Genetics and Genomics Commons^™

การวิเคราะห์รูปแบบทางพันธุกรรมของหมู่เลือด Mns Hybrid Glycophorin (B-A-B) ในผู้บริจาคโลหิตคนไทย โดยใช้เทคนิค High Resolution Melting Assay, พลอยมณี สุวรรณวุฒิชัย

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ในปี 2018 มีการค้นพบ hybrid GP(B-A-B) ชนิดใหม่ซึ่งเกิดจากจีโนไทป์ แบบ homozygous GYP*Mur สร้างเป็นแอนติเจนใหม่เรียก JENU ลบ ในประชากรชาวไทย ดังนั้นเพื่อศึกษาความถี่ของจีโนไทป์แบบ hydrid GYP*Mur และ hybrid GYP ชนิดอื่นๆ ผู้วิจัยอาศัยเทคนิค Polymerase chain reaction High-Resolution Melting (PCR HRM) ตัวอย่างดีเอ็นเอที่สกัดได้จากผู้บริจาคโลหิตชาวไทย จำนวน 60 ราย ที่ให้ผลตรวจแอนติเจน s เป็นลบปลอมกับน้ำยา monoclonal IgM clone P3BER ผลค่า melting temperature จากตัวอย่างพีซีอาร์ที่ได้จะนำมาเปรียบเทียบกับตัวอย่าง homozygous GYP*Mur การหาลำดับเบสใช้ในตัวอย่างที่เป็น non-homozygous GYP*Mur ทุกตัวอย่าง จากผลการทดลอง พบว่า ผู้บริจาคโลหิตจำนวน 49 รายเป็น homozygous GYP*Mur (Tm เฉลี่ย 79.63±0.03, 90% Cl =79.337-81.302 ) และ อีก 11 รายเป็น non-homozygous GYP*Mur เมื่อเปรียบเทียบลำดับเบสของตัวอย่างดังกล่าวกับฐานข้อมูล พบว่า ตัวอย่างพบว่า 4 รายเป็น heterozygous GYP*Mur/Bun, 2 ราย เป็น homozygous GYP*Bun และ 5 ราย เป็น heterozygous GYP*BS/GYP*Bun สรุปผลการศึกษาครั้งนี้ คือ ความถี่ของแอนติเจน JENU ลบ คิดเป็นร้อยละ 0.65 ของประชากรชาวไทย โดยเทคนิค PCR HRM สามารถนำไปใช้ในงานประจำวันทางธนาคารเลือดได้จริง

การหาความชุกและการกระจายสายพันธุ์ของเชื้อบลาสโตซิสติสในผู้ป่วยโรคเบาหวานและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวาน ณ อำเภอบางปะอิน จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ประเทศไทย, นพพล โพธิ์พฤกษ์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคเบาหวานเป็นหนึ่งในปัญหาด้านสาธารณสุขทั่วโลกโดยพบผู้ป่วยโรคเบาหวานเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง โรคเบาหวานเพิ่มความเสี่ยงต่อการติดเชื้อแบคทีเรีย เชื้อรา ไวรัสและปรสิต การศึกษาแบบภาคตัดขวางครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความชุก ชนิดสายพันธุ์ และปัจจัยเสี่ยงต่อการติดเชื้อบลาสโตซิสติสของผู้ป่วยโรคเบาหวานและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวานในพื้นที่อำเภอบางปะอิน จังหวัดพระนครศรีอยุธยา ในช่วงเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2562 ถึงเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 ตัวอย่างอุจจาระและแบบสอบถามเก็บรวบรวมจากผู้ป่วยโรคเบาหวาน 130 คนและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวาน 100 คน โดยนำตัวอย่างอุจจาระทั้งหมดมาตรวจหาเชื้อบลาสโตซิสติส ด้วยวิธี simple smear technique และตรวจหายีน small subunit ribosomal DNA ของเชื้อบลาสโตซิสติสด้วยเทคนิค nested PCR และจำแนกสายพันธุ์ด้วยเทคนิค Sanger sequencing วิเคราะห์ความสัมพันธ์ของปัจจัยเสี่ยงต่อการติดเชื้อบลาสโตซิสติสโดยใช้การทดสอบไคสแควร์และอัตราส่วน odds (odds ratio) ที่ช่วงเชื่อมั่น 95% ผลการศึกษาพบว่า พบผู้ติดเชื้อบลาสโตซิสติสจำนวน 25 คน จากตัวอย่างอุจจาระทั้งหมด 230 คน คิดเป็นความชุกของการติดเชื้อบลาสโตซิสติสร้อยละ 10.9 การติดเชื้อชนิดนี้ในกลุ่มผู้ป่วยโรคเบาหวานและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวานคิดเป็นร้อยละ 12.3 และร้อยละ 9 ตามลำดับ ในขณะที่สายพันธุ์ของเชื้อบลาสโตซิสติสที่ตรวจมากที่สุดประกอบด้วย สายพันธุ์ที่ 3 สายพันธุ์ที่ 1 และสายพันธุ์ที่ 4 ตามลำดับ การศึกษาปัจจัยเสี่ยง ได้แก่ ภาวะโรคเบาหวาน เพศ อายุ ระดับการศึกษา อาชีพ ประเภทห้องน้ำ การมีสัตว์เลี้ยง ความถี่ของการรับประทานอาหารสุกๆดิบๆ การล้างผักและผลไม้ก่อนรับประทาน การล้างมือก่อนและหลังทำกิจกรรมต่างๆ และการขับถ่ายโดยใช้ห้องส้วม ไม่มีความสัมพันธ์ต่อการติดเชื้อบลาสโตซิสติสอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ แต่พบว่ามีแนวโน้มการติดเชื้อบลาสโตซิสติสที่สูงในเพศชาย ผู้ที่มีอายุมากกว่าหรือเท่ากับ 65 ปี ผู้ที่เป็นโรคเบาหวาน ระยะเวลาการเป็นโรคเบาหวานตั้งแต่ 10 ปีขึ้นไป ผู้ที่ใช้ห้องส้วมแบบราดน้ำหรือนั่งยอง รวมทั้งผู้ที่มีสัตว์เลี้ยง ผลของการศึกษานี้เป็นข้อมูลสำคัญที่เป็นประโยชน์เพื่อใช้ในการกำหนดแนวทางการควบคุมและป้องกันการติดเชื้อดังกล่าวในกลุ่มผู้ป่วยโรคเบาหวานและผู้ที่ไม่เป็นโรคเบาหวานในชุมชนต่อไป

การแสดงออกของโปรตีนจากเอ็กซ์ตราเซลลูลาร์เวสิเคิลของเซลล์แมคโครฟาจภายหลังการติดเชื้อ Neisseria Gonorrhoeae, สหรัฐ นันทวงค์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคหนองในเป็นโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ที่เกิดจากการติดเชื้อไนซีเรีย โกโนเรีย (Neisseria gonorrhoeae) โดยมีอุบัติการณ์มากที่สุดในกลุ่มของโรคติดต่อทางเพศสัมพันธ์ในประเทศไทยและทั่วโลก จากการรายงานขององค์การอนามัยโลก ผู้ป่วยจำนวนมากไม่แสดงอาการของโรคโดยเฉพาะในผู้ป่วยหญิง ผู้ป่วยที่ไม่ได้รับการรักษาจะทำให้เกิดการติดเชื้อของระบบสืบพันธุ์ส่วนบนและนำไปสู่การเป็นหมันและการตั้งครรภ์นอกมดลูก พยาธิสภาพของโรคเกิดจากการเหนี่ยวนำให้เกิดการรวมกลุ่มของเซลล์ในระบบภูมิคุ้มกันและกระบวนการอักเสบโดยเซลล์แมคโครฟาจซึ่งเป็นเซลล์สำคัญในระบบภูมิคุ้มกันแบบกำเนิด การตอบสนองของเซลล์ต่อการติดเชื้อภายในเซลล์สามารถติดตามได้จากเอ็กต์ตราเซลลูลาร์เวสิเคิลที่ผลิตออกจากเซลล์แมคโครฟาจ เช่น การติดเชื้อวัณโรค ลิชมาเนีย และซัลโมเนลา ที่พบการเปลี่ยนแปลงส่วนประกอบโปรตีนของเซลล์แมคโครฟาจและของเชื้อภายในเซลล์ การปลดปล่อยเวสิเคิลนั้นจะมีผลต่อการกระตุ้นการทำงาน กระบวนการอักเสบ และปรับเปลี่ยนการทำงานของเซลล์ในระบบภูมิคุ้มกันได้ ในการศึกษานี้จึงมุ่งเน้นการแสดงออกและค้นหาโปรตีนในเอ็กต์ตราเซลลูลาร์เวสิเคิลจากเซลล์แมคโครฟาจทั้งชนิดติดเชื้อและไม่ติดเชื้อ N. gonorrhoeae โดยนำเซลล์เม็ดเลือดขาว THP-1 ที่ถูกกระตุ้นให้เป็นเซลล์แมคโครฟาจเกิดกระบวนการฟาโกไซโทซิสเชื้อ N. gonorrhoeae เข้าไปภายในเซลล์ ติดตามการแสดงออกของโปรตีนภายในเวสิเคิล และวิเคราะห์โปรตีนด้วย Tandem mass spectrometry ซึ่งพบการเปลี่ยนแปลงส่วนประกอบโปรตีนภายในเวสิเคิลที่ครอบคลุมโปรตีนของเซลล์แมคโครฟาจและของเชื้อ ทั้งยังพบว่ามีความแตกต่างกันทั้งชนิดและการแสดงออกจำเพาะในช่วงเวลาของการติดเชื้อ เมื่อนำผลวิเคราะห์เปรียบเทียบกับฐานข้อมูลชีวสารสนเทศทั้ง Vesiclepedia, PANTHER และ Uniprot database ศึกษาคุณสมบัติและหน้าที่ของโปรตีนภายในเวสิเคิล โปรตีนของมนุษย์ และโปรตีนของเชื้อ N. gonorrhoeae ตามลำดับ ทำให้บ่งชี้ถึงความสัมพันธ์และบทบาทต่อเซลล์แมคโครฟาจในช่วงเวลาที่ทดสอบ ผลการศึกษานี้สามารถนำไปเป็นข้อมูลเพื่อพัฒนาการตรวจติดตามเชื้อก่อโรคหนองในและองค์ความรู้ในความเข้าใจบทบาทของเอ็กต์ตราเซลลูลาร์เวสิเคิลต่อพยาธิสภาพและการดำเนินไปของโรคหนองใน

ความชุกและรูปแบบลายพิมพ์อาร์อีพีของยีน Blaoxa-51, Blandm-1, Blaadc, Apha6 และ Isaba125 ใน Acinetobacter Baumannii ที่แยกได้จากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วย จังหวัดพิษณุโลก, จริยา ศรชัย

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

Acinetobacter baumannii เป็นเชื้อที่สำคัญที่ก่อให้เกิดการติดเชื้อภายในโรงพยาบาลและมีการดื้อยาปฏิชีวนะหลายชนิดเพิ่มมากขึ้น โดยการสร้างเอนไซม์ทำลายยาเป็นกลไกการดื้อยาที่มีความสำคัญและพบได้บ่อย ในการศึกษาครั้งนี้ได้ทำในเชื้อ A. baumannii ที่แยกได้จากสิ่งส่งตรวจตั้งแต่เดือนกรกฎาคม 2561 ถึง กุมภาพันธ์ 2562 จำนวน 257 ตัวอย่าง นำมาตรวจหาความชุกของยีนที่สร้างเอนไซม์ beta-lactamase เอนไซม์ cephalosporinase เอนไซม์ aminoglycoside-modifying enzymes (AMEs) และอินเซอร์ชันซีเควน (ISAba125) โดยปฏิกิริยาลูกโซ่พอลิเมอเรส และหาความหลากหลายทางสายพันธุ์ของเชื้อด้วยวิธี repetitive element polymerase chain reaction (REP-PCR) ผลการศึกษาพบว่าเชื้อ A. baumannii 221 ตัวอย่าง (ร้อยละ 86.0) เป็นเชื้อที่ดื้อยาหลายชนิด (multidrug-resistant A. baumannii : MDR-AB) โดยเชื้อ A. baumannii 257 ตัวอย่าง ให้ผลบวกกับยีน blaOXA-51 คิดเป็นร้อยละ 100.0 รองลงมาได้แก่ ยีน blaADC ยีน blaNDM-1 ยีน ISAba125 และยีน aphA6 คิดเป็นร้อยละ 38.5, 8.2, 6.2 และ 2.3 ตามลำดับ โดยพบ blaOXA-51 ร่วมกับยีน blaADC มากที่สุดคิดเป็นร้อยละ 35.0 ในการศึกษาครั้งนี้สามารถจำแนกความหลากหลายทางสายพันธุ์ของเชื้อ A. baumannii ด้วยวิธี rep-pcr ได้ 18 กลุ่ม โดยพบว่ากลุ่มที่ 1 และ กลุ่มที่ 2 ซึ่งเป็นกลุ่มหลักที่ใหญ่ที่สุด กลุ่มที่ 1 พบยีน blaOXA-51 (ร้อยละ 59.7) และ blaOXA-51 ร่วมกับยีน …

ผลกระทบของยีน Flaa และ Flid ของเชื้อ Helicobacter Pylori ต่อการตายของเซลล์มะเร็งเยื่อบุกระเพาะอาหาร, ณัฐฐวุฒิ วิเวโก

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อ Helicobacter pylori เป็นแบคทีเรียก่อโรคในระบบทางเดินอาหารของมนุษย์ที่มีความสำคัญทางคลินิก การติดเชื้อ H. pylori มีความสัมพันธ์กับการเกิดเป็นโรคมะเร็งกระเพาอาหาร เนื่องจากเชื้อมีปัจจัยความรุนแรงในการก่อโรคหลายชนิด อาทิ ความสามารถในการสร้างเอนไซม์ยูรีเอสปริมาณมาก การสร้างสารพิษประเภท CagA และ VacA การใช้แฟลเจลลาในการเคลื่อนที่แบบควงสว่านเข้าสู่ชั้นเยื่อเมือกของกระเพาะอาหาร การยึดเกาะกับเซลล์เยื่อบุกระเพาะอาหาร รวมทั้งการกระตุ้นให้เซลล์เกิดการตายแบบอะพอพโทซิสที่นำมาสู่การพัฒนากลายเป็นโรคมะเร็งกระเพาะอาหารได้ แฟลเจลลาของเชื้อ H. pylori มีส่วนช่วยในการเคลื่อนที่และเป็นสารที่ใช้ในการยึดเกาะที่สำคัญของเชื้อ อีกทั้งยังถูกสันนิษฐานว่าอาจมีส่วนกระตุ้นในการทำให้เซลล์เยื่อบุผิวเกิดการตาย การควบคุมการสร้างและการทำงานของแฟลเจลลาเกิดขึ้นจากการทำงานร่วมกันของยีนหลายชนิด โดยมียีน flaA ทำหน้าที่ควบคุมการสร้างโปรตีนแฟลเจลลินหลักของแฟลเจลลา และยีน fliD ทำหน้าที่ควบคุมการสร้าง capping protein หุ้มส่วนปลายของแฟลเจลลา การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาผลกระทบของยีน flaA และยีน fliD ของเชื้อ H. pylori ต่อการเคลื่อนที่ของเชื้อ การยึดเกาะและการกระตุ้นให้เกิดการตายแบบอะพอพโทซิสของเซลล์เยื่อบุผิว Human gastric adenocarcinoma (AGS) โดยทำการศึกษาลักษณะของสายแฟลเจลลาวิธีย้อมด้วยสี leifson-tannic acid fuchsin และด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนแบบส่องผ่าน เปรียบเทียบกันระหว่างเชื้อ H. pylori สายพันธุ์มาตรฐาน ATCC 43504 และเชื้อ H. pylori สายพันธุ์ที่มีการกลายพันธุ์ของยีน flaA และ ยีน fliD เชื้อดังกล่าวทั้งหมดยังถูกนำมาทดสอบการเคลื่อนที่ในอาหารกึ่งแข็งกึ่งเหลว และเพาะเลี้ยงร่วมกับเซลล์ AGS เพื่อทดสอบการยึดเกาะกับเซลล์ด้วยวิธี adhesion assay และการกระตุ้นให้เซลล์ที่ติดเชื้อตายด้วยการย้อมสี Annexin/ PI และวัดสัญญาณด้วย flow cytometry พบว่าเชื้อ H. pylori ที่มีการกลายพันธุ์ทั้งสองสายพันธุ์ไม่สามารถสร้างสายแฟลเจลลาที่มีรูปร่างสมบูรณ์ได้ ทั้งนี้เชื้อ H. pylori ที่มีการกลายพันธุ์ของยีน flaA มีความสามารถในการเคลื่อนที่และการยึดเกาะกับเซลล์ AGS ลดลงอย่างมีนัยสำคัญ ในขณะที่เชื้อ H. pylori ที่มีการกลายพันธุ์ของยีน fliD สามารถยึดเกาะเซลล์ AGS ได้มากขึ้นเมื่อเปรียบเทียบกับเชื้อ H. pylori สายพันธุ์มาตรฐาน …

เทคนิคใหม่ทางคอมพิวเตอร์ในการอ่านผล Treponema Pallidum Particle Agglutination Test (Tppa), ภาคภูมิ เดชหัสดิน

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ซิฟิลิสเป็นโรคติดเชื้อที่มีสาเหตุมาจากเชื้อแบคทีเรีย Treponema pallidum ผ่านทางกระแสโลหิต สารคัดหลั่งของร่างกาย ซึ่งสามารถติดต่อจากมารดาไปยังทารกในครรภ์ อีกทั้งสามารถติดต่อทางเพศสัมพันธ์ได้ ซึ่งการติดเชื้อดังกล่าวส่งผลกระทบต่อพยาธิสภาพของร่างกายหลายระบบ นอกจากนี้ซิฟิลิสยังสามารถถ่ายทอดผ่านการรับโลหิตและผลิตภัณฑ์ของโลหิตจากผู้บริจาคที่ติดเชื้อ ด้วยเหตุนี้งานทางธนาคารโลหิตจึงจำเป็นต้องตรวจคัดกรองซิฟิลิสในโลหิตของผู้บริจาคโลหิตทุกราย โดยนิยมใช้เทคนิคการตรวจทางภูมิคุ้มกันวิทยา การศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อสร้างเครื่องต้นแบบบันทึกภาพและซอฟต์แวร์ที่ออกแบบโดยใช้ภาษา C# ที่สามารถบันทึกภาพ อ่านและแปลผลผลปฏิกิริยา ของการทดสอบทางภูมิคุ้มกันวิทยาด้วยวิธี Treponema pallidum Particle Agglutination (TPPA) และเปรียบเทียบประสิทธิภาพการอ่านและแปลผลระหว่างเครื่องต้นแบบ กับการอ่านและแปลผลด้วยตาเปล่าโดยผู้ปฏิบัติงาน การศึกษาใช้ตัวอย่างพลาสมาของผู้ป่วยที่เข้ารับการรักษาที่คลีนิคนิรนาม ศูนย์วิจัยโรคเอดส์ สภากาชาดไทย และพลาสมาของผู้บริจาคโลหิต ที่ได้รับความอนุเคราะห์จาก ศูนย์บริการโลหิตแห่งชาติ สภากาชาดไทย จำนวนทั้งสิ้น 65 ตัวอย่าง ซึ่งทั้งหมดได้ผ่านการตรวจซิฟิลิสด้วยวิธี Chemiluminescent Microparticle Immunoassay (CMIA) พบว่า เมื่อนำเครื่องบันทึกภาพต้นแบบและซอฟท์แวร์ที่พัฒนาขึ้น มาอ่านปฏิกิริยา TPPA เปรียบเทียบกับการอ่านผลด้วยตาเปล่าโดยเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงาน พบว่าให้ผลตรงกันในแต่ละระดับของปฏิกิริยาจำนวน 60 ตัวอย่าง และไม่ตรงกันในแต่ละระดับของปฏิกิริยาจำนวน 5 ตัวอย่าง ส่งผลให้มีความสอดคล้องของทั้งสองเมื่อวิเคราะห์ด้วยสถิติ Kappa = 0.88 แสดงให้เห็นถึงความสอดคล้องในระดับดีมาก อย่างไรก็ตามหากพิจารณาเฉพาะการอ่านผล reactive โดยมิได้คำนึงถึงระดับปฏิกิริยา พบว่าทั้งสองวิธีอ่านให้ผลปฏิกิริยาตรงกัน 64 ตัวอย่าง และไม่ตรงกันจำนวนเพียง 1 ตัวอย่าง ส่งผลให้มีความสอดคล้องของทั้งสองเมื่อวิเคราะห์ด้วยสถิติ Kappa = 0.98 แสดงให้เห็นถึงว่าความสอดคล้องในระดับดีมาก ดังนั้น เครื่องบันทึกภาพต้นแบบและซอฟท์แวร์ที่พัฒนาขึ้น สามารถช่วยอ่านและแปลผลปฏิกิริยาของการทดสอบด้วยวิธี TPPA ในการตรวจวินิจฉัยโรคซิฟิลิสได้อย่างมีประสิทธิภาพ ใช้เวลาอ่านผลที่รวดเร็วกว่าการอ่านผลโดยผู้ปฏิบัติงาน ไม่มีความคลาดเคลื่อนในการอ่านผลที่อาจเกิดจากปัจจัยของผู้ปฏิบัติงาน ใช้วัสดุอุปกรณ์ราคาถูก สามารถนำไปพัฒนาต่อยอดและประยุกต์ใช้ยังห้องปฏิบัติการทั่วไปได้

Role Of Nurd In Acute Leukemia Cell Survival, Javeria Aijaz

Theses and Dissertations

Depletion of the ATPase component of the Nucleosome Remodeling and Deacetylase (NuRD) complex, CHD4, reduces acute myeloid leukemia (AML) cell survival. This study identified other NuRD components, as potential therapeutic targets for disrupting protein-protein interactions within NuRD. In addition to AML, we established that T-cell Acute Lymphoblastic Leukemia (T-ALL) cell lines responded similarly to CHD4 depletion.

Greater than 90% depletion of either MBD2 or MBD3 (the mutually exclusive two DNA binding NuRD paralogues) – was unremarkable, but complete depletion of MBD3 increased apoptosis and genotoxic sensitivity. Combined depletion of MBD-NuRD proteins augmented apoptosis observed with complete MBD3 depletion - indicating …

Characterization Of The Tsc/Dyrk1a Interaction, Supriya Joshi

Theses and Dissertations

The Tuberous sclerosis complex (TSC) includes TSC1, TSC2 and the TBC1D7 subunits that together function as a principal inhibitor of the mTOR protein kinase complex 1 (mTORC1). mTORC1 is a master regulator of cell growth and proliferation that responds to signaling cues such as growth factors and nutrient availability. Proteomic studies in our lab revealed an interaction between the TSC subunits and DYRK1A, a ubiquitous protein kinase encoded by a gene located in the Down syndrome (DS) region on human chr21. In this study, we sought to validate the interaction of the TSC components with DYRK1A and to determine the …

Epigenetic Regulation Of Drug Metabolizing Enzymes In Normal Aging, Mohamad M. Kronfol

Theses and Dissertations

Geriatric populations are at a higher risk for adverse drug reactions (ADRs). This may be partly due to changes in drug metabolism in old age, but the underlying mechanisms are poorly understood. Prior research in humans and mice has shown age-associated changes to the expression of several genes involved in drug metabolism. Furthermore, studies of human blood showed that epigenetic regulation of genes encoding drug metabolizing enzymes change with age. However, it is unknown if genes in the liver are similarly affected. Therefore, we hypothesize that genes encoding drug metabolizing enzymes may show differential epigenetic regulation in the liver with …

Mef2-Bound Genes May Influence Ethanol Sedation In Drosophila Melanogaster, Katlyn M. Myers

Theses and Dissertations

Alcohol Use Disorder (AUD) is a global health issue that affects millions of people every year. This disorder has serious negative mental and physical consequences. Currently, treatment options for this disorder are largely limited to psychological therapy, with very few medications available to treat it. Being able to identify the environmental and genetic components that influence AUD can help improve diagnosis and treatment options. Previous studies in humans have shown a link between initial sensitivity and risk for alcohol abuse. Our laboratory uses Drosophila melanogaster as a model to study the genetic and environmental components of alcohol-related behaviors. Previous lab …

Knemidokoptes Mites And Their Effects On The Gripping Position Of Steller’S Jay Feet, Wade M. Burris

Cal Poly Humboldt theses and projects

Steller’s jays (Cyanocitta stelleri) with swollen legs and feet resembling the signs of scaly leg have been commonly seen around Arcata, California, USA. These signs are thought to be caused by knemidokoptic mites, a group of parasites specialized at exploiting a range of avian hosts. I compared the gripping position in the feet of jays with variable signs of this condition as an index of their ability to perch, confirmed the presence of mites and identified them to the nearest species using genetic analysis, and compared the relatedness of the cytochrome oxidase subunit I (COI) gene between mites …

Evidence Of Y Chromosome Long Non-Coding Rnas Involved In The Radiation Response Of Male Non-Small Cell Lung Cancer Cells, Tayvia Brownmiller

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Non-small cell lung cancer (NSCLC) is the number one cause of cancer related mortality in the United States and worldwide. Advanced and therapeutically resistant lung tumors contribute to the high rate of mortality from NSCLC, therefore there is a need for new methods of diagnosing and treating this disease. Long non-coding RNAs (lncRNAs) have been shown to be a crucial component of human molecular biology, regulating nearly every cellular pathway from chromatin condensation to transcription and translation. Furthermore, many lncRNAs have been classified as oncogenes or tumor suppressors, highlighting the various molecular mechanisms they are involved in regarding the formation …

The Exploration Of Nanotoxicological Copper And Interspecific Saccharomyces Hybrids, Matthew Joseph Winans Phd

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Nanotechnology takes advantage of cellular biology’s natural nanoscale operations by interacting with biomolecules differently than soluble or bulk materials, often altering normal cellular processes such as metabolism or growth. To gain a better understanding of how copper nanoparticles hybridized on cellulose fibers called carboxymethyl cellulose (CMC) affected growth of Saccharomyces cerevisiae, the mechanisms of toxicity were explored. Multiple methodologies covering genetics, proteomics, metallomics, and metabolomics were used during this investigation. The work that lead to this dissertation discovered that these cellulosic copper nanoparticles had a unique toxicity compared to copper. Further investigation suggested a possible ionic or molecular mimicry …

Investigating The Role Of Centromeric Repeats In Female Meiotic Drive, Jocelyn Crawford

CMC Senior Theses

Female meiotic drive is an unequal transmission of alleles that arises through the competition of paired chromosomes for inclusion in the egg, resulting in an increase in frequency of the driven alleles regardless of their effect on fitness of the individual. In Mimulus guttatus (monkeyflower) second filial generations, driven alleles display transmission advantages resulting in the virtual elimination of recessive homozygotes, while the equivalent lines lacking drive elements conform to traditional Mendelian segregation population ratios. Centromeres have been identified as mechanistic drive elements due to their role in chromosomal segregation during female meiosis, with Mimulus providing the best documented case …

Genetic And Biochemical Analysis Of A Conserved, Multi-Gene System Regulation Spore-Associated Proteins In Streptomyces Coelicolor, Joseph Sallmen

Electronic Theses and Dissertations

Streptomyces coelicolor is a Gram positive, filamentous soil dwelling bacterium that exhibits a complex life cycle including the transition from a vegetative mycelium to a sporulating, aerial mycelium. Early genetic studies identified two classes of genes that resulted in developmental blocks, bald and white. The bald (bld) phenotype occurs when colonies cannot produce aerial hyphae. White (whi) colonies exhibit incomplete sporulation and/or loss of production of the concurrently produced grey pigment. While some of the original mutants have been explored, the developmental functions of many of the identified genes are not well understood. Of particular interest …

Genetic Analysis Of A Novel Ftsk Homolog, Hfka, In Streptomyces Coelicolor Development-Associated Chromosome Segregation, Sumedha Sethi

Electronic Theses and Dissertations

A quintessential phenomenon occurring during prokaryotic development is accurate segregation of the replicated genomes into the daughter cells. Key energy-dependent processes like chromosome condensation and subcellular partitioning of the genomes are driven by conserved proteins like SMC, ParB, FtsK. During its complex developmental cycle, Streptomyces coelicolor segregates its genomes into chains of unicellular spores when its multigenomic syncytial aerial hyphae undergo division.

A novel ftsK-like gene, hfkA (Homolog of FtsK protein A), was examined for function and localization during development-associated chromosome segregation. Individual deletions did not affect segregation, but a ΔhfkA ΔftsK mutant exhibited 8% anucleate …

Simultaneous Delivery Of Crispr/Cas Complexes And Donor Dna Using Cell-Penetrating Peptide-Adaptors, Maria Mugure Mbugua

Master of Science in Chemical Sciences Theses

Clustered Regularly Interspaced Palindromic Repeats (CRISPR)/CRISPR associated protein (Cas) complexes are becoming the preferred technique for genomic editing because of their precision, efficiency and accuracy. Prokaryotes naturally use CRISPR/Cas complexes to detect and eliminate foreign nucleic acids after infections. Cas proteins form complexes with RNA to cause double-stranded breaks (DSBs) in the invader’s sequence. Researchers are trying to use CRISPR complexes to treat many human diseases caused by these mutations. Research using CRISPR/Cas systems in the treatments of many of the genetic diseases has resulted in misfortunes (such as toxicity to the patient or new diseases) because of the method …

Chasing The Genetics Of Ascites In Broilers Using Whole Genome Resequencing, Alia Parveen

Graduate Theses and Dissertations

We are using whole genome resequencing to identify chromosomal regions associated with resistance or susceptibility to ascites, a form of pulmonary hypertension syndrome, meat-type chickens. Previous Genome Wide Association Studies (GWAS) based on Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) have identified regions on chromosomes 2, 9 and Z. Despite several GWAS and further genotyping, there are no reliable or potential markers for ascites phenotype. We have completed screening of Copy Number Variations (CNVs) and Single Nucleotide Polymorphisms in ascites resistant and susceptible birds from the relaxed, REL, line derived from a commercial elite broiler line. DNA samples from resistant and susceptible birds …

Mechanisms And Consequences Of Myb Gene Activation In Salivary Gland Tumors, Candace Frerich

Biomedical Sciences ETDs

Salivary gland adenoid cystic carcinoma (ACC) is an aggressive tumor with a tendency to infiltrate surrounding nerves and metastasize to distant sites. The standard treatment often fails to control local tumor recurrence and distant metastases and no approved targeted therapeutic options exist for these tumors. The goal of our studies was to reveal the molecular mechanisms driving ACC tumor development and novel drug targets to improve patient morbidity and mortality.

We first analyzed clinical and RNA-sequencing (RNA-seq) data for 68 formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) ACC tumor samples and described previously unappreciated molecular heterogeneity that predicts patient outcome. The poor outcome subgroup …

Transcriptional Responses Of Soybean Aphids To Sublethal Insecticide Exposure, Laramy S. Enders, Leslie C. Rault, Tiffany Heng-Moss, Blair Siegfried, Nicholas J. Miller

Department of Entomology: Faculty Publications

Insecticides are a key tool in the management of many insect pests of agriculture, including soybean aphids. The selection imposed by insecticide use has often lead to the evolution of resistance by the target pest through enhanced detoxification mechanisms. We hypothesised that exposure of insecticide-susceptible aphids to sublethal doses of insecticides would result in the up-regulation of genes involved in detoxification of insecticides, revealing the genes upon which selection might act in the field. We used the soybean aphid biotype 1 reference genome, version 6.0 as a reference to analyze RNA-Seq data. We identified multiple genes with potential detoxification roles …

Molecular Survey Of Helminths Infecting Ground Dwelling Birds In The Grouse Subfamily Tetraoninae, Briana M. Sesmundo

Honors College Theses

Alaskan grouse and ptarmigan (Galliformes) are important avian game species in Alaska. Interestingly, gallids harbor a fairly diverse helminth fauna, particularly cestodes, which may make birds with high parasite loads more susceptible to predation. Unfortunately, there is limited information available on the helminth fauna of Alaskan gallids, and no molecular surveys. The present study aims to develop baseline data on diversity of intestinal and subcutaneous (filariid) helminth infections in galliforms using morphological and molecular (DNA) approaches. These data can then be used to better understand changes in helminth community structure given current environmental volatility. The intestines, cloaca, liver and kidneys …

Nitric Oxide Is Involved In Heavy Ion-Induced Non-Targeted Effects In Human Fibroblasts, Megumi Hada, Premkumar B. Saganti, Francis A. Cucinotta

Health Physics and Diagnostic Sciences Faculty Research

Previously, we investigated the dose response for chromosomal aberration (CA) for exposures corresponding to less than one particle traversal per cell nucleus by high energy and charge (HZE) particles, and showed that the dose responses for simple exchanges for human fibroblast irradiated under confluent culture conditions were best fit by non-linear models motivated by a non-targeted effect (NTE). Our results suggested that the simple exchanges in normal human fibroblasts have an important NTE contribution at low particle fluence. Nitric oxide (NO) has been reported as a candidate for intercellular signaling for NTE in many studies. In order to estimate the …

Geographic Population Structure And Taxonomic Identity Of Rhinichthys Osculus, The Santa Ana Speckled Dace, As Elucidated By Nuclear Dna Intron Sequencing, Liane Raynette Greaver

Electronic Theses, Projects, and Dissertations

Rhinichthys osculus (Cyprinidae), the speckled dace, is the most widely distributed freshwater fish in the western United States. The southern California populations of R. osculus are identified as the Santa Ana speckled dace (SASD), though the SASD has not yet been formally recognized as a distinct taxon. Current mtDNA analysis performed in the Metcalf Lab has shown a reciprocally monophyletic relationship among three California regions; southern, central coast, and Owens Valley. Similarly, microsatellite genotyping has shown significant levels of geographic population structure. The purpose of this study was to provide nuclear DNA sequence data to determine the taxonomic status of …

Chitosan As An Immune Modulator: Therapeutic Potential In Cerebral Amyloidopathies, Tanya Larissa Cupino

Loma Linda University Electronic Theses, Dissertations & Projects

Alzheimer’s disease (AD) and cerebral amyloid angiopathy (CAA) are neurodegenerative diseases that are pathologically defined by accumulations of amyloid beta (Aβ) in the brain parenchyma and vascular walls, respectively. CAA comorbidity occurs in more than half of advanced AD cases. Aβ can activate complement, an enzymatic cascade that terminates in a cytolytic pore called membrane attack complex (MAC). Protectin (CD59) is a GPI-anchored glycoprotein that physically interrupts formation of MAC. At autopsy, individuals with AD and CAA have high levels of MAC and normal to low levels of CD59 in the tunica media of affected blood vessels. We proposed the …

Towards A Mathematical Model Of Motility Using Dictyostelium Discoideum: Proteins And Geometric Features That Regulate Bleb-Based Motility, Zully Santiago

Dissertations, Theses, and Capstone Projects

A variety of biological functions depend on actin organization. The organization of actin is tightly regulated by a plethora of extracellular and intracellular signaling, scaffolding, and actin-binding proteins. Dysfunctions in this regulation lead to immune diseases, increased susceptibility to pathogens, neurodegenerative diseases, developmental disorders, and cancer metastasis. A variety of actin-dependent processes, including cell motility, are regulated by several proteins of interest: Paxillin, a scaffolding protein; WASP, an actin nucleating protein; SCAR/WAVE, another WASP family actin nucleating protein; Talin, a cortex-to-membrane binding protein; Myosin II, an F-actin contracting motor protein; and Protein Kinase C, a protein kinase. D. discoideum cells …

Total Rna Extraction From Transgenic Flies Misexpressing Foreign Genes To Perform Next Generation Rna Sequencing, Abijeet Singh Mehta, Agustin Luz-Madrigal, Jian-Liang Li, Panagiotis A. Tsonis, Amit Singh

Biology Faculty Publications

Due to absence of transgenic approaches in Notopthalmus Viridescens (newt), and conservation of genetic machinery across species, we generated transgenic Drosophila melanogaster to misexpress unique genes from newt. Novel newt genes cloned, and inserted at attP site in Drosophila were misexpressed ubiquitously using tubulin Gal-4. Sample (total RNA) for RNA sequencing was collected at 3rd instar larval stage during which major developmental events takes place in Drosophila. Total RNA was extracted, and purified using RNA clean and ConcentratorTM. RNA quality was quantitated by calculating absorbance at 260 nm (A260) and 280 nm (A280) wavelengths using Nanodrop 2000 spectrophotometer. Good quality …

Comparative Transcriptomic Analysis And Structure Prediction Of Novel Newt Proteins, Abijeet Singh Mehta, Agustin Luz-Madrigal, Jian-Liang Li, Panagiotis A. Tsonis, Amit Singh

Biology Faculty Publications

Notophthalmus viridescens (Red-spotted Newt) possess amazing capabilities to regenerate their organs and other tissues. Previously, using a de novo assembly of the newt transcriptome combined with proteomic validation, our group identified a novel family of five protein members expressed in adult tissues during regeneration in Notophthalmus viridescens. The presence of a putative signal peptide suggests that all these proteins are secretory in nature. Here we employed iterative threading assembly refinement (I-TASSER) server to generate three-dimensional structure of these novel Newt proteins and predicted their function. Our data suggests that these proteins could act as ion transporters, and be involved …

Sequence Analysis Of The Ren1 Genomic Region From The Grapevine ‘Kishmish Vatkana’, Dani Joseph

Graduate Theses/Dissertations

The REN1 region of the grapevine ‘Kishmish Vatkana’ was mapped as the locus that confers resistance to the economically important disease, grape powdery mildew. The purpose of this work was to extend the nucleotide sequence information of this region. By sequencing a heretofore unknown bacterial artificial chromosome clone, the sequence information of this region was extended by 46,890 nucleotides. Sequencing was performed using the third-generation sequencing method, named Oxford Nanopore Technology (ONT). In order to improve the accuracy of the sequence data, a modified ONT library preparation method was developed. ONT sequencing of a library prepared with the modified protocol …

Elucidating Immune Signaling Of Influenza A Virus And Aspergillus Fumigatus Co-Infections Through Pioneered Model Development, Meagan Danyelle Rippee-Brooks

Graduate Theses/Dissertations

Bacterial co-infections with influenza A virus (IAV) are extremely serious and life-threatening. However, there exists limited understanding about the importance of fungal infections with IAV. Clinical case reports indicate that fungal co-infections do occur and suggest the IAV pandemic of 2009 had a propensity to predispose patients to secondary fungal infections more than previous IAV strains. IAV-fungal co-infections are marked by high mortality rates of 47 to 61% in previously healthy individuals between the ages of 20 and 60. Yet, the variables involved in this co-infection remain undetermined. I achieved effective recapitulation of this co-infection using a C57Bl/6 murine (mouse) …

Assessing The Efficacy Of Seedling Planting As A Forest Restoration Technique In Temperate Hardwood Forests Impacted By Invasive Species, Michaela J. Woods, Meredith Cobb, Katie Hickle

Biology Faculty Publications

The emerald ash borer (Agrilus planipennis Fairmaire; EAB) is an invasive insect that causes mortality of trees in the genus Fraxinus, creating canopy gaps that may facilitate invasion by exotic plants. Planting native tree seedlings under EAB-infested Fraxinus may accelerate succession and preclude invasive plant expansion; however, the effectiveness of this approach has not been experimentally tested. We assessed understory seedling planting of Quercus rubra, Carya laciniosa, and Juglans cinerea in EAB-infested forests, where the invasive shrub Lonicera maackii (Amur honeysuckle) was removed. We tested whether the use of plastic tree shelters (“tree tubes”) or planting season (fall versus spring) …