Open Access. Powered by Scholars. Published by Universities.®

Genetics and Genomics Commons™

Open Access. Powered by Scholars. Published by Universities.®

Discipline
Institution
Keyword
Publication Year
Publication
Publication Type
File Type

Articles 2731 - 2760 of 9782

Full-Text Articles in Genetics and Genomics

Population Structure Of The Lizard Ecpleopus Gaudichaudii Coincides With A Biogeographic Barrier - The Doce River, Alexander J. Garretson Jan 2022

Population Structure Of The Lizard Ecpleopus Gaudichaudii Coincides With A Biogeographic Barrier - The Doce River, Alexander J. Garretson

Dissertations and Theses

Intraspecific genetic variation is an integral component of diversification and the accumulation of biodiversity. The degree to which isolated populations of the same species are genetically structured in geographical space is impacted by a variety of mechanisms. In this study, I document patterns and discuss possible drivers of genetic structure within Ecpleopus gaudichaudii, a lizard species endemic to the Atlantic Forest of Brazil. For that, I assembled ddRadseq sequences from 48 individuals across much of the range of the E. gaudichaudii and analyzed its population structure. I created an intraspecific phylogeny for this group utilizing RAxML and conducted a …

Go to article

Cloning Of Root-Specific Promoters In Helianthus Annuus And Populus Trichocarpa, Jacob Murphy Jan 2022

Cloning Of Root-Specific Promoters In Helianthus Annuus And Populus Trichocarpa, Jacob Murphy

Masters Theses

Tissue-specific promoters are a valuable tool in plant biotechnology because they allow for precise spatial control of transgene expression. To identify root-specific promoters in sunflower (Helianthus annuus), sunflower RNA sequence (RNA-seq) data were screened in silico by Pavlidis Template Matching (PTM) with a root-specific template. Eight root-specific genes were identified in sunflower. The 2.5kbp promoter regions of six of these root-specific sunflower genes (HaTOR1L3, HaGOXL3A, HaGOXL3B, HaAPA1, HaPOE1, and HaMOP10) were successfully cloned as well as the 3kbp promoter regions of four root-specific genes previously identified in poplar (Populus trichocarpa …

Go to article

Course Portfolio For Bioc934: Genome Dynamics And Gene Expression, Nicole R. Buan Jan 2022

Course Portfolio For Bioc934: Genome Dynamics And Gene Expression, Nicole R. Buan

UNL Faculty Course Portfolios

A graduate degree in Biochemistry or any molecular life science field requires a strong foundation in molecular biology. BIOC934 Genome Dynamics and Gene Expression is a course designed to challenge graduate students whose research interests lie in the areas of biochemistry, molecular biology, synthetic biology, bioinformatics, and systems biology of prokaryote and eukaryote systems. Graduate students in these disciplines require a rigorous and thorough examination of core concepts in addition to practice applying theory to new observations while traversing unfamiliar disciplinary terrain. This portfolio describes the design of BIOC934, its implementation, and observed outcomes to identify strengths of the course …

Go to article

Phylogenetic Origins And Age-Based Proportions Of Malacho (Elops Smithi) Relative To Ladyfish (Elops Saurus): Species On The Move In The Western Gulf Of Mexico, Damon Williford, Nicolette S. Beeken, Joel Anderson, Polly Hajovsky, Roberta Weixelman Jan 2022

Phylogenetic Origins And Age-Based Proportions Of Malacho (Elops Smithi) Relative To Ladyfish (Elops Saurus): Species On The Move In The Western Gulf Of Mexico, Damon Williford, Nicolette S. Beeken, Joel Anderson, Polly Hajovsky, Roberta Weixelman

Gulf and Caribbean Research

Two species of ladyfish occur in the Gulf of Mexico (GOM), Elops saurus and Elops smithi, that are morphologically indistinguishable except for vertebral counts but can also be identified by mitochondrial DNA haplotypes. Here we expand on previous work, most of which has occurred in Florida, and examine the demography, phylogenetics, geographic distribution, and age—structure of ladyfishes in Texas estuaries. Fishery—independent gill net data demonstrated that ladyfishes increase in abundance from north to south along the Texas coast. The abundance of ladyfishes also increased in Texas waters from 1982–2021, which coincides with recent trends of warmer winters. Genetic data …

Go to article

Fathmm: Frameshift Aware Translated Hidden Markov Models, Genevieve Krause Jan 2022

Fathmm: Frameshift Aware Translated Hidden Markov Models, Genevieve Krause

Graduate Student Theses, Dissertations, & Professional Papers

No abstract provided.

Go to article

Investigating The Genetic Diversity Of Immune Genes In Non-Native Populations Of American Bullfrogs (Rana Catesbeiana), Luisa Nereyda Segovia Jan 2022

Investigating The Genetic Diversity Of Immune Genes In Non-Native Populations Of American Bullfrogs (Rana Catesbeiana), Luisa Nereyda Segovia

Cal Poly Humboldt theses and projects

The American Bullfrog (Rana catesbeiana) is a highly invasive species that has successfully colonized habitats around the world. The genetic variability of immune genes within invasive populations, like that of bullfrogs, may contribute to how resistant a population is to pathogens. The objective of this project was to characterize the genetic diversity of an immune gene in invasive bullfrog populations in California to better understand how persistent these populations might be over time. To characterize immune gene variability, I isolated exon 2 of the Major Histocompatibility Complex (MHC) Class II Beta chain gene and a neutral mitochondrial marker, …

Go to article

The Landscape Of Accessible Chromatin In Quiescent Cardiac Fibroblasts And Cardiac Fibroblasts Activated After Myocardial Infarction, Chaoyang Yi, Jiangwen Sun, Qianglin Liu, Sanjeeva Dodlapati, Hao Ming, Leshan Wang, Yuxia Li, Rui Li, Zongliang Jiang, Joseph Francis, Xing Fu Jan 2022

The Landscape Of Accessible Chromatin In Quiescent Cardiac Fibroblasts And Cardiac Fibroblasts Activated After Myocardial Infarction, Chaoyang Yi, Jiangwen Sun, Qianglin Liu, Sanjeeva Dodlapati, Hao Ming, Leshan Wang, Yuxia Li, Rui Li, Zongliang Jiang, Joseph Francis, Xing Fu

Computer Science Faculty Publications

After myocardial infarction, the massive death of cardiomyocytes leads to cardiac fibroblast proliferation and myofibroblast differentiation, which contributes to the extracellular matrix remodelling of the infarcted myocardium. We recently found that myofibroblasts further differentiate into matrifibrocytes, a newly identified cardiac fibroblast differentiation state. Cardiac fibroblasts of different states have distinct gene expression profiles closely related to their functions. However, the mechanism responsible for the gene expression changes during these activation and differentiation events is still not clear. In this study, the gene expression profiling and genome-wide accessible chromatin mapping of mouse cardiac fibroblasts isolated from the uninjured myocardium and the …

Go to article

Completing Single-Cell Dna Methylome Profiles Via Transfer Learning Together With Kl-Divergence, Sanjeeva Dodlapati, Zongliang Jiang, Jiangwen Sun Jan 2022

Completing Single-Cell Dna Methylome Profiles Via Transfer Learning Together With Kl-Divergence, Sanjeeva Dodlapati, Zongliang Jiang, Jiangwen Sun

Computer Science Faculty Publications

The high level of sparsity in methylome profiles obtained using whole-genome bisulfite sequencing in the case of low biological material amount limits its value in the study of systems in which large samples are difficult to assemble, such as mammalian preimplantation embryonic development. The recently developed computational methods for addressing the sparsity by imputing missing have their limits when the required minimum data coverage or profiles of the same tissue in other modalities are not available. In this study, we explored the use of transfer learning together with Kullback-Leibler (KL) divergence to train predictive models for completing methylome profiles with …

Go to article

An Analysis Of The Spatial Genetic Structure Of A Hybrid Zone Between Two Species Of Killifish, Fundulus Heteroclitus And F. Grandis, Andrew Lee Hardy Jan 2022

An Analysis Of The Spatial Genetic Structure Of A Hybrid Zone Between Two Species Of Killifish, Fundulus Heteroclitus And F. Grandis, Andrew Lee Hardy

UNF Graduate Theses and Dissertations

Hybridization offers unique insight into the evolutionary process of speciation and the forces that maintain barriers to reproduction. In northeast Florida, a hybrid zone between two species of killifish, Fundulus heteroclitus and F. grandis, has been identified near Flagler Beach, FL, although the exact boundaries of the hybrid zone remain unknown (Gonzalez et al. 2009). This study aims to determine the fine-scale spatial genetic patterns of the hybrid zone and test the hypothesis that species ranges are influenced by changes in dominant vegetation. Results from an ADMIXTURE analysis and FST data indicated the boundary of the area of …

Go to article

Amblyomma Quadricavum (Schulze, 1941) (Acari:Ixodidae): First Description Of The Nymphal Stage And Phylogenetic Assessment Of Its Taxonomic Status, Ashleigh V. Riggs Jan 2022

Amblyomma Quadricavum (Schulze, 1941) (Acari:Ixodidae): First Description Of The Nymphal Stage And Phylogenetic Assessment Of Its Taxonomic Status, Ashleigh V. Riggs

College of Graduate Studies: Theses & Dissertations

The hard tick (Acari: Ixodidae) Amblyomma quadricavum (Schulze, 1941) is a parasite of snakes and is endemic to the Caribbean region. Morphological characters of this species, namely its rudimentary eye structures, have led to debate about its taxonomic status. The species was originally assigned to the genus Aponomma. However, with revisions of the genus Aponomma, and the recent creation of new genera created for some basal former-Aponomma, it has been suggested that perhaps Amblyomma quadricavum might be a close relative of Robertsicus elaphensis, the Trans-Pecos rat snake tick of the southwest United States and New Mexico, another eyeless former-Aponomma species …

Go to article

For Whom The Bell Tolls: Psychopathological And Neurobiological Correlates Of The Dna Methylation Index Of Time-To-Death, Sage E. Hawn, Xiang Zhao, Danielle R. Sullivan, Mark Logue, Dana Fein-Schaffer, William Milberg, Regina Mcglinchey, Mark W. Miller, Erika J. Wolf Jan 2022

For Whom The Bell Tolls: Psychopathological And Neurobiological Correlates Of The Dna Methylation Index Of Time-To-Death, Sage E. Hawn, Xiang Zhao, Danielle R. Sullivan, Mark Logue, Dana Fein-Schaffer, William Milberg, Regina Mcglinchey, Mark W. Miller, Erika J. Wolf

Psychology Faculty Publications

Psychopathology is a risk factor for accelerated biological aging and early mortality. We examined associations between broad underlying dimensions of psychopathology (reflecting internalizing and externalizing psychiatric symptoms), PTSD, and age-adjusted GrimAge (“GrimAge residuals”), a DNA methylation biomarker of mortality risk relative to age. We also examined neurobiological correlates of GrimAge residuals, including neurocognitive functioning, blood-based biomarkers (of inflammation, neuropathology, metabolic disease), and cortical thickness. Data from two independent trauma-exposed military cohorts (n = 647 [62.9% male, Mage = 52], n = 434 [90% male, Mage = 32]) were evaluated using linear regression models to test associations between …

Go to article

Dna Methylation Patterns Of Line-1 Elements Specific To Hc21p In Cancer Cells, Dametria Jetters Jan 2022

Dna Methylation Patterns Of Line-1 Elements Specific To Hc21p In Cancer Cells, Dametria Jetters

Master's Theses

Long Interspersed Nuclear Elements (LINEs) are retrotransposons. They function by making a cDNA copy, reverse-transcribing it into DNA and reinserting itself back into the genome; thereby, increasing its copy number. Sequencing of the human genome revealed that LINEs (L1) are underrepresented on the short arm of human chromosome 21 (HC21), but it is enriched in full-length copies. A number of previous studies have investigated the DNA methylation patterns of L1s in cancer cells, but these studies are typically done in euchromatic regions. The heterochromatic short arm of HC21 is primarily composed of heterochromatin. However these regions can be targeted for …

Go to article

ผลของสารสกัดสมุนไพรที่มีเห็ดกระถินพิมาน Phellinus Linteus เป็นองค์ประกอบต่อการมีชีวิตของเซลล์ วัฏจักรเซลล์ อะพอพโทซิส และการแสดงออกของยีนในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมาก, ประกายทิพย์ สมจิตต์ Jan 2022

ผลของสารสกัดสมุนไพรที่มีเห็ดกระถินพิมาน Phellinus Linteus เป็นองค์ประกอบต่อการมีชีวิตของเซลล์ วัฏจักรเซลล์ อะพอพโทซิส และการแสดงออกของยีนในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมาก, ประกายทิพย์ สมจิตต์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

มะเร็งลำไส้ใหญ่เป็นมะเร็งที่มีอัตราการเกิดและเสียชีวิตเป็นอันดับต้น ๆ ในทุกกลุ่มอายุ และมะเร็งต่อมลูกหมากเป็นมะเร็งที่มีอัตราการเกิดและเสียชีวิตเป็นอันดับสองในเพศชาย โดยการศึกษาในปัจจุบันพบว่าเห็ดกระถินพิมาน (Phellinus linteus) และสมุนไพรอื่นๆ บางชนิดมีฤทธิ์ป้องกันการเกิดมะเร็ง การศึกษานี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อตรวจสอบฤทธิ์และกลไกการยับยั้งการมีชีวิตของสารสกัดที่มีเห็ดกระถินพิมานเป็นองค์ประกอบร่วมกับสมุนไพรอื่น ๆ (สูตรตำรับ) และสารสกัดเห็ดกระถินพิมานในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ HCT116 SW620 และ HT-29 และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมาก PC-3 ผลทดสอบการยับยั้งการมีชีวิตของเซลล์ด้วยเทคนิค MTT assay แสดงให้เห็นว่าสารสกัดสูตรตำรับสามารถยับยั้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งที่ศึกษาได้ 50% (IC50) ที่ความเข้มข้นน้อยกว่าสารสกัดที่มีเห็ดกระถินพิมานเพียงอย่างเดียวอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ โดยกลไกการยับยั้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมากของสารสกัดสูตรตำรับได้ศึกษาการควบคุมผ่านวัฏจักรเซลล์และกระบวนการอะพอพโทซิสโดยใช้เทคนิค PI assay และเทคนิค Annexin V apoptosis assay ตามลำดับ ผลการศึกษาแสดงให้เห็นว่าสารสกัดสูตรตำรับเพิ่มจำนวนประชากรสะสมในระยะ G0/G1 และชักนำการตายแบบ necrosis ในเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมาก และเพิ่มจำนวนประชากรเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ชนิด HCT116 และ HT-29 ในระยะ G2 และ SW620 ในระยะ S และชักนำการตายแบบอะพอพโทซิสในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ ฉะนั้นฤทธิ์ของสารสกัดสูตรตำรับในการควบคุมวัฏจักรเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมากและเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ชนิด HT-29 เกี่ยวข้องกับการลดการแสดงออกของยีน KRAS อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ นอกจากนี้การตายแบบอะพอพโทซิสของเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมากและเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่ชนิด HCT116 และ HT-29 เกี่ยวข้องกับการเพิ่มและลดการแสดงออกของยีน IFNGR1 อย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ ดังนั้นการศึกษานี้สามารถชี้ให้เห็นถึงความสามารถของเห็ดกระถินพิมานร่วมกับสมุนไพรอื่นๆ ในการควบคุมการตอบสนองในเซลล์มะเร็งลำไส้ใหญ่และเซลล์มะเร็งต่อมลูกหมากผ่านการควบคุมวัฏจักรเซลล์ อะพอพโทซิส และการแสดงออกของยีน

Go to article

การพัฒนาชุดตรวจออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูง ด้วยเทคนิค Paper-Based Immunogold-Silver Enhancement Assay, ปิยวดี ประดิษฐ์นวกุล Jan 2022

การพัฒนาชุดตรวจออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูง ด้วยเทคนิค Paper-Based Immunogold-Silver Enhancement Assay, ปิยวดี ประดิษฐ์นวกุล

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูง (High-density lipoprotein; HDL) มีบทบาทสำคัญในการป้องกันการเกิดโรคหัวใจขาดเลือด ต้านการอักเสบของหลอดเลือด และยับยั้งการเกิด LDL-oxidation แต่การทำงานของ HDL จะสูญเสียไปเมื่อ HDL ถูกทำลายด้วยอนุมูลอิสระ กลายเป็น oxidized HDL (oxHDL) การวัดระดับ HDL-cholesterol เป็นการประเมินด้านปริมาณแต่ไม่สามารถบอกการทำงานของ HDL ได้ หากสามารถวัดระดับ oxHDL ควบคู่ไปกับระดับ HDL-cholesterol ทำให้การพยากรณ์การเกิดโรคหัวใจขาดเลือดได้แม่นยำขึ้น แต่การวิเคราะห์ระดับ oxHDL ต้องใช้เครื่องมือจำเพาะและน้ำยามีราคาสูง งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาชุดตรวจวิเคราะห์ oxHDL ด้วยหลักการ Paper-based Immunogold silver-enhanced assay โดยออกแบบฐานกระดาษมีลักษณะเดียวกับ microtiter plate ตรึงแอนติบอดีต่อ 4-Hydroxynonenal (anti-HNE) ซึ่งเป็นผลผลิตจากกรดไขมันที่ถูกออกซิไดซ์ oxHDL ในตัวอย่างจับกับ anti-HNE บนกระดาษ ใช้ anti-APO AI ที่มีความจำเพาะต่อ HDL ที่ติดฉลากกับอนุภาคของทองคำและขยายสัญญาณด้วย silver ion อ่านผลด้วยเครื่องสแกนและวิเคราะห์ความเข้มสีด้วยโปรแกรม Photoshop CS64 ผลการวิเคราะห์ความเป็นเส้นตรงระหว่าง oxHDL กับ ความเข้มสี พบว่า มีความสัมพันธ์เป็นเส้นตรงที่ความเข้มข้นตั้งแต่ 0-300 ng/mL ( r2 = 0.946) ผลการทดสอบความถูกต้องของชุดทดสอบ ใช้ซีรัมจำนวน 32 ราย วิเคราะห์ปริมาณ oxHDL ด้วยวิธีที่พัฒนาขึ้นและวิธี Sandwich ELISA หาความสัมพันธ์ระหว่างปริมาณ oxHDL ที่วิเคราะห์ได้จากทั้งสองวิธีด้วย Pearson correlation coefficient พบว่า ค่า correlation coefficient (r) = 0.527 และมีค่า p-value =0.002 แสดงให้เห็นว่าทั้งสองวิธีมีความสัมพันธ์มีความสัมพันธ์กันในระดับกลางอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ อุปกรณ์ตรวจวิเคราะห์ออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูงฐานกระดาษเป็นต้นแบบที่สามารถนำไปต่อยอดและพัฒนา เพื่อประยุกต์ใช้ในการตรวจปริมาณ oxHDL …

Go to article

ผลของ Lactobacillus Rhamnosus Gg ร่วมกับสารเคอคิวมินต่อการยับยั้งการมีชีวิตและกระตุ้นการตายแบบอะพอพโตซิสของเซลล์มะเร็งช่องปากชนิดสความัสเซลล์คาร์ซิโนมา, ชัชพันธุ์ อุดมพัฒนากร Jan 2022

ผลของ Lactobacillus Rhamnosus Gg ร่วมกับสารเคอคิวมินต่อการยับยั้งการมีชีวิตและกระตุ้นการตายแบบอะพอพโตซิสของเซลล์มะเร็งช่องปากชนิดสความัสเซลล์คาร์ซิโนมา, ชัชพันธุ์ อุดมพัฒนากร

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

มะเร็งช่องปากชนิดสความัสเซลล์คาร์ซิโนมา (Oral squamous cell carcinoma, OSCC) จัดเป็นมะเร็งที่พบได้บ่อยที่สุดของ มะเร็งศรีษะและลำคอ เคอคิวมินเป็นสารออกฤทธิ์หลักซึ่งพบได้ในขมิ้นชันและถูกใช้เป็นสมุนไพรสำหรับการรักษาโรคต่าง ๆ หลายชนิด รวมทั้ง ได้รับการพิสูจน์ในห้องปฏิบัติการแล้วว่ามีคุณสมบัติในการยับยั้งเซลล์มะเร็งได้หลากหลายประเภท ในขณะที่โพรไบโอติกแบคทีเรีย Lactobacillus rhamnosus GG (LGG) ได้รับการพิสูจน์ในห้องปฏิบัติการถึงคุณสมบัติในการยับยั้งเซลล์มะเร็งได้หลากหลายชนิดเช่นกัน และ มีรายงานถึงการนำ LGG ไปใช้ร่วมกับสารผลิตภัณฑ์ธรรมชาติชนิดอื่น ๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของสารธรรมชาตินั้นอีกด้วย ดังนั้นวัตถุประสงค์ ของการศึกษาในครั้งนี้คือ เพื่อศึกษาผลของการใช้เคอคิวมินร่วมกับน้ำเลี้ยงส่วนใสของแบคทีเรีย LGG (LGG cell-free supernatant, LGG CFS) ในการยับยั้งการมีชีวิตและกระตุ้นให้เซลล์มะเร็งช่องปากชนิด OSCC (SCC-9 cells) เกิดการตายแบบอะพอพโตซิส ผลการศึกษาพบว่า เคอคิวมินและ LGG CFS มีคุณสมบัติในการยับยั้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9 cells โดยขึ้นอยู่กับความเข้มข้นที่ใช้ การใช้เคอคิว มินและ LGG CFS ที่ความเข้มข้นสูง (Curcumin 40 µg/ml และ 25% (volume/volume) LGG CFS ที่ความเข้มข้น 108 CFU/ml หรือความ เข้มเข้นเริ่มต้น (undiluted condition)) ในรูปแบบการใช้สารเดี่ยวหรือสารผสมร่วมกัน ส่งผลยับยั้งการมีชีวิตของทั้งเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC9 cells และเซลล์เนื้อเยื่อเหงือก (human gingival fibroblast, HGF cells) เมื่อเปรียบเทียบกับสภาวะควบคุม (p<0.0001 สำหรับการใช้สาร เดี่ยวในเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9 และการใช้สารเดี ่ยวและสารผสมในเซลล์เนื ้อเยื ่อเหงือก HGF และ p=0.02 สำหรับการใช้สารผสมใน เซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9) ในขณะที ่การใช้เคอคิวมินและ LGG CFS ในรูปแบบของสารผสมร่วมกันที ่ระดับความเข้มข้นต่ำ (Curcumin 5 µg/ml และ 25% (v/v) LGG CFS ความเข้มข้น 1:100 เท่าจากระดับความเข้มข้นเริ ่มต้น) สามารถยับยั ้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9 ได้อย่างมีประสิทธิภาพเมื่อเปรียบเทียบกับสภาวะการใช้สารเดี่ยวของเคอคิวมินและ LGG CFS ที่ระดับความเข้มข้นต่ำ และสภาวะควบคุม (p<0.0001, p=0.002 และ p=0.02 ตามลำดับ) และไม่ส่งผลต่อการมีชีวิตของเซลล์เนื้อเยื่อเหงือก HGF เมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุม (p=0.14) ผลการวิเคราะห์ Flow analysis พบว่าสภาวะการใช้เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ สามารถเหนี่ยวนำให้ เซลล์มะเร็ง SCC-9 เกิดการตายแบบอะพอพโตซิสได้มากขึ้นอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติเมื่อเปรียบเทียบกับการใช้สารเดี่ยวและสภาวะควบคุม (p<0.0001 ในทุกสภาวะ) นอกจากนั้นสภาวะการใช้เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ สามารถเหนี่ยวนำให้เซลล์มะเร็ง SCC-9 มีระดับการแสดงออกของ Bax/Bcl-2 ratio ที่สูงขึ้น ซึ่งมีผลให้ให้เซลล์มะเร็งเกิดการตายแบบอะพอพโตซิสต่อไป อย่างไรก็ตามสภาวะ เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ ส่งผลต่อระดับการแสดงออกของโปรตีน caspase-3 ที ่สูงขึ้นอย่างไม่มีนัยสำคัญ (p=0.12) แต่ไม่มีผลต่อระอัตราส่วนการแสดงออกของโปรตีน Bcl-xL/Bak และโปรตีน Mcl-1/Bak เมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุม (p=0.53 และ p=0.34 ตามลำดับ) การวิเคราะห์ LGG CFS ที่ความเข้มข้น 1:100 เท่าจากระดับความเข้มข้นเริ่มต้น ด้วยเทคนิค LC-MS/MS พบสารประเภท โปรตีนทั้งหมด 30 ชนิด ได้แก่ metabolic enzyme and protein จำนวน 26 ชนิด และ surface layer protein จำนวน 4 ชนิด การใช้สาร เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ น่าจะมีผลในการยับยั้งเซลล์มะเร็งช่องปากชนิด SCC-9 แต่ไม่มีผลกระทบต่อเซลล์ เหงือก HGF ผลการศึกษาในครั้งนี้อาจนำไปสู่การพัฒนาวิธีป้องกันหรือรักษามะเร็งช่องปากชนิด OSCC รูปแบบใหม่ได้ในอนาคต

Go to article

การเลี้ยงเซลล์กระดูกอ่อนจากผู้ป่วยข้อเข่าเสื่อมในระบบสามมิติฐานไฮโดรเจลชนิดกรดไฮยาลูโรนิค-อัลจิเนต, นุชนารถ สุนทรนนท์ Jan 2022

การเลี้ยงเซลล์กระดูกอ่อนจากผู้ป่วยข้อเข่าเสื่อมในระบบสามมิติฐานไฮโดรเจลชนิดกรดไฮยาลูโรนิค-อัลจิเนต, นุชนารถ สุนทรนนท์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ปัจจุบันการเลี้ยงเซลล์ในระบบสามมิติถูกนำมาใช้ในการวิจัยอย่างแพร่หลาย โดยเฉพาะการศึกษาที่เกี่ยวข้องกับการพัฒนายาและพยาธิสรีรวิทยาของโรคต่าง ๆ การศึกษานี้มุ่งเน้นเพื่อศึกษาฟีโนไทป์และการแสดงออกของยีนของเซลล์กระดูกอ่อนจากผู้ป่วยข้อเข่าเสื่อมที่เลี้ยงในระบบสามมิติฐานไฮโดรเจลชนิดกรดไฮยาลูโรนิค-อัลจิเนต เทียบกับกลุ่มตัวอย่างต่าง ๆ ได้แก่ เนื้อเยื่อกระดูกอ่อน เซลล์ที่เลี้ยงในระบบสองมิติ และเซลล์ที่เลี้ยงในระบบสามมิติแบบ pellet จากการศึกษาพบว่า เมื่อเลี้ยงเซลล์กระดูกอ่อนจำนวน 50,000 เซลล์ในโครงสร้างไฮโดรเจลขนาด 250 ไมโครลิตร และทดสอบลักษณะทางสัณฐานวิทยา การมีชีวิต และการตายของเซลล์ ปรากฏว่า เซลล์ในแบบจำลองนี้จะมีรูปร่างกลมใกล้เคียงกับเซลล์ในเนื้อเยื่อกระดูกอ่อนเมื่อเลี้ยงไม่เกิน 14 วัน และมีการมีชีวิตของเซลล์ที่ดีกว่าเซลล์ที่เลี้ยงในระบบสามมิติแบบ pellet ซึ่งใช้ปริมาณเซลล์ตั้งต้นเท่ากัน ตลอดระยะเวลาในการศึกษา 21 วัน นอกจากนี้เมื่อพิจารณาในระดับโมเลกุล พบว่า เซลล์ที่เลี้ยงในแบบจำลองนี้เป็นเวลา 7 วัน จะมีการแสดงออกของยีนที่เป็นเครื่องหมายของเซลล์กระดูกอ่อน ได้แก่ ยีน SOX9 และยีน COL2A1 และยีนที่เป็นเครื่องหมายของเซลล์กระดูกอ่อนโรคข้อเข่าเสื่อม ได้แก่ ยีน RUNX2 และยีน MMP13 ใกล้เคียงกับเนื้อเยื่อกระดูกอ่อนมากที่สุด เมื่อเทียบกับเซลล์ที่เลี้ยงในสภาวะอื่น ๆ ของการศึกษานี้ ดังนั้น หากพิจารณาคุณสมบัติของเซลล์กระดูกอ่อนทั้งด้านลักษณะสัณฐานวิทยา การมีชีวิต และฟีโนไทป์ของเซลล์ในระดับโมเลกุล จึงสรุปได้ว่า การเลี้ยงเซลล์กระดูกอ่อนในระบบสามมิติฐานไฮโดรเจลชนิดกรดไฮยาลูโรนิค-อัลจิเนต เป็นเวลา 7 วัน ถือเป็นสภาวะที่เหมาะสมมากที่สุด ในการนำแบบจำลองชนิดนี้มาใช้เป็นแนวทางใหม่สำหรับการศึกษาเซลล์กระดูกอ่อนที่เป็นโรคข้อเข่าเสื่อมและพัฒนายาในอนาคต

Go to article

Identifying The Human Homologs Of Yeast Rab Proteins Ypt10 & Ypt11 And A Global-Scale Louse Endosymbiont Genome Variation, Nathaniel P. Smith Jan 2022

Identifying The Human Homologs Of Yeast Rab Proteins Ypt10 & Ypt11 And A Global-Scale Louse Endosymbiont Genome Variation, Nathaniel P. Smith

Theses and Dissertations

Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a late-onset fatal neurodegenerative disease that causes loss of upper and/or lower motor neurons, and currently has no treatment or cure available. Over 90% of cases occur spontaneously with unknown causes, highlighting the complexity of the disease, and only 10% of cases are linked to heritable genetic mutations. Numerous ALS-linked genes are conserved through evolution, and model organisms may therefore provide opportunities to understand disease pathology at a molecular or cellular level, proving instrumental in identifying therapeutic targets. ALS subtype 8 (ALS8) is caused by an autosomal dominant P56S mutation in the VAPB gene that …

Go to article

Examination Of Common And Rare Variant Genetic Architecture Of Psychiatric Disorders, Mohammad Ahangari Jan 2022

Examination Of Common And Rare Variant Genetic Architecture Of Psychiatric Disorders, Mohammad Ahangari

Theses and Dissertations

Psychiatric disorders are often heterogenous in their manifestation and genome-wide association studies have identified many common risk variants involved in their polygenic architectures with varying degrees of pleiotropy. In recent years, large-scale biobanks have also begun sequencing the genome of their participants to elucidate the role of rare risk variation in the genetic architecture of complex phenotypes, including psychiatric traits. This dissertation sought to better understand the role of both common and rare risk variation in the genetic architecture of psychiatric disorders with a particular focus on schizophrenia and alcohol problems. In the first three analyses, we focused on characterizing …

Go to article

Phylogenetic And Geographic Relationships Of Cheilostome Bryozoans In The Eastern Pacific, Hannah E. Lee Jan 2022

Phylogenetic And Geographic Relationships Of Cheilostome Bryozoans In The Eastern Pacific, Hannah E. Lee

Cal Poly Humboldt theses and projects

The phylum Bryozoa is an incredibly diverse group of marine invertebrates with a widespread global distribution that is well suited for evolutionary studies but whose phylogenetic relationships are still poorly understood. Although recent studies on bryozoan taxonomies and phylogenies have increased, there is still a lack of assessment of species found at shallow water (<1 m) to intertidal depths. In this study, I aimed to expand the taxonomic sampling and assessment of the phylogenetic diversity of cheilostome bryozoans along the California coastline by utilizing mitochondrial DNA as well as inferring potential correlations between species presence and dispersal range both within and between rocky outer coast and sheltered harbor habitats. Illumina high-throughput sequencing was used to produce mitogenomes for cheilostome bryozoan samples collected off rocks from two rocky intertidal sites and off settlement panels from two harbor sites. Phylogenetic analyses generated evolutionary hypotheses of species relationships alongside geographic mapping of their distribution. This study identified 15 distinct species that represent 10 different families to form the first comprehensive phylogeny for multiple bryozoan families in California across a total range of approximately 973 km of coastline. Three genetically distinct species were found at multiple sites that are separated by a combination of rocky shores and sandy beaches, which indicates that the dispersal range of these species are not limited by geographic barriers along the coast of California. These results provide a future opportunity for further integration of this data with the phylogenies generated in this study to examine more robust evolutionary hypotheses for the phylogenetic and geographic relationships of Californian bryozoan species.

Go to article

Sex-Dependent Shared And Nonshared Genetic Architecture Across Mood And Psychotic Disorders, Gabriëlla A. M. Blokland, Jakob Grove, Chia Yen Chen, Chris Cotsapas, Ney Alliey Rodriguez Jan 2022

Sex-Dependent Shared And Nonshared Genetic Architecture Across Mood And Psychotic Disorders, Gabriëlla A. M. Blokland, Jakob Grove, Chia Yen Chen, Chris Cotsapas, Ney Alliey Rodriguez

School of Medicine Publications

Background: Sex differences in incidence and/or presentation of schizophrenia (SCZ), major depressive disorder (MDD), and bipolar disorder (BIP) are pervasive. Previous evidence for shared genetic risk and sex differences in brain abnormalities across disorders suggest possible shared sex-dependent genetic risk. Methods: We conducted the largest to date genome-wide genotype-by-sex (G×S) interaction of risk for these disorders using 85,735 cases (33,403 SCZ, 19,924 BIP, and 32,408 MDD) and 109,946 controls from the PGC (Psychiatric Genomics Consortium) and iPSYCH. Results: Across disorders, genome-wide significant single nucleotide polymorphism–by-sex interaction was detected for a locus encompassing NKAIN2 (rs117780815, p = 3.2 × 10−8 …

Go to article

Crispr/Cas9 Whole-Genome Screens Identify Genes Critical For Neutral Lipid Metabolism In Macrophages, Rifat Sultana Jan 2022

Crispr/Cas9 Whole-Genome Screens Identify Genes Critical For Neutral Lipid Metabolism In Macrophages, Rifat Sultana

Electronic Theses and Dissertations

Lipid-laden macrophages contribute to atherosclerotic plaque formation in atherosclerosisrelated heart diseases. Thus, understanding formation and degradation of lipid would help identify therapeutic targets for the treatment of atherosclerosis. In the first chapter of this dissertation, I have explained the current understanding of cholesterol metabolism in macrophages and how mTOR could play a potential role in this process. Additionally, I have described how CRISPR/Cas9 whole-genome screens present an effective tool to identify genes regulating cholesterol metabolism including positive and negative regulators of lipid droplet formation and lipid droplet degradation. In Chapter 2, I have described the results of the CRISPR/Cas9 whole-genome …

Go to article

From Dna Logic Gates To Dna Nanorobots, Tatiana Molden Jan 2022

From Dna Logic Gates To Dna Nanorobots, Tatiana Molden

Electronic Theses and Dissertations, 2020-2023

Due to their biocompatibility and parallel data processing, DNA computational devices are highly desired for applications in diagnosis and treatment of cancer, infectious and genetic diseases. Much like in modern electronic devices, DNA computation is based on the logic gates - by directly interacting with DNA or RNA input molecules, they produce a specific output depending on their embedded logic function. This work is devoted to the development of functional parts of a future DNA nanorobot for biomedical applications. Specifically, we used DNA nanotechnology and the concept of multicomponent DNA probes to develop three parts of the DNA nanorobot: computing, …

Go to article

A Tool For Biometric Interpretation Of Forensic Str Dna Profiles, Ahmad Jamal Baroudi Jan 2022

A Tool For Biometric Interpretation Of Forensic Str Dna Profiles, Ahmad Jamal Baroudi

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Rapid DNA biometric identification applications are becoming more essential and widely used in human identity validation processes. Despite their powerful identification capabilities, processing a sample to generate a forensic DNA profile still takes longer compared with other rapid biometric technologies. Methods used to speed up the analysis could lead to signal artifacts similar to those arising from low copy or degraded DNA samples, making the electropherogram unsuitable for forensic interpretation and analysis. The goal of this research effort is to apply biometrics and mathematical approaches to forensic STR (Short Tandem Repeat) profiles. To accomplish this goal, a multi-function software tool …

Go to article

Genetic Assessment Of Lake Sturgeon Stocking Practices In Two Lake Superior Tributaries, Mary E. Akers Jan 2022

Genetic Assessment Of Lake Sturgeon Stocking Practices In Two Lake Superior Tributaries, Mary E. Akers

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Lake sturgeon were extirpated throughout much of their historic range in the early 1900s due to overharvest, habitat degradation, and reduced water quality. Interagency management plans have worked to identify historic locations and remnant populations suitable for stocking and habitat remediation to rebuild self-sustaining populations of lake sturgeon within their historic range. The St. Louis River population was extirpated in the early 1900s until lake sturgeon were stocked from 1983-2000 from two different source populations (Wolf River, Sturgeon River). Natural reproduction was confirmed in 2011 and F1 generation larvae were collected in 2017 (n = 41) and 2019 (n = …

Go to article

Characterization Of Two Krab-Containing Zinc Finger Transcription Factors In Bovine Preimplantation Embryonic Development, Mingxiang Zhang Jan 2022

Characterization Of Two Krab-Containing Zinc Finger Transcription Factors In Bovine Preimplantation Embryonic Development, Mingxiang Zhang

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Oocyte developmental competence or oocyte intrinsic quality describes the capability of oocytes to resume meiosis, cleave and develop to blastocyst stage after fertilization, implant and develop to term in a good health. A growing number of evidences indicate that the majority of embryonic mortality occurs during early embryonic development in different species, including human, horse and cattle primarily due to poor oocyte quality. Maternal effect genes are key aspects of oocyte quality, which are transcribed during the process of oogenesis and folliculogenesis. The maternal factors are accumulated in oocytes, orchestrating various early developmental events including fertilization, epigenetic reprogramming and zygotic …

Go to article

Genetic Analysis And Telemetry Study Of Migration Habits Of The Endangered Atlantic Sturgeon, Cassia Marie Busch Jan 2022

Genetic Analysis And Telemetry Study Of Migration Habits Of The Endangered Atlantic Sturgeon, Cassia Marie Busch

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Atlantic sturgeon are a long-lived anadromous fish that ranged from Labrador, Canada to Florida, US. Due to overharvest in the late 1800’s and 1900’s, Atlantic sturgeon populations across the coast experienced a dramatic population crash. Recovery of this species has faced challenges due to anthropogenic threats, such as vessel strikes, bycatch, and habitat degradation. In 2012, Atlantic sturgeon were added to the United States Endangered Species Act (ESA). Under the ESA, populations were listed as five distinct population segments (DPS), reflecting their geographic arrangement and genetic structure: Gulf of Maine DPS (threatened), New York Bight DPS (endangered), Chesapeake DPS (endangered), …

Go to article

Examining Development And Function Of Pretectal Visual Neural Circuits In Gs Homeobox 1 Mutant Zebrafish, Alexandra Rose Schmidt Jan 2022

Examining Development And Function Of Pretectal Visual Neural Circuits In Gs Homeobox 1 Mutant Zebrafish, Alexandra Rose Schmidt

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Brain development requires a coordinated genetic code to regulate initial cell identity determination, migration, and connectivity, to establish function of neural circuits. Independent neural circuits underlie our ability to produce both complex and innate behavioral responses to sensory stimuli that are often conserved across vertebrate organisms. Sensory processing disruptions are associated with several neurodevelopmental disorders (NDDs). Therefore, gene mutations altering neurodevelopment can lead to changes influencing structure and function of individual neural circuits, causing behavioral deviations in sensory responsiveness. Crucial gene networks that define functional properties of sensory domains are often explored using non-mammalian vertebrate models, such as the zebrafish. …

Go to article

Opioid Medication Use And Blood Dna Methylation: Epigenome-Wide Association Meta-Analysis, Mikyeong Lee, Roby Joehanes, Daniel L. Mccartney, Minjung Kho, Anke Hüls, Annah B. Wyss, Chunyu Liu, Rosie M. Walker, Sharon L.R. Kardia, Thomas S. Wingo, Adam Burkholder, Jiantao Ma, Archie Campbell, Aliza P. Wingo, Tianxiao Huan, Sinjini Sikdar, Amena Keshawarz, David A. Bennett, Jennifer A. Smith, Kathryn L. Evans, Daniel Levy, Stephanie J. London Jan 2022

Opioid Medication Use And Blood Dna Methylation: Epigenome-Wide Association Meta-Analysis, Mikyeong Lee, Roby Joehanes, Daniel L. Mccartney, Minjung Kho, Anke Hüls, Annah B. Wyss, Chunyu Liu, Rosie M. Walker, Sharon L.R. Kardia, Thomas S. Wingo, Adam Burkholder, Jiantao Ma, Archie Campbell, Aliza P. Wingo, Tianxiao Huan, Sinjini Sikdar, Amena Keshawarz, David A. Bennett, Jennifer A. Smith, Kathryn L. Evans, Daniel Levy, Stephanie J. London

Mathematics & Statistics Faculty Publications

Aim: To identify differential methylation related to prescribed opioid use. Methods: This study examined whether blood DNA methylation, measured using Illumina arrays, differs by recent opioid medication use in four population-based cohorts. We meta-analyzed results (282 users; 10,560 nonusers) using inverse-variance weighting. Results: Differential methylation (false discovery rate <0.05) was observed at six CpGs annotated to the following genes: KIAA0226, CPLX2, TDRP, RNF38, TTC23 and GPR179. Integrative epigenomic analyses linked implicated loci to regulatory elements in blood and/or brain. Additionally, 74 CpGs were differentially methylated in males or females. Methylation at significant CpGs correlated with gene expression in blood and/or brain. Conclusion: This study identified DNA …

Go to article

Evaluating A Test For Shedding Propensity Using Tape Lifts From Different Skin Locations, Xiao M. Chen Dec 2021

Evaluating A Test For Shedding Propensity Using Tape Lifts From Different Skin Locations, Xiao M. Chen

Student Theses

The shedding propensity of a person can assist data interpretation in casework when assessing the possibility of passive transfer for DNA analysis. Past studies on shedding propensity evaluated palmar skin (washed and unwashed) deposits. This study compared different skin locations with respect to shedding propensity, and explored the potential of tape-lifts as a skin surface collection method. Eight different skin types and samples were collected with adhesive tape disks from 28 participants over three non-consecutive days; the washed and unwashed fingers from both hands, toe, and arm, neck below ear, and nape. Samples were extracted, quantified, amplified, genotyped, and evaluated …

Go to article

Induction Of Il19 Expression Through Jnk And Cgas-Sting Modulates Dna Damage–Induced Cytokine Production, Sara H. Small, E. Jessica Tang, Ryan L. Ragland, Yaroslava Ruzankina, David W. Schoppy, Rahul S. Mandal, M. Rebecca Glineburg, Zgjim Ustelenca, Daniel J. Powell, Fiona Simpkins, F. Bradley Johnson, Eric J. Brown Dec 2021

Induction Of Il19 Expression Through Jnk And Cgas-Sting Modulates Dna Damage–Induced Cytokine Production, Sara H. Small, E. Jessica Tang, Ryan L. Ragland, Yaroslava Ruzankina, David W. Schoppy, Rahul S. Mandal, M. Rebecca Glineburg, Zgjim Ustelenca, Daniel J. Powell, Fiona Simpkins, F. Bradley Johnson, Eric J. Brown

Biology, Chemistry, and Environmental Sciences Faculty Articles and Research

Cytokine production is a critical component of cell-extrinsic responses to DNA damage and cellular senescence. Here, we demonstrated that expression of the gene encoding interleukin-19 (IL-19) was enhanced by DNA damage through pathways mediated by c-Jun amino-terminal kinase (JNK) and cGAS-STING and that IL19 expression was required for the subsequent production of the cytokines IL-1, IL-6, and IL-8. IL19 expression was stimulated by diverse cellular stresses, including inhibition of the DNA replication checkpoint kinase ATR (ataxia telangiectasia and Rad3-related protein), oncogene expression, replicative exhaustion, oxidative stress, and DNA double-strand breaks. Unlike the production of IL-6 and IL-8, IL19 expression was …

Go to article

First Prev Next Last