Open Access. Powered by Scholars. Published by Universities.®

Molecular Genetics Commons™

Open Access. Powered by Scholars. Published by Universities.®

2019

Discipline
Institution
Keyword
Publication
Publication Type
File Type

Articles 91 - 112 of 112

Full-Text Articles in Molecular Genetics

Mutations Of Fus Cause Aggregation Of Rna Binding Proteins, Disruptions In Protein Synthesis, And Dysregulation Of Nonsense Mediated Decay, Marisa Elizabeth Kamelgarn Jan 2019

Mutations Of Fus Cause Aggregation Of Rna Binding Proteins, Disruptions In Protein Synthesis, And Dysregulation Of Nonsense Mediated Decay, Marisa Elizabeth Kamelgarn

Theses and Dissertations--Toxicology and Cancer Biology

Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a fatal neurodegenerative disease characterized by motor neuron death and subsequent muscle atrophy. Approximately 15% of ALS cases are inheritable, and mutations in the Fused in Sarcoma (FUS) gene contribute to approximately 5% of these cases, as well as about 2% of sporadic cases. FUS performs a diverse set of cellular functions, including being a major regulator of RNA metabolism. FUS undergoes liquid- liquid phase transition in vitro, allowing for its participation in stress granules and RNA transport granules. Phase transition also contributes to the formation of cytoplasmic inclusions found in the …

Go to article

Impact Of Seasonal And Host-Related Factors On The Intestinal Microbiome And Cestode Community Of Sorex Cinereus And Sorex Monticola, Katelyn D. Cranmer Jan 2019

Impact Of Seasonal And Host-Related Factors On The Intestinal Microbiome And Cestode Community Of Sorex Cinereus And Sorex Monticola, Katelyn D. Cranmer

College of Graduate Studies: Theses & Dissertations

The intestinal microbiome of mammals plays a significant role in host health and response to environmental stimuli and can include both beneficial native bacteria as well as parasitic worms. In this study, I examined the intestinal cestode and bacterial communities of two closely related species of shrew, Sorex monticola and Sorex cinereus, over a six month period in 2016. Specimens were collected approximately every three weeks from May to October from the Sangre de Cristo Mountains in Cowles, New Mexico. A total of 79 shrews were prepared with the gastrointestinal tracts removed and flash-frozen in liquid nitrogen. An additional …

Go to article

Glial Cell Expansion And Intercellular Signaling In The Developing Medial Nucleus Of The Trapezoid Body (Mntb), Ashley N. Brandebura Jan 2019

Glial Cell Expansion And Intercellular Signaling In The Developing Medial Nucleus Of The Trapezoid Body (Mntb), Ashley N. Brandebura

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Neural circuit formation is a complex process involving coordinated communication between neurons, glia and vascular-associated cells (VACs). Each cell type is responsible for a unique transcriptional and translational contribution to tissue maturation. Deciphering the intercellular signaling patterns which guide neural circuit formation during normal development is thus an essential step in understanding which components of neural circuit formation go awry in neurodevelopmental disorders. The medial nucleus of the trapezoid body (MNTB), located in the auditory brainstem, was used as a model system to study the dynamics of neural circuit formation because it contains a mostly homogeneous population of postsynaptic neurons …

Go to article

Enhancing Water Stress Tolerance In Floriculture Crops, Suejin Park Jan 2019

Enhancing Water Stress Tolerance In Floriculture Crops, Suejin Park

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Water deficit is one of the major constraints on plant growth and development, causing reduction of crop productivity. To minimize water loss, among many adaptation strategies, plants close their stomata to reduce transpiration. The stomatal closure is regulated by light, internal CO2 concentration, and plant hormones, mainly abscisic acid. Plants’ response mechanisms to water deficit are complex processes involving numerous genes and various signaling pathways. Floriculture crops are often exposed to water deficit during shipping and retailing, and these periods often result in damaged crops and profit loss. Understanding of plant responses to water deficit stress will provide us an …

Go to article

Effects Of Commercial Formulations Of Glyphosate On Saccharomyces Cerevisiae, Apoorva Ravi Shankar Jan 2019

Effects Of Commercial Formulations Of Glyphosate On Saccharomyces Cerevisiae, Apoorva Ravi Shankar

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Commercial formulations of glyphosate are among the most extensively used herbicides around the world. The active ingredient, glyphosate, targets the aromatic amino acid pathway. This pathway is absent in mammals, resulting in low toxicity. Different formulations contain varying adjuvants and surfactants, whose synergistic effects are yet to be extensively studied at the cellular level. In this study, I tested multiple commercial formulations that showed a variation in growth phenotype among different yeast strains. To gain a better understanding of response and resistance mechanisms at the genome and transcriptome level, I carried out an in-lab evolution study, along with a transcriptome …

Go to article

Association Genetics And Local Adaptation Of Populus Trichocarpa Torr. & Gray, Hari Bahadur Chhetri Jan 2019

Association Genetics And Local Adaptation Of Populus Trichocarpa Torr. & Gray, Hari Bahadur Chhetri

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

A major goal in plant science is overcoming the recalcitrance of plant biomass to cellulose extraction, to enable efficient production of cellulosic biofuel. We have started to understand the genetic basis of some important traits such as cell wall chemistry, but we do not know anything about the key structural and functional traits such as wood anatomy that greatly affect plant biomass recalcitrance. Furthermore, biofuel feedstocks have to be adapted to varied environmental conditions to ensure high productivity in plantations, but little is known about the molecular mechanisms underlying local adaptation. With the advancement in sequencing and genotyping technologies, association …

Go to article

Insects And The Evolution Of Developmental Pathways: Functional Analysis Of Genetic Sex Determination Mechanisms In Oncopeltus Fasciatus, Josefine Just Jan 2019

Insects And The Evolution Of Developmental Pathways: Functional Analysis Of Genetic Sex Determination Mechanisms In Oncopeltus Fasciatus, Josefine Just

Honors Theses

Natural selection alters genetic pathways over evolutionary time. However, different pathways have been shown to maintain mutations at varying rates, leading to different levels of conservation across developmental pathways. Sex determination pathways, in particular, show vast diversity across animals despite the fundamental conservation of biological sex itself. Here, I investigated the sex determination pathway of the hemimetabolous insect, Oncopeltus fasciatus. The large milkweed bug, O. fasciatus, is part of the order Hemiptera, which provides a relevant outgroup study to other insects in which sex determination has been studied to date. I studied three sex determination genes, intersex, fruitless …

Go to article

Impact Of Industrial Biocides On Bacterial Isolates From Hydraulic Fracturing Produced Water, Waad Ahmed Aljohani Jan 2019

Impact Of Industrial Biocides On Bacterial Isolates From Hydraulic Fracturing Produced Water, Waad Ahmed Aljohani

Dissertations, Master's Theses and Master's Reports

Biocides are antimicrobial compounds that are designed to kill diverse groups of microbes in an untargeted fashion. Glutaraldehyde and DBNPA are commonly used to manage microbial growth in different industries. It is possible that biocide use may result in the development of bacterial resistance. However, resistance to DBNPA is believed to be limited under normal use conditions. We isolated a number of bacteria from produced water from a hydraulically fractured site in West Texas. We then tested the ability of these isolates to resist Glutaraldehyde and DBNPA. In this study, we found that these isolates have varying resistance to these …

Go to article

Detection Of Beta-Lactamase Variants In Municipal Wastewater And Fresh Water, Sunil Pandey Jan 2019

Detection Of Beta-Lactamase Variants In Municipal Wastewater And Fresh Water, Sunil Pandey

Masters Theses

The occurrence and spread of antibiotic-resistant genes (ARGs) are pressing public health problems worldwide. A key factor contributing to the spread of ARGs is lateral gene transfer. Wastewater treatment plants (WWTPs) are measured hot spots of microbial diversity and resistance because they receive polluted wastewater from diverse sources and contain a variety of different environments with dense bacterial loads. Due to the overuse of antibiotics the genetic capacities of microbes have profited. This helps every source of resistance gene and every means of horizontal gene transmission to develop the multiple mechanism of resistance to each antibiotic used clinically, agriculturally, or …

Go to article

Expression Of Alternative Oxidase In The Copepod T. Californicus When Exposed To Environmental Stressors, Carly Tward Jan 2019

Expression Of Alternative Oxidase In The Copepod T. Californicus When Exposed To Environmental Stressors, Carly Tward

Theses and Dissertations (Comprehensive)

In addition to the typical electron transport system in animal mitochondria responsible for oxidative phosphorylation, some species possess an alternative oxidase (AOX) pathway, which causes electrons to bypass proton pumping complexes. Although AOX appears to be energetically wasteful, studies have revealed its wide taxonomic distribution, and indicate it plays a role in environmental stress tolerance. AOX discovery in animals is recent, and further research into its expression, regulation, and physiological role has been impeded by the lack of an experimental model organism. DNA database searches using bioinformatics revealed an AOX sequence present in the arthropod Tigriopus californicus. Multiple sequence …

Go to article

First Record Of White Stork In A Birdstrike In South Africa Above 3,300 M Agl, Desire Dalton, Marli De Bruyn, Monica Mwale, Kim Labuschagne, Melissa Hofmann, Albert Froneman, Hanneline A. Smit-Robinson, Antoinette Kotze Jan 2019

First Record Of White Stork In A Birdstrike In South Africa Above 3,300 M Agl, Desire Dalton, Marli De Bruyn, Monica Mwale, Kim Labuschagne, Melissa Hofmann, Albert Froneman, Hanneline A. Smit-Robinson, Antoinette Kotze

Human–Wildlife Interactions

Birdstrikes to aircrafts are increasing on an annual basis and pose significant aviation safety risks. Identification of the birds involved is key to developing mitigation strategies. Often the only information available to make identifications are feather and/or tissue samples. Relying on feathers alone to identify the bird species requires special expertise and access to museum collections for specimen comparisons. In 2017, feathers and tissue samples were recovered from the engine cowling of an airplane that had just landed at the Oliver Reginald (O. R.) Tambo international airport in South Africa after striking a bird at 3,353 m. To confirm the …

Go to article

Characterizing The Role Of Neurogenic Atrophy-Induced Protein Phosphatases In Skeletal Muscle, Sydney Ann Labuzan Jan 2019

Characterizing The Role Of Neurogenic Atrophy-Induced Protein Phosphatases In Skeletal Muscle, Sydney Ann Labuzan

UNF Graduate Theses and Dissertations

Dusp4 and Ppme1 have been identified as novel genes in skeletal muscle that are upregulated in response to neurogenic atrophy in a mouse model. Overexpression (OE) of Dusp4 wild-type (Dusp4-WT), as well as a Dusp4 Dominant Negative (Dusp4-DN) in C2C12 cells inhibits proper muscle differentiation potentially through its attenuation of ERK-MAPK signaling. Co-immunoprecipitation analysis shows Dusp4-DN associating with ERK1/2 but not p38, suggesting Dusp4 is specific for ERK1/2 but not p38. Quantitative PCR as well as Western blot analysis confirm that Ppme1 is expressed uniformly during muscle cell proliferation and differentiation. Interestingly, Ppme1 mRNA levels appear to …

Go to article

การพัฒนาเทคนิค Recombinase Polymerase Amplification เพื่อตรวจหาเชื้อ Mycobacterium Avium Complex ด้วยตาเปล่า, เทิดศักดิ์ สุธาตุ Jan 2019

การพัฒนาเทคนิค Recombinase Polymerase Amplification เพื่อตรวจหาเชื้อ Mycobacterium Avium Complex ด้วยตาเปล่า, เทิดศักดิ์ สุธาตุ

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคติดเชื้อที่มีสาเหตุมาจาก Mycobacterium avium complex (MAC) มีอุบัติการณ์เพิ่มสูงขึ้นทั่วโลกรวมทั้งในประเทศไทย เนื่องมาจากการเพิ่มขึ้นของจำนวนผู้ป่วยที่มีภาวะภูมิคุ้มกันของร่ายกายต่ำ การวินิจฉัยเชื้อ MAC ในปัจจุบันที่อาศัยการเพาะเลี้ยงเชื้อและทดสอบปฏิกิริยาชีวเคมี นอกจากใช้ระยะเวลานานแล้ว ยังไม่สามารถจำแนกเชื้อได้ถึงระดับสปีชี่ส์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเชื้อ Mycobacterium avium และเชื้อ Mycobacterium intracellulare ซึ่งเป็นเชื้อ MAC ที่สำคัญและเพาะแยกได้บ่อยจากสิ่งส่งตรวจ ดังนั้นวัตถุประสงค์ของการศึกษาในครั้งนี้ คือการพัฒนาเทคนิค Recombinase Polymerase Amplification ร่วมกับการอ่านผลด้วยสี SYBR Green I (RPA/SYBR) ในการตรวจวินิจฉัยเชื้อ MAC ซึ่งอาศัยการเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมภายใต้อุณหภูมิคงที่ ร่วมกับไพรเมอร์ที่จำเพาะต่อเชื้อกลุ่ม MAC เชื้อ M. avium และเชื้อ M. intracellulare และอ่านผลที่เกิดขึ้นด้วยตาเปล่าได้ในทันทีภายหลังการเติมสี SYBR Green I ผลจากการทดสอบกับตัวอย่าง DNA ของเชื้อ MAC จำนวน 120 ตัวอย่าง พบว่าเทคนิค RPA/SYBR สามารถตรวจวินิจฉัยจำแนกสปีชี่ส์ของเชื้อ M. avium และเชื้อ M. intracellulare ได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยมีความไว 100% และความจำเพาะตั้งแต่ 80.7% ขึ้นไป ซึ่งจัดว่ามีความสอดคล้องในเกณฑ์ดีมากเมื่อเปรียบเทียบกับวิธีหาลำดับเบส (สถิติ Kappa มีค่าตั้งแต่ 0.801 ขึ้นไป) ในขณะที่เมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค PCR มีความไวตั้งแต่ 89.2% ขึ้นไปและความจำเพาะตั้งแต่ 97.5% ขึ้นไป และมีความสอดคล้องในเกณฑ์ดีมากเช่นเดียวกัน (สถิติ Kappa มีค่าตั้งแต่ 0.863 ขึ้นไป) นอกจากนี้เทคนิค RPA/SYBR ยังมีค่าความเข้มข้นของ DNA ต้นแบบน้อยที่สุดที่สามารถตรวจได้ เท่ากับ 1 ng/µl และไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกลุ่มกับเชื้อส่วนใหญ่ของ Mycobacterium แม้ว่าเทคนิค RPA/SYBR ที่ได้พัฒนาขึ้น มีขั้นตอนการทดสอบที่ทำง่าย …

Go to article

การพัฒนาเทคนิค Recombinase Polymerase Amplification และ Helicase Dependent Isothermal Amplification สำหรับตรวจจีโนไทป์ของเอนไซม์ Extended-Spectrum Β-Lactamase ที่สร้างจากเชื้อ Escherichia Coli ในสถาบันมะเร็งแห่งชาติ ประเทศไทย, ธัชภร อัศวคงคารัตน์ Jan 2019

การพัฒนาเทคนิค Recombinase Polymerase Amplification และ Helicase Dependent Isothermal Amplification สำหรับตรวจจีโนไทป์ของเอนไซม์ Extended-Spectrum Β-Lactamase ที่สร้างจากเชื้อ Escherichia Coli ในสถาบันมะเร็งแห่งชาติ ประเทศไทย, ธัชภร อัศวคงคารัตน์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อ Escherichia coli ที่สร้างเอนไซม์ Extended-spectrum β-lactamase (ESBLs) เป็นปัญหาสำคัญที่พบในโรงพยาบาลทั่วโลก การตรวจจีโนไทป์ของเอนไซม์ ESBLs เป็นวิธีที่สำคัญและมีประโยชน์ในการควบคุมการแพร่กระจายของเชื้อดื้อยาและการเลือกใช้ยาต้านจุลชีพอย่างเหมาะสม การศึกษานี้มุ่งหวังจะพัฒนาเทคนิค Multiplex Recombinase polymerase amplification (Multiplex RPA) และ Helicase dependent amplification (HDA) สำหรับตรวจหายีนดื้อยา blaCTX-M, blaOXA, blaSHV และ blaTEM ในเชื้อ E. coli ในสถาบันมะเร็งแห่งชาติ ประเทศไทย เชื้อ E. coli จำนวน 144 ตัวอย่างที่แยกได้จากสิ่งส่งตรวจภายในงานจุลชีววิทยา สถาบันมะเร็งแห่งชาติ ช่วงระหว่างเดือนกุมภาพันธ์ 2017 ถึงเดือนกันยายน 2018 ถูกนำมาทดสอบความไวต่อยาต้านจุลชีพและตรวจคัดกรองการสร้างเอนไซม์ ESBLs ด้วยวิธี Disk diffusion ตามวิธีมาตรฐานของ CLSI ปี ค.ศ. 2017 เชื้อที่สร้างเอนไซม์ ESBLs จำนวน 95 ตัวอย่าง พบดื้อยาสูงสุดในยา Ampicillin (100%), Cefotaxime (100%), Cefdinir (100%) และ Ceftriaxone (99.9%) และเชื้อ E. coli จำนวน 144 ตัวอย่าง มียีน blaCTX-M (100%) รองลงมาคือ blaTEM (42.1%), blaOXA (30.5%) และ blaSHV (2.1%) ตามลำดับ โดยเป็นยีน ESBLs ชนิด CTX-M-15 สูงสุด (51.1%) รองลงมาคือ CTX-M-55 (18.1%), CTX-M-27 (17.0%), CTX-M-14 …

Go to article

ความหลากหลายทางพันธุกรรมของยีนบีเอซีอีวันและเอโปอี และระดับอะไมลอยด์เบต้าในเลือดของผู้ป่วยโรคไวรัสตับอักเสบบีเรื้อรังและตับอักเสบซีเรื้อรัง, ธัญรัตน์ ทองจรัส Jan 2019

ความหลากหลายทางพันธุกรรมของยีนบีเอซีอีวันและเอโปอี และระดับอะไมลอยด์เบต้าในเลือดของผู้ป่วยโรคไวรัสตับอักเสบบีเรื้อรังและตับอักเสบซีเรื้อรัง, ธัญรัตน์ ทองจรัส

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

อะไมลอยด์เบต้า 42 (Aβ42) เป็นของเสียที่เกิดจากการย่อยอะไมลอยด์เบต้าพรีเคอเซอร์โปรตีน อาจเสี่ยงต่อการเกิดโรคอัลไซเมอร์เมื่อสะสมที่สมอง โดยมียีนบีเอซีอีวัน (BACE1) ควบคุมการสร้างเอนไซม์เบต้าซีครีเตส เพื่อย่อยอะไมลอยด์เบต้าพรีเคอเซอร์โปรตีน และมียีนเอโปอี (ApoE) เป็นยีนที่ถอดรหัสเป็น Apolipoprotein E ทำหน้าที่ขนส่งอะไมลอยด์เบต้าไปกำจัดที่ตับ คาดว่าการติดเชื้อไวรัสตับอักเสบเรื้อรังอาจส่งผลให้การกำจัดของเสียลดลงด้วย งานวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาระดับอะไมลอยด์เบต้า 42 ในเลือดด้วยหลักการ ELISA และศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของยีน BACE1 (rs638405) ด้วยหลักการ PCR-RFLP และยีน ApoE (rs429358 และ rs7412) ด้วยหลักการ real time PCR ในผู้ติดเชื้อไวรัสตับอักเสบบีเรื้อรัง (CHB, N=149) ซีเรื้อรัง (CHC, N=31) และคนปกติ (N=164) โดยเป็นผู้ติดเชื้อไวรัสตับอักเสบบีเรื้อรัง ซีเรื้อรังที่รักษา ณ โรงพยาบาลพระมงกุฎเกล้า และผู้บริจาคโลหิต ณ สถาบันพยาธิวิทยา ในช่วงเดือน สิงหาคม 2561 - มิถุนายน 2562 ผลการศึกษาพบว่าระดับอะไมลอยด์เบต้า 42 ในเลือดของผู้ป่วย CHB มีค่าสูงกว่าคนปกติ (CHB=46.86 pg/ml (N=22), CHC=43.27 pg/ml (N=15) และ คนปกติ =33.72 pg/ml (N=36), p-value=0.002) ข้อมูลจากกลุ่มตัวอย่างที่ตรวจวัดนี้มีจำนวนจำกัด จึงยังไม่สามารถนำไปอ้างอิงได้ นอกจากนี้ผู้วิจัยพบสัดส่วนของจีโนไทป์ของยีน BACE1 ในผู้ป่วย CHB (N=149), CHC (N=31) มีจีโนไทป์ C/G สูงกว่าในคนปกติ (N=164) (p-value = 0.044) และยีน ApoE ในผู้ป่วย CHB (N=149), CHC (N=31) มีจีโนไทป์ ε3ε4 สูงกว่าในคนปกติ (N=148) (p-value=0.001) …

Go to article

การศึกษาฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียของส่วนประกอบเลือดจากตัวเงินตัวทอง (Varanus Salvator), นันทวัฒน์ โฆษา Jan 2019

การศึกษาฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียของส่วนประกอบเลือดจากตัวเงินตัวทอง (Varanus Salvator), นันทวัฒน์ โฆษา

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

สถานการณ์การดื้อยาปฏิชีวนะของแบคทีเรียเป็นปัญหาใหญ่ที่ส่งผลกระทบไปทั่วโลก จึงจำเป็นต้องศึกษาเพื่อพัฒนาสารทดแทนยาปฏิชีวนะ ตัวเงินตัวทอง (Varanus salvator) เป็นสัตว์เลื้อยคลานมีความสามารถในการอยู่รอดจากสภาวะที่เสี่ยงต่อการติดเชื้อ อาจเนื่องจากสัตว์เหล่านี้มีระบบภูมิคุ้มกันโดยกำเนิดซึ่งมีวิวัฒนาการมาแต่โบราณจึงเป็นจุดเด่นที่น่าศึกษาวิจัย งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียขององค์ประกอบเลือดจากตัวเงินตัวทองและโปรตีนหรือเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติต้านจุลชีพ ซึ่งข้อมูลของลำดับกรดอะมิโนของตัวเงินตัวทองที่ได้ในการศึกษาวิจัยครั้งนี้จะเป็นพื้นฐานที่สำคัญใน โดยนำพลาสมาและซีรัมจากตัวเงินตัวทองมาทดสอบคุณสมบัติการยับยั้งเชื้อแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคด้วยเทคนิค agar diffusion พบว่าพลาสมาสามารถยับยั้งการเจริญของเชื้อแบคทีเรียได้ดีที่สุดมีขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางของวงใสยับยั้งเชื้อ (inhibition zone) เท่ากับ 17-20 มิลลิเมตร เมื่อทำการทดสอบหาค่าความเข้มข้นต่ำสุดของพลาสมาและซีรัมที่สามารถยับยั้งเชื้อแบคทีเรีย (minimal inhibitory concentration, MIC) ด้วยวิธี broth dilution พบว่าสารสกัดหยาบพลาสมาให้ผลการทดสอบกับเชื้อได้ดีที่สุดโดยมีค่าความเข้มข้นต่ำสุดที่สามารถยับยั้งเชื้อแบคทีเรีย (MIC) เท่ากับ 125 ไมโครกรัมต่อมิลลิลิตร จากผลของการแยกบริสุทธิ์บางส่วนของพลาสมาและซีรัมโดยเทคนิค ion exchange chromatography ด้วย Q - sepharose คอลัมน์ พบว่าทั้งพลาสมาและซีรัมสามารถแยกโปรตีนแฟรคชันได้ 5 แฟรคชันเท่ากัน เมื่อวิเคราะห์ด้วยเทคนิค sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) พบขนาดโมเลกุลอยู่ระหว่าง 16 – 200 กิโลดัลตัน แต่เมื่อทดสอบคุณสมบัติการต้านเชื้อ พบบางแฟรกชันจากพลาสมา (P) และซีรั่ม (S) ซึ่งกำหนดเป็น P1 / P2 / P5 และ S1 / S2 / S4 ตามลำดับ ที่แสดงฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรีย เมื่อวิเคราะห์องค์ประกอบของสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพด้วยเทคนิค liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS) สามารถระบุชนิดโปรตีนได้ทั้งหมด 33 ชนิดและพบโปรตีนที่มีศักยภาพเป็นเปปไทด์ต้านจุลชีพ 15 ชนิด มีเพียง 3 ชนิด จากส่วนของพลาสมา (P1) 2 ชนิด และ (P2) 1 ชนิด ที่มีโครงสร้างเป็น α-helical peptide …

Go to article

องค์ประกอบทางพฤกษเคมีและผลกระทบของน้ำมันเสม็ดขาวต่อการแสดงออกของยีนดื้อยาหลักในเชื้อ Fluconazole-Resistant Candida Albicans ที่แยกได้ทางคลินิก, พิชญพงศ์ คีรีเดช Jan 2019

องค์ประกอบทางพฤกษเคมีและผลกระทบของน้ำมันเสม็ดขาวต่อการแสดงออกของยีนดื้อยาหลักในเชื้อ Fluconazole-Resistant Candida Albicans ที่แยกได้ทางคลินิก, พิชญพงศ์ คีรีเดช

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาองค์ประกอบทางพฤกษเคมีและฤทธิ์ต้านเชื้อรา Candida albicans ของน้ำมันเสม็ดขาวจากใบและกิ่งอ่อนของ Melaleuca cajuputi Powell ที่พบในพื้นที่ภาคตะวันออกของประเทศไทย รวมทั้งประเมินผลกระทบของน้ำมันเสม็ดขาวต่อการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับกลไกการดื้อยาฟลูโคนาโซลในเชื้อราทดสอบ การวิเคราะห์องค์ประกอบทางพฤกษเคมีด้วยวิธีแก๊สโครมาโทกราฟี-แมสสเปกโตรมิทรี (gas chromatography-mass spectrometry, GC-MS) พบว่าน้ำมันเสม็ดขาวมีองค์ประกอบหลัก 6 ชนิด ได้แก่ 1,8-Naphthyridine derivatives (ร้อยละ 10.46), alpha-Pyrone (ร้อยละ 10.11), Terpinolene (ร้อยละ 9.26), gamma-Terpinene (ร้อยละ 8.00), trans-Caryophyllene (ร้อยละ 6.36) และ beta-Elemene (ร้อยละ 5.09) จากการทดสอบฤทธิ์เบื้องต้นของน้ำมันเสม็ดขาวในการยับยั้ง C. albicans สายพันธุ์คลินิกที่ดื้อต่อยาฟลูโคนาโซล จำนวน 16 ไอโซเลท ด้วยวิธี Disc diffusion พบว่าดิสก์บรรจุน้ำมันเสม็ดขาว ขนาด 1 ไมโครลิตรต่อดิสก์ แสดงฤทธิ์ยับยั้งการเจริญของเชื้อทดสอบทุกไอโซเลท โดยมีขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางบริเวณยับยั้งเชื้อเฉลี่ยอยู่ระหว่าง 6.67 ± 0.58 ถึง 10.00 ± 0.00 มิลลิเมตร เมื่อทำการทดสอบหาค่าความเข้มข้นต่ำสุดของน้ำมันเสม็ดขาวที่สามารถยับยั้งเชื้อทดสอบ (minimal inhibitory concentration, MIC) และฆ่าเชื้อทดสอบ (minimum fungicidal concentration, MFC) ด้วยวิธี Broth macrodilution พบว่าน้ำมันเสม็ดขาวแสดงฤทธิ์ฆ่าเชื้อราทดสอบทุกไอโซเลท โดยมีค่า MIC และ MFC อยู่ในช่วง 0.31-1.25 และ 0.63-2.5 ไมโครลิตรต่อมิลลิลิตร ตามลำดับ การทดสอบการเสริมฤทธิ์กันของสารผสมน้ำมันเสม็ดขาวและยาฟลูโคนาโซลในการต้านเชื้อราทดสอบด้วยวิธี Checkerboard microdilution พบว่าสารผสมดังกล่าวมีการเสริมฤทธิ์กันในการยับยั้งเชื้อราทดสอบส่วนใหญ่ (ร้อยละ 60) โดยค่า MIC ของยาฟลูโคนาโซลและน้ำมันเสม็ดขาวจะลดลงประมาณ 8-64 และ 8-16 เท่า ตามลำดับ …

Go to article

การพัฒนาเทคนิค Helicase Dependent Amplification ควบคู่กับการอ่านผลด้วยตาเปล่าโดยใช้สี Sybr Green I (Hda/Sybr Green I) สำหรับการตรวจการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิต, วรางคณา แย้มเกต Jan 2019

การพัฒนาเทคนิค Helicase Dependent Amplification ควบคู่กับการอ่านผลด้วยตาเปล่าโดยใช้สี Sybr Green I (Hda/Sybr Green I) สำหรับการตรวจการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิต, วรางคณา แย้มเกต

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตที่มีการปนเปื้อนของเชื้อแบคทีเรีย อาจก่อให้การติดเชื้อในกระแสโลหิตที่รุนแรงและนำไปสู่การเสียชีวิตได้ ดังนั้นจึงมีการกำหนดมาตรฐานให้งานธนาคารโลหิต ทำการตรวจการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตก่อนนำไปใช้กับผู้ป่วย เพื่อลดอาการไม่พึงประสงค์ที่อาจเกิดขึ้น วิธีการตรวจการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตในปัจจุบันยังมีข้อจำกัดที่พบได้บางประการ อาทิเช่น การเพาะเลี้ยงเชื้อแบคทีเรียที่ไม่สามารถปฏิบัติได้ในห้องปฏิบัติการทางธนาคารโลหิต การทดสอบที่ใช้ระยะเวลานาน ซึ่งไม่เหมาะสมกับอายุการเก็บรักษาผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตที่สั้นประมาณ 5 วัน และต้นทุนของการทดสอบที่มีราคาแพง วัตถุประสงค์ของการศึกษาครั้งนี้เพื่อพัฒนาเทคนิค Helicase dependent amplification ควบคู่กับการอ่านผลด้วยตาเปล่าโดยใช้สี SYBR Green I (HDA/SYBR Green I) สำหรับตรวจหาการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิต โดยใช้ Primer ที่ถูกออกแบบให้จำเพาะต่อยีน 16s rRNA ซึ่งเป็น Universal gene ของเชื้อแบคทีเรีย ผลการทดสอบกับตัวอย่างผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตที่ปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียแบบจำลอง ณ วันต่าง ๆ จำนวน 96 ตัวอย่าง พบว่าเทคนิค HDA/SYBR Green I มีความไวและความจำเพาะสูง เท่ากับ 96% และ 100% ตามลำดับ และมีความสอดคล้องกันในระดับดีมาก เมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค HDA/AGE เมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค PCR การนับจำนวนโคโลนี และเครื่องอัตโนมัติ BacT/Alert System พบว่าเทคนิค HDA/SYBR Green I มีความจำเพาะสูงเท่ากับ 100% แต่มีความไวอยู่ในช่วงระหว่าง 63-76% จึงทำให้มีความสอดคล้องกันในระดับปานกลางถึงดี อย่างไรก็ดี เมื่อนำเทคนิค HDA/SYBR Green I ตรวจการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตเฉพาะวันที่ 2 ถึง 5 ของการเก็บรักษา พบว่ามีความไวที่สูงขึ้น เท่ากับ 88% และมีความสอดคล้องกันในระดับดีมาก เทคนิค HDA/SYBR Green I มีค่าความเข้มข้นน้อยที่สุดของ DNA ต้นแบบที่สามารถตรวจได้ เท่ากับ 1 ng และไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกลุ่มกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ที่มีโอกาสพบการปนเปื้อนได้ในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิต เทคนิค HDA/SYBR Green I …

Go to article

การทดสอบความไวต่อยาไพราซินาไมด์ของเชื้อวัณโรคอย่างรวดเร็วจากการเปลี่ยนสีบนชุดทดสอบ Biphasic Media, วราภรณ์ เถื่อนสุวรรณ Jan 2019

การทดสอบความไวต่อยาไพราซินาไมด์ของเชื้อวัณโรคอย่างรวดเร็วจากการเปลี่ยนสีบนชุดทดสอบ Biphasic Media, วราภรณ์ เถื่อนสุวรรณ

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การทดสอบความไวต่อยา Pyrazinamide (PZA) ด้วยวิธีมาตรฐาน (culture-based susceptibility tests) นั้นทำได้ยาก เนื่องจากสภาวะเป็นกรดในอาหารเลี้ยงเชื้อสามารถทำให้เกิดผลลบและผลบวกลวง การศึกษานี้มุ่งเน้นศึกษาและพัฒนาชุดทดสอบสำหรับใช้วินิจฉัยเชื้อดื้อต่อยา PZA ในเชื้อ Mycobacterium tuberculosis ด้วยชุดทดสอบ colorimetric biphasic medium assay ที่ผสม Nicotinamide (NIC-CBMA) ความเข้มข้น 250, 500, 1000 และ 2000 µg/mL และวิเคราะห์การกลายพันธุ์ที่สัมพันธ์กับการดื้อยา PZA ในยีน pncA, rpsA และ panD ผลการทดสอบในเชื้อวัณโรคดื้อยาทั้งหมด 150 สายพันธุ์ แบ่งเป็นเชื้อดื้อต่อยา PZA 40 สายพันธุ์ และเชื้อไวต่อยา PZA 110 สายพันธุ์ เมื่อทดสอบด้วยวิธี BACTEC MGIT 960 พบว่าความเข้มข้นของ NIC ≥ 1000 µg/mL เหมาะสำหรับใช้วินิจฉัยเชื้อดื้อยา PZA ด้วยวิธี NIC-CBMA ซึ่งมีความไวของชุดทดสอบเท่ากับ 100% ความจำเพาะเท่ากับ 96.36% เมื่อเทียบกับวิธีมาตรฐาน BACTEC MGIT 960 นอกจากนี้พบการกลายพันธุ์ในยีน pncA ที่สัมพันธ์กับการดื้อยา PZA จำนวน 28 แบบ ในเชื้อจำนวน 37 จาก 40 สายพันธุ์ที่ดื้อยา PZA เป็นการกลายพันธุ์แบบ Nonsynonymous 57.89% การกลายพันธุ์แบบ Indels 21.05% การกลายพันธุ์บริเวณ Promoter 13.16% การกลายพันธุ์แบบ Nonsense 5.26% และการกลายพันธุ์แบบ Double mutation 2.63% นอกจากนี้พบการกลายพันธุ์ใหม่จำนวน 4 แบบ …

Go to article

การประยุกต์ใช้เทคนิคการเรียนรู้ของคอมพิวเตอร์เพื่อพัฒนาตัวแบบทางเหมืองข้อมูลสำหรับพยากรณ์ระดับฮีโมโกลบินของผู้บริจาคโลหิต, สาธิต เทศสมบูรณ์ Jan 2019

การประยุกต์ใช้เทคนิคการเรียนรู้ของคอมพิวเตอร์เพื่อพัฒนาตัวแบบทางเหมืองข้อมูลสำหรับพยากรณ์ระดับฮีโมโกลบินของผู้บริจาคโลหิต, สาธิต เทศสมบูรณ์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ปริมาณโลหิตและส่วนประกอบโลหิตที่เพียงพอในธนาคารเลือดนั้นมีความสำคัญในการรักษาผู้ป่วย ดังนั้นธนาคารเลือดทุกแห่งต้องส่งเสริมให้ผู้บริจาคโลหิตมีสุขภาพดีและมีคุณสมบัติเหมาะสมในการบริจาคโลหิตอย่างสม่ำเสมอจากข้อมูลของศูนย์บริการโลหิตแห่งชาติ สภากาชาดไทยพบผู้ถูกปฏิเสธการบริจาคโลหิตประมาณร้อยละ 15-20 จากจำนวนผู้ประสงค์จะบริจาคโลหิตทั้งหมด ส่วนใหญ่มีสาเหตุจากค่าฮีโมโกลบิน (hemoglobin; Hb) ไม่ผ่านเกณฑ์ นำไปสู่ความผิดหวังความไม่พอใจเพราะผู้บริจาคโลหิตต้องเสียเวลา ค่าใช้จ่ายในการเดินทางแต่ไม่ได้บริจาคโลหิตและส่งผลกระทบต่อการจัดหาโลหิตโดยตรง หากสามารถพยากรณ์ผลตรวจ Hb ได้ล่วงหน้าจะช่วยลดผลกระทบปัญหา เป็นประโยชน์ทั้งต่อผู้บริจาคโลหิต ธนาคารเลือดและผู้ป่วย การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาและเปรียบเทียบประสิทธิภาพเทคนิคการเรียนรู้ของคอมพิวเตอร์ในการพยากรณ์จำแนกกลุ่มผลตรวจ Hb ของผู้บริจาคโลหิต โดยเก็บข้อมูล 44 ตัวแปรของผู้บริจาคโลหิตจำนวน 2,180 รายจากภาคบริการโลหิตแห่งชาติ 12 แห่งและสถานีกาชาดหัวหินเฉลิมพระเกียรติตั้งแต่ 1 ต.ค. 2561 ถึง 31 พ.ค. 2562 นำมากลั่นกรองข้อมูล คัดเลือกตัวแปร พัฒนาตัวแบบทางเหมืองข้อมูลได้แก่ ต้นไม้ตัดสินใจ ซัพพอร์ตเวกเตอร์แมชชีน การจำแนกแบบเบส์อย่างง่ายและโครงข่ายประสาทเทียม จากนั้นเปรียบเทียบประสิทธิภาพการจำแนกกลุ่มของตัวแบบพยากรณ์ พบว่าต้นไม้ตัดสินใจเป็นตัวแบบการจำแนกกลุ่มที่เหมาะสมที่สุดโดยให้ค่าความถูกต้อง ค่าความไว ค่าความจำเพาะ ค่าการพยากรณ์ผลบวก ค่าการพยากรณ์ผลลบสูงที่สุดและค่า AUC เท่ากับร้อยละ 92.20, 82.98, 94.74, 81.25, 95.29 และ 0.943 ตามลำดับ ซึ่งต้นไม้ตัดสินใจที่ได้จากศึกษานี้อาจนำไปพัฒนาต่อเป็นระบบประเมินออนไลน์ก่อนเดินทางมาบริจาคโลหิตได้

Go to article

การตรวจไวรัสมะเร็งเม็ดเลือดขาวในแมวที่รวดเร็วด้วยวิธี Recombinase Polymerase Amplification (Rpa), สิทธิโชค ลาชโรจน์ Jan 2019

การตรวจไวรัสมะเร็งเม็ดเลือดขาวในแมวที่รวดเร็วด้วยวิธี Recombinase Polymerase Amplification (Rpa), สิทธิโชค ลาชโรจน์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคติดเชื้อไวรัสมะเร็งเม็ดเลือดขาวในแมว (Feline Leukemia Virus : FeLV) เป็นโรคติดเชื้อไวรัสในแมวที่สำคัญที่เป็นสาเหตุของโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาว และ มะเร็งต่อมน้ำเหลือง การตรวจหา FeLV RNA และโปรไวรัส ด้วยวิธีทางอณูชีววิทยามีความสำคัญในการแยกระยะต่างๆของโรค ซึ่งวิธี Rapid immunochromatographic assay ที่นิยมใช้ตรวจแอนติเจนนั้นสามารถตรวจได้เพียงการติดเชื้อระยะ Progressive ที่มี Viremia เท่านั้น งานวิจัยนี้จึงได้พัฒนาเทคนิค Recombinase polymerase amplification (RPA) และ Nested RPA เพื่อตรวจ exogenous FeLV Provirus DNA และ RT-RPA เพื่อตรวจ FeLV RNA และทดสอบตัวอย่างเลือดแมวจำนวน 122 ตัวอย่าง ผลการศึกษาพบว่าเทคนิค RPA สามารถตรวจหา FeLV Provirus ได้ที่ขีดจำกัด 1 ng/µl และไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกลุ่มกับเชื้อก่อโรคในแมว มีความไว ความจำเพาะ เทียบกับเทคนิค PCR ที่ร้อยละ 95.89 และ 100 ตามลำดับ ขณะที่ Nested RPA เทียบกับเทคนิค Nested PCR มีความไว ความจำเพาะ ที่ร้อยละ 98.89 และ 96.88 ตามลำดับ การตรวจหา FeLV RNA ด้วยเทคนิค RT-RPA มีขีดจำกัดที่ 0.1 ng/µl เมื่อเทียบกับเทคนิค RT-PCR และ Rapid Immunochromatographic assay มีความไว ร้อยละ 93.75 และ 95.24 ตามลำดับ และ ความจำเพาะร้อยละ 100 ค่าความสอดคล้องของเทคนิค RPA …

Go to article

การพัฒนาวิธีการตรวจยีนดื้อยาคาร์บาพีเนม ของเชื้อ Klebsiella Pneumoniae ด้วยวิธี Recombinase Polymerase Amplification ในสถาบันสุขภาพเด็กแห่งชาติมหาราชินี, สุธาวรรณ มุทิตานนท์ Jan 2019

การพัฒนาวิธีการตรวจยีนดื้อยาคาร์บาพีเนม ของเชื้อ Klebsiella Pneumoniae ด้วยวิธี Recombinase Polymerase Amplification ในสถาบันสุขภาพเด็กแห่งชาติมหาราชินี, สุธาวรรณ มุทิตานนท์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อ Klebsiella pneumoniae ที่สร้างเอนไซม์ carbapenemases (KPCs) เป็นปัญหาสำคัญของการติดเชื้อในโรงพยาบาลโดยเฉพาะผู้ป่วยเด็ก เนื่องจากมักดื้อยาหลายขนาน ทำให้มียาที่ใช้รักษาได้จำกัด เป็นสาเหตุทำให้มีอัตราการเสียชีวิตสูงขึ้น งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเทคนิค multiplex Recombinase Polymerase Amplification (multiplex RPA) สำหรับตรวจหายีนที่สร้างเอนไซม์ carbapenemase ของเชื้อ K. pneumoniae และเปรียบเทียบความไวและความจำเพาะกับ วิธี Modified Carbapenem Inactivation Method Test (mCIM) และ วิธี nucleotide sequencing กับตัวอย่างเชื้อ K. pneumoniae ในสถาบันสุขภาพเด็กแห่งชาติมหาราชินี ประเทศไทย ตั้งแต่เดือนมิถุนายน ถึง ธันวาคม 2018 โดยเก็บเชื้อที่ผลการคัดกรองพบดื้อยา carbapenem แบ่งเป็นจาก perianal ในงานเฝ้าระวังเชื้อดื้อยา จำนวน 129 ตัวอย่าง และจากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วยเด็ก จำนวน 21 ตัวอย่าง พบให้ผลบวกกับวิธี mCIM จำนวน 149 ตัวอย่าง (99.3%) และพบเป็นยีน blaNDM-1 สูงสุดถึงร้อยละ 89.3 รองลงมาคือยีน blaOXA-232 ร้อยละ 8 และยีน blaNDM-1 ร่วมกับ blaOXA-232 ร้อยละ 2 ตามลำดับ เชื้อที่แยกได้จากสิ่งตรวจพบมีการดื้อยาหลายขนาน โดยดื้อยา carbapenem ร่วมกับ gentamicin, trimethoprim/sulfamethoxazole, ciprofloxacin ขณะที่เชื้อที่แยกจากแผนกผู้ป่วยต่าง ๆ ในงานเฝ้าระวังเชื้อดื้อยา พบการแพร่กระจายของยีน blaNDM-1 สูงสุดใน 4 แผนก จาก 9 แผนก การพัฒนาเทคนิค multiplex RPA พบว่าสามารถเพิ่มปริมาณยีน blaKPC, blaNDM, …

Go to article

First Prev