Genetics and Genomics Commons^™

Molecular Mechanisms Regulating Optic Fissure Fusion During Zebrafish Eye Development, Megan Weaver

Theses and Dissertations--Biology

Vertebrate retinal development requires timely and precise fusion of the optic fissure. Failure of this event leads to congenital vision impairment in the form of coloboma. Recent studies have suggested hyaloid vasculature to be involved in OF fusion. In order to examine this link, we analyzed optic fissure fusion and hyaloid vasculogenesis in the zebrafish pax2a noi mutant line. We first determined that pax2a^-/- embryos fail to accumulate F-actin in the optic fissure prior to basement membrane (BM) degradation. Furthermore, using 3D and live imaging we observed reduced OF hyaloid vascularization in pax2a^-/- embryos. When examining the connection …

Circadian Rhythmicity And Melatonin Sensitivity In The Human Gut Commensal Bacterium Klebsiella Aerogenes, Kinga Graniczkowska

Theses and Dissertations--Biology

While the expression of circadian rhythms is nearly universal among multicellular eukaryotic organisms, demonstration of this phenomenon in prokaryotes has been largely restricted to photosynthetic cyanobacteria until very recently. Further, growing interest in gastrointestinal microbiomes has revealed a complex temporal relationship between the gastrointestinal clock and the bacterial microbiome within. At least one member of the gut microbiome, Klebsiella (née Enterobacter) aerogenes, responds to the indoleamine hormone melatonin, secreted by the gastrointestinal system itself. Further research revealed that K. aerogenes also expresses a circadian rhythm in motility and gene expression that is temperature compensated. Although rhythmicity is unaltered …

Cloning And Functional Characterizations Of Circular Rnas From The Human Mapt Locus, Justin R. Welden

Theses and Dissertations--Molecular and Cellular Biochemistry

Under pathophysiological conditions, the microtubule protein tau (MAPT) forms neurofibrillary tangles that are the hallmark of sporadic Alzheimer’s disease as well as familial frontotemporal dementias linked to chromosome 17 (FTDP-17). In this work, I report that MAPT forms circular RNAs through backsplicing of exon 12 to either exon 10 or exon 7 (12→10; 12→7), and that these circular RNAs are translated into proteins.

Using stable cell lines overexpressing the circular tau RNAs 12→7 and 12→10, we have discovered that the tau circular RNA 12→7 is translated in a rolling circle, giving rise to multiple proteins. This circular RNA …

Molecular And Genetic Studies On A Sipd/Ipad-Related Virulence Spike Protein From Immune-Suppressive Particles Of A Drosophila Parasitoid, Carlo Miguel A. Sevilla

Dissertations and Theses

Parasitoid wasps are effective biological control agents that have evolved intricate host immune suppression strategies to overcome host immune defenses. The most important anti-parasite defense mechanism is encapsulation, where the host’s blood cells surround the wasp egg. In the Drosophila/Leptopilina host-parasitoid system, extracellular vesicles (EVs) are oviposited along with the wasp egg. The EVs possess spikes and contain hundreds of proteins, some of which enable wasp eggs to escape encapsulation by changing the morphology and function of hemocytes, or killing them. Previous studies have identified an abundant surface/spike protein (SSp40) from Leptopilina heterotoma EVs. While p40, a predicted …

Post-Mortem Brain Nuclei Isolation For Single Nucleus Rna Sequencing, Charles J. Tran, Lin Y. Xie, Min Zhao, Edwin Jcg Van Den Oord, Karolina A. Aberg

UROP Posters

Abstract

Post-Mortem Brain Nuclei Isolation for Single Nucleus RNA Sequencing

Charles Tran, Dept. of Biology, with Dr. Karolina Aberg, VCU School of Pharmacy

When tissue samples are studied in bulk without consideration for different cell proportions and types, results can be biased due to the attenuation of unique cellular expressions. In order to study cell type specific RNA expression profiles within tissue, single cell RNA sequencing (scRNA-seq) is used. For scRNA-seq studies it is critical to have intact cells. However, when investigating frozen post-mortem brain tissue, it is often challenging to isolate intact whole cells. An alternative solution is to …

การศึกษาการแสดงออกของ Efflux Pump ในเชื้อ Acinetobacter Baumannii ที่ถูกเหนี่ยวนำให้ดื้อยา Amikacin, ณัฐนิชา บัวงามดี

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อแบคทีเรียแกรมลบ Acinetobacter baumannii เป็นเชื้อฉวยโอกาส ที่ก่อให้เกิดการติดเชื้อในโรงพยาบาล และมีการดื้อต่อยาปฏิชีวนะหลายชนิด จากหลายกลไกการดื้อยา รวมถึงการใช้ efflux pump ขับยาออกนอกเซลล์ การศึกษาครั้งนี้ผู้วิจัยได้ทดสอบหาค่าความเข้มข้นต่ำสุดที่ยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อ (MIC) ต่อยา amikacin ในเชื้อ A. baumannii ทั้งหมด 8 ตัวอย่าง ที่ได้จากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วย และเชื้อสายพันธุ์มาตรฐาน ATCC 19606 พบว่าเชื้อ A. baumannii 7 ตัวอย่างมีค่า MIC อยู่ในช่วง 0.25 – 4 µg/mL (ไวต่อยา) และเชื้ออีก 2 ตัวอย่างมีค่า MIC เท่ากับ 64 และมากกว่า 256 µg/mL (ดื้อต่อยา) เมื่อเหนี่ยวนำเชื้อด้วยยา amikacin โดยเพาะเลี้ยงเชื้อในสภาวะที่มียา amikacin ความเข้มข้นเพิ่มขึ้นเป็นสองเท่า ทุก 48 ชั่วโมง ติดต่อกันเป็นเวลาหลายวัน พบว่าเชื้อ A. baumannii หลังเหนี่ยวนำด้วยยา amikacin ทั้ง 8 ตัวอย่าง มีค่า MIC เพิ่มขึ้นอยู่ในช่วง 32 ถึงมากกว่า 256 µg/mL ผลการศึกษาการใช้สารยับยั้ง efflux pump ได้แก่ สาร carbonylcyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP) พบว่าเชื้อ A. baumannii หลังเหนี่ยวนำด้วยยา amikacin ทั้ง 8 ตัวอย่าง มีค่า MIC ต่อยา amikacin เมื่อมีสาร CCCP ลดลงมากกว่าหรือเท่ากับ 4 เท่าของค่า MIC ต่อยา amikacin ที่ไม่มีสาร …

การเพิ่มประสิทธิภาพในการยับยั้งเชื้อแบคทีเรียก่อโรคของแบคทีริโอซินจาก Bacillus Licheniformis ที่แยกได้จากระบบทางเดินอาหารของกุ้ง, แพรทิพย์ คล้ายเจริญสุข

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำเพื่อเป็นแหล่งอาหาร มีผลต่อความมั่นคงทางอาหารและโภชนาการของมนุษย์ โดยกุ้งทะเลจัดเป็นสัตว์น้ำเศรษฐกิจอันดับหนึ่งของไทย ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2534 เป็นต้นมา เนื่องจากเป็นสัตว์น้ำที่ได้รับความนิยมบริโภคทั้งในประเทศและต่างประเทศทั่วโลก แต่ในปี พ.ศ. 2555-2556 การเลี้ยงกุ้งเริ่มประสบปัญหาโรคระบาดอย่างหนักจากอาการตายด่วนเนื่องจากตับและตับอ่อนวายเฉียบพลัน (Early mortality syndrome/ acute hepatopancreatic necrosis disease : EMS/AHPND) ทําให้เกิดความเสียหายต่อเกษตรกรและส่งผลกระทบต่อภาคอุตสาหกรรม รวมไปถึงสูญเสียส่วนแบ่งการตลาดและมูลค่าการส่งออกกุ้งทะเลเป็นอย่างมาก ต่อมาได้มีการพัฒนาจุลินทรีย์ ปม.1 ที่เป็นโพรไบโอติกในกลุ่มบาซิลัส เพื่อลดอัตราการเกิดโรค ซึ่งเชื้อ B. licheniformis ที่รวมในกลุ่มโพรไบโอติกนี้ มีความสามารถสร้างแบคทีริโอซินที่ยับยั้งการเจริญของเชื้อก่อโรคได้ มีคุณสมบัติทนความร้อน 100 °C ทำงานได้ดีในค่าความเป็นกรด-ด่างกว้าง จึงเป็นที่น่าสนใจในการศึกษาสภาวะที่เหมาะสมเพื่อเพิ่มปริมาณการสร้างแบคทีริโอซินของเชื้อ B. licheniformis และประสิทธิภาพในการยับยั้งเชื้อก่อโรค จากการทดสอบเพาะเลี้ยงเชื้อ B. licheniformis ในอาหารเหลว Tryptic Soy Broth มีความเข้มข้นของเชื้อเป็น 106 CFU/มิลลิลิตร ในสภาวะที่ปรับเปลี่ยนอุณหภูมิ ช่วงเวลา และความเข้มข้นของเกลือที่ต่างกัน ผลการทดสอบประสิทธิภาพการยับยั้งเชื้อก่อโรคในกุ้งด้วยวิธี Total plate count พบว่า ในน้ำเลี้ยงเชื้อ (Cell Free Supernatant: CFS) สามารถยับยั้งเชื้อทดสอบได้แก่ เชื้อ Vibrio alginolyticus และ Vibrio parahaemolyticus ซึ่งเป็นสายพันธุ์ที่เป็นสาเหตุของโรคตับและตับอ่อนวายเฉียบพลันในกุ้งได้ดี เมื่อเพาะเลี้ยงเชื้อ B. licheniformis ที่อุณหภูมิ 30 องศาเซลเซียสเป็นเวลา 72 ชั่วโมง และเลี้ยงในอาหารเหลว TSB ที่มีเกลือความเข้มข้น 2.5% และเมื่อเลี้ยง B. licheniformis ร่วมกับเซลล์ของเชื้อทดสอบที่ถูกทำให้ตายด้วยความร้อน พบว่าน้ำเลี้ยงเชื้อยังคงมีประสิทธิภาพในการยับยั้งเชื้อทดสอบ จากนั้นตรวจวิเคราะห์ประสิทธิภาพการทำลายเซลล์ของแบคทีเรียก่อโรคของน้ำเลี้ยงเชื้อด้วยกล้องจุลทรรศน์อิเลคตรอนพบว่าส่วนที่ห่อหุ้มเซลล์ของเชื้อทดสอบมีลักษณะเป็นรู นอกจากนี้พบว่าสารยับยั้งในน้ำเลี้ยงเชื้อที่เกิดจากการเพาะเลี้ยงและจาก B. licheniformis ร่วมกับเซลล์ V. alginolyticus ที่ถูกทำให้ตายด้วยความร้อน มีความสามารถทำให้เซลล์ของเชื้อทดสอบมีขนาดเล็กลง และลดการเกาะกลุ่มของเชื้อทดสอบได้ดี ผลจากการวิเคราะห์ลำดับกรดอะมิโนในน้ำเลี้ยงเชื้อ (Cell-Free …

การพัฒนาเทคนิค Multiplex Allele-Specific Recombinase Polymerase Amplification With Dipstick Chromatography (Mas-Rpa-Dc) ในการวินิจฉัยการดื้อยา Rifampicin ของเชื้อ Mycobacterium Tuberculosis, มัชฐาวี โพธิกนิษฐ

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วัณโรคดื้อยาหลายขนาน (Multidrug-resistant tuberculosis: MDR-TB) เป็นหนึ่งในสาเหตุหลักที่ทำให้การรักษาวัณโรคล้มเหลว และส่งผลให้การแพร่ระบาดของโรคยังคงมีอัตราที่สูง วัณโรคดื้อยาหลายขนานเกิดจากเชื้อ Mycobacterium tuberculosis ที่ดื้อต่อยา Rifampicin และยา Isoniazid พร้อมกัน โดยมากกว่า 90% ของวัณโรคที่ดื้อยา Rifampicin มักเกิดการดื้อยา Isoniazid ร่วมด้วยภายหลัง ดังนั้นการตรวจวินิจฉัยการดื้อยา Rifampicin ของเชื้อ M. tuberculosis จึงสามารถใช้เป็นตัวแทนในการตรวจหาวัณโรคดื้อยาหลายขนานได้ วิธีทางอณูชีววิทยาที่ใช้วินิจฉัยวัณโรคดื้อยาหลายขนานในปัจจุบันต้องอาศัยเครื่องมือที่มีราคาแพงและการดูแลซ่อมบำรุงอย่างสม่ำเสมอ การเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมภายใต้อุณหภูมิคงที่ได้เข้ามามีบทบาทอย่างมากในการวินิจฉัยโรคทางห้องปฏิบัติการและเป็นทางเลือกสำหรับการทดสอบที่ไม่ต้องอาศัยเครื่องมือที่จำเพาะ สามารถให้ผลการทดสอบที่ถูกต้อง รวดเร็ว และนำไปประยุกต์ใช้ ณ งานภาคสนามได้ การศึกษาครั้งนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเทคนิค Multiplex allele-specific recombinase polymerase amplification ร่วมกับ dipstick chromatography (MAS-RPA-DC) สำหรับตรวจหาการกลายพันธุ์ภายในยีน rpoB ณ ตำแหน่งโคดอน 516 526 และ 531 ซึ่งสัมพันธ์กับการดื้อยา Rifampicin ของเชื้อ M. tuberculosis ในการทดสอบภายใต้ปฏิกิริยาเดียวกันและแบบอ่านผลด้วยตาเปล่า ภายหลังนำเทคนิค MAS-RPA-DC มาทดสอบกับ DNA ที่สกัดได้จากโคโลนีของเชื้อ M. tuberculosis สายพันธุ์คลินิกจำนวน 141 ตัวอย่าง พบว่าเทคนิค MAS-RPA-DC มีความไวและความจำเพาะที่สูงเมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค Sanger DNA sequencing โดยมีความไวในการตรวจการกลายพันธุ์ของยีน rpoB516 rpoB526 และ rpoB531 มีค่าเท่ากับ 100 % 70 % และ 98.2 % ตามลำดับ มีค่าความจำเพาะในการตรวจการกลายพันธุ์ของยีน rpoB516 rpoB526 และ rpoB531 เท่ากับ 95.5 % 97.5 % และ 97.7 …

Identifying Genes Downstream Of Mef2 That Influence Ethanol Sedation In Drosophila Melanogaster, Ananya Talikoti

Theses and Dissertations

Alcohol use disorder is a global public health issue that affects millions across the world. It can result in negative physical and mental health outcomes, and currently treatment options are limited and rates of relapse are high. Identifying genes that affect aspects of ethanol behaviors in model organisms, such as Drosophila melanogaster, can serve to eventually develop more robust therapeutic interventions for those experiencing alcohol dependence. Previous studies have identified a relationship between a person's initial sensitivity to alcohol and their abuse potential for the drug in later life. Therefore, we can study sedation behaviors in Drosophila melanogaster to …

A Spatiotemporal Assessment Of Fish Assemblage Response To Land-Use Change And The Evaluation Of Edna Metabarcoding For Describing Diverse Fish Communities, Timothy M. Owen

Theses and Dissertations

Fish assemblages are often assessed as a biological proxy for environmental health. While humans value healthy environments for the ecosystem services and recreational opportunities they provide, it is increasingly evident that such resources can be paradoxically degraded by anthropogenic activities. In this investigation, we studied the relationship between different intensities of anthropogenic land-use change and habitat-driven fish assemblage response across multiple spatiotemporal scales. Secondarily, we explored the efficacy of eDNA metabarcoding against conventional electrofishing techniques for the purpose of describing complete fish communities. This study was conducted in the Tuckahoe Creek basin near Richmond, Virginia. This James River tributary serves …

Development And Evaluation Of A Combinatorial Rt-Qpcr Multiplex For Forensic Body Fluid Identification, Carolyn A. Lewis

Theses and Dissertations

Body fluid identification is essential in the forensic biology workflow that assists DNA analysts in determining where to collect DNA evidence. Current presumptive tests lack the sensitivity and specificity molecular techniques can achieve; therefore, molecular methods, such as microRNA and microbial signatures, have been extensively researched in the forensic community. Limitations of each method suggest combining molecular markers to increase discrimination efficiency of multiple body fluids from a single assay. While microbial signatures have been successful in identifying fluids with high bacterial abundances, microRNAs have shown promise in fluids with low microbial abundance. A disadvantage of RNA analysis in forensic …

The Receptor Basis Of Serotonergic Modulation In An Olfactory Network, Tyler Ryan Sizemore

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Neuromodulation is a nearly ubiquitous process that endows the nervous system with the capacity to alter neural function at every level (synaptic, circuit, network, etc.) without necessarily adding new neurons. Through the actions of neuromodulators, the existing neural circuitry can be adaptively tuned to achieve flexible network output and similarly dynamic behavioral output. However, despite their near ubiquity in all sensory modalities, the mechanisms underlying neuromodulation of sensory processing remain poorly understood. In this dissertation, I address three main questions regarding the mechanisms of one modulator (serotonin) within one sensory modality (olfaction). I begin by establishing a "functional atlas" of …

Effects Of 4-Methylcyclohexanemethanol On Stress Response Pathway Regulators, In Saccharomyces Cerevisiae, Suk Lan Ser

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Hydrotropes are small molecules capable of inducing liquid-liquid phase separation by altering the solubility and conformation states of organic compounds that are increasingly becoming important in organizing chemical reactions and regulating complexes. They prevent protein aggregation causing these proteins to form condensates. Mediator, a highly conserved multi-subunit complex, plays an important role in transcription. Med15, a subunit found within the tail domain of the Mediator complex, works with stress-induced transcription factors and is regulated by many kinases, including CDKs and the AMP kinase, Snf1. Living cells respond by changing molecular and cellular pathways when they are exposed to stressful conditions. …

Multistrain Hiv-1 Elimination: A Crispr-Cas9 And Theranostics-Based Approach, Jonathan Herskovitz

Theses & Dissertations

A critical barrier to achieving a functional cure for infection by human immunodeficiency virus type one (HIV-1) rests in the presence of latent proviral DNA integrated in the nuclei of host CD4+ T cells and mononuclear phagocytes. Accordingly, HIV-1-infected patients must adhere to lifelong regimens of antiretroviral therapy (ART) to prevent viral rebound, CD4+ T cell decline, and progression to acquired immunodeficiency syndrome (AIDS). Gene editing using clustered regularly interspersed short palindromic repeat (CRISPR)-Cas9 technology stands as one means to inactivate integrated proviral DNA. We devised a mosaic gRNA CRISPR-Cas9 system- TatDE- that targets viral transcriptional regulator genes tat / …

Diagnosis And Distribution Of Florida Sand Darter, Ammocrypta Bifascia (Teleostei; Percidae), In The Flint River, Georgia, Camm C. Swift, Gregory R. Moyer, Christine E. Fallon, Brett Albanese

Southeastern Fishes Council Proceedings

Abstract: In 2013, we observed the presence of an undocumented Ammocrypta species in the lower Flint River, Georgia. The occurrence represents the first record of the genus in Georgia. Subsequent surveys at 24 sites, using seining or snorkeling, documented additional specimens from mainstem sites (n = 3) between Albany and Bainbridge and from Ichawaynochaway Creek (n = 5 sites), a large tributary to the Flint River. We used morphological and genetic data to identify specimens to species. Morphological examination included 23 morphometric and 8 meristic characters from fifteen specimens that were compared to specimens from Williams (1975). For genetic analyses, …

Single-Fluorophore Sensors For Mechanical Force In Living Cells, Sarah Kricheff

Honors Scholar Theses

Mechanotransduction is the process by which a mechanical stimulus is converted to a cellular signal. This process is heavily influential of cell morphology, differentiation, and behavior. However, altered levels of mechanical stimuli are also found in many pathological contexts. For example, cancerous cells have stiffer surrounding tissue than healthy cells, and research suggests that this alters cell behavior and promotes metastasis. Despite these findings, the cellular processes behind these signaling alterations remain widely unknown. Understanding these cascades is critical, as involved proteins can give us a deeper understanding of the role of mechanotransduction, and certain proteins can potentially be targeted …

The Deleterious F109s Mutation Disrupts Binding Of Sex-Determining Region Y With Dna, Mohammed Baqur S. Al-Shuhaib Mbsa

Karbala International Journal of Modern Science

Sex-determining region Y (SRY) protein is the master switch in the initiation of male sex differentiation. Mutation in SRY gene results in ambiguous genitalia and abnormalities in reproductive organs. Its function is mainly controlled by its high mobility group (HMG) box. Damage to the HMG box may cause dysfunction of the SRY protein, which may, in turn, lead to sex reversal. This study was conducted to prioritize the deleterious effects of the non-synonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNPs) on SRY protein. A series of computational tools were applied to predict nsSNPs with the most harmful effects on protein structure, function, and …

Innate Pathogenic Traits In Oral Yeasts, Ayat Ibrahiem Esmaeel Al-Laaeiby, Adnan A. Al-Mousawi, Inaam M.N. Alrubayae, Abdullah Al-Saadoon, Maysoon Almayahi

Karbala International Journal of Modern Science

The normal flora community plays a significant role in both healthy and patient individual’s bodies. It has improved its ability to change from beneficial to opportunistic organisms causing crucial infections in immunocompromised patients. This study was conducted to identify the community of yeast species, and to investigate potential virulence factors. Saliva samples were collected from healthy individuals, yeast species were isolated and identified using both traditional and advance molecular genetics technique. The results revealed that Candida albicans was the dominant isolate, while Meyerozyma caribbica was the least. The phylogenetic tree was constructed for 13 species using the Neighbour-Joining method, which …

Molecular Identification, Antioxidant Efficacy Of Phenolic Compounds, And Antimicrobial Activity Of Beta-Carotene Isolated From Fruiting Bodies Of Suillus Sp, Shimal Yonuis Abdulhadi, Raghad Nawaf Gergees, Ghazwan Qasim Hasan

Karbala International Journal of Modern Science

Suillus species, in general, are edible mushrooms, and environmentally important that are associated mostly with pine trees in the tropics regions. These fungi considered a remarkable source of phenolic compounds that play a crucial role as antioxidants which may reduce the risk of most human chronic diseases such as cancer, diabetes, asthma, atherosclerosis, Alzheimer, and others. On the other hand, carotenoids (β carotene) are the most popular natural pigments which play an important role to protect the plants from photo-oxidative reactions. In human, these compounds prevent oxidative stress and expects to have antimicrobial activity. Here, the phenolic compounds were …

The Role Of Anti-Inflammatory Cytokine Interleukin-10 (Il-10) In Tauopathies, Lea L. Weston

Biomedical Sciences ETDs

Tauopathies are neurodegenerative diseases, including Alzheimer’s disease, that are associated with pathological accumulation of the microtubule associated protein tau (MAPT, or tau) (Lee et al., 2001). Abnormal hyperphosphorylated tau (pTau) strongly correlate with cognitive impairment (Nelson et al., 2012). Neuroinflammation is also associated with tauopathies (Gerhard et al., 2006b; Edison et al., 2008) and is implicated in driving tau pathology (Yoshiyama et al., 2007, Maphis et al., 2015b). Therefore, it is compelling to understand the role of anti-inflammatory cytokines in limiting neuroinflammation and tau pathology. Interleukin-10 (IL-10) is a well-established anti-inflammatory cytokine with roles in limiting inflammation in the central …

Draft Genome Of The Common Snapping Turtle, Chelydra Serpentina, A Model For Phenotypic Plasticity In Reptiles, Debojyoti Das, Sunil Kumar Singh, Jacob Bierstedt, Alyssa Erickson, Gina L. J. Galli, Dane A. Crossley Ii, Turk Rhen

Biology Faculty Publications

Turtles are iconic reptiles that inhabit a range of ecosystems from oceans to deserts and climates from the tropics to northern temperate regions. Yet, we have little understanding of the genetic adaptations that allow turtles to survive and reproduce in such diverse environments. Common snapping turtles, Chelydra serpentina, are an ideal model species for studying adaptation to climate because they are widely distributed from tropical to northern temperate zones in North America. They are also easy to maintain and breed in captivity and produce large clutch sizes, which makes them amenable to quantitative genetic and molecular genetic studies of …

Population Structure Of A Federally Endangered Plant (Astragalus Jaegerianus Munz, Fabaceae) With Limited Range Using Microsatellites, Sueann Neal

Electronic Theses, Projects, and Dissertations

Studies on population genetics examine the relationship and effects of population structure, migration, gene flow and demographic history, and are therefore important in the conservation of endangered species. Astragalus jaegerianus, a critically federally endangered species found in a geographically restricted range is investigated to determine population structure and genetic variation. Previous research on A. jaegerianus focused on DNA sequence data for cpDNA and nrDNA showed no variation. Further research on A. jaegerianus utilizing AFLP’s on the whole genome indicated substantial gene diversity and population structure consistent with geographically widespread species. AFLP research is a cost-effective process to identify levels …

A Context-Forward In Vivo Functional Genomics Platform For Target Discovery And Establishing Vulnerability Context In Pancreatic Cancer, Johnathon Rose, Johnathon Lynn Rose

Dissertations and Theses (Open Access)

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is a highly aggressive malignancy with a very poor patient prognosis (5-year survival of ≤ 7%). While transcriptional profiling has aided in the classification of this disease into at least two broader subtypes, this alone has so far been insufficient to inform on more nuanced patterns of oncogenic dependency. We hypothesized that a more comprehensive and granular characterization of PDAC disease diversity is required to establish relevant context for targeted therapy. To this end, we sought to establish an integrated platform to: i) more comprehensively characterize differential oncogenic signaling across our tumor models, and ii) establish …

P53 Drives A Transcriptional Program That Elicits A Non-Cell-Autonomous Response And Alters Cell State In Vivo, Sydney Moyer

Dissertations and Theses (Open Access)

Cell stress and DNA damage activate the tumor suppressor p53, triggering transcriptional activation of a myriad of target genes. The molecular, morphological, and physiological consequences of this activation remain poorly understood in vivo. We activated a p53 transcriptional program in mice by deletion of Mdm2, a gene which encodes the major p53 inhibitor. By overlaying tissue-specific RNA-sequencing data from pancreas, small intestine, ovary, kidney, and heart with existing p53 ChIP-sequencing, we identified a large repertoire of tissue-specific p53 genes and a common p53 transcriptional signature of seven genes which included Mdm2 but not p21. Global p53 activation …

Novel Polymorphisms Of Zrsr2 And Gpm6b Gene Homologs And Their Use In Sex Identification Of Bovine And Porcine Species, Evan K. Peterson

All Graduate Theses and Dissertations, Spring 1920 to Summer 2023

Accurate and cost-effective PCR based sex identification is important in animal production because it gives producers the ability to determine the sex of embryos prior to transfer, saving time and money. The most efficient PCR sex identification assays work by using a single primer pair to amplify a specific target region located on the Y-chromosome and a second, separate target region on the X-chromosome.

This thesis reports the design of two novel assays. The first assay was designed to target the Zinc finger CCCH-type, RNA binding motif and serine/arginine rich 2 (ZRSR2) gene found on the X-chromosome and its Y-chromosome …

Estimation Of Additive And Dominance Effects Of A Mutant Glutathione S-Transferase Gene On Anthocyanin And Proanthocyanidin Content In Muscadine Grape (Vitis Rotundifolia), Autumn Brown

Horticulture Undergraduate Honors Theses

The skin color of muscadine grapes (Vitis rotundifolia) is typically classified as black or bronze. A glutathione S-transferase, VrunGST4, has been identified as a candidate gene for berry skin color in muscadine grapes. A molecular marker was developed within VrunGST4 to distinguish between muscadine genotypes (cultivars and selections) with bronze (T:T), heterozygote black (C:T), and homozygote black (C:C) berries. The objectives of this study were to determine whether there was a correlation between berry skin color and total anthocyanin content and to calculate additive and dominance effects of VrunGST4 in determining total anthocyanins in the berries and …

Evaluation Of The Xpert Carba-R Nxg Assay For Detection Of Carbapenemase Genes In A Global Challenge Set Of Pseudomonas Aeruginosa Isolates, Fred C. Tenover, Christian M. Gill, Tomefa E. Asempa, Isabella A. Tickler, Caitlin M. Dela Cruz, David P. Nicolau

Biology Faculty Publications

The growing prevalence and diversity of carbapenemase producers among carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa (CRPA) isolates warrants an expansion of detection capabilities. The purpose of this study was to evaluate the performance of the commercially available Xpert Carba-R (Carba-R) and the research-use-only Xpert Carba-R NxG (Carba-R NxG) in a global collection of P. aeruginosa. The challenge set included 123 P. aeruginosa clinical isolates from 12 countries. Isolates were previously categorized via PCR or whole-genome sequencing. Carbapenemase classes tested include VIM, IMP, NDM, SPM, KPC, and GES. Non-carbapenemase (non-CP)-harboring isolates were also tested (negative control). Isolates were tested using the Carba-R NxG and …

Genetic Polymorphism Of Bitter Taste Perception In Tempe, Arizona And Its Association With Nutritional Status, Daniel Woodley, Benjamin Cabrera

Annual Symposium on Biomathematics and Ecology Education and Research

No abstract provided.

Spatio-Temporal Dynamics Of Fungal Communities And Their Effects On Plants, Kel Cook

Biology ETDs

Fungi perform several critical functions in the environment. Spatiotemporal distributions of fungal communities will mediate when and where these functions happen and how they vary across the landscape. I first explored tropical tree canopy fungal community variation at small spatial scales and documented near total turnover of fungi across sub-meter distances and among adjacent substrates. The second chapter analyzed fungal turnover over the course of three years, where community stability was driven primarily by abundant fungi. In the third chapter, I tested effects of the environment, including host plant and habitat, on canopy fungal communities and found only small effects, …

Identification Of Novel Host Genes Required For Antiviral Immunity And Viral Genome Replication In C. Elegans, Fei Meng

LSU Doctoral Dissertations

RNA interference (RNAi) is a wide-spread gene silencing mechanism that control diverse biological functions and triggered by small interfering RNAs (siRNAs) processed from the viral genome or its replication intermediates. Mechanistic studies of antiviral RNAi in Caenorhabditis elegans has led to the identification of several critical factors involved in the process. As a result, whether antiviral RNAi requires additional novel genes remains to be an open question.

Viruses are intracellular parasites that rely on host products for reproduction. Disrupting their interaction with host factors can significantly compromise their replication and keep them under control. Thus, identification of host genes …