Statistics and Probability Commons^™

Failing To Replicate: Hypothesis Testing As A Crucial Key To Make Direct Replications More Credible And Predictable, Pedro Fernando Mateu Bullón

Dissertations

Theory cannot be fully validated unless the original results have been replicated, resulting in conclusion consistency. Replications are the strongest source to verify research findings and knowledge claims. Sciences such as medicine, chemistry, physics, genetics, and biology, are considered successful because their knowledge claims are buttressed by a large set of replications of original studies. Unfortunately in the social sciences many attempts to replicate fail and thus there is a continuing need for replication studies to confirm facts, expand knowledge to gain new understanding, and verify hypotheses. Two plausible explanations for the failure to replicate in the social sciences could …

Annotation Tools For Multivariate Gene Set Testing Of Non-Model Organisms, Russell K. Banks

All Graduate Theses and Dissertations, Spring 1920 to Summer 2023

Microarray chip technology enables researchers to obtain measures of gene activity for essentially all genes in an organism. After grouping genes into biologically meaningful sets, researchers employ certain statistical tests to identify which gene sets (biological processes) show different levels of activity across different treatment groups. The idea is to identify which biological processes are significantly affected by a certain treatment/condition in a given organism.

Non-model organisms (such as sheep) are not widely studied so gene set membership information is not always readily accessible. This thesis work utilizes two microarray studies involving sheep to provide researchers with working examples of …

Zero-Inflated Models To Identify Transcription Factor Binding Sites In Chip-Seq Experiments, Sameera Dhananjaya Viswakula

Mathematics & Statistics Theses & Dissertations

It is essential to determine the protein-DNA binding sites to understand many biological processes. A transcription factor is a particular type of protein that binds to DNA and controls gene regulation in living organisms. Chromatin immunoprecipitation followed by highthroughput sequencing (ChIP-seq) is considered the gold standard in locating these binding sites and programs use to identify DNA-transcription factor binding sites are known as peak-callers. ChIP-seq data are known to exhibit considerable background noise and other biases. In this study, we propose a negative binomial model (NB), a zero-inflated Poisson model (ZIP) and a zero-inflated negative binomial model (ZINB) for peak-calling. …

Spectral Gene Set Enrichment (Sgse), H Robert Frost, Zhigang Li, Jason H. Moore

Dartmouth Scholarship

Gene set testing is typically performed in a supervised context to quantify the association between groups of genes and a clinical phenotype. In many cases, however, a gene set-based interpretation of genomic data is desired in the absence of a phenotype variable. Although methods exist for unsupervised gene set testing, they predominantly compute enrichment relative to clusters of the genomic variables with performance strongly dependent on the clustering algorithm and number of clusters. We propose a novel method, spectral gene set enrichment (SGSE), for unsupervised competitive testing of the association between gene sets and empirical data sources. SGSE first computes …

Determinan Perilaku Tes Hiv Pada Ibu Hamil, Nanik Setiyawati, Niken Meilani

Kesmas

Human immunodeficiency virus (HIV) dan Acquired immune deficiency syndrome (AIDS) merupakan salah satu sorotan dalam pencapaian target Millenium Development Goals (MDGs). Ibu hamil dengan HIV akan berisiko menularkan kepada bayinya. Tes HIV merupakan gerbang pembuka status HIV yang sangat penting dilakukan pada ibu hamil. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan determinan perilaku tes HIV pada ibu hamil yaitu tingkat pendidikan, tingkat pengetahuan, persepsi kerentanan diri tertular HIV, sikap, Provider-Initiated Testing and Counselling (PITC) dan ketersediaan sumber informasi (keluarga dan kader kesehatan). Jenis penelitian adalah potong lintang dengan metode survei. Penelitian ini dilakukan di Puskesmas Mantrijeron dan Puskesmas Sleman yang telah memiliki …

Pengaruh Faktor Personal Berpengaruh Terhadap Perilaku Seksual Pranikah Pada Remaja Di Kota Kendari Provinsi Sulawesi Tenggara, Rosdarni Rosdarni, Djaswadi Dasuki, Sumarni Djoko Waluyo

Kesmas

Perilaku seksual pranikah yang tinggi pada remaja disebabkan oleh faktor personal seperti pengetahuan kesehatan seksual, Infeksi Menular Seksual (IMS) dan HIV / AIDS, sikap terhadap seksualitas, harga diri dan efikasi diri. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh faktor personal seperti pengetahuan tentang kesehatan seksual, IMS dan HIV / AIDS, sikap, harga diri dan efikasi diri terhadap perilaku seksual pranikah pada remaja di Kota Kendari yang diukur melalui kuesioner dan wawancara mendalam. Desain penelitian adalah studi potong lintang dengan jumlah sampel 200 remaja yang berasal dari empat sekolah negeri di Kota Kendari mulai dari Agustus sampai dengan Oktober 2014. Analisis regresi …

Mekanisme Hubungan Sosial Ekonomi, Pemanfaatan Pelayanan Kesehatan Dan Kehamilan Risiko Tinggi Terhadap Prevalensi Panjang Badan Lahir Pendek, Demsa Simbolon, Wahyu Dwi Astuti, Lusi Andriani

Kesmas

Prevalensi panjang badan lahir pendek di Indonesia masih tinggi dan menjadi masalah kesehatan masyarakat yang disebabkan oleh pelbagai faktor secara langsung dan tidak langsung serta berdampak luas dan berkelanjutan dalam siklus kehidupan. Penelitian menggunakan data Riset Kesehatan Dasar (Riskesdas) 2013 dengan pendekatan potong lintang bertujuan mengetahui mekanisme hubungan berbagai variabel laten terhadap prevalensi panjang badan lahir pendek. Sampel adalah 497 kabupaten yang diagregat dari data individu, yaitu anak lahir dari ibu berusia 15 hingga 49 tahun dengan kriteria anak kandung dan lahir tunggal. Pemodelan menggunakan Structural Equation Modelling. Kehamilan berisiko tinggi berhubungan positif langsung dengan prevalensi panjang badan lahir pendek …

Risiko Ergonomi Ketidaksesuaian Desain Dan Ukuran Tempat Duduk Sepeda Motor Terhadap Antropometri Pada Mahasiswa, Zulkifli Djunaidi, Rahmadani Arnur

Kesmas

Transportasi merupakan hal yang sangat dibutuhkan dalam menunjang pembangunan nasional. Belum baiknya sistem transportasi massal di Indonesia, membuat masyarakat lebih memilih menggunakan kendaraan pribadi, seperti sepeda motor yang praktis dan ekonomis untuk digunakan. Namun, dalam menggunakan sepeda motor, aspek ergonomi dan kenyamanan bagi pengendara perlu untuk diperhatikan. Desain dan ukuran tempat duduk sepeda motor yang tidak sesuai dengan antropometri duduk statis pengendara dapat menimbulkan kelelahan pada pengendara dan mengakibatkan terjadinya kecelakaan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui risiko ergonomi dari ketidaksesuaian antara desain dan ukuran tempat duduk sepeda motor dengan antropometri duduk statis. Untuk menganalisis risiko ergonomi, dilakukan penelitian …

Model Pengendalian Faktor Risiko Stunting Pada Anak Bawah Tiga Tahun, Erna Kusumawati, Setiyowati Rahardjo, Hesti Permata Sari

Kesmas

Stunting merupakan masalah gizi, terbukti data pemantauan status gizi Kabupaten Banyumas 2012 prevalensi stunting sebesar 28,37% dan prevalensi tertinggi (41,6%) di Puskesmas Kedungbanteng. Tujuan penelitian untuk menganalisis faktor risiko terkait faktor anak, ibu, lingkungan terhadap stunting bawah tiga tahun (batita) agar dapat dikembangkan model pengendaliannya. Penelitian menggunakan desain kasus kontrol, populasi adalah seluruh anak usia 6 sampai 36 bulan di Puskesmas Kedungbanteng Kabupaten Banyumas selama enam bulan tahun 2013. Sampel kasus adalah 50 batita stunting, sampel kontrol adalah 50 batita status normal. Teknik pengambilan sampel kasus diambil dari tujuh desa yang terbanyak stuntingnya, sedangkan kontrol adalah batita normal tetangga terdekat …

Lama Merokok Dan Jumlah Konsumsi Rokok Terhadap Trombosit Pada Laki-Laki Perokok Aktif, Rini Sundari, Dinyar Supiadi Widjaya, Aditya Nugraha

Kesmas

Jumlah perokok dan jumlah rokok yang dikonsumsi mengalami peningkatan dari waktu ke waktu. Rokok dapat memengaruhi trombosit yang dapat menyebabkan gangguan kardiovaskular. Penelitian ini merupakan penelitian potong lintang yang bertujuan untuk menganalisis lama merokok dan jumlah rokok yang dikonsumsi terhadap jumlah trombosit, mean platelet volume (MPV), platelet distribution width (PDW), platelet crit (PCT), dan platelet large cell ratio (PLCR). Penelitian dilakukan di Pabrik Garmen Cimahi pada tahun 2014 yang diikuti oleh 31 laki-laki perokok aktif berusia 19 - 50 (32,97 + 10,28) tahun, 70,9% di antaranya sebagai perokok sedang. Analisis data dilakukan secara deskriptif, uji normalitas Shapiro-Wilk, dan uji korelasi …

Kejadian Anemia Pada Siswa Sekolah Dasar, Saifuddin Sirajuddin, Masni Masni

Kesmas

Anemia gizi besi masih merupakan masalah kesehatan masyarakat dengan prevalensi pada anak 5 - 12 tahun sebesar 29% di Indonesia dan di Kota Makassar sebesar 37,6%. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui faktor determinan (status kecacingan, status seng, kebiasaan sarapan pagi, pola konsumsi makanan sumber heme dan nonheme, pola konsumsi sumber makanan pelancar dan penghambat zat besi) terhadap kejadian anemia. Desain penelitian yang digunakan adalah potong lintang yang dilaksanakan pada bulan April – Juni 2014. Penelitian ini menggunakan desain potong lintang yang dilaksanakan pada siswa kelas 3 - 5 SD Negeri Cambaya Kecamatan Ujung Tanah Kota Makassar. Sampel sebanyak 120 siswa …

Pencegahan Resurgensi Malaria Dengan Deteksi Dini Dan Pengobatan Segera Di Daerah Reseptif, Teni Supriyani, Umar Fahmi Achmadi, Dewi Susanna

Kesmas

Jawa Barat merupakan salah satu wilayah reseptif malaria di Indonesia, khususnya Kabupaten Tasikmalaya bagian selatan. Tahun 2009, 2011, dan 2012 telah terjadi kejadian luar biasa (KLB) terutama di Kecamatan Cineam. Namun, pada tahun 2013 tidak terjadi KLB serupa. Ekosistem Cineam berupa pegunungan dan perkebunan kondusif untuk penularan malaria. Selain itu, banyak penduduk Cineam yang merupakan pekerja migran. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi faktor-faktor yang berkontribusi terhadap tidak terjadinya peningkatan kasus (resurgensi) malaria di daerah reseptif. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif kuantitatif yang dilakukan pada bulan Juni - Desember 2014, dengan menggunakan sampel seluruh penderita malaria positif di Kecamatan Cineam tahun …

Diabetes Melitus Dan Tingkat Keparahan Jaringan Periodontal, Rikawarastuti Rikawarastuti, Eka Anggreni, Ngatemi Ngatemi

Kesmas

Penyakit periodontal merupakan masalah kesehatan gigi dan mulut dengan prevalensi cukup tinggi di Indonesia (60%). Diabetes melitus merupakan salah satu faktor predisposisi terjadinya penyakit periodontal. Tujuan penelitian adalah menganalisis hubungan diabetes melitus terhadap tingkat keparahan jaringan periodontal. Jenis penelitian observasional analitik potong lintang. Penelitian dilakukan di Puskesmas Kecamatan Jagakarsa Jakarta Selatan pada bulan Oktober - November 2014 dengan populasi penelitian adalah pengunjung Puskesmas Kecamatan Jagakarsa. Pengambilan sampel menggunakan simple random sampling sebanyak 122 orang. Status diabetes melitus didapat dari rekam medis poli penyakit tidak menular. Analisis data menggunakan kai kuadrat dan regresi logistik sederhana. Hasil penelitian menunjukkan proporsi penderita diabetes …

Asi Eksklusif Dan Persepsi Ketidakcukupan Asi, Adila Prabasiwi, Sandra Fikawati, Ahmad Syafiq

Kesmas

Persepsi ketidakcukupan air susu ibu (PKA) adalah keadaan ibu merasa ASI-nya tidak cukup untuk memenuhi kebutuhan bayinya. PKA merupakan salah satu penyebab utama kegagalan ASI eksklusif di dunia. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui faktor paling dominan berhubungan dengan PKA di Kecamatan Tegal Selatan dan Kecamatan Margadana, Kota Tegal tahun 2014. Penelitian ini merupakan penelitian primer dengan desain studi potong lintang. Sampel berjumlah 88 ibu dari bayi berusia 0 - 6 bulan yang dipilih secara purposive sampling. Status gizi ibu dilihat dari kenaikan berat badan ibu sewaktu hamil apakah sesuai dengan rekomendasi dari Institute of Medicine. Asupan energi ibu saat laktasi …

Tumor Necrosis Factor-Α Sebagai Prediktor Terjadinya Anemia Pada Ibu Hamil Di Wilayah Endemis Malaria, Rostika Flora, Mukni Mukni, Bina Melvia Girsang, Sigit Purwanto

Kesmas

Ibu hamil yang berada di daerah endemis malaria sangat rentan terhadap infeksi malaria selama kehamilan. Gejala malaria pada kelompok ini sering asimptomatik atau bahkan tidak terdeteksi sama sekali karena adanya efek imunitas protektif melalui infeksi yang berulang. Adanya peningkatan kadar tumor necrosis factor-alpha (TNF-α) dapat dijadikan indikator terjadinya infeksi malaria. TNF-α berperan penting dalam respons imun pada malaria akut yang menghambat terjadinya eritropoesis. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan antara kadar TNF-α dengan kejadian anemia pada ibu hamil didaerah endemik malaria vivax. Penelitian ini menggunakan desain potong lintang, dilakukan pada bulan Januari - Februari 2014 di lima wilayah kerja puskesmas …

Determinan Stres Pada Pegawai Kementerian Kesehatan Republik Indonesia, Besral Besral, Winne Widiantini

Kesmas

Kejadian stres pada pelbagai kelompok di Indonesia cukup tinggi dan belum banyak diketahui determinannya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui determinan stres pada pegawai Kementerian Kesehatan Republik Indonesia (Kemenkes RI). Penelitian potong lintang ini dilakukan pada tahun 2013 terhadap 230 pegawai sekretariat jenderal yang dipilih secara acak. Analisis statistik menggunakan regresi logistik ganda. Responden dikatakan stres jika memiliki skor 28 atau lebih dengan menggunakan 17 pertanyaan terkait personal stress inventory. Hasil penelitian menunjukkan prevalensi stres sebesar 79% dan determinan stres adalah obesitas, usia, jabatan, suku, pendidikan, dan aktivitas fisik. Risiko stres lebih tinggi pada pegawai yang obesitas (ORadj = 1,9), pegawai …

Bioindikator Cemaran Timbal Pada Rambut Masyarakat Sekitar Kilang Minyak, Sukar Sukar, Suharjo Suharjo

Kesmas

Timbal atau Plumbum (Pb) bersifat toksik, karsinogenik, bioakumulator dan biomagnifikasi. Bioakumulasi Timbal dari media lingkungan dapat terjadi pada kuku, hati, dan rambut. Tujuan penelitian untuk mengetahui faktor risiko kejadian bioindikator timbal rambut masyarakat di kawasan industri minyak. Penelitian dilakukan pada tahun 2012 di Kota Dumai, Provinsi Riau. Rancangan penelitian khusus pencemaran lingkungan 2012 adalah type- 1 health study, yang disarankan US Agency for Toxic Substances and Drugs Registry (ATSDR). Analisis statistik bivariat dengan uji kai kuadrat. Populasi penelitian adalah penduduk Kota Dumai yang tinggal di desa Jayamukti, Tanjung Palas, Mekarsari, dan Bukit Timah. Sejumlah 110 ibu rumah tangga diambil dengan …

Efektivitas Air Perasan Kulit Jeruk Manis Sebagai Larvasida Nyamuk Aedes Aegypti, Dita Nurhaifah, Tri Wahyuni Sukesi

Kesmas

Demam berdarah dengue ditularkan nyamuk Aedes aegypti yang dapat dicegah dengan temefos. Penggunaan yang berkelanjutan berdampak pada resistensi nyamuk dan kerusakan lingkungan. Untuk itu perlu larvasida alami dengan menggunakan air perasan kulit jeruk manis. Tujuan penelitian untuk membuktikan efektivitas air perasan kulit jeruk manis dalam membunuh larva uji dilihat dari nilai LC50 dan LT50 serta perbedaan efektivitasnya dengan temefos. Sampel 25 larva Aedes aegypti setiap gelas media dengan kriteria inklusi instar III yang aktif dan kriteria eksklusi larva instar I, II dan yang telah menjadi pupa/mati. Larva uji diamati selama 24 jam dengan tiga kali pengulangan. Desain penelitian adalah eksperimental …

Protein Sectors: Statistical Coupling Analysis Versus Conservation, Tiberiu Teşileanu, Lucy J. Colwell, Stanislas Leibler

Publications and Research

Statistical coupling analysis (SCA) is a method for analyzing multiple sequence alignments that was used to identify groups of coevolving residues termed “sectors”. The method applies spectral analysis to a matrix obtained by combining correlation information with sequence conservation. It has been asserted that the protein sectors identified by SCA are functionally significant, with different sectors controlling different biochemical properties of the protein. Here we reconsider the available experimental data and note that it involves almost exclusively proteins with a single sector. We show that in this case sequence conservation is the dominating factor in SCA, and can alone be …

Modeling Neurovascular Coupling From Clustered Parameter Sets For Multimodal Eeg-Nirs, M. Tanveer Talukdar, H. Robert Frost, Solomon G. G. Diamond

Dartmouth Scholarship

Despite significant improvements in neuroimaging technologies and analysis methods, the fundamental relationship between local changes in cerebral hemodynamics and the underlying neural activity remains largely unknown. In this study, a data driven approach is proposed for modeling this neurovascular coupling relationship from simultaneously acquired electroencephalographic (EEG) and near-infrared spectroscopic (NIRS) data. The approach uses gamma transfer functions to map EEG spectral envelopes that reflect time-varying power variations in neural rhythms to hemodynamics measured with NIRS during median nerve stimulation. The approach is evaluated first with simulated EEG-NIRS data and then by applying the method to experimental EEG-NIRS data measured from …

The Candidate Cancer Gene Database: A Database Of Cancer Driver Genes From Forward Genetic Screens In Mice, Kenneth L. Abbott, Erik T. Nyre, Juan Abrahante, Yen Yi Ho, Rachel Isaksson Vogel, Timothy K. Starr

Faculty Publications

Identification of cancer driver gene mutations is crucial for advancing cancer therapeutics. Due to the overwhelming number of passenger mutations in the human tumor genome, it is difficult to pinpoint causative driver genes. Using transposon mutagenesis in mice many laboratories have conducted forward genetic screens and identified thousands of candidate driver genes that are highly relevant to human cancer. Unfortunately, this information is difficult to access and utilize because it is scattered across multiple publications using different mouse genome builds and strength metrics. To improve access to these findings and facilitate metaanalyses, we developed the Candidate Cancer Gene Database (CCGD, …

The Role Of Citizens In Detecting And Responding To A Rapid Marine Invasion, Steven B. Scyphers, Sean P. Powers, J. Lad Akins, J. Marcus Drymon, Charles W. Martin, Zeb H. Schobernd, Pamela J. Schofield, Robert L. Shipp, Theodore S. Switzer

University Faculty and Staff Publications

Documenting and responding to species invasions requires innovative strategies that account for ecological and societal complexities. We used the recent expansion of Indo-Pacific lionfish (Pterois volitans/miles) throughout northern Gulf of Mexico coastal waters to evaluate the role of stakeholders in documenting and responding to a rapid marine invasion. We coupled an online survey of spearfishers and citizen science monitoring programs with traditional fishery-independent data sources and found that citizen observations documented lionfish 1–2 years earlier and more frequently than traditional reef fish monitoring programs. Citizen observations first documented lionfish in 2010 followed by rapid expansion and proliferation in …

Firing Rate Dynamics In Recurrent Spiking Neural Networks With Intrinsic And Network Heterogeneity, Cheng Ly

Statistical Sciences and Operations Research Publications

Heterogeneity of neural attributes has recently gained a lot of attention and is increasing recognized as a crucial feature in neural processing. Despite its importance, this physiological feature has traditionally been neglected in theoretical studies of cortical neural networks. Thus, there is still a lot unknown about the consequences of cellular and circuit heterogeneity in spiking neural networks. In particular, combining network or synaptic heterogeneity and intrinsic heterogeneity has yet to be considered systematically despite the fact that both are known to exist and likely have significant roles in neural network dynamics. In a canonical recurrent spiking neural network model, …

A Systematic Review And Meta-Regression Analysis Of Lung Cancer Risk And Inorganic Arsenic In Drinking Water., Steven H. Lamm, Hamid Ferdosi, Elisabeth K. Dissen, Ji Li, Jaeil Ahn

Epidemiology Faculty Publications

High levels (> 200 µg/L) of inorganic arsenic in drinking water are known to be a cause of human lung cancer, but the evidence at lower levels is uncertain. We have sought the epidemiological studies that have examined the dose-response relationship between arsenic levels in drinking water and the risk of lung cancer over a range that includes both high and low levels of arsenic. Regression analysis, based on six studies identified from an electronic search, examined the relationship between the log of the relative risk and the log of the arsenic exposure over a range of 1-1000 µg/L. The …

Proof-Of-Concept Of Environmental Dna Tools For Atlantic Sturgeon Management, Jameson Hinkle

Theses and Dissertations

Abstract

The Atlantic Sturgeon (Acipenser oxyrinchus oxyrinchus, Mitchell) is an anadromous species that spawns in tidal freshwater rivers from Canada to Florida. Overfishing, river sedimentation and alteration of the river bottom have decreased Atlantic Sturgeon populations, and NOAA lists the species as endangered. Ecologists sometimes find it difficult to locate individuals of a species that is rare, endangered or invasive. The need for methods less invasive that can create more resolution of cryptic species presence is necessary. Environmental DNA (eDNA) is a non-invasive means of detecting rare, endangered, or invasive species by isolating nuclear or mitochondrial DNA (mtDNA) from the …

High-Throughput Data Analysis: Application To Micronuclei Frequency And T-Cell Receptor Sequencing, Mateusz Makowski

Theses and Dissertations

The advent of high-throughput sequencing has brought about the creation of an unprecedented amount of research data. Analytical methodology has not been able to keep pace with the plethora of data being produced. Two assays, ImmunoSEQ and the cytokinesisblock micronucleus (CBMN), that both produce count data and have few methods available to analyze them are considered.

ImmunoSEQ is a sequencing assay that measures the beta T-cell receptor (TCR) repertoire. The ImmunoSEQ assay was used to describe the TCR repertoires of patients that have undergone hematopoietic stem cell transplantation (HSCT). Several different methods for spectratype analysis were extended to the TCR …

Statistics In The Billera-Holmes-Vogtmann Treespace, Grady S. Weyenberg

Theses and Dissertations--Statistics

This dissertation is an effort to adapt two classical non-parametric statistical techniques, kernel density estimation (KDE) and principal components analysis (PCA), to the Billera-Holmes-Vogtmann (BHV) metric space for phylogenetic trees. This adaption gives a more general framework for developing and testing various hypotheses about apparent differences or similarities between sets of phylogenetic trees than currently exists.

For example, while the majority of gene histories found in a clade of organisms are expected to be generated by a common evolutionary process, numerous other coexisting processes (e.g. horizontal gene transfers, gene duplication and subsequent neofunctionalization) will cause some genes to exhibit a …

Evaluation Of The Signature Molecular Descriptor With Blosum62 And An All-Atom Description For Use In Sequence Alignment Of Proteins, Lindsay M. Aichinger

Williams Honors College, Honors Research Projects

This Honors Project focused on a few aspects of this topic. The second is comparing the molecular signature kernels to three of the BLOSUM matrices (30, 62, and 90) to test the accuracy of the mathematical model. The kernel matrix was manipulated in order to improve the relationship by focusing on side groups and also by changing how the structure was represented in the matrix by increasing the initial height distance from the central atom (Height 1 and Height 2 included).

There were multiple design constraints for this project. The first was the comparison with the BLOSUM matrices (30, 62, …

A Meta-Analysis Of Association Between One-Carbon Metabolism Gene Polymorphisms And Risk Of Prostate Cancer, Mahmood Tazari

Walden Dissertations and Doctoral Studies

Prostate cancer is the most common cancer among men. The purpose of this quantitative, meta-analysis study was to examine one-carbon metabolism gene polymorphisms in a group of genes to determine their association with prostate cancer risk. The genetic epidemiology theory provided the framework for the study. The data collected were from published articles. From over 2,800 individual studies, 20 articles were retained for results and data abstraction, following the title, abstract screen, and full text screening in the second phase. The data were analyzed by a meta-analysis statistical method, combining the results from selected studies to estimate the overall association. …

A Model For Determining Drivers Of Phenology In Western United States Rangelands, Joseph R. St. Peter

Graduate Student Theses, Dissertations, & Professional Papers

Plant phenology has long been used as an indicator of climate. Recent changes in plant phenology are evidence of the influence of climate change. Modeling plant phenology has become an effective tool to understand the impacts of climate change. Using machine learning techniques I developed a modeling process for accurately predicting phenology across a diverse landscape. This model uses individual site data to set site specific climate thresholds for plant phenology. This model also identifies the limiting factors to vegetation phenology for rangelands in the western United States. NDVI remotely sensed data was used to quantify land surface phenology and …