Open Access. Powered by Scholars. Published by Universities.®

Genetics and Genomics Commons™

Open Access. Powered by Scholars. Published by Universities.®

Molecular Genetics

Institution
Keyword
Publication Year
Publication
Publication Type
File Type

Articles 481 - 510 of 1693

Full-Text Articles in Genetics and Genomics

Sex Dimorphism In Hematopoiesis And Bone Marrow Niche, Xiaojing Cui Jan 2022

Sex Dimorphism In Hematopoiesis And Bone Marrow Niche, Xiaojing Cui

Theses and Dissertations--Toxicology and Cancer Biology

Hematopoietic stem cells (HSC), which are a rare population of cells existing in human circulating blood and bone marrow, can form the whole-blood system by their self-renewal capacity and differentiation ability. Sex dimorphism can be found in hematopoietic stem and progenitor cells, and in the development of hematopoietic lineages. Also, males are at higher risk and have a worse prognosis for most hematologic malignancies than females. Under normal conditions, the number of circulating progenitor cells in women is lower than in men. Furthermore, female mice have a higher rate of HSC division than male mice. A dramatic gender difference exists …

Go to article

การตรวจหายีนดื้อยากลุ่ม Β-Lactams จากมูลสุกรโดยตรง ด้วยเทคนิค Multiplex Polymerase Chain Reaction ร่วมกับ Lateral Flow Assay และเทคนิค Nested Polymerase Chain Reaction, นุชบา สุจันทา Jan 2022

การตรวจหายีนดื้อยากลุ่ม Β-Lactams จากมูลสุกรโดยตรง ด้วยเทคนิค Multiplex Polymerase Chain Reaction ร่วมกับ Lateral Flow Assay และเทคนิค Nested Polymerase Chain Reaction, นุชบา สุจันทา

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

สุกรเป็นอีกหนึ่งแหล่งกักเก็บเชื้อแบคทีเรียที่มียีนดื้อยาสร้างเอนไซม์ Extended-Spectrum β-Lactamases (ESBLs) ซึ่งสามารถแพร่กระจายยีนดื้อยามาสู่มนุษย์ สัตว์ และสิ่งแวดล้อมได้ ในการศึกษานี้จึงได้พัฒนาการตรวจหายีนสร้างเอนไซม์ ESBLs จากมูลสุกรโดยตรง ด้วยเทคนิค Multiplex polymerase chain reaction (mPCR), mPCR-Lateral flow assay (mPCR-LFA) และเทคนิค Nested PCR (nPCR) เปรียบเทียบกับการตรวจจากเชื้อ ESBL-producing Escherichia coli ซึ่งเพาะแยกจากมูลสุกรตัวอย่างเดียวกัน ด้วยเทคนิค PCR-sequencing เชื้อ ESBL-producing E. coli จำนวน 149 isolates ที่เพาะแยกจากมูลสุกรทั้งหมด 139 ตัวอย่าง พบความชุกของยีนชนิด blaCTX-M-15 (34.2%) มากที่สุด รองลงมาคือ blaCTX-M-15+TEM-1 (17.5%) และ blaCTX-M-55+TEM-1 (13.4%) โดยเชื้อ ESBL-producing E. coli ส่วนใหญ่มีการดื้อยาหลายขนาน โดยดื้อต่อยา Ceftriaxone (100%), Cefotaxime (100%), Ciprofloxacin (31.5%) และ Trimethoprim/Sulfamethoxazole (30.9%) ความไว ความจำเพาะ และขีดจำกัดของการตรวจจากเชื้อ ESBL-producing E. coli ด้วยเทคนิค mPCR-LFA เท่ากับ 100% และ 0.1-1 ng ตามลำดับ เทคนิค mPCR ที่พัฒนาขึ้น สำหรับตรวจจากมูลสุกรโดยตรง พบว่าต้องใช้ปริมาณเชื้อมากถึง 107 CFU จึงจะตรวจพบ โดยมีความไวในการตรวจยีน blaCTX-M และ blaTEM เท่ากับ 30.43% และ 87.65% ตามลำดับ ขีดจำกัดและความไวของการตรวจพบยีน blaCTX-M โดยตรง …

Go to article

Increasing Detection Sensitivity For Rare And Endangered Species In Kansas Through Development Of An Aquatic Environmental Dna Sampling Protocol, Sarah Hallyburton Jan 2022

Increasing Detection Sensitivity For Rare And Endangered Species In Kansas Through Development Of An Aquatic Environmental Dna Sampling Protocol, Sarah Hallyburton

Master's Theses or Doctor of Nursing Practice

Anthropogenic global climate change is forcing the mass extinction of wildlife across the globe. Humans depend on freshwater ecosystems for many aspects of life including agricultural production, sanitation, and recreation. Healthy levels of biodiversity in freshwater environments ensure economically beneficial ecosystem services are maintained. Freshwater ecosystems are hotspots for biodiversity and have higher levels of imperiled organisms compared to terrestrial and marine systems. Within freshwater systems, freshwater mussels (Family: Unionidae) are the most imperiled with over 70% of North American species assigned to a conservation class as judged by state or federal management agencies. The objective of this study was …

Go to article

Efficacy Of Non-Lethal Molecular Methods In Elucidating Distribution Of Gray Treefrog Complex (Hyla Chrysoscelis/Versicolor) In Kansas, Nora K. Lazerus Jan 2022

Efficacy Of Non-Lethal Molecular Methods In Elucidating Distribution Of Gray Treefrog Complex (Hyla Chrysoscelis/Versicolor) In Kansas, Nora K. Lazerus

Master's Theses or Doctor of Nursing Practice

Globally, amphibians are the most imperiled vertebrate taxa in part because they rely on both aquatic and terrestrial ecosystems. Specifically, their permeable skin makes them uniquely susceptible to habitat degradation and alteration. Cope’s Gray Treefrog (Hyla chrysoscelis) and the Gray Treefrog (Hyla versicolor) are a diploid-tetraploid, morphologically indistinguishable sister pair of cryptic anurans native to Kansas. Since 1987, the distribution of gray treefrogs in Kanas has extended west but the status of each species in the complex in Kansas is not known beyond its documented combined western expansion. Currently, species identification cannot be determined by nonlethal …

Go to article

Immunoregulatory Receptor Genetics, Expression, And Splicing Studies In Alzheimer’S Disease, Benjamin C. Shaw Jan 2022

Immunoregulatory Receptor Genetics, Expression, And Splicing Studies In Alzheimer’S Disease, Benjamin C. Shaw

Theses and Dissertations--Physiology

Microglia are the resident immune cells of the brain, undertaking many critical tissue maintenance functions such as immune surveillance and phagocytosis. Microglial dysfunction has recently been identified as a multi-stage signature of many neurodegenerative diseases, including late-onset Alzheimer’s Disease (LOAD). Genome-wide association studies (GWAS) have identified single nucleotide polymorphisms (SNPs) in over thirty genes that modulate risk of developing LOAD. In the central nervous system, roughly half of these LOAD-associated genes are primarily expressed in microglia. The proteins encoded by these genes include cell surface receptors that contain either immunomodulatory tyrosine-phosphorylated activating motifs (ITAMs) or inhibitory motifs (ITIMs), including TREM2 …

Go to article

The Role Of Nitric Oxide In Inter- And Intra- Cellular Signaling In Plant Defense, Fan Xia Jan 2022

The Role Of Nitric Oxide In Inter- And Intra- Cellular Signaling In Plant Defense, Fan Xia

Theses and Dissertations--Plant Pathology

Plants have evolved a sophisticated immune system to defend themselves against pathogens. This immune response can be triggered in response to pathogen-associated molecular patterns (PAMP) or specialized effectors that are recognized by the plant resistance (R) proteins. The latter, commonly referred to as effector-triggered immunity (ETI), is well known to induce broad-spectrum resistance throughout the plants. This phenomenon known as systemic acquired resistance (SAR) is regulated by several chemical signals including salicylic acid (SA), and free radical nitric oxide (NO) and reactive oxygen species (ROS). These signals operate in two parallel branches with NO/ROS functioning downstream of pipecolic acid (Pip) …

Go to article

Analysis Of Root System Architecture And Qtl Identification In Grapevines, Sujan Thapa Jan 2022

Analysis Of Root System Architecture And Qtl Identification In Grapevines, Sujan Thapa

Graduate Theses/Dissertations

The root system of the plant plays a vital role in water and nutrient uptake. Native North American grapevines adapted to a broad range of climatic and soil conditions, which led to the evolution of diverse root system architecture (RSA) within the Vitis genus. Despite the importance of RSA in viticulture, little is known about the genetic basis of the RSA in grapevine. I used novel root phenotyping tool, RhizoVision Analyzer to characterize the root system of 208 genotypes of an F1 grapevine progeny obtained from a cross between Vitis rupestris Scheele B38 and Vitis riparia Michx. HP-1. Dormant …

Go to article

Characterizing Drought Adaptations, Phenotypic Plasticity, And Fixed Gene Expression Patterns Within Quercus, James K. Rauschendorfer Jan 2022

Characterizing Drought Adaptations, Phenotypic Plasticity, And Fixed Gene Expression Patterns Within Quercus, James K. Rauschendorfer

Dissertations, Master's Theses and Master's Reports

This dissertation was written on topics related to the genus Quercus with a primary focus on Quercus ellipsoidalis (northern pin oak) and Quercus rubra (northern red oak). Within this dissertation are chapters related to the setup of experimental common gardens within the Ford and Kellogg experimental forest, a literature review describing drought adaptations of Quercus sect. Lobatae (red oak group), identification of transcription factors within the Q. robur (English oak) and Q. rubra genomes, a study comparing leaf trait phenotypic plasticity of Q. ellipsoidalis and Q. rubra, and an RNA-seq experiment studying ecological speciation between Q. ellipsoidalis and Q. …

Go to article

Prevalence Of Mutations In The Pfdhfr, Pfdhps, And Pfmdr1 Genes Of Malarial Parasites Isolated From Symptomatic Patients In Dogondoutchi, Niger, Ibrahima Issa, Mahaman Moustapha Lamine, Veronique Hubert, Amadou Ilagouma, Eric Adehossi, Aboubacar Mahamadou, Neil F. Lobo, Demba Sarr, Lisa M. Shollenberger, Houze Sandrine, Ronan Jambou, Ibrahim Maman Laminou Jan 2022

Prevalence Of Mutations In The Pfdhfr, Pfdhps, And Pfmdr1 Genes Of Malarial Parasites Isolated From Symptomatic Patients In Dogondoutchi, Niger, Ibrahima Issa, Mahaman Moustapha Lamine, Veronique Hubert, Amadou Ilagouma, Eric Adehossi, Aboubacar Mahamadou, Neil F. Lobo, Demba Sarr, Lisa M. Shollenberger, Houze Sandrine, Ronan Jambou, Ibrahim Maman Laminou

Biological Sciences Faculty Publications

The effectiveness of artemisinin-based combination therapies (ACTs) depends not only on that of artemisinin but also on that of partner molecules. This study aims to evaluate the prevalence of mutations in the Pfdhfr, Pfdhps, and Pfmdr1 genes from isolates collected during a clinical study. Plasmodium genomic DNA samples extracted from symptomatic malaria patients from Dogondoutchi, Niger, were sequenced by the Sanger method to determine mutations in the Pfdhfr (codons 51, 59, 108, and 164), Pfdhps (codons 436, 437, 540, 581, and 613), and Pfmdr1 (codons 86, 184, 1034, and 1246) genes. One hundred fifty-five (155) pre-treatment samples were …

Go to article

Amelioration Of Mitochondrial Bioenergetic Dysfunction In Diabetes Mellitus: Delving Into Specialized And Non-Specific Therapeutics For The Ailing Heart, Andrya Jean Durr Jan 2022

Amelioration Of Mitochondrial Bioenergetic Dysfunction In Diabetes Mellitus: Delving Into Specialized And Non-Specific Therapeutics For The Ailing Heart, Andrya Jean Durr

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Morbidity and mortality of the diabetic population is influenced by many confounding factors, but cardiovascular disease (CVD), remains the leading cause of death. Mitochondrial dysfunction is central in the development of cardiac contractile dysfunction, with decreased mitochondrial bioenergetic function, increased dependence on free fatty acid utilization, and a decrease in glucose utilization having been shown to contribute to contractile dysfunction. Strategies targeting the amelioration of mitochondrial bioenergetic function are attractive for limiting diabetes-induced heart failure, and preserving health-span. The goals of this dissertation were to assess two mitochondrial-centric approaches for the amelioration of mitochondrial and cardiac contractile dysfunction in diabetes …

Go to article

Getting To The Root Cause: The Genetic Underpinnings Of Root System Architecture And Rhizodeposition In Sorghum, Farren Smith Jan 2022

Getting To The Root Cause: The Genetic Underpinnings Of Root System Architecture And Rhizodeposition In Sorghum, Farren Smith

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Plants are some of the most diverse organisms on earth, consisting of more than 350,000 different species. To understand the underlying processes that contributed to plant diversification, it is fundamental to identify the genetic and genomic components that facilitated various adaptations over evolutionary history. Most studies to date have focused on the underlying controls of above-ground traits such as grain and vegetation; however, little is known about the “hidden half” of plants. Root systems comprise half of the total plant structure and provide vital functions such as anchorage, resource acquisition, and storage of energy reserves. The execution of these key …

Go to article

Cloning Of Root-Specific Promoters In Helianthus Annuus And Populus Trichocarpa, Jacob Murphy Jan 2022

Cloning Of Root-Specific Promoters In Helianthus Annuus And Populus Trichocarpa, Jacob Murphy

Masters Theses

Tissue-specific promoters are a valuable tool in plant biotechnology because they allow for precise spatial control of transgene expression. To identify root-specific promoters in sunflower (Helianthus annuus), sunflower RNA sequence (RNA-seq) data were screened in silico by Pavlidis Template Matching (PTM) with a root-specific template. Eight root-specific genes were identified in sunflower. The 2.5kbp promoter regions of six of these root-specific sunflower genes (HaTOR1L3, HaGOXL3A, HaGOXL3B, HaAPA1, HaPOE1, and HaMOP10) were successfully cloned as well as the 3kbp promoter regions of four root-specific genes previously identified in poplar (Populus trichocarpa …

Go to article

Phylogenetic Origins And Age-Based Proportions Of Malacho (Elops Smithi) Relative To Ladyfish (Elops Saurus): Species On The Move In The Western Gulf Of Mexico, Damon Williford, Nicolette S. Beeken, Joel Anderson, Polly Hajovsky, Roberta Weixelman Jan 2022

Phylogenetic Origins And Age-Based Proportions Of Malacho (Elops Smithi) Relative To Ladyfish (Elops Saurus): Species On The Move In The Western Gulf Of Mexico, Damon Williford, Nicolette S. Beeken, Joel Anderson, Polly Hajovsky, Roberta Weixelman

Gulf and Caribbean Research

Two species of ladyfish occur in the Gulf of Mexico (GOM), Elops saurus and Elops smithi, that are morphologically indistinguishable except for vertebral counts but can also be identified by mitochondrial DNA haplotypes. Here we expand on previous work, most of which has occurred in Florida, and examine the demography, phylogenetics, geographic distribution, and age—structure of ladyfishes in Texas estuaries. Fishery—independent gill net data demonstrated that ladyfishes increase in abundance from north to south along the Texas coast. The abundance of ladyfishes also increased in Texas waters from 1982–2021, which coincides with recent trends of warmer winters. Genetic data …

Go to article

Amblyomma Quadricavum (Schulze, 1941) (Acari:Ixodidae): First Description Of The Nymphal Stage And Phylogenetic Assessment Of Its Taxonomic Status, Ashleigh V. Riggs Jan 2022

Amblyomma Quadricavum (Schulze, 1941) (Acari:Ixodidae): First Description Of The Nymphal Stage And Phylogenetic Assessment Of Its Taxonomic Status, Ashleigh V. Riggs

College of Graduate Studies: Theses & Dissertations

The hard tick (Acari: Ixodidae) Amblyomma quadricavum (Schulze, 1941) is a parasite of snakes and is endemic to the Caribbean region. Morphological characters of this species, namely its rudimentary eye structures, have led to debate about its taxonomic status. The species was originally assigned to the genus Aponomma. However, with revisions of the genus Aponomma, and the recent creation of new genera created for some basal former-Aponomma, it has been suggested that perhaps Amblyomma quadricavum might be a close relative of Robertsicus elaphensis, the Trans-Pecos rat snake tick of the southwest United States and New Mexico, another eyeless former-Aponomma species …

Go to article

การพัฒนาชุดตรวจออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูง ด้วยเทคนิค Paper-Based Immunogold-Silver Enhancement Assay, ปิยวดี ประดิษฐ์นวกุล Jan 2022

การพัฒนาชุดตรวจออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูง ด้วยเทคนิค Paper-Based Immunogold-Silver Enhancement Assay, ปิยวดี ประดิษฐ์นวกุล

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูง (High-density lipoprotein; HDL) มีบทบาทสำคัญในการป้องกันการเกิดโรคหัวใจขาดเลือด ต้านการอักเสบของหลอดเลือด และยับยั้งการเกิด LDL-oxidation แต่การทำงานของ HDL จะสูญเสียไปเมื่อ HDL ถูกทำลายด้วยอนุมูลอิสระ กลายเป็น oxidized HDL (oxHDL) การวัดระดับ HDL-cholesterol เป็นการประเมินด้านปริมาณแต่ไม่สามารถบอกการทำงานของ HDL ได้ หากสามารถวัดระดับ oxHDL ควบคู่ไปกับระดับ HDL-cholesterol ทำให้การพยากรณ์การเกิดโรคหัวใจขาดเลือดได้แม่นยำขึ้น แต่การวิเคราะห์ระดับ oxHDL ต้องใช้เครื่องมือจำเพาะและน้ำยามีราคาสูง งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาชุดตรวจวิเคราะห์ oxHDL ด้วยหลักการ Paper-based Immunogold silver-enhanced assay โดยออกแบบฐานกระดาษมีลักษณะเดียวกับ microtiter plate ตรึงแอนติบอดีต่อ 4-Hydroxynonenal (anti-HNE) ซึ่งเป็นผลผลิตจากกรดไขมันที่ถูกออกซิไดซ์ oxHDL ในตัวอย่างจับกับ anti-HNE บนกระดาษ ใช้ anti-APO AI ที่มีความจำเพาะต่อ HDL ที่ติดฉลากกับอนุภาคของทองคำและขยายสัญญาณด้วย silver ion อ่านผลด้วยเครื่องสแกนและวิเคราะห์ความเข้มสีด้วยโปรแกรม Photoshop CS64 ผลการวิเคราะห์ความเป็นเส้นตรงระหว่าง oxHDL กับ ความเข้มสี พบว่า มีความสัมพันธ์เป็นเส้นตรงที่ความเข้มข้นตั้งแต่ 0-300 ng/mL ( r2 = 0.946) ผลการทดสอบความถูกต้องของชุดทดสอบ ใช้ซีรัมจำนวน 32 ราย วิเคราะห์ปริมาณ oxHDL ด้วยวิธีที่พัฒนาขึ้นและวิธี Sandwich ELISA หาความสัมพันธ์ระหว่างปริมาณ oxHDL ที่วิเคราะห์ได้จากทั้งสองวิธีด้วย Pearson correlation coefficient พบว่า ค่า correlation coefficient (r) = 0.527 และมีค่า p-value =0.002 แสดงให้เห็นว่าทั้งสองวิธีมีความสัมพันธ์มีความสัมพันธ์กันในระดับกลางอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ อุปกรณ์ตรวจวิเคราะห์ออกซิไดซ์ไลโพโปรตีนชนิดความหนาแน่นสูงฐานกระดาษเป็นต้นแบบที่สามารถนำไปต่อยอดและพัฒนา เพื่อประยุกต์ใช้ในการตรวจปริมาณ oxHDL …

Go to article

ผลของ Lactobacillus Rhamnosus Gg ร่วมกับสารเคอคิวมินต่อการยับยั้งการมีชีวิตและกระตุ้นการตายแบบอะพอพโตซิสของเซลล์มะเร็งช่องปากชนิดสความัสเซลล์คาร์ซิโนมา, ชัชพันธุ์ อุดมพัฒนากร Jan 2022

ผลของ Lactobacillus Rhamnosus Gg ร่วมกับสารเคอคิวมินต่อการยับยั้งการมีชีวิตและกระตุ้นการตายแบบอะพอพโตซิสของเซลล์มะเร็งช่องปากชนิดสความัสเซลล์คาร์ซิโนมา, ชัชพันธุ์ อุดมพัฒนากร

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

มะเร็งช่องปากชนิดสความัสเซลล์คาร์ซิโนมา (Oral squamous cell carcinoma, OSCC) จัดเป็นมะเร็งที่พบได้บ่อยที่สุดของ มะเร็งศรีษะและลำคอ เคอคิวมินเป็นสารออกฤทธิ์หลักซึ่งพบได้ในขมิ้นชันและถูกใช้เป็นสมุนไพรสำหรับการรักษาโรคต่าง ๆ หลายชนิด รวมทั้ง ได้รับการพิสูจน์ในห้องปฏิบัติการแล้วว่ามีคุณสมบัติในการยับยั้งเซลล์มะเร็งได้หลากหลายประเภท ในขณะที่โพรไบโอติกแบคทีเรีย Lactobacillus rhamnosus GG (LGG) ได้รับการพิสูจน์ในห้องปฏิบัติการถึงคุณสมบัติในการยับยั้งเซลล์มะเร็งได้หลากหลายชนิดเช่นกัน และ มีรายงานถึงการนำ LGG ไปใช้ร่วมกับสารผลิตภัณฑ์ธรรมชาติชนิดอื่น ๆ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของสารธรรมชาตินั้นอีกด้วย ดังนั้นวัตถุประสงค์ ของการศึกษาในครั้งนี้คือ เพื่อศึกษาผลของการใช้เคอคิวมินร่วมกับน้ำเลี้ยงส่วนใสของแบคทีเรีย LGG (LGG cell-free supernatant, LGG CFS) ในการยับยั้งการมีชีวิตและกระตุ้นให้เซลล์มะเร็งช่องปากชนิด OSCC (SCC-9 cells) เกิดการตายแบบอะพอพโตซิส ผลการศึกษาพบว่า เคอคิวมินและ LGG CFS มีคุณสมบัติในการยับยั้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9 cells โดยขึ้นอยู่กับความเข้มข้นที่ใช้ การใช้เคอคิว มินและ LGG CFS ที่ความเข้มข้นสูง (Curcumin 40 µg/ml และ 25% (volume/volume) LGG CFS ที่ความเข้มข้น 108 CFU/ml หรือความ เข้มเข้นเริ่มต้น (undiluted condition)) ในรูปแบบการใช้สารเดี่ยวหรือสารผสมร่วมกัน ส่งผลยับยั้งการมีชีวิตของทั้งเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC9 cells และเซลล์เนื้อเยื่อเหงือก (human gingival fibroblast, HGF cells) เมื่อเปรียบเทียบกับสภาวะควบคุม (p<0.0001 สำหรับการใช้สาร เดี่ยวในเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9 และการใช้สารเดี ่ยวและสารผสมในเซลล์เนื ้อเยื ่อเหงือก HGF และ p=0.02 สำหรับการใช้สารผสมใน เซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9) ในขณะที ่การใช้เคอคิวมินและ LGG CFS ในรูปแบบของสารผสมร่วมกันที ่ระดับความเข้มข้นต่ำ (Curcumin 5 µg/ml และ 25% (v/v) LGG CFS ความเข้มข้น 1:100 เท่าจากระดับความเข้มข้นเริ ่มต้น) สามารถยับยั ้งการมีชีวิตของเซลล์มะเร็งช่องปาก SCC-9 ได้อย่างมีประสิทธิภาพเมื่อเปรียบเทียบกับสภาวะการใช้สารเดี่ยวของเคอคิวมินและ LGG CFS ที่ระดับความเข้มข้นต่ำ และสภาวะควบคุม (p<0.0001, p=0.002 และ p=0.02 ตามลำดับ) และไม่ส่งผลต่อการมีชีวิตของเซลล์เนื้อเยื่อเหงือก HGF เมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุม (p=0.14) ผลการวิเคราะห์ Flow analysis พบว่าสภาวะการใช้เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ สามารถเหนี่ยวนำให้ เซลล์มะเร็ง SCC-9 เกิดการตายแบบอะพอพโตซิสได้มากขึ้นอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติเมื่อเปรียบเทียบกับการใช้สารเดี่ยวและสภาวะควบคุม (p<0.0001 ในทุกสภาวะ) นอกจากนั้นสภาวะการใช้เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ สามารถเหนี่ยวนำให้เซลล์มะเร็ง SCC-9 มีระดับการแสดงออกของ Bax/Bcl-2 ratio ที่สูงขึ้น ซึ่งมีผลให้ให้เซลล์มะเร็งเกิดการตายแบบอะพอพโตซิสต่อไป อย่างไรก็ตามสภาวะ เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ ส่งผลต่อระดับการแสดงออกของโปรตีน caspase-3 ที ่สูงขึ้นอย่างไม่มีนัยสำคัญ (p=0.12) แต่ไม่มีผลต่อระอัตราส่วนการแสดงออกของโปรตีน Bcl-xL/Bak และโปรตีน Mcl-1/Bak เมื่อเทียบกับกลุ่มควบคุม (p=0.53 และ p=0.34 ตามลำดับ) การวิเคราะห์ LGG CFS ที่ความเข้มข้น 1:100 เท่าจากระดับความเข้มข้นเริ่มต้น ด้วยเทคนิค LC-MS/MS พบสารประเภท โปรตีนทั้งหมด 30 ชนิด ได้แก่ metabolic enzyme and protein จำนวน 26 ชนิด และ surface layer protein จำนวน 4 ชนิด การใช้สาร เคอคิวมินและ LGG CFS ร่วมกันที่ระดับความเข้มข้นต่ำ น่าจะมีผลในการยับยั้งเซลล์มะเร็งช่องปากชนิด SCC-9 แต่ไม่มีผลกระทบต่อเซลล์ เหงือก HGF ผลการศึกษาในครั้งนี้อาจนำไปสู่การพัฒนาวิธีป้องกันหรือรักษามะเร็งช่องปากชนิด OSCC รูปแบบใหม่ได้ในอนาคต

Go to article

Identifying The Human Homologs Of Yeast Rab Proteins Ypt10 & Ypt11 And A Global-Scale Louse Endosymbiont Genome Variation, Nathaniel P. Smith Jan 2022

Identifying The Human Homologs Of Yeast Rab Proteins Ypt10 & Ypt11 And A Global-Scale Louse Endosymbiont Genome Variation, Nathaniel P. Smith

Theses and Dissertations

Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a late-onset fatal neurodegenerative disease that causes loss of upper and/or lower motor neurons, and currently has no treatment or cure available. Over 90% of cases occur spontaneously with unknown causes, highlighting the complexity of the disease, and only 10% of cases are linked to heritable genetic mutations. Numerous ALS-linked genes are conserved through evolution, and model organisms may therefore provide opportunities to understand disease pathology at a molecular or cellular level, proving instrumental in identifying therapeutic targets. ALS subtype 8 (ALS8) is caused by an autosomal dominant P56S mutation in the VAPB gene that …

Go to article

Phylogenetic And Geographic Relationships Of Cheilostome Bryozoans In The Eastern Pacific, Hannah E. Lee Jan 2022

Phylogenetic And Geographic Relationships Of Cheilostome Bryozoans In The Eastern Pacific, Hannah E. Lee

Cal Poly Humboldt theses and projects

The phylum Bryozoa is an incredibly diverse group of marine invertebrates with a widespread global distribution that is well suited for evolutionary studies but whose phylogenetic relationships are still poorly understood. Although recent studies on bryozoan taxonomies and phylogenies have increased, there is still a lack of assessment of species found at shallow water (<1 m) to intertidal depths. In this study, I aimed to expand the taxonomic sampling and assessment of the phylogenetic diversity of cheilostome bryozoans along the California coastline by utilizing mitochondrial DNA as well as inferring potential correlations between species presence and dispersal range both within and between rocky outer coast and sheltered harbor habitats. Illumina high-throughput sequencing was used to produce mitogenomes for cheilostome bryozoan samples collected off rocks from two rocky intertidal sites and off settlement panels from two harbor sites. Phylogenetic analyses generated evolutionary hypotheses of species relationships alongside geographic mapping of their distribution. This study identified 15 distinct species that represent 10 different families to form the first comprehensive phylogeny for multiple bryozoan families in California across a total range of approximately 973 km of coastline. Three genetically distinct species were found at multiple sites that are separated by a combination of rocky shores and sandy beaches, which indicates that the dispersal range of these species are not limited by geographic barriers along the coast of California. These results provide a future opportunity for further integration of this data with the phylogenies generated in this study to examine more robust evolutionary hypotheses for the phylogenetic and geographic relationships of Californian bryozoan species.

Go to article

Examining Development And Function Of Pretectal Visual Neural Circuits In Gs Homeobox 1 Mutant Zebrafish, Alexandra Rose Schmidt Jan 2022

Examining Development And Function Of Pretectal Visual Neural Circuits In Gs Homeobox 1 Mutant Zebrafish, Alexandra Rose Schmidt

Graduate Theses, Dissertations, and Problem Reports (ETD)

Brain development requires a coordinated genetic code to regulate initial cell identity determination, migration, and connectivity, to establish function of neural circuits. Independent neural circuits underlie our ability to produce both complex and innate behavioral responses to sensory stimuli that are often conserved across vertebrate organisms. Sensory processing disruptions are associated with several neurodevelopmental disorders (NDDs). Therefore, gene mutations altering neurodevelopment can lead to changes influencing structure and function of individual neural circuits, causing behavioral deviations in sensory responsiveness. Crucial gene networks that define functional properties of sensory domains are often explored using non-mammalian vertebrate models, such as the zebrafish. …

Go to article

Evaluating A Test For Shedding Propensity Using Tape Lifts From Different Skin Locations, Xiao M. Chen Dec 2021

Evaluating A Test For Shedding Propensity Using Tape Lifts From Different Skin Locations, Xiao M. Chen

Student Theses

The shedding propensity of a person can assist data interpretation in casework when assessing the possibility of passive transfer for DNA analysis. Past studies on shedding propensity evaluated palmar skin (washed and unwashed) deposits. This study compared different skin locations with respect to shedding propensity, and explored the potential of tape-lifts as a skin surface collection method. Eight different skin types and samples were collected with adhesive tape disks from 28 participants over three non-consecutive days; the washed and unwashed fingers from both hands, toe, and arm, neck below ear, and nape. Samples were extracted, quantified, amplified, genotyped, and evaluated …

Go to article

Investigation Of Mitochondrial Inheritance In The Smut Fungus Sporisorium Reilianum., Hector Eduardo Mendoza Dec 2021

Investigation Of Mitochondrial Inheritance In The Smut Fungus Sporisorium Reilianum., Hector Eduardo Mendoza

Electronic Theses and Dissertations

An important goal in evolutionary biology is to address the origin of Earth’s immense biodiversity through the evolution of complex sexual reproduction mechanisms in eukaryotes. Inheritance of mitochondria during sexual reproduction has received special attention in recent years, as these organelles cannot be synthesized de novo and must be transmitted from parent to offspring. The importance of these organelles far exceeds its common function as the energy-producing “powerhouse” of the cell, as it has been found to also be involved in fundamental processes like apoptosis, aging and metabolic homeostasis. Thus, appropriate inheritance of mitochondria is essential for growth and development …

Go to article

Mutant Kras Alters Extracellular Vesicle Microrna Sorting In Pancreatic Cystic Neoplasms, Rachel L. Dittmar Dec 2021

Mutant Kras Alters Extracellular Vesicle Microrna Sorting In Pancreatic Cystic Neoplasms, Rachel L. Dittmar

Dissertations and Theses (Open Access)

Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is among the deadliest cancers by organ site with a 5-year survival rate of just 10.8%. This is largely because most patients do not experience symptoms until the disease has already metastasized. The best hope to cure PDAC is surgery, which can only be done with a curative intent at an early stage when the disease is localized. There are no reliable circulating, body-fluid-based biomarkers to detect early stage PDAC or its precursor lesions in a timely manner for effective surgical intervention. When potential PDAC precursor lesions, such as mucinous pancreatic cysts are found, there are …

Go to article

Deciphering The Role Of Hsp110 Chaperones In Diseases Of Protein Misfolding, Unekwu M. Yakubu Dec 2021

Deciphering The Role Of Hsp110 Chaperones In Diseases Of Protein Misfolding, Unekwu M. Yakubu

Dissertations and Theses (Open Access)

Molecular chaperones maintain protein homeostasis (proteostasis) by ensuring the proper folding of polypeptides. Loss of proteostasis has been linked to the onset of numerous neurodegenerative disorders including Alzheimer’s, Parkinson’s, and Huntington’s disease. Hsp110 is a member of the Hsp70 class of molecular chaperones and acts as a nucleotide exchange factor (NEF) for Hsp70, the preeminent Hsp70-family protein folding chaperone. Hsp110 promotes rapid cycling of ADP for ATP, allowing Hsp70 to properly fold nascent or unfolded polypeptides in iterative cycles. In addition to its NEF activity, Hsp110 possesses an Hsp70-like substrate binding domain (SBD) whose biological roles are undefined. Previous work …

Go to article

Genome-Wide Analyses Of Genomic Variation Regulating Differential Stress Responses In Japanese Quail, Steven Anthony Shumaker Dec 2021

Genome-Wide Analyses Of Genomic Variation Regulating Differential Stress Responses In Japanese Quail, Steven Anthony Shumaker

Graduate Theses and Dissertations

As consumer demands for poultry grow, producers work to improve bird productivity in both meat and egg production. This endeavor is multifaceted, as many different factors play a part in influencing the productivity of birds, including environmental conditions, overall health, and genetic potential. One aspect controlled for in all aspects of poultry production optimization is stress management. Mitigation of stress is of primary concern to producers, as improper stress management can have many deleterious effects on chickens. Stress management requires an understanding of poultry stress responses and their physiological mechanisms, which can be more deeply understood through genomic analysis. Chapter …

Go to article

Comparison Of Multiple Imputation Algorithms And Verification Using Whole-Genome Sequencing In The Cmuh Genetic Biobank, Ting-Yuan Liu, Chih-Fan Lin, Hsing-Tsung Wu, Ya-Lun Wu, Yu-Chia Chen, Chi-Chou Liao, Yu-Pao Chou, Dysan Chao, Hsing-Fang Lu, Ya-Sian Chang, Jan-Gowth Chang, Kai-Cheng Hsu, Fuu‑Jen Tsai Nov 2021

Comparison Of Multiple Imputation Algorithms And Verification Using Whole-Genome Sequencing In The Cmuh Genetic Biobank, Ting-Yuan Liu, Chih-Fan Lin, Hsing-Tsung Wu, Ya-Lun Wu, Yu-Chia Chen, Chi-Chou Liao, Yu-Pao Chou, Dysan Chao, Hsing-Fang Lu, Ya-Sian Chang, Jan-Gowth Chang, Kai-Cheng Hsu, Fuu‑Jen Tsai

BioMedicine

A genome-wide association study (GWAS) can be conducted to systematically analyze the contributions of genetic factors to a wide variety of complex diseases. Nevertheless, existing GWASs have provided highly ethnic specific data. Accordingly, to provide data specific to Taiwan, we established a large-scale genetic database in a single medical institution at the China Medical University Hospital. With current technological limitations, microarray analysis can detect only a limited number of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) with a minor allele frequency of >1%. Nevertheless, imputation represents a useful alternative means of expanding data. In this study, we compared four imputation algorithms in terms of …

Go to article

Dual Activities Of Acc Synthase: Novel Clues Regarding The Molecular Evolution Of Acs Genes, Chang Xu, Bowei Hao, Gongling Sun, Yuanyuan Mei, Lifang Sun, Yunmei Sun, Yibo Wang, Yongyan Zhang, Wei Zhang, Mengyuan Zhang, Yue Zhang, Dan Wang, Zihe Rao, Xin Li, Jeffery Shen, Ning Ning Wang Nov 2021

Dual Activities Of Acc Synthase: Novel Clues Regarding The Molecular Evolution Of Acs Genes, Chang Xu, Bowei Hao, Gongling Sun, Yuanyuan Mei, Lifang Sun, Yunmei Sun, Yibo Wang, Yongyan Zhang, Wei Zhang, Mengyuan Zhang, Yue Zhang, Dan Wang, Zihe Rao, Xin Li, Jeffery Shen, Ning Ning Wang

Life Sciences Faculty Research

Ethylene plays profound roles in plant development. The rate-limiting enzyme of ethylene biosynthesis is 1-aminocyclopropane-1-carboxylate (ACC) synthase (ACS), which is generally believed to be a single-activity enzyme evolving from aspartate aminotransferases. Here, we demonstrate that, in addition to catalyzing the conversion of S-adenosyl-methionine to the ethylene precursor ACC, genuine ACSs widely have Cβ-S lyase activity. Two N-terminal motifs, including a glutamine residue, are essential for conferring ACS activity to ACS-like proteins. Motif and activity analyses of ACS-like proteins from plants at different evolutionary stages suggest that the ACC-dependent pathway is uniquely developed in seed plants. A putative catalytic mechanism for …

Go to article

Interleukin-10 Suppression Enhances T-Cell Antitumor Immunity And Responses To Checkpoint Blockade In Chronic Lymphocytic Leukemia., J R Rivas, Y Liu, S S Alhakeem, J M Eckenrode, F Marti, J P Collard, Y Zhang, K A Shaaban, N Muthusamy, G C Hildebrandt, L Chen, J S Thorson, M Leggas, Subbarao Bondada Nov 2021

Interleukin-10 Suppression Enhances T-Cell Antitumor Immunity And Responses To Checkpoint Blockade In Chronic Lymphocytic Leukemia., J R Rivas, Y Liu, S S Alhakeem, J M Eckenrode, F Marti, J P Collard, Y Zhang, K A Shaaban, N Muthusamy, G C Hildebrandt, L Chen, J S Thorson, M Leggas, Subbarao Bondada

Microbiology, Immunology, and Molecular Genetics Faculty Publications

T-cell dysfunction is a hallmark of B-cell Chronic Lymphocytic Leukemia (CLL), where CLL cells downregulate T-cell responses through regulatory molecules including programmed death ligand-1 (PD-L1) and Interleukin-10 (IL-10). Immune checkpoint blockade (ICB) aims to restore T-cell function by preventing the ligation of inhibitory receptors like PD-1. However, most CLL patients do not respond well to this therapy. Thus, we investigated whether IL-10 suppression could enhance antitumor T-cell activity and responses to ICB. Since CLL IL-10 expression depends on Sp1, we utilized a novel, better tolerated analogue of the Sp1 inhibitor mithramycin (MTM

Go to article

The Role Of The Filifactor Alocis Hypothetical Protein Fa519 In Oxidative Stress Resistance, Ezinne Rebecca Aja Nov 2021

The Role Of The Filifactor Alocis Hypothetical Protein Fa519 In Oxidative Stress Resistance, Ezinne Rebecca Aja

Loma Linda University Electronic Theses, Dissertations & Projects

Filifactor alocis, a fastidious, Gram-positive, obligate anaerobic bacterium, is a newly appreciated member of the periodontal community, which is now proposed to be a diagnostic indicator of periodontal disease. Its pathogenic characteristics are highlighted by its ability to survive in the oxidative-stress rich environment of the periodontal pocket and to significantly alter the microbial community dynamics by forming biofilms and interacting with several oral bacteria. Currently, there is incomplete information on the pathogenic mechanism(s) and a possible dynamic functional role of F. alocis in the dysbiotic microbial community. Because the stress response of this bacterium to the oxidative environment …

Go to article

Regulatory Non-Coding Rnas Modulate Transcriptional Activation During B Cell Development, Mary Attaway, Tzippora Chwat-Edelstein, Bao Q. Vuong Oct 2021

Regulatory Non-Coding Rnas Modulate Transcriptional Activation During B Cell Development, Mary Attaway, Tzippora Chwat-Edelstein, Bao Q. Vuong

Publications and Research

B cells play a significant role in the adaptive immune response by secreting immunoglobulins that can recognize and neutralize foreign antigens. They develop from hematopoietic stem cells, which also give rise to other types of blood cells, such as monocytes, neutrophils, and T cells, wherein specific transcriptional programs define the commitment and subsequent development of these different cell lineages. A number of transcription factors, such as PU.1, E2A, Pax5, and FOXO1, drive B cell development. Mounting evidence demonstrates that non-coding RNAs, such as microRNAs (miRNAs) and long non-coding RNAs (lncRNAs), modulate the expression of these transcription factors directly by binding …

Go to article

Global Gene Expression Analysis Of Systemic Sclerosis Myofibroblasts Demonstrates A Marked Increase In The Expression Of Multiple Nbpf Genes, Giuseppina Abignano, Heidi Hermes, Sonsoles Piera-Velazquez, Sankar Addya, Francesco Del Galdo, Sergio A. Jimenez Oct 2021

Global Gene Expression Analysis Of Systemic Sclerosis Myofibroblasts Demonstrates A Marked Increase In The Expression Of Multiple Nbpf Genes, Giuseppina Abignano, Heidi Hermes, Sonsoles Piera-Velazquez, Sankar Addya, Francesco Del Galdo, Sergio A. Jimenez

Kimmel Cancer Center Faculty Papers

Myofibroblasts are the key effector cells responsible for the exaggerated tissue fibrosis in Systemic Sclerosis (SSc). Despite their importance to SSc pathogenesis, the specific transcriptome of SSc myofibroblasts has not been described. The purpose of this study was to identify transcriptome differences between SSc myofibroblasts and non-myofibroblastic cells. Alpha smooth muscle actin (α-SMA) expressing myofibroblasts and α-SMA negative cells were isolated employing laser capture microdissection from dermal cell cultures from four patients with diffuse SSc of recent onset. Total mRNA was extracted from both cell populations, amplified and analyzed employing microarrays. Results for specific genes were validated by Western blots …

Go to article

First Prev Next Last