Genetics and Genomics Commons^™

Immune Gene Diversity And Populations Structure Of Reticulated Flatwoods Salamander (Ambystoma Bishopi), Steven Tyler Williams

LSU Master's Theses

Reticulated flatwoods salamander (Ambystoma bishopi) populations began decreasing dramatically in the late 1900s. Contemporary populations are small, isolated, and may be susceptible to inbreeding and reduced adaptive potential because of low genetic variation. Genetic variation at immune genes is especially important as it influences disease susceptibility and adaptation to emerging infectious pathogens, a central conservation concern for declining amphibians. Connectivity between isolated populations is also vital to maintain genetic diversity and avoid inbreeding. I collected tissue samples from across the extant range of this salamander to examine genetic variation and population structure in: immune genes broadly (immunome), the …

9th Annual Postdoctoral Science Symposium, University Of Texas Md Anderson Cancer Center Postdoctoral Association

Annual Postdoctoral Science Symposium Abstracts

The mission of the Annual Postdoctoral Science Symposium (APSS) is to provide a platform for talented postdoctoral fellows throughout the Texas Medical Center to present their work to a wider audience. The MD Anderson Postdoctoral Association convened its inaugural Annual Postdoctoral Science Symposium (APSS) on August 4, 2011.

The APSS provides a professional venue for postdoctoral scientists to develop, clarify, and refine their research as a result of formal reviews and critiques of faculty and other postdoctoral scientists. Additionally, attendees discuss current research on a broad range of subjects while promoting academic interactions and enrichment and developing new collaborations.

Elucidating Immune Signaling Of Influenza A Virus And Aspergillus Fumigatus Co-Infections Through Pioneered Model Development, Meagan Danyelle Rippee-Brooks

MSU Graduate Theses

Bacterial co-infections with influenza A virus (IAV) are extremely serious and life-threatening. However, there exists limited understanding about the importance of fungal infections with IAV. Clinical case reports indicate that fungal co-infections do occur and suggest the IAV pandemic of 2009 had a propensity to predispose patients to secondary fungal infections more than previous IAV strains. IAV-fungal co-infections are marked by high mortality rates of 47 to 61% in previously healthy individuals between the ages of 20 and 60. Yet, the variables involved in this co-infection remain undetermined. I achieved effective recapitulation of this co-infection using a C57Bl/6 murine (mouse) …

Development Of A Prolyl Endopeptidase Expression System In Lactobacillus Reuteri To Reduce The Clinical Manifestation Of Celiac Disease, Kara Lynn Jew

Master's Theses

Celiac Disease (CD) is an autoimmune disorder that emerges due to the ingestion of gluten, a protein found in a variety of common grains such as wheat, rye, and barley. Approximately 1 in 100 individuals in the US suffer from CD, making it the most commonly diagnosed gastrointestinal disorder (Ciclitira et. al., 2005). These proline-rich gluten peptides are resistant to proteolysis and accumulate in the duodenum of the small intestine. Once in the duodenum, these peptides illicit an autoimmune response resulting in villous atrophy. Current treatment for CD requires a rigorous adherence to a gluten-free diet. Nevertheless, gluten-containing grains are …

Cross-Species Genome-Wide Analysis Reveals Molecular And Functional Diversity Of The Unconventional Interferon-Ω Subtype, Lauren E. Shields, Jordan Jennings, Qinfang Liu, Jinhwa Lee, Wenjun Ma, Frank Blecha, Laura C. Miller, Yongming Sang

Agricultural and Environmental Sciences Faculty Research

Innate immune interferons (IFNs), particularly type I IFNs, are primary mediators regulating animal antiviral, antitumor, and cell-proliferative activity. These antiviral cytokines have evolved remarkable molecular and functional diversity to confront ever-evolving viral threats and physiological regulation. We have annotated IFN gene families across 110 animal genomes, and showed that IFN genes, after originating in jawed fishes, had several significant evolutionary surges in vertebrate species of amphibians, bats and ungulates, particularly pigs and cattle. For example, pigs have the largest but still expanding type I IFN family consisting of nearly 60 IFN-coding genes that encode seven IFN subtypes including multigene subtypes …

Structure-Based Design Of Hepatitis C Virus Vaccines That Elicit Neutralizing Antibody Responses To A Conserved Epitope, Brian G. Pierce, Elisabeth N. Boucher, Kurt H. Piepenbrink, Ejemel Monir, Chelsea A. Rapp, William D. Thomas Jr., Eric J. Sundberg, Zhiping Weng, Yan Wang

Kurt Piepenbrink

Despite recent advances in therapeutic options, hepatitis C virus (HCV) remains a severe global disease burden, and a vaccine can substantially reduce its incidence. Due to its extremely high sequence variability, HCV can readily escape the immune response; thus, an effective vaccine must target conserved, functionally important epitopes. Using the structure of a broadly neutralizing antibody in complex with a conserved linear epitope from the HCV E2 envelope glycoprotein (residues 412 to 423; epitope I), we performed structure-based design of immunogens to induce antibody responses to this epitope. This resulted in epitope-based immunogens based on a cyclic defensin protein, as …

The Sucking Louse Fauna Of Mongolian Rodents: Host Associations, Molecular Phylogenetics And Description Of Two New Species, Chase N. Robinson

Honors College Theses

This study aimed to screen Mongolian rodents for sucking lice (Insecta: Phthiraptera: Anoplura) to better understand host-parasite associations for this understudied region. Nine species, including 3 previously undescribed, from 4 genera were identified. A molecular phylogeny based on 2 mitochondrial genes of collected louse specimens is included.

Mrub_3019 Casa Gene Is An Ortholog To E. Coli B2760, Kelsey Heiland, Dr. Lori Scott

Meiothermus ruber Genome Analysis Project

This research is part of the Meiothermus ruber genome annotation project which aims to predict gene function with various bioinformatics tools. We investigated the function of Mrub_3019, which encodes the CasA protein involved in the multi-subunit effector complex for the CRISPR-Cas immunity system and predicted it to be an ortholog of E. coli K12 MG1655 b2760 (casA). We predicted that Mrub_3019 encodes the protein CasA, which is involved in PAM recognition of CRISPR interference pathway. Foreign DNA will bind to CasA, which signals Cas3 for helicase-mediated DNA degradation. Our hypothesis is supported by low E-values for pairwise alignment in NCBI …

Characterization Of Immunomodulatory Microbial Factors In Medicinal Plants, Kriti Kalpana

Dissertations, Theses, and Capstone Projects

Medicinal plants are one of the biggest sources of natural products with therapeutic importance. There are currently over 28,000 plants with putative medicinal values. Plant-derived compounds have been explored extensively for various biological activities ranging from anti-cancer, immune-boosting to anti-inflammatory and anti-oxidant. Some of the most important therapeutic agents are of plant-origin, such as paclitaxel from Pacific yew (Taxus brevifolia) and artemisinin from qinghao su (a Chinese medicinal herb; a.k.a. Artemisia annua) to name a few.

The study presented in this thesis started out as classical pharmacognosy research, which focused on the identification of immunostimulatory factors in …

Non-Invasive Analysis Of The Sputum Transcriptome Discriminates Clinical Phenotypes Of Asthma, Xiting Yan

Yale Day of Data

Whole transcriptome wide gene expression profiles in the sputum and circulation from 100 asthma patients were measured using the Affymetrix HuGene 1.0ST arrays. Unsupervised clustering analysis based on pathways from KEGG were used to identify TEA clusters of patients from the sputum gene expression profiles. The identified TEA clusters have significantly different pre-bronchodilator FEV1, bronchodilator responsiveness, exhaled nitric oxide levels, history of hospitalization for asthma and history of intubation. Evaluation of TEA clusters in children from Asthma BRIDGE cohort confirmed the identified differences in intubation and hospitalization. Furthermore, evaluation of the TH2 gene signatures suggested a much lower prevalence of …

Performance Differences Between Two Groups Of Commercial Pigs Following Experimental Infection With Prrs Virus 1-7-4, Erin Little

Electronic Theses and Dissertations

Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is the costliest swine disease in North America. Vaccines and management alone have not been effective in controlling this disease. Genetic selection for resilience may be a complimentary approach for controlling PRRSV. The objective of this study was to estimate performance differences between two groups of pigs from the same commercial line following infection with PRRSV 1-7-4: 1) pigs sired by boars selected based on a standard index (TN-S), which emphasized feed efficiency and carcass quality; and 2) pigs sired by boars selected based on an experimental index (TN-E), which emphasized feed intake, …

การพัฒนาวิธีการตรวจยีนดื้อยาคาร์บาพีเนม ของเชื้อ Klebsiella Pneumoniae ด้วยวิธี Recombinase Polymerase Amplification ในสถาบันสุขภาพเด็กแห่งชาติมหาราชินี, สุธาวรรณ มุทิตานนท์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อ Klebsiella pneumoniae ที่สร้างเอนไซม์ carbapenemases (KPCs) เป็นปัญหาสำคัญของการติดเชื้อในโรงพยาบาลโดยเฉพาะผู้ป่วยเด็ก เนื่องจากมักดื้อยาหลายขนาน ทำให้มียาที่ใช้รักษาได้จำกัด เป็นสาเหตุทำให้มีอัตราการเสียชีวิตสูงขึ้น งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเทคนิค multiplex Recombinase Polymerase Amplification (multiplex RPA) สำหรับตรวจหายีนที่สร้างเอนไซม์ carbapenemase ของเชื้อ K. pneumoniae และเปรียบเทียบความไวและความจำเพาะกับ วิธี Modified Carbapenem Inactivation Method Test (mCIM) และ วิธี nucleotide sequencing กับตัวอย่างเชื้อ K. pneumoniae ในสถาบันสุขภาพเด็กแห่งชาติมหาราชินี ประเทศไทย ตั้งแต่เดือนมิถุนายน ถึง ธันวาคม 2018 โดยเก็บเชื้อที่ผลการคัดกรองพบดื้อยา carbapenem แบ่งเป็นจาก perianal ในงานเฝ้าระวังเชื้อดื้อยา จำนวน 129 ตัวอย่าง และจากสิ่งส่งตรวจของผู้ป่วยเด็ก จำนวน 21 ตัวอย่าง พบให้ผลบวกกับวิธี mCIM จำนวน 149 ตัวอย่าง (99.3%) และพบเป็นยีน blaNDM-1 สูงสุดถึงร้อยละ 89.3 รองลงมาคือยีน blaOXA-232 ร้อยละ 8 และยีน blaNDM-1 ร่วมกับ blaOXA-232 ร้อยละ 2 ตามลำดับ เชื้อที่แยกได้จากสิ่งตรวจพบมีการดื้อยาหลายขนาน โดยดื้อยา carbapenem ร่วมกับ gentamicin, trimethoprim/sulfamethoxazole, ciprofloxacin ขณะที่เชื้อที่แยกจากแผนกผู้ป่วยต่าง ๆ ในงานเฝ้าระวังเชื้อดื้อยา พบการแพร่กระจายของยีน blaNDM-1 สูงสุดใน 4 แผนก จาก 9 แผนก การพัฒนาเทคนิค multiplex RPA พบว่าสามารถเพิ่มปริมาณยีน blaKPC, blaNDM, …

การพัฒนาเทคนิค Recombinase Polymerase Amplification เพื่อตรวจหาเชื้อ Mycobacterium Avium Complex ด้วยตาเปล่า, เทิดศักดิ์ สุธาตุ

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคติดเชื้อที่มีสาเหตุมาจาก Mycobacterium avium complex (MAC) มีอุบัติการณ์เพิ่มสูงขึ้นทั่วโลกรวมทั้งในประเทศไทย เนื่องมาจากการเพิ่มขึ้นของจำนวนผู้ป่วยที่มีภาวะภูมิคุ้มกันของร่ายกายต่ำ การวินิจฉัยเชื้อ MAC ในปัจจุบันที่อาศัยการเพาะเลี้ยงเชื้อและทดสอบปฏิกิริยาชีวเคมี นอกจากใช้ระยะเวลานานแล้ว ยังไม่สามารถจำแนกเชื้อได้ถึงระดับสปีชี่ส์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งเชื้อ Mycobacterium avium และเชื้อ Mycobacterium intracellulare ซึ่งเป็นเชื้อ MAC ที่สำคัญและเพาะแยกได้บ่อยจากสิ่งส่งตรวจ ดังนั้นวัตถุประสงค์ของการศึกษาในครั้งนี้ คือการพัฒนาเทคนิค Recombinase Polymerase Amplification ร่วมกับการอ่านผลด้วยสี SYBR Green I (RPA/SYBR) ในการตรวจวินิจฉัยเชื้อ MAC ซึ่งอาศัยการเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมภายใต้อุณหภูมิคงที่ ร่วมกับไพรเมอร์ที่จำเพาะต่อเชื้อกลุ่ม MAC เชื้อ M. avium และเชื้อ M. intracellulare และอ่านผลที่เกิดขึ้นด้วยตาเปล่าได้ในทันทีภายหลังการเติมสี SYBR Green I ผลจากการทดสอบกับตัวอย่าง DNA ของเชื้อ MAC จำนวน 120 ตัวอย่าง พบว่าเทคนิค RPA/SYBR สามารถตรวจวินิจฉัยจำแนกสปีชี่ส์ของเชื้อ M. avium และเชื้อ M. intracellulare ได้อย่างมีประสิทธิภาพ โดยมีความไว 100% และความจำเพาะตั้งแต่ 80.7% ขึ้นไป ซึ่งจัดว่ามีความสอดคล้องในเกณฑ์ดีมากเมื่อเปรียบเทียบกับวิธีหาลำดับเบส (สถิติ Kappa มีค่าตั้งแต่ 0.801 ขึ้นไป) ในขณะที่เมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค PCR มีความไวตั้งแต่ 89.2% ขึ้นไปและความจำเพาะตั้งแต่ 97.5% ขึ้นไป และมีความสอดคล้องในเกณฑ์ดีมากเช่นเดียวกัน (สถิติ Kappa มีค่าตั้งแต่ 0.863 ขึ้นไป) นอกจากนี้เทคนิค RPA/SYBR ยังมีค่าความเข้มข้นของ DNA ต้นแบบน้อยที่สุดที่สามารถตรวจได้ เท่ากับ 1 ng/µl และไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกลุ่มกับเชื้อส่วนใหญ่ของ Mycobacterium แม้ว่าเทคนิค RPA/SYBR ที่ได้พัฒนาขึ้น มีขั้นตอนการทดสอบที่ทำง่าย …

ความหลากหลายทางพันธุกรรมของยีนบีเอซีอีวันและเอโปอี และระดับอะไมลอยด์เบต้าในเลือดของผู้ป่วยโรคไวรัสตับอักเสบบีเรื้อรังและตับอักเสบซีเรื้อรัง, ธัญรัตน์ ทองจรัส

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

อะไมลอยด์เบต้า 42 (Aβ42) เป็นของเสียที่เกิดจากการย่อยอะไมลอยด์เบต้าพรีเคอเซอร์โปรตีน อาจเสี่ยงต่อการเกิดโรคอัลไซเมอร์เมื่อสะสมที่สมอง โดยมียีนบีเอซีอีวัน (BACE1) ควบคุมการสร้างเอนไซม์เบต้าซีครีเตส เพื่อย่อยอะไมลอยด์เบต้าพรีเคอเซอร์โปรตีน และมียีนเอโปอี (ApoE) เป็นยีนที่ถอดรหัสเป็น Apolipoprotein E ทำหน้าที่ขนส่งอะไมลอยด์เบต้าไปกำจัดที่ตับ คาดว่าการติดเชื้อไวรัสตับอักเสบเรื้อรังอาจส่งผลให้การกำจัดของเสียลดลงด้วย งานวิจัยนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาระดับอะไมลอยด์เบต้า 42 ในเลือดด้วยหลักการ ELISA และศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของยีน BACE1 (rs638405) ด้วยหลักการ PCR-RFLP และยีน ApoE (rs429358 และ rs7412) ด้วยหลักการ real time PCR ในผู้ติดเชื้อไวรัสตับอักเสบบีเรื้อรัง (CHB, N=149) ซีเรื้อรัง (CHC, N=31) และคนปกติ (N=164) โดยเป็นผู้ติดเชื้อไวรัสตับอักเสบบีเรื้อรัง ซีเรื้อรังที่รักษา ณ โรงพยาบาลพระมงกุฎเกล้า และผู้บริจาคโลหิต ณ สถาบันพยาธิวิทยา ในช่วงเดือน สิงหาคม 2561 - มิถุนายน 2562 ผลการศึกษาพบว่าระดับอะไมลอยด์เบต้า 42 ในเลือดของผู้ป่วย CHB มีค่าสูงกว่าคนปกติ (CHB=46.86 pg/ml (N=22), CHC=43.27 pg/ml (N=15) และ คนปกติ =33.72 pg/ml (N=36), p-value=0.002) ข้อมูลจากกลุ่มตัวอย่างที่ตรวจวัดนี้มีจำนวนจำกัด จึงยังไม่สามารถนำไปอ้างอิงได้ นอกจากนี้ผู้วิจัยพบสัดส่วนของจีโนไทป์ของยีน BACE1 ในผู้ป่วย CHB (N=149), CHC (N=31) มีจีโนไทป์ C/G สูงกว่าในคนปกติ (N=164) (p-value = 0.044) และยีน ApoE ในผู้ป่วย CHB (N=149), CHC (N=31) มีจีโนไทป์ ε3ε4 สูงกว่าในคนปกติ (N=148) (p-value=0.001) …

องค์ประกอบทางพฤกษเคมีและผลกระทบของน้ำมันเสม็ดขาวต่อการแสดงออกของยีนดื้อยาหลักในเชื้อ Fluconazole-Resistant Candida Albicans ที่แยกได้ทางคลินิก, พิชญพงศ์ คีรีเดช

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาองค์ประกอบทางพฤกษเคมีและฤทธิ์ต้านเชื้อรา Candida albicans ของน้ำมันเสม็ดขาวจากใบและกิ่งอ่อนของ Melaleuca cajuputi Powell ที่พบในพื้นที่ภาคตะวันออกของประเทศไทย รวมทั้งประเมินผลกระทบของน้ำมันเสม็ดขาวต่อการแสดงออกของยีนที่เกี่ยวข้องกับกลไกการดื้อยาฟลูโคนาโซลในเชื้อราทดสอบ การวิเคราะห์องค์ประกอบทางพฤกษเคมีด้วยวิธีแก๊สโครมาโทกราฟี-แมสสเปกโตรมิทรี (gas chromatography-mass spectrometry, GC-MS) พบว่าน้ำมันเสม็ดขาวมีองค์ประกอบหลัก 6 ชนิด ได้แก่ 1,8-Naphthyridine derivatives (ร้อยละ 10.46), alpha-Pyrone (ร้อยละ 10.11), Terpinolene (ร้อยละ 9.26), gamma-Terpinene (ร้อยละ 8.00), trans-Caryophyllene (ร้อยละ 6.36) และ beta-Elemene (ร้อยละ 5.09) จากการทดสอบฤทธิ์เบื้องต้นของน้ำมันเสม็ดขาวในการยับยั้ง C. albicans สายพันธุ์คลินิกที่ดื้อต่อยาฟลูโคนาโซล จำนวน 16 ไอโซเลท ด้วยวิธี Disc diffusion พบว่าดิสก์บรรจุน้ำมันเสม็ดขาว ขนาด 1 ไมโครลิตรต่อดิสก์ แสดงฤทธิ์ยับยั้งการเจริญของเชื้อทดสอบทุกไอโซเลท โดยมีขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางบริเวณยับยั้งเชื้อเฉลี่ยอยู่ระหว่าง 6.67 ± 0.58 ถึง 10.00 ± 0.00 มิลลิเมตร เมื่อทำการทดสอบหาค่าความเข้มข้นต่ำสุดของน้ำมันเสม็ดขาวที่สามารถยับยั้งเชื้อทดสอบ (minimal inhibitory concentration, MIC) และฆ่าเชื้อทดสอบ (minimum fungicidal concentration, MFC) ด้วยวิธี Broth macrodilution พบว่าน้ำมันเสม็ดขาวแสดงฤทธิ์ฆ่าเชื้อราทดสอบทุกไอโซเลท โดยมีค่า MIC และ MFC อยู่ในช่วง 0.31-1.25 และ 0.63-2.5 ไมโครลิตรต่อมิลลิลิตร ตามลำดับ การทดสอบการเสริมฤทธิ์กันของสารผสมน้ำมันเสม็ดขาวและยาฟลูโคนาโซลในการต้านเชื้อราทดสอบด้วยวิธี Checkerboard microdilution พบว่าสารผสมดังกล่าวมีการเสริมฤทธิ์กันในการยับยั้งเชื้อราทดสอบส่วนใหญ่ (ร้อยละ 60) โดยค่า MIC ของยาฟลูโคนาโซลและน้ำมันเสม็ดขาวจะลดลงประมาณ 8-64 และ 8-16 เท่า ตามลำดับ …

การทดสอบความไวต่อยาไพราซินาไมด์ของเชื้อวัณโรคอย่างรวดเร็วจากการเปลี่ยนสีบนชุดทดสอบ Biphasic Media, วราภรณ์ เถื่อนสุวรรณ

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การทดสอบความไวต่อยา Pyrazinamide (PZA) ด้วยวิธีมาตรฐาน (culture-based susceptibility tests) นั้นทำได้ยาก เนื่องจากสภาวะเป็นกรดในอาหารเลี้ยงเชื้อสามารถทำให้เกิดผลลบและผลบวกลวง การศึกษานี้มุ่งเน้นศึกษาและพัฒนาชุดทดสอบสำหรับใช้วินิจฉัยเชื้อดื้อต่อยา PZA ในเชื้อ Mycobacterium tuberculosis ด้วยชุดทดสอบ colorimetric biphasic medium assay ที่ผสม Nicotinamide (NIC-CBMA) ความเข้มข้น 250, 500, 1000 และ 2000 µg/mL และวิเคราะห์การกลายพันธุ์ที่สัมพันธ์กับการดื้อยา PZA ในยีน pncA, rpsA และ panD ผลการทดสอบในเชื้อวัณโรคดื้อยาทั้งหมด 150 สายพันธุ์ แบ่งเป็นเชื้อดื้อต่อยา PZA 40 สายพันธุ์ และเชื้อไวต่อยา PZA 110 สายพันธุ์ เมื่อทดสอบด้วยวิธี BACTEC MGIT 960 พบว่าความเข้มข้นของ NIC ≥ 1000 µg/mL เหมาะสำหรับใช้วินิจฉัยเชื้อดื้อยา PZA ด้วยวิธี NIC-CBMA ซึ่งมีความไวของชุดทดสอบเท่ากับ 100% ความจำเพาะเท่ากับ 96.36% เมื่อเทียบกับวิธีมาตรฐาน BACTEC MGIT 960 นอกจากนี้พบการกลายพันธุ์ในยีน pncA ที่สัมพันธ์กับการดื้อยา PZA จำนวน 28 แบบ ในเชื้อจำนวน 37 จาก 40 สายพันธุ์ที่ดื้อยา PZA เป็นการกลายพันธุ์แบบ Nonsynonymous 57.89% การกลายพันธุ์แบบ Indels 21.05% การกลายพันธุ์บริเวณ Promoter 13.16% การกลายพันธุ์แบบ Nonsense 5.26% และการกลายพันธุ์แบบ Double mutation 2.63% นอกจากนี้พบการกลายพันธุ์ใหม่จำนวน 4 แบบ …

การตรวจไวรัสมะเร็งเม็ดเลือดขาวในแมวที่รวดเร็วด้วยวิธี Recombinase Polymerase Amplification (Rpa), สิทธิโชค ลาชโรจน์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคติดเชื้อไวรัสมะเร็งเม็ดเลือดขาวในแมว (Feline Leukemia Virus : FeLV) เป็นโรคติดเชื้อไวรัสในแมวที่สำคัญที่เป็นสาเหตุของโรคมะเร็งเม็ดเลือดขาว และ มะเร็งต่อมน้ำเหลือง การตรวจหา FeLV RNA และโปรไวรัส ด้วยวิธีทางอณูชีววิทยามีความสำคัญในการแยกระยะต่างๆของโรค ซึ่งวิธี Rapid immunochromatographic assay ที่นิยมใช้ตรวจแอนติเจนนั้นสามารถตรวจได้เพียงการติดเชื้อระยะ Progressive ที่มี Viremia เท่านั้น งานวิจัยนี้จึงได้พัฒนาเทคนิค Recombinase polymerase amplification (RPA) และ Nested RPA เพื่อตรวจ exogenous FeLV Provirus DNA และ RT-RPA เพื่อตรวจ FeLV RNA และทดสอบตัวอย่างเลือดแมวจำนวน 122 ตัวอย่าง ผลการศึกษาพบว่าเทคนิค RPA สามารถตรวจหา FeLV Provirus ได้ที่ขีดจำกัด 1 ng/µl และไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกลุ่มกับเชื้อก่อโรคในแมว มีความไว ความจำเพาะ เทียบกับเทคนิค PCR ที่ร้อยละ 95.89 และ 100 ตามลำดับ ขณะที่ Nested RPA เทียบกับเทคนิค Nested PCR มีความไว ความจำเพาะ ที่ร้อยละ 98.89 และ 96.88 ตามลำดับ การตรวจหา FeLV RNA ด้วยเทคนิค RT-RPA มีขีดจำกัดที่ 0.1 ng/µl เมื่อเทียบกับเทคนิค RT-PCR และ Rapid Immunochromatographic assay มีความไว ร้อยละ 93.75 และ 95.24 ตามลำดับ และ ความจำเพาะร้อยละ 100 ค่าความสอดคล้องของเทคนิค RPA …

Reverse Genetics Systems As Tools To Overcome The Genetic Diversity Of Lassa Virus, Brett Beitzel, Christine E. Hulseberg, Gustavo Palacios

US Army Research

Lassa virus is endemic in a large area of sub-Saharan Africa, and exhibits a large amount of genetic diversity. Of the four currently recognized lineages, lineages I–III circulate in Nigeria, and lineage IV circulates in Sierra Leone, Guinea, and Liberia. However, several newly detected lineages have been proposed. LASV genetic diversity may result in differences in pathogenicity or response to medical countermeasures, necessitating the testing of multiple lineages during the development of countermeasures and diagnostics. Logistical and biosafety concerns can make it difficult to obtain representative collections of divergent LASV clades for comparison studies. For example, lack of a cold …

Understanding The Role Of Androgen Receptor Signaling In Modulating P38-Alpha Mitogen-Activated Protein Kinase In Experimental Autoimmune Encephalomyelitis, Grace Kathryn Voorhees

Graduate College Dissertations and Theses

Multiple Sclerosis (MS) is an inflammatory autoimmune disease of the central nervous system, characterized by axonal demyelination and multifocal inflammation. Like many autoimmune diseases, it is a sexually dimorphic disease, being 3-4 times more common in females than in males. p38α MAP kinase (MAPK) has an integral role in modulating inflammatory processes in autoimmunity. Conditionally ablating p38α MAPK in myeloid cells in B6 mice shows a sex difference in the animal model of MS, experimental autoimmune encephalomyelitis (EAE). In the absence of sex hormones, this sex difference was reversed, suggesting a role for sex hormones in modulating p38α MAPK signaling …

การพัฒนาเทคนิค Recombinase Polymerase Amplification และ Helicase Dependent Isothermal Amplification สำหรับตรวจจีโนไทป์ของเอนไซม์ Extended-Spectrum Β-Lactamase ที่สร้างจากเชื้อ Escherichia Coli ในสถาบันมะเร็งแห่งชาติ ประเทศไทย, ธัชภร อัศวคงคารัตน์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

เชื้อ Escherichia coli ที่สร้างเอนไซม์ Extended-spectrum β-lactamase (ESBLs) เป็นปัญหาสำคัญที่พบในโรงพยาบาลทั่วโลก การตรวจจีโนไทป์ของเอนไซม์ ESBLs เป็นวิธีที่สำคัญและมีประโยชน์ในการควบคุมการแพร่กระจายของเชื้อดื้อยาและการเลือกใช้ยาต้านจุลชีพอย่างเหมาะสม การศึกษานี้มุ่งหวังจะพัฒนาเทคนิค Multiplex Recombinase polymerase amplification (Multiplex RPA) และ Helicase dependent amplification (HDA) สำหรับตรวจหายีนดื้อยา blaCTX-M, blaOXA, blaSHV และ blaTEM ในเชื้อ E. coli ในสถาบันมะเร็งแห่งชาติ ประเทศไทย เชื้อ E. coli จำนวน 144 ตัวอย่างที่แยกได้จากสิ่งส่งตรวจภายในงานจุลชีววิทยา สถาบันมะเร็งแห่งชาติ ช่วงระหว่างเดือนกุมภาพันธ์ 2017 ถึงเดือนกันยายน 2018 ถูกนำมาทดสอบความไวต่อยาต้านจุลชีพและตรวจคัดกรองการสร้างเอนไซม์ ESBLs ด้วยวิธี Disk diffusion ตามวิธีมาตรฐานของ CLSI ปี ค.ศ. 2017 เชื้อที่สร้างเอนไซม์ ESBLs จำนวน 95 ตัวอย่าง พบดื้อยาสูงสุดในยา Ampicillin (100%), Cefotaxime (100%), Cefdinir (100%) และ Ceftriaxone (99.9%) และเชื้อ E. coli จำนวน 144 ตัวอย่าง มียีน blaCTX-M (100%) รองลงมาคือ blaTEM (42.1%), blaOXA (30.5%) และ blaSHV (2.1%) ตามลำดับ โดยเป็นยีน ESBLs ชนิด CTX-M-15 สูงสุด (51.1%) รองลงมาคือ CTX-M-55 (18.1%), CTX-M-27 (17.0%), CTX-M-14 …

การศึกษาฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียของส่วนประกอบเลือดจากตัวเงินตัวทอง (Varanus Salvator), นันทวัฒน์ โฆษา

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

สถานการณ์การดื้อยาปฏิชีวนะของแบคทีเรียเป็นปัญหาใหญ่ที่ส่งผลกระทบไปทั่วโลก จึงจำเป็นต้องศึกษาเพื่อพัฒนาสารทดแทนยาปฏิชีวนะ ตัวเงินตัวทอง (Varanus salvator) เป็นสัตว์เลื้อยคลานมีความสามารถในการอยู่รอดจากสภาวะที่เสี่ยงต่อการติดเชื้อ อาจเนื่องจากสัตว์เหล่านี้มีระบบภูมิคุ้มกันโดยกำเนิดซึ่งมีวิวัฒนาการมาแต่โบราณจึงเป็นจุดเด่นที่น่าศึกษาวิจัย งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียขององค์ประกอบเลือดจากตัวเงินตัวทองและโปรตีนหรือเปปไทด์ที่มีคุณสมบัติต้านจุลชีพ ซึ่งข้อมูลของลำดับกรดอะมิโนของตัวเงินตัวทองที่ได้ในการศึกษาวิจัยครั้งนี้จะเป็นพื้นฐานที่สำคัญใน โดยนำพลาสมาและซีรัมจากตัวเงินตัวทองมาทดสอบคุณสมบัติการยับยั้งเชื้อแบคทีเรียที่ทำให้เกิดโรคด้วยเทคนิค agar diffusion พบว่าพลาสมาสามารถยับยั้งการเจริญของเชื้อแบคทีเรียได้ดีที่สุดมีขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางของวงใสยับยั้งเชื้อ (inhibition zone) เท่ากับ 17-20 มิลลิเมตร เมื่อทำการทดสอบหาค่าความเข้มข้นต่ำสุดของพลาสมาและซีรัมที่สามารถยับยั้งเชื้อแบคทีเรีย (minimal inhibitory concentration, MIC) ด้วยวิธี broth dilution พบว่าสารสกัดหยาบพลาสมาให้ผลการทดสอบกับเชื้อได้ดีที่สุดโดยมีค่าความเข้มข้นต่ำสุดที่สามารถยับยั้งเชื้อแบคทีเรีย (MIC) เท่ากับ 125 ไมโครกรัมต่อมิลลิลิตร จากผลของการแยกบริสุทธิ์บางส่วนของพลาสมาและซีรัมโดยเทคนิค ion exchange chromatography ด้วย Q - sepharose คอลัมน์ พบว่าทั้งพลาสมาและซีรัมสามารถแยกโปรตีนแฟรคชันได้ 5 แฟรคชันเท่ากัน เมื่อวิเคราะห์ด้วยเทคนิค sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) พบขนาดโมเลกุลอยู่ระหว่าง 16 – 200 กิโลดัลตัน แต่เมื่อทดสอบคุณสมบัติการต้านเชื้อ พบบางแฟรกชันจากพลาสมา (P) และซีรั่ม (S) ซึ่งกำหนดเป็น P1 / P2 / P5 และ S1 / S2 / S4 ตามลำดับ ที่แสดงฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรีย เมื่อวิเคราะห์องค์ประกอบของสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพด้วยเทคนิค liquid chromatography mass spectrometry (LC-MS) สามารถระบุชนิดโปรตีนได้ทั้งหมด 33 ชนิดและพบโปรตีนที่มีศักยภาพเป็นเปปไทด์ต้านจุลชีพ 15 ชนิด มีเพียง 3 ชนิด จากส่วนของพลาสมา (P1) 2 ชนิด และ (P2) 1 ชนิด ที่มีโครงสร้างเป็น α-helical peptide …

การพัฒนาเทคนิค Helicase Dependent Amplification ควบคู่กับการอ่านผลด้วยตาเปล่าโดยใช้สี Sybr Green I (Hda/Sybr Green I) สำหรับการตรวจการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิต, วรางคณา แย้มเกต

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตที่มีการปนเปื้อนของเชื้อแบคทีเรีย อาจก่อให้การติดเชื้อในกระแสโลหิตที่รุนแรงและนำไปสู่การเสียชีวิตได้ ดังนั้นจึงมีการกำหนดมาตรฐานให้งานธนาคารโลหิต ทำการตรวจการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตก่อนนำไปใช้กับผู้ป่วย เพื่อลดอาการไม่พึงประสงค์ที่อาจเกิดขึ้น วิธีการตรวจการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตในปัจจุบันยังมีข้อจำกัดที่พบได้บางประการ อาทิเช่น การเพาะเลี้ยงเชื้อแบคทีเรียที่ไม่สามารถปฏิบัติได้ในห้องปฏิบัติการทางธนาคารโลหิต การทดสอบที่ใช้ระยะเวลานาน ซึ่งไม่เหมาะสมกับอายุการเก็บรักษาผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตที่สั้นประมาณ 5 วัน และต้นทุนของการทดสอบที่มีราคาแพง วัตถุประสงค์ของการศึกษาครั้งนี้เพื่อพัฒนาเทคนิค Helicase dependent amplification ควบคู่กับการอ่านผลด้วยตาเปล่าโดยใช้สี SYBR Green I (HDA/SYBR Green I) สำหรับตรวจหาการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิต โดยใช้ Primer ที่ถูกออกแบบให้จำเพาะต่อยีน 16s rRNA ซึ่งเป็น Universal gene ของเชื้อแบคทีเรีย ผลการทดสอบกับตัวอย่างผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตที่ปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียแบบจำลอง ณ วันต่าง ๆ จำนวน 96 ตัวอย่าง พบว่าเทคนิค HDA/SYBR Green I มีความไวและความจำเพาะสูง เท่ากับ 96% และ 100% ตามลำดับ และมีความสอดคล้องกันในระดับดีมาก เมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค HDA/AGE เมื่อเปรียบเทียบกับเทคนิค PCR การนับจำนวนโคโลนี และเครื่องอัตโนมัติ BacT/Alert System พบว่าเทคนิค HDA/SYBR Green I มีความจำเพาะสูงเท่ากับ 100% แต่มีความไวอยู่ในช่วงระหว่าง 63-76% จึงทำให้มีความสอดคล้องกันในระดับปานกลางถึงดี อย่างไรก็ดี เมื่อนำเทคนิค HDA/SYBR Green I ตรวจการปนเปื้อนเชื้อแบคทีเรียในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิตเฉพาะวันที่ 2 ถึง 5 ของการเก็บรักษา พบว่ามีความไวที่สูงขึ้น เท่ากับ 88% และมีความสอดคล้องกันในระดับดีมาก เทคนิค HDA/SYBR Green I มีค่าความเข้มข้นน้อยที่สุดของ DNA ต้นแบบที่สามารถตรวจได้ เท่ากับ 1 ng และไม่เกิดปฏิกิริยาข้ามกลุ่มกับสิ่งมีชีวิตอื่น ๆ ที่มีโอกาสพบการปนเปื้อนได้ในผลิตภัณฑ์เกล็ดโลหิต เทคนิค HDA/SYBR Green I …

การประยุกต์ใช้เทคนิคการเรียนรู้ของคอมพิวเตอร์เพื่อพัฒนาตัวแบบทางเหมืองข้อมูลสำหรับพยากรณ์ระดับฮีโมโกลบินของผู้บริจาคโลหิต, สาธิต เทศสมบูรณ์

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

ปริมาณโลหิตและส่วนประกอบโลหิตที่เพียงพอในธนาคารเลือดนั้นมีความสำคัญในการรักษาผู้ป่วย ดังนั้นธนาคารเลือดทุกแห่งต้องส่งเสริมให้ผู้บริจาคโลหิตมีสุขภาพดีและมีคุณสมบัติเหมาะสมในการบริจาคโลหิตอย่างสม่ำเสมอจากข้อมูลของศูนย์บริการโลหิตแห่งชาติ สภากาชาดไทยพบผู้ถูกปฏิเสธการบริจาคโลหิตประมาณร้อยละ 15-20 จากจำนวนผู้ประสงค์จะบริจาคโลหิตทั้งหมด ส่วนใหญ่มีสาเหตุจากค่าฮีโมโกลบิน (hemoglobin; Hb) ไม่ผ่านเกณฑ์ นำไปสู่ความผิดหวังความไม่พอใจเพราะผู้บริจาคโลหิตต้องเสียเวลา ค่าใช้จ่ายในการเดินทางแต่ไม่ได้บริจาคโลหิตและส่งผลกระทบต่อการจัดหาโลหิตโดยตรง หากสามารถพยากรณ์ผลตรวจ Hb ได้ล่วงหน้าจะช่วยลดผลกระทบปัญหา เป็นประโยชน์ทั้งต่อผู้บริจาคโลหิต ธนาคารเลือดและผู้ป่วย การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาและเปรียบเทียบประสิทธิภาพเทคนิคการเรียนรู้ของคอมพิวเตอร์ในการพยากรณ์จำแนกกลุ่มผลตรวจ Hb ของผู้บริจาคโลหิต โดยเก็บข้อมูล 44 ตัวแปรของผู้บริจาคโลหิตจำนวน 2,180 รายจากภาคบริการโลหิตแห่งชาติ 12 แห่งและสถานีกาชาดหัวหินเฉลิมพระเกียรติตั้งแต่ 1 ต.ค. 2561 ถึง 31 พ.ค. 2562 นำมากลั่นกรองข้อมูล คัดเลือกตัวแปร พัฒนาตัวแบบทางเหมืองข้อมูลได้แก่ ต้นไม้ตัดสินใจ ซัพพอร์ตเวกเตอร์แมชชีน การจำแนกแบบเบส์อย่างง่ายและโครงข่ายประสาทเทียม จากนั้นเปรียบเทียบประสิทธิภาพการจำแนกกลุ่มของตัวแบบพยากรณ์ พบว่าต้นไม้ตัดสินใจเป็นตัวแบบการจำแนกกลุ่มที่เหมาะสมที่สุดโดยให้ค่าความถูกต้อง ค่าความไว ค่าความจำเพาะ ค่าการพยากรณ์ผลบวก ค่าการพยากรณ์ผลลบสูงที่สุดและค่า AUC เท่ากับร้อยละ 92.20, 82.98, 94.74, 81.25, 95.29 และ 0.943 ตามลำดับ ซึ่งต้นไม้ตัดสินใจที่ได้จากศึกษานี้อาจนำไปพัฒนาต่อเป็นระบบประเมินออนไลน์ก่อนเดินทางมาบริจาคโลหิตได้

Investigating The Prevalence Of An Insecticide Resistance Gene In Culex Mosquito Populations Of Central Illinois, Kylee R. Noel

Masters Theses

The globalization of society has led to the spread of the vectors, mosquitoes, and diseases. Each year millions of people are killed by diseases vectored by mosquitoes. For example, West Nile Virus alone killed over 2,000 people in North America in 2017; 8 of those deaths being in Illinois. Two prominent vectors of West Nile Virus are Culex pipiens and Culex restuans; which are difficult to differentiate based upon morphological features. In this study, mosquitoes collected from two Illinois counties, Coles County and Champaign County, were first identified based upon morphology and this identification was then compared to probe-based …

Impact Of Seasonal And Host-Related Factors On The Intestinal Microbiome And Cestode Community Of Sorex Cinereus And Sorex Monticola, Katelyn D. Cranmer

Electronic Theses and Dissertations

The intestinal microbiome of mammals plays a significant role in host health and response to environmental stimuli and can include both beneficial native bacteria as well as parasitic worms. In this study, I examined the intestinal cestode and bacterial communities of two closely related species of shrew, Sorex monticola and Sorex cinereus, over a six month period in 2016. Specimens were collected approximately every three weeks from May to October from the Sangre de Cristo Mountains in Cowles, New Mexico. A total of 79 shrews were prepared with the gastrointestinal tracts removed and flash-frozen in liquid nitrogen. An additional …