Molecular Genetics Commons^™

การพัฒนาวิธีตรวจหาเชื้อ Avian Adenoviruses โดยวิธีปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอเรสเพื่อใช้ในงานประเมินคุณภาพวัคซีน, ศราวุฒิ ยอดทอง

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วัคซีนที่มีความปลอดภัยก่อนนำไปใช้ในมนุษย์ต้องปราศจากเชื้อปนเปื้อนแฝง (extraneous agents) โดยเชื้อ Avian adenoviruses เป็นเชื้อปนเปื้อนแฝงชนิดหนึ่งที่อาจปนเปื้อนมากับไข่ไก่ฟักซึ่งเป็นวัตถุดิบในการผลิตวัคซีนไข้หวัดใหญ่ชนิดเชื้อตาย (Inactivated Influenza Vaccine, IIV) การตรวจหาเชื้อ Avian adenoviruses ในปัจจุบันทำการทดสอบโดยวิธีเซลล์เพาะเลี้ยง ซึ่งวิธีดังกล่าวสามารถตรวจได้เฉพาะเชื้อ Avian adenovirus ในกลุ่มที่ 1 (Fowl adenovirus) ใช้แรงงานจำนวนมาก และใช้เวลาในการทดสอบนาน ด้วยเหตุนี้จึงได้พัฒนาวิธี nested PCR และ real-time PCR เปรียบเทียบกับวิธีเซลล์เพาะเลี้ยงในการตรวจหาการปนเปื้อนของเชื้อ Avian adenoviruses ในวัคซีนไข้หวัดใหญ่ชนิดเชื้อตาย โดยพบว่าวิธี nested PCR และ real-time PCR สามารถตรวจหาเชื้อ Avian adenoviruses ในกลุ่มที่ 1 ได้แก่ Fowl adenovirus ซีโรไทป์ 1 2 และ 4 เชื้อ Hemorrhagic enteritis virus ในกลุ่มที่ 2 และเชื้อ Egg drop syndrome ในกลุ่มที่ 3 ได้อย่างจำเพาะ โดยไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกัน (cross-reaction) กับเชื้อก่อโรคชนิดอื่นในไก่ ได้แก่เชื้อ Mycoplasma gallisepticum Mycoplasma synoviae Infectious laryngotracheitis virus Chicken anemia virus Chicken bronchitis virus โดยวิธีเซลล์เพาะเลี้ยง nested PCR และ real-time PCR มีความไวในการตรวจหาเชื้อ Fowl adenovirus 1 ซึ่งมีการติดเชื้อในไก่แบบแฝงและตรวจพบได้ยาก ได้เท่ากับ 10-2 10-8 และ 10-18 TCID50/0.1ml …

การพัฒนาเทคนิค Multiplex Allele Specific-Polymerase Chain Reaction ร่วมกับแผ่นทดสอบ Dipstick Chromatography เพื่อใช้วินิจฉัยการกลายพันธุ์ของยีน Katg และยีน Inha ที่สัมพันธ์กับการดื้อยา Isoniazid ของเชื้อ Mycobacterium Tuberculosis, นวลนภา จรจำรัส

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อแบคทีเรีย Mycobacterium tuberculosis เป็นสาเหตุของวัณโรค ซึ่งเป็นโรคติดเชื้อที่เป็นปัญหาทางสาธารณสุขทั้งในประเทศไทยและในระดับโลก โดยเฉพาะเมื่อโรคพัฒนาสู่ภาวะวัณโรคดื้อยาหลายขนาน (Multidrug-resistant Tuberculosis: MDR-TB) ยา Isoniazid เป็นหนึ่งในยาขนานแรกที่มีประสิทธิภาพสูงสุดในการรักษาผู้ป่วยวัณโรค ดังนั้นการดื้อยา Isoniazid จึงเป็นอุปสรรคที่สำคัญในการควบคุมการแพร่ระบาดของวัณโรค และยังพบว่าผู้ป่วยวัณโรคที่ดื้อต่อยา Isoniazid มีโอกาสสูงที่จะพัฒนาไปเป็นผู้ป่วยวัณโรคดื้อยาหลายขนาน และมีโอกาสในการรักษาสำเร็จที่ลดลง สาเหตุหลักของการดื้อยา Isoniazid จากการกลายพันธุ์ของยีน katG และยีน inhA ตามลำดับ การศึกษานี้ได้พัฒนาเทคนิค Multiplex Allele Specific Polymerase Chain Reaction (MAS-PCR) ร่วมกับแผ่นทดสอบ Dipstick Chromatography เพื่อใช้วินิจฉัยการกลายพันธุ์ของยีน katG ที่ตำแหน่งโคดอน 315 และยีน inhA ที่ตำแหน่งเหนือยีน (-15) ของเชื้อ M. tuberculosis ซึ่งสัมพันธ์กับการดื้อยา Isoniazid ผลการทดสอบกับดีเอ็นเอที่สกัดได้จากโคโลนีของเชื้อ M. tuberculosis จำนวน 250 ตัวอย่าง พบว่าเทคนิค MAS-PCR ร่วมกับแผ่นทดสอบ Dipstick Chromatography มีความไวและความจำเพาะในการวินิจฉัยการกลายพันธุ์ที่สัมพันธ์กับการดื้อยา Isoniazid เท่ากับ 91.67% และ 100% ตามลำดับ เมื่อเปรียบเทียบกับวิธีทดสอบทางฟีโนไทป์ ในขณะที่เมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค Sanger DNA sequencing ในการตรวจหากลายพันธุ์ของยีน katG ณ ตำแหน่งโคดอน 315 มีค่าความไวและความจำเพาะเท่ากับ 100% และ 99.28% ตามลำดับ และในการตรวจหายีน inhA ที่ตำแหน่งเหนือยีน (-15) มีค่าความไวและความจำเพาะเท่ากับ 100% และ 99.51% ตามลำดับ โดยเทคนิค MAS-PCR ร่วมกับแผ่นทดสอบ Dipstick Chromatography มีค่าความสอดคล้องในระดับดีมากกับทุกเทคนิคที่นำมาเปรียบเทียบ เทคนิค MAS-PCR …

การวิเคราะห์รูปแบบทางพันธุกรรมของหมู่เลือด Mns Hybrid Glycophorin (B-A-B) ในผู้บริจาคโลหิตคนไทย โดยใช้เทคนิค High Resolution Melting Assay, พลอยมณี สุวรรณวุฒิชัย

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ในปี 2018 มีการค้นพบ hybrid GP(B-A-B) ชนิดใหม่ซึ่งเกิดจากจีโนไทป์ แบบ homozygous GYP*Mur สร้างเป็นแอนติเจนใหม่เรียก JENU ลบ ในประชากรชาวไทย ดังนั้นเพื่อศึกษาความถี่ของจีโนไทป์แบบ hydrid GYP*Mur และ hybrid GYP ชนิดอื่นๆ ผู้วิจัยอาศัยเทคนิค Polymerase chain reaction High-Resolution Melting (PCR HRM) ตัวอย่างดีเอ็นเอที่สกัดได้จากผู้บริจาคโลหิตชาวไทย จำนวน 60 ราย ที่ให้ผลตรวจแอนติเจน s เป็นลบปลอมกับน้ำยา monoclonal IgM clone P3BER ผลค่า melting temperature จากตัวอย่างพีซีอาร์ที่ได้จะนำมาเปรียบเทียบกับตัวอย่าง homozygous GYP*Mur การหาลำดับเบสใช้ในตัวอย่างที่เป็น non-homozygous GYP*Mur ทุกตัวอย่าง จากผลการทดลอง พบว่า ผู้บริจาคโลหิตจำนวน 49 รายเป็น homozygous GYP*Mur (Tm เฉลี่ย 79.63±0.03, 90% Cl =79.337-81.302 ) และ อีก 11 รายเป็น non-homozygous GYP*Mur เมื่อเปรียบเทียบลำดับเบสของตัวอย่างดังกล่าวกับฐานข้อมูล พบว่า ตัวอย่างพบว่า 4 รายเป็น heterozygous GYP*Mur/Bun, 2 ราย เป็น homozygous GYP*Bun และ 5 ราย เป็น heterozygous GYP*BS/GYP*Bun สรุปผลการศึกษาครั้งนี้ คือ ความถี่ของแอนติเจน JENU ลบ คิดเป็นร้อยละ 0.65 ของประชากรชาวไทย โดยเทคนิค PCR HRM สามารถนำไปใช้ในงานประจำวันทางธนาคารเลือดได้จริง

การหาความชุกและการกระจายสายพันธุ์ของเชื้อบลาสโตซิสติสในผู้ป่วยโรคเบาหวานและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวาน ณ อำเภอบางปะอิน จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ประเทศไทย, นพพล โพธิ์พฤกษ์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคเบาหวานเป็นหนึ่งในปัญหาด้านสาธารณสุขทั่วโลกโดยพบผู้ป่วยโรคเบาหวานเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง โรคเบาหวานเพิ่มความเสี่ยงต่อการติดเชื้อแบคทีเรีย เชื้อรา ไวรัสและปรสิต การศึกษาแบบภาคตัดขวางครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความชุก ชนิดสายพันธุ์ และปัจจัยเสี่ยงต่อการติดเชื้อบลาสโตซิสติสของผู้ป่วยโรคเบาหวานและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวานในพื้นที่อำเภอบางปะอิน จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ในช่วงเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2562 ถึงเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 ตัวอย่างอุจจาระและแบบสอบถามเก็บรวบรวมจากผู้ป่วยโรคเบาหวาน 130 คนและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวาน 100 คน โดยนำตัวอย่างอุจจาระทั้งหมดมาตรวจหาเชื้อบลาสโตซิสติส ด้วยวิธี simple smear technique และตรวจหายีน small subunit ribosomal DNA ของเชื้อบลาสโตซิสติสด้วยเทคนิค nested PCR และจำแนกสายพันธุ์ด้วยเทคนิค Sanger sequencing วิเคราะห์ความสัมพันธ์ของปัจจัยเสี่ยงต่อการติดเชื้อบลาสโตซิสติสโดยใช้การทดสอบไคสแควร์และอัตราส่วน odds (odds ratio) ที่ช่วงเชื่อมั่น 95% ผลการศึกษาพบว่า พบผู้ติดเชื้อบลาสโตซิสติสจำนวน 25 คน จากตัวอย่างอุจจาระทั้งหมด 230 คน คิดเป็นความชุกของการติดเชื้อบลาสโตซิสติสร้อยละ 10.9 การติดเชื้อชนิดนี้ในกลุ่มผู้ป่วยโรคเบาหวานและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวานคิดเป็นร้อยละ 12.3 และร้อยละ 9 ตามลำดับ ในขณะที่สายพันธุ์ของเชื้อบลาสโตซิสติสที่ตรวจมากที่สุดประกอบด้วย สายพันธุ์ที่ 3 สายพันธุ์ที่ 1 และสายพันธุ์ที่ 4 ตามลำดับ การศึกษาปัจจัยเสี่ยง ได้แก่ ภาวะโรคเบาหวาน เพศ อายุ ระดับการศึกษา อาชีพ ประเภทห้องน้ำ การมีสัตว์เลี้ยง ความถี่ของการรับประทานอาหารสุกๆดิบๆ การล้างผักและผลไม้ก่อนรับประทาน การล้างมือก่อนและหลังทำกิจกรรมต่างๆ และการขับถ่ายโดยใช้ห้องส้วม ไม่มีความสัมพันธ์ต่อการติดเชื้อบลาสโตซิสติสอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ แต่พบว่ามีแนวโน้มการติดเชื้อบลาสโตซิสติสที่สูงในเพศชาย ผู้ที่มีอายุมากกว่าหรือเท่ากับ 65 ปี ผู้ที่เป็นโรคเบาหวาน ระยะเวลาการเป็นโรคเบาหวานตั้งแต่ 10 ปีขึ้นไป ผู้ที่ใช้ห้องส้วมแบบราดน้ำหรือนั่งยอง รวมทั้งผู้ที่มีสัตว์เลี้ยง ผลของการศึกษานี้เป็นข้อมูลสำคัญที่เป็นประโยชน์เพื่อใช้ในการกำหนดแนวทางการควบคุมและป้องกันการติดเชื้อดังกล่าวในกลุ่มผู้ป่วยโรคเบาหวานและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวานในชุมชนต่อไป

การแสดงออกของโปรตีนจากเอ็กซ์ตราเซลลูลาร์เวสิเคิลของเซลล์แมคโครฟาจภายหลังการติดเชื้อ Neisseria Gonorrhoeae, สหรัฐ นันทวงค์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคหนองในเป็นโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ที่เกิดจากการติดเชื้อไนซีเรีย โกโนเรีย (Neisseria gonorrhoeae) โดยมีอุบัติการณ์มากที่สุดในกลุ่มของโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ในประเทศไทยและทั่วโลก จากการรายงานขององค์การอนามัยโลก ผู้ป่วยจำนวนมากไม่แสดงอาการของโรคโดยเฉพาะในผู้ป่วยหญิง ผู้ป่วยที่ไม่ได้รับการรักษาจะทำให้เกิดการติดเชื้อของระบบสืบพันธุ์ส่วนบนและนำไปสู่การเป็นหมันและการตั้งครรภ์นอกมดลูก พยาธิสภาพของโรคเกิดจากการเหนี่ยวนำให้เกิดการรวมกลุ่มของเซลล์ในระบบภูมิคุ้มกันและกระบวนการอักเสบโดยเซลล์แมคโครฟาจซึ่งเป็นเซลล์สำคัญในระบบภูมิคุ้มกันแบบกำเนิด การตอบสนองของเซลล์ต่อการติดเชื้อภายในเซลล์สามารถติดตามได้จากเอ็กต์ตราเซลลูลาร์เวสิเคิลที่ผลิตออกจากเซลล์แมคโครฟาจ เช่น การติดเชื้อวัณโรค ลิชมาเนีย และซัลโมเนลา ที่พบการเปลี่ยนแปลงส่วนประกอบโปรตีนของเซลล์แมคโครฟาจและของเชื้อภายในเซลล์ การปลดปล่อยเวสิเคิลนั้นจะมีผลต่อการกระตุ้นการทำงาน กระบวนการอักเสบ และปรับเปลี่ยนการทำงานของเซลล์ในระบบภูมิคุ้มกันได้ ในการศึกษานี้จึงมุ่งเน้นการแสดงออกและค้นหาโปรตีนในเอ็กต์ตราเซลลูลาร์เวสิเคิลจากเซลล์แมคโครฟาจทั้งชนิดติดเชื้อและไม่ติดเชื้อ N. gonorrhoeae โดยนำเซลล์เม็ดเลือดขาว THP-1 ที่ถูกกระตุ้นให้เป็นเซลล์แมคโครฟาจเกิดกระบวนการฟาโกไซโทซิสเชื้อ N. gonorrhoeae เข้าไปภายในเซลล์ ติดตามการแสดงออกของโปรตีนภายในเวสิเคิล และวิเคราะห์โปรตีนด้วย Tandem mass spectrometry ซึ่งพบการเปลี่ยนแปลงส่วนประกอบโปรตีนภายในเวสิเคิลที่ครอบคลุมโปรตีนของเซลล์แมคโครฟาจและของเชื้อ ทั้งยังพบว่ามีความแตกต่างกันทั้งชนิดและการแสดงออกจำเพาะในช่วงเวลาของการติดเชื้อ เมื่อนำผลวิเคราะห์เปรียบเทียบกับฐานข้อมูลชีวสารสนเทศทั้ง Vesiclepedia, PANTHER และ Uniprot database ศึกษาคุณสมบัติและหน้าที่ของโปรตีนภายในเวสิเคิล โปรตีนของมนุษย์ และโปรตีนของเชื้อ N. gonorrhoeae ตามลำดับ ทำให้บ่งชี้ถึงความสัมพันธ์และบทบาทต่อเซลล์แมคโครฟาจในช่วงเวลาที่ทดสอบ ผลการศึกษานี้สามารถนำไปเป็นข้อมูลเพื่อพัฒนาการตรวจติดตามเชื้อก่อโรคหนองในและองค์ความรู้ในความเข้าใจบทบาทของเอ็กต์ตราเซลลูลาร์เวสิเคิลต่อพยาธิสภาพและการดำเนินไปของโรคหนองใน

ความชุกและรูปแบบลายพิมพ์อาร์อีพีของยีน Blaoxa-51, Blandm-1, Blaadc, Apha6 และ Isaba125 ใน Acinetobacter Baumannii ที่แยกได้จากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วย จังหวัดพิษณุโลก, จริยา ศรชัย

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Acinetobacter baumannii เป็นเชื้อที่สำคัญที่ก่อให้เกิดการติดเชื้อภายในโรงพยาบาลและมีการดื้อยาปฏิชีวนะหลายชนิดเพิ่มมากขึ้น โดยการสร้างเอนไซม์ทำลายยาเป็นกลไกการดื้อยาที่มีความสำคัญและพบได้บ่อย ในการศึกษาครั้งนี้ได้ทำในเชื้อ A. baumannii ที่แยกได้จากสิ่งส่งตรวจตั้งแต่เดือนกรกฎาคม 2561 ถึง กุมภาพันธ์ 2562 จำนวน 257 ตัวอย่าง นำมาตรวจหาความชุกของยีนที่สร้างเอนไซม์ beta-lactamase เอนไซม์ cephalosporinase เอนไซม์ aminoglycoside-modifying enzymes (AMEs) และอินเซอร์ชันซีเควน (ISAba125) โดยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส และหาความหลากหลายทางสายพันธุ์ของเชื้อด้วยวิธี repetitive element polymerase chain reaction (REP-PCR) ผลการศึกษาพบว่าเชื้อ A. baumannii 221 ตัวอย่าง (ร้อยละ 86.0) เป็นเชื้อที่ดื้อยาหลายชนิด (multidrug-resistant A. baumannii : MDR-AB) โดยเชื้อ A. baumannii 257 ตัวอย่าง ให้ผลบวกกับยีน blaOXA-51 คิดเป็นร้อยละ 100.0 รองลงมาได้แก่ ยีน blaADC ยีน blaNDM-1 ยีน ISAba125 และยีน aphA6 คิดเป็นร้อยละ 38.5, 8.2, 6.2 และ 2.3 ตามลำดับ โดยพบ blaOXA-51 ร่วมกับยีน blaADC มากที่สุดคิดเป็นร้อยละ 35.0 ในการศึกษาครั้งนี้สามารถจำแนกความหลากหลายทางสายพันธุ์ของเชื้อ A. baumannii ด้วยวิธี rep-pcr ได้ 18 กลุ่ม โดยพบว่ากลุ่มที่ 1 และ กลุ่มที่ 2 ซึ่งเป็นกลุ่มหลักที่ใหญ่ที่สุด กลุ่มที่ 1 พบยีน blaOXA-51 (ร้อยละ 59.7) และ blaOXA-51 ร่วมกับยีน …

ผลกระทบของยีน Flaa และ Flid ของเชื้อ Helicobacter Pylori ต่อการตายของเซลล์มะเร็งเยื่อบุกระเพาะอาหาร, ณัฐฐวุฒิ วิเวโก

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อ Helicobacter pylori เป็นแบคทีเรียก่อโรคในระบบทางเดินอาหารของมนุษย์ที่มีความสำคัญทางคลินิก การติดเชื้อ H. pylori มีความสัมพันธ์กับการเกิดเป็นโรคมะเร็งกระเพาอาหาร เนื่องจากเชื้อมีปัจจัยความรุนแรงในการก่อโรคหลายชนิด อาทิ ความสามารถในการสร้างเอนไซม์ยูรีเอสปริมาณมาก การสร้างสารพิษประเภท CagA และ VacA การใช้แฟลเจลลาในการเคลื่อนที่แบบควงสว่านเข้าสู่ชั้นเยื่อเมือกของกระเพาะอาหาร การยึดเกาะกับเซลล์เยื่อบุกระเพาะอาหาร รวมทั้งการกระตุ้นให้เซลล์เกิดการตายแบบอะพอพโทซิสที่นำมาสู่การพัฒนากลายเป็นโรคมะเร็งกระเพาะอาหารได้ แฟลเจลลาของเชื้อ H. pylori มีส่วนช่วยในการเคลื่อนที่และเป็นสารที่ใช้ในการยึดเกาะที่สำคัญของเชื้อ อีกทั้งยังถูกสันนิษฐานว่าอาจมีส่วนกระตุ้นในการทำให้เซลล์เยื่อบุผิวเกิดการตาย การควบคุมการสร้างและการทำงานของแฟลเจลลาเกิดขึ้นจากการทำงานร่วมกันของยีนหลายชนิด โดยมียีน flaA ทำหน้าที่ควบคุมการสร้างโปรตีนแฟลเจลลินหลักของแฟลเจลลา และยีน fliD ทำหน้าที่ควบคุมการสร้าง capping protein หุ้มส่วนปลายของแฟลเจลลา การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาผลกระทบของยีน flaA และยีน fliD ของเชื้อ H. pylori ต่อการเคลื่อนที่ของเชื้อ การยึดเกาะและการกระตุ้นให้เกิดการตายแบบอะพอพโทซิสของเซลล์เยื่อบุผิว Human gastric adenocarcinoma (AGS) โดยทำการศึกษาลักษณะของสายแฟลเจลลาวิธีย้อมด้วยสี leifson-tannic acid fuchsin และด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่าน เปรียบเทียบกันระหว่างเชื้อ H. pylori สายพันธุ์มาตรฐาน ATCC 43504 และเชื้อ H. pylori สายพันธุ์ที่มีการกลายพันธุ์ของยีน flaA และ ยีน fliD เชื้อดังกล่าวทั้งหมดยังถูกนำมาทดสอบการเคลื่อนที่ในอาหารกึ่งแข็งกึ่งเหลว และเพาะเลี้ยงร่วมกับเซลล์ AGS เพื่อทดสอบการยึดเกาะกับเซลล์ด้วยวิธี adhesion assay และการกระตุ้นให้เซลล์ที่ติดเชื้อตายด้วยการย้อมสี Annexin/ PI และวัดสัญญาณด้วย flow cytometry พบว่าเชื้อ H. pylori ที่มีการกลายพันธุ์ทั้งสองสายพันธุ์ไม่สามารถสร้างสายแฟลเจลลาที่มีรูปร่างสมบูรณ์ได้ ทั้งนี้เชื้อ H. pylori ที่มีการกลายพันธุ์ของยีน flaA มีความสามารถในการเคลื่อนที่และการยึดเกาะกับเซลล์ AGS ลดลงอย่างมีนัยสำคัญ ในขณะที่เชื้อ H. pylori ที่มีการกลายพันธุ์ของยีน fliD สามารถยึดเกาะเซลล์ AGS ได้มากขึ้นเมื่อเปรียบเทียบกับเชื้อ H. pylori สายพันธุ์มาตรฐาน …

เทคนิคใหม่ทางคอมพิวเตอร์ในการอ่านผล Treponema Pallidum Particle Agglutination Test (Tppa), ภาคภูมิ เดชหัสดิน

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ซิฟิลิสเป็นโรคติดเชื้อที่มีสาเหตุมาจากเชื้อแบคทีเรีย Treponema pallidum ผ่านทางกระแสโลหิต สารคัดหลั่งของร่างกาย ซึ่งสามารถติดต่อจากมารดาไปยังทารกในครรภ์ อีกทั้งสามารถติดต่อทางเพศสัมพันธ์ได้ ซึ่งการติดเชื้อดังกล่าวส่งผลกระทบต่อพยาธิสภาพของร่างกายหลายระบบ นอกจากนี้ซิฟิลิสยังสามารถถ่ายทอดผ่านการรับโลหิตและผลิตภัณฑ์ของโลหิตจากผู้บริจาคที่ติดเชื้อ ด้วยเหตุนี้งานทางธนาคารโลหิตจึงจำเป็นต้องตรวจคัดกรองซิฟิลิสในโลหิตของผู้บริจาคโลหิตทุกราย โดยนิยมใช้เทคนิคการตรวจทางภูมิคุ้มกันวิทยา การศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อสร้างเครื่องต้นแบบบันทึกภาพและซอฟต์แวร์ที่ออกแบบโดยใช้ภาษา C# ที่สามารถบันทึกภาพ อ่านและแปลผลผลปฏิกิริยา ของการทดสอบทางภูมิคุ้มกันวิทยาด้วยวิธี Treponema pallidum Particle Agglutination (TPPA) และเปรียบเทียบประสิทธิภาพการอ่านและแปลผลระหว่างเครื่องต้นแบบ กับการอ่านและแปลผลด้วยตาเปล่าโดยผู้ปฏิบัติงาน การศึกษาใช้ตัวอย่างพลาสมาของผู้ป่วยที่เข้ารับการรักษาที่คลีนิคนิรนาม ศูนย์วิจัยโรคเอดส์ สภากาชาดไทย และพลาสมาของผู้บริจาคโลหิต ที่ได้รับความอนุเคราะห์จาก ศูนย์บริการโลหิตแห่งชาติ สภากาชาดไทย จำนวนทั้งสิ้น 65 ตัวอย่าง ซึ่งทั้งหมดได้ผ่านการตรวจซิฟิลิสด้วยวิธี Chemiluminescent Microparticle Immunoassay (CMIA) พบว่า เมื่อนำเครื่องบันทึกภาพต้นแบบและซอฟท์แวร์ที่พัฒนาขึ้น มาอ่านปฏิกิริยา TPPA เปรียบเทียบกับการอ่านผลด้วยตาเปล่าโดยเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงาน พบว่าให้ผลตรงกันในแต่ละระดับของปฏิกิริยาจำนวน 60 ตัวอย่าง และไม่ตรงกันในแต่ละระดับของปฏิกิริยาจำนวน 5 ตัวอย่าง ส่งผลให้มีความสอดคล้องของทั้งสองเมื่อวิเคราะห์ด้วยสถิติ Kappa = 0.88 แสดงให้เห็นถึงความสอดคล้องในระดับดีมาก อย่างไรก็ตามหากพิจารณาเฉพาะการอ่านผล reactive โดยมิได้คำนึงถึงระดับปฏิกิริยา พบว่าทั้งสองวิธีอ่านให้ผลปฏิกิริยาตรงกัน 64 ตัวอย่าง และไม่ตรงกันจำนวนเพียง 1 ตัวอย่าง ส่งผลให้มีความสอดคล้องของทั้งสองเมื่อวิเคราะห์ด้วยสถิติ Kappa = 0.98 แสดงให้เห็นถึงว่าความสอดคล้องในระดับดีมาก ดังนั้น เครื่องบันทึกภาพต้นแบบและซอฟท์แวร์ที่พัฒนาขึ้น สามารถช่วยอ่านและแปลผลปฏิกิริยาของการทดสอบด้วยวิธี TPPA ในการตรวจวินิจฉัยโรคซิฟิลิสได้อย่างมีประสิทธิภาพ ใช้เวลาอ่านผลที่รวดเร็วกว่าการอ่านผลโดยผู้ปฏิบัติงาน ไม่มีความคลาดเคลื่อนในการอ่านผลที่อาจเกิดจากปัจจัยของผู้ปฏิบัติงาน ใช้วัสดุอุปกรณ์ราคาถูก สามารถนำไปพัฒนาต่อยอดและประยุกต์ใช้ยังห้องปฏิบัติการทั่วไปได้

Spatial And Temporal Genetic Structure Of Winter-Run Steelhead (Oncorhynchus Mykiss) Returning To The Mad River, California, Steven R. Fong

Cal Poly Humboldt theses and projects

Distinct populations of steelhead in the wild are in decline. The propagation of steelhead in hatcheries has been used to boost population numbers for recreational fisheries and for use in conservation. However, hatchery breeding practices of steelhead can result in changes in genetic structure. I investigated the genetic structure of winter-run steelhead (Oncorhynchus mykiss) returning to the Mad River, California, where a hatchery has been used enhance production for recreational fisheries since 1971. Genetic variability in Mad River steelhead was evaluated using 96 single nucleotide polymorphisms (SNPs) among 4203 individuals, including the Mad River and nearby locations, and …

Evidence Of Y Chromosome Long Non-Coding Rnas Involved In The Radiation Response Of Male Non-Small Cell Lung Cancer Cells, Tayvia Brownmiller

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Non-small cell lung cancer (NSCLC) is the number one cause of cancer related mortality in the United States and worldwide. Advanced and therapeutically resistant lung tumors contribute to the high rate of mortality from NSCLC, therefore there is a need for new methods of diagnosing and treating this disease. Long non-coding RNAs (lncRNAs) have been shown to be a crucial component of human molecular biology, regulating nearly every cellular pathway from chromatin condensation to transcription and translation. Furthermore, many lncRNAs have been classified as oncogenes or tumor suppressors, highlighting the various molecular mechanisms they are involved in regarding the formation …

Genetic And Biochemical Analysis Of A Conserved, Multi-Gene System Regulation Spore-Associated Proteins In Streptomyces Coelicolor, Joseph Sallmen

Electronic Theses and Dissertations

Streptomyces coelicolor is a Gram positive, filamentous soil dwelling bacterium that exhibits a complex life cycle including the transition from a vegetative mycelium to a sporulating, aerial mycelium. Early genetic studies identified two classes of genes that resulted in developmental blocks, bald and white. The bald (bld) phenotype occurs when colonies cannot produce aerial hyphae. White (whi) colonies exhibit incomplete sporulation and/or loss of production of the concurrently produced grey pigment. While some of the original mutants have been explored, the developmental functions of many of the identified genes are not well understood. Of particular interest …

Chasing The Genetics Of Ascites In Broilers Using Whole Genome Resequencing, Alia Parveen

Graduate Theses and Dissertations

We are using whole genome resequencing to identify chromosomal regions associated with resistance or susceptibility to ascites, a form of pulmonary hypertension syndrome, meat-type chickens. Previous Genome Wide Association Studies (GWAS) based on Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) have identified regions on chromosomes 2, 9 and Z. Despite several GWAS and further genotyping, there are no reliable or potential markers for ascites phenotype. We have completed screening of Copy Number Variations (CNVs) and Single Nucleotide Polymorphisms in ascites resistant and susceptible birds from the relaxed, REL, line derived from a commercial elite broiler line. DNA samples from resistant and susceptible birds …

Mechanisms And Consequences Of Myb Gene Activation In Salivary Gland Tumors, Candace Frerich

Biomedical Sciences ETDs

Salivary gland adenoid cystic carcinoma (ACC) is an aggressive tumor with a tendency to infiltrate surrounding nerves and metastasize to distant sites. The standard treatment often fails to control local tumor recurrence and distant metastases and no approved targeted therapeutic options exist for these tumors. The goal of our studies was to reveal the molecular mechanisms driving ACC tumor development and novel drug targets to improve patient morbidity and mortality.

We first analyzed clinical and RNA-sequencing (RNA-seq) data for 68 formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) ACC tumor samples and described previously unappreciated molecular heterogeneity that predicts patient outcome. The poor outcome subgroup …

Molecular Survey Of Helminths Infecting Ground Dwelling Birds In The Grouse Subfamily Tetraoninae, Briana M. Sesmundo

Honors College Theses

Alaskan grouse and ptarmigan (Galliformes) are important avian game species in Alaska. Interestingly, gallids harbor a fairly diverse helminth fauna, particularly cestodes, which may make birds with high parasite loads more susceptible to predation. Unfortunately, there is limited information available on the helminth fauna of Alaskan gallids, and no molecular surveys. The present study aims to develop baseline data on diversity of intestinal and subcutaneous (filariid) helminth infections in galliforms using morphological and molecular (DNA) approaches. These data can then be used to better understand changes in helminth community structure given current environmental volatility. The intestines, cloaca, liver and kidneys …

Towards A Mathematical Model Of Motility Using Dictyostelium Discoideum: Proteins And Geometric Features That Regulate Bleb-Based Motility, Zully Santiago

Dissertations, Theses, and Capstone Projects

A variety of biological functions depend on actin organization. The organization of actin is tightly regulated by a plethora of extracellular and intracellular signaling, scaffolding, and actin-binding proteins. Dysfunctions in this regulation lead to immune diseases, increased susceptibility to pathogens, neurodegenerative diseases, developmental disorders, and cancer metastasis. A variety of actin-dependent processes, including cell motility, are regulated by several proteins of interest: Paxillin, a scaffolding protein; WASP, an actin nucleating protein; SCAR/WAVE, another WASP family actin nucleating protein; Talin, a cortex-to-membrane binding protein; Myosin II, an F-actin contracting motor protein; and Protein Kinase C, a protein kinase. D. discoideum cells …

Total Rna Extraction From Transgenic Flies Misexpressing Foreign Genes To Perform Next Generation Rna Sequencing, Abijeet Singh Mehta, Agustin Luz-Madrigal, Jian-Liang Li, Panagiotis A. Tsonis, Amit Singh

Biology Faculty Publications

Due to absence of transgenic approaches in Notopthalmus Viridescens (newt), and conservation of genetic machinery across species, we generated transgenic Drosophila melanogaster to misexpress unique genes from newt. Novel newt genes cloned, and inserted at attP site in Drosophila were misexpressed ubiquitously using tubulin Gal-4. Sample (total RNA) for RNA sequencing was collected at 3rd instar larval stage during which major developmental events takes place in Drosophila. Total RNA was extracted, and purified using RNA clean and ConcentratorTM. RNA quality was quantitated by calculating absorbance at 260 nm (A260) and 280 nm (A280) wavelengths using Nanodrop 2000 spectrophotometer. Good quality …

Comparative Transcriptomic Analysis And Structure Prediction Of Novel Newt Proteins, Abijeet Singh Mehta, Agustin Luz-Madrigal, Jian-Liang Li, Panagiotis A. Tsonis, Amit Singh

Biology Faculty Publications

Notophthalmus viridescens (Red-spotted Newt) possess amazing capabilities to regenerate their organs and other tissues. Previously, using a de novo assembly of the newt transcriptome combined with proteomic validation, our group identified a novel family of five protein members expressed in adult tissues during regeneration in Notophthalmus viridescens. The presence of a putative signal peptide suggests that all these proteins are secretory in nature. Here we employed iterative threading assembly refinement (I-TASSER) server to generate three-dimensional structure of these novel Newt proteins and predicted their function. Our data suggests that these proteins could act as ion transporters, and be involved …

Assessing The Efficacy Of Seedling Planting As A Forest Restoration Technique In Temperate Hardwood Forests Impacted By Invasive Species, Michaela J. Woods, Meredith Cobb, Katie Hickle

Biology Faculty Publications

The emerald ash borer (Agrilus planipennis Fairmaire; EAB) is an invasive insect that causes mortality of trees in the genus Fraxinus, creating canopy gaps that may facilitate invasion by exotic plants. Planting native tree seedlings under EAB-infested Fraxinus may accelerate succession and preclude invasive plant expansion; however, the effectiveness of this approach has not been experimentally tested. We assessed understory seedling planting of Quercus rubra, Carya laciniosa, and Juglans cinerea in EAB-infested forests, where the invasive shrub Lonicera maackii (Amur honeysuckle) was removed. We tested whether the use of plastic tree shelters (“tree tubes”) or planting season (fall versus spring) …

P53r245w Mutation Elicits Metastatic Phenotype In Pten Deficient Prostate Cancer, Ky Pham

Dissertations and Theses (Open Access)

Trp53 mutations are the most frequent genetic alterations in prostate cancer and are associated with more aggressive disease and worse overall survival. The majority of Trp53 mutations in prostate cancer are missense mutations, resulting in amino acid substitutions with profound effect. In addition to the loss of wild type function, missense mutations in Trp53 result in a gain-of-function (GOF) phenotype. This GOF phenotype confers biologic advantages to the tumor cells, enabling them to metastasize and invade distant organs. In this study, we generated mice carrying a conditional prostate-specific p53R245W mutant and Pten deletion to access the role of this common …

Sequence Analysis Of The Ren1 Genomic Region From The Grapevine ‘Kishmish Vatkana’, Dani Joseph

Graduate Theses/Dissertations

The REN1 region of the grapevine ‘Kishmish Vatkana’ was mapped as the locus that confers resistance to the economically important disease, grape powdery mildew. The purpose of this work was to extend the nucleotide sequence information of this region. By sequencing a heretofore unknown bacterial artificial chromosome clone, the sequence information of this region was extended by 46,890 nucleotides. Sequencing was performed using the third-generation sequencing method, named Oxford Nanopore Technology (ONT). In order to improve the accuracy of the sequence data, a modified ONT library preparation method was developed. ONT sequencing of a library prepared with the modified protocol …

Emergence Of Oxacillin Resistance In Stealth Methicillin-Resistant Staphylococcus Aureus Due To Meca Sequence Instability, Richard V. Goering, Erin A. Swartzendriber, Anne E. Obradovich, Isabella A. Tickler, Fred C. Tenover

Biology Faculty Publications

Staphylococcus aureus strains that possess a mecA gene but are phenotypically susceptible to oxacillin and cefoxitin (OS-MRSA) have been recognized for over a decade and are a challenge for diagnostic laboratories. The mechanisms underlying the discrepancy vary from isolate to isolate. We characterized seven OS-MRSA clinical isolates of six different spa types from six different states by whole-genome sequencing to identify the nucleotide sequence changes leading to the OS-MRSA phenotype. The results demonstrated that oxacillin susceptibility was associated with mutations in regions of nucleotide repeats within mecA. Subinhibitory antibiotic exposure selected for secondary mecA mutations that restored oxacillin resistance. …

Mixing It Up: The Impact Of Episodic Introgression On The Evolution Of High-Latitude Mesocarnivores, Jocelyn P. Colella

Biology ETDs

At high latitudes, climatic oscillations have triggered repeated episodes of organismal divergence by geographically isolating populations. For terrestrial species, extended isolation in glacial refugia – ice-free regions that enable terrestrial species persistence through glacial maxima – is hypothesized to stimulate allopatric divergence. Alternatively, upon glacial recession, divergent populations expanded from independent glacial refugia and often contacted other diverging populations. In the absence of reproductive isolating mechanisms, this biogeographic process may trigger hybridization and ultimately, gene flow between divergent taxa. My dissertation research aims to understand how these episodic periods of isolation and contact have impacted the evolution of high latitude …

Hippo Signaling In Cancer: Lessons From Drosophila Models, Kirti Snigdha, Karishma Sanjay Gangwani, Gauri Vijay Lapalikar, Amit Singh, Madhuri Kango-Singh

Biology Faculty Publications

Hippo pathway was initially identified through genetic screens for genes regulating organ size in fruitflies. Recent studies have highlighted the role of Hippo signaling as a key regulator of homeostasis, and in tumorigenesis. Hippo pathway is comprised of genes that act as tumor suppressor genes like hippo (hpo) and warts (wts), and oncogenes like yorkie (yki). YAP and TAZ are two related mammalian homologs of Drosophila Yki that act as effectors of the Hippo pathway. Hippo signaling deficiency can cause YAP- or TAZ-dependent oncogene addiction for cancer cells. YAP and TAZ are often activated …

Clinical Utility Of Exon Deletion/Duplication Microarray Testing - A Children’S Mercy Kansas City Two-Year Experience, Binu Porath

Research Days

No abstract provided.

A Discrepancy Between The Human Reference Genome (Grch37) And Transcriptome (Refseq) Results In The Incorrect Annotation Of A Clinically-Relevant Sequence Variant In Recql4, Lisa A. Lansdon

Research Days

No abstract provided.

Genetic Crosstalk And Its Effects On Virulence And Mating In Ustilago Maydis., John S. Desmarais

College of Arts & Sciences Senior Theses

Ustilago maydis is a model organism for study of fungal mating and host infection. Two compatible haploid mating types must mate to form a dikaryon in order for the fungus to infect its host, corn (Zea mays). There are a variety of genetic mechanisms that regulate mating and infection in the fungus, many of which coregulate both processes. The aim of this study was to investigate how alteration of certain regulatory proteins in U. maydis affects these basic processes as well as how alteration of genes involved in signaling pathways can affect the expression of one another. Primarily, …

A Novel Kinesin Adapter Directly Mediates Dendritic Mrna Localization During Synapse Development, Hao Wu

Dissertations, Theses, and Capstone Projects

Cytoskeleton based active transport with motor proteins is essential for mRNA localization and local protein translation in animal cells, yet how mRNA granules interact with motor proteins remains poorly understood. Using an unbiased screen for interaction between mRNA binding proteins (RBP) and motor proteins, we identified protein interacting with APP tail 1 (PAT1) as a potential direct adapter between the β-actin mRNA Zipcode-binding protein 1 (ZBP1) and Kinesin-1 motor complex.

Mouse PAT1 is similar to the Kinesin Light Chain (KLC) in amino acid sequence and binds directly to KLC. High-resolution images from structured illumination microscopy (SIM) indicates that synaptic stimulation …

The Role And Regulation Of Alternative Polyadenylation In The Dna Damage Response, Michael R. Murphy

Dissertations, Theses, and Capstone Projects

Cellular homeostasis is achieved by the dynamic flux in gene expression. Post-transcriptional regulation of coding and non-coding RNA offers a fast method of adapting to a changing cellular environment, including deadenylation, microRNA (miRNA) pathway, and alternative polyadenylation (APA). In this dissertation, I explored some of the mechanisms involved in the post-transcriptional regulation of gene expression. The main hypothesis in these studies is that a single APA event after DNA damage is governed by specific conditions and factors outside of current known regulators of APA, and that the resultant transcript has a role in the DNA damage response (DDR). My aims …

Streptococcus Agalactiae Strains With Chromosomal Deletions Evade Detection With Molecular Methods, Isabella A. Tickler, Fred C. Tenover, Scott Dewell, Victoria M. Le, Rachel N. Blackman, Richard V. Goering, Amy E. Rogers, Heather Piwonka, Brittney D. Jung-Hynes, Derrick J. Chen, Michael J. Loeffelholz, Devasena Gnanashanmugam, Ellen Jo Baron

Biology Faculty Publications

Surveillance of circulating microbial populations is critical for monitoring the performance of a molecular diagnostic test. In this study, we characterized 31 isolates of Streptococcus agalactiae (group B Streptococcus [GBS]) from several geographic locations in the United States and Ireland that contain deletions in or adjacent to the region of the chromosome that encodes the hemolysin gene cfb, the region targeted by the Xpert GBS and GBS LB assays. PCR-negative, culture-positive isolates were recognized during verification studies of the Xpert GBS assay in 12 laboratories between 2012 and 2018. Whole-genome sequencing of 15 GBS isolates from 11 laboratories revealed …

Unified Methods For Feature Selection In Large-Scale Genomic Studies With Censored Survival Outcomes, Lauren Spirko-Burns, Karthik Devarajan

COBRA Preprint Series

One of the major goals in large-scale genomic studies is to identify genes with a prognostic impact on time-to-event outcomes which provide insight into the disease's process. With rapid developments in high-throughput genomic technologies in the past two decades, the scientific community is able to monitor the expression levels of tens of thousands of genes and proteins resulting in enormous data sets where the number of genomic features is far greater than the number of subjects. Methods based on univariate Cox regression are often used to select genomic features related to survival outcome; however, the Cox model assumes proportional hazards …