Digital Commons Network^™

Course Portfolio: Bios 443/843 Immunology, Nicole Sexton

UNL Faculty Course Portfolios

This course portfolio relates to the Fall 2025 delivery of BIOS 443/843: Immunology, cross listed as MBIO 443 and VMBS 843 and was prepared as part of the Faculty-led Inquiry into Reflective and Scholarly Teaching (FIRST) project. BIOS 443/843 is an upper division course that introduces Immunological concepts but also connects them to up to date literature in the field of Immunology with the intent of preparing students for careers in medicine and biomedical research. In Fall of 2025 this course was restructured to incorporate additional peer-to-peer learning opportunities and more distributed assessment styles, therefore was peer-reviewed to assess the …

Early Treatment Discontinuation In Patients With Deficient Mismatch Repair Or Microsatellite Instability High Metastatic Colorectal Cancer Receiving Immune Checkpoint Inhibitors, Julien Taieb, Margherita Ambrosini, Emily Alouani, Sara Lonardi, Frank A Sinicrope, Marie Decraecker, Alice Boileve, Emilie Hafliger, Thibault Mazard, Simon Pernot, Pauline Parent, Javier Ros, Michael J Overman, Priya Jayachandran, Vincenzo Nasca, Lisa Salvatore, Rosine Guimbaud, Chiara Cremolini, David Tougeron, Filippo Pietrantonio

Faculty, Staff and Student Publications

Background: Immune checkpoint inhibitors (ICIs) are recommended to treat patients with deficient mismatch repair/microsatellite instability high (dMMR/MSI-H) metastatic colorectal cancer (mCRC). Pivotal trials have fixed a maximum ICI duration of 2 years, without a compelling rationale. A shorter treatment duration has the potential to improve patients' quality of life and reduce both toxicity and cost without compromising efficacy. Here we examine whether early treatment discontinuation (ETD) before 13 months in patients without progressive disease (PD) can lead to similar long-term disease control compared with a longer treatment duration (LTD).

Methods: To assess whether ETD is associated with similar outcomes compared …

Fta™ Card Use For Detection Of Mycoplasma Gallisepticum In Wild Birds, Linda Purvis, Dawn E.W. Drumtra

Georgia Journal of Science

Flinders Technology Associates (FTA) cards are increasingly accepted as an accurate method for nucleic acid detection, including testing for the presence of various avian diseases. However, the accuracy of FTA cards for detection of Mycoplasma gallisepticum (MG) in wild birds has not been published. Traditional techniques for testing MG in birds include serum plate agglutanation (SPA), hemagglutination inhibition (HI), polymerase chain reaction (PCR), and enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) all of which are time consuming and require significant financial investment into specialized equipment. We tested the efficacy of using FTA cards to detect MG in wild bird carcasses collected in …

Atypical Stroke-Like Presentation In A Patient With Mucormycosis, Joseph Crutison, Yasser El-Daour, Dominique Pean

Gulf Coast Division GME Research Day 2025

No abstract provided.

Novel Infection By Mucor Hiemalis Kills Caenorhabditis Hosts Through Intestinal Perforation, Jay Ni

West Chester University Graduate Theses, Dissertations, and Final Projects

The nematode Caenorhabditis elegans has emerged as a popular model system to investigate cell biology and host-pathogen interactions. Presently, C. elegans is studied as a natural host of intracellular pathogens such as microsporidia and Orsay virus along with extracellular bacterial and fungal pathogens. The use of C. elegans as a model in host-pathogen research is limited by the number of naturally occurring pathogens to the organism. Through a sampling project to identify new pathogens of C. elegans, we identified the fungus Mucor hiemalis as a pathogen of Caenorhabditis species. We observed the fungus in the intestinal lumen of wild-caught …

Developmental Regulation Of Corazonin, Eclosion Hormone, And Bursicon Messages And Rnai Suppression Of Corazonin In Adult Female American Dog Ticks, Dermacentor Variabilis, Anirudh Dhammi, Brooke Bissinger, Loganathan Ponnusamy, Daniel E. Sonenshine, R. Michael Roe

Biological Sciences Faculty Publications

The insect molting process is critical to growth and development and is regulated in part by the neuropeptides corazonin, eclosion hormone, and α and β bursicon. We found messages in a synganglion transcriptome from adult, female American dog ticks, Dermacentor variabilis (that do not molt), with a high similarity to the larval insect neuropeptides that control molting. The phylogenetic analysis of the tick putative neuropeptides compared to other arthropods is discussed in detail. The relative gene expression of these peptides was determined by quantitative PCR during the following adult developmental stages: (i) virgin, unfed 0–24 h after entering the adult …

Genetic Analysis Of Methionine Restriction-Associated Mitochondrial Unfolded Protein Response Signaling., Josh D. Dodge

Biology Dissertations - Archive

The lifespan of an organism is dictated by various genetic and environmental factors. One such determinant is the health of mitochondria which are organelles that mediate various critical cell functions including a significant role in generating the vast supply of cellular energy. Indeed, the gradual decline of mitochondrial function is believed to be a hallmark and possible cause of aging. Paradoxically, mild mitochondrial dysfunction early in life extends lifespan in various model organisms. Cells use diverse approaches to promote mitochondrial homeostasis, including the transcriptional reprogramming of cells by mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) to mitigate mitochondrial stress. Consistently, UPRmt activation …

The Role Of Sodium Butyrate As An Inflammatory Regulator And Its Effect On Long Noncoding Rnas In Neuroinflammation, Angel Covarrubias

Chemistry & Biochemistry Theses - Archive

Inflammation is a crucial homeostatic process that contributes to both the elimination of foreign invaders and tissue repair. Inflammation at sites of tissue injury or infection is initiated by the detection of a harmful stimulus, triggering vital inflammatory immune signaling pathways and a cascade of cytokines and inflammatory mediators. The dysregulation of this process, however, can result in inappropriate inflammatory responses manifesting in tissue damage and compromised cell function. Dysregulation of the inflammatory response is seen frequently in many human diseases such as Diabetes, Cancer, cardiovascular disease, and neurodegenerative diseases.

In the context of the Central Nervous system, inflammation is …

Mctr3 Mitigates Cigarette Smoke-Induced Pulmonary Inflammation And Damage, Yu Par Aung Myo

Theses and Dissertations

Smoking is deleterious to our lungs and can precipitate in a multitude of diseases, including chronic obstructive pulmonary disease (COPD). COPD is primarily caused by smoking cigarettes and is a major public health issue. Current therapies only treat symptoms without halting or reversing disease progression, thus highlighting a large unmet need to develop new therapies. We address this gap by investigating maresin conjugate in tissue regeneration 3 (MCTR3) which is a newly discovered specialized pro-resoling mediator (SPM) that has the novel property of promoting tissue repair and regeneration in addition to being anti-inflammatory and pro-resolving. For the first time, we …

Functional Analysis Of Ligand Binding Domain 2 Of Outer Surface Protein C Of Borreliella Burgdorferi, Gavin Z. Chambers

Theses and Dissertations

Lyme disease, caused by the spirochete Borreliella burgdorferi, is the most common vector-borne infection in North America. A critical determinant of early mammalian infection is outer surface protein C (OspC), a highly variable lipoprotein that is indispensable for spirochete survival but whose precise function remains unresolved. OspC has been proposed to mediate diverse roles, including complement evasion, adhesion, tissue dissemination, and antiphagocytic activity, supporting the view that it is a multifunctional virulence factor. Structural studies have identified two putative ligand-binding domains (LBD1 and LBD2), with LBD2 forming a solvent-exposed crown at the membrane-distal end of the OspC dimer.

To …

Effect Of Paxlovid On Neurodevelopmental Disorder Diagnosis Outcomes In Offspring Of Mothers Infected With Sars-Cov-2 During Pregnancy, Simone Rogers

CMC Senior Theses

The onset of the 2020 COVID-19 pandemic brought concern over the effects that this virus would have on pregnancy and fetal outcomes, specifically neurodevelopmental outcomes. Maternal immune activation (MIA), caused by infection during pregnancy, is known to result in neurodevelopmental disorder (NDD) diagnosis in offspring, typically autism spectrum disorder (ASD) and attention deficit/hyperactivity disorder (ADHD). This effect has already been observed in mothers who were infected with COVID-19 during pregnancy. However, in 2023, Paxlovid, the COVID-19 antiviral drug, became available to patients experiencing symptoms of the virus, including pregnant women. Consequently, this study seeks to determine whether the risk of …

การศึกษาความสัมพันธ์และความถี่ของการตรวจพบเอชแอลเอแอนติบอดี (Anti-Hla Class I) ในหญิงตั้งครรภ์ที่คลอดก่อนกำหนด ในกลุ่มตัวอย่างชาวไทย, สิริกุล เหล่าศรีวิจิตร

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

การคลอดก่อนกำหนด (ก่อน 37 สัปดาห์) เป็นปัญหาสาธารณสุขสำคัญทั่วโลก และในไทย ซึ่งเป็นสาเหตุหลักของการเสียชีวิตและภาวะแทรกซ้อนในทารกแรกเกิด การคลอดก่อนกำหนดส่วนใหญ่เกิดขึ้นเองโดย ไม่ทราบสาเหตุ จากหลักฐานก่อนหน้านี้พบว่า anti-HLA antibody อาจมีส่วนเกี่ยวข้องกับการคลอดก่อน กำหนดในประชากรชาวชิลี วัตถุประสงค์ของงานวิจัยจึงต้องการศึกษาความถี่และความสัมพันธ์ของแอนติบอดีต่อ Human Leukocyte Antigen class I ในหญิงตั้งครรภ์ชาวไทยที่คลอดก่อนกำหนด และสร้างโมเดลทำนายภาวะ คลอดก่อนกำหนดโดยใช้ปัจจัยเสี่ยง และผล anti-HLA class I กลุ่มตัวอย่างประกอบด้วยหญิงตั้งครรภ์ชาวไทยที่ คลอดที่โรงพยาบาลเจริญกรุงประชารักษ์จำนวน 299 คน แบ่งเป็นกลุ่มคลอดก่อนกำหนด 135 คน และกลุ่ม คลอดตามกำหนด 164 คน ได้รับการตรวจ anti-HLA class I ด้วยเทคนิค Multiplex Fluorescent Immunoassay และรวบรวมข้อมูลทางคลินิก ผลการศึกษาพบว่าความชุกของการตรวจพบ anti-HLA class I antibody โดยรวมอยู่ที่ 33.11% และสูงกว่าอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติในกลุ่มที่คลอดก่อนกำหนด (42.96%) เมื่อ เทียบกับกลุ่มที่คลอดตามกำหนด (25.00%) การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ด้วยสถิติ Chi-square test และ Logistic Regression พบว่าการตรวจพบ anti-HLA class I มีความสัมพันธ์อย่างมีนัยสำคัญกับการคลอดก่อนกำหนด (P < 0.001) โดยเพิ่มโอกาสในการคลอดก่อนกำหนดสูงขึ้น 2.260 เท่า นอกจากนี้งานวิจัยได้สร้างแบบจำลองการ ทำนายการคลอดก่อนกำหนดโดยใช้อัลกอริทึม Machine Learning หลายประเภท และใช้วิธีการคัดเลือกตัวแปร ที่แตกต่างกัน พบว่าแบบจำลอง LightGBM ที่ใช้การคัดเลือกตัวแปรแบบ Backward มีประสิทธิภาพสูงสุดในแง่ ของความแม่นยำ (Accuracy = 0.6018 ± 0.0482) และความสามารถในการตรวจจับการคลอดก่อนกำหนด (Sensitivity = 0.6444 ± 0.0726) ซึ่งแสดงให้เห็นว่า anti-HLA class I antibody และปัจจัยเสี่ยงบางประการ สามารถนำมาใช้เป็นตัวบ่งชี้เพื่อทำนายความเสี่ยงของการคลอดก่อนกำหนดได้ ผลการวิจัยนี้เป็นองค์ความรู้ พื้นฐานที่สำคัญในการพัฒนา biomarker เพื่อช่วยแพทย์ในการวางแผนการดูแลรักษาหญิงตั้งครรภ์ในอนาคต

การศึกษาฤทธิ์ผสมผสานของสารสกัดจากว่านหางจระเข้และโพรไบโอติกต่อการยับยั้งคุณสมบัติการก่อโรคฟันผุของเชื้อแบคทีเรีย Streptococcus Mutans ในหลอดทดลอง, ธีรภัทร ชะนะเมืองคล

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

โรคฟันผุเป็นโรคติดเชื้อเรื้อรังที่เกิดจากความไม่สมดุลของจุลชีพในช่องปาก โดยเฉพาะ Streptococcus mutans (SM) ซึ่งสามารถผลิตกรด สร้างไบโอฟิล์ม และทนต่อสภาวะเป็นกรดได้ การใช้โพรไบโอติกถูกเสนอเป็นแนวทางใหม่ในการควบคุมเชื้อก่อโรค แต่อาจมีประสิทธิภาพไม่เพียงพอ จึงเกิดความสนใจในการใช้พรีไบโอติกร่วมกัน งานวิจัยนี้มุ่งศึกษาผลของสารสกัดว่านหางจระเข้ (Aloe vera; AV) ในฐานะพรีไบโอติก ร่วมกับ Lacticaseibacillus rhamnosus GG (LGG) และ/หรือ Lactiplantibacillus plantarum 299V (LP) ในการยับยั้งคุณสมบัติการก่อโรคของ SM UA159 ในหลอดทดลอง ผลการทดลองพบว่า AV ที่ความเข้มข้นต่ำสุด 0.25% ซึ่งอุดมด้วยพอลิแซ็กคาไรด์ แสดงคุณสมบัติของการเป็นพรีไบโอติก โดยสามารถยับยั้งการเจริญของ SM ได้อย่างมีนัยสำคัญ (p < 0.05) และส่งเสริมการเจริญของโพรไบโอติกทั้งสองสายพันธุ์ (p < 0.05) การทำงานร่วมกันของ AV และโพรไบโอติกช่วยเพิ่มค่า pH ลดความเป็นกรด (p < 0.05) ลดการสร้างไบโอฟิล์ม (p < 0.05) และลดการแสดงออกของยีนสำคัญที่เกี่ยวข้องกับปัจจัยการก่อโรค ได้แก่ ยีนที่เกี่ยวข้องกับเมแทบอลิซึมและการสร้างสภาวะความเป็นกรด (eno, ldh, atpD) และยีนที่ควบคุมการสร้างไบโอฟิล์ม (gtfB, gtfC, dexA, และ dexB) ขณะเดียวกันเพิ่มการแสดงออกของ aguD (p < 0.05) ซึ่งเกี่ยวข้องกับระบบสร้างความเป็นด่าง ส่งผลให้เกิดสภาวะที่ไม่เอื้อต่อการเจริญของ SM นอกจากนี้ AV ยังเพิ่มการอยู่รอดของโพรไบโอติกผ่านการเพิ่มระดับยีน rpoB และ 16S rRNA (p < 0.05) ผลการทดลองสรุปได้ว่า AV ร่วมกับ LGG และ LP มีฤทธิ์เสริมกันในการลดความรุนแรงของ SM ผ่านหลายกลไกเชิงโมเลกุล พร้อมทั้งสนับสนุนการเจริญของจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ ซึ่งสอดคล้องกับแนวคิดการป้องกันโรคฟันผุในศตวรรษที่ 21 ที่มุ่ง “การปรับสมดุลของชุมชนจุลินทรีย์ในช่องปาก” ตาม Ecological Plaque Hypothesis และชี้ให้เห็นถึงศักยภาพของซินไบโอติกจากพืชสมุนไพรในการพัฒนาเป็นแนวทางใหม่เพื่อการป้องกันโรคฟันผุอย่างยั่งยืน

การพัฒนาชุดตรวจสารพันธุกรรมแบบอ่านผลด้วยตาเปล่าอย่างรวดเร็วสําหรับตรวจเชื้อ Mycobacterium Tuberculosis Complex และ Nontuberculous Mycobacteria, ภานุวัฒน์ เสถียรพิทยากุล

Chulalongkorn University Theses and Dissertations (Chula ETD)

วัณโรค (TB) ซึ่งมีสาเหตุเกิดจากเชื้อ Mycobacterium tuberculosis (MTB) และโรคติดเชื้อกลุ่ม Non-tuberculous mycobacteria (NTM) เป็นโรคติดเชื้อที่มีความสำคัญซึ่งเกิดจากเชื้อกลุ่ม Mycobacteria ส่งผลกระทบต่อปอดและอวัยวะอื่นๆ ของร่างกาย แม้ว่าสาเหตุของการก่อโรคต่างกัน แต่อย่างไรก็ตามอาการแสดงมีความคล้ายคลึงกัน เช่น ไอ มีไข้ น้ำหนักลด และอ่อนเพลีย แนวทางในการรักษาวัณโรคและโรคติดเชื้อกลุ่ม NTM นั้นเป็นการรักษาโดยการใช้ยาต้านเชื้อ Mycobacteria หลายชนิดผสมผสานกัน แต่อย่างไรก็ตามแนวทางในการรักษาและระยะเวลาที่ใช้ในการรักษาแตกต่างกันระหว่างโรคดังกล่าว ดังนั้นวิธีการวินิจฉัยที่มีความรวดเร็วและจำเพาะในการจำแนกการติดเชื้อระหว่างสองกลุ่มจึงมีความจำเป็น เพื่อที่ผู้ป่วยจะได้รับการรักษาและการจัดการกับผู้ป่วยที่เหมาะสมต่อไป การศึกษาในครั้งนี้มีวัตถุประสงค์ในการพัฒนา Primer ในการจำแนกเชื้อกลุ่ม NTM จาก MTB และพัฒนาชุดตรวจแถบตรวจสารพันธุกรรมต้นแบบที่สามารถอ่านผลการทดสอบได้ด้วยตาเปล่าจากการเพิ่มประมาณสารพันธุกรรมที่อุณหภูมิเดียวซึ่งจำเพาะต่อยีน IS1081 และ ku ของเชื้อ MTB และ NTM ตามลำดับ แถบตรวจที่ผลิตพัฒนาขึ้นซึ่งผลิตจาก Nitrocellulose MTB/NTM strip สามารถตรวจจับผลผลิต Multiplex-recombinase polymerase amplification (M-RPA) ได้ โดยผลการทดสอบเบื้องต้นพบว่า Primer ที่ออกแบบขึ้นมานั้นสามารถเพิ่มปริมาณสารพันธุกรรมและจำแนก DNA ที่สกัดได้จากโคโลนีของเชื้อ MTB และ NTM ได้อย่างถูกต้อง โดยปฏิกิริยาบ่มที่อุณหภูมิ 37 ˚C เป็นระยะเวลา 30 นาที และเวลาในการอ่านผลของแถบตรวจ MTB/NTM strip คือ 15 นาที โดยตรวจสอบความเข้มข้นของเชื้อที่น้อยที่สุดที่ตรวจวัดได้ด้วยเทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB/NTM strip สำหรับโคโลนีของเชื้อ MTB และ NTM คือ 1.97 x 104 CFU/mL และไม่พบปฏิกิริยาข้ามกลุ่มสำหรับเชื้อแบคทีเรียก่อโรคทั่วไปสายพันธุ์อื่น รวมถึงเชื้อกลุ่ม Higher bacteria เทคนิค M-RPA ร่วมกับแถบตรวจ MTB/NTM strip ได้นำมาประเมินกับ DNA …

Location Intelligence Unveils Seasonal Spatiotemporal Pattern Shifts Of Habitat Use And Selection By Cattle Across A South Texas Coastal Landscape Infested With Rhipicephalus Microplus, Taylor G. Donaldson, Brian T. Rich, Miranda R. Peterson, Hsiao-Hsuan Wang, William E. Grant, Donald B. Thomas, Kimberly H. Lohmeyer, Adalberto Á. Pérez De León, Pete D. Teel

Biological Sciences Faculty Publications

Knowledge gaps on the dynamics of cattle fever tick-cattle-habitat-climate interactions in South Texas and their influence on the efficacy of treatments to eliminate infestations with the Rhipicephalus (Boophilus) microplus prevent optimal interventions by the Cattle Fever Tick Eradication Program (CFTEP). The CFTEP has been operating in the USA since 1907. This study applied the concept of location intelligence to examine movement, habitat use and selection by cattle in a highly heterogeneous coastal landscape infested with R. microplus. Cattle interface with white-tailed deer and nilgai, which are alternate wildlife hosts of R. microplus, in this unique South …

Rwanda's Natural Remedies: A Fresh Look At The Fight Against Malaria, Leandre Nsabimana Ndisanze

Pomona Senior Theses

Malaria remains one of the most devastating parasitic diseases globally, disproportionately affecting sub-Saharan Africa, where Rwanda continues to face high transmission rates and rising resistance to conventional interventions. Despite decades of control efforts, the emergence of drug-resistant Plasmodium falciparum and insecticide-resistant Anopheles mosquitoes threatens to reverse recent gains. This research responds to the urgent need for sustainable and culturally relevant alternatives by exploring the therapeutic potential of Rwandan traditional medicinal plants. These indigenous remedies, long used by local healers, offer an underexplored reservoir of bioactive compounds that may provide the basis for novel antimalarial drugs.

The central hypothesis of this …

Impacts Of Tick Parasitism On The Rodent Gut Microbiome, Robert J. Brinkerhoff, Joshua Pandian, Meghan Leber, Isabella D. Hauser, Holly D. Gaff

Biological Sciences Faculty Publications

Host microbiota may impact disease vector behavior and pathogen transmission, but little is known about associations between ectoparasites and microbial communities in wildlife reservoir species. We used Illumina metagenomic sequencing to explore the impacts of tick parasitism on the rodent fecal microbiome in both a field and laboratory setting. We found that tick parasitism on wild hosts was associated with variation in the fecal microbiota of both the white-footed deermouse, Peromyscus leucopus, and the southern cotton rat, Sigmodon hispidus. In a lab experiment, we detected significant changes to the fecal microbiome after experimental exposure to immature ticks in …

The Impact Of Maternal Environmental Exposures On The Immune Landscape Of The Maternal-Fetal Interface, Heather E. True

Theses and Dissertations--Pharmacy

Maternal environmental exposures and inflammation are known to impact fetal development in utero as well as increase the risk for chronic diseases later in life. Therefore, it is essential that we understand how the maternal environment alters placental structure and immune function.

Therefore, we isolated fetal (chorionic villous) tissues from the placentas of healthy pregnant participants (control) and those with inflammatory conditions, including SARS-COV-2 infection, pregravid obesity, and opioid use disorder. Isolated placental leukocytes were subjected to a series of assays to uncover the phenotypic, functional, and transcriptional (single-cell RNA-sequencing) landscape of placental immune cells. Additional placental tissues were subjected …

Physical Ablative Methods And Cancer Cell Death: Implications For Immunity And Therapies, Alessandra Rossi, Claudia Muratori

Bioelectrics Publications

Surgery has traditionally been a cornerstone in cancer treatment, yet its feasibility can be limited by factors such as tumor location and patient health conditions. When surgery is not viable, thermal and pulsed electric field (PEF)-based ablation technologies offer valuable alternatives. Emerging evidence suggests that these approaches not only target tumors effectively but also stimulate antitumor immune responses. In this review, we begin by examining the distinctive features of hyperthermic treatments (radiofrequency and microwave ablation), cryoablation, and PEF-technologies. Subsequently, we discuss the mechanisms of cell death, stress responses, and release of danger signals triggered by these diverse ablation technologies. Finally, …

Immune Checkpoint Inhibitors: Friend Or Foe, Antonio Cordova, Jesse Powell, Whitney Elg-Salsman, Caroline Mcculley

Books, Presentations, Posters, Etc.

Introduction: • Many cancers use mechanisms to escape killing by the immunesystem. • Cancer cells can mimicimmune checkpoint proteins such as cytotoxic T lymphocyte–associated antigen 4 (CTLA-4) ligand and the programmed death1 receptor ligand (PD-L1) toinhibit the T-cell response. • Immune checkpoint inhibitors (ICI's) are a novel set of monoclonalantibody cancer therapies. • ICI'sblockcheckpoint proteins from binding with their partner proteins oncancer cells thus allowing T-cells to kill tumor cells. • ICIs have promising anti-cancer results. • ICIs are also associated with immune related adverse events(irAEs), including dermatitis, pneumonitis, colitis,hepatitis, nephritis. • A rare but seriousirAEisICI-associated myositis causing bulbar and …

Leveraging Epigenomics And Transcriptomics To Develop High-Dimensional Biomarkers Of Neuroinflammation, Steven C. Pike

Dartmouth College Ph.D Dissertations

Neuroinflammation is a critical physiological phenomenon implicated in most neurological disorders, either as a cause or a consequence of pathology. Our understanding of neuroinflammation is limited by the inability to directly profile the cells of interest. Thus, developing biomarkers of neuroinflammation is clinically urgent as we know neuroinflammation correlates with patient outcomes and treatment success. The recent advances in “omics” technologies, particularly epigenomics and transcriptomics, provides the opportunity for high-dimensional profiling of biospecimens for potential biomarkers. Within this dissertation, I demonstrate that biomarkers obtained from “omics” platforms can detect neuroimmunological phenomena in clinical and preclinical settings. In chapter one, DNA …

Toxin-Like Proteins In The Venom Of Drosophila Parasitoids, Lady V. Cardenas

Dissertations and Theses

The figitid parasitoid wasps of Drosophila are gaining importance in agriculture due to their ability to kill the resilient soft-fruit pest Drosophila suzukii. Their success and infection strategies vary, and the mechanisms underlying these differences are largely unknown. Some of their venom proteins have been shown to be important in suppressing host defense. Here, we report that Ganaspis brasiliensis, a parasitoid of D. suzukii survives well on Drosophila yakuba, a host species with a strong cellular immunity, and infected flies are unable to mount a strong immune response. To predict possible toxin-like proteins in Ganaspis venoms that might suppress cellular …

The Role Of Host Factor Sptbn1 In Hiv-1 Capsid Uncoating In Human Microglial Cells, Callie Marie Fry

Graduate Theses/Dissertations

HIV-1 is the virus that causes acquired immunodeficiency syndrome (AIDS), and currently, there is no cure once an individual is infected. The development of new drugs targeting HIV-1 replication steps is essential for keeping viral loads low or undetectable to prevent further transmission. An attractive replication step for new drug targets is viral capsid uncoating, where the virus loses the protein structure encapsulating the genome. The exact mechanism of capsid uncoating is unknown; however, several host-factors may be involved including protein SPTBN1. Recent studies have shown a significant decrease in viral infectivity when SPTBN1 is knocked down, yet its role …

Depletion Of Adipose Stroma-Like Cancer-Associated Fibroblasts Potentiates Pancreatic Cancer Immunotherapy, Joseph Rupert, Alexes Daquinag, Yongmei Yu, Yulin Dai, Zhongming Zhao, Mikhail G Kolonin

Faculty, Staff and Student Publications

This study shows that populations of CAFs have distinct effects on pancreatic cancer progression and shows that depletion of CAFs expressing adipose markers potentiates tumor/metastasis suppression effects of immune checkpoint blockade.

Using Genetically Heterogenous Mice To Identify Regulators Of Immune Checkpoint Blockade Response, Justin Hackett

Wayne State University Dissertations

Immune Checkpoint Inhibitors (ICI) have dramatically improved patient outcomes in metastatic lung cancer, metastatic melanoma, subtypes of renal cancer and others. However, despite the clinical success, most patients still fail to have a durable response. Understanding what determines response and predicting who will respond to therapy is essential to improving patient outcomes. To investigate genetic underpinnings of ICI response we utilized F1 crosses of C57Bl/6 with Diversity Outbred mice (DOB6F1) and multiple Collaborative Cross (CC) strains to identify and validate (respectively) genetic loci that associated with response to ICI. The genomic data suggested that the lactation and immunomodulatory peptide prolactin …

Elucidation Of The Post-Transcriptional Regulation And Role In Iron Homeostasis Of The Outer Membrane Vesicle Protein Ynce In Salmonella, Mira J. Schmidt

Honors Undergraduate Theses

Iron is an essential element for most bacteria as it is a crucial cofactor for enzymes involved in fundamental reactions such as DNA synthesis. Despite being the fourth most abundant element on Earth, bacteria face challenges acquiring iron under aerobic conditions due to the poor solubility of its oxidized form (Fe³⁺). To overcome this, bacteria have developed various strategies of iron acquisition, such as the production of siderophores. Siderophores are small molecules that scavenge free Fe³⁺ in iron-deprived environments. Iron acquisition is tightly regulated due to its capability of promoting hydrogen peroxide formation via the Fenton reaction. In Salmonella Typhimurium, …

Fluke Egg Sedimentation Test Procedure, Department Of Primary Industries And Regional Development, Western Australia

Animal production and livestock factsheets

The department’s approved procedure for detecting trematode eggs and the Eimeria leuckarti sedimentation method (FEST) on faecal samples.

Archaeoparasitology Of The Colorado Plateau, Karl J. Reinhard, Morgana Caacho

Karl Reinhard Publications

Archaeoparasitology has been conducted in the Southwest for 57 years. In the first decade of the period, two pictures of parasitism emerged. Analysis of compressed organic sediments from a latrine at Elden Pueblo presented a spectrum of geohelminths not different from medieval Europe. These findings contrast pronouncedly with an analysis of coprolites from all other studies that show consistent pinworm parasitism at other sites in the Southwest. We summarize the paleoepidemiological bases for these contrasting phenomena.

Immune Pathway Modulation In Melanoma Using Chitosan Nanoparticle-Mediated Dsrna Delivery, Bethel C. Iwuji

Theses and Dissertations (Comprehensive)

Cancer is a group of diseases characterized by abnormal and uncontrolled cell division, which typically results in the formation of tumours. Even with advances in treatments, cancer remains one of the leading causes of death globally. Melanoma is an aggressive form of skin cancer which is highly malignant, develops in the pigment-producing cells of the skin, melanocytes, and in the late stages of the disease poses a significant challenge for therapeutic intervention due to its multidrug resistance. The innate immune system is the first line of defence against invading pathogens, including viruses, bacteria, and fungi, and can recognize and destroy …

Schistosoma Mansoni Infection Causes Consistent Changes To The Fecal Bacterial Microbiota Of Mice Across And Within Sites, Mariam A. Mhanna, David T. Gauthier, Lisa M. Shollenberger

Biological Sciences Faculty Publications

Eggs of Schistosoma mansoni are produced by adult female worms in mesenteries of infected hosts. Eggs can cross the intestinal barrier and form granulomas in the tissue or breach and exit the host through fecal excretion. These interactions may affect the host microbiome assemblages. Given the potential for schistosomal alteration of host gut microbiome and subsequent effects on the fecal bacterial composition, it is important to conduct controlled microbiome studies on model animals. While pursuing these studies, it is important to take into account the different conditions in which microbiome studies are conducted and their consequent impacts on variability and …