Open Access. Powered by Scholars. Published by Universities.®
Articles 1 - 3 of 3
Full-Text Articles in Genetics and Genomics
ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและแบบจำลองทำนายการเกิดโรคข้อเข่าเสื่อมในประชากรไทย, จุฑามาศ สิทธิกรไพบูลย์
ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและแบบจำลองทำนายการเกิดโรคข้อเข่าเสื่อมในประชากรไทย, จุฑามาศ สิทธิกรไพบูลย์
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
ข้อเสื่อมเป็นโรคที่ข้อต่อเสื่อมสภาพบริเวณของกระดูกอ่อนข้อต่อ โรคนี้สามารถพบได้ทั่วไปในประชากรผู้สูงอายุ ซึ่งส่งผลต่อการเกิดภาระทางเศรษฐกิจและสังคม โดยเฉพาะอย่างยิ่งโรคข้อเข่าเสื่อมที่เป็นสาเหตุของความเจ็บปวด และความทุพพลภาพในผู้สูงอายุ ในการศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อทำการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมกับการเกิดโรคข้อเข่าเสื่อมและพัฒนาแบบจำลองทำนายโรคที่เหมาะสมกับประชากรไทย โดยใช้วิธีทางชีวสารสนเทศศาสตร์ในการคัดเลือกยีนที่ใช้ศึกษา ดีเอ็นเอและข้อมูลทางคลินิกได้รับจากกลุ่มผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อมคนไทยจำนวน 233 ราย (การเสื่อมระดับเกรด 3 ถึง 4) และกลุ่มควบคุมที่คัดเลือกให้เพศและเชื้อชาติสัมพันธ์กับกลุ่มผู้ป่วยโรคข้อเข่าเสื่อมจำนวน 177 ราย การระบุจีโนไทป์ของดีเอ็นเอถูกทำด้วยวิธี high-resolution melting (HRM) analysis และวิธี polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) ข้อมูลอายุ เพศ และค่าดัชนีมวลกายของอาสาสมัครถูกบันทึกเป็นข้อมูลทางคลินิก ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมกับการเกิดโรคข้อเข่าเสื่อมถูกวิเคราะห์โดย odds ratio แบบจำลองทำนายการเกิดโรคข้อเข่าเสื่อมถูกสร้างจากการวิเคราะห์การถดถอยโลจิสติก และทำการประเมินความสามารถในการทำนายของแบบจำลองทำนายด้วยการวิเคราะห์กราฟ receiver operating characteristic (ROC) เครื่องหมายพันธุกรรมจากยีน ADAM metallopeptidase domain 12 (ADAM12) ยีน Estrogen receptor-alpha (ESR1) ยีน Fat mass and obesity-associated (FTO) ยีน Growth differentiation factor 5 (GDF5) และยีน SMAD family member 3 (SMAD3) ได้รับคัดเลือกสำหรับการวิเคราะห์ความสัมพันธ์กับการเกิดโรคข้อเข่าเสื่อม จากผลการวิเคราะห์ พบว่าไม่มีความสัมพันธ์ระหว่างการกระจายของจีโนไทป์และความถี่แอลลีลของเครื่องหมายพันธุกรรมกับการเกิดโรคข้อเข่าเสื่อม ยกเว้นเครื่องหมายพันธุกรรมของยีน ESR1 ทั้งสองตำแหน่ง (rs2234693 และ rs9340799) เมื่อวิเคราะห์ความสัมพันธ์เฉพาะในเพศใดเพศหนึ่ง พบว่า เครื่องหมายพันธุกรรมของยีน ADAM12 ทั้งสองตำแหน่ง (จีโนไทป์ CT ของ rs1871054 และ จีโนไทป์ CC กับแอลลีล C ของ rs3740199) และจีโนไทป์ CT ของยีน FTO สัมพันธ์กับการเกิดโรคข้อเข่าเสื่อมอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติ …
การระบุยีนที่สามารถจับกับโปรตีนอี 7 เอชพีวีไทป์ 16 ที่เกี่ยวข้องกับการเกิดโพรโมเตอร์เมทิลเลชันในเซลล์ไลน์ C33a, จุฑามาศ สุขพัฒน์ธี
การระบุยีนที่สามารถจับกับโปรตีนอี 7 เอชพีวีไทป์ 16 ที่เกี่ยวข้องกับการเกิดโพรโมเตอร์เมทิลเลชันในเซลล์ไลน์ C33a, จุฑามาศ สุขพัฒน์ธี
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
โปรตีนอี 7 ที่สร้างจากไวรัสเอชพีวี ไทป์ 16 เป็นสาเหตุหลักที่ทำให้เกิดมะเร็งปากมดลูก จากการศึกษาก่อนหน้านี้พบว่าโปรตีนอี 7 สามารถจับกับโปรตีน DNA methyltransferase 1 (Dnmt1) แล้วจับที่โพรโมเตอร์ของยีน CCNA1 และชักนำให้เกิดเมทิลเลชันและลดการแสดงออกของยีน การศึกษานี้จึงมุ่งเน้นเพื่อหายีนอื่นๆ และกลไกของโปรตีนอี 7 ที่สามารถจับที่บริเวณโพรโมเตอร์ของยีนแล้วชักนำให้เกิดเมทิลเลชันได้ โดยมีสมมติฐานว่า เมื่อโปรตีน E7 จับกับทรานสคริปชันแฟคเตอร์แล้ว จะสามารถจับกับโพรโมเตอร์ของยีนแล้วเหนี่ยวนำให้เกิดเมทิลเลชันได้ โดยในการศึกษานี้ได้ทำการค้นหายีนที่สามารถจับกับโปรตีน อี 7 ของ HPV ไทป์ 16 ด้วย 2 วิธีการ คือ การทำ Chromatin immunoprecipitation Sequencing ด้วยการถ่ายโอนพลาสมิดลูกผสมที่บรรจุยีน E7 เข้าในเซลล์สายพันธุ์มะเร็งปากมดลูก C33A จากนั้นทำการตกตะกอนดีเอ็นเอที่สามารถจับกับโปรตีน E7 แล้วนำมาหาลำดับเบส เพื่อสืบหายีนเป้าหมายของ E7 ซึ่งค้นพบทั้งหมด 3 ยีน ได้แก่ FAM189A1, ASAH2B, และ RAPGEF4 และวิธีการทางชีวสารสนเทศ (Bioinformatics) โดยการใช้ลำดับเบสบริเวณโพรโมเตอร์ของยีน CCNA1 ที่เป็น cis-element ของ AP2 ซึ่งเป็นทรานสคริปชันแฟคเตอร์ที่สามารถจับกับโปรตีน E7 ไปค้นหาในฐานข้อมูลจีโนมมนุษย์เพื่อค้นหาโพรโมเตอร์ของยีนอื่นๆ ที่มี cis-element ตรงกัน จากนั้นคัดเลือกยีนที่มีลำดับเบสบริเวณโพรโมเตอร์ตรงกับลำดับเบสบริเวณโพรโมเตอร์ของยีน CCNA1 ที่ AP2 สามารถจับได้ แล้วนำมาคัดเลือกเฉพาะยีนที่สามารถจับกับทรานสคริปชันแฟคเตอร์ YY1 ซึ่งมีรายงานว่าสามารถจับกับโปรตีน E7 ได้เช่นกัน พบทั้งหมด 9 ยีน ได้แก่ NOP56, MAG, FUS, EIF2S2, RPL7, RPL10, NINJ1, LGALS1 และ CLDN5 แล้วจึงทำการคัดเลือกยีน FAM189A1 และยีน NOP56 เพื่อทำการตรวจสอบการเปลี่ยนแปลงของระดับการแสดงออกของยีน …
การจำแนกลักษณะทางโมเลกุลของเชื้อ Escherichia Coli ที่สร้างเอนไซม์ Extended-Spectrum Beta-Lactamases ที่แยกได้จากสุกรและประชากรในอำเภอเมือง จังหวัดลำพูน, จักรพงษ์ สีนามะ
การจำแนกลักษณะทางโมเลกุลของเชื้อ Escherichia Coli ที่สร้างเอนไซม์ Extended-Spectrum Beta-Lactamases ที่แยกได้จากสุกรและประชากรในอำเภอเมือง จังหวัดลำพูน, จักรพงษ์ สีนามะ
Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)
ปัจจุบันพบเชื้อ Escherichia coli ที่สร้างเอนไซม์ extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) แพร่กระจายในชุมชนอย่างกว้างขวาง เชื้อแบคทีเรียดังกล่าวสามารถพบได้ว่าเป็นเชื้อประจำถิ่นในลำไส้ของคน และสัตว์ รวมไปถึงสามารถพบได้ในสิ่งแวดล้อมทั่วไป ซึ่งอาจกลายเป็นแหล่งเก็บกักเชื้อแบคทีเรียดื้อสารต้านจุลชีพ ที่สามารถแพร่กระจายในชุมชนต่างๆ ทั่วโลก การศึกษาครั้งนี้ทำการจำแนกลักษณะทางโมเลกุลของเชื้อ E. coli ที่สร้างเอนไซม์ ESBL ซึ่งแยกได้จากสุกรในฟาร์มปศุสัตว์และประชากรในชุมชน ในพื้นที่อำเภอเมือง จังหวัดลำพูน เพื่อศึกษารูปแบบของยีนที่ควบคุมการสร้างเอนไซม์ ESBL และศึกษาหาความสัมพันธ์ของเชื้อในกลุ่มตัวอย่างทั้งสอง เชื้อ E. coli ที่สร้างเอนไซม์ ESBL จำนวนทั้งสิ้น 212 สายพันธุ์ แยกได้จากอุจจาระของสุกรและประชากรที่มีสุขภาพดี และทำการจำแนกยีนที่ควบคุมการสร้างเอนไซม์ ESBL ได้แก่ ยีน blaCTX-M ยีน blaTEM และยีน blaSHV ด้วยเทคนิค multiplex-PCR และเทคนิค whole genome sequencing และศึกษาความสัมพันธ์ของเชื้อ E. coli ที่สร้างเอนไซม์ ESBL ที่แยกได้จากทั้งสองกลุ่มตัวอย่างด้วยเทคนิค multilocus sequence typing ผลการศึกษาพบว่าเชื้อ E. coli ที่สร้างเอนไซม์ ESBL ส่วนใหญ่เป็นเชื้อดื้อยาหลายขนาน และมักดื้อยากลุ่ม fluoroquinolones ยากลุ่ม aminoglycosides และยา trimethoprim/sulfamethoxazole ในขณะที่เชื้อทุกสายพันธุ์ดื้อต่อยา ampicillin ยา ceftriaxone และยา cefotaxime ยีนที่ควบคุมการสร้างเอนไซม์ ESBL ที่พบมากที่สุดได้แก่ ยีน blaCTX-M ซึ่งพบได้ 95.75% รองลงมาคือยีน blaTEM และยีน blaSHV พบได้ 62.73% และ 2.40% ตามลำดับ โดย subgroup ของยีนที่ควบคุมการสร้างเอนไซม์ ESBL ที่พบมากที่สุด ได้แก่ ยีน blaCTX-M-55 …