที่เข้ารับการฟอกเลือดเป็นประจำ (n = 48) และใช้ตัวอย่างของผู้ที่มีสุขภาพดีในการควบคุม (n = 20) โดยวัดค่าการทำงานของตับ (serum glutamic-oxaloacetic transaminase; SGOT และ serum glutamate-pyruvate transaminase; SGPT) วิเคราะห์หาค่าสารพิษทั้งหมดของภาวะ uremia toxin ได้แก่ สารที่มีโมเลกุลขนาดเล็ก (BUN และ creatinine) สารที่มีโมเลกุลขนาดกลาง (beta-2 microglobulin; B2M) สารที่มีโมเลกุลที่จับกับโปรตีน (serum TMAO) วิเคราะห์หาข้อบกพร่องในการซึมผ่านของลำไส้ได้แก่ serum LPS และ serum TMAO reductase วิเคราะห์หาการตอบสนองต่อการอักเสบ (serum C-reactive protein, serum TNF-α และ serum IL-6) และประเมินภาวะหลอดเลือดแข็งตัวโดยใช้ดัชนี ankle-brachial index (ABI) และดัชนี cardio-ankle vascular index (CAVI) ผลการวิจัย: ในผู้ป่วยโรคไตเรื้อรังมีระดับ serum TMAO และ serum TMAO reductase รวมทั้งระดับสารพิษทั้งหมดของภาวะ uremia toxin และระดับการตอบสนองต่อการอักเสบสูงขึ้นมากกว่ากลุ่มควบคุม นอกจากนี้ยังตรวจพบภาวะ endotoxemia …

การทดสอบความเข้ากันได้ของเอชแอลเอด้วยเทคนิคโฟลไซโตเมทรี : ทางเลือกหนึ่งของการทดสอบในผู้ป่วยขึ้นทะเบียนรอปลูกถ่ายไตจากผู้บริจาคสมองตาย, นุจนันท์ โชคทวีศักดิ์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การตรวจความเข้ากันได้ของ Human Leukocyte Antigen (HLA) ก่อนการปลูกถ่ายไตทำขึ้นเพื่อตรวจจับ Donor Specific Antibody (DSA) ต่อผู้บริจาค ที่อาจก่อให้เกิดปฏิกิริยาปฏิเสธอวัยวะ โดยเทคนิคที่ใช้ในปัจจุบันคือเทคนิค Complement-dependent microcytotoxicity crossmatch (CDC-XM) และ Anti-Human Globulin Complement-dependent microcytotoxicity crossmatch (AHG-CDC) มีความไวจำกัด ไม่สามารถตรวจจับ DSA ปริมาณน้อยที่ส่งผลต่ออัตราการรอดของไตได้ ขณะที่เทคนิคโฟลไซโตเมทรี (Flow cytometry crossmactch, FCXM) มีความไวสูงกว่า แต่พบปัญหาผลบวกปลอมจากแอนติบอดีที่ไม่เกี่ยวข้องทำให้ผู้ป่วยเสียโอกาสที่จะได้รับการปลูกถ่ายไต งานวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อปรับปรุงความไวและความจำเพาะของเทคนิค FCXM โดยศึกษาในลิมโฟซัยต์จากผู้บริจาคไตสมองตายกับน้ำเหลืองตัวอย่างที่ทราบผล DSA จำนวน 20 ตัวอย่างเพื่อประเมินเทคนิคแล้วทดสอบเปรียบเทียบกับเทคนิค CDC,AHG-CDC ในกลุ่มผู้ป่วยจำนวน 199 ตัวอย่าง พบว่าในขั้นตอนการประเมินผลเทคนิค FCXM มีความไวและความจำเพาะในกลุ่ม T cell 71% และ 100% ตามลำดับ ส่วน B cell พบว่าความไวเท่ากับ 75% และความจำเพาะ 100% และสอดคล้องกับผล DSA อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ (p< 0.05) เมื่อทดสอบกับผู้ป่วยให้ผลสอดคล้องกับเทคนิค CDC, AHG-CDC จำนวน 190 ตัวอย่าง คิดเป็น 95.47% พบผลบวกปลอม จำนวน 8 ตัวอย่าง คิดเป็น 4.0% ผลการทดสอบความเข้ากันได้และประเมินประสิทธิภาพเทคนิค FCXM นี้สรุปได้ว่าเหมาะสมที่จะนำไปทดลองใช้ทดแทนเทคนิค CDC และ AHG-CDC แต่ควรทำการศึกษาเพิ่มเติมในกลุ่มที่มี DSA ก่อนนำไปใช้จริงในอนาคต

การพัฒนาวิธีตรวจหาเชื้อ Avian Adenoviruses โดยวิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสเพื่อใช้ในงานประเมินคุณภาพวัคซีน, ศราวุฒิ ยอดทอง

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วัคซีนที่มีความปลอดภัยก่อนนำไปใช้ในมนุษย์ต้องปราศจากเชื้อปนเปื้อนแฝง (extraneous agents) โดยเชื้อ Avian adenoviruses เป็นเชื้อปนเปื้อนแฝงชนิดหนึ่งที่อาจปนเปื้อนมากับไข่ไก่ฟักซึ่งเป็นวัตถุดิบในการผลิตวัคซีนไข้หวัดใหญ่ชนิดเชื้อตาย (Inactivated Influenza Vaccine, IIV) การตรวจหาเชื้อ Avian adenoviruses ในปัจจุบันทำการทดสอบโดยวิธีเซลล์เพาะเลี้ยง ซึ่งวิธีดังกล่าวสามารถตรวจได้เฉพาะเชื้อ Avian adenovirus ในกลุ่มที่ 1 (Fowl adenovirus) ใช้แรงงานจำนวนมาก และใช้เวลาในการทดสอบนาน ด้วยเหตุนี้จึงได้พัฒนาวิธี nested PCR และ real-time PCR เปรียบเทียบกับวิธีเซลล์เพาะเลี้ยงในการตรวจหาการปนเปื้อนของเชื้อ Avian adenoviruses ในวัคซีนไข้หวัดใหญ่ชนิดเชื้อตาย โดยพบว่าวิธี nested PCR และ real-time PCR สามารถตรวจหาเชื้อ Avian adenoviruses ในกลุ่มที่ 1 ได้แก่ Fowl adenovirus ซีโรไทป์ 1 2 และ 4 เชื้อ Hemorrhagic enteritis virus ในกลุ่มที่ 2 และเชื้อ Egg drop syndrome ในกลุ่มที่ 3 ได้อย่างจำเพาะ โดยไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกัน (cross-reaction) กับเชื้อก่อโรคชนิดอื่นในไก่ ได้แก่เชื้อ Mycoplasma gallisepticum Mycoplasma synoviae Infectious laryngotracheitis virus Chicken anemia virus Chicken bronchitis virus โดยวิธีเซลล์เพาะเลี้ยง nested PCR และ real-time PCR มีความไวในการตรวจหาเชื้อ Fowl adenovirus 1 ซึ่งมีการติดเชื้อในไก่แบบแฝงและตรวจพบได้ยาก ได้เท่ากับ 10-2 10-8 และ 10-18 TCID50/0.1ml …

การพัฒนาเทคนิค Multiplex Allele Specific-Polymerase Chain Reaction ร่วมกับแผ่นทดสอบ Dipstick Chromatography เพื่อใช้วินิจฉัยการกลายพันธุ์ของยีน Katg และยีน Inha ที่สัมพันธ์กับการดื้อยา Isoniazid ของเชื้อ Mycobacterium Tuberculosis, นวลนภา จรจำรัส

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อแบคทีเรีย Mycobacterium tuberculosis เป็นสาเหตุของวัณโรค ซึ่งเป็นโรคติดเชื้อที่เป็นปัญหาทางสาธารณสุขทั้งในประเทศไทยและในระดับโลก โดยเฉพาะเมื่อโรคพัฒนาสู่ภาวะวัณโรคดื้อยาหลายขนาน (Multidrug-resistant Tuberculosis: MDR-TB) ยา Isoniazid เป็นหนึ่งในยาขนานแรกที่มีประสิทธิภาพสูงสุดในการรักษาผู้ป่วยวัณโรค ดังนั้นการดื้อยา Isoniazid จึงเป็นอุปสรรคที่สำคัญในการควบคุมการแพร่ระบาดของวัณโรค และยังพบว่าผู้ป่วยวัณโรคที่ดื้อต่อยา Isoniazid มีโอกาสสูงที่จะพัฒนาไปเป็นผู้ป่วยวัณโรคดื้อยาหลายขนาน และมีโอกาสในการรักษาสำเร็จที่ลดลง สาเหตุหลักของการดื้อยา Isoniazid จากการกลายพันธุ์ของยีน katG และยีน inhA ตามลำดับ การศึกษานี้ได้พัฒนาเทคนิค Multiplex Allele Specific Polymerase Chain Reaction (MAS-PCR) ร่วมกับแผ่นทดสอบ Dipstick Chromatography เพื่อใช้วินิจฉัยการกลายพันธุ์ของยีน katG ที่ตำแหน่งโคดอน 315 และยีน inhA ที่ตำแหน่งเหนือยีน (-15) ของเชื้อ M. tuberculosis ซึ่งสัมพันธ์กับการดื้อยา Isoniazid ผลการทดสอบกับดีเอ็นเอที่สกัดได้จากโคโลนีของเชื้อ M. tuberculosis จำนวน 250 ตัวอย่าง พบว่าเทคนิค MAS-PCR ร่วมกับแผ่นทดสอบ Dipstick Chromatography มีความไวและความจำเพาะในการวินิจฉัยการกลายพันธุ์ที่สัมพันธ์กับการดื้อยา Isoniazid เท่ากับ 91.67% และ 100% ตามลำดับ เมื่อเปรียบเทียบกับวิธีทดสอบทางฟีโนไทป์ ในขณะที่เมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค Sanger DNA sequencing ในการตรวจหากลายพันธุ์ของยีน katG ณ ตำแหน่งโคดอน 315 มีค่าความไวและความจำเพาะเท่ากับ 100% และ 99.28% ตามลำดับ และในการตรวจหายีน inhA ที่ตำแหน่งเหนือยีน (-15) มีค่าความไวและความจำเพาะเท่ากับ 100% และ 99.51% ตามลำดับ โดยเทคนิค MAS-PCR ร่วมกับแผ่นทดสอบ Dipstick Chromatography มีค่าความสอดคล้องในระดับดีมากกับทุกเทคนิคที่นำมาเปรียบเทียบ เทคนิค MAS-PCR …

การพัฒนาแถบตรวจ Mtb Strip แบบอ่านผลด้วยตาเปล่าอย่างรวดเร็ว สำหรับวินิจฉัยวัณโรคจากปฏิกิริยา Multiplex-Recombinase Polymerase Amplification, วิลาณี เดชขจร

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วัณโรคเป็นโรคติดต่อที่มีการระบาดทั่วโลก และยังคงเป็นปัญหาสาธารณสุขที่สำคัญของประเทศไทย วัณโรคยังเป็นสาเหตุของการเสียชีวิตจากโรคติดต่อสูงเป็นอันดับสองรองจากโรคเอดส์ โดยมีสาเหตุมาจากเชื้อแบคทีเรีย Mycobacterium tuberculosis complex (MTBC) การตรวจวินิจฉัยวัณโรคทางห้องปฏิบัติการ เป็นหนึ่งปัจจัยที่สำคัญในการควบคุมการแพร่ระบาดของโรค การนำเทคนิคทางอณูชีววิทยาเข้ามาใช้วินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ ซึ่งมีความรวดเร็วมากกว่าการเพาะเลี้ยงเชื้อด้วยวิธีดั้งเดิมและสามารถวินิจฉัยโรคได้ภายใน 1 วัน มีบทบาทที่สำคัญในการวินิจวัณโรคในปัจจุบัน การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์ในการพัฒนาแถบตรวจ MTB Strip แบบอ่านผลด้วยตาเปล่าอย่างรวดเร็ว สำหรับวินิจฉัยวัณโรคจากปฏิกิริยา Multiplex-recombinase polymerase amplification (M-RPA) โดยใช้ไพรเมอร์ที่จำเพาะต่อ IS1081 และ IS6110 ซึ่งมีความจำเพาะต่อเชื้อ MTBC และตรวจสอบผลผลิตของทั้งสอง IS ร่วมกัน เพื่อเพิ่มความไวของเทคนิคในการวินิจฉัยวัณโรค การทดสอบเบื้องต้นกับดีเอ็นเอที่สกัดจากโคโลนีของเชื้อ แสดงให้เห็นว่าเทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB Strip สามารถจำแนกเชื้อ MTBC ออกจาก NTM ได้อย่างถูกต้อง เมื่อนำเทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB Strip มาวินิจฉัยกับดีเอ็นเอที่สกัดจากสิ่งส่งตรวจเสมหะจำนวน 131 ตัวอย่าง พบว่ามีความไวและความจำเพาะ เท่ากับ 91.03% และ 84.91% ตามลำดับ โดยมีค่าความสอดคล้องในเกณฑ์ดี (κ=0.762) เมื่อเปรียบเทียบกับการย้อมสีทนกรด ในขณะที่มีความไวและความจำเพาะเท่ากับ 100.0% และ 94.55% ตามลำดับ และมีค่าความสอดคล้องในเกณฑ์ดีมาก (κ=0.953) เมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค Real-time PCR เทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB Strip ใช้ระยะเวลาทำปฏิกิริยาเพียง 25 นาที ภายใต้อุณหภูมิ 37 องศาเซลเซียส และตรวจสอบผลผลิตด้วยแถบตรวจ MTB Strip ภายในเวลา 15 นาที โดยตรวจสอบความเข้มข้นดีเอ็นเอตั้งต้นน้อยที่สุดได้เท่ากับ 0.1 ng/µl และไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกลุ่มเชื้อแบคทีเรียสายพันธุ์อื่นที่มักก่อโรคในระบบทางเดินหายใจ ดังนั้นเทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB Strip จึงเป็นเทคนิคที่มีความรวดเร็ว ไม่ซับซ้อน …